Trainings

Advanced HPC Trainings
This course continues the explanation on how to work on HPC Southgreen clusters. It is intended for experienced users, with the…
Advanced Python
Objectifs pédagogiques A l’issue de la formation, les stagiaires seront capables de : connaître les éléments avancés du l…
Advanced sequence analysis
https://cnrsformation.cnrs.fr/stage-19019-Analyse-avancee-de-sequences.h...
Algorithms for bioinformatics
Master 2 Research students, University of Bordeaux.
Analyse bioinformatique des séquences nucléiques et protéiques
Bilille propose des formations en partenariat avec CNRS Formation Entreprises à destination des chercheur-euse-s, enseignant-e-…
Analyse de données génomiques et post-­‐génomiques
Formation annuelle  des  Hospices  Civils  de  Lyon,  organisée  par  l’EBS/SB-­HCL/PRABI sur deux jours, en partenariat avec l…
Analyse de données metabarcoding
Nous avons le plaisir de vous annoncer la tenue d'une formation sur l'analyse de données metabarcoding en mai 2018. Celle-ci vo…
Analyse de données métagénomiques 16S
Objectifs Cette formation est dédiée à l'analyse de données de type "métagénomique amplicon" issues des technolo-gies d…
Analyse de données métagénomiques shotgun / shotgun metagenomics
Objectifs pédagogiques Cette formation est dédiée à l’analyse de données métagénomiques procaryotes de type « shotgun » issu…
Analyse de données NGS dédiée à la génomique végétale en Afrique de l'Ouest
Les avancées spectaculaires des technologies de séquençage de 2ème et 3ème génération sont une véritable révolution pour la rec…
Analyse de données RNAseq sous Galaxy
L’analyse des données biologiques nécessite de plus en plus l’utilisation de ressources et d’environnements informatiques diffi…
Analyse de données RNA-seq sous l’environnement Galaxy
Objectifs de la formation Acquérir les connaissances générales sur les méthodes de séquençage à haut-débit. Connaître les car…
Analyse de gènes différentiellement à partir de données RNAseq et sous l'environnement Galaxy
La formation s’adresse à un public de biologistes et de bio-informaticiens désireux de faire leur premiers pas sous Galaxy et d…
Analyse des données RNA-Seq sous l’environnement Galaxy
Introduction à l'analyse des données RNA-Seq sous l’environnement Galaxy
Analyse de séquences
Les biologistes sont régulièrement confrontés à des gènes (ou des protéines) de fonctions inconnues ou mal annotés. Dans ce …
Analyse primaire de données issues de séquenceurs nouvelle génération sous Galaxy
Objectifs Connaître les concepts et méthodes bioinformatiques utilisés pour l’analyse primaire de données issues de NGS. Appl…
Analyse primaire de données issues de séquenceurs nouvelle génération sous Galaxy
Objectifs pédagogiques Connaître les concepts et méthodes bioinformatiques utilisés pour l’analyse primaire de données issues …
Analyses Single Cell RNA-seq (ScRNA-seq) avec R
Cette formation introduira notamment la librairie Seurat permettant la manipulation et l'analyse de données Single Cell RNA-seq…
Analyse statistique de données RNA-Seq - Recherche des régions d’intérêt différentiellement exprimées
Objectifs pédagogiques * Se sensibiliser aux concepts et méthodes statistiques pour l’analyse de données transcriptomiques de …
Analyse statistique RNA-seq sous Galaxy
Objectifs Se sensibiliser aux concepts et méthodes statistiques pour l'analyse de données transcriptomiques de type RNA-Seq. …
Analysis of NGS data with R
https://cnrsformation.cnrs.fr/stage-19025-Analyses-NGS-avec-R.html?axe=98
Annotation and analysis of prokaryotic genomes using the MicroScope platform
In an effort to inform members of the research community about our annotation methods, to provide training for collaborators an…
Annotation de génomes microbiens
Modules en prépartion....
BIGomics, Génomique Comparative
Ce module vise à fournir une expérience d’analyse de données de génomique. Les technologies Next Generation Sequencing (NGS) o…
Bioinformatics of protein--protein interactions for wet lab scientists
Understanding physical and functional interactions between molecules in living systems is crucial in many biological processes.…
Bioinformatics School, Sao Paulo
21-26 novembre 2011
Bioinformatique et Analyses Mutationnelles
Module de formation à la bioinformatique appliquée à l'analyse des données génétiques dans le cadre des maladies génétiques hum…
Bioinformatique : maîtrise des environnements et des langages informatiques
Dans le cadre de la formation permanente des formations sont proposées aux personnels des divers instituts. Les formations couv…
Bioinformatique, NGS et Cancer
Co-organisation Atelier Cancéropole Ile de France « Bioinformatique, NGS et Cancer» (avril 2014 et Nov 2014)
Bioinformatique pour le traitement de données de séquençage (NGS)
Les objectifs sont : - Savoir choisir les outils d'analyse - Etre autonome pour effectuer un pipeline d'analyse - Comprendre l…
Bioinformatique pour le traitement de données de séquençage (NGS) : analyse de transcriptome
OBJECTIFS - Comprendre les principes des méthodes d'analyse de données de séquençage à haut débit - Comprendre les résultats …
Biostatistique avec R
Apprendre à se servir du logiciel R dans le contexte de l’analyse de données biologiques tout en consolidant ses connaissances …
Biotechnologies et bioinformatique appliquées aux maladies rares
Module optionnel du DIU Maladies rares : de la recherche au traitement.
Clinique de la souris
CNRS on-going training courses: participation in a general training course on mouse models, with 2 x 1 hour modules: Current ph…
Cluster
This training session is designed to help you deal with the platform compute cluster and data banks. You will launch your first…
Cluster job submission training
How to launch and manage jobs on URGI cluster
Command line inititation
Objectives :     Knowing the principles and advantages of the Linux system     Knowing how to use the main bash commands     Kn…
Comparaison de génomes microbiens
Objectifs pédagogiques Connaître les concepts et les principales méthodes bioinformatiques pour comparer un jeu de données de …
Comparaisons de séquences protéiques
http://migale.jouy.inra.fr/?q=fr/formations
Cours Pasteur Analyse des Génomes
Chaque année, ce cours théorique et pratique d’une durée de sept semaines fait le tour des concepts, techniques et outils néces…
COURS PROGRAMMATION SCIENTIFIQUE EN PYTHON
The ever growing usage of high throughput technologies in Biology is revolutionizing the life sciences and profoundly changing …
Cycle « Analyse de données de séquençage à haut-débit » - Module 1/5 : Analyses ADN
Bilille propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit. Ce cycle…
Cycle « Analyse de données de séquençage à haut-débit » - Module 1/6 : Analyses ADN - version 2020
Bilille propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit. Ce cycle…
Cycle « Analyse de données de séquençage à haut-débit » - Module 2/5 : Analyses de variants
Bilille propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit. Ce cycle…
Cycle « Analyse de données de séquençage à haut-débit » - Module 2/6 : Analyses de variants- version 2020
Bilille propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit. Ce cycle…
Cycle « Analyse de données de séquençage à haut-débit » - Module 3/5 : Analyses RNA-seq - partie 1 (bioinformatique)
Bilille propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit. Ce cycle…
Cycle « Analyse de données de séquençage à haut-débit » - Module 3/6 : Métagénomique - version 2020
Bilille propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit. Ce cycle…
Cycle « Analyse de données de séquençage à haut-débit » - Module 4/5 : Analyses RNA-seq - partie 2 (biostatistique)
Bilille propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit. Ce cycle…
Cycle « Analyse de données de séquençage à haut-débit » - Module 4/6 : Analyses ChIP-seq - version 2020
Bilille propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit. Ce cycle…
Cycle « Analyse de données de séquençage à haut-débit » - Module 5/5 : Métagénomique
Bilille propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit. Ce cycle…
Cycle « Analyse de données de séquençage à haut-débit » - Module 5/6 : Analyses RNA-seq, bioinformatique- version 2020
Bilille propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit. Ce cycle…
Cycle « Analyse de données de séquençage à haut-débit » - Module 6/6 : Analyses RNA-seq, biostatistique - version 2020
Bilille propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit. Ce cycle…
Cycle « Analyse de données de séquençage à haut-débit » - Module Analyses ADN (sous Galaxy)- version 2023
Bilille, la plateforme de bioinformatique, biostatistique et bioanalyse de la métropole lilloise, propose chaque année un cycle…
Cycle « Analyse de données de séquençage à haut-débit » - Module Analyses RNA-seq (sous Galaxy)- version 2023
Bilille, la plateforme de bioinformatique, biostatistique et bioanalyse de la métropole lilloise, propose chaque année un cycle…
Cycle « Analyse de données de séquençage à haut-débit » - Module Métagénomique (sous Galaxy)- version 2023
Bilille, la plateforme de bioinformatique, biostatistique et bioanalyse de la métropole lilloise, propose chaque année un cycle…
Cycle « Initiation à la bioinformatique » - Module 1/4 : Banques de données et Blast
Bilille propose un cycle de découverte de la bioinformatique à destination des chercheur·euses, enseignant·es-chercheur·euses, …
Cycle « Initiation à la bioinformatique » - Module 2/4 : Alignement de séquences
Bilille propose un cycle de découverte de la bioinformatique à destination des chercheur·euses, enseignant·es-chercheur·euses, …
Cycle « Initiation à la bioinformatique » - Module 3/4 : Prédiction de gènes et annotation de protéines
Bilille propose un cycle de découverte de la bioinformatique à destination des chercheur·euses, enseignant·es-chercheur·euses, …
Cycle « Initiation à la bioinformatique » - Module 4/4 : Initiation à la reconstruction phylogénétique en biologie moléculaire
Bilille propose un cycle de découverte de la bioinformatique à destination des chercheur·euses, enseignant·es-chercheur·euses, …
Data analysis
Biological data are often complex and challenging to analyse due to non-normal distributions, nonlinear relationships, spatial/…
Développement d’une application avec R Shiny /
Objectifs pédagogiques À l’issue de la formation, les stagiaires connaîtront les principes de bases et le fonctionnement du …
Diplôme Universitaire en Bioinformatique Intégrative
La bioinformatique est devenue une compétence incontournable pour l'analyse de données de nature diverse : génomes, transcripto…
Diplôme Universitaire en Bioinformatique Intégrative / University Diploma in Integrative Bioinformatics
La bioinformatique est devenue une compétence incontournable pour l'analyse de données de natures diverses : génomes, transcrip…
DU "séquençage haut débit et maladies génétiques"
Acquérir une formation en séquençage nouvelle génération appliqué aux maladies génétiques mendéliennes,des technologies de séqu…
DUT Bioinformatique
A la convergence de la biologie, de l’informatique, cette formation pluridisciplinaire vise à former des techniciens supérieurs…
Ecole de Bioinformatique AVIESAN-IFB-Inserm
La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). Cette éditi…
Ecole d'ingénieurs polytech, filière génie biologique-biotechnologique, AMU
Bioinformatique: bases de données et programmation
École EBAii Assemblage & Annotation / Assembly & Annotation EBAii school
Objectifs La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS), …
Ecole Thématique de Bioinformatique Intégrative / Integrative Bioinformatics Training School
Dans l’objectif de développer et fédérer des compétences en bioinformatique intégrative au sein de la communauté, l’IFB propose…
Ensembl Biomart
http://migale.jouy.inra.fr/?q=fr/formations
Environments and best practices for using the BiRD cluster
Objectives - Understand and implement the principles of reproducible science in analysis and development projects - Acquire b…
Exploration de la Diversité Taxonomique des Ecosystèmes par Metabarcoding
En matière de prospectives scientifiques, l’INSU OA, le CNRS et l’IRD ambitionnent de caractériser la biodiversité environnemen…
FAIR_bioinfo_@_AuBi
Introduction aux bonnes pratiques en bio-informatique afin de pérenniser son travail de recherche. Cette formation permet de…
Fc3-Bio
1 à 4 séances de deux jours par an
Formation ABiMS
L'offre de formation repose sur des modules de formation d'initiation aux environnements (Linux, Cluster, etc.), d'utilisation …
Formation au logiciel R
Introduction au logiciel R et à son utilisation pour réaliser des graphiques et faire des analyses statistiques basiques en bio…
Formation bioinformatique IRD Montpellier
Septembre 2013 (25 personnes) et Octobre 2012 (32 personnes)
Formation continue CNRS
Phylogénie moléculaire, introduction aux notions d'évolution moléculaire et de phylogénie. Modèles d'évolution des séquences, m…
Formation continue INRA
Bioanalyse, analyse de séquences (alignement, blast), bases de données, analyse de NGS via galaxy (Chi-Seq, RNA-seq). Fouille d…
Formation de chercheurs
 lors de Workshop (organisation de séances de travaux pratiques)  pour des formations individuelles
Formation des post-doctorants
Pour la recherche et l’annotation des IS.
Formation d'initiation à la plateforme de stockage d'imagerie OMERO
Cette session d'introduction a pour objectif la prise en main d'OMERO et le chargement d'images vers l'instance OMERO hébergée …
Formation galaxy
Octobre 2013 Juin 2012
Formation Principes FAIR dans un projet de bioinformatique
Cette formation sur 3 jours est destinée à des bioinformaticiens et biostatisticiens souhaitant acquérir des compétences théori…
Formation Professionnelles
Séminaires et conférences invitées : 6 par an en moyenne DIU Oncogénétique DESC Cytogénétique
Formations à la plate-forme Microscope
The LABGeM team at Genoscope regularly organizes training courses dedicated to the analysis of bacterial genomes via the use of…
Formations Universitaire
Organisatrice et responsable du module « cellule épithéliale et cancer » de l’option B2PCR du M2 BCPP (Biologie Cellulaire, Ph…
Formation universitaire
LABGeM's researchers are involved in different training programs in collaboration with : the University of Paris Saclay: master…
Fouille de texte
http://migale.jouy.inra.fr/?q=fr/formations
FROGS formation : tools for bioinformatics and statistics analyses with amplicon metagenomics data
This training session, organized by Bioinfo Genotoul, Sigenae, NED (GenPhySE) and TWB, is designed to help you to deal with NGS…
Galaxy : first step
Galaxy is a workbench available for biologists from Sigenae Platform. Galaxy objectives are:     First, making bioinfo Linux to…
Galaxy : first step
  Le programme de cette introduction à Galaxy est le suivant : présentation de Galaxy, se connecter à l’instance toulousaine, …
Galaxy: metagenomic: sequence analysis of amplicons from MiSeq and 454 sequencing with FROGS with Galaxy first step and statistics
This training session, organized by Bioinfo Genotoul, Sigenae, NED (GenPhySE) and TWB, is designed to help you to deal with NGS…
Galaxy : Reads alignment and SNP calling
As the command line training but with Galaxy. Organized jointly by the Sigenae and bioinfo genotoul platforms.
Galaxy : RNASeq alignment and transcripts assemblies
As the command line training but with Galaxy. Organized jointly by the Sigenae and the Bioinfo Genotoul platforms.
Galaxy : sRNAseq
As the command line training but with Galaxy. Organized jointly by the Sigenae and Bioinfo Genotoul platforms.
Genopole Autumn School
Cette formation est dédiée aux chercheurs, ingénieurs et doctorants et dispensée en anglais par des experts internationaux de l…
Gestion des données d’expériences de phénotypage de plantes : standards et cas d’utilisation
Présentation des standards MIAPPE et CropOntology, présentation rapide de FAIDARE et FAIRDOM
Graphiques sous R avec ggplot2 / Graphics with R-ggplot2
Objectifs pédagogiques : À l’issue de la formation, les stagiaires connaîtront les principales fonctionnalités du package R « …
Guide de survie à Perl pour la bioinformatique
This course provides an introduction to programming using Perl and at the end of the training, participants could write simple …
H2020-AGENT Datathon on experimental phenotypic data management using the FAIRDOM platform
INRAE will host a datathon on experimental phenotypic data management using the FAIRDOM platform, and submission workflow using…
hands-on NGS course
The aim of this course is to provide students with theory and practical tools to analyze Next Generation Sequencing (NGS) data.…
HUBzero : Plateforme web open-source de collaboration scientifique
Les projets de recherche sont de plus en plus multi-disciplinaires et multi-site. Afin de faciliter la gestion de groupe, la ge…
IFSBM
UFR médecine Paris-Sud (mai 2015). Big data en médecine. Acquisition et analyse des données de haut débit dans le but de détec…
IMGT® standards, databases, tools and web resources
Presentation of IMGT® patterns and resources for the study of genes, expressed repertoires and three-dimensional structures of …
Improve your command line skills by learning a few words of Perl
This “Perl one-liners” training session is organized by the Sigenae platform. Perl one-liners are small and awesome Perl progra…
Ingenuiy Pathways Analysis Workshop
The User Group Meeting will consist of talks, customer case studies and interactive feedback sessions where new and existing us…
Initiation à Galaxy
Bilille organise régulièrement des formations d'initiation à l'outil Galaxy d'une journée, destinée aux biologistes et médecins…
Initiation à Galaxy / Galaxy Initiation
Objectifs - Savoir exploiter l’environnement Galaxy pour être en mesure d’analyser ses données. - Être en mesure de créer ses…
Initiation à Git / Git Initiation
Objectifs - Savoir définir ce qu’est un outil de gestion de version - Être capable d’initialiser un entrepôt Git pour un proj…
Initiation à la ligne de commande
L’objectif de cette formation est de se familiariser à l’utilisation de la ligne de commande pour un usage sur un cluster de c…
Initiation à l'analyse de données avec R
Le cours s’adresse à des personnes qui veulent apprendre ou ré-apprendre à utiliser les statistiques à bon escient pour leurs p…
Initiation à l’analyse de données de type RAD par le pipeline Stacks sous la plateforme web d’analyse de données Galaxy
Cette formation initie l’utilisation de Stacks dans l’environnement Galaxy. En se basant sur une plateforme web, comme c’est la…
Initiation à la phylogénie
http://migale.jouy.inra.fr/?q=fr/formations
Initiation à la plateforme web GALAXY : L’analyse de données biologiques pour tous !
Présentation L’analyse des données biologiques nécessite de plus en plus l’utilisation de ressources et d’environnements inform…
Initiation à la programmation en R
Se familiariser avec R dans le but d’utiliser ce logiciel pour faire des modèles linéaires
Initiation à Linux / Introduction to Linux
Objectifs pédagogiques À l'issue de la formation, les stagiaires connaîtront les principales commandes Linux et sauront utilis…
Initiation à l’utilisation de Galaxy
Objectifs pédagogiques : Cette formation propose une introduction sur l’interface utilisateur et les fonctionnalités générales…
Initiation à l’utilisation de la plateforme de bio-analyse Galaxy
L’objectif est de se familiariser avec l’interface utilisateur de Galaxy. Après une introduction à Galaxy, une session prat…
Initiation à Perl
Objectifs Initiation à la programmation. Identifier les possibilités offertes par l’écriture de quelques lignes de code. Réal…
Initiation à Python
Objectifs Initiation à la programmation. Réalisation de tâches simples d'extractions d'informations. Identifier les possibili…
Initiation à Python / Introduction to Python
Objectifs pédagogiques A l’issue de la formation, les stagiaires seront capables de : maitriser les éléments de base du l…
Initiation à R
Objectifs - Présenter le langage de programmation R et ses principes. - Utiliser les principales fonctionnalités de ce langag…
Initiation à R / R Initiation
Objectifs - Pour une personne qui découvre R : savoir utiliser R de manière autonome et comprendre les principes de base - Ê…
Initiation to NGS Workflow Managers developed within the South Green Platform: Galaxy and TOGGLe
This course introduces the 2 commonly used workflow managers in the South Green Bioformatics platform, both in a theoretical an…
Initiation to R language
OBJECTIVES : * Acquire basic knowledge on the R language * Experience the main features of R * Be autonomous in handling data …
InSilicoDb Analysis Training
Interrogating public and private gene expression datasets for bio-medical researchers. This workshop will you  teach about two …
Installing and Managing a High-Performance Computing (HPC) Cluster
This course ran for 5 days covering all the concepts necessary to  install and manage a high-performance computing (HPC) cluste…
Intégration d'outils dans Galaxy
Galaxy (https://galaxyproject.org/) est une plateforme permettant d’intégrer et d’exécuter via une interface graphique des outi…
INTRODUCTION À L'ANALYSE DE DONNÉES
L'utilisation de plus en plus répandue de techniques d’imagerie et de séquençage à haut-débit en biologie est en train de révo…
Introduction à l'analyse de données de métabarcoding 16S avec Galaxy
L’objectif de cette formation est de se familiariser avec les étapes et les outils pour analyses de données de métabarcoding 16…
Introduction à l'analyse de données de séquençage avec contrôle qualité et alignement sur un génome de référence avec Galaxy
L’objectif de cette formation est de se familiariser avec les premières étapes communes à toutes les analyses de données de séq…
Introduction à l'analyse de données métatranscriptomiques avec Galaxy
L’objectif de cette formation est de se familiariser avec les étapes et les outils d’analyse de données métatranscriptomiques d…
Introduction à l’analyse des données de grande dimension
Cours d’introduction à l’analyse des données de grande dimension dans le cadre de l’enseignement de Biomédecine quantitative en…
Introduction à l'analyse de séquences nucléiques Du séquençage à l'annotation : aspects théoriques et pratiques
https://www.biosciencesco.fr/formations/bio-informatique/introduction-a-lanalyse-de-sequences-nucleiques-du-sequencage-a-lannot…
Introduction à l'analyse d’images avec Galaxy
L’objectif de cette formation est de se familiariser avec les premières étapes à l’analyse d’images. Nous proposons au personne…
Introduction à l'annotation de génomes bactériens avec Galaxy
L’objectif est cette formation de se familiariser avec les étapes et les outils pour annoter des génomes bactériens. Nous propo…
Introduction à la phylogénie moléculaire
Le C3BI propose des cours pour acquérir les notions théoriques de phylogénie et maitriser les outils et logiciels. Les cours d'…
Introduction à la Phylogénie Moléculaire : CONCEPTS, METHODES ET OUTILS
Le C3BI (Institut Pasteur) propose des cours pour acquérir les notions théoriques de phylogénie et maitriser les outils et logi…
Introduction à la segmentation des nucléoles et extraction de caractéristiques avec Galaxy
L’objectif de cette formation est de se familiariser avec les premières étapes à l’analyse d’images. Nous proposons au personne…
Introduction au language R / Introduction to R langage
Objectifs pédagogiques : À l’issue de la formation, les stagiaires connaîtront les principales fonctionnalités du langage R et…
Introduction au logiciel R
Objectifs de la formation Acquérir les compétences nécessaires à l’utilisation du logiciel R Connaître les principales analys…
Introduction au profilage taxonomique et visualisation de communautés microbiennes à partir de données métagénomiques avec Galaxy
L’objectif de cette formation est de se familiariser avec les étapes et les outils d’analyse de données de métagénomiques pour …
Introduction au text-mining avec AlvisNLP
Objectifs pédagogiques Cette formation est dédiée à l’analyse de données textuelles (text-mining). L’objectif est l’acquisitio…
Introduction aux bonnes pratiques pour des analyses reproductibles
Objectifs pédagogiques L’objectif de cette formation est d’initier les apprenants aux bonnes pratiques pour la reproductibil…
Introduction to bioinformatics for 1st year Master in integrative Plant Biology, Strasbourg University
2H / year of hands-on introduction to bioinformatics for 1st year Master in integrative Plant Biology, Strasbourg University
Introduction to data analysis with R
The program includes an introduction: Approaches in biostatistics and research, explaining to participants the principles, meth…
Introduction to galaxy: looking for variants in prokaryotes
This course will focus on the technical aspects of using a galaxy server. Accessible without any prerequisite in computer scien…
Introduction to High-performance computing
This course offers an introduction on how to work with HPC Southgreen clusters. It is intended for new users, with the goals of…
Introduction to Linux
Objectives - Understand the principles and advantages of the Linux system - Know and use the main bash commands. Ability to c…
Introduction to Machine Learning Using R
With the rise in high-throughput sequencing technologies, the volume of omics data has grown exponentially in recent times and …
Introduction to Microbial Comparative Genomics
This course offers an introduction to microbial genomics analysis. It includes 5 issues: assembly, genome annotation, circos v…
Introduction to molecular phylogeny
Training organized by CNRS Entreprises
Introduction to Oxford Nanopore Technology data analyses
This course offers an introduction to ONT data analysis. It includes 5 issues: basecalling, reads quality control, assemblies a…
Introduction to python
This course provides an introduction to programming using python. At the end of the training, participants should be able to wr…
Introduction to R Language
https://cnrsformation.cnrs.fr/stage-19024-Langage-R--introduction.html?a...
Introduction to Structural variant detection analyses
Program * Handling mapping tools suitable for ILLUMINA and ONT data (bwa, minimap2) * SNP detection from mapping of short…
Introduction to the use of a computing cluster
Knowledge of the concepts and best practices for using the computing resources of the mesocenter cluster Clermont Auvergne in a…
Introduction Unix pour les biologistes
https://www.biosciencesco.fr/formations/bio-informatique/introduction-unix-pour-les-biologistes/
LeiSHield training course on Next Generation Sequencing
The primary aim of this course was to provide a basic understanding of the Leishmania genome, NGS technology and analysis tools…
Les langages de workflows pour une analyse bioinformatique reproductible / Workflow languages for reproducible bioinformatics analysis
L’Institut Français de Bioinformatique (IFB) organise en partenariat avec iPOP-UP (représenté par EDC) une formation sur les la…
Licence 2 Science de la Vie
2 UE fondamentales avec un enseignement de biostatistiques (statistiques descriptives, lois, tests, régression linéaire, analys…
Licence 3 Science de la Vie
2 UE fondamentales avec un enseignement de biostatistiques (statistiques descriptives, lois, tests, régression linéaire, analys…
Licence en siences de la vie, Aix-Marseille (AMU)
Licence 2 bioinformatique appliquée (Van Helden J)
Licence Professionnelle de Biotechnologies spécialité génomique
Intervention sous la responsabillté du Pr Joël Lachuer
Linking gene and function, comparative genomics tools for biologists
More than twenty years after the first bacterial genome has been sequenced, microbiologists are faced with an avalanche of geno…
LINUX
This training session is organized by the Genotoul bioinfo platform and aims at learning sequence analysis. This training sessi…
Linux
Formation Linux
Linux Avancé / Advanced Linux
Objectifs - Savoir utiliser des commandes linux pour traiter de grosses quantités de données : fichiers volumineux et/ou en g…
Linux et script pour la bioinformatique
Pour la plupart des tâches communes, le système Linux (libre et gratuit) peut avantageusement remplacer les systèmes d'exploita…
Linux for Dummies
This course offers an introduction to work with Linux. We will describe the Linux environment, the first linux commands so part…
Linux For Jedi
This course offers to develop and enhance advanced Linux shell command line and scripting skills for the processing and analysi…
Linux - Initiation / Linux for Beginners
Objectifs : - Être capable de se connecter à une machine Linux - Être capable de transférer des fichiers à partir de/vers une…
M2 « BioStatistique, BioInformatique, BioMathématique en Santé (B3S) »
DU master de Santé Publique (responsables Pr Pascal Roy, Dr Delphine Maucort-­‐Boulch)
M2 « Technologies à Haut Débit en Cancérologie »
 DU master de Cancérologie (Responsable Dr Claire Bardel)
Manipulating & Visualizing Data with R
Objectifs - Importer, structurer, transformer et exporter un tableau de données avec R - Générer des figures de qualité pour,…
Manipulation de données avec R, introduction à tidyverse
Objectifs pédagogiques A l’issue de la formation, les stagiaires seront capables de : * utiliser les principales fonctions de…
Manual curation of Transposable element annotation
URGI organizes a BYOD-­style (Bring Your Own Data) training course on manual curation of transposable elements reference sequen…
Master Bio-informatique
Forme au traitement et à l'analyse des données « à haut débit » (génomique, transcriptomique, protéomique, métabolomique). Cett…
Master Bioinfo Toulouse
Organized by Sigenae and Bioinfo Genotoul platforms.
Master Biostatistiques
Deux objectifs sont visés par la formation. Le premier est de former des chercheurs ou enseignants-chercheurs dans le domaine d…
Master de Bioinformatique, Biochimie Structurale et Génomique
Analyse statistique des données génomiques. Méthodes bioinformatiques pour la cis-régulation. Méthodes bioinformatiques pour la…
Master Sciences & Numérique pour la Santé
La spécialité BCD a pour objectif de former les étudiants issus des Sciences du vivant (agronomie, biologie moléculaire, cellul…
Metabarcoding analyses (using FROGS in Galaxy and Phyloseq)
This course offers an introduction to metabarcoding analyses at two different levels/steps: bioinformatics with FROGS pipeline …
Methods for phylogenetics trees construction
This training session is organized by the bios4Biol CATI and aims at training participants to construct and interpret phylogene…
Modélisation 3D des protéines
Objectifs Connaître les bases de la modélisation moléculaire : modélisation par homologie, arrimage (docking) de ligands, mut…
Modélisation in silico de structures 3D de protéines. Prédiction de mutations, de fixation de ligands
Objectifs pédagogiques A l’issue de la formation, les stagiaires connaîtront les principales fonctionnalités du logiciel PyMOL…
Modules Biologie École Doctorale SVSAE
Les UE de bioinformatique de la spécialité AMD sont ouvertes aux doctorants de l'école doctorale SVSAE dans le cadre de leur fo…
Molecular Phylogeny - Level 1
OBJECTIF - Savoir inférer un arbre phylogénétique et l'interpréter PRÉREQUIS - Savoir ce à quoi correspondent des séquence…
Molecular Phylogeny - Level 2
OBJECTIF - Être capable de tester des hypothèses et d'ajuster des modèles permettant de comprendre l'évolution à l'échelle mol…
NGS data analysis
 Master 2 Bioinformatics research students, University of Bordeaux.
NGS data analysis on the command line
This hands-on course will teach bioinformatic approaches for analyzing Illumina sequencing data. Our goal is to introduce the c…
Partek Workshop
Introduction to Partek® software and the principles of RNA-seq data analysis DNA-Seq analysis and annotations with Partek® Geno…
Perl avancé
Objectifs Aller plus loin avec Perl afin d’être autonome pour des manipulations complexes visant à extraire et reformater des…
Phylogénie moléculaire
- Acquérir des connaissances théoriques et pratiques en phylogénie moléculaire - Être autonome dans la conduite d'une analyse p…
Phylogénie moléculaire
Les objectifs sont : 1. Acquérir des connaissances théoriques et pratiques en phylogénie moléculaire. 2. Être autonome dans la…
Phylogenomy and selection pressure
This training session is organized by the bios4Biol CATI. Morning : phylogenomics The morning course will provide insigths abou…
Pipelines et méthodes bioinformatiques pour l'analyse de données de séquençage (NGS)
Bilille propose des formations en partenariat avec CNRS Formation Entreprises à destination des chercheur-euse-s, enseignant-e-…
Presentation of IMGT® standards, databases, tools and web resources
Presentation of IMGT® patterns and resources for the study of genes, expressed repertoires and three-dimensional structures of …
Principes FAIR dans un projet de bioinformatique
L’Institut Français de Bioinformatique (IFB) organise en partenariat avec l’Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2B…
Principes FAIR pour la gestion des données de recherche en sciences de la vie
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Principes FAIR pour la gestion des données d'une plateforme IBISA
Cette session de formation a pour but de former des responsables et membres de plateformes IBISA aux principes FAIR de gestion …
Programmation et scripting
 Ce cours s'adresse à toute personne de l'institut Pasteur ou appartenant au réseau international (RIIP) souhaitant acquérir de…
Python avancé
Objectifs Etre autonome pour des manipulations simples visant à extraire, reformater des données issues de fichiers texte.   …
Python scripts for bioinformatics and Linux
OBJECTIFS - Connaître les principes et les avantages du système Linux - Connaître et savoir utiliser les commandes de base pe…
R Biostats Network
The program provides an introduction to biostatistical approaches. The principles, methodologies, uses, and applications of sta…
Read alignment and SNP calling
This training session, organized jointly with the Sigenae platform, is designed to help you deal with NGS data, in particular R…
REPET: detection and annotation of repeats
Training and accompanying at URGI (one week) on data provided by the trainee: use of the 2 main pipelines (TEdenovo et TEannot)…
Reproducible Research
The following topics and tools are covered in the course: Data management Project organisation Git Conda …
RNASEQ ALIGNMENT, QUANTIFICATION AND TRANSCRIPT DISCOVERY WITH STATISTICS
The Toulouse Genotoul bioinformatics platform, in collaboration with the Genotoul Biostatistics platform, and the MIAT unit, or…
RNASeq analyses (using Galaxy and TOGGLe)
This course offers an introduction to RNASeq analyses using two different workflow management systems: Galaxy and TOGGLe. This …
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RNASeq Analysis
Objectives - Understand the key steps in RNASeq data analysis for a differential expression study - Know how to perform comma…
RNASeq data analysis
Objectives :     Understand the main steps in analyzing RNAseq data for a differential gene expression study     How to perfor…
RNAseq de novo assembly
This training session has been designed to give you an overview of the methods and tools used to de novo assemble transcriptomi…
Rôles multiples de l’ARN
Ce cours théorique et pratique de deux semaines est orienté sur les méthodes pour étudier la synthèse, maturation et la dégrada…
Sequences alignment and phylogeny
This training session is organized by the bios4Biol CATI and the genotoul bioinfo platform and aims at initiating participants …
SHORT-READ ALIGNMENT AND SMALL SIZE VARIANTS CALLING
This training session, organized jointly with the Sigenae platform, is designed to introduce NGS data, in particular Illumina S…
Single-Cell : Transcriptomics, Spatial and Long reads
This workshop focuses on the large-scale study of heterogeneity across individual cells from a genomic, transcriptomic and epig…
sRNASeq
This training session is designed to help you to deal with small RNA sequences produced from the SGS (Second Generation Sequenc…
« STATIMAGE», Statistiques pour l’imagerie de microscopie
L’objectif de cette formation est de donner aux ingénieurs des plates-formes d’imagerie cellulaire et aux personnes qui util…
Summer School Multi-omics Data Analysis and Integration
Researchers often have access to or generate multiple omics data (RNAseq, metabolomics, lipidomics, proteomics…) within a singl…
SUPAGRO
Février 2012, 2013 et 2014
Survival Guide for Perl applied to Bioinformatics
  This course provides an introduction to programming using Perl and at the end of the training, participants could write s…
Tools for phylogenetic analysis
You will learn How to find homologs, make multiple alignments, reconstruct the phylogeny, visualize the tree. At the end of …
TP de bio-informatique
Alignement multiple de séquence, utilisation de BLAST, FASTA, et Geno3D. Faculté de pharmacie, L3
Training on annotation of transposable elements
The objectives of this training are:  To acquire knowledge on transposable elements To achieve annotation of transposable eleme…
Training to the GnpIS information system
Detailed presentation of GnpIS: - How to request through various forms (quick-search or module specific) - How to browse the sy…
Train-the-Trainer
The programme objective is to give instructors tools and tips for providing an enriching learning experience to trainees, irres…
Traitement bioinformatique et analyse différentielle de données d’expression RNA-seq sous Galaxy
Objectifs pédagogiques A l’issue de cette formation, vous serez capable, dans le cadre d’une analyse de données RNA- seq avec …
Traitement des données NGS sous Galaxy
http://migale.jouy.inra.fr/?q=fr/formations
Traitements bioinfo RNA-seq
Objectifs Connaitre les concepts et méthodes bioinformatiques utilisées pour l’analyse de données RNA-Seq eucaryote et procar…
Using sed and awk to modify large large text files
Many analysis generate large result text files which have to be checked, merged, split, reduced. Several tools have been develo…
Utilisation du cluster - SLURM / Cluster usage - SLURM
Objectifs - Disposer des concepts et de bonnes pratiques d’utilisation des ressources de calcul. - Être capable d’utiliser le…
WAVES Training
Workshop to train users to WAVES : a Web Application for Versatile Enhanced Bioinformatic Services
WAVES Training 2019
Bilille and ATGC organize a workshop to train users to WAVES, a Web Application for Versatile Enhanced Bioinformatic Services.
Workflow4metabolomics
Processing, statistical analysis, and annotation of metabolomics data is a complex task for experimenters since it involves man…
Workshop, introduction to JalView editor
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Dans le cadre du réseau métier ingénieur.e.s lillois, bilille organise un workshop de 2 jours autour de la communauté internati…