Training List
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{ "count": 370, "next": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/training/?format=api&limit=20&offset=340&ordering=accessConditions", "previous": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/training/?format=api&limit=20&offset=300&ordering=accessConditions", "results": [ { "id": 294, "name": "Linux for Dummies", "shortName": "", "description": "This course offers an introduction to work with Linux. We will describe the Linux environment, the first linux commands so participants can start to utilize command-line tools and feel comfortable using bioinformatics softwares through a linux terminal", "homepage": "https://southgreenplatform.github.io/trainings//linux/", "is_draft": false, "costs": [], "topics": [], "keywords": [], "prerequisites": [], "openTo": "Internal personnel", "accessConditions": "Open to South Green close collaborators", "maxParticipants": 15, "contacts": [], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [], "organisedByTeams": [ { "id": 24, "name": "South Green", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/South%20Green/?format=api" } ], "logo_url": "https://southgreenplatform.github.io/trainings//images/southgreenlong.png", "updated_at": "2023-12-04T15:05:31.847400Z", "audienceTypes": [], "audienceRoles": [], "difficultyLevel": "Novice", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "", "hoursPresentations": 3, "hoursHandsOn": 4, "hoursTotal": 7, "personalised": false, "event_set": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/468/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/555/?format=api" ] }, { "id": 312, "name": "Introduction to python", "shortName": "", "description": "This course provides an introduction to programming using python. At the end of the training, participants should be able to write simple python programs to handle biological data and to understand more complex programs written by others.\r\nNote : This course in currently available only in french", "homepage": "https://southgreenplatform.github.io/trainings//python/", "is_draft": false, "costs": [ "Free" ], "topics": [], "keywords": [], "prerequisites": [ "Linux - Basic Knowledge" ], "openTo": "Internal personnel", "accessConditions": "Open to South Green close collaborators", "maxParticipants": 15, "contacts": [], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [], "organisedByTeams": [ { "id": 24, "name": "South Green", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/South%20Green/?format=api" } ], "logo_url": "https://southgreenplatform.github.io/trainings//images/southgreenlong.png", "updated_at": "2022-06-02T11:50:50.812642Z", "audienceTypes": [], "audienceRoles": [], "difficultyLevel": "Novice", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "", "hoursPresentations": 10, "hoursHandsOn": 18, "hoursTotal": null, "personalised": false, "event_set": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/470/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/556/?format=api" ] }, { "id": 313, "name": "RNA-Seq analysis", "shortName": "", "description": "Introduction to RNA-Seq analysis", "homepage": "https://southgreenplatform.github.io/trainings//rnaseq/", "is_draft": false, "costs": [ "Free" ], "topics": [], "keywords": [], "prerequisites": [ "Linux - Basic Knowledge" ], "openTo": "Internal personnel", "accessConditions": "Open to South Green close collaborators", "maxParticipants": 15, "contacts": [], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [], "organisedByTeams": [ { "id": 24, "name": "South Green", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/South%20Green/?format=api" } ], "logo_url": "https://southgreenplatform.github.io/trainings//images/southgreenlong.png", "updated_at": "2023-12-04T15:04:39.023455Z", "audienceTypes": [], "audienceRoles": [], "difficultyLevel": "Intermediate", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "", "hoursPresentations": 6, "hoursHandsOn": 8, "hoursTotal": 14, "personalised": false, "event_set": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/473/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/471/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/563/?format=api" ] }, { "id": 348, "name": "Advanced HPC Trainings", "shortName": "", "description": "This course continues the explanation on how to work on HPC Southgreen clusters. It is intended for experienced users, with the goals of improving LC user productivity and minimizing the obstacles. New notions and tools are presented such as job arrays, basic softwares installation,module environment and singularity. All these notions will be developped.", "homepage": "https://southgreenplatform.github.io/trainings//Advanced_HPC/", "is_draft": false, "costs": [ "Free" ], "topics": [], "keywords": [ "HPC", "SLURM" ], "prerequisites": [], "openTo": "Internal personnel", "accessConditions": "Oprn to South Green close collaborators", "maxParticipants": 20, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/589/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 85, "name": "IRD", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IRD/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 24, "name": "South Green", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/South%20Green/?format=api" } ], "logo_url": "https://southgreenplatform.github.io/trainings//images/southgreenlong.png", "updated_at": "2023-12-04T14:46:58.108350Z", "audienceTypes": [ "Professional (continued)" ], "audienceRoles": [ "All" ], "difficultyLevel": "", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "", "hoursPresentations": null, "hoursHandsOn": null, "hoursTotal": null, "personalised": null, "event_set": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/557/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/565/?format=api" ] }, { "id": 40, "name": "Formation ABiMS", "shortName": "", "description": "L'offre de formation repose sur des modules de formation d'initiation aux environnements (Linux, Cluster, etc.), d'utilisation des outils (Galaxy, etc.) et langages (PERL, R, etc.), et de compréhension des méthodes (RNA-seq, Analyses statistiques, etc.). ABiMS est également en mesure de proposer des formations à façon pour des communautés (e.g. Métabolomique) ou des projets (École thématique).\nUniversitaires.\n \nGalaxy pour l'analyse de données métabolomique (1 jour)\nCluster (1 jour)\nLinux Initiation (1 jour)\nLinux avancé (1 jour)\nLinux scripting (1 jour)\nGalaxy initiation (1 jour)\nGalaxy RNAseq de novo/avec référence & cleaning (2 jours)\nGalaxy : initiation à la phylogénie (2 jours)\nR initiation (1 jour)\nR avancé (1 jour)\n", "homepage": "", "is_draft": false, "costs": [], "topics": [], "keywords": [ "Autre" ], "prerequisites": [], "openTo": "Internal personnel", "accessConditions": "Ouvert à tous avec facturation\n", "maxParticipants": null, "contacts": [], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [], "organisedByTeams": [], "logo_url": "", "updated_at": "2022-06-02T11:50:50.812642Z", "audienceTypes": [], "audienceRoles": [], "difficultyLevel": "", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "", "hoursPresentations": null, "hoursHandsOn": null, "hoursTotal": null, "personalised": null, "event_set": [] }, { "id": 146, "name": "Introduction à la Phylogénie Moléculaire : CONCEPTS, METHODES ET OUTILS", "shortName": "", "description": "Le C3BI (Institut Pasteur) propose des cours pour acquérir les notions théoriques de phylogénie et maitriser les outils et logiciels.\nLes cours d’”Introduction à la phylogénie moléculaire” sont ouverts à tous (inscription obligatoire pour les cours et travaux pratiques dans la limite des places disponibles).\nIl est possible de ne s’inscrire que pour la partie théorique. Ces cours sont dispensés en langue française.\nLundi 14 Novembre (9h30-12h30): Présentation des principales banques de données et BLAST\nMardi 15 Novembre (9h30-11h00): Alignements Multiples\nMercredi 16 Novembre (9h30-11h00): Introduction à la Phylogénie\nJeudi 17 Novembre (9h30-11h00): Modèles d’évolution\nVendredi 18 Novembre (9h30-11h00): Approches par Maximum de Parcimonie\nLundi 21 Novembre (9h30-11h00): Méthodes de Distance\nMardi 22 Novembre (9h30-11h00): Méthodes de Vraisemblance\nMercredi 23 Novembre (13h30-15h00): Reconstruction Phylogénétique & Approches Bayésiennes\nJeudi 24 Novembre (9h30-11h00): Inférence des Forces Sélectives\nVendredi 25 Novembre (9h30-11h00): Choix des Méthodes et Interprétation\nprogramme complet \ninscription par mail à formation@pasteur.fr (avec le sujet “Phylogénie Moléculaire”) + formulaire \n", "homepage": "https://c3bi.pasteur.fr/training-introduction-a-la-phylogenie-moleculaire-concep…", "is_draft": false, "costs": [], "topics": [], "keywords": [ "Phylogeny" ], "prerequisites": [], "openTo": "Internal personnel", "accessConditions": "ouvert à tous (chercheur,ingénieur, étudiant) mais inscription obligatoire par mail à formation@pasteur.fr (avec le sujet “Phylogénie Moléculaire”) + formulaire \n", "maxParticipants": null, "contacts": [], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [], "organisedByTeams": [], "logo_url": "", "updated_at": "2022-06-02T11:50:50.812642Z", "audienceTypes": [], "audienceRoles": [], "difficultyLevel": "", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "", "hoursPresentations": null, "hoursHandsOn": null, "hoursTotal": null, "personalised": null, "event_set": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/275/?format=api" ] }, { "id": 134, "name": "Initiation à l'analyse de données avec R", "shortName": "", "description": "Le cours s’adresse à des personnes qui veulent apprendre ou ré-apprendre à utiliser les statistiques à bon escient pour leurs propres projets. L’objectif est de présenter et expliquer les principales notions de statistiques utiles pour décrire un jeu de données, en explorer les propriétés afin d’en tirer des conclusions robustes, utiliser à bon escient les méthodes les plus courantes (tests d’hypothèse, ACP, …) et savoir lire, interpréter (et éventuellement aborder d’un œil critique) les résultats présentés dans les publications. Nous utiliserons le moins possible le formalisme mathématique mais insisterons sur les propriétés des méthodes, leurs pré-requis, l’interprétation des résultats. Nous aborderons les notions d’analyse exploratoire, ACP, clustering, estimation, échantillonnage, régression, tests d’hypothèse, planification d’expérience\nCe cours est une initiation à l’analyse de données. Il est préférable d’avoir une connaissance minimale de R. Dans le cas contraire, un tutoriel d’initiation est disponible sur la page web du cours et les notions de base de R seront rappelées pendant la pratique. Pour les personnes n’ayant jamais utilisé R, il peut être utile d’avoir des connaissances de base en programmation, quel que soit le langage.\nLes cours seront donnés en Français et alterneront théorie et pratique avec RStudio. Il est demandé à chaque participant de venir avec un ordinateur portable chargé sur lequel il aura préalablement installé les éléments nécessaires (R, Rstudio et les fichiers de données sur lesquels nous travaillerons). La liste complète des fichiers et logiciels nécessaires sera disponible sur la page web du cours une dizaine de jours avant le début de la session.\nderniere session: Mar 2016\n \n", "homepage": "https://c3bi.pasteur.fr", "is_draft": false, "costs": [], "topics": [], "keywords": [ "Biostatistics", "Programming Languages & Computer Sciences", "Statistical Tests", "R Language", "Descriptive statistics" ], "prerequisites": [], "openTo": "Internal personnel", "accessConditions": "ouvert à tous, sur inscription.\n", "maxParticipants": null, "contacts": [], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [], "organisedByTeams": [], "logo_url": "", "updated_at": "2022-06-02T11:50:50.812642Z", "audienceTypes": [], "audienceRoles": [], "difficultyLevel": "", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "", "hoursPresentations": null, "hoursHandsOn": null, "hoursTotal": null, "personalised": null, "event_set": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/534/?format=api" ] }, { "id": 304, "name": "Initiation à Galaxy", "shortName": "Bilille Galaxy Init", "description": "Bilille organise régulièrement des formations d'initiation à l'outil Galaxy d'une journée, destinée aux biologistes et médecins désirant découvrir le traitement bioinformatique de données via une interface conviviale.\r\n\r\nGalaxy est très répandu pour l’analyse de données omiques, telles que données de séquençage ou données de puces à ADN. \r\nC'est l'environnement qui est utilisé lors du cycle de formation “Analyse de données de séquençage à haut-débit”.", "homepage": "https://bilille.univ-lille.fr/training/training-offer", "is_draft": false, "costs": [ "Free" ], "topics": [], "keywords": [ "Galaxy" ], "prerequisites": [], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "Ouvert en priorité aux participants du cycle Analyse NGS organisé par Bilille.", "maxParticipants": null, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/763/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/487/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [], "organisedByTeams": [ { "id": 3, "name": "Bilille", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Bilille/?format=api" } ], "logo_url": "https://bilille.univ-lille.fr/fileadmin/_processed_/9/2/csm_logo_bilille_complet_65be9bda8b.png", "updated_at": "2024-12-09T17:41:37.266949Z", "audienceTypes": [], "audienceRoles": [], "difficultyLevel": "", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "", "hoursPresentations": null, "hoursHandsOn": null, "hoursTotal": null, "personalised": null, "event_set": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/676/?format=api" ] }, { "id": 275, "name": "Single-Cell : Transcriptomics, Spatial and Long reads", "shortName": "SincellTE", "description": "This workshop focuses on the large-scale study of heterogeneity across individual cells from a genomic, transcriptomic and epigenomic point of view. New technological developments enable the characterization of molecular information at a single cell resolution for large numbers of cells. The high dimensional omics data that these technologies produce raise novel methodological challenges for the analysis. In this regard, dedicated bioinformatics and statistical methods have been developed in order to extract robust information.\r\n\r\nThe workshop aims to provide such methods for engineers and researchers directly involved in functional genomics projects making use of single-cell technologies. A wide range of single cell topics will be covered in lectures, demonstrations and practical classes. Among others, the areas and issues to be addressed will include the choice of the most appropriate single-cell sequencing technology, the experimental design and the bioinformatics and statistical methods and pipelines. For this edition, new courses/practicals will focus on spatial transcriptomics, cell phenotyping and additional multi-omics.\r\n\r\nA wide range of single cell topics will be covered in lectures, demonstrations and practical classes. Among others, the areas and issues to be addressed will include the choice of the most appropriate single-cell sequencing technology, the experimental design and the bioinformatics and statistical methods and pipelines. For this edition, new courses/practicals will focus on spatial transcriptomics, cell phenotyping and additional multi-omics.\r\n\r\nRequirements : Participants must have prior experience on NGS data analysis with everyday use of R and good knowledge of Unix command line. Before the training, participants will be asked to familiarize themselves with the processing and primary analyses steps of scRNA-seq datasets with provided pedagogic material.\r\n\r\nIt is not necessary to have personal single-cell data to analyse.", "homepage": "", "is_draft": false, "costs": [ "Priced" ], "topics": [], "keywords": [], "prerequisites": [ "Master", "Autre (Diplôme universitaire, école d'ingénieur ...)" ], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "Participants must have prior experience on NGS data analysis with everyday use of R and/or Python and good knowledge of Unix command line. Before the training, participants are advised to familiarize themselves with the processing and primary analyses steps of scRNA-seq datasets. \r\nIt is not necessary to have personal single-cell data to analyse.", "maxParticipants": 30, "contacts": [], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 4, "name": "IFB", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB/?format=api" } ], "organisedByTeams": [], "logo_url": "https://ressources.france-bioinformatique.fr/sites/default/files/sincellTE_logo_0_2.png", "updated_at": "2024-03-20T09:31:42.144175Z", "audienceTypes": [], "audienceRoles": [ "Researchers", "Life scientists", "Biologists", "Bioinformaticians" ], "difficultyLevel": "Intermediate", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "", "hoursPresentations": null, "hoursHandsOn": null, "hoursTotal": null, "personalised": null, "event_set": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/199/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/405/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/422/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/177/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/606/?format=api" ] }, { "id": 114, "name": "Initiation à la plateforme web GALAXY : L’analyse de données biologiques pour tous !", "shortName": "", "description": "Présentation\nL’analyse des données biologiques nécessite de plus en plus l’utilisation de ressources et d’environnements informatiques difficiles à maîtriser pour le biologiste.\nCette formation présente et décompose l’utilisation de l’environnement Galaxy.\nEn se basant sur une plateforme web, comme c’est la cas avec Mobyle, cet environnement propose une nouvelle approche pour rendre l’analyse biologique plus aisée pour les non- informaticiens.\nObjectifs \nPrise en main de l’environnement Galaxy et des différentes fonctionnalités proposées.\nOrganisation pédagogique \nLa formation comprendra un exposé théorique avec démonstrations pratiques complété par une rapide application sur la manipulation de données de régions génomiques.\nPublic visé\nChercheurs et ingénieurs, biologistes et bio-informaticiens possédant des compétences en développement bio-informatique souhaitant intégrer des outils dans le portail web Galaxy.\nPré-requis\nAucun.\n", "homepage": "", "is_draft": false, "costs": [], "topics": [], "keywords": [ "Galaxy" ], "prerequisites": [], "openTo": "Internal personnel", "accessConditions": "Pas de pré-requis.\n", "maxParticipants": null, "contacts": [], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [], "organisedByTeams": [], "logo_url": "", "updated_at": "2022-06-02T11:50:50.812642Z", "audienceTypes": [], "audienceRoles": [], "difficultyLevel": "", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "", "hoursPresentations": null, "hoursHandsOn": null, "hoursTotal": null, "personalised": null, "event_set": [] }, { "id": 115, "name": "Analyse de données RNAseq sous Galaxy", "shortName": "", "description": "L’analyse des données biologiques nécessite de plus en plus l’utilisation de ressources et d’environnements informatiques difficiles à maîtriser pour le biologiste.\nCette formation présente et décompose l’utilisation de l’environnement Galaxy.\nEn se basant sur une plateforme web, comme c’est la cas avec Mobyle, cet environnement propose une nouvelle approche pour rendre l’analyse biologique plus aisée pour les non- informaticiens.\nObjectifs \nPrise en main de l’environnement Galaxy et des différentes fonctionnalités proposées.\nOrganisation pédagogique \nLa formation est exclusivement orientée pratique! Il s’agir d’utiliser des données de RNAseq fournies par l’UMR 0598 Agrocampus-Ouest / INRA pour utiliser les outils classiques d’analyse de données RNAseq (Tophat, flagstat, Cufflinks, Cuffcompare, Cuffdiff, ou htseq-count, Deseq…)\nPublic visé\nChercheurs et ingénieurs, biologistes souhaitant s’initier à l’analyse de données RNAseq.\n", "homepage": "", "is_draft": false, "costs": [], "topics": [], "keywords": [ "NGS Data Analysis", "Analysis of RNAseq data", "Galaxy" ], "prerequisites": [], "openTo": "Internal personnel", "accessConditions": "Pas de pré-requis.\n", "maxParticipants": null, "contacts": [], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [], "organisedByTeams": [], "logo_url": "", "updated_at": "2022-06-02T11:50:50.812642Z", "audienceTypes": [], "audienceRoles": [], "difficultyLevel": "", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "", "hoursPresentations": null, "hoursHandsOn": null, "hoursTotal": null, "personalised": null, "event_set": [] }, { "id": 103, "name": "Biostatistique avec R", "shortName": "", "description": "Apprendre à se servir du logiciel R dans le contexte de l’analyse de données biologiques tout en consolidant ses connaissances de base en biostatistique\n", "homepage": "", "is_draft": false, "costs": [], "topics": [], "keywords": [ "Programming Languages & Computer Sciences", "R Language" ], "prerequisites": [], "openTo": "Internal personnel", "accessConditions": "Personnel IHU-A-ICM, gratuit\n", "maxParticipants": null, "contacts": [], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [], "organisedByTeams": [], "logo_url": "", "updated_at": "2022-06-02T11:50:50.812642Z", "audienceTypes": [], "audienceRoles": [], "difficultyLevel": "", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "", "hoursPresentations": null, "hoursHandsOn": null, "hoursTotal": null, "personalised": null, "event_set": [] }, { "id": 104, "name": "Initiation à la programmation en R", "shortName": "", "description": "Se familiariser avec R dans le but d’utiliser ce logiciel pour faire des modèles linéaires\n", "homepage": "", "is_draft": false, "costs": [], "topics": [], "keywords": [ "Programming Languages & Computer Sciences", "R Language" ], "prerequisites": [], "openTo": "Internal personnel", "accessConditions": "Personnel IHU-A-ICM, gratuit\n", "maxParticipants": null, "contacts": [], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [], "organisedByTeams": [], "logo_url": "", "updated_at": "2022-06-02T11:50:50.812642Z", "audienceTypes": [], "audienceRoles": [], "difficultyLevel": "", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "", "hoursPresentations": null, "hoursHandsOn": null, "hoursTotal": null, "personalised": null, "event_set": [] }, { "id": 394, "name": "Principes FAIR & Git Initiation", "shortName": "FAIR & GIT - Initiation", "description": "Objectifs\r\n- Principes FAIR :\r\n Connaître les principes FAIR\r\n Être capable de prendre en compte les principes FAIR dans l'ensemble des étapes d'un projet impliquant la \r\n collecte et/ou l'analyse de données\r\n- Initiation à Git :\r\n Savoir définir ce qu’est un outil de gestion de version\r\n Être capable d’initialiser un entrepôt Git pour un projet\r\n Être capable de définir quels fichiers inclure/exclure d’un projet\r\n Savoir enregistrer localement une nouvelle version pour un projet\r\n Savoir partager des modifications locales avec tous les contributeurs d’un projet\r\n Savoir gérer des modifications en parallèle en utilisant les branches\r\n Connaître les bonnes pratiques pour contribuer à projet tiers\r\n\r\nProgramme : \r\n- Principes FAIR\r\n Présentation des principes FAIR\r\n Exemples de bonnes pratiques dans la gestion des données : description, organisation du stockage, \r\n traitements et analyses, mise en accès\r\n- Initiation à Git\r\n Présentation des avantages de la gestion de versions (projets individuels & projets collaboratifs)\r\n Présentation des principes de fonctionnement de Git\r\n Présentation et mise en œuvre des commandes principales de Git (clone, checkout, add, rm, commit, merge,\r\n push, pull) ; en ligne de commande ou en utilisant une interface graphique (GitHub et GitLab)", "homepage": "https://abims.sb-roscoff.fr/module/fair_git", "is_draft": false, "costs": [ "Free" ], "topics": [], "keywords": [], "prerequisites": [ "none" ], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "Pre-registration required.", "maxParticipants": 18, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/821/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 65, "name": "SBR", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/SBR/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 4, "name": "ABiMS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ABiMS/?format=api" } ], "logo_url": "https://abims.sb-roscoff.fr/sites/default/files/abims.png", "updated_at": "2025-02-21T08:31:00.096988Z", "audienceTypes": [ "Undergraduate", "Graduate", "Professional (initial)", "Professional (continued)" ], "audienceRoles": [ "All" ], "difficultyLevel": "Novice", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "", "hoursPresentations": 4, "hoursHandsOn": 4, "hoursTotal": 8, "personalised": null, "event_set": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/710/?format=api" ] }, { "id": 379, "name": "Manipulating & Visualizing Data with R", "shortName": "R - DataViz", "description": "Objectifs\r\n- Importer, structurer, transformer et exporter un tableau de données avec R\r\n- Générer des figures de qualité pour, par exemple, une publication scientifique\r\n\r\nProgramme\r\n- Introduction au tidyverse (metapackage pour manipuler, visualiser et analyser des données)\r\n- Import et export de tableaux de données (csv, excel, google sheet, etc.)\r\n- Manipulation de tableaux de données avec dplyr et tidyr (filtre, aggregation, jointure)\r\n- Manipulation de chaînes de caractères et de dates avec stringr et lubridate\r\n- Introduction aux concepts de visualisation de données\r\n- Apprendre à utiliser ggplot2 grâce à esquisse\r\n- Partager ses résultats avec Quarto", "homepage": "https://abims.sb-roscoff.fr/module/r_dataviz", "is_draft": false, "costs": [ "Free" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_0092" ], "keywords": [], "prerequisites": [], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "Preregistration required using: https://abims.sb-roscoff.fr/ateliers/preinscription", "maxParticipants": 18, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/299/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [], "organisedByTeams": [ { "id": 4, "name": "ABiMS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ABiMS/?format=api" } ], "logo_url": 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Structures de données : qu'est-ce qu'une variable, un type, un objet ?\r\n- Utiliser des fonctions de packages externes", "homepage": "https://abims.sb-roscoff.fr/module/r_init", "is_draft": false, "costs": [ "Free" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_2269" ], "keywords": [], "prerequisites": [], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "Preregistration required using: https://abims.sb-roscoff.fr/ateliers/preinscription", "maxParticipants": 16, "contacts": [], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [], "organisedByTeams": [ { "id": 4, "name": "ABiMS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ABiMS/?format=api" } ], "logo_url": "https://abims.sb-roscoff.fr/sites/default/files/abims.png", "updated_at": "2025-02-21T08:45:35.347266Z", "audienceTypes": [ "Graduate", "Professional (initial)", "Professional (continued)" ], "audienceRoles": [ "All" ], "difficultyLevel": "Novice", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "", "hoursPresentations": 1, "hoursHandsOn": 3, "hoursTotal": 4, "personalised": false, "event_set": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/618/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/715/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/517/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/480/?format=api" ] }, { "id": 286, "name": "Utilisation du cluster - SLURM / Cluster usage - SLURM", "shortName": "Cluster SLURM", "description": "Objectifs\r\n- Disposer des concepts et de bonnes pratiques d’utilisation des ressources de calcul.\r\n- Être capable d’utiliser les ressources de calcul de la plateforme en toute autonomie.\r\nProgramme\r\n- Introduction : les équipements (calcul et stockage), espaces de travail, les outils et les données.\r\n- Calcul parallèle : concepts, ressources\r\n- Soumission de jobs (srun, sbatch)\r\n- Monitorer, vérifier, controler les jobs (squeue, scontrol, scancel, sacct).\r\n- Base de l’optimisation d’un job\r\n- Solutions de parallélisation des jobs : (--array)", "homepage": "https://abims.sb-roscoff.fr/module/cluster_slurm", "is_draft": false, "costs": [ "Free" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_3316" ], "keywords": [], "prerequisites": [ "Linux - Basic Knowledge" ], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "Preregistration required using: https://abims.sb-roscoff.fr/ateliers/preinscription", "maxParticipants": 18, "contacts": [], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 65, "name": "SBR", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/SBR/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 4, "name": "ABiMS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ABiMS/?format=api" } ], "logo_url": "https://abims.sb-roscoff.fr/sites/default/files/abims.png", "updated_at": "2025-02-21T08:43:49.795981Z", "audienceTypes": [ "Graduate", 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des fichiers tabulés (cut, sort)\r\n- Rechercher (grep)\r\n- Redirection / Pipeline (stdin, stdout, stderr, >, 2>, &&, |)\r\n- Recherche avancée : notion d’expression régulière (egrep)\r\n- Rechercher/Remplacer haut débit (tr, sed)\r\n- Manipulation de fichier tabulé – mode avancé (awk)\r\n- Traitement séquentiel de nombreux fichiers (for)", "homepage": "https://abims.sb-roscoff.fr/module/linux_advanced", "is_draft": false, "costs": [ "Free" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_3316" ], "keywords": [], "prerequisites": [ "Linux - Basic Knowledge" ], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "Preregistration required using: https://abims.sb-roscoff.fr/ateliers/preinscription", "maxParticipants": 18, "contacts": [], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 65, "name": "SBR", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/SBR/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 4, "name": "ABiMS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ABiMS/?format=api" } ], "logo_url": "https://abims.sb-roscoff.fr/sites/default/files/abims.png", "updated_at": "2025-02-21T08:42:13.294211Z", "audienceTypes": [ "Graduate", "Professional (initial)", "Professional (continued)" ], "audienceRoles": [], "difficultyLevel": "Intermediate", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "", "hoursPresentations": 3, "hoursHandsOn": 4, "hoursTotal": 7, "personalised": false, "event_set": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/497/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/435/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/521/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/713/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/624/?format=api" ] }, { "id": 326, "name": "Principes FAIR pour la gestion des données d'une plateforme IBISA", "shortName": "FAIR data IBISA", "description": "Cette session de formation a pour but de former des responsables et membres de plateformes IBISA aux principes FAIR de gestion des données .\r\nLa formation se déroule sur 2 jours avec une alternance de présentation générales, et techniques, témoignages et ateliers pratiques pour travailler sur différents sujets : PGD de structure, métadonnées, sécurité des données,...etc.\r\nA la fin de cette formation auront \r\n- acquis des connaissances théoriques et pratiques sur la gestion selon les principes FAIR de leurs données dans le contexte de la Science Ouverte\r\n- identifié des pistes d'amélioration pour la gestion des données de leur plateforme.", "homepage": "https://moodle.france-bioinformatique.fr/course/view.php?id=16", "is_draft": false, "costs": [ "Free" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_3420", "http://edamontology.org/topic_0219", "http://edamontology.org/topic_3571" ], "keywords": [ "Données" ], "prerequisites": [ "Biologists" ], "openTo": "Internal personnel", 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"difficultyLevel": "Intermediate", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "A la fin de cette formation, les participants connaîtront et pourront mettre en œuvre les principes de la science ouverte pour gérer leurs jeux de données dans un projet :\r\n- Les principes fondamentaux de l’Open Data en biologie et santé, y compris dans ses aspects juridiques ;\r\n- Les bonnes pratiques et outils de gestion des données d’un projet en bioinformatique, en lien avec les ressources de l’infrastructure IFB ;\r\n- Le PGD : séances théoriques et pratiques de construction d’un PGD sur des exemples de jeux de données omiques ;\r\n- Le choix des métadonnées : panorama des ressources existantes pour choisir des métadonnées et mise en pratique pour annoter des jeux de données omiques en vue de la publication des données dans une banque internationale ou un dataverse institutionnel.", "hoursPresentations": null, "hoursHandsOn": null, "hoursTotal": null, "personalised": false, "event_set": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/627/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/513/?format=api" ] }, { "id": 274, "name": "Principes FAIR pour la gestion des données de recherche en sciences de la vie", "shortName": "FAIR data", "description": "Présentation et application des principes FAIR de gestion des données dans un projet bioinformatique.\r\nL’Institut Français de Bioinformatique (IFB) organise une formation à destination de bioinformaticiens, biologistes et médecins impliqués dans des projets d’analyse bioinformatique de jeux de données omiques et souhaitant mettre en œuvre les principes “FAIR” (Facile à trouver, Accessible, Interopérable, Réutilisable) tout au long du déroulement du projet. La formation abordera les différents points fondamentaux (théoriques, pratiques, juridiques) en lien avec la politique nationale d’ouverture des données de la recherche et présentera sous forme de séances pratiques les ressources nationales accessibles à la communauté scientifique ainsi que les solutions proposées par l’IFB pour gérer les données d’un projet de recherche.", "homepage": "https://ifb-elixirfr.github.io/IFB-FAIR-data-training/", "is_draft": false, "costs": [ "Free" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_3420", "http://edamontology.org/topic_3571", "http://edamontology.org/topic_0219" ], "keywords": [ "Données" ], "prerequisites": [], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "public", "maxParticipants": null, "contacts": [], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [ { "id": 3, "name": "IFB", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/IFB/?format=api" } ], "organisedByOrganisations": [ { "id": 43, "name": "IFB-core", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB-core/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 29, "name": "IFB Core", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/IFB%20Core/?format=api" } ], "logo_url": "https://www.france-bioinformatique.fr/wp-content/uploads/logo-ifb-couleur.svg", "updated_at": "2022-06-02T11:50:50.812642Z", "audienceTypes": [], "audienceRoles": [], "difficultyLevel": "Novice", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "A la fin de cette formation, les participants connaîtront et pourront mettre en œuvre les principes de la science ouverte pour gérer leurs jeux de données dans un projet :\r\n- Les principes fondamentaux de l’Open Data en biologie et santé, y compris dans ses aspects juridiques ;\r\n- Les bonnes pratiques et outils de gestion des données d’un projet en bioinformatique, en lien avec les ressources de l’infrastructure IFB ;\r\n- Le PGD : séances théoriques et pratiques de construction d’un PGD sur des exemples de jeux de données omiques ;\r\n- Le choix des métadonnées : panorama des ressources existantes pour choisir des métadonnées et mise en pratique pour annoter des jeux de données omiques en vue de la publication des données dans une banque internationale ou un dataverse institutionnel.", "hoursPresentations": null, "hoursHandsOn": null, "hoursTotal": null, "personalised": false, "event_set": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/418/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/404/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/465/?format=api" ] } ] }
