Training List
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{ "count": 388, "next": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/training/?format=api&limit=20&offset=40&ordering=-audienceRoles", "previous": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/training/?format=api&limit=20&ordering=-audienceRoles", "results": [ { "id": 153, "name": "Cycle « Initiation à la bioinformatique » - Module 1/4 : Banques de données et Blast", "shortName": "", "description": "Bilille propose un cycle de découverte de la bioinformatique à destination des chercheur·euses, enseignant·es-chercheur·euses, ingénieur·es, technicien·nes et doctorant·es en biologie. Aucun pré-requis en informatique n'est attendu.\r\nLe cycle est constitué de quatre modules de deux jours:\r\n- Banques de données et BLAST\r\n- Alignement de séquences\r\n- Prédiction de gènes et annotation de protéines\r\n- Initiation à la reconstruction phylogénétique en biologie moléculaire\r\nCes modules peuvent être suivis indépendamment, mais ont une cohérence. Suivre chaque module peut aider à une meilleure compréhension des modules suivants.\r\nLes fiches descriptives des différents modules sont accessibles sur le site web de Bilille.\r\nLes objectifs du module 1 sont :\r\n- Découvrir différentes banques de données de séquences généralistes\r\n- Savoir interroger les banques de données et réaliser des requêtes pertinentes\r\n- Comprendre la structure des données\r\n- Savoir utiliser de manière optimale le logiciel Blast en fonction de l'application visée (ex : recherche d’homologie, prédiction de gènes…)\r\n- Etre capable d'analyser un résultat avec un regard critique", "homepage": "https://bilille.univ-lille.fr/training/training-offer", "is_draft": false, "costs": [], "topics": [], "keywords": [ "Autre", "Sequence analysis", "Multiple sequence alignment", "Databases and information systems" ], "prerequisites": [], "openTo": "Internal personnel", "accessConditions": "Savoir utiliser un ordinateur (Windows...) : naviguer sur internet (Internet Explorer ou Firefox), utiliser un traitement de texte (Word ou OpenOffice).", "maxParticipants": null, "contacts": [], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [], "organisedByTeams": [ { "id": 3, "name": "Bilille", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Bilille/?format=api" } ], "logo_url": "https://bilille.univ-lille.fr/fileadmin/_processed_/9/2/csm_logo_bilille_complet_65be9bda8b.png", "updated_at": "2024-12-09T17:42:24.618464Z", "audienceTypes": [], "audienceRoles": [], "difficultyLevel": "", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "", "hoursPresentations": null, "hoursHandsOn": null, "hoursTotal": null, "personalised": null, "event_set": [] }, { "id": 17, "name": "Formation universitaire", "shortName": "", "description": "LABGeM's researchers are involved in different training programs in collaboration with :\nthe University of Paris Saclay: master GENIOMHE, master MSSB, master NRBCe\nthe University Denis Diderot: master M2BI\nthe University Paris Descartes: master IMVI\nthe Institut Pasteur: Training ‘Analyse des génomes’\n", "homepage": "https://labgem.genoscope.cns.fr/professional-trainings/university-trainings/", "is_draft": false, "costs": [], "topics": [], "keywords": [], "prerequisites": [ "Master" ], "openTo": "Internal personnel", "accessConditions": "", "maxParticipants": null, "contacts": [], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [], "organisedByTeams": [], "logo_url": "", "updated_at": "2022-06-02T11:50:50.812642Z", "audienceTypes": [], "audienceRoles": [], "difficultyLevel": "", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "", "hoursPresentations": null, "hoursHandsOn": null, "hoursTotal": null, "personalised": null, "event_set": [] }, { "id": 18, "name": "Linux", "shortName": "", "description": "Formation Linux\n", "homepage": "http://migale.jouy.inra.fr/", "is_draft": false, "costs": [], "topics": [], 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"http://migale.jouy.inra.fr/?q=fr/formations\n", "maxParticipants": null, "contacts": [], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [], "organisedByTeams": [], "logo_url": "", "updated_at": "2022-06-02T11:50:50.812642Z", "audienceTypes": [], "audienceRoles": [], "difficultyLevel": "", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "", "hoursPresentations": null, "hoursHandsOn": null, "hoursTotal": null, "personalised": null, "event_set": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/533/?format=api" ] }, { "id": 21, "name": "Annotation de génomes microbiens", "shortName": "", "description": "Modules en prépartion....\n", "homepage": "http://migale.jouy.inra.fr/", "is_draft": false, "costs": [], "topics": [], "keywords": [ "Metagenomics", "Genome analysis", "Structural and functional annotation of genomes", "Genomics (DNA-seq)" ], "prerequisites": [], "openTo": "Internal personnel", "accessConditions": "Ce cycle est ouvert à l'ensemble des agents de l'INRA et aux extérieurs.\n", "maxParticipants": null, "contacts": [], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [], "organisedByTeams": [], "logo_url": "", "updated_at": "2022-06-02T11:50:50.812642Z", "audienceTypes": [], "audienceRoles": [], "difficultyLevel": "", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "", "hoursPresentations": null, "hoursHandsOn": null, "hoursTotal": null, "personalised": null, "event_set": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/247/?format=api" ] }, { "id": 310, "name": "Diplôme Universitaire en Bioinformatique Intégrative / University Diploma in Integrative Bioinformatics", "shortName": "DUBii", "description": "La bioinformatique est devenue une compétence incontournable pour l'analyse de données de natures diverses : génomes, transcriptomes, protéomes, métabolomes, structures macromoléculaires, réseaux d'interactions. L'appropriation par les biologistes des méthodes et des outils de biostatistique et bioinformatique intégrative est un enjeu majeur pour la montée en compétence des équipes de recherche et des plateformes de service.\r\n\r\nL'université de Paris propose en partenariat avec l'Institut Français de Bioinformatique (IFB) la troisième édition du Diplôme Universitaire en Bioinformatique intégrative (DUBii). Cette formation s’adresse en priorité à des biologistes ou à des médecins souhaitant évoluer en compétences ou envisager une reconversion professionnelle et ayant déjà acquis des compétences (formation courte, autoapprentissage, expérience de terrain) en informatique ou bioinformatique / biostatistique (environnement Unix, Python ou R ou autre langage de programmation). \r\n\r\nLe DUBii fournira une formation théorique et pratique, complétée par une période d'immersion de 20 jours sur l'une des plateformes régionales de l'IFB, qui mobilisera, dans le cadre d'un projet tutoré, l'ensemble des méthodes et outils appris durant les cours pour réaliser un projet personnel de bioinformatique intégrative. Ce projet combinera des données propres à chaque participant produites dans son laboratoire (principe BYOD : “Bring Your Own Data”) ou collectées à partir de bases de données publiques. \r\n\r\n Cette formation se déroulera pendant 8 semaines réparties entre :\r\nLes cours : 4 semaines à raison de 4 jours/semaine en présentiel (96h)\r\nLe projet tutoré : 20 jours sur l'une des plateformes bioinformatique de l'IFB", "homepage": "https://odf.u-paris.fr/fr/offre-de-formation/diplome-d-universite-1/sciences-technologies-sante-STS/du-bioinformatique-integrative-dubii-DUSBIIN_118.html#programContent26c9751a-f434-491d-abe2-1151370851dc-1", "is_draft": false, "costs": [], "topics": [], "keywords": [], "prerequisites": [], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": 20, "contacts": [], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [], "organisedByTeams": [], "logo_url": "", "updated_at": "2022-09-15T12:11:46.140196Z", 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propice au networking\r\n Effectif limité à 15 participants pour une qualité optimale des sessions pratiques\r\n Formation éligible à la prise en charge employeurs ou OPCO", "homepage": "", "is_draft": false, "costs": [], "topics": [], "keywords": [], "prerequisites": [], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": null, "contacts": [], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [], "organisedByTeams": [], "logo_url": null, "updated_at": "2022-11-14T16:38:22.898523Z", "audienceTypes": [], "audienceRoles": [], "difficultyLevel": "", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "", "hoursPresentations": null, "hoursHandsOn": null, "hoursTotal": null, "personalised": null, "event_set": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/501/?format=api" ] }, { "id": 410, "name": "FAIR Bioinfo Grand-Ouest", "shortName": "FAIR Bioinfo Grand-Ouest", "description": "Les plateformes de bioinformatique du réseau Biogenouest (ABiMS, BiRD, GenOuest et SeBiMER) vous proposent une formation “FAIR-bioinfo” à destination des bioinformaticien.ne.s, bioanalystes et biostatisticien.ne.s.\r\n\r\nLors de cette formation, nous vous présenterons les principes “FAIR” (Facile à trouver, Accessible, Interopérable, Réutilisable) et leur application dans les projets d’analyse et de développement.\r\nDes présentations théoriques suivies d’utilisations pratiques de plusieurs outils permettant d’améliorer la reproductibilité des analyses seront proposées.", "homepage": "https://ifb-elixirfr.gitlab.io/training/fair-bioinfo/sessions/2026-05-fair-bioinfo-grand-ouest/", "is_draft": false, "costs": [], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_0091" ], "keywords": [ "FAIR", "Bioinformatics" ], "prerequisites": [], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": null, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/134/?format=api", 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"2026-03-27T10:11:14.654535Z", "audienceTypes": [], "audienceRoles": [], "difficultyLevel": "", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "", "hoursPresentations": null, "hoursHandsOn": null, "hoursTotal": null, "personalised": null, "event_set": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/797/?format=api" ] }, { "id": 257, "name": "Metabarcoding analyses (using FROGS in Galaxy and Phyloseq)", "shortName": "", "description": "This course offers an introduction to metabarcoding analyses at two different levels/steps: bioinformatics with FROGS pipeline in the Galaxy environment, biostatistics with PhyloSeq R package. This includes preprocessing, clustering and OTU picking, taxonomic assignation, estimation of diversity, visualization of statistics results.\r\nPrerequisites\r\nGalaxy, R knowledge\r\n\r\nProgram\r\nIntroduction to metagenomics and metabarcoding\r\nPre-processing, Clustering, taxonomic affiliation (FROGS)\r\nHandling and visualizing OTU table using PhyloSeq R package (PhyloSeq)\r\n\r\n\r\nLearning objectives\r\nManipulate tools available for metabarcoding analysis\r\nStudy sample diversity by using NGS and post-NGS analysis tools\r\nVisualize diversity metrics in metabarcoding approach\r\n\r\n\r\nInstructors\r\nJulie Orjuela - julie.orjuela@ird.fr\r\nFlorentin Constancias - florentin.constancias@cirad.fr\r\nAlexis Dereeper - alexis.dereeper@ird.fr", "homepage": "https://southgreenplatform.github.io/trainings//metabarcoding/", "is_draft": false, "costs": [ "Free" ], "topics": [], "keywords": [], "prerequisites": [], "openTo": "Internal personnel", "accessConditions": "Open to South Green close collaborators", "maxParticipants": null, "contacts": [], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [], "organisedByTeams": [ { "id": 24, "name": "South Green", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/South%20Green/?format=api" } ], "logo_url": "https://southgreenplatform.github.io/trainings//images/southgreenlong.png", "updated_at": "2023-01-24T10:25:28.170059Z", "audienceTypes": [], "audienceRoles": [], "difficultyLevel": "", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "", "hoursPresentations": null, "hoursHandsOn": null, "hoursTotal": null, "personalised": null, "event_set": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/566/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/389/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/535/?format=api" ] }, { "id": 14, "name": "Formation interne pipeline RNASeq", "shortName": "", "description": "", "homepage": "", "is_draft": false, "costs": [], "topics": [], "keywords": [ "NGS Data Analysis", "Analysis of RNAseq data" ], "prerequisites": [], "openTo": "Internal personnel", "accessConditions": "", "maxParticipants": null, "contacts": [], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [], "organisedByTeams": [], "logo_url": "", "updated_at": "2022-06-02T11:50:50.812642Z", "audienceTypes": [], "audienceRoles": [], "difficultyLevel": "", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "", "hoursPresentations": null, "hoursHandsOn": null, "hoursTotal": null, "personalised": null, "event_set": [] }, { "id": 74, "name": "Galaxy : sRNAseq", "shortName": "", "description": "As the command line training but with Galaxy. Organized jointly by the Sigenae and Bioinfo Genotoul platforms.\n", "homepage": "http://bioinfo.genotoul.fr/index.php/events/srnaseq/", "is_draft": false, "costs": [], "topics": [], "keywords": [ "NGS Data Analysis", "Small and long non-coding RNAs", "Analysis of RNAseq data", "Galaxy" ], "prerequisites": [], "openTo": "Internal personnel", "accessConditions": "You need to register (via the website) and pay 165 euros a day for academic and 550 euros a day for a private\n", "maxParticipants": null, "contacts": [], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [], "organisedByTeams": [], "logo_url": "", "updated_at": "2022-06-02T11:50:50.812642Z", "audienceTypes": [], "audienceRoles": [], "difficultyLevel": "", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "", "hoursPresentations": null, "hoursHandsOn": null, "hoursTotal": null, "personalised": null, "event_set": [] }, { "id": 271, "name": "Bioinformatique pour le traitement de données de séquençage (NGS) : analyse de transcriptome", "shortName": "", "description": "OBJECTIFS\r\n- Comprendre les principes des méthodes d'analyse de données de séquençage à haut débit\r\n- Comprendre les résultats obtenus, les paramètres et leurs impacts sur les analyses\r\n- Savoir choisir et utiliser les principaux outils d'analyse\r\n- Être autonome pour utiliser un pipeline d'analyse\r\n- Savoir manipuler les fichiers de séquences : préparation et filtration\r\n- Savoir évaluer la qualité des données\r\n- Savoir analyser les résultats avec ou sans génome de référence\r\n\r\nPRÉREQUIS\r\n- Notions de base en informatique : fichiers, répertoire...\r\n- Notions du système linux et des lignes de commande\r\n- Niveau master \r\n\r\nPROGRAMME\r\n- Linux : commandes de base\r\n- Les données NGS : fichiers, manipulation de base, nettoyage\r\n- Mapping : principaux outils et pratique\r\n- Transcriptomique :\r\n. analyse de RNA-seq : expression différentielle des gènes / des ARNs (comptage et DESeq2) ; comparaison d'échantillons issus de conditions différentes\r\n. post-analyse : analyse GO, interrogation bases de connaissances (ex : KEGG), création de graphique (en R)\r\n. analyse couplée transcriptome / traductome", "homepage": "", "is_draft": false, "costs": [ "Priced" ], "topics": [], "keywords": [ "NGS Sequencing Data Analysis" ], "prerequisites": [], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "PUBLICS :\r\n- Biologistes, professionnels des sciences du vivant ayant besoin d'analyser des données de séquençage\r\n- Ingénieurs ou chercheurs en bioinformatique\r\n- Bioanalystes\r\n \r\nPRÉREQUIS\r\n- Notions de base en informatique : fichiers, répertoire...\r\n- Notions du système linux et des lignes de commande\r\n- Niveau master", "maxParticipants": 12, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/528/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 1, "name": "CNRS formation entreprises", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS%20formation%20entreprises/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 7, "name": "ATGC", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ATGC/?format=api" } ], "logo_url": "https://ressources.france-bioinformatique.fr/sites/default/files/ATGClogox120.png", "updated_at": "2023-01-24T10:47:30.457628Z", "audienceTypes": [], "audienceRoles": [], "difficultyLevel": "", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "", "hoursPresentations": null, "hoursHandsOn": null, "hoursTotal": null, "personalised": null, "event_set": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/401/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/510/?format=api" ] }, { "id": 332, "name": "SHORT-READ ALIGNMENT AND SMALL SIZE VARIANTS CALLING", "shortName": "", "description": "This training session, organized jointly with the Sigenae platform, is designed to introduce NGS data, in particular Illumina Solexa technologies with command line. You will discover the new sequence formats, the assembly formats and the known biases of these technologies. You will use mapping on reference genome software, polymorphisms detection with the GATK pipeline and alignment visualization software.\r\n\r\nThis training is focused on the practice. It consists of modules with a large variety of exercises:\r\n\r\nDay 1 (09:00 am to 12:30 am): Fastq format / Sequence quality. Read mapping.\r\nDay 1 (14:00 pm to 17:00 pm): SAM format. Visualisation.\r\nDay 2 (09:00 am to 17:00 am): Variant calling. VCF format. Variant annotation (SNPeff / SNPsift).\r\n \r\nThe session will take place in the room ‘salle de formation’ at INRAE center of Toulouse-Auzeville.\r\n\r\nPrerequisites: ability to use a Unix environment (see Unix training) and Cluster (see Cluster training).\r\n \r\nTool box: FastQC, BWA, Samtools, Picard tools, GATK, SnpSift / SnpEff, IGV.", "homepage": "https://bioinfo.genotoul.fr/index.php/events/alignment-and-small-size-variants-calling/", "is_draft": false, "costs": [ "Non-academic: 550€ + 20% taxes (TVA)", "Academic but non-INRAE: 170 € + 20% taxes (TVA)", "For INRAE's staff: 150 € no VAT charged;" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_2885", "http://edamontology.org/topic_0102" ], "keywords": [], "prerequisites": [ "Linux/Unix", "Cluster" ], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": 12, "contacts": [], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 37, "name": "MIAT - Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/MIAT%20-%20Math%C3%A9matiques%20et%20Informatique%20Appliqu%C3%A9es%20de%20Toulouse/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 22, "name": "Genotoul-bioinfo", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Genotoul-bioinfo/?format=api" } ], "logo_url": "https://bioinfo.genotoul.fr/wp-content/uploads/sigenae-text-black-1.png", "updated_at": "2025-12-01T11:54:41.351028Z", "audienceTypes": [], "audienceRoles": [], "difficultyLevel": "Novice", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "", "hoursPresentations": null, "hoursHandsOn": null, "hoursTotal": null, "personalised": null, "event_set": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/756/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/634/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/530/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/724/?format=api" ] }, { "id": 48, "name": "Analyses bioinformatique et statistiques de données ChIP-seq sous Unix", "shortName": "", "description": "", "homepage": "", "is_draft": false, "costs": [], "topics": [], "keywords": [ "NGS Data Analysis" ], "prerequisites": [], "openTo": "Internal personnel", "accessConditions": "Formations payantes\n", "maxParticipants": null, "contacts": [], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [], "organisedByTeams": [], "logo_url": "", "updated_at": "2022-06-02T11:50:50.812642Z", "audienceTypes": [], "audienceRoles": [], "difficultyLevel": "", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "", "hoursPresentations": null, "hoursHandsOn": null, "hoursTotal": null, "personalised": null, "event_set": [] }, { "id": 30, "name": "Python avancé", "shortName": "", "description": "\nObjectifs\n\nEtre autonome pour des manipulations simples visant à extraire, reformater des données issues de fichiers texte.\n \n\n \n \n \n \nProgramme\n\n- Expressions régulières\n- Gestion des erreurs\n- Biopython\n- Réalisation de programmes simples\n", "homepage": "http://migale.jouy.inra.fr/", "is_draft": false, "costs": [], "topics": [], "keywords": [ "Programming Languages & Computer Sciences", "Python Language" ], "prerequisites": [], "openTo": "Internal personnel", "accessConditions": "Ce cycle est ouvert à l'ensemble des agents de l'INRA et aux extérieurs.\n", "maxParticipants": null, "contacts": [], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [], "organisedByTeams": [], "logo_url": "", "updated_at": "2022-06-02T11:50:50.812642Z", "audienceTypes": [], "audienceRoles": [], "difficultyLevel": "", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "", "hoursPresentations": null, "hoursHandsOn": null, "hoursTotal": null, "personalised": null, "event_set": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/253/?format=api" ] }, { "id": 392, "name": "Introduction au language R / Introduction to R langage", "shortName": "Introduction to R langage", "description": "Objectifs pédagogiques :\r\nÀ l’issue de la formation, les stagiaires connaîtront les principales fonctionnalités du langage R et ses principes. Ils seront capables de les appliquer pour effectuer des calculs ou des représentations graphiques simples. Ils seront de plus autonomes pour manipuler leurs tableaux de données.\r\nAttention : ce module n’est ni un module de statistique, ni un module d’analyse statistique des données.\r\n\r\nProgramme :\r\n* Structures et manipulation de données\r\n* Principaux éléments du langage de programmation (boucle, fonctions…)\r\n* Différentes représentations graphiques de données/résultats (plot, histogramme, boxplot)", "homepage": "https://documents.migale.inrae.fr/trainings.html", "is_draft": false, "costs": [ "Priced" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_0605" ], "keywords": [ "R Language" ], "prerequisites": [], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": 10, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/769/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 82, "name": "INRAE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=api" }, { "id": 88, "name": "BioinfOmics", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 10, "name": "MIGALE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MIGALE/?format=api" } ], "logo_url": "https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png", "updated_at": "2025-01-23T14:09:34.394672Z", "audienceTypes": [], "audienceRoles": [], "difficultyLevel": "Novice", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "", "hoursPresentations": 2, "hoursHandsOn": 10, "hoursTotal": 12, "personalised": null, "event_set": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/684/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/777/?format=api" ] }, { "id": 272, "name": "Molecular Phylogeny - Level 2", "shortName": "Phylogénie moléculaire - Niveau 2", "description": "OBJECTIF\r\n- Être capable de tester des hypothèses et d'ajuster des modèles permettant de comprendre l'évolution à l'échelle moléculaire\r\n\r\nPRÉREQUIS\r\n- Avoir déjà utilisé les logiciels de base en phylogénie moléculaire\r\n- Maîtriser les notions de base en statistiques (tests statistiques, principe du bootstrap, intervalles de confiances, etc.) et de probabilités (probabilités jointes / conditionnelles, théorème de Bayes, etc.)\r\n- Maîtriser un langage de programmation\r\n- Notions de phylogénie moléculaire\r\nAvoir suivi le stage \"Phylogénie moléculaire - formation de base\" ou niveau équivalent \r\n\r\nPROGRAMME\r\n- Phylogénétique et génétique des populations\r\n- Détection de sélection positive au sein de séquences codantes\r\n- Datation moléculaire : intégrer fossiles et molécules\r\n- Phylogénomique\r\n- Super-arbres et super-matrices, réconciliations d'arbres\r\n- Visualisation de l'information en phylogénie\r\n- Placement phylogénétique\r\n- Bases d'épidémiologie (modèles en compartiments, ODE, applications, etc)\r\n- Simulations selon une variété de modèles épidémiologiques\r\n- Phylodynamique : combiner épidémiologie et évolution", "homepage": "", "is_draft": false, "costs": [ "Priced", "1200 €" ], "topics": [], "keywords": [ "Phylogeny", "Selection Detection", "Phylogenomics" ], "prerequisites": [], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": 12, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/282/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 1, "name": "CNRS formation entreprises", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS%20formation%20entreprises/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 7, "name": "ATGC", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ATGC/?format=api" } ], "logo_url": "https://ressources.france-bioinformatique.fr/sites/default/files/ATGClogox120_0.png", "updated_at": "2023-01-24T10:49:17.913427Z", "audienceTypes": [], "audienceRoles": [], "difficultyLevel": "", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "", "hoursPresentations": null, "hoursHandsOn": null, "hoursTotal": null, "personalised": null, "event_set": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/474/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/511/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/402/?format=api" ] }, { "id": 256, "name": "RNASeq analyses (using Galaxy and TOGGLe)", "shortName": "", "description": "This course offers an introduction to RNASeq analyses using two different workflow management systems: Galaxy and TOGGLe. This includes reference-based mapping, estimates of transcript levels, differential expression (DE) analyses, visualization of statistics results.\r\nPrerequisites\r\nWorkflow management system (Galaxy, TOGGLe)\r\n\r\nProgram\r\nMapping of RNASeq against a transcriptome reference with kallisto (Galaxy)\r\nMapping of RNASeq against an annotated genome reference with TopHat (TOGGLe)\r\nDifferential expression analysis using EdgeR and DESeq2\r\nPlots, clustering, co-expression network: degust, WGCNA\r\n\r\n\r\nLearning objectives\r\nManipulate packages/tools available for searching DE genes\r\nThink about different normalisation methods\r\nDetect differentially expressed genes\r\nCompare results between two approaches\r\n\r\n\r\nInstructors\r\nAlexis Dereeper - alexis.dereeper@ird.fr\r\nSebastien Cunnac - sebastien.cunnac@ird.fr\r\nSebastien Ravel - sebastien.ravel@cirad.fr\r\nChristine Tranchant - christine.tranchant@ird.fr", "homepage": "https://southgreenplatform.github.io/trainings//rnaseq/", "is_draft": false, "costs": [ "Free" ], "topics": [], "keywords": [], "prerequisites": [], "openTo": "Internal personnel", "accessConditions": "Open to South Green close collaborators", "maxParticipants": null, "contacts": [], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [], "organisedByTeams": [ { "id": 24, "name": "South Green", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/South%20Green/?format=api" } ], "logo_url": "https://southgreenplatform.github.io/trainings//images/southgreenlong.png", "updated_at": "2023-01-24T10:26:00.180547Z", "audienceTypes": [], "audienceRoles": [], "difficultyLevel": "", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "", "hoursPresentations": null, "hoursHandsOn": null, "hoursTotal": null, "personalised": null, "event_set": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/388/?format=api" ] }, { "id": 378, "name": "Les langages de workflows pour une analyse bioinformatique reproductible / Workflow languages for reproducible bioinformatics analysis", "shortName": "WF4bioinfo", "description": "L’Institut Français de Bioinformatique (IFB) organise en partenariat avec iPOP-UP (représenté par EDC) une formation sur les langages de workflows en bioinformatique à destination des bioinformaticien·ne·s et des bioanalystes. La formation abordera les fondamentaux et les fonctionnalités avancées des deux langages Snakemake et Nextflow. Ces outils sont en effet devenus indispensables pour assurer la reproductibilité et l’efficacité des analyses bioinformatiques. La formation sera structurée en deux séquences :\r\n- une journée commune qui abordera les grands principes des gestionnaires de workflow, en particulier dans le domaine de la bioinformatique et en lien avec les infrastructures de calcul de type cluster et cloud proposés au sein de l’IFB \r\n- une journée de session pratique avec 1 atelier snakemake et 1 atelier nextflow en parallèle au choix des participants. Nous proposons aux participants qui le souhaitent de travailler sur leur propre workflow dans une approche “Bring your own script” avec l’aide de l’équipe pédagogique.", "homepage": "https://moodle.france-bioinformatique.fr/course/view.php?id=29", "is_draft": false, "costs": [], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_0769", "http://edamontology.org/topic_0091" ], "keywords": [ "FAIR", "Reproducibility", "Nextflow", "Snakemake" ], "prerequisites": [ "Linux - Basic Knowledge" ], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": 20, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/116/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/326/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/804/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 4, "name": "IFB - ELIXIR-FR", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB%20-%20ELIXIR-FR/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 38, "name": "PB-IBENS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/PB-IBENS/?format=api" } ], "logo_url": "https://moodle.france-bioinformatique.fr/pluginfile.php/1/core_admin/logocompact/300x300/1654772049/IFB-HAUT-COULEUR-PETIT.png", "updated_at": "2024-03-26T16:42:31.487108Z", "audienceTypes": [], "audienceRoles": [], "difficultyLevel": "Intermediate", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "", "hoursPresentations": null, "hoursHandsOn": null, "hoursTotal": null, "personalised": null, "event_set": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/613/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/664/?format=api" ] }, { "id": 393, "name": "Pandas : gérer, analyser, visualiser vos données efficacement", "shortName": "", "description": "Les objectifs de cette formation sont :\r\n- Importer, exporter, gérer, analyser des données tabulaires\r\n- Calculer des données dérivées\r\n- Combiner et interroger des données complexes\r\n- Calculer des statistiques descriptives des données\r\n- Visualiser et synthétiser les données sous formes graphiques", "homepage": "https://cnrsformation.cnrs.fr/python-et-module-pandas-pour-gerer-et-analyser-donnees?mc=Pandas", "is_draft": false, "costs": [ "Priced" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_0091" ], "keywords": [ "Python Language" ], "prerequisites": [ "Linux - Basic Knowledge" ], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "- Notions de base en informatique : fichiers, répertoire, organisation des données\r\n- Connaissance de base de la programmation en Python (activité régulière d'écriture de scripts en Python)\r\n- Maitrise d'un environnement de développement ou éditeur de programmes/scripts", "maxParticipants": 12, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/528/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [ { "id": 6, "name": "CNRS formation entreprise", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/CNRS%20formation%20entreprise/?format=api" } ], "organisedByOrganisations": [], "organisedByTeams": [ { "id": 7, "name": "ATGC", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ATGC/?format=api" } ], "logo_url": "http://www.atgc-montpellier.fr/pictures/ATGClogo.svg", "updated_at": "2025-02-11T08:32:41.454179Z", "audienceTypes": [ "Professional (continued)" ], "audienceRoles": [], "difficultyLevel": "", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "Jour 1\r\nMatin :\r\n- Initiation Pandas, structures de données Series et DataFrame, chargement de données à partir de fichiers de données tabulaires\r\nAprès-midi :\r\n- Requêtes et outils de sélection\r\n\r\nJour 2\r\nMatin :\r\n- Fusion, concaténation, jointure de tables, regroupement de sous-ensembles\r\nAprès-midi :\r\n- Indexation simple et multiple, réindexation, export et sauvegarde\r\n\r\nJour 3\r\nMatin :\r\n- Visualisation et réalisation de graphiques\r\nAprès-midi :\r\n- Analyse de données des participants", "hoursPresentations": null, "hoursHandsOn": null, "hoursTotal": 21, "personalised": null, "event_set": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/702/?format=api" ] } ] }
