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            "description": "Le C3BI (Institut Pasteur) propose des cours pour acquérir les notions théoriques de phylogénie et maitriser les outils et logiciels.\nLes cours d’”Introduction à la phylogénie moléculaire” sont ouverts à tous (inscription obligatoire pour les cours et travaux pratiques dans la limite des places disponibles).\nIl est possible de ne s’inscrire que pour la partie théorique. Ces cours sont dispensés en langue française.\nLundi 14 Novembre (9h30-12h30): Présentation des principales banques de données et BLAST\nMardi 15 Novembre (9h30-11h00): Alignements Multiples\nMercredi 16 Novembre (9h30-11h00): Introduction à la Phylogénie\nJeudi 17 Novembre (9h30-11h00): Modèles d’évolution\nVendredi 18 Novembre (9h30-11h00): Approches par Maximum de Parcimonie\nLundi 21 Novembre (9h30-11h00): Méthodes de Distance\nMardi 22 Novembre (9h30-11h00): Méthodes de Vraisemblance\nMercredi 23 Novembre (13h30-15h00): Reconstruction Phylogénétique & Approches Bayésiennes\nJeudi 24 Novembre (9h30-11h00): Inférence des Forces Sélectives\nVendredi 25 Novembre (9h30-11h00): Choix des Méthodes et Interprétation\nprogramme complet \ninscription par mail à formation@pasteur.fr (avec le sujet “Phylogénie Moléculaire”) + formulaire \n",
            "homepage": "https://c3bi.pasteur.fr/training-introduction-a-la-phylogenie-moleculaire-concep…",
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            "name": "Gestion de données de phénotypage de plantes - 2023",
            "shortName": "FAIR Data Pheno 2023",
            "description": "Le but de cette formation est double : 1) diffuser auprès des Référents Données Opérationels (RDO) INRAE les bonnes pratiques pour une gestion FAIR des données de phénotypage de plantes, 2) consolider et préparer la diffusion d'une formation modulaire adaptée à un maximum de besoins, du débutant qui souhaite partager des données standardisées dans Recherche Data Gouv, à l'utilisateur avancé qui souhaite faire de la sémantique ou utiliser des portails de données fédérés.\r\nLa formation se déroulera sur 2 jours avec une alternance de présentations générales et techniques et d'ateliers pratiques.",
            "homepage": "https://moodle.france-bioinformatique.fr/course/view.php?id=17",
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            "name": "Introduction au Langage de Programmation R",
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            "description": "La Plateforme BiRD, avec le support du service Focal de la Faculté des Sciences et Techniques, organise une nouvelle formation.",
            "homepage": "https://pf-bird.univ-nantes.fr/formation/",
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            "name": "11ème Ecole de Bioinformatique AVIESAN-IFB-Inserm",
            "shortName": "EBAII 2022",
            "description": "La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). Cette édition de l’école aborde les nouveaux enjeux technologiques: elle s’articulera autour de trois ateliers thématiques en session parallèle (RNA-seq, ChIP-seq/ATAC-seq, variants DNA-seq), et inclura une introduction à l’intégration des données, une ouverture aux approches “single-cell” ainsi qu’aux technologies “long reads”.\r\n\r\nL’école vise à introduire les concepts et à manipuler les outils informatiques et à en interpréter les résultats. Elle est basée sur une alternance de courtes sessions théoriques et d’ateliers pratiques. Les participants bénéficieront d’un tutorat personnalisé pour élaborer leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur plateforme.",
            "homepage": "https://www.france-bioinformatique.fr/formation/ebaii-2022-n1/",
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            "accessConditions": "La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). \r\nAucune connaissance préalable des environnements Linux ou R n’est requise, mais il sera demandé aux participants de suivre une autoformation en ligne en amont, pour faciliter la prise en main de ces langages. La formation approfondira progressivement l’usage de ces environnements au fil des sessions thématiques.",
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            "name": "10ème Ecole de Bioinformatique AVIESAN-IFB-Inserm",
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            "description": "La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). Cette édition de l’école aborde les nouveaux enjeux technologiques: elle s’articulera autour de trois ateliers thématiques en session parallèle (RNA-seq, ChIP-seq/ATAC-seq, variants DNA-seq), et inclura une introduction à l’intégration des données, une ouverture aux approches “single-cell” ainsi qu’aux technologies “long reads”.\r\n\r\nL’école vise à introduire les concepts et à manipuler les outils informatiques et à en interpréter les résultats. Elle est basée sur une alternance de courtes sessions théoriques et d’ateliers pratiques. Les participants bénéficieront d’un tutorat personnalisé pour élaborer leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur plateforme.",
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            "homepage": "https://ressources.france-bioinformatique.fr/sites/default/files/programme-detaille-ecole-bioinfo-09-2015-2.pdf",
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            "shortName": "EBA 2013 - 1",
            "description": "La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). Cette édition de l’école aborde les nouveaux enjeux technologiques: elle s’articulera autour de trois ateliers en session parallèle (RNA-seq, ChIP-seq, variants DNA-seq)\r\nL’école vise à introduire les concepts et à manipuler les outils informatiques et à en interpréter les résultats. Elle est basée sur une alternance de courtes sessions théoriques et d’ateliers pratiques. Les participants bénéficieront d’un tutorat personnalisé pour élaborer leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur plateforme.",
            "homepage": "https://www.aviesan.fr/fr/aviesan/home/aviesan-news/ecole-de-bioinformatique-initiation-au-traitement-des-donnees-de-genomique-obtenues-par-sequencage-a-haut-debit",
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            "maxParticipants": 40,
            "contacts": [
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                {
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                    "id": 4,
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                {
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                {
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                {
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                    "name": "Institut Curie - Bioinformatique",
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                {
                    "id": 22,
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                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Genotoul-bioinfo/?format=api"
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            "logo_url": "https://ressources.france-bioinformatique.fr/sites/default/files/EBA2016_0_1_1_0.jpg",
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        },
        {
            "id": 407,
            "name": "6ème Ecole de Bioinformatique AVIESAN-IFB",
            "shortName": "EBAI 2017",
            "description": "La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). Cette édition de l’école aborde les nouveaux enjeux technologiques: elle s’articulera autour de trois ateliers en session parallèle (RNA-seq, ChIP-seq, variants DNA-seq), et inclura une introduction à l’intégration des données,  ouverture aux approches “single-cell” ainsi qu’aux technologies lectures longues (Nanopore, PacBio).\r\nL’école vise à introduire les concepts et à manipuler les outils informatiques et à en interpréter les résultats. Elle est basée sur une alternance de courtes sessions théoriques et d’ateliers pratiques. Les participants bénéficieront d’un tutorat personnalisé pour élaborer leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur plateforme.",
            "homepage": "https://ressources.france-bioinformatique.fr/en/evenements/EBA2017",
            "is_draft": false,
            "costs": [
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            "keywords": [
                "Biostatistics",
                "Sequence analysis",
                "NGS Sequencing Data Analysis"
            ],
            "prerequisites": [],
            "openTo": "Everyone",
            "accessConditions": "La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). \r\nAucune connaissance préalable des environnements Linux ou R n’est requise, mais il sera demandé aux participants de suivre une autoformation en ligne en amont, pour faciliter la prise en main de ces langages. La formation approfondira progressivement l’usage de ces environnements au fil des sessions thématiques.",
            "maxParticipants": null,
            "contacts": [],
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            "sponsoredBy": [
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                {
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            "organisedByOrganisations": [
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                    "id": 53,
                    "name": "AVIESAN",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/AVIESAN/?format=api"
                },
                {
                    "id": 4,
                    "name": "IFB - ELIXIR-FR",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB%20-%20ELIXIR-FR/?format=api"
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            ],
            "organisedByTeams": [
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                    "name": "BiGEst",
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            "homepage": "https://ressources.france-bioinformatique.fr/fr/evenements/ebaii2020",
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            "maxParticipants": 40,
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            "homepage": "https://ifb-elixirfr.github.io/EBAII/",
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            "keywords": [
                "Biostatistics",
                "Sequence analysis",
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            "openTo": "Everyone",
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            "maxParticipants": 40,
            "contacts": [
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            "updated_at": "2023-05-17T10:08:18.619532Z",
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            "end_date": "2023-11-10",
            "venue": "",
            "city": "Roscoff",
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        {
            "id": 412,
            "name": "2ème Ecole de Bioinformatique AVIESAN",
            "shortName": "EBA 2013 - 2",
            "description": "La formation est une initiation à l’utilisation des outils bioinformatiques permettant d’aborder la diversité des applications du NGS. Cette école, qui se veut généraliste, sera organisée en deux groupes thématiques principaux: (1) régulation, transcriptome et épigénome et (2) variations génomiques. Elle couvrira une série de techniques dérivées du séquençage à haut débit: RNA-seq, ChIP-seq, identification et annotation de SNP, RAD-seq, assemblage de novo de RNA-seq. Le but de l’école est de couvrir plusieurs technologies largement utilisées, plutôt que de se concentrer sur une seule.\r\nL’école sera basée sur des ateliers pratiques sous l’environnement convivial Galaxy.\r\nLes participants sélectionnés pourront bénéficier d’un tutorat personnalisé pour discuter de leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur plateforme (sans avoir la volonté de mener à bien l’analyse complète des données).",
            "homepage": "https://aviesan.fr/fr/aviesan/accueil/toute-l-actualite/2eme-ecole-de-bioinformatique-initiation-au-traitement-des-donnees-de-genomique-obtenues-par-sequencage-a-haut-debit/(sort_cat)/3726",
            "is_draft": false,
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            "keywords": [
                "Biostatistics",
                "Sequence analysis",
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            "maxParticipants": 40,
            "contacts": [
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            "communities": [],
            "sponsoredBy": [
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                    "name": "IFB Core",
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            "type": "Training course",
            "start_date": "2013-11-17",
            "end_date": "2013-11-22",
            "venue": "Station Biologique",
            "city": "Roscoff",
            "country": "France",
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            "registration_opening": null,
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        },
        {
            "id": 740,
            "name": "ETBII 2026 Ecole Thématique de Bioinformatique Intégrative / Integrative Bioinformatics Training School",
            "shortName": "ETBII 2026",
            "description": "La bioinformatique intégrative : principes et mise en œuvre sur un jeu de données multi-omiques.\r\n\r\nPrésentation de la formation\r\nLa bioinformatique intégrative est une thématique scientifique pluridisciplinaire récente qui combine et analyse des données biologiques provenant de différentes sources dans le but d’obtenir une compréhension holistique des systèmes biologiques. \r\nL’Institut Français de Bioinformatique (IFB) organise une école thématique à destination des bioinformaticiens/biostatisticiens/bioanalystes souhaitant acquérir des compétences théoriques et pratiques en bioinformatique intégrative.\r\nCette école rassemble une équipe pédagogique de 10 personnes et pourra accueillir 30 participants maximum pour sa nouvelle édition.\r\nLes sessions pratiques de l’école thématique s’appuieront sur des jeux de données fournis par les formateurs, spécialement sélectionnés pour illustrer les concepts abordés et permettre une mise en application concrète des méthodes présentées.\r\nPar ailleurs, des temps de travail en sous-groupes permettront à celles et ceux qui le souhaitent d’analyser leurs propres données(Bring Your Own Data BYOD), sous réserve que ces données soient partageables au sein des participants, adaptées aux approches présentées durant la formation et non sensibles (par exemple, ne contenant pas d’informations liées à des patients ou des données confidentielles).\r\nCe mode de fonctionnement permettra d’adapter les exercices aux contextes scientifiques réels des participants et de favoriser les échanges autour de cas pratiques variés.\r\nL’ensemble de la formation reposera sur l’utilisation des ressources de calcul et environnements de travail de l’Institut Français de Bioinformatique (https://www.france-bioinformatique.fr/calcul-et-stockage/).\r\nLes participants sont donc invités à respecter les conditions d’utilisation du Cluster IFB, notamment celles concernant le traitement de données dites sensibles ou de santé humaine, détaillées à l’adresse suivante : https://doc.cluster.france-bioinformatique.fr/terms-of-usage/#cas-des-donnees-dites-sensibles-ou-de-sante-humaine. Cette démarche garantit un cadre de travail conforme aux bonnes pratiques en matière de gestion et de partage des données scientifiques.\r\n\r\nPublic visé\r\nCette formation est ouverte à tous les scientifiques (doctorant·e·s, ingénieur·e·s, chercheur·e·s) impliqués dans un ou plusieurs projets de bioinformatique intégrative mobilisant des jeux de données omiques de natures différentes.\r\n\r\nPré-requis\r\n- Connaissances de base en Unix/shell, R\r\n- Autonomie dans la gestion et l’administration de son poste de travail (installation de librairies et utilisation des environnements de packaging type conda)\r\n- Une expérience préalable en analyse de données, idéalement appliquée à un jeu de données omiques, est attendue.\r\n\r\nObjectifs pédagogiques\r\nLa formation a pour objectif  :\r\n- d’introduire les concepts de bases et les différents types d’approches utilisées en bioinformatique intégrative\r\n- de proposer un approfondissement et une mise en pratique de ces approches sur un/des jeux de données intégrant différents types de données omiques\r\n- de faire bénéficier aux participants de l’expertise de l'équipe pédagogique sur la mise en œuvre des méthodes intégratives présentées durant la formation sur des jeux de données proposés par les participants.\r\nA la fin de cette formation les participants :\r\n- auront acquis un socle de connaissances générales en bioinformatique intégrative \r\n- auront identifié et appliqué sur un exemple les méthodes les plus utilisées en bioinformatique intégrative (méthodes de réduction de dimension, approches Réseaux, web sémantique) et auront mis en œuvre une analyse intégrative sur un/des jeux de données proposés lors de la - formation.",
            "homepage": "https://moodle.france-bioinformatique.fr/course/view.php?id=45",
            "is_draft": false,
            "costs": [],
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                "http://edamontology.org/topic_3391",
                "http://edamontology.org/topic_3366",
                "http://edamontology.org/topic_0091"
            ],
            "keywords": [
                "Methodology",
                "Biostatistics",
                "Biological network inference and analysis",
                "Dimension reduction",
                "Semantic web",
                "Integration of heterogeneous data",
                "Data Integration",
                "Tool integration"
            ],
            "prerequisites": [
                "Linux and knowledge of NGS formats",
                "Basic knowledge of R",
                "Python - basic knowledge"
            ],
            "openTo": "Everyone",
            "accessConditions": "Cette formation est ouverte à tous les scientifiques (doctorant·e·s, ingénieur·e·s, chercheur·e·s) impliqués dans un ou plusieurs projets de bioinformatique intégrative mobilisant des jeux de données omiques de natures différentes.",
            "maxParticipants": 30,
            "contacts": [
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/762/?format=api"
            ],
            "elixirPlatforms": [],
            "communities": [],
            "sponsoredBy": [
                {
                    "id": 1,
                    "name": "CNRS - IFB",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/CNRS%20-%20IFB/?format=api"
                }
            ],
            "organisedByOrganisations": [
                {
                    "id": 4,
                    "name": "IFB - ELIXIR-FR",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB%20-%20ELIXIR-FR/?format=api"
                }
            ],
            "organisedByTeams": [
                {
                    "id": 29,
                    "name": "IFB Core",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/IFB%20Core/?format=api"
                }
            ],
            "logo_url": "https://moodle.france-bioinformatique.fr/pluginfile.php/1441/course/overviewfiles/Copie%20de%20Logo_ETBII_Couleurs%20%281%29.png",
            "updated_at": "2025-11-03T14:11:43.902530Z",
            "type": "Training course",
            "start_date": "2026-03-29",
            "end_date": "2026-04-04",
            "venue": "",
            "city": "Fréjus",
            "country": "France",
            "geographical_range": "National",
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            "registration_closing": "2025-12-17",
            "registration_status": "open",
            "courseMode": "Onsite"
        },
        {
            "id": 505,
            "name": "2e Ecole Thématique de Bioinformatique Intégrative / Integrative Bioinformatics Training School",
            "shortName": "Second session of ETBII",
            "description": "La bioinformatique intégrative est une thématique scientifique pluridisciplinaire récente qui combine et analyse des données biologiques provenant de différentes sources dans le but d’obtenir une compréhension holistique des systèmes biologiques. \r\nL’Institut Français de Bioinformatique (IFB) organise une école thématique à destination des bioinformaticiens/biostatisticiens/bioanalystes souhaitant acquérir des compétences théoriques et pratiques en bioinformatique intégrative.\r\nCette école rassemble une équipe pédagogique de 10 personnes et pourra accueillir 30 participants maximum pour sa deuxième édition.\r\nL’ensemble de la formation reposera sur l’utilisation des ressources de calcul et environnements de travail de l’Institut Français de Bioinformatique (https://www.france-bioinformatique.fr/calcul-et-stockage/).\r\n\r\nPublic visé\r\nCette formation est ouverte à tous les scientifiques (ingénieurs, chercheurs dans des plateformes ou équipes de recherche) impliqués dans un ou plusieurs projets de bioinformatique intégrative mobilisant des jeux de données omiques de natures différentes.\r\n\r\nPré-requis\r\nConnaissances de base en Unix/shell, R, Python\r\nAutonomie dans la gestion de son poste de travail (installation de librairies et utilisation des environnements de packaging type conda)",
            "homepage": "https://www.france-bioinformatique.fr/formation/etbii/",
            "is_draft": false,
            "costs": [
                "770 TTC pour les académiques  et 1540 TTC pour les privés"
            ],
            "topics": [
                "http://edamontology.org/topic_0091",
                "http://edamontology.org/topic_3391",
                "http://edamontology.org/topic_3366"
            ],
            "keywords": [
                "Methodology",
                "Biostatistics",
                "Biological network inference and analysis",
                "Dimension reduction",
                "Semantic web",
                "Integration of heterogeneous data",
                "Data Integration",
                "Tool integration"
            ],
            "prerequisites": [
                "Linux and knowledge of NGS formats",
                "Basic knowledge of R"
            ],
            "openTo": "Everyone",
            "accessConditions": "Cette formation est ouverte à toute la communauté, en priorité aux bioinformaticien·ne·s des plateformes membres et équipes associées IFB souhaitant contribuer à la constitution de matériel pédagogique pour se préparer au montage de futures formations sur ce thème.",
            "maxParticipants": 30,
            "contacts": [
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/762/?format=api"
            ],
            "elixirPlatforms": [],
            "communities": [],
            "sponsoredBy": [
                {
                    "id": 1,
                    "name": "CNRS - IFB",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/CNRS%20-%20IFB/?format=api"
                }
            ],
            "organisedByOrganisations": [
                {
                    "id": 4,
                    "name": "IFB - ELIXIR-FR",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB%20-%20ELIXIR-FR/?format=api"
                }
            ],
            "organisedByTeams": [
                {
                    "id": 29,
                    "name": "IFB Core",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/IFB%20Core/?format=api"
                }
            ],
            "logo_url": "https://www.france-bioinformatique.fr/wp-content/uploads/Logo_ETBII_Couleurs.png",
            "updated_at": "2023-10-25T13:31:05.639302Z",
            "type": "Training course",
            "start_date": "2024-03-24",
            "end_date": "2024-03-29",
            "venue": "",
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            "shortName": "DUBii 2019",
            "description": "La bioinformatique est devenue une compétence incontournable pour l'analyse de données de natures diverses : génomes, transcriptomes, protéomes, métabolomes, structures macromoléculaires, réseaux d'interactions. L'appropriation par les biologistes des méthodes et des outils de biostatistique et bioinformatique intégrative est un enjeu majeur pour la montée en compétence des équipes de recherche et des plateformes de service.\r\n\r\nL'université de Paris propose en partenariat avec l'Institut Français de Bioinformatique (IFB) la troisième édition du Diplôme Universitaire en Bioinformatique intégrative (DUBii). Cette formation s’adresse en priorité à des biologistes ou à des médecins souhaitant évoluer en compétences ou envisager une reconversion professionnelle et ayant déjà acquis des compétences (formation courte, autoapprentissage, expérience de terrain) en informatique ou bioinformatique / biostatistique (environnement Unix, Python ou R ou autre langage de programmation). \r\n\r\nLe DUBii fournira une formation théorique et pratique, complétée par une période d'immersion de 20 jours sur l'une des plateformes régionales de l'IFB, qui mobilisera, dans le cadre d'un projet tutoré, l'ensemble des méthodes et outils appris durant les cours pour réaliser un projet personnel de bioinformatique intégrative. Ce projet combinera des données propres à chaque participant produites dans son laboratoire (principe BYOD : “Bring Your Own Data”) ou collectées à partir de bases de données publiques. \r\n\r\n Cette formation se déroulera pendant 8 semaines réparties entre :\r\nLes cours : 4 semaines à raison de 4 jours/semaine en présentiel (96h)\r\nLe projet tutoré : 20 jours sur l'une des plateformes bioinformatique de l'IFB",
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