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            "name": "Cycle « Analyse de données de séquençage à haut-débit » - Module 5/6 : Analyses RNA-seq, bioinformatique- session Septembre 2021",
            "shortName": "",
            "description": "Bilille propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.\r\nCe cycle est composé de 6 modules, à la carte : \r\n- Module 1: Analyses ADN\r\n- Module 2: Analyses de variants\r\n- Module 3 : Métagénomique\r\n- Module 4: ChIP-seq\r\n- Module 5: Analyses RNA-seq, bioinformatique\r\n- Module 6: Analyses RNA-seq, biostatistique\r\nLes fiches descriptives sont accessibles sur le site de Bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy.\r\nLes objectifs du module 5 sont :\r\n- Savoir réaliser une analyse transcriptomique par RNA-seq avec ou sans (de novo) génome de référence à l’aide du portail Galaxy\r\n- Avoir un regard critique sur la qualité des lectures obtenues par le séquenceur\r\n- Connaître et savoir paramétrer les outils nécessaires à l’analyse",
            "homepage": "https://bilille.univ-lille.fr/training/training-offer",
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            "accessConditions": "Etre familier avec la plate-forme web Galaxy (idéalement avoir suivi la formation bilille « Initiation à Galaxy »)\r\nAvoir suivi le module 1/5 « Analyses ADN » de ce cycle ou toute autre formation permettant de justifier de connaissances sur les données de séquençage haut débit et leur alignement.",
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            "logo_url": "https://bilille.univ-lille.fr/fileadmin/_processed_/9/2/csm_logo_bilille_complet_65be9bda8b.png",
            "updated_at": "2024-12-09T17:35:45.084740Z",
            "type": "Training course",
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        {
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            "name": "Principes FAIR pour la gestion des données  - Session 2024 IBISA-IFB Lyon",
            "shortName": "FAIR data IBISA Lyon 2024",
            "description": "Cette session de formation a pour but de former des responsables et membres de plateformes IBISA aux principes FAIR de gestion des données .\r\nLa formation se déroule sur 2 jours avec une alternance de présentation générales,  et techniques, témoignages et ateliers pratiques pour travailler sur différents sujets : PGD de structure, métadonnées, sécurité des données,...etc.\r\nA la fin de cette formation auront \r\n- acquis des connaissances théoriques et pratiques sur la gestion selon les principes FAIR de leurs données dans le contexte de la Science Ouverte\r\n- identifié des pistes d'amélioration pour la gestion des données de leur plateforme.",
            "homepage": "https://moodle.france-bioinformatique.fr/course/view.php?id=30",
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            "topics": [
                "http://edamontology.org/topic_0219",
                "http://edamontology.org/topic_3571",
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            "keywords": [
                "Données"
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                "Biologists"
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            "accessConditions": "private for IBISA platform staff",
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        {
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            "name": "Principes FAIR pour la gestion des données d'une plateforme IBISA - session 2023",
            "shortName": "FAIR data IBISA 2023",
            "description": "Cette session de formation a pour but de former des responsables et membres de plateformes IBISA aux principes FAIR de gestion des données .\r\nLa formation se déroule sur 2 jours avec une alternance de présentation générales,  et techniques, témoignages et ateliers pratiques pour travailler sur différents sujets : PGD de structure, métadonnées, sécurité des données,...etc.\r\nA la fin de cette formation auront \r\n- acquis des connaissances théoriques et pratiques sur la gestion selon les principes FAIR de leurs données dans le contexte de la Science Ouverte\r\n- identifié des pistes d'amélioration pour la gestion des données de leur plateforme.",
            "homepage": "https://moodle.france-bioinformatique.fr/course/view.php?id=16",
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            "costs": [
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                "http://edamontology.org/topic_0219",
                "http://edamontology.org/topic_3571",
                "http://edamontology.org/topic_3420"
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            "keywords": [
                "FAIR",
                "Data",
                "Données"
            ],
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                "Biologists"
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                    "name": "IFB Core",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/IFB%20Core/?format=api"
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            "logo_url": "https://moodle.france-bioinformatique.fr/pluginfile.php/1/core_admin/logocompact/300x300/1654772049/IFB-HAUT-COULEUR-PETIT.png",
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            "type": "Training course",
            "start_date": "2023-02-02",
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            "venue": "",
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        {
            "id": 485,
            "name": "IMGT® standards, databases, tools and web resources - Session 2022",
            "shortName": "IMGT workshop",
            "description": "Presentation of IMGT® patterns and resources for the study of genes, expressed repertoires and three-dimensional structures of immunoglobulins (antibodies) and T cell receptors.",
            "homepage": "https://www.biocampus.cnrs.fr/index.php/fr/ateliers-a-venir-inscriptions/68-presentation-des-standards-des-bases-de-donnees-outils-et-ressources-web-d-imgt",
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            "costs": [],
            "topics": [
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                "http://edamontology.org/topic_3948"
            ],
            "keywords": [
                "Protein structures",
                "Immune repertoire analysis",
                "Monoclonal antibody",
                "Immunology"
            ],
            "prerequisites": [
                "Biologists"
            ],
            "openTo": "Everyone",
            "accessConditions": "",
            "maxParticipants": 10,
            "contacts": [
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                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/UM/?format=api"
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            "organisedByTeams": [],
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            "updated_at": "2022-06-02T11:50:50.627601Z",
            "type": "Training course",
            "start_date": "2022-06-03",
            "end_date": null,
            "venue": "",
            "city": "Montpellier",
            "country": "France",
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            "courseMode": "Onsite"
        },
        {
            "id": 591,
            "name": "BIGomics, Génomique Comparative Biopolis",
            "shortName": "",
            "description": "Ce module vise à fournir une expérience d’analyse de données de génomique.\r\nLes technologies Next Generation Sequencing (NGS) ont conduit à une production massive de\r\ndonnées « Omiques » pour les plantes cultivées majeures, ce qui demande de nouvelles\r\napproches d’analyses haut débit. La connaissance de ces approches et des outils qui en\r\ndécoulent pour analyser la séquence et la structure des génomes, les annoter et caractériser\r\nleur diversité et leurs profils d’expression permet d’aborder des questions de recherche\r\nbiologique avancée sur la diversité et l’adaptation des plantes. Les espèces prises en\r\nconsidération sont des espèces phares des instituts de recherche agronomique de Montpellier\r\net font partie des cultures les plus importantes pour l’agriculture mondiale. Des plateformes\r\nd’outils bioinformatiques récents reposant sur des centres de calcul et de stockage haute\r\ncapacité, sont en place pour analyser des jeux de données originales permettant de mieux\r\ncomprendre comment les génomes de plantes évoluent et s’expriment. L’ensemble de ces\r\nconnaissances Findable, Accessible, Interoperable, Reusable car intégré dans des systèmes\r\nd’information peut soutenir l'identification de gènes responsables de caractères adaptatifs ou\r\nde production. La mobilisation de jeunes chercheurs sur ces sujets est primordiale tant la\r\ndemande est importante.\r\nLe module est structuré sous la forme de cours et de travaux tutorés avec la rencontre de\r\ngénéticiens et de bioinformaticiens permettant d’appréhender les formes variées des progrès\r\nen bioanalyse génomique. Il permet d’acquérir les lignes directrices pour l’accès, l'utilisation\r\net l'analyse de différents types de données omique (e.g. (épi)génomique, transcriptomique,\r\nprotéique, métabolique) en vue d’accélérer les recherches en génomique fonctionnelle et\r\nbiotechnologie des plantes.\r\nL’évaluation sera faite sur la base de la participation et de la qualité du projet proposé par\r\nl’étudiant en fin de module, individuellement ou en binôme, suivant les consignes détaillées en\r\ndébut de module",
            "homepage": "https://elearning.cirad.fr/mod/resource/view.php?id=2339",
            "is_draft": false,
            "costs": [
                "Free to academics"
            ],
            "topics": [
                "http://edamontology.org/topic_0797",
                "http://edamontology.org/topic_3810",
                "http://edamontology.org/topic_0780",
                "http://edamontology.org/topic_3056"
            ],
            "keywords": [
                "Phylogeny",
                "Biodiversity",
                "NGS Data Analysis"
            ],
            "prerequisites": [
                "Basic knowledge of R"
            ],
            "openTo": "Everyone",
            "accessConditions": "Inscription via un formulaire Moodle",
            "maxParticipants": 50,
            "contacts": [
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        {
            "id": 579,
            "name": "Manipulation de données avec R, introduction à tidyverse (session 2024)",
            "shortName": "Introduction à tidyverse (2024)",
            "description": "Objectifs pédagogiques\r\nA l’issue de la formation, les stagiaires seront capables de :\r\n* utiliser les principales fonctions des packages dplyr et tidyr de l’écosystème du « tidyverse »\r\n* lire les données et les ranger dans un format « tidy »\r\n* manipuler les données : filtrer, sélectionner, trier, produire des résultats par groupe, fusionner plusieurs tables\r\n* mettre en forme et pivoter les tables de données\r\n\r\nProgramme\r\n* Principes du tidyverse\r\n* Principales fonctions de manipulation de données du package dplyr : ajouter de nouvelles variables, sélectionner des colonnes, filtrer des lignes, trier, grouper, fusionner des tables\r\n* Enchaînements des opérations à l’aide de « pipe »\r\n* Mise en forme, jointure et pivot de données avec le package tidyr\r\n* Mise en application sur un exemple d’analyse de données de transcriptomique.",
            "homepage": "https://documents.migale.inrae.fr/trainings.html",
            "is_draft": false,
            "costs": [
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            "topics": [
                "http://edamontology.org/topic_0605"
            ],
            "keywords": [
                "R Language",
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                "Basic knowledge of R"
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            "maxParticipants": 10,
            "contacts": [
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                    "name": "BioinfOmics",
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        {
            "id": 700,
            "name": "Manipulation de données avec R, introduction à tidyverse : 2025",
            "shortName": "Introduction à tidyverse",
            "description": "Objectifs pédagogiques\r\nA l’issue de la formation, les stagiaires seront capables de :\r\n* utiliser les principales fonctions des packages dplyr et tidyr de l’écosystème du « tidyverse »\r\n* lire les données et les ranger dans un format « tidy »\r\n* manipuler les données : filtrer, sélectionner, trier, produire des résultats par groupe, fusionner plusieurs tables\r\n* mettre en forme et pivoter les tables de données\r\n\r\nProgramme\r\n* Principes du tidyverse\r\n* Principales fonctions de manipulation de données du package dplyr : ajouter de nouvelles variables, sélectionner des colonnes, filtrer des lignes, trier, grouper, fusionner des tables\r\n* Enchaînements des opérations à l’aide de « pipe »\r\n* Mise en forme, jointure et pivot de données avec le package tidyr\r\n* Mise en application sur un exemple d’analyse de données de transcriptomique.",
            "homepage": "https://documents.migale.inrae.fr/trainings.html",
            "is_draft": false,
            "costs": [
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            "topics": [
                "http://edamontology.org/topic_0605"
            ],
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            ],
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                    "name": "INRAE",
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                    "id": 88,
                    "name": "BioinfOmics",
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            "logo_url": "https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png",
            "updated_at": "2025-01-23T15:46:16.560558Z",
            "type": "Training course",
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            "venue": "",
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        },
        {
            "id": 505,
            "name": "2e Ecole Thématique de Bioinformatique Intégrative / Integrative Bioinformatics Training School",
            "shortName": "Second session of ETBII",
            "description": "La bioinformatique intégrative est une thématique scientifique pluridisciplinaire récente qui combine et analyse des données biologiques provenant de différentes sources dans le but d’obtenir une compréhension holistique des systèmes biologiques. \r\nL’Institut Français de Bioinformatique (IFB) organise une école thématique à destination des bioinformaticiens/biostatisticiens/bioanalystes souhaitant acquérir des compétences théoriques et pratiques en bioinformatique intégrative.\r\nCette école rassemble une équipe pédagogique de 10 personnes et pourra accueillir 30 participants maximum pour sa deuxième édition.\r\nL’ensemble de la formation reposera sur l’utilisation des ressources de calcul et environnements de travail de l’Institut Français de Bioinformatique (https://www.france-bioinformatique.fr/calcul-et-stockage/).\r\n\r\nPublic visé\r\nCette formation est ouverte à tous les scientifiques (ingénieurs, chercheurs dans des plateformes ou équipes de recherche) impliqués dans un ou plusieurs projets de bioinformatique intégrative mobilisant des jeux de données omiques de natures différentes.\r\n\r\nPré-requis\r\nConnaissances de base en Unix/shell, R, Python\r\nAutonomie dans la gestion de son poste de travail (installation de librairies et utilisation des environnements de packaging type conda)",
            "homepage": "https://www.france-bioinformatique.fr/formation/etbii/",
            "is_draft": false,
            "costs": [
                "770 TTC pour les académiques  et 1540 TTC pour les privés"
            ],
            "topics": [
                "http://edamontology.org/topic_3391",
                "http://edamontology.org/topic_3366",
                "http://edamontology.org/topic_0091"
            ],
            "keywords": [
                "Methodology",
                "Biostatistics",
                "Biological network inference and analysis",
                "Dimension reduction",
                "Semantic web",
                "Integration of heterogeneous data",
                "Data Integration",
                "Tool integration"
            ],
            "prerequisites": [
                "Linux and knowledge of NGS formats",
                "Basic knowledge of R"
            ],
            "openTo": "Everyone",
            "accessConditions": "Cette formation est ouverte à toute la communauté, en priorité aux bioinformaticien·ne·s des plateformes membres et équipes associées IFB souhaitant contribuer à la constitution de matériel pédagogique pour se préparer au montage de futures formations sur ce thème.",
            "maxParticipants": 30,
            "contacts": [
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/762/?format=api"
            ],
            "elixirPlatforms": [],
            "communities": [],
            "sponsoredBy": [
                {
                    "id": 1,
                    "name": "CNRS - IFB",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/CNRS%20-%20IFB/?format=api"
                }
            ],
            "organisedByOrganisations": [
                {
                    "id": 4,
                    "name": "IFB",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB/?format=api"
                }
            ],
            "organisedByTeams": [
                {
                    "id": 29,
                    "name": "IFB Core",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/IFB%20Core/?format=api"
                }
            ],
            "logo_url": "https://www.france-bioinformatique.fr/wp-content/uploads/Logo_ETBII_Couleurs.png",
            "updated_at": "2023-10-25T13:31:05.639302Z",
            "type": "Training course",
            "start_date": "2024-03-24",
            "end_date": "2024-03-29",
            "venue": "",
            "city": "Fréjus",
            "country": "France",
            "geographical_range": "",
            "trainers": [
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/762/?format=api",
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/756/?format=api",
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/770/?format=api",
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/750/?format=api",
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/237/?format=api",
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/657/?format=api",
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/722/?format=api",
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/146/?format=api",
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/116/?format=api",
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/556/?format=api",
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/721/?format=api"
            ],
            "trainingMaterials": [],
            "computingFacilities": [],
            "realisation_status": "past",
            "registration_opening": null,
            "registration_closing": "2023-12-01",
            "registration_status": "closed",
            "courseMode": "Onsite"
        },
        {
            "id": 489,
            "name": "Ecole Thématique de Bioinformatique Intégrative - session 2023 / Integrative Bioinforformatics training school - 2023 session",
            "shortName": "ETBII 2023",
            "description": "Dans l’objectif de développer et fédérer des compétences en bioinformatique intégrative au sein de la communauté, l’IFB propose une nouvelle école thématique ayant un double objectif :\r\n- une montée en compétences théoriques et pratiques des bioinformaticiens, biostatisticiens et bioanalystes\r\n- la constitution de matériel pédagogique partagé sur ce sujet.\r\n\r\nCette école mobilise une équipe pédagogique de 10 personnes et pourra accueillir 30 participants.\r\nL’ensemble de la formation reposera sur l’utilisation des ressources de calcul et de la plateforme pédagogique de l’Institut Français de Bioinformatique.\r\n\r\nObjectifs pédagogiques \r\n\r\nLa formation a pour but :\r\n- d’introduire les concepts de bases et les différents types d’approches utilisées en bioinformatique intégrative,\r\n- de proposer un approfondissement et une mise en pratique d’une de ces approches sur un/des jeux de données intégrant différents types de données omiques. \r\n- de créer, améliorer et partager des ressources pédagogiques (supports de formation, jeux de données, tutoriels) sur le thème de la bioinformatique intégrative.\r\n\r\nA la fin de cette formation les participants :\r\n- auront acquis un socle de connaissances générales en bioinformatique intégrative, \r\n- auront mis en oeuvre une analyse intégrative depuis la préparation des données jusqu’à l’analyse critique de résultats sur un/des jeux de données proposés lors de la formation,\r\n- auront contribué à constituer du matériel pédagogique partagé sur le sujet.\r\n\r\nPré-requis\r\n- Connaissances de base en Unix/shell, R, Python \r\n- Autonomie dans la gestion de son poste de travail (installation de librairies et maîtrise des environnements de packaging type conda)",
            "homepage": "https://www.france-bioinformatique.fr/formation/etbii/",
            "is_draft": false,
            "costs": [
                "770 TTC pour les académiques  et 1540 TTC pour les privés"
            ],
            "topics": [
                "http://edamontology.org/topic_3391",
                "http://edamontology.org/topic_3366",
                "http://edamontology.org/topic_0091"
            ],
            "keywords": [
                "Methodology",
                "Biostatistics",
                "Biological network inference and analysis",
                "Dimension reduction",
                "Semantic web",
                "Integration of heterogeneous data",
                "Data Integration",
                "Tool integration"
            ],
            "prerequisites": [
                "Linux and knowledge of NGS formats",
                "Basic knowledge of R"
            ],
            "openTo": "Everyone",
            "accessConditions": "Cette formation est ouverte à toute la communauté mais cette première édition s’adresse en priorité à des bioinformaticien·ne·s des plateformes membres et équipes associées IFB souhaitant contribuer à la constitution de matériel pédagogique pour se préparer au montage de futures formations sur ce thème.",
            "maxParticipants": 30,
            "contacts": [
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/762/?format=api"
            ],
            "elixirPlatforms": [],
            "communities": [],
            "sponsoredBy": [
                {
                    "id": 1,
                    "name": "CNRS - IFB",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/CNRS%20-%20IFB/?format=api"
                }
            ],
            "organisedByOrganisations": [
                {
                    "id": 4,
                    "name": "IFB",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB/?format=api"
                }
            ],
            "organisedByTeams": [
                {
                    "id": 29,
                    "name": "IFB Core",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/IFB%20Core/?format=api"
                }
            ],
            "logo_url": "https://www.france-bioinformatique.fr/wp-content/uploads/Logo_ETBII_Couleurs.png",
            "updated_at": "2023-05-17T10:02:50.638104Z",
            "type": "Training course",
            "start_date": "2023-01-16",
            "end_date": "2023-01-20",
            "venue": "Accès\r\n\r\nTrain : TGV, gare de St-Raphaël-Valescure (3 km) et car (ligne 3) jusqu’à la Villa Clythia.\r\nÀ 1h30 de Nice, 1h20 de Toulon, 2h10 de Marseille et 7h30 de Paris.\r\n\r\nVoiture : Sur l’A8 prendre la sortie n° 38, Fréjus. Cartes Michelin 82 et 245.\r\nAvion : Nice (70 km), Toulon (90 km), Marseille (140 km).\r\n\r\nTransfert : Navettes depuis la gare de St Raphael. Taxis depuis l’aéroport de\r\nNice (sur réservation).\r\n\r\nCAES du CNRS\r\nLa Villa Clythia\r\n2754, rue Henri Giraud\r\n83600 Fréjus",
            "city": "Fréjus",
            "country": "France",
            "geographical_range": "National",
            "trainers": [
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/762/?format=api",
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/756/?format=api",
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/750/?format=api",
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/237/?format=api",
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/657/?format=api",
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/722/?format=api",
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/146/?format=api",
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/116/?format=api",
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/556/?format=api",
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/721/?format=api"
            ],
            "trainingMaterials": [],
            "computingFacilities": [],
            "realisation_status": "past",
            "registration_opening": "2022-09-12",
            "registration_closing": "2022-10-12",
            "registration_status": "closed",
            "courseMode": "Onsite"
        },
        {
            "id": 605,
            "name": "BIGomics, Génomique Comparative",
            "shortName": "BOGC",
            "description": "Ce module vise à fournir une expérience d’analyse de données de génomique.\r\nLes technologies Next Generation Sequencing (NGS) ont conduit à une production massive de\r\ndonnées « Omiques » pour les plantes cultivées majeures, ce qui demande de nouvelles\r\napproches d’analyses haut débit. La connaissance de ces approches et des outils qui en\r\ndécoulent pour analyser la séquence et la structure des génomes, les annoter et caractériser\r\nleur diversité et leurs profils d’expression permet d’aborder des questions de recherche\r\nbiologique avancée sur la diversité et l’adaptation des plantes. Les espèces prises en\r\nconsidération sont des espèces phares des instituts de recherche agronomique de Montpellier\r\net font partie des cultures les plus importantes pour l’agriculture mondiale. Des plateformes\r\nd’outils bioinformatiques récents reposant sur des centres de calcul et de stockage haute\r\ncapacité, sont en place pour analyser des jeux de données originales permettant de mieux\r\ncomprendre comment les génomes de plantes évoluent et s’expriment. L’ensemble de ces\r\nconnaissances Findable, Accessible, Interoperable, Reusable car intégré dans des systèmes\r\nd’information peut soutenir l'identification de gènes responsables de caractères adaptatifs ou\r\nde production. La mobilisation de jeunes chercheurs sur ces sujets est primordiale tant la\r\ndemande est importante.\r\nLe module est structuré sous la forme de cours et de travaux tutorés avec la rencontre de\r\ngénéticiens et de bioinformaticiens permettant d’appréhender les formes variées des progrès\r\nen bioanalyse génomique. Il permet d’acquérir les lignes directrices pour l’accès, l'utilisation\r\net l'analyse de différents types de données omique (e.g. (épi)génomique, transcriptomique,\r\nprotéique, métabolique) en vue d’accélérer les recherches en génomique fonctionnelle et\r\nbiotechnologie des plantes.\r\nL’évaluation sera faite sur la base de la participation et de la qualité du projet proposé par\r\nl’étudiant en fin de module, individuellement ou en binôme, suivant les consignes détaillées en\r\ndébut de module",
            "homepage": "https://elearning.cirad.fr/mod/resource/view.php?id=2339",
            "is_draft": false,
            "costs": [
                "Free to academics"
            ],
            "topics": [
                "http://edamontology.org/topic_0797",
                "http://edamontology.org/topic_3810",
                "http://edamontology.org/topic_0780",
                "http://edamontology.org/topic_3056"
            ],
            "keywords": [
                "Phylogeny",
                "Biodiversity",
                "NGS Data Analysis"
            ],
            "prerequisites": [
                "Basic knowledge of R"
            ],
            "openTo": "Everyone",
            "accessConditions": "Inscription via un formulaire Moodle",
            "maxParticipants": 50,
            "contacts": [
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/573/?format=api"
            ],
            "elixirPlatforms": [],
            "communities": [],
            "sponsoredBy": [
                {
                    "id": 17,
                    "name": "Agropolis Fondation",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Agropolis%20Fondation/?format=api"
                }
            ],
            "organisedByOrganisations": [
                {
                    "id": 50,
                    "name": "CIRAD",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CIRAD/?format=api"
                },
                {
                    "id": 82,
                    "name": "INRAE",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=api"
                },
                {
                    "id": 85,
                    "name": "IRD",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IRD/?format=api"
                }
            ],
            "organisedByTeams": [
                {
                    "id": 24,
                    "name": "South Green",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/South%20Green/?format=api"
                }
            ],
            "logo_url": "https://southgreenplatform.github.io/trainings//images/southgreenlong.png",
            "updated_at": "2024-03-11T13:30:02.752091Z",
            "type": "Training course",
            "start_date": "2024-04-11",
            "end_date": "2024-04-16",
            "venue": "Campus numérique francophone - AUF - Université d'Antananarivo",
            "city": "Antananarivo",
            "country": "Madagascar",
            "geographical_range": "",
            "trainers": [],
            "trainingMaterials": [],
            "computingFacilities": [],
            "realisation_status": "past",
            "registration_opening": "2024-03-04",
            "registration_closing": "2024-03-17",
            "registration_status": "closed",
            "courseMode": "Onsite"
        },
        {
            "id": 587,
            "name": "Analyse statistique de données RNA-Seq - Recherche des régions d’intérêt différentiellement exprimées (2024)",
            "shortName": "Analyse statistique de données RNA-Seq (2024)",
            "description": "Objectifs pédagogiques\r\n* Se sensibiliser aux concepts et méthodes statistiques pour l’analyse de données transcriptomiques de type RNA-Seq.\r\n* Comprendre le matériel et méthodes (normalisation et tests statistiques) d’un article.\r\n* Réaliser une étude transcriptomique avec R dans l’environnement RStudio.\r\n\r\nProgramme\r\n* Planification expérimentale des expériences RNA-Seq (identification des biais, répétitions, biais contrôlables).\r\n* Normalisation et analyse différentielle : recherche de “régions d’intérêt” différentiellement exprimées (modèle linéaire généralisé).\r\n*Prise en compte de la multiplicité des tests.\r\n\r\nLe cours sera illustré par différents exemples. Un jeu de données à deux facteurs sera analysé avec les packages R DESeq2 et edgeR dans l’environnement RStudio.",
            "homepage": "https://documents.migale.inrae.fr/trainings.html",
            "is_draft": false,
            "costs": [
                "Priced"
            ],
            "topics": [
                "http://edamontology.org/topic_3170",
                "http://edamontology.org/topic_0203",
                "http://edamontology.org/topic_3308"
            ],
            "keywords": [
                "Statistical differential analysis",
                "RNA-seq"
            ],
            "prerequisites": [
                "Basic knowledge of R"
            ],
            "openTo": "Everyone",
            "accessConditions": "",
            "maxParticipants": 10,
            "contacts": [
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/769/?format=api"
            ],
            "elixirPlatforms": [],
            "communities": [],
            "sponsoredBy": [],
            "organisedByOrganisations": [
                {
                    "id": 82,
                    "name": "INRAE",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=api"
                },
                {
                    "id": 88,
                    "name": "BioinfOmics",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=api"
                }
            ],
            "organisedByTeams": [
                {
                    "id": 10,
                    "name": "MIGALE",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MIGALE/?format=api"
                }
            ],
            "logo_url": "https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png",
            "updated_at": "2024-01-18T14:52:00.895148Z",
            "type": "Training course",
            "start_date": "2024-06-10",
            "end_date": "2024-06-11",
            "venue": "https://migale.inrae.fr/how-to-come",
            "city": "Jouy-en-Josas",
            "country": "France",
            "geographical_range": "",
            "trainers": [
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/776/?format=api",
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/745/?format=api"
            ],
            "trainingMaterials": [],
            "computingFacilities": [],
            "realisation_status": "past",
            "registration_opening": "2024-01-08",
            "registration_closing": "2024-05-27",
            "registration_status": "closed",
            "courseMode": "Onsite"
        },
        {
            "id": 518,
            "name": "Statistiques avec R / Statistics with R - Session 1 - 2023",
            "shortName": "R - Stats 2023 S1",
            "description": "Objectifs\r\n- Choisir un test statistique adapté à un problème donné.\r\n-\r\nImporter des données et réaliser un test avec R.\r\nProgramme\r\n- Théorie : modèle, loi de distribution, hypothèse H0, variable de test, p-value, tests multiples, FDR\r\n- Pratique : réalisation de tests sous R dans un environnement convivial (RStudio)\r\n-\r\ntests usuels simples : Gauss, Student, χ2\r\n-\r\ntests multiples : ANOVA, correction (ex. Student multiple), tests spécifiques (ex. SAM)",
            "homepage": "https://abims.sb-roscoff.fr/training/courses",
            "is_draft": false,
            "costs": [
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            ],
            "topics": [
                "http://edamontology.org/topic_2269"
            ],
            "keywords": [],
            "prerequisites": [
                "Basic knowledge of R"
            ],
            "openTo": "Everyone",
            "accessConditions": "",
            "maxParticipants": 18,
            "contacts": [],
            "elixirPlatforms": [],
            "communities": [],
            "sponsoredBy": [],
            "organisedByOrganisations": [],
            "organisedByTeams": [
                {
                    "id": 4,
                    "name": "ABiMS",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ABiMS/?format=api"
                }
            ],
            "logo_url": "https://abims.sb-roscoff.fr/sites/default/files/abims.png",
            "updated_at": "2023-05-17T09:27:31.911754Z",
            "type": "Training course",
            "start_date": "2023-06-01",
            "end_date": "2023-06-01",
            "venue": "",
            "city": "Roscoff",
            "country": "France",
            "geographical_range": "",
            "trainers": [],
            "trainingMaterials": [],
            "computingFacilities": [],
            "realisation_status": "past",
            "registration_opening": "2023-02-22",
            "registration_closing": "2023-04-30",
            "registration_status": "closed",
            "courseMode": "Onsite"
        },
        {
            "id": 571,
            "name": "Développement d’une application avec R Shiny (session 2024)",
            "shortName": "Shiny application development (2024)",
            "description": "Objectifs pédagogiques\r\n\r\nÀ l’issue de la formation, les stagiaires connaîtront les principes de bases et le fonctionnement du package “Shiny”. Ils et elles seront capables de créer leurs premières applications web interactives à partir de scripts R. Les solutions de déploiement d’applications Shiny seront également abordées.\r\n\r\nProgramme\r\n\r\nPrincipes généraux et fonctionnement d’une application Shiny\r\nDéveloppement d’applications Shiny\r\nDéploiement d’applications Shiny",
            "homepage": "https://documents.migale.inrae.fr/trainings.html",
            "is_draft": false,
            "costs": [
                "Priced"
            ],
            "topics": [
                "http://edamontology.org/topic_0605"
            ],
            "keywords": [
                "Shiny"
            ],
            "prerequisites": [
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        {
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            "name": "Statistiques avec R / Statistics with R - 2022 Session 1",
            "shortName": "R - Stats - 2022 S1",
            "description": "Objectifs\r\n- Choisir un test statistique adapté à un problème donné.\r\n-\r\nImporter des données et réaliser un test avec R.\r\nProgramme\r\n- Théorie : modèle, loi de distribution, hypothèse H0, variable de test, p-value, tests multiples, FDR\r\n- Pratique : réalisation de tests sous R dans un environnement convivial (RStudio)\r\n-\r\ntests usuels simples : Gauss, Student, χ2\r\n-\r\ntests multiples : ANOVA, correction (ex. Student multiple), tests spécifiques (ex. SAM)",
            "homepage": "http://abims.sb-roscoff.fr/training/courses",
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        {
            "id": 650,
            "name": "Analyses Single Cell RNA-seq (ScRNA-seq) avec R",
            "shortName": "",
            "description": "Cette formation introduira notamment la librairie Seurat permettant la manipulation et l'analyse de données Single Cell RNA-seq ainsi que la visualisation des résultats d'analyse\r\n\r\n- Rappels des concepts du séquençage Single Cell RNA-seq\r\n- Importation des données Single Cell dans R\r\n- Intégration de données Single Cell multiples\r\n- Quality Check et pré-traitement des données\r\n- Normalisation de données\r\n- Identification de marqueurs\r\n- Clustering et assignation cellulaire\r\n- Analyse différentielle des groupes cellulaires\r\n- Savoir intégrer les données de spatialisation\r\n- Savoir intégrer les données de trajectoire\r\n- Savoir intégrer les données de communication cellulaire\r\n- Savoir intégrer les données d'épigénétique (ATAC-seq)",
            "homepage": "https://cnrsformation.cnrs.fr/analyses-single-cell-rna-seq-scrna-seq-avec-r?axe=176",
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                "NGS Sequencing Data Analysis"
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            "accessConditions": "Maîtrise du langage R\r\nAvoir suivi le stage \"Langage R : introduction\" ou niveau équivalent.\r\nAfin de vérifier que votre maîtrise du langage R est suffisante pour pouvoir suivre ce stage, nous vous invitons à effectuer et à renvoyer le test téléchargeable\r\nhttps://cnrsformation.cnrs.fr/data/STG_23294_55153.docx",
            "maxParticipants": 12,
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        {
            "id": 653,
            "name": "Analyses Single Cell RNA-seq (ScRNA-seq) avec R",
            "shortName": "",
            "description": "Cette formation introduira notamment la librairie Seurat permettant la manipulation et l'analyse de données Single Cell RNA-seq ainsi que la visualisation des résultats d'analyse\r\n\r\n- Rappels des concepts du séquençage Single Cell RNA-seq\r\n- Importation des données Single Cell dans R\r\n- Intégration de données Single Cell multiples\r\n- Quality Check et pré-traitement des données\r\n- Normalisation de données\r\n- Identification de marqueurs\r\n- Clustering et assignation cellulaire\r\n- Analyse différentielle des groupes cellulaires\r\n- Savoir intégrer les données de spatialisation\r\n- Savoir intégrer les données de trajectoire\r\n- Savoir intégrer les données de communication cellulaire\r\n- Savoir intégrer les données d'épigénétique (ATAC-seq)",
            "homepage": "https://cnrsformation.cnrs.fr/analyses-single-cell-rna-seq-scrna-seq-avec-r?axe=176",
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            "maxParticipants": 12,
            "contacts": [
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                    "name": "CNRS formation entreprise",
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                    "name": "CNRS formation entreprises",
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        {
            "id": 534,
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            "description": "A l’issue de la formation, les stagiaires seront capables de :\r\n- utiliser les principales fonctions des packages dplyr et tidyr de l’écosystème du « tidyverse »\r\n- lire les données et les ranger dans un format « tidy »\r\n- manipuler les données : filtrer, sélectionner, trier, produire des résultats par groupe, fusionner plusieurs tables\r\n- mettre en forme et pivoter les tables de données",
            "homepage": "https://migale.inrae.fr/trainings",
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            "maxParticipants": 10,
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                    "name": "INRAE",
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                    "name": "MIGALE",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MIGALE/?format=api"
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            "type": "Training course",
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            "venue": "Access to the INRAE center reception\r\n By car\r\n\r\n    Take the N118 from the Paris rotary Porte de Saint-Cloud > Pont de Sèvres > Follow direction Bordeaux/Nantes – take exit 6A Jouy-en-Josas/Bièvres\r\n    Take the N12 from Plaisir > Follow direction Paris exit 1 towards the D53\r\n    Take the A12 Rambouillet > Jouy – take exit 2 via the D446\r\n\r\n By the RER (train to the suburbs)\r\n\r\nRER C Line: Get off at the Jouy-en-Josas station. The research center is a 15 minute walk (you must walk towards the town hall (Mairie de Jouy).\r\n\r\n    From Chatelet-Les Halles, take the RER B line until the Massy-Palaiseau station (32 min.) then take the RER C line CIME train (14 min.)\r\n    From Versailles-Chantier RER C station take the VICK or VITY train (8 min.)\r\n    From the Bibliothèque François Mitterand RER C station, take the CIME train (1 hour)\r\n\r\n From the Orly Airport\r\n\r\nTake the bus « Paris par le train » to the Pont de Rungis RER C train station. Then take the RER C train CIME towards Versailles Chantiers. Get off at the Jouy-en-Josas station.\r\n\r\nStops of the “Paris par le train” bus :\r\n\r\n    Paris-Orly Sud : porte C, stop 6\r\n    Paris-Orly Ouest : porte G on the Arrivals level.\r\n\r\n From the Charles de Gaulle - Roissy Airport\r\n\r\nTo go from the Paris-Charles de Gaulle airport to Jouy-en-Josas you may take :\r\n\r\n    the RER B train towards St Remy les Chevreuses. Get off at the Massy Palaiseau station\r\n    the RER C train towards Versailles Chantiers (CIME trains). Get off at Jouy-en-Josas.",
            "city": "JOUY EN JOSAS Cedex",
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            "trainers": [
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/745/?format=api",
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/415/?format=api"
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            "registration_status": "closed",
            "courseMode": "Online"
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        {
            "id": 695,
            "name": "Analyse statistique de données RNA-Seq - Recherche des régions d’intérêt différentiellement exprimées : 2025",
            "shortName": "Analyse statistique de données RNA-Seq",
            "description": "Objectifs pédagogiques\r\n* Se sensibiliser aux concepts et méthodes statistiques pour l’analyse de données transcriptomiques de type RNA-Seq.\r\n* Comprendre le matériel et méthodes (normalisation et tests statistiques) d’un article.\r\n* Réaliser une étude transcriptomique avec R dans l’environnement RStudio.\r\n\r\nProgramme\r\n* Planification expérimentale des expériences RNA-Seq (identification des biais, répétitions, biais contrôlables).\r\n* Normalisation et analyse différentielle : recherche de “régions d’intérêt” différentiellement exprimées (modèle linéaire généralisé).\r\n*Prise en compte de la multiplicité des tests.\r\n\r\nLe cours sera illustré par différents exemples. Un jeu de données à deux facteurs sera analysé avec les packages R DESeq2 et edgeR dans l’environnement RStudio.",
            "homepage": "https://documents.migale.inrae.fr/trainings.html",
            "is_draft": false,
            "costs": [
                "Priced"
            ],
            "topics": [
                "http://edamontology.org/topic_3170",
                "http://edamontology.org/topic_0203",
                "http://edamontology.org/topic_3308"
            ],
            "keywords": [
                "Statistical differential analysis",
                "RNA-seq"
            ],
            "prerequisites": [
                "Basic knowledge of R"
            ],
            "openTo": "Everyone",
            "accessConditions": "",
            "maxParticipants": 10,
            "contacts": [
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/769/?format=api"
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                },
                {
                    "id": 88,
                    "name": "BioinfOmics",
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            "logo_url": "https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png",
            "updated_at": "2025-01-23T15:39:41.484105Z",
            "type": "Training course",
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            "end_date": "2025-05-13",
            "venue": "",
            "city": "Jouy-en-Josas",
            "country": "France",
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        },
        {
            "id": 612,
            "name": "RNASEQ ALIGNMENT, QUANTIFICATION AND TRANSCRIPT DISCOVERY WITH STATISTICS - session 14 - 17 /05/2024",
            "shortName": "RNASeq bioinfo / biostat",
            "description": "The Toulouse Genotoul bioinformatics platform, in collaboration with the Genotoul Biostatistics platform, and the MIAT unit, organize a 3,5 days long training course for bio-informaticians and biologists aiming at learning sequence analysis. It focuses on (protein coding) gene expression analysis using reads produced by ‘RNA-Seq’. This training session is designed to introduce sequences from ‘NGS’ (Next Generation Sequencing), particularly Illumina platforms (HiSeq). You will discover the standards file formats, learn about the usual biases of this type of data and run different kinds of analyses, such as spliced alignment on a reference genome, novel gene and transcript discovery, expression quantification of coding genes and transcripts. Finally you will be able to extract the differentially expressed genes.",
            "homepage": "https://bioinfo.genotoul.fr/index.php/events/rnaseq-alignment-transcripts-assemblies-statistics/",
            "is_draft": false,
            "costs": [
                "Non-academic: 550€ + 20% taxes (TVA)",
                "Academic but non-INRAE: 170 € + 20% taxes (TVA)",
                "For INRAE's staff: 150 € no VAT charged;"
            ],
            "topics": [
                "http://edamontology.org/topic_0203",
                "http://edamontology.org/topic_3308"
            ],
            "keywords": [
                "NGS Data Analysis",
                "Expression"
            ],
            "prerequisites": [
                "Linux/Unix",
                "Cluster",
                "Langage R de base"
            ],
            "openTo": "Everyone",
            "accessConditions": "Register on the training page : https://bioinfo.genotoul.fr/index.php/training-2/training/",
            "maxParticipants": 12,
            "contacts": [
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                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/300/?format=api"
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                    "id": 15,
                    "name": "MIAT",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/MIAT/?format=api"
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            "organisedByTeams": [
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                    "name": "Genotoul-biostat",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Genotoul-biostat/?format=api"
                },
                {
                    "id": 22,
                    "name": "Genotoul-bioinfo",
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            "logo_url": "http://bioinfo.genotoul.fr/wp-content/uploads/bioinfo_logo-rvb-petit.png",
            "updated_at": "2024-03-26T14:25:27.655655Z",
            "type": "Training course",
            "start_date": "2024-05-14",
            "end_date": "2024-05-17",
            "venue": "",
            "city": "Castanet Tolosan",
            "country": "France",
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            "trainingMaterials": [
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                    "id": 135,
                    "name": "training RNASEQ Bioinfo part",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/trainingmaterial/training%20RNASEQ%20Bioinfo%20part/?format=api"
                },
                {
                    "id": 136,
                    "name": "training RNASeq biostat part",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/trainingmaterial/training%20RNASeq%20biostat%20part/?format=api"
                }
            ],
            "computingFacilities": [],
            "realisation_status": "past",
            "registration_opening": "2024-03-24",
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            "courseMode": "Online"
        },
        {
            "id": 479,
            "name": "Using sed and awk to modify large large text files - session 2022/10/12",
            "shortName": "",
            "description": "Many analysis generate large result text files which have to be checked, merged, split, reduced. Several tools have been developed and are available on Unix to do this, including sed and AWK. During this course you will be trained to process large files with sed and AWK. Sed is tool enabling to select and process lines. You can easily insert, delete, modify, append lines to very large files with millions of lines. AWK will enable to perform more fine tuned file modifications based on columns. It includes also more mathematical and string functions.  The course is based mainly on exercises with small sections presenting concepts and commands.",
            "homepage": "http://bioinfo.genotoul.fr/index.php/events/modify-and-extract-information-from-large-text-files-day-2-3/",
            "is_draft": false,
            "costs": [
                "Non-academic: 550€ + 20% taxes (TVA)",
                "Academic but non-INRAE: 170 € + 20% taxes (TVA)",
                "For INRAE's staff: 150 € no VAT charged;"
            ],
            "topics": [
                "http://edamontology.org/topic_3316"
            ],
            "keywords": [
                "Programming Languages & Computer Sciences"
            ],
            "prerequisites": [
                "Linux/Unix"
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            "openTo": "Everyone",
            "accessConditions": "",
            "maxParticipants": 10,
            "contacts": [
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/300/?format=api"
            ],
            "elixirPlatforms": [],
            "communities": [],
            "sponsoredBy": [],
            "organisedByOrganisations": [
                {
                    "id": 37,
                    "name": "MIAT 0875",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/MIAT%200875/?format=api"
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            ],
            "organisedByTeams": [
                {
                    "id": 22,
                    "name": "Genotoul-bioinfo",
                    "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Genotoul-bioinfo/?format=api"
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            "logo_url": "http://bioinfo.genotoul.fr/wp-content/uploads/bioinfo_logo-rvb-petit.png",
            "updated_at": "2024-03-26T14:09:59.037431Z",
            "type": "Training course",
            "start_date": "2022-10-12",
            "end_date": "2022-10-12",
            "venue": "",
            "city": "Castanet Tolosan",
            "country": "France",
            "geographical_range": "National",
            "trainers": [
                "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/338/?format=api"
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            "trainingMaterials": [],
            "computingFacilities": [],
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    ]
}