Ce module vise à fournir une expérience d’analyse de données de génomique.
Les technologies Next Generation Sequencing (NGS) ont conduit à une production massive de
données « Omiques » pour les plantes cultivées majeures, ce qui demande de nouvelles
approches d’analyses haut débit. La connaissance de ces approches et des outils qui en
découlent pour analyser la séquence et la structure des génomes, les annoter et caractériser
leur diversité et leurs profils d’expression permet d’aborder des questions de recherche
biologique avancée sur la diversité et l’adaptation des plantes. Les espèces prises en
considération sont des espèces phares des instituts de recherche agronomique de Montpellier
et font partie des cultures les plus importantes pour l’agriculture mondiale. Des plateformes
d’outils bioinformatiques récents reposant sur des centres de calcul et de stockage haute
capacité, sont en place pour analyser des jeux de données originales permettant de mieux
comprendre comment les génomes de plantes évoluent et s’expriment. L’ensemble de ces
connaissances Findable, Accessible, Interoperable, Reusable car intégré dans des systèmes
d’information peut soutenir l'identification de gènes responsables de caractères adaptatifs ou
de production. La mobilisation de jeunes chercheurs sur ces sujets est primordiale tant la
demande est importante.
Le module est structuré sous la forme de cours et de travaux tutorés avec la rencontre de
généticiens et de bioinformaticiens permettant d’appréhender les formes variées des progrès
en bioanalyse génomique. Il permet d’acquérir les lignes directrices pour l’accès, l'utilisation
et l'analyse de différents types de données omique (e.g. (épi)génomique, transcriptomique,
protéique, métabolique) en vue d’accélérer les recherches en génomique fonctionnelle et
biotechnologie des plantes.
L’évaluation sera faite sur la base de la participation et de la qualité du projet proposé par
l’étudiant en fin de module, individuellement ou en binôme, suivant les consignes détaillées en
début de module