Objectifs pédagogiques
* Se sensibiliser aux concepts et méthodes statistiques pour l’analyse de données transcriptomiques de type RNA-Seq.
* Comprendre le matériel et méthodes (normalisation et tests statistiques) d’un article.
* Réaliser une étude transcriptomique avec R dans l’environnement RStudio.

Programme
* Planification expérimentale des expériences RNA-Seq (identification des biais, répétitions, biais contrôlables).
* Normalisation et analyse différentielle : recherche de “régions d’intérêt” différentiellement exprimées (modèle linéaire généralisé).
*Prise en compte de la multiplicité des tests.

Le cours sera illustré par différents exemples. Un jeu de données à deux facteurs sera analysé avec les packages R DESeq2 et edgeR dans l’environnement RStudio.