Objectifs pédagogiques
Connaître les concepts et les principales méthodes bioinformatiques pour comparer un jeu de données de génomes microbiens. Construire et évaluer la qualité d’un jeu de données. Savoir mettre en œuvre une comparaison de génomes et en interpréter les résultats.

Programme
* Construction d’un jeu de données :
* Téléchargement de données publiques
* Evaluation de la qualité
* Caractérisation de la diversité génomique
* Stratégies de comparaison :
* Construction de famille de protéines
* Alignement de génomes complets
* Analyse des résultats :
o Notion de core et pan-génome
o Notions élémentaires de phylogénomique
o Visualisation et interprétation des résultats
* Mise en pratique sur un jeu de données bactériens, utilisation des logiciels dRep et Roary sous Galaxy.