Objectifs pédagogiques
A l’issue de cette formation, vous serez capable, dans le cadre d’une analyse de données RNA- seq avec génome de référence et plan d’expérience simple :
* de connaître le vocabulaire et les concepts bioinformatiques et biostatistiques ;
* de savoir enchaîner de façon pertinente un ensemble d’outils bioinformatiques et biostatistiques dans l’environnement Galaxy ;
* de comprendre le matériel et méthodes d’un article du domaine ;
* d’évaluer la pertinence d’une analyse RNA-seq en identifiant les éléments clefs et comprendre les particularités liées à la nature des données.

Programme
Bioinformatique :
* Obtenir des données de qualité : nettoyage, filtrage, qualité
* Aligner les lectures sur un génome de référence
* Détecter de nouveaux transcrits
* Quantifier l’expression des gènes
* Préparer et déployer unensemble d’analyses sur plusieurs échantillons

Biostatistique :
* Construire un plan d’expérience simple
* Normaliser les données de comptage
* Identifier les gènes différentiellements exprimés
* Se sensibiliser aux tests multiples

Analyse de protocoles Bioinformatique et Biostatistiques issus de la littérature