Analyse de données métagénomiques shotgun / shotgun metagenomics
DifficultyLevel
Intermediate
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Description
Objectifs pédagogiques

Cette formation est dédiée à l’analyse de données métagénomiques procaryotes de type « shotgun » issues de la technologie de séquençage Illumina. Nous présenterons les étapes bioinformatiques nécessaires pour nettoyer les données brutes et les caractériser d’un point de vue taxonomique. Nous aborderons ensuite les différentes stratégies à employer pour assembler les reads et obtenir des comptages sur des gènes prédits. Enfin nous présenterons quelques outils pour obtenir une annotation fonctionnelle des échantillons. A l’issue des 2 jours de formation, les stagiaires connaîtront le périmètre, les avantages et limites des analyses de données de séquençage shotgun. Ils seront capables d’utiliser les outils présentés sur les jeux de données de la formation. L’ensemble des TP se déroulera sur l’infrastructure de Migale et nécessite une pratique courante de la ligne de commande.

Programme

Introduction générale sur les données métagénomiques
Assignation taxonomique
Nettoyage des données brutes
Assemblage / Binning
Prédiction de gènes procaryotes
Annotation fonctionnelle
Conclusion, limites des méthodes