Bilille, la plateforme de bioinformatique, biostatistique et bioanalyse de la métropole lilloise, propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.
Ce cycle est composé des modules suivants, à la carte :
- Analyses ADN
- Analyses de variants
- Métagénomique
- Analyses ChIP-seq
- Analyses RNA-seq
Les fiches descriptives sont accessibles sur le site de bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy.

Les objectifs du module Analyses RNA-seq sont :
- Découvrir les fonctionnalités courantes de Galaxy, et savoir les utiliser.
- Savoir réaliser une analyse transcriptomique par RNA-seq avec ou sans (de novo) génome de référence à l’aide du portail Galaxy
- Avoir un regard critique sur la qualité des lectures obtenues par le séquenceur
- Connaître et savoir paramétrer les outils nécessaires à l’analyse
- Savoir réaliser une analyse différentielle de données RNA-seq à partir d’une table de comptage (quantifiant les lectures alignées) à l’aide du portail Galaxy
- Avoir un regard critique sur les résultats d’une analyse différentielle
- Comprendre différentes méthodes de normalisation et les contextes d’utilisation correspondants.