OBJECTIFS
- Connaître les principes et les avantages du système Linux
- Connaître et savoir utiliser les commandes de base permettant de lancer des programmes sous Linux
- Comprendre et savoir lancer des scripts
- Être capable d'écrire des scripts en Python
- Acquérir de l'autonomie pour effectuer des analyses bioinformatiques qui combinent plusieurs outils

PRÉREQUIS
- Notions de base en informatique : fichiers, répertoires, etc.

PROGRAMME
- Linux : lignes de commandes, principales commandes, redirection
- Lancer, créer et modifier des scripts
- Notions de variables, de boucles, de choix
- Programmation de scripts : utilisation de paramètres et de variables, combinaison d'outils et de logiciels, écriture des résultats dans un ou plusieurs fichiers
- Création d'un pipeline d'outils