Objectifs pédagogiques
Connaître les concepts et méthodes bioinformatiques utilisés pour l’analyse primaire de données issues de séquenceurs nouvelle génération (NGS). Savoir effectuer un alignement sur un génome de référence, un assemblage de novo d’un génome bactérien

Programme
Théorie
* Présentation des différents types de technologies de séquençage (lectures longues et courtes)

Pratique : Analyse des données de séquençage d’un génome bactérien
* Contrôle qualité
* Assemblage de-novo
* Nettoyage des données
* Assemblage
* Visualisation et statistiques sur l’assemblage
* Alignement de lectures sur un génome de référence et visualisation
Tous les TPs seront réalisés sous l’environnement d’exécution de traitements Galaxy.