OBJECTIFS
- Comprendre les principes des méthodes d'analyse de données de séquençage à haut débit
- Comprendre les résultats obtenus, les paramètres et leurs impacts sur les analyses
- Savoir choisir et utiliser les principaux outils d'analyse
- Être autonome pour utiliser un pipeline d'analyse
- Savoir manipuler les fichiers de séquences : préparation et filtration
- Savoir évaluer la qualité des données
- Savoir analyser les résultats avec ou sans génome de référence

PRÉREQUIS
- Notions de base en informatique : fichiers, répertoire...
- Notions du système linux et des lignes de commande
- Niveau master

PROGRAMME
- Linux : commandes de base
- Les données NGS : fichiers, manipulation de base, nettoyage
- Mapping : principaux outils et pratique
- Transcriptomique :
. analyse de RNA-seq : expression différentielle des gènes / des ARNs (comptage et DESeq2) ; comparaison d'échantillons issus de conditions différentes
. post-analyse : analyse GO, interrogation bases de connaissances (ex : KEGG), création de graphique (en R)
. analyse couplée transcriptome / traductome