Objectifs
Cette formation est dédiée à l'analyse de données de type "métagénomique amplicon" issues des technolo-gies de séquençage 454 et Illumina. La formation couvre les grandes étapes d'un pipeline d'analyse bioinformatique sous Galaxy (FROGS) pour transformer les séquences en tables d'abondances puis présente des outils statistiques sous R (phyloseq) qui permettent de décrire et comparer les échantillons à partir de ces tables.

 
Programme

Jours 1 et 2 : Analyses Bioinformatiques sous Galaxy
Introduction générale
Brefs rappels sur l'environnement Galaxy
Présentation des données issues des différentes technologies de séquençage
Prétraitement des données
Clustering des séquences, construction des OTUs
Détection de chimères
Annotation taxonomique
Filtrage des données de comptages
Outils de visualisation
Construction de workflow et configuration de FROGS
Limite des données et des méthodes 
Jour 3 et 4 :  Analyses Statistiques sous Rstudio
Introduction générale
Import, manipulation et visualisation des données
Mesure de diversités : Unifrac, Bray-Curtis, etc.
Ordination et réduction de dimension : MDS
Clustering et Heatmap
Comparaison d'échantillons : PERMANOVA, adonis
▫ Introduction générale
▫ Brefs rappels sur l'environnement Galaxy
▫ Présentation des données issues des différentes technologies de séquençage ▫ Prétraitement des données
▫ Clustering des séquences, construction des OTUs
▫ Détection de chimères
▫ Annotation taxonomique
▫ Filtrage des données de comptages
▫ Outils de visualisation
▫ Construction de workflow et configuration de FROGS
▫ Limite des données et des méthodes





Jour 3 : Analyses Statistiques sous Rstudio

▫  Introduction générale


▫  Import et manipulation des données


▫  Mesure de diversités : Unifrac, Bray-Curtis, etc.


▫  Ordination et réduction de dimension : MDS


▫  Clustering et Heatmap


▫  Comparaison d'échantillons : PERMANOVA, adonis