TAGC est une unité mixte de recherche et de services de l'Inserm spécialisée dans le développement et l'application des approches omiques à divers systèmes biologiques. Le laboratoire comprend une installation de séquençage (TGML, membre de France Génomique) et une solide équipe de bio-informaticiens qui développent et donnent accès au public à des ressources bio-informatiques (outils logiciels et bases de données) dans des domaines allant de l'analyse de protéines individuelles et de séquences d'ADN à l'analyse à grande échelle et à l'intégration de données omiques, avec un accent particulier sur les variations du génome, la régulation génétique et épigénétique, et l'analyse de réseaux.
- Methodology
- QTL Localization
- Biostatistics
- Cloud
- Comparative and de novo structure modeling
- Post-translational modifications
- Ecology
- Multi-scale analysis and modelling
- Dynamic systems
- Expression
- Small and long non-coding RNAs
- Positional cloning
- GPU
- E-learning
- Metabolic Network Modelling
- Sequence Algorithm
- DNA biochips
- RNA biochips
- Statistical differential analysis
- Molecular evolution
- Speciation dating
- Methylation profiles
- Genotyping
- Machine learning
- Second level analysis
- Chromatin accessibility
- Biological network inference and analysis
- Selection Detection
- Assembly of genomes and transcriptomes
- Read alignment on genomes
- Statistical Tests
- Regression
- Dimension reduction
- Gene expression regulation analysis
- Descriptive statistics
- Multivariate analyses
- Gene expression differential analysis
- Web portals
- Data identity and mapping
- Ontologies
- Database search engine
- Spectral library search
- De novo sequencing
- Chip-Seq
- Panels (amplicons, captures)
- Exomes
- Sequence analysis
- Variant analysis
- proteomics
- Interfaces
- Systems Biology
- Interoperability
- Metabolomics and Fluxomics
- Metabolic network analysis
- Genome analysis
- Structural and functional annotation of genomes
- Population Genetics
- Statistical Genetics
- Functioning of complex biological systems
- Regulatory network modelling
- Complete genomes
- Transcript and transcript variant analysis
- Transcriptomics (RNA-seq)
- Genomics (DNA-seq)
- Functional and regulatory pathways comparison
- Integration of heterogeneous data
- Protein/protein interaction modelisation
- proteins/peptides and proteins/nucleic acids
- Structure analysis
- homology and structural pattern matching
- Genomics (Chips)
- Cluster
- Genomes comparison
- Data collection curation
- Comparative genomics
- Computing Environments
- Data Integration
- Data management and transfer
- NGS Sequencing Data Analysis
- Structural Bioinformatics
- Predictions of structural properties
- Données
- Genes and genomes
- Mapping
- Sequence annotation
- Pattern matching
- Multiple sequence alignment
- Toolkit
- Tool integration
- Workflow development
- Parallelization
- Databases and information systems
- Développements technologiques de l‘Information et de la Communication
6ème Ecole de Bioinformatique AVIESAN-IFB
La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). Cette édition de l’école aborde les nouveaux enjeux technologiques: elle s’articulera autour de trois ateliers en session parallèle (RNA-seq, ChIP-seq, variants DNA-seq), et inclura une introduction à l’intégration des données, ouverture aux approches “single-cell” ainsi qu’aux technologies lectures longues (Nanopore, PacBio).
L’école vise à introduire les concepts et à manipuler les outils informatiques et à en interpréter les résultats. Elle est basée sur une alternance de courtes sessions théoriques et d’ateliers pratiques. Les participants bénéficieront d’un tutorat personnalisé pour élaborer leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur plateforme.
7ème Ecole de Bioinformatique AVIESAN-IFB
Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit
La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). Cette édition de l’école aborde les nouveaux enjeux technologiques: elle s’articulera autour de trois ateliers en session parallèle (RNA-seq, ChIP-seq, variants DNA-seq), et inclura une introduction à l’intégration des données, ouverture aux approches “single-cell” ainsi qu’aux technologies lectures longues (Nanopore, PacBio).
L’école vise à introduire les concepts et à manipuler les outils informatiques et à en interpréter les résultats. Elle est basée sur une alternance de courtes sessions théoriques et d’ateliers pratiques. Les participants bénéficieront d’un tutorat personnalisé pour élaborer leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur plateforme.
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