Formation IFB Science Ouverte & PGD - Comment gérer des jeux de données haut-débit en sciences de la vie et de la santé - Session 1
L’Institut Français de Bioinformatique (IFB) organise une formation à destination de bioinformaticiens, biologistes et médecins. La formation abordera les différents points fondamentaux (théoriques, pratiques, juridiques) en lien avec la politique nationale d’ouverture des données de la recherche et présentera sous forme de séances pratiques les ressources nationales accessibles à la communauté scientifique ainsi que les solutions proposées par l’IFB pour gérer les données d’un projet de recherche.
11ème Ecole de Bioinformatique AVIESAN-IFB-Inserm
La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). Cette édition de l’école aborde les nouveaux enjeux technologiques: elle s’articulera autour de trois ateliers thématiques en session parallèle (RNA-seq, ChIP-seq/ATAC-seq, variants DNA-seq), et inclura une introduction à l’intégration des données, une ouverture aux approches “single-cell” ainsi qu’aux technologies “long reads”.
L’école vise à introduire les concepts et à manipuler les outils informatiques et à en interpréter les résultats. Elle est basée sur une alternance de courtes sessions théoriques et d’ateliers pratiques. Les participants bénéficieront d’un tutorat personnalisé pour élaborer leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur plateforme.
Principes FAIR pour la gestion des données - Session 2024 IBISA-IFB Lyon
Cette session de formation a pour but de former des responsables et membres de plateformes IBISA aux principes FAIR de gestion des données .
La formation se déroule sur 2 jours avec une alternance de présentation générales, et techniques, témoignages et ateliers pratiques pour travailler sur différents sujets : PGD de structure, métadonnées, sécurité des données,...etc.
A la fin de cette formation auront
- acquis des connaissances théoriques et pratiques sur la gestion selon les principes FAIR de leurs données dans le contexte de la Science Ouverte
- identifié des pistes d'amélioration pour la gestion des données de leur plateforme.
2ème Ecole de Bioinformatique AVIESAN
La formation est une initiation à l’utilisation des outils bioinformatiques permettant d’aborder la diversité des applications du NGS. Cette école, qui se veut généraliste, sera organisée en deux groupes thématiques principaux: (1) régulation, transcriptome et épigénome et (2) variations génomiques. Elle couvrira une série de techniques dérivées du séquençage à haut débit: RNA-seq, ChIP-seq, identification et annotation de SNP, RAD-seq, assemblage de novo de RNA-seq. Le but de l’école est de couvrir plusieurs technologies largement utilisées, plutôt que de se concentrer sur une seule.
L’école sera basée sur des ateliers pratiques sous l’environnement convivial Galaxy.
Les participants sélectionnés pourront bénéficier d’un tutorat personnalisé pour discuter de leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur plateforme (sans avoir la volonté de mener à bien l’analyse complète des données).
1ère Ecole de Bioinformatique AVIESAN-IFB-Inserm Niveau 2
Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit -- Niveau 2
3ème Ecole de Bioinformatique AVIESAN
Les domaines des sciences du vivant liés à l’analyse du génome ont vu au cours des dernières années une
accumulation explosive des données provenant des techniques de séquençage à haut débit. Les progrès accomplis ont
considérablement augmenté les possibilités expérimentales dans des domaines tels que la génomique (séquençage de
nouveaux génomes, variants génétiques), la transcriptomique (expression génétique, ARNs non codants) et les
interactions ADN-protéine (immuno-précipitation de chromatine) et modifications de la chromatine. AVIESAN organise
une troisième session de cette école dont les objectifs sont d’apporter aux biologistes des notions et une pratique leur
permettant d’appréhender le traitement et l’analyse des données de séquençage à haut débit en utilisant un
environnement logiciel convivial : Galaxy.
L’école comportera des séminaires introductifs, des cours et des travaux pratiques consacrés à l’initiation au traitement
des données de transcriptome (RNA-seq), d’interactome (ChIP-seq) et de variations génomiques (SNP, CNV). Les
participants disposant de données pourront discuter de leur plan d’analyse et effectuer les premières étapes de
traitement de leurs données au cours de la dernière journée.
L’école est une initiation à l’utilisation des outils bioinformatiques dans un environnement Galaxy, plateforme dédiée à
l’analyse des données de séquençage à haut débit. Cette formation est destinée aux biologistes (chercheurs,
doctorants, enseignants-chercheurs, ingénieurs, …) ayant déjà utilisé ou souhaitant utiliser ce type de données.
Ecole Thématique de Bioinformatique Intégrative - session 2023 / Integrative Bioinforformatics training school - 2023 session
Dans l’objectif de développer et fédérer des compétences en bioinformatique intégrative au sein de la communauté, l’IFB propose une nouvelle école thématique ayant un double objectif :
- une montée en compétences théoriques et pratiques des bioinformaticiens, biostatisticiens et bioanalystes
- la constitution de matériel pédagogique partagé sur ce sujet.
Cette école mobilise une équipe pédagogique de 10 personnes et pourra accueillir 30 participants.
L’ensemble de la formation reposera sur l’utilisation des ressources de calcul et de la plateforme pédagogique de l’Institut Français de Bioinformatique.
Objectifs pédagogiques
La formation a pour but :
- d’introduire les concepts de bases et les différents types d’approches utilisées en bioinformatique intégrative,
- de proposer un approfondissement et une mise en pratique d’une de ces approches sur un/des jeux de données intégrant différents types de données omiques.
- de créer, améliorer et partager des ressources pédagogiques (supports de formation, jeux de données, tutoriels) sur le thème de la bioinformatique intégrative.
A la fin de cette formation les participants :
- auront acquis un socle de connaissances générales en bioinformatique intégrative,
- auront mis en oeuvre une analyse intégrative depuis la préparation des données jusqu’à l’analyse critique de résultats sur un/des jeux de données proposés lors de la formation,
- auront contribué à constituer du matériel pédagogique partagé sur le sujet.
Pré-requis
- Connaissances de base en Unix/shell, R, Python
- Autonomie dans la gestion de son poste de travail (installation de librairies et maîtrise des environnements de packaging type conda)
9ème Ecole de Bioinformatique AVIESAN-IFB-Inserm
La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). Cette édition de l’école aborde les nouveaux enjeux technologiques: elle s’articulera autour de trois ateliers en session parallèle (RNA-seq, ChIP-seq, variants DNA-seq), et inclura une introduction à l’intégration des données, ouverture aux approches “single-cell” ainsi qu’aux technologies lectures longues (Nanopore, PacBio).
L’école vise à introduire les concepts et à manipuler les outils informatiques et à en interpréter les résultats. Elle est basée sur une alternance de courtes sessions théoriques et d’ateliers pratiques. Les participants bénéficieront d’un tutorat personnalisé pour élaborer leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur plateforme.
10ème Ecole de Bioinformatique AVIESAN-IFB-Inserm
La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). Cette édition de l’école aborde les nouveaux enjeux technologiques: elle s’articulera autour de trois ateliers thématiques en session parallèle (RNA-seq, ChIP-seq/ATAC-seq, variants DNA-seq), et inclura une introduction à l’intégration des données, une ouverture aux approches “single-cell” ainsi qu’aux technologies “long reads”.
L’école vise à introduire les concepts et à manipuler les outils informatiques et à en interpréter les résultats. Elle est basée sur une alternance de courtes sessions théoriques et d’ateliers pratiques. Les participants bénéficieront d’un tutorat personnalisé pour élaborer leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur plateforme.
2e Ecole Thématique de Bioinformatique Intégrative / Integrative Bioinformatics Training School
La bioinformatique intégrative est une thématique scientifique pluridisciplinaire récente qui combine et analyse des données biologiques provenant de différentes sources dans le but d’obtenir une compréhension holistique des systèmes biologiques.
L’Institut Français de Bioinformatique (IFB) organise une école thématique à destination des bioinformaticiens/biostatisticiens/bioanalystes souhaitant acquérir des compétences théoriques et pratiques en bioinformatique intégrative.
Cette école rassemble une équipe pédagogique de 10 personnes et pourra accueillir 30 participants maximum pour sa deuxième édition.
L’ensemble de la formation reposera sur l’utilisation des ressources de calcul et environnements de travail de l’Institut Français de Bioinformatique (https://www.france-bioinformatique.fr/calcul-et-stockage/).
Public visé
Cette formation est ouverte à tous les scientifiques (ingénieurs, chercheurs dans des plateformes ou équipes de recherche) impliqués dans un ou plusieurs projets de bioinformatique intégrative mobilisant des jeux de données omiques de natures différentes.
Pré-requis
Connaissances de base en Unix/shell, R, Python
Autonomie dans la gestion de son poste de travail (installation de librairies et utilisation des environnements de packaging type conda)
Formation IFB Science Ouverte & PGD - Comment gérer des jeux de données haut-débit en sciences de la vie et de la santé - Session 2
L’Institut Français de Bioinformatique (IFB) organise une formation à destination de bioinformaticiens, biologistes et médecins. La formation abordera les différents points fondamentaux (théoriques, pratiques, juridiques) en lien avec la politique nationale d’ouverture des données de la recherche et présentera sous forme de séances pratiques les ressources nationales accessibles à la communauté scientifique ainsi que les solutions proposées par l’IFB pour gérer les données d’un projet de recherche.
6ème Ecole de Bioinformatique AVIESAN-IFB
La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). Cette édition de l’école aborde les nouveaux enjeux technologiques: elle s’articulera autour de trois ateliers en session parallèle (RNA-seq, ChIP-seq, variants DNA-seq), et inclura une introduction à l’intégration des données, ouverture aux approches “single-cell” ainsi qu’aux technologies lectures longues (Nanopore, PacBio).
L’école vise à introduire les concepts et à manipuler les outils informatiques et à en interpréter les résultats. Elle est basée sur une alternance de courtes sessions théoriques et d’ateliers pratiques. Les participants bénéficieront d’un tutorat personnalisé pour élaborer leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur plateforme.
4ème Ecole de Bioinformatique AVIESAN
La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). Cette édition de l’école aborde les nouveaux enjeux technologiques: elle s’articulera autour de trois ateliers en session parallèle (RNA-seq, ChIP-seq, variants DNA-seq).
L’école vise à introduire les concepts et à manipuler les outils informatiques et à en interpréter les résultats. Elle est basée sur une alternance de courtes sessions théoriques et d’ateliers pratiques. Les participants bénéficieront d’un tutorat personnalisé pour élaborer leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur plateforme.
1ère Ecole de Bioinformatique AVIESAN
La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). Cette édition de l’école aborde les nouveaux enjeux technologiques: elle s’articulera autour de trois ateliers en session parallèle (RNA-seq, ChIP-seq, variants DNA-seq)
L’école vise à introduire les concepts et à manipuler les outils informatiques et à en interpréter les résultats. Elle est basée sur une alternance de courtes sessions théoriques et d’ateliers pratiques. Les participants bénéficieront d’un tutorat personnalisé pour élaborer leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur plateforme.
5ème Ecole de Bioinformatique AVIESAN-IFB
Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit
7ème Ecole de Bioinformatique AVIESAN-IFB
Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit
La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). Cette édition de l’école aborde les nouveaux enjeux technologiques: elle s’articulera autour de trois ateliers en session parallèle (RNA-seq, ChIP-seq, variants DNA-seq), et inclura une introduction à l’intégration des données, ouverture aux approches “single-cell” ainsi qu’aux technologies lectures longues (Nanopore, PacBio).
L’école vise à introduire les concepts et à manipuler les outils informatiques et à en interpréter les résultats. Elle est basée sur une alternance de courtes sessions théoriques et d’ateliers pratiques. Les participants bénéficieront d’un tutorat personnalisé pour élaborer leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur plateforme.
Principes FAIR pour la gestion des données de recherche en sciences de la vie - édition Francilienne - Session 1 (mars)
Présentation et application des principes FAIR de gestion des données dans un projet bioinformatique.
L’Institut Français de Bioinformatique (IFB) organise une formation à destination de bioinformaticiens, biologistes et médecins impliqués dans des projets d’analyse bioinformatique de jeux de données omiques et souhaitant mettre en œuvre les principes “FAIR” (Facile à trouver, Accessible, Interopérable, Réutilisable) tout au long du déroulement du projet. La formation abordera les différents points fondamentaux (théoriques, pratiques, juridiques) en lien avec la politique nationale d’ouverture des données de la recherche et présentera sous forme de séances pratiques les ressources nationales accessibles à la communauté scientifique ainsi que les solutions proposées par l’IFB pour gérer les données d’un projet de recherche.
Introduction to Machine Learning Using R - 2021
With the rise in high-throughput sequencing technologies, the volume of omics data has grown exponentially in recent times and a major issue is to mine useful knowledge from these data which are also heterogeneous in nature. Machine learning (ML) is a discipline in which computers perform automated learning without being programmed explicitly and assist humans to make sense of large and complex data sets. The analysis of complex high-volume data is not trivial and classical tools cannot be used to explore their full potential. Machine learning can thus be very useful in mining large omics datasets to uncover new insights that can advance the field of bioinformatics.
This 2-day course will introduce participants to the machine learning taxonomy and the applications of common machine learning algorithms to omics data. The course will cover the common methods being used to analyse different omics data sets by providing a practical context through the use of basic but widely used R libraries. The course will comprise a number of hands-on exercises and challenges where the participants will acquire a first understanding of the standard ML processes, as well as the practical skills in applying them on familiar problems and publicly available real-world data sets.
Principes FAIR dans un projet de bioinformatique - Session 2023
L’Institut Français de Bioinformatique (IFB) organise en partenariat avec l’Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC) une formation à destination des bioinformaticiens et biostatisticiens souhaitant mettre en oeuvre les principes “FAIR” (Facile à trouver, Accessible, Interopérable, Réutilisable) dans leurs projets d’analyse et de développement. Les concepts FAIR, initialement définis dans le contexte d’ouverture des données de la recherche, seront ici adaptés pour cadrer avec un projet type de développement et/ou analyse bioinformatique/biostatistique. Ainsi, la formation n’abordera pas les aspects “FAIR” spécifiques aux données mais introduira plusieurs outils permettant d’améliorer la reproductibilité des analyses.
Principes FAIR pour la gestion des données d'une plateforme IBISA - session 2023
Cette session de formation a pour but de former des responsables et membres de plateformes IBISA aux principes FAIR de gestion des données .
La formation se déroule sur 2 jours avec une alternance de présentation générales, et techniques, témoignages et ateliers pratiques pour travailler sur différents sujets : PGD de structure, métadonnées, sécurité des données,...etc.
A la fin de cette formation auront
- acquis des connaissances théoriques et pratiques sur la gestion selon les principes FAIR de leurs données dans le contexte de la Science Ouverte
- identifié des pistes d'amélioration pour la gestion des données de leur plateforme.
A Hackathon for microbial data analysis workflow FAIRification
The primary goal of this hackathon is to prepare, integrate, and FAIRify microbial data analysis Galaxy workflows within the Intergalactic Workflow Commission (IWC), ensuring they adhere to best practices for accessibility, interoperability, and reusability across the bioinformatics community. IWC acts as a central hub for Galaxy workflows, automatically listing them in major registries like Dockstore and WorkflowHub, while ensuring workflows are rigorously reviewed, tested, and updated with every new Galaxy release. Versioning, tool updates, and essential metadata enhance the findability and usability of each workflow.
In short, the objectives of this hackathon are to:
- Annotate and apply best practices to microbial data analysis Galaxy workflows for consistency and reusability
- Implement robust tests to ensure workflow reliability and accuracy
- Successfully integrate key microbial data analysis Galaxy workflows into IWC, improving accessibility and usability
- Collaborate as a community to refine and improve workflows, ensuring they are peer-reviewed and meet high standards
- Make these peer-reviewed workflows accessible to the broader community through the future microGalaxy Lab
This hackathon is open to participants from all communities, so join us to help shape the future of bioinformatics workflows! Experts and IWC experienced users will be participating in the hackathon to support and explain the requirements during the event.
Ecole de Bioinformatique AVIESAN-IFB-Inserm Niveau 2
Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit -- Niveau 2
Hackathon - Improving the annotation of Galaxy resources for microbial data analysis and beyond
This hackathon aims to improve the annotation of Galaxy resources for microbial data analysis and beyond
The objective of this hackathon is to improve the annotation of the Galaxy resources (tools, training, workflows) for microbial data analysis by:
- Linking microbial Galaxy tools to bio.tools to obtain EDAM ontology annotation
- Improving bio.tools annotations
- Annotating existing microbial-related tutorials with EDAM terms
- Reflecting on the addition of EDAM terms to workflows
- Reflecting on missing terms in the EDAM ontology for microbial data analyses
- Brainstorming about a way to connect tool annotations to improve training and workflow annotations
12ème Ecole de Bioinformatique AVIESAN-IFB-Inserm
La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). Cette édition de l’école aborde les nouveaux enjeux technologiques: elle s’articulera autour de quatres ateliers thématiques en session parallèle (RNA-seq, ChIP-seq/ATAC-seq, variants DNA-seq, single-cell), et inclura une introduction à l’intégration des données, une ouverture aux technologies “long reads”.
L’école vise à introduire les concepts et à manipuler les outils informatiques et à en interpréter les résultats. Elle est basée sur une alternance de courtes sessions théoriques et d’ateliers pratiques. Les participants bénéficieront d’un tutorat personnalisé pour élaborer leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur plateforme.
The programme objective is to give instructors tools and tips for providing an enriching learning experience to trainees, irrespective of topic, and to include best-practice guidance on course and training material development.
8ème Ecole de Bioinformatique AVIESAN-IFB-Inserm
La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). Cette édition de l’école aborde les nouveaux enjeux technologiques: elle s’articulera autour de trois ateliers en session parallèle (RNA-seq, ChIP-seq, variants DNA-seq), et inclura une introduction à l’intégration des données, ouverture aux approches “single-cell” ainsi qu’aux technologies lectures longues (Nanopore, PacBio).
L’école vise à introduire les concepts et à manipuler les outils informatiques et à en interpréter les résultats. Elle est basée sur une alternance de courtes sessions théoriques et d’ateliers pratiques. Les participants bénéficieront d’un tutorat personnalisé pour élaborer leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur plateforme.
EBAII - Ecole de Bioinformatique "Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit" session 2024
Description : La formation EBAII IFB Aviesan de niveau 1 propose une expérience d'apprentissage intensive conçue pour les biologistes, qu'ils soient ingénieurs, doctorants, chercheurs, enseignants-chercheurs ou praticiens, qui sont confrontés à l'analyse de données NGS (Next-Generation Sequencing) mais qui ne disposent pas encore des compétences bioinformatiques nécessaires, ou qui cherchent à renforcer leurs compétences existantes.
Contenu : Cette formation est structurée autour d'une combinaison de sessions théoriques et d'ateliers pratiques. Les participants auront l'occasion d'explorer diverses thématiques, notamment le traitement de données de variants, ChIP-Seq, Bulk RNA-Seq, et Single-Cell RNA-Seq. De plus, ils recevront une introduction aux technologies "long reads".
Objectifs généraux:
Acquérir une compréhension approfondie des concepts liés à l'analyse de données NGS.
Maîtriser les outils informatiques nécessaires pour effectuer ces analyses.
Interpréter les résultats des analyses de données NGS.
EBAII : Ecole de Bioinformatique "Traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit" niveau débutant - session 2025
Description : La formation EBAII IFB Aviesan de niveau 1 propose une expérience d'apprentissage intensive conçue pour les biologistes, qu'ils soient ingénieurs, doctorants, chercheurs, enseignants-chercheurs ou praticiens, qui sont confrontés à l'analyse de données NGS (Next-Generation Sequencing) mais qui ne disposent pas encore des compétences bioinformatiques nécessaires, ou qui cherchent à renforcer leurs compétences existantes.
Contenu : Cette formation est structurée autour d'une combinaison de sessions théoriques et d'ateliers pratiques. Les participants auront l'occasion d'explorer diverses thématiques, notamment le traitement de données de variants, ChIP-Seq, Bulk RNA-Seq, et Single-Cell RNA-Seq. De plus, ils recevront une introduction aux technologies "long reads".
Objectifs généraux:
Acquérir une compréhension approfondie des concepts liés à l'analyse de données NGS.
Maîtriser les outils informatiques nécessaires pour effectuer ces analyses.
Interpréter les résultats des analyses de données NGS.