Bilille

Server which predicts conserved secondary structure elements of homologous RNAs. The input of a set of RNA sequences are not required to be previously aligned.

CRAC is a mapping software specialized for RNA-Seq data. It detects mutations, indels, splice or fusion junctions in each single read.

The DiNAMO software implements an exhaustive algorithm to detect over-represented IUPAC motifs in a set of DNA sequences.

NORINE is a platform that includes a database of nonribosomal peptides together with tools for their analysis.

Sequence analysis tool for filtering, mapping and OTU-picking NGS reads.

Open-source platform for the interactive analysis of high-throughput sequencing data from lymphocyte recombinations. It contains an algorithm gathering reads into clonotypes according to their V(D)J junctions, a web application made of a sample, experiment and patient database and a visualization for the analysis of clonotypes along the time.

• Biologie
• Biomédical
• Environnement
• Informatique

Bilille est la plateforme de bioinformatique, biostatistique et bioanalyse de la métropole lilloise, au sein de l'UAR 2014/US 41 Plateformes Lilloises en Biologie et Santé.
Bilille est également membre de l'Institut Français de Bioinformatique et bénéficie du label IBiSA délivré par le GIS "Infrastructures en Biologie Santé et Agronomie".

• Methodology
• Biostatistics
• Metagenomics
• CGH
• Expression
• Small and long non-coding RNAs
• Sequence Algorithm
• DNA biochips
• RNA biochips
• Immunogenetics
• Immune repertoire analysis
• Immunoinformatics
• Statistical differential analysis
• Evolution and Phylogeny
• Molecular evolution
• Assembly of genomes and transcriptomes
• Read alignment on genomes
• Statistical Tests
• Regression
• Dimension reduction
• Gene expression regulation analysis
• Descriptive statistics
• Multivariate analyses
• Gene expression differential analysis
• Web portals
• metatranscriptomics
• Chip-Seq
• Panels (amplicons, captures)
• Exomes
• Sequence analysis
• Variant analysis
• proteomics
• Interfaces
• Interoperability
• Genome analysis
• Structural and functional annotation of genomes
• Transcript and transcript variant analysis
• Transcriptomics (RNA-seq)
• Genomics (DNA-seq)
• Genomics (Chips)
• Genomes comparison
• Comparative genomics
• Data Integration
• Data management and transfer
• NGS Sequencing Data Analysis
• Structural Bioinformatics
• Données
• Genes and genomes
• Sequence annotation
• Pattern matching
• Multiple sequence alignment
• Toolkit
• Tool integration
• Workflow development
• Databases and information systems
• Développements technologiques de l‘Information et de la Communication

Bilille propose un cycle de découverte de la bioinformatique à destination des chercheur·euses, enseignant·es-chercheur·euses, ingénieur·es, technicien·nes et doctorant·es en biologie. Aucun pré-requis en informatique n'est attendu.
Le cycle est constitué de quatre modules de deux jours:
- Banques de données et BLAST
- Alignement de séquences
- Prédiction de gènes et annotation de protéines
- Initiation à la reconstruction phylogénétique en biologie moléculaire
Ces modules peuvent être suivis indépendamment, mais ont une cohérence. Suivre chaque module peut aider à une meilleure compréhension des modules suivants.
Les fiches descriptives des différents modules sont accessibles sur le site web de Bilille.
Les objectifs du module 1 sont :
- Découvrir différentes banques de données de séquences généralistes
- Savoir interroger les banques de données et réaliser des requêtes pertinentes
- Comprendre la structure des données
- Savoir utiliser de manière optimale le logiciel Blast en fonction de l'application visée (ex : recherche d’homologie, prédiction de gènes…)
- Etre capable d'analyser un résultat avec un regard critique

Bilille propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.
Ce cycle est composé de 6 modules, à la carte : 
- Module 1: Analyses ADN
- Module 2: Analyses de variants
- Module 3 : Métagénomique
- Module 4: ChIP-seq
- Module 5: Analyses RNA-seq, bioinformatique
- Module 6: Analyses RNA-seq, biostatistique
Les fiches descriptives sont accessibles sur le site de Bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy.
Les objectifs du module 5 sont :
- Savoir réaliser une analyse transcriptomique par RNA-seq avec ou sans (de novo) génome de référence à l’aide du portail Galaxy
- Avoir un regard critique sur la qualité des lectures obtenues par le séquenceur
- Connaître et savoir paramétrer les outils nécessaires à l’analyse

Bilille propose des formations en partenariat avec CNRS Formation Entreprises à destination des chercheur-euse-s, enseignant-e-s-chercheur-euse-s, ingénieur-e-s, technicien-ne-s en biologie et médecine.

Objectifs :
- Comprendre les principes des méthodes d'analyse de données de séquençage à haut débit (NGS)
- Comprendre les paramètres des méthodes et leur impact sur les résultats
- Apprendre à identifier les outils d'analyse en fonction du jeu de données
- Être autonome pour analyser des données dans un gestionnaire de workflow comme Galaxy
- Savoir manipuler les fichiers de lecture de séquençage : extraction, préparation, filtrage / nettoyage
- Savoir évaluer la qualité des données de séquençage
- Savoir analyser des données de séquençage de génomes (avec ou sans génome de référence) et prendre du recul sur le protocole expérimental
- Savoir analyser des données de RNA-seq (avec ou sans génome de référence) et prendre du recul sur le protocole expérimental

Bilille propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.
Ce cycle est composé de 6 modules, à la carte : 
- Module 1: Analyses ADN
- Module 2: Analyses de variants
- Module 3 : Métagénomique
- Module 4: ChIP-seq
- Module 5: Analyses RNA-seq, bioinformatique
- Module 6: Analyses RNA-seq, biostatistique
Les fiches descriptives sont accessibles sur le site de Bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy.
Les objectifs du module 4 sont :
- Savoir détecter les pics et obtenir un signal
- Comprendre les différentes structures de données
- Savoir effectuer les contrôles qualité
- Savoir effectuer une analyse d’enrichissement de motifs
- Etre capable de préparer ses résultats pour leur annotation
- Comprendre comment croiser plusieurs résultats de ChIP-seq

Bilille propose des formations en partenariat avec CNRS Formation Entreprises à destination des chercheur-euse-s, enseignant-e-s-chercheur-euse-s, ingénieur-e-s, technicien-ne-s en biologie et médecine.

Objectifs :
- Comprendre les méthodes de base à utiliser pour mener une analyse de séquences
- Savoir exploiter les ressources bioinformatiques publiques
- Savoir utiliser les logiciels d'alignement, de recherche d'homologie, d'annotation de gènes et de protéines

Bilille, la plateforme de bioinformatique, biostatistique et bioanalyse de la métropole lilloise, propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.
Ce cycle est composé des modules suivants, à la carte :
- Analyses ADN
- Analyses de variants
- Métagénomique
- Analyses ChIP-seq
- Analyses RNA-seq
Les fiches descriptives sont accessibles sur le site de bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy.

Les objectifs du module Analyses ADN sont :
- Apprendre à manipuler des données de séquençage d’ADN
- Réaliser des contrôles de qualité et du nettoyage des lectures
- Présenter les méthodes et outils d'alignement
- Réaliser des contrôles de qualité et des alignements sur une référence
- Introduction à l’assemblage des lectures sans référence
- Utiliser la plateforme Galaxy pour ces analyses

Bilille propose un cycle de découverte de la bioinformatique à destination des chercheur·euses, enseignant·es-chercheur·euses, ingénieur·es, technicien·nes et doctorant·es en biologie. Aucun pré-requis en informatique n'est attendu.
Le cycle est constitué de quatre modules de deux jours:
- Banques de données et BLAST
- Alignement de séquences
- Prédiction de gènes et annotation de protéines
- Initiation à la reconstruction phylogénétique en biologie moléculaire
Ces modules peuvent être suivis indépendamment, mais ont une cohérence. Suivre chaque module peut aider à une meilleure compréhension des modules suivants.
Les fiches descriptives des différents modules sont accessibles sur le site web de Bilille.
Les objectifs du module 4 sont :
- Comprendre les grands principes de l’évolution moléculaire et de la reconstruction phylogénétique
- Savoir construire des alignements informatifs pour une analyse phylogénétique
- Comprendre les modèles phylogénétiques probabilistes, les méthodes d'inférence et savoir les appliquer
- Savoir reconstruire des arbres phylogénétiques en Maximum de vraisemblance (ML) et par Inférence Bayésienne (BI)
- Etre capable d’analyser avec un regard critique les résultats obtenus

Bilille organise régulièrement des formations d'initiation à l'outil Galaxy d'une journée, destinée aux biologistes et médecins désirant découvrir le traitement bioinformatique de données via une interface conviviale.

Galaxy est très répandu pour l’analyse de données omiques, telles que données de séquençage ou données de puces à ADN.
C'est l'environnement qui est utilisé lors du cycle de formation “Analyse de données de séquençage à haut-débit”.

Bilille propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.
Ce cycle est composé de 5 modules, à la carte : 
- Module 1: Analyses ADN
- Module 2: Analyses de variants
- Module 3: Analyses RNA-seq, bioinformatique
- Module 4: Analyses RNA-seq, biostatistique
- Module 5: Métagénomique
Les fiches descriptives sont accessibles sur le site de Bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy.
Les objectifs du module 4 sont :
- Savoir réaliser une analyse différentielle de données RNA-seq à partir d’une table de comptage (quantifiant les lectures alignées) à l’aide du portail Galaxy
- Avoir un regard critique sur les résultats d’une analyse différentielle
- Comprendre différentes méthodes de normalisation et les contextes d’utilisation correspondants

Bilille propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.
Ce cycle est composé de 5 modules, à la carte : 
- Module 1: Analyses ADN
- Module 2: Analyses de variants
- Module 3: Analyses RNA-seq, bioinformatique
- Module 4: Analyses RNA-seq, biostatistique
- Module 5: Métagénomique
Les fiches descriptives sont accessibles sur le site de Bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy.
Les objectifs du module 5 sont :
- Connaître les différentes méthodes de séquençage à haut débit pour la métagénomique, avec leurs avantages et leurs limites : métagénomique ciblée, métagénomique génomes entiers, métatranscriptomique
- Comprendre les différentes étapes analytiques du traitement bioinformatique des données et savoir les mettre en œuvre
- Savoir conduire une analyse statistique pour l’estimation de la richesse de la biodiversité
- Aller jusqu’aux conclusions biologiques

Bilille and ATGC organize a workshop to train users to WAVES, a Web Application for Versatile Enhanced Bioinformatic Services.

Bilille propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.
Ce cycle est composé de 6 modules, à la carte : 
- Module 1: Analyses ADN
- Module 2: Analyses de variants
- Module 3 : Métagénomique
- Module 4: ChIP-seq
- Module 5: Analyses RNA-seq, bioinformatique
- Module 6: Analyses RNA-seq, biostatistique
Les fiches descriptives sont accessibles sur le site de Bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy.
Les objectifs du module 3 sont :
- Connaître les différentes méthodes de séquençage à haut débit pour la métagénomique, avec leurs avantages et leurs limites : métagénomique ciblée, métagénomique génomes entiers, métatranscriptomique
- Comprendre les différentes étapes analytiques du traitement bioinformatique des données et savoir les mettre en œuvre
- Savoir conduire une analyse statistique pour l’estimation de la richesse de la biodiversité
- Aller jusqu’aux conclusions biologiques

Bilille, la plateforme de bioinformatique, biostatistique et bioanalyse de la métropole lilloise, propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.
Ce cycle est composé des modules suivants, à la carte :
- Analyses ADN
- Analyses de variants
- Métagénomique
- Analyses ChIP-seq
- Analyses RNA-seq
Les fiches descriptives sont accessibles sur le site de bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy.

Les objectifs du module Analyses RNA-seq sont :
- Découvrir les fonctionnalités courantes de Galaxy, et savoir les utiliser.
- Savoir réaliser une analyse transcriptomique par RNA-seq avec ou sans (de novo) génome de référence à l’aide du portail Galaxy
- Avoir un regard critique sur la qualité des lectures obtenues par le séquenceur
- Connaître et savoir paramétrer les outils nécessaires à l’analyse
- Savoir réaliser une analyse différentielle de données RNA-seq à partir d’une table de comptage (quantifiant les lectures alignées) à l’aide du portail Galaxy
- Avoir un regard critique sur les résultats d’une analyse différentielle
- Comprendre différentes méthodes de normalisation et les contextes d’utilisation correspondants.

Dans le cadre du réseau métier ingénieur.e.s lillois, bilille organise un workshop de 2 jours autour de la communauté internationale et des pipelines de bioinformatique nf-core, les 8 et 9 Décembre sur le campus Cité Scientifique de l’Université de Lille, à Villeneuve d’Ascq.

Le projet nf-core a été créé en 2018 afin de proposer et maintenir de manière collaborative des pipelines d’analyse de bioinformatique en Nextflow selon des standards stricts de qualité et de reproductibilité, tout en facilitant leur mise en œuvre sur la majorité des infrastructures de calcul. La communauté, très active, qui s’organise autour de cette collection de pipelines rassemble des scientifiques du monde entier, issus de parcours très divers.

À l’occasion de cet atelier, nous accueillerons Maxime Garcia (Seqera labs, Stockholm), membre de l’équipe d’administration nf-core et développeur principal du pipeline d’analyse de variants génomique Sarek. Il présentera la communauté aux participant.e.s et les formera à l’utilisation de ces pipelines d’analyse, en alternant les présentations avec des mises en pratique. Il présentera également les outils de développement mis en place par nf-core pour permettre aux participant.e.s de contribuer aux outils existants et de proposer, si elles et ils le souhaitent, leurs propres pipelines selon les standards de la communauté.

Bilille propose un cycle de découverte de la bioinformatique à destination des chercheur·euses, enseignant·es-chercheur·euses, ingénieur·es, technicien·nes et doctorant·es en biologie. Aucun pré-requis en informatique n'est attendu.
Le cycle est constitué de quatre modules de deux jours:
- Banques de données et BLAST
- Alignement de séquences
- Prédiction de gènes et annotation de protéines
- Initiation à la reconstruction phylogénétique en biologie moléculaire
Ces modules peuvent être suivis indépendamment, mais ont une cohérence. Suivre chaque module peut aider à une meilleure compréhension des modules suivants.
Les fiches descriptives des différents modules sont accessibles sur le site web de Bilille.
Les objectifs du module 3 sont :
- découvrir les logiciels liés à la prédiction de gènes et à l'annotation de protéines
- acquérir la méthodologie pour prédire les gènes présents sur un génome qu'il soit bactérien ou eucaryote
- acquérir la méthodologie pour analyser la séquence protéique prédite et en déduire la fonction possible de la protéine, avoir une idée de sa localisation cellulaire et de sa structure
- être capable d'analyser les résultats obtenus par les logiciels avec un regard critique

Bilille, la plateforme de bioinformatique, biostatistique et bioanalyse de la métropole lilloise, propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.
Ce cycle est composé des modules suivants, à la carte :
- Analyses ADN
- Analyses de variants
- Métagénomique
- Analyses ChIP-seq
- Analyses RNA-seq
Les fiches descriptives sont accessibles sur le site de bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy.

Les objectifs du module Analyses de variants sont :
- Comprendre les grands principes de la détection de variants
- Réaliser les différentes étapes du post-traitement des données d’alignement à la détection de variants
- Adapter l’analyse en fonction du type de données NGS générées
- Comprendre la structure des données de variants
- Savoir annoter des variants
- Etre capable d’interpréter une liste de variants grâce aux outils libres disponibles

Bilille, la plateforme de bioinformatique, biostatistique et bioanalyse de la métropole lilloise, propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.
Ce cycle est composé des modules suivants, à la carte :
- Analyses ADN
- Analyses de variants
- Métagénomique
- Analyses ChIP-seq
- Analyses RNA-seq
Les fiches descriptives sont accessibles sur le site de bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy.

Les objectifs du module Analyses ChIP-seq sont :
Savoir analyser des données de ChIP-seq, du peak-calling à la découverte de motifs :
- Savoir détecter les pics et obtenir un signal
- Comprendre les différentes structures de données
- Savoir effectuer les contrôles qualité
- Savoir effectuer une analyse d’enrichissement de motifs
- Etre capable de préparer ses résultats pour leur annotation
- Comprendre comment croiser plusieurs résultats de ChIP-seq

Bilille propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.
Ce cycle est composé de 6 modules, à la carte : 
- Module 1: Analyses ADN
- Module 2: Analyses de variants
- Module 3 : Métagénomique
- Module 4: ChIP-seq
- Module 5: Analyses RNA-seq, bioinformatique
- Module 6: Analyses RNA-seq, biostatistique
Les fiches descriptives sont accessibles sur le site de Bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy.
Les objectifs du module 6 sont :
- Savoir réaliser une analyse différentielle de données RNA-seq à partir d’une table de comptage (quantifiant les lectures alignées) à l’aide du portail Galaxy
- Avoir un regard critique sur les résultats d’une analyse différentielle
- Comprendre différentes méthodes de normalisation et les contextes d’utilisation correspondants

Bilille propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.
Ce cycle est composé de 5 modules, à la carte : 
- Module 1: Analyses ADN
- Module 2: Analyses de variants
- Module 3: Analyses RNA-seq, bioinformatique
- Module 4: Analyses RNA-seq, biostatistique
- Module 5: Métagénomique
Les fiches descriptives sont accessibles sur le site de Bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy.
Les objectifs du module 3 sont :
- Savoir réaliser une analyse transcriptomique par RNA-seq avec ou sans (de novo) génome de référence à l’aide du portail Galaxy
- Avoir un regard critique sur la qualité des lectures obtenues par le séquenceur
- Connaître et savoir paramétrer les outils nécessaires à l’analyse

Bilille propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.
Ce cycle est composé de 6 modules, à la carte : 
- Module 1: Analyses ADN
- Module 2: Analyses de variants
- Module 3 : Métagénomique
- Module 4: ChIP-seq
- Module 5: Analyses RNA-seq, bioinformatique
- Module 6: Analyses RNA-seq, biostatistique
Les fiches descriptives sont accessibles sur le site de Bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy.
Les objectifs du module 2 sont :
- Comprendre les grands principes de la détection de variants
- Réaliser les différentes étapes du post-traitement des données d’alignement à la détection de variants
- Adapter l’analyse en fonction du type de données NGS générées
- Comprendre la structure des données de variants
- Savoir annoter des variants
- Etre capable d’interpréter une liste de variants grâce aux outils libres disponibles

Bilille propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.
Ce cycle est composé de 6 modules, à la carte : 
- Module 1: Analyses ADN
- Module 2: Analyses de variants
- Module 3 : Métagénomique
- Module 4: ChIP-seq
- Module 5: Analyses RNA-seq, bioinformatique
- Module 6: Analyses RNA-seq, biostatistique
Les fiches descriptives sont accessibles sur le site de Bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy.
Les objectifs du module 1 sont :
- Apprendre à manipuler des données de séquençage d’ADN
- Réaliser des contrôles de qualité et du nettoyage des lectures
- Présenter les méthodes et outils d'alignement
- Réaliser des contrôles de qualité et des alignements sur une référence
- Introduction à l’assemblage des lectures sans référence
- Utiliser la plateforme Galaxy pour ces analyses

Bilille, la plateforme de bioinformatique, biostatistique et bioanalyse de la métropole lilloise, propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.
Ce cycle est composé des modules suivants, à la carte :
- Analyses ADN
- Analyses de variants
- Métagénomique
- Analyses ChIP-seq
- Analyses RNA-seq
Les fiches descriptives sont accessibles sur le site de bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy.

Les objectifs du module Métagénomique sont :
- Connaître les différentes méthodes de séquençage à haut débit pour la métagénomique, avec leurs avantages et leurs limites : métagénomique ciblée, métagénomique génomes entiers, métatranscriptomique
- Comprendre les différentes étapes analytiques du traitement bioinformatique des données et savoir les mettre en œuvre
- Savoir conduire une analyse statistique pour l’estimation de la richesse de la biodiversité
- Aller jusqu’aux conclusions biologiques

Bilille propose un cycle de découverte de la bioinformatique à destination des chercheur·euses, enseignant·es-chercheur·euses, ingénieur·es, technicien·nes et doctorant·es en biologie. Aucun pré-requis en informatique n'est attendu.
Le cycle est constitué de quatre modules de deux jours:
- Banques de données et BLAST
- Alignement de séquences
- Prédiction de gènes et annotation de protéines
- Initiation à la reconstruction phylogénétique en biologie moléculaire
Ces modules peuvent être suivis indépendamment, mais ont une cohérence. Suivre chaque module peut aider à une meilleure compréhension des modules suivants.
Les fiches descriptives des différents modules sont accessibles sur le site web de Bilille.
Les objectifs du module 2 sont :
- Découvrir les différents types d'alignement pour les séquences protéiques et nucléiques
- Savoir choisir le logiciel et les paramètres adaptés à une problématique (alignement local, global, multiple...)
- Comprendre les méthodes algorithmiques pour l'alignement de séquences
- Comprendre les paramètres des logiciels
- Etre capable d'analyser un résultat d'alignement avec un regard critique

Bilille propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.
Ce cycle est composé de 5 modules, à la carte : 
- Module 1: Analyses ADN
- Module 2: Analyses de variants
- Module 3: Analyses RNA-seq, bioinformatique
- Module 4: Analyses RNA-seq, biostatistique
- Module 5: Métagénomique
Les fiches descriptives sont accessibles sur le site de Bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy.
Les objectifs du module 2 sont :
- Comprendre les grands principes de la détection de variants
- Réaliser les différentes étapes du post-traitement des données d’alignement à la détection de variants
- Adapter l’analyse en fonction du type de données NGS générées
- Comprendre la structure des données de variants
- Savoir annoter des variants
- Etre capable d’interpréter une liste de variants grâce aux outils libres disponibles

Bilille propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.
Ce cycle est composé de 5 modules, à la carte : 
- Module 1: Analyses ADN
- Module 2: Analyses de variants
- Module 3: Analyses RNA-seq, bioinformatique
- Module 4: Analyses RNA-seq, biostatistique
- Module 5: Métagénomique
Les fiches descriptives sont accessibles sur le site de Bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy.
Les objectifs du module 1 sont :
- Apprendre à manipuler des données de séquençage d’ADN
- Réaliser des contrôles de qualité et du nettoyage des lectures
- Présenter les méthodes et outils d'alignement
- Réaliser des contrôles de qualité et des alignements sur une référence
- Introduction à l’assemblage des lectures sans référence
- Utiliser la plateforme Galaxy pour ces analyses

Bilille propose des formations en partenariat avec CNRS Formation Entreprises à destination des chercheur-euse-s, enseignant-e-s-chercheur-euse-s, ingénieur-e-s, technicien-ne-s en biologie et médecine.

Objectifs :
- Comprendre les principes des méthodes d'analyse de données de séquençage à haut débit (NGS)
- Comprendre les paramètres des méthodes et leur impact sur les résultats
- Apprendre à identifier les outils d'analyse en fonction du jeu de données
- Être autonome pour analyser des données dans un gestionnaire de workflow comme Galaxy
- Savoir manipuler les fichiers de lecture de séquençage : extraction, préparation, filtrage / nettoyage
- Savoir évaluer la qualité des données de séquençage
- Savoir analyser des données de séquençage de génomes (avec ou sans génome de référence) et prendre du recul sur le protocole expérimental
- Savoir analyser des données de RNA-seq (avec ou sans génome de référence) et prendre du recul sur le protocole expérimental

Bilille propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.
Ce cycle est composé de 5 modules, à la carte : 
- Module 1: Analyses ADN
- Module 2: Analyses de variants
- Module 3: Analyses RNA-seq, bioinformatique
- Module 4: Analyses RNA-seq, biostatistique
- Module 5: Métagénomique
Les fiches descriptives sont accessibles sur le site de Bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy.
Les objectifs du module 1 sont :
- Apprendre à manipuler des données de séquençage d’ADN
- Réaliser des contrôles de qualité et du nettoyage des lectures
- Présenter les méthodes et outils d'alignement
- Réaliser des contrôles de qualité et des alignements sur une référence
- Introduction à l’assemblage des lectures sans référence
- Utiliser la plateforme Galaxy pour ces analyses

Bilille propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.
Ce cycle est composé de 5 modules, à la carte : 
- Module 1: Analyses ADN
- Module 2: Analyses de variants
- Module 3: Analyses RNA-seq, bioinformatique
- Module 4: Analyses RNA-seq, biostatistique
- Module 5: Métagénomique
Les fiches descriptives sont accessibles sur le site de Bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy.
Les objectifs du module 4 sont :
- Savoir réaliser une analyse différentielle de données RNA-seq à partir d’une table de comptage (quantifiant les lectures alignées) à l’aide du portail Galaxy
- Avoir un regard critique sur les résultats d’une analyse différentielle
- Comprendre différentes méthodes de normalisation et les contextes d’utilisation correspondants

Bilille, la plateforme de bioinformatique, biostatistique et bioanalyse de la métropole lilloise, propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.
Ce cycle est composé des modules suivants, à la carte :
- Analyses ADN
- Analyses de variants
- Métagénomique
- Analyses ChIP-seq
- Analyses RNA-seq
Les fiches descriptives sont accessibles sur le site de bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy.

Les objectifs du module Analyses ADN sont :
- Apprendre à manipuler des données de séquençage d’ADN
- Réaliser des contrôles de qualité et du nettoyage des lectures
- Présenter les méthodes et outils d'alignement
- Réaliser des contrôles de qualité et des alignements sur une référence
- Introduction à l’assemblage des lectures sans référence
- Utiliser la plateforme Galaxy pour ces analyses

Bilille organise régulièrement des formations d'initiation à l'outil Galaxy d'une journée, destinée aux biologistes et médecins désirant découvrir le traitement bioinformatique de données via une interface conviviale.

Galaxy est très répandu pour l’analyse de données omiques, telles que données de séquençage ou données de puces à ADN.
C'est l'environnement qui est utilisé lors du cycle de formation “Analyse de données de séquençage à haut-débit”.

Bilille, la plateforme de bioinformatique, biostatistique et bioanalyse de la métropole lilloise, propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.
Ce cycle est composé des modules suivants, à la carte :
- Analyses ADN
- Analyses de variants
- Métagénomique
- Analyses ChIP-seq
- Analyses RNA-seq
Les fiches descriptives sont accessibles sur le site de bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy.

Les objectifs du module Analyses RNA-seq sont :
- Découvrir les fonctionnalités courantes de Galaxy, et savoir les utiliser.
- Savoir réaliser une analyse transcriptomique par RNA-seq avec ou sans (de novo) génome de référence à l’aide du portail Galaxy
- Avoir un regard critique sur la qualité des lectures obtenues par le séquenceur
- Connaître et savoir paramétrer les outils nécessaires à l’analyse
- Savoir réaliser une analyse différentielle de données RNA-seq à partir d’une table de comptage (quantifiant les lectures alignées) à l’aide du portail Galaxy
- Avoir un regard critique sur les résultats d’une analyse différentielle
- Comprendre différentes méthodes de normalisation et les contextes d’utilisation correspondants.

Bilille propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.
Ce cycle est composé de 6 modules, à la carte : 
- Module 1: Analyses ADN
- Module 2: Analyses de variants
- Module 3 : Métagénomique
- Module 4: ChIP-seq
- Module 5: Analyses RNA-seq, bioinformatique
- Module 6: Analyses RNA-seq, biostatistique
Les fiches descriptives sont accessibles sur le site de Bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy.
Les objectifs du module 4 sont :
- Savoir détecter les pics et obtenir un signal
- Comprendre les différentes structures de données
- Savoir effectuer les contrôles qualité
- Savoir effectuer une analyse d’enrichissement de motifs
- Etre capable de préparer ses résultats pour leur annotation
- Comprendre comment croiser plusieurs résultats de ChIP-seq

Dans le cadre du réseau métier ingénieur.e.s lillois, bilille organise un workshop de 2 jours autour de la communauté internationale et des pipelines de bioinformatique nf-core, les 8 et 9 Décembre sur le campus Cité Scientifique de l’Université de Lille, à Villeneuve d’Ascq.

Le projet nf-core a été créé en 2018 afin de proposer et maintenir de manière collaborative des pipelines d’analyse de bioinformatique en Nextflow selon des standards stricts de qualité et de reproductibilité, tout en facilitant leur mise en œuvre sur la majorité des infrastructures de calcul. La communauté, très active, qui s’organise autour de cette collection de pipelines rassemble des scientifiques du monde entier, issus de parcours très divers.

À l’occasion de cet atelier, nous accueillerons Maxime Garcia (Seqera labs, Stockholm), membre de l’équipe d’administration nf-core et développeur principal du pipeline d’analyse de variants génomique Sarek. Il présentera la communauté aux participant.e.s et les formera à l’utilisation de ces pipelines d’analyse, en alternant les présentations avec des mises en pratique. Il présentera également les outils de développement mis en place par nf-core pour permettre aux participant.e.s de contribuer aux outils existants et de proposer, si elles et ils le souhaitent, leurs propres pipelines selon les standards de la communauté.

Bilille propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.
Ce cycle est composé de 6 modules, à la carte : 
- Module 1: Analyses ADN
- Module 2: Analyses de variants
- Module 3 : Métagénomique
- Module 4: ChIP-seq
- Module 5: Analyses RNA-seq, bioinformatique
- Module 6: Analyses RNA-seq, biostatistique
Les fiches descriptives sont accessibles sur le site de Bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy.
Les objectifs du module 1 sont :
- Apprendre à manipuler des données de séquençage d’ADN
- Réaliser des contrôles de qualité et du nettoyage des lectures
- Présenter les méthodes et outils d'alignement
- Réaliser des contrôles de qualité et des alignements sur une référence
- Introduction à l’assemblage des lectures sans référence
- Utiliser la plateforme Galaxy pour ces analyses

Bilille propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.
Ce cycle est composé de 6 modules, à la carte : 
- Module 1: Analyses ADN
- Module 2: Analyses de variants
- Module 3 : Métagénomique
- Module 4: ChIP-seq
- Module 5: Analyses RNA-seq, bioinformatique
- Module 6: Analyses RNA-seq, biostatistique
Les fiches descriptives sont accessibles sur le site de Bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy.
Les objectifs du module 1 sont :
- Apprendre à manipuler des données de séquençage d’ADN
- Réaliser des contrôles de qualité et du nettoyage des lectures
- Présenter les méthodes et outils d'alignement
- Réaliser des contrôles de qualité et des alignements sur une référence
- Introduction à l’assemblage des lectures sans référence
- Utiliser la plateforme Galaxy pour ces analyses

Bilille propose des formations en partenariat avec CNRS Formation Entreprises à destination des chercheur-euse-s, enseignant-e-s-chercheur-euse-s, ingénieur-e-s, technicien-ne-s en biologie et médecine.

Objectifs :
- Comprendre les méthodes de base à utiliser pour mener une analyse de séquences
- Savoir exploiter les ressources bioinformatiques publiques
- Savoir utiliser les logiciels d'alignement, de recherche d'homologie, d'annotation de gènes et de protéines

Bilille and ATGC organize a workshop to train users to WAVES, a Web Application for Versatile Enhanced Bioinformatic Services.

Bilille propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.
Ce cycle est composé de 5 modules, à la carte : 
- Module 1: Analyses ADN
- Module 2: Analyses de variants
- Module 3: Analyses RNA-seq, bioinformatique
- Module 4: Analyses RNA-seq, biostatistique
- Module 5: Métagénomique
Les fiches descriptives sont accessibles sur le site de Bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy.
Les objectifs du module 2 sont :
- Comprendre les grands principes de la détection de variants
- Réaliser les différentes étapes du post-traitement des données d’alignement à la détection de variants
- Adapter l’analyse en fonction du type de données NGS générées
- Comprendre la structure des données de variants
- Savoir annoter des variants
- Etre capable d’interpréter une liste de variants grâce aux outils libres disponibles

Bilille, la plateforme de bioinformatique, biostatistique et bioanalyse de la métropole lilloise, propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.
Ce cycle est composé des modules suivants, à la carte :
- Analyses ADN
- Analyses de variants
- Métagénomique
- Analyses ChIP-seq
- Analyses RNA-seq
Les fiches descriptives sont accessibles sur le site de bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy.

Les objectifs du module Métagénomique sont :
- Connaître les différentes méthodes de séquençage à haut débit pour la métagénomique, avec leurs avantages et leurs limites : métagénomique ciblée, métagénomique génomes entiers, métatranscriptomique
- Comprendre les différentes étapes analytiques du traitement bioinformatique des données et savoir les mettre en œuvre
- Savoir conduire une analyse statistique pour l’estimation de la richesse de la biodiversité
- Aller jusqu’aux conclusions biologiques

Bilille propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.
Ce cycle est composé de 5 modules, à la carte : 
- Module 1: Analyses ADN
- Module 2: Analyses de variants
- Module 3: Analyses RNA-seq, bioinformatique
- Module 4: Analyses RNA-seq, biostatistique
- Module 5: Métagénomique
Les fiches descriptives sont accessibles sur le site de Bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy.
Les objectifs du module 5 sont :
- Connaître les différentes méthodes de séquençage à haut débit pour la métagénomique, avec leurs avantages et leurs limites : métagénomique ciblée, métagénomique génomes entiers, métatranscriptomique
- Comprendre les différentes étapes analytiques du traitement bioinformatique des données et savoir les mettre en œuvre
- Savoir conduire une analyse statistique pour l’estimation de la richesse de la biodiversité
- Aller jusqu’aux conclusions biologiques

Bilille, la plateforme de bioinformatique, biostatistique et bioanalyse de la métropole lilloise, propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.
Ce cycle est composé des modules suivants, à la carte :
- Analyses ADN
- Analyses de variants
- Métagénomique
- Analyses ChIP-seq
- Analyses RNA-seq
Les fiches descriptives sont accessibles sur le site de bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy.

Les objectifs du module Analyses ChIP-seq sont :
Savoir analyser des données de ChIP-seq, du peak-calling à la découverte de motifs :
- Savoir détecter les pics et obtenir un signal
- Comprendre les différentes structures de données
- Savoir effectuer les contrôles qualité
- Savoir effectuer une analyse d’enrichissement de motifs
- Etre capable de préparer ses résultats pour leur annotation
- Comprendre comment croiser plusieurs résultats de ChIP-seq

Bilille, la plateforme de bioinformatique, biostatistique et bioanalyse de la métropole lilloise, propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.
Ce cycle est composé des modules suivants, à la carte :
- Analyses ADN
- Analyses de variants
- Métagénomique
- Analyses ChIP-seq
- Analyses RNA-seq
Les fiches descriptives sont accessibles sur le site de bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy.

Les objectifs du module Analyses de variants sont :
- Comprendre les grands principes de la détection de variants
- Réaliser les différentes étapes du post-traitement des données d’alignement à la détection de variants
- Adapter l’analyse en fonction du type de données NGS générées
- Comprendre la structure des données de variants
- Savoir annoter des variants
- Etre capable d’interpréter une liste de variants grâce aux outils libres disponibles

Bilille propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.
Ce cycle est composé de 6 modules, à la carte : 
- Module 1: Analyses ADN
- Module 2: Analyses de variants
- Module 3 : Métagénomique
- Module 4: ChIP-seq
- Module 5: Analyses RNA-seq, bioinformatique
- Module 6: Analyses RNA-seq, biostatistique
Les fiches descriptives sont accessibles sur le site de Bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy.
Les objectifs du module 6 sont :
- Savoir réaliser une analyse différentielle de données RNA-seq à partir d’une table de comptage (quantifiant les lectures alignées) à l’aide du portail Galaxy
- Avoir un regard critique sur les résultats d’une analyse différentielle
- Comprendre différentes méthodes de normalisation et les contextes d’utilisation correspondants

Bilille propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.
Ce cycle est composé de 6 modules, à la carte : 
- Module 1: Analyses ADN
- Module 2: Analyses de variants
- Module 3 : Métagénomique
- Module 4: ChIP-seq
- Module 5: Analyses RNA-seq, bioinformatique
- Module 6: Analyses RNA-seq, biostatistique
Les fiches descriptives sont accessibles sur le site de Bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy.
Les objectifs du module 5 sont :
- Savoir réaliser une analyse transcriptomique par RNA-seq avec ou sans (de novo) génome de référence à l’aide du portail Galaxy
- Avoir un regard critique sur la qualité des lectures obtenues par le séquenceur
- Connaître et savoir paramétrer les outils nécessaires à l’analyse

Bilille propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.
Ce cycle est composé de 6 modules, à la carte : 
- Module 1: Analyses ADN
- Module 2: Analyses de variants
- Module 3 : Métagénomique
- Module 4: ChIP-seq
- Module 5: Analyses RNA-seq, bioinformatique
- Module 6: Analyses RNA-seq, biostatistique
Les fiches descriptives sont accessibles sur le site de Bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy.
Les objectifs du module 3 sont :
- Connaître les différentes méthodes de séquençage à haut débit pour la métagénomique, avec leurs avantages et leurs limites : métagénomique ciblée, métagénomique génomes entiers, métatranscriptomique
- Comprendre les différentes étapes analytiques du traitement bioinformatique des données et savoir les mettre en œuvre
- Savoir conduire une analyse statistique pour l’estimation de la richesse de la biodiversité
- Aller jusqu’aux conclusions biologiques

Bilille propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.
Ce cycle est composé de 6 modules, à la carte : 
- Module 1: Analyses ADN
- Module 2: Analyses de variants
- Module 3 : Métagénomique
- Module 4: ChIP-seq
- Module 5: Analyses RNA-seq, bioinformatique
- Module 6: Analyses RNA-seq, biostatistique
Les fiches descriptives sont accessibles sur le site de Bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy.
Les objectifs du module 2 sont :
- Comprendre les grands principes de la détection de variants
- Réaliser les différentes étapes du post-traitement des données d’alignement à la détection de variants
- Adapter l’analyse en fonction du type de données NGS générées
- Comprendre la structure des données de variants
- Savoir annoter des variants
- Etre capable d’interpréter une liste de variants grâce aux outils libres disponibles

Bilille, la plateforme de bioinformatique, biostatistique et bioanalyse de la métropole lilloise, propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.
Ce cycle est composé des modules suivants, à la carte :
- Analyses ADN
- Analyses de variants
- Métagénomique
- Analyses ChIP-seq
- Analyses RNA-seq
Les fiches descriptives sont accessibles sur le site de bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy.

Les objectifs du module Analyses ADN sont :
- Apprendre à manipuler des données de séquençage d’ADN
- Réaliser des contrôles de qualité et du nettoyage des lectures
- Présenter les méthodes et outils d'alignement
- Réaliser des contrôles de qualité et des alignements sur une référence
- Introduction à l’assemblage des lectures sans référence
- Utiliser la plateforme Galaxy pour ces analyses

bilille propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.
Ce cycle est composé de 5 modules, à la carte : 
- Module 1: Analyses ADN
- Module 2: Analyses de variants
- Module 3: Analyses RNA-seq, bioinformatique
- Module 4: Analyses RNA-seq, biostatistique
- Module 5: Métagénomique
Les fiches descriptives sont accessibles sur le site de bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy.
Les objectifs du module 3 sont :
- Savoir réaliser une analyse transcriptomique par RNA-seq avec ou sans (de novo) génome de référence à l’aide du portail Galaxy
- Avoir un regard critique sur la qualité des lectures obtenues par le séquenceur
- Connaître et savoir paramétrer les outils nécessaires à l’analyse