BiGEst

Design your RNA 2D structure interactively and to create and assemble the corresponding RNA 3D modules directly in UCSF Chimera.

GalaxEast aims at providing a large range of bioinformatics tools for the analysis of various types of Omics data. It supports reproducible computational research by providing an environment for performing and recording bioinformatics analyses.

Multiple alignment-based information management system that combines the advantages of both knowledge-based and ab initio sequence analysis methods.

Comparative analysis between ChIP-seq and other enrichment-related NGS datasets requires prior characterization of their degree of technical similarity. The Galaxy tool NGS-QC Generator is a computational-based approach that infers quality indicators from the distribution of sequenced reads associated to a particular NGS profile. Such information is then used for comparative purposes and for defining strategies to improve the quality of sample-derived datasets.

Software system incorporating an original algorithm for the rapid detection of orthology and inparalogy relations between different species.

Takes one or more protein sequences as input and analyzes them in a five-step process during which searches for sequence homologues, analyses of multiple sequence alignments, and hierarchical relationships between protein subfamilies are performed.

• Biologie
• Biomédical
• Environnement
• Biotechnologie

• Biologie Végétale Intégrative (silencing, épigénétique, intéractions hôtes pathogènes, cycle cellulaire, …)
• Maladies génétiques rares (ciliopathies, rétinopathies, myopathies, …)
• Génomique structurale, fonctionnelle, comparative
• Protéomique haut-débit et Protéomique structurale
• Développement de méthodes quantitatives basées sur la spectrométrie de masse et leur application à des systèmes biologiques
• ARN non-codantes : architecture, mécanismes d'évolution, et rôles dans la pathogénicité
• L'étude des micro-organismes adaptés à des conditions environnementales extrêmes
• Recherche transdisciplinaire à l'interface de la biologie, la biochimie, la physique et la médecine
 
La plateforme BiGEst regroupe plusieurs plateformes/services bioinformatiques dans différents Instituts de recherche à Strasbourg :
 
Génétique Moléculaire, Génomique Microbiologie (GMGM)
L'étude des micro-organismes adaptés à des conditions environnementales extrêmes peuvent révéler des capacités microbiennes insoupçonnées. Leur compréhension, y compris les fonctions métaboliques et la formation de biofilm impliqués dans l'adaptation à des conditions particulières est un objectif majeur de la microbiologie environnementale. Nous étudions ces mécanismes d'adaptation microbienne dans les écosystèmes contaminés par des éléments toxiques à 3 niveaux : (i) l'isolement de nouvelles souches et la caractérisation de leurs propriétés métaboliques, (ii) l'étude de la réponse adaptative aux métaux toxiques dans des conditions de laboratoire, (iii) l'étude d'environnements contaminés pour comprendre le fonctionnement des communautés microbiennes in situ.
 
Institut de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IBMC)
L’équipe « évolution des ARN non-codants chez les levures » s'intéresse au rôle et à l'évolution des ARNnc dans les mécanismes biologiques. De tels ARN étaient connus depuis longtemps, mais on pensait alors qu’ils n’étaient que des "composants infrastructuraux" de la machinerie traductionnelle, des reliquats d’un monde ancestral "tout ARN" : les ARN ribosomiques, les ARN de transferts, les introns ainsi que les petits ARN nucléolaires. Au moyen d'approches bioinformatiques et expérimentales, nous nous intéressons particulièrement : (i) à l'étude des relations structure-fonction dans certaines familles d'ARNnc (ribosomes, riboswitches,...), (ii) à l'identification et à l'étude de nouveaux ARNnc impliqués dans les mécanismes de pathogénicité chez certaines espèces de levures.
 
Institut de Biologie Moléculaire des Plantes (IBMP)
L’activité de recherche est dédiée à l’étude des mécanismes fondamentaux de la vie des plantes dont les applications trouvent notamment leur place dans les domaines des biotechnologies ou de la recherche médicale. Les domaines étudiés sont très variés : (i) la biosynthèse de molécules bioactives (impliquées dans l’élaboration de matériaux, de cosmétiques, d’arômes ou de médicaments) et de leur régulation, (ii) virus végétaux, (iii) des grandes voies de régulation permettant le développement et la reproduction des plantes ainsi que l’adaptation à leur environnement, (iv) la biogenèse des organites, chloroplastes et mitochondries, indispensables à la production d’énergie des cellules et dont les dysfonctionnements peuvent engendrer des effets fortement délétères quant à la vie cellulaire. http://ibmp.u-strasbg.fr/
 
Laboratoire des sciences de l'ingénieur, de l'informatique et de l'imagerie (ICube)
L'équipe Complex systems and Translational Bioinformatics (CSTB) couvre un large spectre de recherches en informatique : la bioinformatique et génomique intégratives, la bioinformatique théorique, la fouille de données, l'ingénierie des connaissances et l'optimisation stochastique. Dans le domaine de la bioinformatique, nous nous focalisons essentiellement sur le domaine de la santé et plus particulièrement à l’étude des maladies génétiques rares et à la compréhension des mécanismes physiopathologiques impliqués dans ces maladies. Ces mécanismes ont souvent un intérêt potentiel pour la compréhension des processus biologiques altérés dans des maladies plus communes, telles que l’obésité, les diabètes ou les cancers.
 
Institut de génétique et de biologie moléculaire et cellulaire (IGBMC)
L'objectif de l'institut est de développer la recherche transdisciplinaire à l'interface de la biologie, la biochimie, la physique et la médecine. Nous explorons des thématiques très diverses, alliant recherche fondamentale et appliquée dans le domaine de la santé. Les travaux concernent des sujets très variés, allant de l'analyse structurale des protéines à la génétique humaine, en passant par les cellules souches, la biophysique ou l'épigénétique. Les résultats scientifiques ont déjà permis d'importantes avancées, notamment pour la compréhension de nombreuses pathologies humaines comme certains cancers ou maladies génétiques rares.
 
Institut clinique de la souris (ICS - IGBMC)
Le service informatique ICS possède une expertise informatique forte dans la mise en place de la chaine de traitement des données issues des souris génétiquement modifiés : développement d’outils de capture des données de phénotypage, des traitements statistiques appropriés, des procédures d’interfaçage avec des ressources externes. Il développe également l’analyse intégrative de ces données en les croisant avec les ressources publiques disponibles (MGI, EMMA…).
 
Institut Pluridisciplinaire Hubert Curien (IPHC)
Le Laboratoire de Spectrométrie de Masse BioOrganique (LSMBO) de l’IPHC se concentre sur le développement de méthodes analytiques pour la détermination structurale de macromolécules, principalement des protéines, sans aucune ambiguïté structurale, jusqu’au dernier atome. Des méthodes d’analyse protéomique à haut débit sont développées pour la quantification de protéomes complexes ou la découverte de biomarqueurs de pathologies. Nous développons également la MS supramoléculaire pour décrire des complexes non-covalents, des approches de protéomique structurale, de protéogénomique et de complexomique. L’équipe de bioinformatique du laboratoire développe les outils logiciels nécessaires à l’interprétation de l’ensemble des données générées, outils qui sont accessibles sur MSDA (Mass Spectrometry Data Analysis, https://msda.unistra.fr/)

• Machine learning
• Sequence analysis
• proteomics
• Genomics (Chips)
• Data collection curation
• NGS Sequencing Data Analysis

Description : La formation EBAII IFB Aviesan de niveau 1 propose une expérience d'apprentissage intensive conçue pour les biologistes, qu'ils soient ingénieurs, doctorants, chercheurs, enseignants-chercheurs ou praticiens, qui sont confrontés à l'analyse de données NGS (Next-Generation Sequencing) mais qui ne disposent pas encore des compétences bioinformatiques nécessaires, ou qui cherchent à renforcer leurs compétences existantes.

Contenu : Cette formation est structurée autour d'une combinaison de sessions théoriques et d'ateliers pratiques. Les participants auront l'occasion d'explorer diverses thématiques, notamment le traitement de données de variants, ChIP-Seq, Bulk RNA-Seq, et Single-Cell RNA-Seq. De plus, ils recevront une introduction aux technologies "long reads".

Objectifs généraux:
Acquérir une compréhension approfondie des concepts liés à l'analyse de données NGS.
Maîtriser les outils informatiques nécessaires pour effectuer ces analyses.
Interpréter les résultats des analyses de données NGS.

This hands-on course will teach bioinformatic approaches for analyzing Illumina sequencing data. Our goal is to introduce the command line skills you need to make the most of your NGS data.
During this 4-day training we will first introduce the Linux environment, shell commands and basic R scripting. And then we will focus on two NGS data analyses -- small RNA-seq and RNA-seq -- based on published datasets from the model organism Arabidopsis thaliana

Cette formation sur 3 jours est destinée à des bioinformaticiens et biostatisticiens souhaitant acquérir des compétences théoriques et pratiques sur les principes "FAIR" (Facile à trouver, Accessible, Interopérable, Réutilisable) appliqués à un projet d'analyse et/ou de développement.

La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). Cette édition de l’école aborde les nouveaux enjeux technologiques: elle s’articulera autour de trois ateliers thématiques en session parallèle (RNA-seq, ChIP-seq/ATAC-seq, variants DNA-seq), et inclura une introduction à l’intégration des données, une ouverture aux approches “single-cell” ainsi qu’aux technologies “long reads”.

L’école vise à introduire les concepts et à manipuler les outils informatiques et à en interpréter les résultats. Elle est basée sur une alternance de courtes sessions théoriques et d’ateliers pratiques. Les participants bénéficieront d’un tutorat personnalisé pour élaborer leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur plateforme.

Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit -- Niveau 2

Les domaines des sciences du vivant liés à l’analyse du génome ont vu au cours des dernières années une
accumulation explosive des données provenant des techniques de séquençage à haut débit. Les progrès accomplis ont
considérablement augmenté les possibilités expérimentales dans des domaines tels que la génomique (séquençage de
nouveaux génomes, variants génétiques), la transcriptomique (expression génétique, ARNs non codants) et les
interactions ADN-protéine (immuno-précipitation de chromatine) et modifications de la chromatine. AVIESAN organise
une troisième session de cette école dont les objectifs sont d’apporter aux biologistes des notions et une pratique leur
permettant d’appréhender le traitement et l’analyse des données de séquençage à haut débit en utilisant un
environnement logiciel convivial : Galaxy.
L’école comportera des séminaires introductifs, des cours et des travaux pratiques consacrés à l’initiation au traitement
des données de transcriptome (RNA-seq), d’interactome (ChIP-seq) et de variations génomiques (SNP, CNV). Les
participants disposant de données pourront discuter de leur plan d’analyse et effectuer les premières étapes de
traitement de leurs données au cours de la dernière journée.
L’école est une initiation à l’utilisation des outils bioinformatiques dans un environnement Galaxy, plateforme dédiée à
l’analyse des données de séquençage à haut débit. Cette formation est destinée aux biologistes (chercheurs,
doctorants, enseignants-chercheurs, ingénieurs, …) ayant déjà utilisé ou souhaitant utiliser ce type de données.

La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). Cette édition de l’école aborde les nouveaux enjeux technologiques: elle s’articulera autour de trois ateliers en session parallèle (RNA-seq, ChIP-seq, variants DNA-seq), et inclura une introduction à l’intégration des données,  ouverture aux approches “single-cell” ainsi qu’aux technologies lectures longues (Nanopore, PacBio).
L’école vise à introduire les concepts et à manipuler les outils informatiques et à en interpréter les résultats. Elle est basée sur une alternance de courtes sessions théoriques et d’ateliers pratiques. Les participants bénéficieront d’un tutorat personnalisé pour élaborer leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur plateforme.

La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). Cette édition de l’école aborde les nouveaux enjeux technologiques: elle s’articulera autour de trois ateliers thématiques en session parallèle (RNA-seq, ChIP-seq/ATAC-seq, variants DNA-seq), et inclura une introduction à l’intégration des données, une ouverture aux approches “single-cell” ainsi qu’aux technologies “long reads”.

L’école vise à introduire les concepts et à manipuler les outils informatiques et à en interpréter les résultats. Elle est basée sur une alternance de courtes sessions théoriques et d’ateliers pratiques. Les participants bénéficieront d’un tutorat personnalisé pour élaborer leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur plateforme.

La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). Cette édition de l’école aborde les nouveaux enjeux technologiques: elle s’articulera autour de trois ateliers en session parallèle (RNA-seq, ChIP-seq, variants DNA-seq), et inclura une introduction à l’intégration des données,  ouverture aux approches “single-cell” ainsi qu’aux technologies lectures longues (Nanopore, PacBio).
L’école vise à introduire les concepts et à manipuler les outils informatiques et à en interpréter les résultats. Elle est basée sur une alternance de courtes sessions théoriques et d’ateliers pratiques. Les participants bénéficieront d’un tutorat personnalisé pour élaborer leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur plateforme.

La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). Cette édition de l’école aborde les nouveaux enjeux technologiques: elle s’articulera autour de trois ateliers en session parallèle (RNA-seq, ChIP-seq, variants DNA-seq).
L’école vise à introduire les concepts et à manipuler les outils informatiques et à en interpréter les résultats. Elle est basée sur une alternance de courtes sessions théoriques et d’ateliers pratiques. Les participants bénéficieront d’un tutorat personnalisé pour élaborer leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur plateforme.

Description : La formation EBAII IFB Aviesan de niveau 1 propose une expérience d'apprentissage intensive conçue pour les biologistes, qu'ils soient ingénieurs, doctorants, chercheurs, enseignants-chercheurs ou praticiens, qui sont confrontés à l'analyse de données NGS (Next-Generation Sequencing) mais qui ne disposent pas encore des compétences bioinformatiques nécessaires, ou qui cherchent à renforcer leurs compétences existantes.

Contenu : Cette formation est structurée autour d'une combinaison de sessions théoriques et d'ateliers pratiques. Les participants auront l'occasion d'explorer diverses thématiques, notamment le traitement de données de variants, ChIP-Seq, Bulk RNA-Seq, et Single-Cell RNA-Seq. De plus, ils recevront une introduction aux technologies "long reads".

Objectifs généraux:
Acquérir une compréhension approfondie des concepts liés à l'analyse de données NGS.
Maîtriser les outils informatiques nécessaires pour effectuer ces analyses.
Interpréter les résultats des analyses de données NGS.

This hands-on course will teach bioinformatic approaches for analyzing Illumina sequencing data. Our goal is to introduce the command line skills you need to make the most of your NGS data.
During this 4-day training we will first introduce the Linux environment, shell commands and basic R scripting. And then we will focus on two NGS data analyses -- small RNA-seq and RNA-seq -- based on published datasets from the model organism Arabidopsis thaliana

This hands-on course will teach bioinformatic approaches for analyzing Illumina sequencing data. Our goal is to introduce the command line skills you need to make the most of your NGS data.
During this 4-day training we will first introduce the Linux environment, shell commands and basic R scripting. And then we will focus on two NGS data analyses -- small RNA-seq and RNA-seq -- based on published datasets from the model organism Arabidopsis thaliana

Cette formation, à destination de bioinformaticiens et biologistes, présente les principes FAIR de gestions de données dans un projet de bioinformatique ou de biologie.Elle aborde les différents points fondamentaux (théoriques, pratiques, juridiques) en lien avec la politique nationale d’ouverture des données de la recherche et présente sous forme de séances pratiques les ressources nationales accessibles à la communauté scientifique ainsi que les solutions proposées pour gérer les données d’un projet de recherche.

This hands-on course will teach bioinformatic approaches for analyzing Illumina sequencing data. Our goal is to introduce the command line skills you need to make the most of your NGS data.
During this 4-day training we will first introduce the Linux environment, shell commands and basic R scripting. And then we will focus on two NGS data analyses -- small RNA-seq and RNA-seq -- based on published datasets from the model organism Arabidopsis thaliana

Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit -- Niveau 2

La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). Cette édition de l’école aborde les nouveaux enjeux technologiques: elle s’articulera autour de quatres ateliers thématiques en session parallèle (RNA-seq, ChIP-seq/ATAC-seq, variants DNA-seq, single-cell), et inclura une introduction à l’intégration des données, une ouverture aux technologies “long reads”.

L’école vise à introduire les concepts et à manipuler les outils informatiques et à en interpréter les résultats. Elle est basée sur une alternance de courtes sessions théoriques et d’ateliers pratiques. Les participants bénéficieront d’un tutorat personnalisé pour élaborer leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur plateforme.

Cette formation sur 3 jours est destinée à des bioinformaticiens et biostatisticiens souhaitant acquérir des compétences théoriques et pratiques sur les principes "FAIR" (Facile à trouver, Accessible, Interopérable, Réutilisable) appliqués à un projet d'analyse et/ou de développement.

La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). Cette édition de l’école aborde les nouveaux enjeux technologiques: elle s’articulera autour de trois ateliers en session parallèle (RNA-seq, ChIP-seq, variants DNA-seq), et inclura une introduction à l’intégration des données,  ouverture aux approches “single-cell” ainsi qu’aux technologies lectures longues (Nanopore, PacBio).
L’école vise à introduire les concepts et à manipuler les outils informatiques et à en interpréter les résultats. Elle est basée sur une alternance de courtes sessions théoriques et d’ateliers pratiques. Les participants bénéficieront d’un tutorat personnalisé pour élaborer leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur plateforme.