Formation d'initiation à la plateforme de stockage d'imagerie OMERO
Cette session d'introduction a pour objectif la prise en main d'OMERO et le chargement d'images vers l'instance OMERO hébergée au Mésocentre Clermont Auvergne, service de la plateforme AuBi.
Qu'est-ce qu'OMERO ?
OMERO est une plateforme logicielle permettant de visualiser, de gérer et d'annoter des données d'images scientifiques. OMERO vous permet d'importer et d'archiver vos images, de les annoter et de baliser vos images, d'enregistrer vos protocoles expérimentaux et d'exporter vos images dans de nombreux formats. Il vous permet également de collaborer avec des collègues en créant des groupes d'utilisateurs.
Pourquoi utiliser OMERO ?
C'est très pratique ! Une fois vos données importées, vous n'avez plus à vous soucier des montages réseau et des structures de dossiers. Vos données sont consultables, vous pouvez les annoter, les visualiser, effectuer des flux de travail simples d'analyse d'images, les partager avec des collaborateurs et générer des figures de niveau publication, le tout directement depuis votre navigateur web.
Comment l'utiliser ?
Il existe deux interfaces principales pour OMERO : un client de bureau (OMERO.insight) et une page web (OMERO.web). Elles ont toutes deux des caractéristiques similaires mais pas identiques. Venez découvrir ces outils lors de cette formation AuBi !
Pour cela, il est indispensable d'être équipé d'un ordinateur portable sur lequel omero insight sera installé en amont de la formation et d'avoir un compte actif au Mésocentre Clermont Auvergne qui vous permettra ensuite de vous connecter sur omero.web.
Inscription dans la limite de 10 personnes auprès de la plateforme CLIC ou de la plateforme AuBi.
Introduction au profilage taxonomique et visualisation de communautés microbiennes à partir de données métagénomiques avec Galaxy
L’objectif de cette formation est de se familiariser avec les étapes et les outils d’analyse de données de métagénomiques pour caractériser et visualiser des communautés microbiennes. Nous proposons au personnel non-bioinformaticien de les accompagner dans la prise en main de ces étapes en utilisant la plateforme de bio-analyse Galaxy.
Après une introduction à la métagénomique, une session pratique sur la plateforme Galaxy couvrira comment :
- assigner des taxons à des données de métagénomiques,
- visualiser une communauté microbienne à partir d’assignations taxonomiques
Les inscriptions se font via le formulaire suivant avant le 28 Février 2024 : https://framaforms.org/cycle-de-formations-mensuelles-a-lanalyse-de-donnees-sur-galaxy-1707229580
Nous sélectionnerons les participants sur la base du "premier arrivé, premier servi" et nous transmettrons la liste par session au service de formation continue de l'UCA qui vous enverra ensuite une convocation.
Initiation à l’utilisation de la plateforme de bio-analyse Galaxy
L’objectif de cette formation est de se familiariser avec l’interface utilisateur de Galaxy. Nous proposons au personnel non-bioinformaticien de les accompagner dans la prise en main de l’interface Galaxy. Vous découvrirez comment importer des données, faire une analyse simple, gérer un historique et construire un workflow.
Cette formation se base sur le contenu du Galaxy Training Network (GTN). Plus de 300 tutoriels sont mis à disposition sur le web (https://training.galaxyproject.org/) organisés autour de différentes thématiques biologiques. Nous aborderons ici les bases du fonctionnement de la plateforme Galaxy.
Les inscriptions se font via le formulaire suivant avant le 28 Février 2024 : https://framaforms.org/cycle-de-formations-mensuelles-a-lanalyse-de-donnees-sur-galaxy-1707229580
Dans ce formulaire, vous pouvez sélectionner les sessions qui vous intéressent. Nous sélectionnerons les participants sur la base du "premier arrivé, premier servi" et nous transmettrons la liste par session au service de formation continue de l'UCA qui vous enverra ensuite une convocation.
Introduction aux bonnes pratiques en bio-informatique afin de pérenniser son travail de recherche.
Cette formation permet de découvrir les bonnes pratiques dans le cadre d’un travail nécessitant des approches programmatiques (statistiques, programmation d’outils, analyses de données biologiques). Elle s’inscrit aussi dans l’aspect science-ouverte afin de rendre plus facilement disponible le travail bio-informatique. Après une introduction aux pratiques FAIR axées notamment sur les notions de reproductibilité et de répétabilité du code, plusieurs points seront abordés: les bonnes pratiques de partage et gestion des versions des outils utilisés ; la gestion des environnements de travail (conda, docker, singularity) ; découverte du gestionnaire de workflow Snakemake : et enfin la documentation du code avec Rmarkdown et Jupyter.
New session of FAIR_bioinfo_@_AuBi
Introduction aux bonnes pratiques en bio-informatique afin de pérenniser son travail de recherche.
Cette formation permet de découvrir les bonnes pratiques dans le cadre d’un travail nécessitant des approches programmatiques (statistiques, programmation d’outils, analyses de données biologiques). Elle s’inscrit aussi dans l’aspect science-ouverte afin de rendre plus facilement disponible et pérenne le travail bio-informatique. Après une introduction aux pratiques FAIR axées notamment sur les notions de reproductibilité et de répétabilité du code, plusieurs approches seront abordées: les bonnes pratiques de partage et gestion des versions des outils utilisés ; la gestion des environnements de travail (conda, docker, singularity) ; découverte du gestionnaire de workflow Snakemake : et enfin la documentation du code avec Rmarkdown et Jupyter.
A Hackathon for microbial data analysis workflow FAIRification
The primary goal of this hackathon is to prepare, integrate, and FAIRify microbial data analysis Galaxy workflows within the Intergalactic Workflow Commission (IWC), ensuring they adhere to best practices for accessibility, interoperability, and reusability across the bioinformatics community. IWC acts as a central hub for Galaxy workflows, automatically listing them in major registries like Dockstore and WorkflowHub, while ensuring workflows are rigorously reviewed, tested, and updated with every new Galaxy release. Versioning, tool updates, and essential metadata enhance the findability and usability of each workflow.
In short, the objectives of this hackathon are to:
- Annotate and apply best practices to microbial data analysis Galaxy workflows for consistency and reusability
- Implement robust tests to ensure workflow reliability and accuracy
- Successfully integrate key microbial data analysis Galaxy workflows into IWC, improving accessibility and usability
- Collaborate as a community to refine and improve workflows, ensuring they are peer-reviewed and meet high standards
- Make these peer-reviewed workflows accessible to the broader community through the future microGalaxy Lab
This hackathon is open to participants from all communities, so join us to help shape the future of bioinformatics workflows! Experts and IWC experienced users will be participating in the hackathon to support and explain the requirements during the event.
Hackathon - Improving the annotation of Galaxy resources for microbial data analysis and beyond
This hackathon aims to improve the annotation of Galaxy resources for microbial data analysis and beyond
The objective of this hackathon is to improve the annotation of the Galaxy resources (tools, training, workflows) for microbial data analysis by:
- Linking microbial Galaxy tools to bio.tools to obtain EDAM ontology annotation
- Improving bio.tools annotations
- Annotating existing microbial-related tutorials with EDAM terms
- Reflecting on the addition of EDAM terms to workflows
- Reflecting on missing terms in the EDAM ontology for microbial data analyses
- Brainstorming about a way to connect tool annotations to improve training and workflow annotations
Introduction à l'analyse de données transcriptomiques avec Galaxy
L’objectif est de se familiariser avec les étapes d’analyses des données transcriptomiques ou RNA-seq avec référence pour extraire les gènes et fonctions différentiellement exprimés. Nous proposons au personnel non-bioinformaticien de les accompagner dans la prise en main de ces étapes d’analyses en utilisant la plateforme de bio-analyse Galaxy.
Après une introduction à la transcriptomique, une session pratique sur la plateforme Galaxy couvrira comment :
- évaluer la qualité des données transcriptomiques,
- aligner des données transcriptomiques sur un génome de référence,
- estimer le nombre de séquences par gènes,
- construire et faire une analyse d’expression différentielle des gènes
- faire une analyse de l’enrichissement fonctionnel des gènes différentiellement exprimés
Introduction à l'analyse de données de métabarcoding 16S avec Galaxy
L’objectif de cette formation est de se familiariser avec les étapes et les outils pour analyses de données de métabarcoding 16S. Nous proposons au personnel non-bioinformaticien de les accompagner dans la prise en main de ces étapes d’analyses en utilisant la plateforme de bio-analyse Galaxy.
Après une introduction au métabarcoding 16S, une session pratique sur la plateforme Galaxy couvrira comment :
- évaluer la qualité de données de métabarcoding ,
- analyser et visualiser une communauté microbienne à partir de données de métabarcoding 16S
Les inscriptions se font via le formulaire suivant avant le 28 Février 2024 : https://framaforms.org/cycle-de-formations-mensuelles-a-lanalyse-de-donnees-sur-galaxy-1707229580
Nous sélectionnerons les participants sur la base du "premier arrivé, premier servi" et nous transmettrons la liste par session au service de formation continue de l'UCA qui vous enverra ensuite une convocation.
Introduction à l'analyse de données de séquençage avec contrôle qualité et alignement sur un génome de référence avec Galaxy
L’objectif de cette formation est de se familiariser avec les premières étapes communes à toutes les analyses de données de séquençage : le contrôle qualité des données et l’alignement sur un génome de référence. Nous proposons au personnel non-bioinformaticien de les accompagner dans la prise en main des ces étapes d’analyses en utilisant la plateforme de bio-analyse Galaxy.
Après une introduction aux données de séquençage, une session pratique sur la plateforme Galaxy couvrira comment :
- évaluer la qualité de données de séquençage,
- améliorer la qualité de données de séquençage
- aligner des données sur un génome de référence
Les inscriptions se font via le formulaire suivant avant le 28 Février 2024 : https://framaforms.org/cycle-de-formations-mensuelles-a-lanalyse-de-donnees-sur-galaxy-1707229580
Dans ce formulaire, vous pouvez sélectionner les sessions qui vous intéressent. Nous sélectionnerons les participants sur la base du "premier arrivé, premier servi" et nous transmettrons la liste par session au service de formation continue de l'UCA qui vous enverra ensuite une convocation.
Introduction à l'annotation de génomes bactériens avec Galaxy
L’objectif est cette formation de se familiariser avec les étapes et les outils pour annoter des génomes bactériens. Nous proposons au personnel non-bioinformaticien de les accompagner dans la prise en main de l’annotation de génomes bactériens en utilisant la plateforme de bio-analyse Galaxy.
Après une introduction à l’annotation de génomes bactériens, une session pratique sur la plateforme Galaxy couvrira comment :
- faire tourner une série d’outils pour annoter un génome bactérien avec différents éléments génomiques,
- évaluer l’annotation
- visualiser un génome bactérien et ses annotations
Les inscriptions se font via le formulaire suivant avant le 28 Février 2024 : https://framaforms.org/cycle-de-formations-mensuelles-a-lanalyse-de-donnees-sur-galaxy-1707229580
Nous sélectionnerons les participants sur la base du "premier arrivé, premier servi" et nous transmettrons la liste par session au service de formation continue de l'UCA qui vous enverra ensuite une convocation.