Initiation à R / R Initiation - 2024
Objectifs
- Pour une personne qui découvre R : savoir utiliser R de manière autonome et comprendre les principes de
base
- Être capable de suivre le module Manipulation et visualisation de données avec R
Programme
- Introduction à l'IDE Rstudio
- Créer un projet et un script
- Manipulation de données de base
- Structures de données : qu'est-ce qu'une variable, un type, un objet ?
- Utiliser des fonctions de packages externes
11ème Ecole de Bioinformatique AVIESAN-IFB-Inserm
La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). Cette édition de l’école aborde les nouveaux enjeux technologiques: elle s’articulera autour de trois ateliers thématiques en session parallèle (RNA-seq, ChIP-seq/ATAC-seq, variants DNA-seq), et inclura une introduction à l’intégration des données, une ouverture aux approches “single-cell” ainsi qu’aux technologies “long reads”.
L’école vise à introduire les concepts et à manipuler les outils informatiques et à en interpréter les résultats. Elle est basée sur une alternance de courtes sessions théoriques et d’ateliers pratiques. Les participants bénéficieront d’un tutorat personnalisé pour élaborer leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur plateforme.
2ème Ecole de Bioinformatique AVIESAN
La formation est une initiation à l’utilisation des outils bioinformatiques permettant d’aborder la diversité des applications du NGS. Cette école, qui se veut généraliste, sera organisée en deux groupes thématiques principaux: (1) régulation, transcriptome et épigénome et (2) variations génomiques. Elle couvrira une série de techniques dérivées du séquençage à haut débit: RNA-seq, ChIP-seq, identification et annotation de SNP, RAD-seq, assemblage de novo de RNA-seq. Le but de l’école est de couvrir plusieurs technologies largement utilisées, plutôt que de se concentrer sur une seule.
L’école sera basée sur des ateliers pratiques sous l’environnement convivial Galaxy.
Les participants sélectionnés pourront bénéficier d’un tutorat personnalisé pour discuter de leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur plateforme (sans avoir la volonté de mener à bien l’analyse complète des données).
Manipulating & Visualizing Data with R - 2024
Objectifs
- Importer, structurer, transformer et exporter un tableau de données avec R
- Générer des figures de qualité pour, par exemple, une publication scientifique
Programme
- Introduction au tidyverse (metapackage pour manipuler, visualiser et analyser des données)
- Import et export de tableaux de données (csv, excel, google sheet, etc.)
- Manipulation de tableaux de données avec dplyr et tidyr (filtre, aggregation, jointure)
- Manipulation de chaînes de caractères et de dates avec stringr et lubridate
- Introduction aux concepts de visualisation de données
- Apprendre à utiliser ggplot2 grâce à esquisse
- Partager ses résultats avec Quarto
Initiation à Git / Git Initiation - 2021 Session 2
Objectifs
- Savoir définir ce qu’est un outil de gestion de version
- Être capable d’initialiser un entrepôt Git pour un projet
- Être capable de définir quels fichiers inclure/exclure d’un projet
- Savoir enregistrer localement une nouvelle version pour un projet
- Savoir partager des modifications locales avec tous les contributeurs d’un projet
- Savoir gérer des modifications en parallèle en utilisant les branches.
- Connaître les bonnes pratiques pour contribuer à projet tiers
Programme :
- Présentation des avantages de la gestion de versions (projets individuels & projets collaboratifs)
- Présentation des principes de fonctionnement de Git
- Présentation et mise en œuvre des commandes principales de Git (clone, checkout, add, rm, commit, merge,
push, pull) ; en ligne de commande ou en utilisant une interface graphique (GitHub et GitLab)
Linux Avancé / Advanced Linux - 2024
Objectifs
- Savoir utiliser des commandes linux pour traiter de grosses quantités de données : fichiers
volumineux et/ou en grands nombres : recherche, comptage, tri, fusion, …
Programme
- Introduction
- Décrire (wc, grep)
- Manipuler des fichiers tabulés (cut, sort)
- Rechercher (grep)
- Redirection / Pipeline (stdin, stdout, stderr, >, 2>, &&, |)
- Recherche avancée : notion d’expression régulière (egrep)
- Rechercher/Remplacer haut débit (tr, sed)
- Manipulation de fichier tabulé – mode avancé (awk)
- Traitement séquentiel de nombreux fichiers (for)
Galaxy / Galaxy Initiation - 2024
Objectifs
- Savoir exploiter l’environnement Galaxy pour être en mesure d’analyser ses données.
- Être en mesure de créer ses workflows.
Programme
- Téléchargement des données à traiter.
- Manipulation de fichiers.
- Traitement des données.
- Visualisation des résultats.
- Création de workflows.
- Partage de résultats et de workflows.
Initiation à R / R Initiation - 2022 Session 1
Objectifs
- Savoir utiliser les commandes de base pour la manipulation et la description de jeux de données
tabulés
- Être capable de suivre le module R avancé
Programme
- Introduction au langage R sous l’environnement Rstudio.
- Premières additions.
- Importation/exportation de données tabulées.
- Manipulation d’objets plus complexes : vector, factor, matrice, data.frame, list
- Fonctions mathématiques : sum, min, max, mean, mediane, log2
- Fonctions propres à R pour la manipulation de tableaux : subset, apply, table, match, %in%
- Les graphiques : plot, barplot, boxplot, points, lines …
Statistiques avec R / Statistics with R - 2022 Session 1
Objectifs
- Choisir un test statistique adapté à un problème donné.
-
Importer des données et réaliser un test avec R.
Programme
- Théorie : modèle, loi de distribution, hypothèse H0, variable de test, p-value, tests multiples, FDR
- Pratique : réalisation de tests sous R dans un environnement convivial (RStudio)
-
tests usuels simples : Gauss, Student, χ2
-
tests multiples : ANOVA, correction (ex. Student multiple), tests spécifiques (ex. SAM)
1ère Ecole de Bioinformatique AVIESAN-IFB-Inserm Niveau 2
Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit -- Niveau 2
Linux - Initiation / Linux for Beginners - 2024
Objectifs :
- Être capable de se connecter à une machine Linux
- Être capable de transférer des fichiers à partir de/vers une machine Linux
- Être capable de naviguer dans le système de fichiers
- Être capable d’examiner le contenu d’un fichier et de gérer l’espace disque
- Être capable de gérer les droits d’accès aux répertoires et aux fichiers.
- Être capable de gérer le lancement, l’interruption et l’arrêt de processus
3ème Ecole de Bioinformatique AVIESAN
Les domaines des sciences du vivant liés à l’analyse du génome ont vu au cours des dernières années une
accumulation explosive des données provenant des techniques de séquençage à haut débit. Les progrès accomplis ont
considérablement augmenté les possibilités expérimentales dans des domaines tels que la génomique (séquençage de
nouveaux génomes, variants génétiques), la transcriptomique (expression génétique, ARNs non codants) et les
interactions ADN-protéine (immuno-précipitation de chromatine) et modifications de la chromatine. AVIESAN organise
une troisième session de cette école dont les objectifs sont d’apporter aux biologistes des notions et une pratique leur
permettant d’appréhender le traitement et l’analyse des données de séquençage à haut débit en utilisant un
environnement logiciel convivial : Galaxy.
L’école comportera des séminaires introductifs, des cours et des travaux pratiques consacrés à l’initiation au traitement
des données de transcriptome (RNA-seq), d’interactome (ChIP-seq) et de variations génomiques (SNP, CNV). Les
participants disposant de données pourront discuter de leur plan d’analyse et effectuer les premières étapes de
traitement de leurs données au cours de la dernière journée.
L’école est une initiation à l’utilisation des outils bioinformatiques dans un environnement Galaxy, plateforme dédiée à
l’analyse des données de séquençage à haut débit. Cette formation est destinée aux biologistes (chercheurs,
doctorants, enseignants-chercheurs, ingénieurs, …) ayant déjà utilisé ou souhaitant utiliser ce type de données.
9ème Ecole de Bioinformatique AVIESAN-IFB-Inserm
La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). Cette édition de l’école aborde les nouveaux enjeux technologiques: elle s’articulera autour de trois ateliers en session parallèle (RNA-seq, ChIP-seq, variants DNA-seq), et inclura une introduction à l’intégration des données, ouverture aux approches “single-cell” ainsi qu’aux technologies lectures longues (Nanopore, PacBio).
L’école vise à introduire les concepts et à manipuler les outils informatiques et à en interpréter les résultats. Elle est basée sur une alternance de courtes sessions théoriques et d’ateliers pratiques. Les participants bénéficieront d’un tutorat personnalisé pour élaborer leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur plateforme.
10ème Ecole de Bioinformatique AVIESAN-IFB-Inserm
La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). Cette édition de l’école aborde les nouveaux enjeux technologiques: elle s’articulera autour de trois ateliers thématiques en session parallèle (RNA-seq, ChIP-seq/ATAC-seq, variants DNA-seq), et inclura une introduction à l’intégration des données, une ouverture aux approches “single-cell” ainsi qu’aux technologies “long reads”.
L’école vise à introduire les concepts et à manipuler les outils informatiques et à en interpréter les résultats. Elle est basée sur une alternance de courtes sessions théoriques et d’ateliers pratiques. Les participants bénéficieront d’un tutorat personnalisé pour élaborer leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur plateforme.
Utilisation du cluster - SLURM / Cluster usage - SLURM - 2024
Objectifs
- Disposer des concepts et de bonnes pratiques d’utilisation des ressources de calcul.
- Être capable d’utiliser les ressources de calcul de la plateforme en toute autonomie.
Programme
- Introduction : les équipements (calcul et stockage), espaces de travail, les outils et les données.
- Calcul parallèle : concepts, ressources
- Soumission de jobs (srun, sbatch)
- Monitorer, vérifier, controler les jobs (squeue, scontrol, scancel, sacct).
- Base de l’optimisation d’un job
- Solutions de parallélisation des jobs : (--array)
6ème Ecole de Bioinformatique AVIESAN-IFB
La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). Cette édition de l’école aborde les nouveaux enjeux technologiques: elle s’articulera autour de trois ateliers en session parallèle (RNA-seq, ChIP-seq, variants DNA-seq), et inclura une introduction à l’intégration des données, ouverture aux approches “single-cell” ainsi qu’aux technologies lectures longues (Nanopore, PacBio).
L’école vise à introduire les concepts et à manipuler les outils informatiques et à en interpréter les résultats. Elle est basée sur une alternance de courtes sessions théoriques et d’ateliers pratiques. Les participants bénéficieront d’un tutorat personnalisé pour élaborer leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur plateforme.
4ème Ecole de Bioinformatique AVIESAN
La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). Cette édition de l’école aborde les nouveaux enjeux technologiques: elle s’articulera autour de trois ateliers en session parallèle (RNA-seq, ChIP-seq, variants DNA-seq).
L’école vise à introduire les concepts et à manipuler les outils informatiques et à en interpréter les résultats. Elle est basée sur une alternance de courtes sessions théoriques et d’ateliers pratiques. Les participants bénéficieront d’un tutorat personnalisé pour élaborer leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur plateforme.
Initiation à Git / Git Initiation - 2022 Session 2
Objectifs
- Savoir définir ce qu’est un outil de gestion de version
- Être capable d’initialiser un entrepôt Git pour un projet
- Être capable de définir quels fichiers inclure/exclure d’un projet
- Savoir enregistrer localement une nouvelle version pour un projet
- Savoir partager des modifications locales avec tous les contributeurs d’un projet
- Savoir gérer des modifications en parallèle en utilisant les branches.
- Connaître les bonnes pratiques pour contribuer à projet tiers
Programme :
- Présentation des avantages de la gestion de versions (projets individuels & projets collaboratifs)
- Présentation des principes de fonctionnement de Git
- Présentation et mise en œuvre des commandes principales de Git (clone, checkout, add, rm, commit, merge,
push, pull) ; en ligne de commande ou en utilisant une interface graphique (GitHub et GitLab)
1ère Ecole de Bioinformatique AVIESAN
La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). Cette édition de l’école aborde les nouveaux enjeux technologiques: elle s’articulera autour de trois ateliers en session parallèle (RNA-seq, ChIP-seq, variants DNA-seq)
L’école vise à introduire les concepts et à manipuler les outils informatiques et à en interpréter les résultats. Elle est basée sur une alternance de courtes sessions théoriques et d’ateliers pratiques. Les participants bénéficieront d’un tutorat personnalisé pour élaborer leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur plateforme.
5ème Ecole de Bioinformatique AVIESAN-IFB
Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit
Initiation à Git / Git Initiation - 2024
Objectifs
- Savoir définir ce qu’est un outil de gestion de version
- Être capable d’initialiser un entrepôt Git pour un projet
- Être capable de définir quels fichiers inclure/exclure d’un projet
- Savoir enregistrer localement une nouvelle version pour un projet
- Savoir partager des modifications locales avec tous les contributeurs d’un projet
- Savoir gérer des modifications en parallèle en utilisant les branches.
- Connaître les bonnes pratiques pour contribuer à projet tiers
Programme :
- Présentation des avantages de la gestion de versions (projets individuels & projets collaboratifs)
- Présentation des principes de fonctionnement de Git
- Présentation et mise en œuvre des commandes principales de Git (clone, checkout, add, rm, commit, merge,
push, pull) ; en ligne de commande ou en utilisant une interface graphique (GitHub et GitLab)
Linux Avancé / Advanced Linux - 2022 Session2
Objectifs
- Savoir utiliser des commandes linux pour traiter de grosses quantités de données : fichiers
volumineux et/ou en grands nombres : recherche, comptage, tri, fusion, …
Programme
- Introduction
- Décrire (wc, grep)
- Manipuler des fichiers tabulés (cut, sort)
- Rechercher (grep)
- Redirection / Pipeline (stdin, stdout, stderr, >, 2>, &&, |)
- Recherche avancée : notion d’expression régulière (egrep)
- Rechercher/Remplacer haut débit (tr, sed)
- Manipulation de fichier tabulé – mode avancé (awk)
- Traitement séquentiel de nombreux fichiers (for)
Utilisation du cluster - SLURM / Cluster usage - SLURM - 2022 Session 2
Objectifs
- Disposer des concepts et de bonnes pratiques d’utilisation des ressources de calcul.
- Être capable d’utiliser les ressources de calcul de la plateforme en toute autonomie.
Programme
- Introduction : les équipements (calcul et stockage), espaces de travail, les outils et les données.
- Calcul parallèle : concepts, ressources
- Soumission de jobs (srun, sbatch)
- Monitorer, vérifier, controler les jobs (squeue, scontrol, scancel, sacct).
- Base de l’optimisation d’un job
- Solutions de parallélisation des jobs : (--array)
Linux - Initiation / Linux for Beginners - 2022 Session 2
Objectifs :
- Être capable de se connecter à une machine Linux
- Être capable de transférer des fichiers à partir de/vers une machine Linux
- Être capable de naviguer dans le système de fichiers
- Être capable d’examiner le contenu d’un fichier et de gérer l’espace disque
- Être capable de gérer les droits d’accès aux répertoires et aux fichiers.
- Être capable de gérer le lancement, l’interruption et l’arrêt de processus
7ème Ecole de Bioinformatique AVIESAN-IFB
Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit
La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). Cette édition de l’école aborde les nouveaux enjeux technologiques: elle s’articulera autour de trois ateliers en session parallèle (RNA-seq, ChIP-seq, variants DNA-seq), et inclura une introduction à l’intégration des données, ouverture aux approches “single-cell” ainsi qu’aux technologies lectures longues (Nanopore, PacBio).
L’école vise à introduire les concepts et à manipuler les outils informatiques et à en interpréter les résultats. Elle est basée sur une alternance de courtes sessions théoriques et d’ateliers pratiques. Les participants bénéficieront d’un tutorat personnalisé pour élaborer leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur plateforme.
Ecole de Bioinformatique Aviesan - IFB - Inserm "Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit" session 2024
Description : La formation EBAII IFB Aviesan de niveau 1 propose une expérience d'apprentissage intensive conçue pour les biologistes, qu'ils soient ingénieurs, doctorants, chercheurs, enseignants-chercheurs ou praticiens, qui sont confrontés à l'analyse de données NGS (Next-Generation Sequencing) mais qui ne disposent pas encore des compétences bioinformatiques nécessaires, ou qui cherchent à renforcer leurs compétences existantes.
Contenu : Cette formation est structurée autour d'une combinaison de sessions théoriques et d'ateliers pratiques. Les participants auront l'occasion d'explorer diverses thématiques, notamment le traitement de données de variants, ChIP-Seq, Bulk RNA-Seq, et Single-Cell RNA-Seq. De plus, ils recevront une introduction aux technologies "long reads".
Objectifs généraux:
Acquérir une compréhension approfondie des concepts liés à l'analyse de données NGS.
Maîtriser les outils informatiques nécessaires pour effectuer ces analyses.
Interpréter les résultats des analyses de données NGS.
Initiation à R / R Initiation - Session 1 - 2023
Objectifs
- Savoir utiliser les commandes de base pour la manipulation et la description de jeux de données
tabulés
- Être capable de suivre le module R avancé
Programme
- Introduction au langage R sous l’environnement Rstudio.
- Premières additions.
- Importation/exportation de données tabulées.
- Manipulation d’objets plus complexes : vector, factor, matrice, data.frame, list
- Fonctions mathématiques : sum, min, max, mean, mediane, log2
- Fonctions propres à R pour la manipulation de tableaux : subset, apply, table, match, %in%
- Les graphiques : plot, barplot, boxplot, points, lines …
Statistiques avec R / Statistics with R - Session 1 - 2023
Objectifs
- Choisir un test statistique adapté à un problème donné.
-
Importer des données et réaliser un test avec R.
Programme
- Théorie : modèle, loi de distribution, hypothèse H0, variable de test, p-value, tests multiples, FDR
- Pratique : réalisation de tests sous R dans un environnement convivial (RStudio)
-
tests usuels simples : Gauss, Student, χ2
-
tests multiples : ANOVA, correction (ex. Student multiple), tests spécifiques (ex. SAM)
Linux - Initiation / Linux for Beginners - Session 1 - 2023
Objectifs :
- Être capable de se connecter à une machine Linux
- Être capable de transférer des fichiers à partir de/vers une machine Linux
- Être capable de naviguer dans le système de fichiers
- Être capable d’examiner le contenu d’un fichier et de gérer l’espace disque
- Être capable de gérer les droits d’accès aux répertoires et aux fichiers.
- Être capable de gérer le lancement, l’interruption et l’arrêt de processus
Linux Avancé / Advanced Linux - Session 1 - 2023
Objectifs
- Savoir utiliser des commandes linux pour traiter de grosses quantités de données : fichiers
volumineux et/ou en grands nombres : recherche, comptage, tri, fusion, …
Programme
- Introduction
- Décrire (wc, grep)
- Manipuler des fichiers tabulés (cut, sort)
- Rechercher (grep)
- Redirection / Pipeline (stdin, stdout, stderr, >, 2>, &&, |)
- Recherche avancée : notion d’expression régulière (egrep)
- Rechercher/Remplacer haut débit (tr, sed)
- Manipulation de fichier tabulé – mode avancé (awk)
- Traitement séquentiel de nombreux fichiers (for)
Utilisation du cluster - SLURM / Cluster usage - SLURM - Session 1 - 2023
Objectifs
- Disposer des concepts et de bonnes pratiques d’utilisation des ressources de calcul.
- Être capable d’utiliser les ressources de calcul de la plateforme en toute autonomie.
Programme
- Introduction : les équipements (calcul et stockage), espaces de travail, les outils et les données.
- Calcul parallèle : concepts, ressources
- Soumission de jobs (srun, sbatch)
- Monitorer, vérifier, controler les jobs (squeue, scontrol, scancel, sacct).
- Base de l’optimisation d’un job
- Solutions de parallélisation des jobs : (--array)
Ecole de Bioinformatique AVIESAN-IFB-Inserm Niveau 2
Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit -- Niveau 2
12ème Ecole de Bioinformatique AVIESAN-IFB-Inserm
La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). Cette édition de l’école aborde les nouveaux enjeux technologiques: elle s’articulera autour de quatres ateliers thématiques en session parallèle (RNA-seq, ChIP-seq/ATAC-seq, variants DNA-seq, single-cell), et inclura une introduction à l’intégration des données, une ouverture aux technologies “long reads”.
L’école vise à introduire les concepts et à manipuler les outils informatiques et à en interpréter les résultats. Elle est basée sur une alternance de courtes sessions théoriques et d’ateliers pratiques. Les participants bénéficieront d’un tutorat personnalisé pour élaborer leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur plateforme.
Git / Git Initiation - Session 1 - 2023
Objectifs
- Savoir définir ce qu’est un outil de gestion de version
- Être capable d’initialiser un entrepôt Git pour un projet
- Être capable de définir quels fichiers inclure/exclure d’un projet
- Savoir enregistrer localement une nouvelle version pour un projet
- Savoir partager des modifications locales avec tous les contributeurs d’un projet
- Savoir gérer des modifications en parallèle en utilisant les branches.
- Connaître les bonnes pratiques pour contribuer à projet tiers
Programme :
- Présentation des avantages de la gestion de versions (projets individuels & projets collaboratifs)
- Présentation des principes de fonctionnement de Git
- Présentation et mise en œuvre des commandes principales de Git (clone, checkout, add, rm, commit, merge,
push, pull) ; en ligne de commande ou en utilisant une interface graphique (GitHub et GitLab)
8ème Ecole de Bioinformatique AVIESAN-IFB-Inserm
La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). Cette édition de l’école aborde les nouveaux enjeux technologiques: elle s’articulera autour de trois ateliers en session parallèle (RNA-seq, ChIP-seq, variants DNA-seq), et inclura une introduction à l’intégration des données, ouverture aux approches “single-cell” ainsi qu’aux technologies lectures longues (Nanopore, PacBio).
L’école vise à introduire les concepts et à manipuler les outils informatiques et à en interpréter les résultats. Elle est basée sur une alternance de courtes sessions théoriques et d’ateliers pratiques. Les participants bénéficieront d’un tutorat personnalisé pour élaborer leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur plateforme.
RNASeq Analysis with Galaxy
RNASeq Analysis with Galaxy