Cette formation introduira les outils essentiels de l'analyse transcriptomique spatiale en R, avec un focus sur la librairie Seurat qui permet la manipulation, l'analyse et la visualisation de données spatiales. Plusieurs autres « packages » R spécialisés dans l'analyse de données spatiales seront également présentés.



Introduction aux concepts du séquençage d'ARN à résolution spatiale (sequencing-based and image-based)
Importation des données Spatial dans R
Contrôle qualité et pré-traitement des données
Visualisation spatiale de l'expression génique
Normalisation de données
Identification de marqueurs
Clustering et assignation cellulaire
Déconvolution des données pour identification cellulaire