Connaître les concepts et les principales méthodes bioinformatiques pour annoter automatiquement et comparer un jeu de données de génomes bactériens. Construire et évaluer la qualité d’un jeu de données publiques. Évaluer la qualité et annoter automatiquement un jeu de données. Savoir mettre en oeuvre une comparaison de génomes et en interpréter les résultats.

Programme :

* Construction d’un jeu de données :
Téléchargement de données publiques
Evaluation de la qualité d’un jeu de données

* Principes et mise en œuvre d’une annotation automatique d’un génome bactérien

* Caractérisation de la diversité génomique

* Construction de pangénomes

* Analyse des résultats :
Résultats et métriques d’un pangénome
Notions élémentaires de phylogénomique
Visualisation et interprétation des résultats

* Mise en pratique sur un jeu de données bactériens, utilisation des logiciels dRep, Quast, Bakta et PPanGGOLiN sous Galaxy.