Bilille propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.
Ce cycle est composé de 6 modules, à la carte : 
- Module 1: Analyses ADN
- Module 2: Analyses de variants
- Module 3 : Métagénomique
- Module 4: ChIP-seq
- Module 5: Analyses RNA-seq, bioinformatique
- Module 6: Analyses RNA-seq, biostatistique
Les fiches descriptives sont accessibles sur le site de Bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy.
Les objectifs du module 3 sont :
- Connaître les différentes méthodes de séquençage à haut débit pour la métagénomique, avec leurs avantages et leurs limites : métagénomique ciblée, métagénomique génomes entiers, métatranscriptomique
- Comprendre les différentes étapes analytiques du traitement bioinformatique des données et savoir les mettre en œuvre
- Savoir conduire une analyse statistique pour l’estimation de la richesse de la biodiversité
- Aller jusqu’aux conclusions biologiques