Cette formation est dédiée à l'analyse de données de type "metabarcoding" issues de la technologie de séquençage Illumina. Nous aborderons les différentes étapes bioinformatiques nécessaires pour transformer les données de séquençage brutes en table d'abondances. Nous présenterons également les outils et méthodologies classiquement utilisés pour décrire la diversité observée et comparer les échantillons.
A l’issue des 4 jours de formation, les stagiaires connaîtront le périmètre, les avantages et limites des analyses de données de séquençage amplicons (métabarcoding).
Ils seront capables d’utiliser les outils de FROGS sur les jeux de données de la formation (16S et ITS).
Ils seront capables d’identifier les outils et méthodes adaptées au cadre de leurs analyses.
S’ils ont en leur possession un jeu de données à analyser, ils sont encouragés à venir avec celui- ci.