Analyse de données NGS dédiée à la génomique végétale en Afrique de l'Ouest
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Description
Les avancées spectaculaires des technologies de séquençage de 2ème et 3ème génération sont une véritable révolution pour la recherche en science de la vie. Ces techniques permettent le séquençage en quelques semaines de génomes entiers d’organismes complexes, générant une explosion du volume de données génomiques. 
Toutefois l’analyse de telles masses d’informations nécessite des compétences en linux, en bioinformatique ainsi qu’une bonne connaissance et maîtrise de nombreux algorithmes et logiciels. La réalisation de ces analyses nécessite également l’accès à des ressources de calcul telles que des clusters de calcul. 
Le DP IAVAO et le LMI LAPSE en collaboration avec la plateforme bioinformatique South Green organisent, du 4 au 12 Octobre 2018, une formation en bioinformatique dédié à l’analyse de données de séquençage dont les objectifs sont de présenter les technologies de séquençage et les différentes analyses bioinformatiques pour exploiter au mieux cette masse de données afin de pouvoir réaliser des projets génomiques à grande échelle sur leurs modèles (plantes et pathogènes).
Prérequis
Aucun

Programme
Linux et lignes de commandes 
Initiation à l’utilisation du cluster du CERAAS 
Présentation des technologies de séquençages 
Appel de SNP sur des données WGS 
Post analyse de données de SNPs
Outils Genome Harvest 


Objectifs
Après la formation, les participants seront capables de :
se connecter à un cluster Linux
lancer des programmes/analyses bioinformatiques
définir les étapes pour analyser des données de séquençage
analyser des données de séquençage
utiliser des gestionnaires de workflow tel que Galaxy ou TOGGLe


Instructors
Christine Tranchant (CT) - christine.tranchant@ird.fr
Ndomassi Tando (NT) - ndomassi.tando@ird.fr
Bertrand Pitollat (BP) - bertrand.pitollat@cirad.fr
François Sabot (SB) - francois.sabot@ird.fr
Manuel Ruiz (MR) - manuel.ruiz@cirad.fr
Gautier Sarah (GS) - gautier.sarah@cirad.fr