Se sensibiliser aux concepts et méthodes statistiques pour l'analyse de données transcriptomiques de type RNA-Seq. Comprendre le matériel et méthodes (normalisation et tests statistiques) d'un article du domaine. Comprendre les particularités liées à la nature des données.
Programme
Planification expérimentale des expériences RNA-Seq (identification des biais, répétitions, biais contrôlables). Normalisation et analyse différentielle : recherche de "régions d'intérêt" différentiellement exprimées (modèle linéaire généralisé). Prise en compte de la multiplicité des tests. Le cours sera illustré par différents exemples et un jeu de données sera traité à l'aide du package R SARTools (basé sur les packages R DESeq2 et edgeR) dans les environnements Galaxy et RStudio.