Objectifs

Connaitre les concepts et méthodes bioinformatiques utilisées pour l’analyse de données RNA-Seq eucaryote et procaryote.

 
Programme

Théorie
Bases biologiques des études d’expression
Séquençage NGS et RNA-Seq, présentation des différents types de séquenceurs
Méthodes d’alignements spécifiques au RNA-Seq
Reconstruction de transcrits
Assemblage de novo de transcriptomes
Quantification
 
Pratique
TP sur des données de type euraryote
Contrôle qualité
Nettoyage des données
Alignement sur un génome de référence et épissage
Visualisation de l’alignement
Découverte de nouveaux transcrits
Obtention d’un tableau de comptage
 
Lien avec d'autres modules
L'analyse statistique des résultats du type d’analyses bioinformatiques effectuées dans ce module est traitée dans le module 16 [Stats & RNA-seq.