{"count":388,"next":null,"previous":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/training/?format=json&limit=20&offset=360&ordering=-maxParticipants","results":[{"id":316,"name":"IMGT® standards, databases, tools and web resources","shortName":"IMGT workshop","description":"Presentation of IMGT® patterns and resources for the study of genes, expressed repertoires and three-dimensional structures of immunoglobulins (antibodies) and T cell receptors.","homepage":"https://www.imgt.org/","is_draft":false,"costs":[],"topics":["http://edamontology.org/topic_3948","http://edamontology.org/topic_3930"],"keywords":["Protein structures","Immune repertoire analysis","Monoclonal antibody","Immunology"],"prerequisites":[],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":10,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/339/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[],"organisedByTeams":[],"logo_url":null,"updated_at":"2022-06-02T11:50:50.812642Z","audienceTypes":[],"audienceRoles":["Researchers","Biologists","Bioinformaticians"],"difficultyLevel":"","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":null,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":6,"personalised":true,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/485/?format=json"]},{"id":303,"name":"Tools for phylogenetic analysis","shortName":"","description":"You will learn How to find homologs, make multiple alignments, reconstruct the phylogeny, visualize the tree.\r\n\r\nAt the end of the workshop, you will be able to use web tools to reconstruct accurate phylogenies.\r\n\r\nUnless all participants speak French, the course will be taught in English.","homepage":"https://pliniuscursus.univ-amu.fr/formation/tools-for-phylogenetic-analysis/","is_draft":false,"costs":["Free to academics"],"topics":["http://edamontology.org/topic_0084"],"keywords":[],"prerequisites":["Master"],"openTo":"Internal personnel","accessConditions":"The first sessions are only available for IM2B students.","maxParticipants":10,"contacts":[],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":38,"name":"IGS - Laboratoire Information Génomique et Structurale","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IGS%20-%20Laboratoire%20Information%20G%C3%A9nomique%20et%20Structurale/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":23,"name":"PACA-Bioinfo","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/PACA-Bioinfo/?format=json"}],"logo_url":null,"updated_at":"2022-06-02T11:50:50.812642Z","audienceTypes":["Graduate"],"audienceRoles":["Biologists"],"difficultyLevel":"Novice","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":1,"hoursHandsOn":5,"hoursTotal":6,"personalised":null,"event_set":[]},{"id":302,"name":"Initiation à la ligne de commande","shortName":"","description":"L’objectif de cette formation est de se familiariser à l’utilisation de la ligne de commande pour un usage sur un cluster de\r\ncalcul afin d’acquérir les bases pour le traitement de données biologiques.\r\nPrésentation de l’infrastructure du cluster de calcul du Mésocentre Clermont Auvergne.\r\nIntroduction à l’environnement Linux.\r\nInitiation à un langage de scripting avec le shell Bash.\r\nManipulation en ligne de commande de fichiers de données d'origine biologique.\r\nComment se connecter au serveur de calcul.\r\nApprentissage du langage informatique Bash et comment naviguer dans un environnement Linux.\r\nExercices pratiques de saisie de commandes sur un terminal sans interface graphique.\r\nApprentissage de la gestion de fichiers, comment les créer, gérer les droits d’accès, les manipuler et les transférer sur le\r\ncluster de calcul ou les récupérer sur son poste de travail local.","homepage":"https://mesocentre.uca.fr/","is_draft":false,"costs":["Free to academics"],"topics":["http://edamontology.org/topic_0605","http://edamontology.org/topic_0091"],"keywords":[],"prerequisites":["Licence"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"Avoir un compte sur le cluster de calcul du Mésocentre Clermont Auvergne (faire une demande le cas échéant sur le site\r\nhttps://hub.mesocentre.uca.fr)\r\nVENIR AVEC UN ORDINATEUR PORTABLE muni d’une connexion à Eduroam opérationnelle.","maxParticipants":10,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":45,"name":"UMR 454 MEDIS INRA-Université Clermont Auvergne","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/UMR%20454%20MEDIS%20INRA-Universit%C3%A9%20Clermont%20Auvergne/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":31,"name":"AuBi","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/AuBi/?format=json"}],"logo_url":"https://mesocentre.uca.fr/medias/photo/logoaubi-2019minus_1553844844490-jpg?ID_FICHE=41175","updated_at":"2025-02-17T12:44:35.172676Z","audienceTypes":["Professional (initial)"],"audienceRoles":["Life scientists","Biologists"],"difficultyLevel":"Novice","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":2,"hoursHandsOn":3,"hoursTotal":6,"personalised":false,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/482/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/749/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/750/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/615/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/707/?format=json"]},{"id":359,"name":"Comparaison de génomes microbiens","shortName":"Comparaison de génomes microbiens","description":"Objectifs pédagogiques\r\nConnaître les concepts et les principales méthodes bioinformatiques pour comparer un jeu de données de génomes microbiens. Construire et évaluer la qualité d’un jeu de données. Savoir mettre en œuvre une comparaison de génomes et en interpréter les résultats.\r\n\r\nProgramme\r\n* Construction d’un jeu de données :\r\n* Téléchargement de données publiques\r\n* Evaluation de la qualité\r\n* Caractérisation de la diversité génomique\r\n* Stratégies de comparaison :\r\n* Construction de famille de protéines\r\n* Alignement de génomes complets\r\n* Analyse des résultats :\r\n   o Notion de core et pan-génome\r\n   o Notions élémentaires de phylogénomique\r\n   o Visualisation et interprétation des résultats\r\n* Mise en pratique sur un jeu de données bactériens, utilisation des logiciels dRep et Roary sous Galaxy.","homepage":"https://documents.migale.inrae.fr/trainings.html","is_draft":false,"costs":["Priced"],"topics":["http://edamontology.org/topic_3299","http://edamontology.org/topic_0622"],"keywords":["Comparative genomics"],"prerequisites":[],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":10,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/769/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":82,"name":"INRAE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=json"},{"id":88,"name":"BioinfOmics","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":10,"name":"MIGALE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MIGALE/?format=json"}],"logo_url":"https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png","updated_at":"2024-01-18T14:13:49.810934Z","audienceTypes":["Professional (continued)"],"audienceRoles":["Biologists","Bioinformaticians"],"difficultyLevel":"Novice","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"Connaître les concepts et les principales méthodes bioinformatiques pour comparer un jeu de données de génomes microbiens. \r\nConstruire et évaluer la qualité d’un jeu de données. \r\nSavoir mettre en œuvre une comparaison de génomes et en interpréter les résultats.","hoursPresentations":3,"hoursHandsOn":3,"hoursTotal":6,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/584/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/696/?format=json"]},{"id":345,"name":"Graphiques sous R avec ggplot2 / Graphics with R-ggplot2","shortName":"ggplot2","description":"Objectifs pédagogiques :\r\nÀ l’issue de la formation, les stagiaires connaîtront les principales fonctionnalités du package R « ggplot2 » et la démarche sous-jacente pour construire un graphique à partir d’un tableau de données. Ils seront capables de réaliser plusieurs types de représentations graphiques, telles que des nuages de points, des courbes, des histogrammes, des diagrammes en bâtons, des boxplots, des heatmaps, etc.  Les stagiaires pourront apporter leur propre tableau de données et pratiquer dessus en fin de formation. \r\n\r\nProgramme :\r\n- Principes généraux liés au package ggplot2 \r\n- Principales fonctions graphiques pour réaliser des nuages de points, des histogrammes, des boxplots, etc. \r\n- Principales fonctions pour jouer sur les coloriages en fonction d’une variable, sur les échelles de couleurs, sur les graduations, sur les représentations multiples, etc.","homepage":"https://migale.inrae.fr/trainings","is_draft":false,"costs":["Priced"],"topics":["http://edamontology.org/topic_0605","http://edamontology.org/topic_0091","http://edamontology.org/topic_2269"],"keywords":["Représentations graphiques"],"prerequisites":["Langage R de base"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":10,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/769/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":82,"name":"INRAE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=json"},{"id":88,"name":"BioinfOmics","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":10,"name":"MIGALE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MIGALE/?format=json"}],"logo_url":"https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png","updated_at":"2024-01-18T12:50:47.605879Z","audienceTypes":[],"audienceRoles":[],"difficultyLevel":"Intermediate","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"À l’issue de la formation, les stagiaires connaîtront les principales fonctionnalités du package R « ggplot2 » et la démarche sous-jacente pour construire un graphique à partir d’un tableau de données. Ils seront capables de réaliser plusieurs types de représentations graphiques, telles que des nuages de points, des courbes, des histogrammes, des diagrammes en bâtons, des boxplots, des heatmaps, etc.","hoursPresentations":1,"hoursHandsOn":5,"hoursTotal":6,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/554/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/569/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/683/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/778/?format=json"]},{"id":354,"name":"Introduction aux bonnes pratiques pour des analyses reproductibles","shortName":"Good practices for better reproducibility of analyses","description":"Objectifs pédagogiques\r\n\r\nL’objectif de cette formation est d’initier les apprenants aux bonnes pratiques pour la reproductibilité des analyses. Ils apprendront à rédiger des rapports d’analyse en R Markdown et à les déposer sur un dépôt GitHub. Les principes FAIR (faciles à trouver, accessibles, interopérables et réutilisables) et les bases de la rédaction de PGD (plans de gestion de données) seront également présentés. Durant la formation, nous utiliserons RStudio et GitHub.\r\n\r\nProgramme\r\n\r\nPrincipes et enjeux de la recherche reproductible\r\nUtilisation de GitHub\r\nGestion des versions d’un document\r\nRédaction de document computationnel\r\nPartage d’un rapport avec ses collaborateurs\r\nPrincipes FAIR et PGD","homepage":"https://documents.migale.inrae.fr/trainings.html","is_draft":false,"costs":["Priced"],"topics":["http://edamontology.org/topic_0605"],"keywords":["Reproducibility"],"prerequisites":[],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":10,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/769/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":82,"name":"INRAE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=json"},{"id":88,"name":"BioinfOmics","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":10,"name":"MIGALE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MIGALE/?format=json"}],"logo_url":"https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png","updated_at":"2024-01-18T13:15:23.269149Z","audienceTypes":[],"audienceRoles":[],"difficultyLevel":"Novice","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"L’objectif de cette formation est d’initier les apprenants aux bonnes pratiques pour la reproductibilité des analyses. Ils apprendront à rédiger des rapports d’analyse en R Markdown et à les déposer sur un dépôt GitHub. Les principes FAIR (faciles à trouver, accessibles, interopérables et réutilisables) et les bases de la rédaction de PGD (plans de gestion de données) seront également présentés. Durant la formation, nous utiliserons RStudio et GitHub.","hoursPresentations":2,"hoursHandsOn":4,"hoursTotal":6,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/784/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/573/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/693/?format=json"]},{"id":387,"name":"Interactive Online Companionship - SingleCell RNAseq Analysis with R Seurat","shortName":"IOC - SingleCell","description":"InforBio offers online bioinformatics training tailored to the needs of research labs, with small group sessions to ensure personalized learning. Our program is designed to help you acquire key skills for independent data analysis.\r\n\r\nWe offer a comprehensive 3-month program, including a post-training feedback session to support practical application.\r\n\r\nAnalyse de données scRNAseq (avril à juin 2025) – 10 sessions de 2h30 – 2000 € Apprenez à analyser des données de séquençage ARN en cellules uniques grâce à des cas pratiques.Vous travaillerez d’abord sur un jeu de données fourni, puis sur vos propres données, avec un retour personnalisé sur votre projet. Cette formation requiert une bonne maîtrise de R.\r\n\r\nKey Highlights:\r\nSmall group sessions for interactive and personalized learning.\r\nTailored feedback on your own data to reinforce the learning process.\r\nLimited spots available, registration is now open.","homepage":"https://inforbio.github.io/ioc_r_scrnaseq.html","is_draft":false,"costs":["Priced"],"topics":[],"keywords":["Single-Cell Analysis"],"prerequisites":["R programming"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"Followed R training or equivalent level","maxParticipants":6,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/809/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[{"id":18,"name":"IBiSA","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/IBiSA/?format=json"},{"id":19,"name":"Sorbonne Université","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Sorbonne%20Universit%C3%A9/?format=json"}],"organisedByOrganisations":[],"organisedByTeams":[],"logo_url":"https://github.com/InforBio/InforBio.github.io/blob/main/images/logoInforBio_fond_blanc.png?raw=true","updated_at":"2025-09-11T14:25:26.499365Z","audienceTypes":[],"audienceRoles":[],"difficultyLevel":"Intermediate","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":25,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":null,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/665/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/729/?format=json"]},{"id":400,"name":"Interactive Online Companionship - SingleCell RNAseq Analysis with R Seurat 2026","shortName":"IOC - SingleCell","description":"InforBio offers online bioinformatics training tailored to the needs of research labs, with small group sessions to ensure personalized learning. Our program is designed to help you acquire key skills for independent data analysis.\r\n\r\nWe offer a comprehensive 3-month program, including a post-training feedback session to support practical application.\r\n\r\nscRNAseq Data Analysis (March to June 2026) – 10 sessions of 3 hours – €2000\r\n\r\nLearn how to analyze single-cell RNA sequencing data through practical examples. You’ll work on a provided dataset and receive personalized feedback on your own projects. This training requires a proficiency in R.\r\n\r\nKey Highlights:\r\n\r\nSmall group sessions for interactive and personalized learning.\r\nHybrid mode with 3 in-person sessions and 7 remote sessions.\r\nHands-on practice with an individualized project presented at the end of each training course.\r\nTailored feedback on your own data.\r\nLimited spots available, registration is now open.","homepage":"https://inforbio.github.io/ioc_r_scrnaseq.html","is_draft":false,"costs":["Priced"],"topics":[],"keywords":["Single-Cell Analysis"],"prerequisites":["R programming"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"Followed R training or equivalent level","maxParticipants":6,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/809/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[{"id":18,"name":"IBiSA","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/IBiSA/?format=json"},{"id":19,"name":"Sorbonne Université","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Sorbonne%20Universit%C3%A9/?format=json"}],"organisedByOrganisations":[],"organisedByTeams":[],"logo_url":"https://github.com/InforBio/InforBio.github.io/blob/main/images/logoInforBio_fond_blanc.png?raw=true","updated_at":"2025-09-11T14:25:40.282013Z","audienceTypes":[],"audienceRoles":[],"difficultyLevel":"Intermediate","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":30,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":null,"personalised":null,"event_set":[]}]}