{"count":388,"next":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/training/?format=json&limit=20&offset=380&ordering=difficultyLevel","previous":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/training/?format=json&limit=20&offset=340&ordering=difficultyLevel","results":[{"id":354,"name":"Introduction aux bonnes pratiques pour des analyses reproductibles","shortName":"Good practices for better reproducibility of analyses","description":"Objectifs pédagogiques\r\n\r\nL’objectif de cette formation est d’initier les apprenants aux bonnes pratiques pour la reproductibilité des analyses. Ils apprendront à rédiger des rapports d’analyse en R Markdown et à les déposer sur un dépôt GitHub. Les principes FAIR (faciles à trouver, accessibles, interopérables et réutilisables) et les bases de la rédaction de PGD (plans de gestion de données) seront également présentés. Durant la formation, nous utiliserons RStudio et GitHub.\r\n\r\nProgramme\r\n\r\nPrincipes et enjeux de la recherche reproductible\r\nUtilisation de GitHub\r\nGestion des versions d’un document\r\nRédaction de document computationnel\r\nPartage d’un rapport avec ses collaborateurs\r\nPrincipes FAIR et PGD","homepage":"https://documents.migale.inrae.fr/trainings.html","is_draft":false,"costs":["Priced"],"topics":["http://edamontology.org/topic_0605"],"keywords":["Reproducibility"],"prerequisites":[],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":10,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/769/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":82,"name":"INRAE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=json"},{"id":88,"name":"BioinfOmics","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":10,"name":"MIGALE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MIGALE/?format=json"}],"logo_url":"https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png","updated_at":"2024-01-18T13:15:23.269149Z","audienceTypes":[],"audienceRoles":[],"difficultyLevel":"Novice","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"L’objectif de cette formation est d’initier les apprenants aux bonnes pratiques pour la reproductibilité des analyses. Ils apprendront à rédiger des rapports d’analyse en R Markdown et à les déposer sur un dépôt GitHub. Les principes FAIR (faciles à trouver, accessibles, interopérables et réutilisables) et les bases de la rédaction de PGD (plans de gestion de données) seront également présentés. Durant la formation, nous utiliserons RStudio et GitHub.","hoursPresentations":2,"hoursHandsOn":4,"hoursTotal":6,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/784/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/573/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/693/?format=json"]},{"id":369,"name":"Introduction au profilage taxonomique et visualisation de communautés microbiennes à partir de données métagénomiques avec Galaxy","shortName":"","description":"L’objectif de cette formation est de se familiariser avec les étapes et les outils d’analyse de données de métagénomiques pour caractériser et visualiser des communautés microbiennes. Nous proposons au personnel non-bioinformaticien de les accompagner dans la prise en main de ces étapes en utilisant la plateforme de bio-analyse Galaxy. \r\n\r\nAprès une introduction à la métagénomique, une session pratique sur la plateforme Galaxy couvrira comment :\r\n- assigner des taxons à des données de métagénomiques,\r\n- visualiser une communauté microbienne à partir d’assignations taxonomiques","homepage":"","is_draft":false,"costs":["Free to academics"],"topics":["http://edamontology.org/topic_3697","http://edamontology.org/topic_3174","http://edamontology.org/topic_0637"],"keywords":["Galaxy"],"prerequisites":["Galaxy - Basic usage"],"openTo":"Internal personnel","accessConditions":"Formation ouverte au personnel de l’UCA & Associés\r\nAvoir un ordinateur portable et un accès wifi eduroam\r\nAvoir un compte sur la plateforme Galaxy (Faire une demande le cas échéant sur hub.mesocentre.uca.fr)\r\nÊtre familier avec Galaxy","maxParticipants":null,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/677/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[{"id":1,"name":"CNRS - IFB","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/CNRS%20-%20IFB/?format=json"},{"id":16,"name":"Université Clermont Auvergne","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Universit%C3%A9%20Clermont%20Auvergne/?format=json"}],"organisedByOrganisations":[{"id":87,"name":"AuBi","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/AuBi/?format=json"},{"id":96,"name":"Mésocentre Clermont-Auvergne","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/M%C3%A9socentre%20Clermont-Auvergne/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":31,"name":"AuBi","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/AuBi/?format=json"}],"logo_url":"https://mesocentre.uca.fr/medias/photo/logoaubi-2019minus_1553844844490-jpg?ID_FICHE=41175","updated_at":"2024-02-08T11:23:11.090144Z","audienceTypes":["Undergraduate","Graduate","Professional (initial)","Professional (continued)"],"audienceRoles":["Researchers","Life scientists","Biologists"],"difficultyLevel":"Novice","trainingMaterials":[{"id":130,"name":"Taxonomic Profiling and Visualization of Metagenomic Data","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/trainingmaterial/Taxonomic%20Profiling%20and%20Visualization%20of%20Metagenomic%20Data/?format=json"}],"learningOutcomes":"At the end of the tutorial, learners would be able to:\r\n- Explain what taxonomic assignment is\r\n- Explain how taxonomic assignment works\r\n- Apply Kraken and MetaPhlAn to assign taxonomic labels\r\n- Apply Krona and Pavian to visualize results of assignment and understand the output\r\n- Identify taxonomic classification tool that fits best depending on their data","hoursPresentations":1,"hoursHandsOn":2,"hoursTotal":3,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/599/?format=json"]},{"id":376,"name":"Train-the-Trainer","shortName":"TtT","description":"The programme objective is to give instructors tools and tips for providing an enriching learning experience to trainees, irrespective of topic, and to include best-practice guidance on course and training material development.","homepage":"https://moodle.france-bioinformatique.fr/course/view.php?id=25","is_draft":false,"costs":[],"topics":[],"keywords":[],"prerequisites":[],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":null,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/762/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/556/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/639/?format=json"],"elixirPlatforms":[{"id":1,"name":"Training","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/elixirplatform/Training/?format=json"}],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":4,"name":"IFB - ELIXIR-FR","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB%20-%20ELIXIR-FR/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":29,"name":"IFB Core","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/IFB%20Core/?format=json"}],"logo_url":"https://moodle.france-bioinformatique.fr/pluginfile.php/961/course/section/152/logo_TtT_MRS_def.png","updated_at":"2024-03-21T15:33:43.289130Z","audienceTypes":["Professional (continued)"],"audienceRoles":["All"],"difficultyLevel":"Novice","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"By the end of Session 1, participants will be able to:\r\n\r\nList the steps of good instructional design.\r\nDefine cognitive load.\r\nDistinguish between bad and good cognitive load.\r\nClarify why we start with learning outcomes.\r\nGive examples of effective learning strategies.\r\nConnect learning strategies to the cognitive processes they promote.\r\nSelect appropriate learning outcomes within the learning constraints.\r\nAssess your teaching outlook/practices in relation to what you’ve learned.\r\nDesign learning experiences that align with learning outcomes.\r\n\r\n\r\nBy the end of Session 2, participants will be able to:\r\n\r\nDesign a mini-training:\r\nWrite SMART Learning Outcomes \r\nIdentify target audience\r\nDraw a concept map\r\nSelect content\r\nDeliver \r\nProvide and receive targeted feedback\r\nCreate a plan from lesson to session\r\nCreate a plan from session to full course\r\n\r\n\r\nBy the end of Session 3, participants will be able to:\r\n\r\nDescribe what makes training effective.\r\nDescribe what makes a trainer effective.\r\nIdentify strategies that facilitate active, interactive, and collaborative learning.\r\nList factors of motivation and demotivation.\r\nEvaluate what instructors can do to motivate and avoid demotivating learners.\r\n\r\n\r\nBy the end of Session 4, participants will be able to\r\n\r\nDescribe the differences between formative and summative assessment\r\nExplain why frequent feedback is important\r\nList and describe a few techniques for formative feedback","hoursPresentations":12,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":null,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/607/?format=json"]},{"id":394,"name":"Principes FAIR  & Git Initiation","shortName":"FAIR & GIT - Initiation","description":"Objectifs\r\n- Principes FAIR :\r\n    Connaître les principes FAIR\r\n    Être capable de prendre en compte les principes FAIR dans l'ensemble des étapes d'un projet impliquant la \r\n    collecte et/ou l'analyse de données\r\n- Initiation à Git :\r\n    Savoir définir ce qu’est un outil de gestion de version\r\n    Être capable d’initialiser un entrepôt Git pour un projet\r\n    Être capable de définir quels fichiers inclure/exclure d’un projet\r\n    Savoir enregistrer localement une nouvelle version pour un projet\r\n    Savoir partager des modifications locales avec tous les contributeurs d’un projet\r\n    Savoir gérer des modifications en parallèle en utilisant les branches\r\n   Connaître les bonnes pratiques pour contribuer à projet tiers\r\n\r\nProgramme : \r\n- Principes FAIR\r\n    Présentation des principes FAIR\r\n    Exemples de bonnes pratiques dans la gestion des données : description, organisation du stockage, \r\n    traitements et analyses, mise en accès\r\n- Initiation à Git\r\n    Présentation des avantages de la gestion de versions (projets individuels & projets collaboratifs)\r\n    Présentation des principes de fonctionnement de Git\r\n    Présentation et mise en œuvre des commandes principales de Git (clone, checkout, add, rm, commit, merge,\r\n    push, pull) ; en ligne de commande ou en utilisant une interface graphique (GitHub et GitLab)","homepage":"https://abims.sb-roscoff.fr/module/fair_git","is_draft":false,"costs":["Free"],"topics":[],"keywords":[],"prerequisites":["none"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"Pre-registration required.","maxParticipants":18,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/821/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":65,"name":"SBR - Roscoff Marine Station","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/SBR%20-%20Roscoff%20Marine%20Station/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":4,"name":"ABiMS","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ABiMS/?format=json"}],"logo_url":"https://abims.sb-roscoff.fr/sites/default/files/abims.png","updated_at":"2026-02-03T16:17:14.050223Z","audienceTypes":["Undergraduate","Graduate","Professional (initial)","Professional (continued)"],"audienceRoles":["All"],"difficultyLevel":"Novice","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":4,"hoursHandsOn":4,"hoursTotal":8,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/710/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/768/?format=json"]},{"id":371,"name":"Introduction à l'analyse de données métatranscriptomiques avec Galaxy","shortName":"","description":"L’objectif de cette formation est de se familiariser avec les étapes et les outils d’analyse de données métatranscriptomiques dans le but de comprendre les fonctions d’une communauté microbienne. Nous proposons au personnel non-bioinformaticien de les accompagner dans la prise en main de ces étapes  en utilisant la plateforme de bio-analyse Galaxy. \r\n\r\nAprès une introduction à la métatranscriptomique, une session pratique sur la plateforme Galaxy couvrira comment :\r\n- assigner des taxons à des données de métatranscriptomiques,\r\n- extraire des informations fonctionnelles au sein de données de métatranscriptomiques,\r\n- combiner informations taxonomiques et fonctionnelles pour faciliter la compréhension des fonctions d’une communauté microbienne","homepage":"","is_draft":false,"costs":["Free to academics"],"topics":["http://edamontology.org/topic_3697","http://edamontology.org/topic_0085","http://edamontology.org/topic_3941","http://edamontology.org/topic_1775"],"keywords":["Galaxy"],"prerequisites":["Galaxy - Basic usage"],"openTo":"Internal personnel","accessConditions":"Formation ouverte au personnel de l’UCA & Associés\r\nAvoir un ordinateur portable et un accès wifi eduroam\r\nAvoir un compte sur la plateforme Galaxy (Faire une demande le cas échéant sur hub.mesocentre.uca.fr)\r\nÊtre familier avec Galaxy","maxParticipants":null,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/677/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[{"id":1,"name":"CNRS - IFB","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/CNRS%20-%20IFB/?format=json"},{"id":16,"name":"Université Clermont Auvergne","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Universit%C3%A9%20Clermont%20Auvergne/?format=json"}],"organisedByOrganisations":[{"id":87,"name":"AuBi","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/AuBi/?format=json"},{"id":96,"name":"Mésocentre Clermont-Auvergne","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/M%C3%A9socentre%20Clermont-Auvergne/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":31,"name":"AuBi","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/AuBi/?format=json"}],"logo_url":"https://mesocentre.uca.fr/medias/photo/logoaubi-2019minus_1553844844490-jpg?ID_FICHE=41175","updated_at":"2024-02-08T11:22:23.706233Z","audienceTypes":["Undergraduate","Graduate","Professional (initial)","Professional (continued)"],"audienceRoles":["Researchers","Life scientists","Biologists"],"difficultyLevel":"Novice","trainingMaterials":[{"id":132,"name":"Metatranscriptomics analysis using microbiome RNA-seq data","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/trainingmaterial/Metatranscriptomics%20analysis%20using%20microbiome%20RNA-seq%20data/?format=json"}],"learningOutcomes":"At the end of the tutorial, learners would be able to:\r\n- Choose the best approach to analyze metatranscriptomics data\r\n- Understand the functional microbiome characterization using metatranscriptomic results\r\n- Understand where metatranscriptomics fits in ‘multi-omic’ analysis of microbiomes\r\n- Visualise a community structure","hoursPresentations":1,"hoursHandsOn":2,"hoursTotal":3,"personalised":null,"event_set":[]},{"id":317,"name":"Datathon AGENT - FAIRDOM","shortName":"FAIRDOM","description":"Datathon on experimental phenotypic data management using the FAIRDOM platform, and submission workflow using curation & validation tools.","homepage":"","is_draft":false,"costs":["Free"],"topics":["http://edamontology.org/topic_3571","http://edamontology.org/topic_3365","http://edamontology.org/topic_3366","http://edamontology.org/topic_3572","http://edamontology.org/topic_0625","http://edamontology.org/topic_0780","http://edamontology.org/topic_0091"],"keywords":["Données"],"prerequisites":["Attendees will bring their own data"],"openTo":"Internal personnel","accessConditions":"For H2020-AGENT project members only","maxParticipants":null,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/504/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/8/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[{"id":21,"name":"H2020-AGENT","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/H2020-AGENT/?format=json"}],"organisedByOrganisations":[{"id":39,"name":"URGI - US1164","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/URGI%20-%20US1164/?format=json"},{"id":82,"name":"INRAE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":26,"name":"URGI","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/URGI/?format=json"}],"logo_url":"https://urgi.versailles.inra.fr/extension/inra/design/urgi/images/logoURGI_res72_2-82X1-98.png","updated_at":"2025-09-13T13:27:42.544621Z","audienceTypes":["Graduate","Professional (initial)","Professional (continued)"],"audienceRoles":["All"],"difficultyLevel":"Novice","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":null,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":null,"personalised":true,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/737/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/735/?format=json"]},{"id":296,"name":"Initiation à l’utilisation de Galaxy","shortName":"Initiation Galaxy","description":"Objectifs pédagogiques :\r\nCette formation propose une introduction sur l’interface utilisateur et les fonctionnalités générales d’une plateforme Galaxy.\r\nA l’issue de la formation, les apprenants seront en mesure de :\r\n* connaître les caractéristiques et le fonctionnement d’un portail Galaxy,\r\n* appliquer sur des cas concrets en bioinformatique,\r\n* être autonome dans le traitement de fichiers et l’exécution d’outils.\r\n\r\nProgramme :\r\n* Prise en main d’un portail Galaxy\r\n* Utilisation de l’historique\r\n* Téléchargement des données à traiter\r\n* Manipulation de fichiers\r\n* Paramétrage et exécution d’outils\r\n* Récupération et visualisation de résultats","homepage":"https://documents.migale.inrae.fr/trainings.html","is_draft":false,"costs":["Priced"],"topics":["http://edamontology.org/topic_0605"],"keywords":["Galaxy"],"prerequisites":[],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":10,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/769/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":82,"name":"INRAE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=json"},{"id":88,"name":"BioinfOmics","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":10,"name":"MIGALE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MIGALE/?format=json"}],"logo_url":"https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png","updated_at":"2024-01-18T12:44:57.722597Z","audienceTypes":["Professional (continued)"],"audienceRoles":["All"],"difficultyLevel":"Novice","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"Cette formation propose une introduction sur l’interface utilisateur et les fonctionnalités générales d’une plateforme Galaxy.\r\n\r\nA l’issue de la formation, les apprenants seront en mesure de :\r\n* connaître les caractéristiques et le fonctionnement d’un portail Galaxy,\r\n* appliquer sur des cas concrets en bioinformatique,\r\n* être autonome dans le traitement de fichiers et l’exécution d’outils.","hoursPresentations":1,"hoursHandsOn":5,"hoursTotal":6,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/442/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/790/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/580/?format=json"]},{"id":355,"name":"Initiation à Python / Introduction to Python","shortName":"Introduction to Python","description":"Objectifs pédagogiques\r\n\r\nA l’issue de la formation, les stagiaires seront capables de :\r\n\r\nmaitriser les éléments de base du langage de programmation Python,\r\nles appliquer sur des cas concrets en bioinformatique,\r\nêtre autonome dans la mise en place de tâches simples d’extraction d’informations, dans le cadre de traitement de données via le langage de programmation Python.\r\n\r\nProgramme\r\n\r\nPrésentation de Python\r\nVariables Python\r\nStructures de contrôle\r\nGestion de fichiers\r\nRéalisation de programmes simples et de Notebooks Jupyter\r\nMise en pratique avec des exercices de manipulation de fichiers de séquences","homepage":"https://documents.migale.inrae.fr/trainings.html","is_draft":false,"costs":["Priced"],"topics":["http://edamontology.org/topic_0605"],"keywords":["Python Language"],"prerequisites":[],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":10,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/769/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":82,"name":"INRAE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=json"},{"id":88,"name":"BioinfOmics","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":10,"name":"MIGALE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MIGALE/?format=json"}],"logo_url":"https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png","updated_at":"2024-01-18T13:16:05.304441Z","audienceTypes":[],"audienceRoles":[],"difficultyLevel":"Novice","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"A l’issue de la formation, les stagiaires seront capables de :\r\n\r\nmaitriser les éléments de base du langage de programmation Python,\r\nles appliquer sur des cas concrets en bioinformatique,\r\nêtre autonome dans la mise en place de tâches simples d’extraction d’informations, dans le cadre de traitement de données via le langage de programmation Python.","hoursPresentations":2,"hoursHandsOn":10,"hoursTotal":12,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/574/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/787/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/691/?format=json"]},{"id":370,"name":"Introduction à l'analyse de données de métabarcoding 16S avec Galaxy","shortName":"","description":"L’objectif de cette formation est de se familiariser avec les étapes et les outils pour analyses de données de métabarcoding 16S. Nous proposons au personnel non-bioinformaticien de les accompagner dans la prise en main de ces étapes d’analyses en utilisant la plateforme de bio-analyse Galaxy. \r\n\r\nAprès une introduction au métabarcoding 16S, une session pratique sur la plateforme Galaxy couvrira comment :\r\n- évaluer la qualité de données de métabarcoding ,\r\n- analyser et visualiser une communauté microbienne à partir de données de métabarcoding 16S","homepage":"","is_draft":false,"costs":["Free to academics"],"topics":["http://edamontology.org/topic_3697","http://edamontology.org/topic_0637"],"keywords":["Galaxy","Metabarcoding"],"prerequisites":[],"openTo":"Internal personnel","accessConditions":"Formation ouverte au personnel de l’UCA & Associés\r\nAvoir un ordinateur portable et un accès wifi eduroam\r\nAvoir un compte sur la plateforme Galaxy (Faire une demande le cas échéant sur hub.mesocentre.uca.fr)\r\nÊtre familier avec Galaxy","maxParticipants":null,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/677/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[{"id":1,"name":"CNRS - IFB","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/CNRS%20-%20IFB/?format=json"},{"id":16,"name":"Université Clermont Auvergne","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Universit%C3%A9%20Clermont%20Auvergne/?format=json"}],"organisedByOrganisations":[{"id":87,"name":"AuBi","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/AuBi/?format=json"},{"id":96,"name":"Mésocentre Clermont-Auvergne","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/M%C3%A9socentre%20Clermont-Auvergne/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":31,"name":"AuBi","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/AuBi/?format=json"}],"logo_url":"https://mesocentre.uca.fr/medias/photo/logoaubi-2019minus_1553844844490-jpg?ID_FICHE=41175","updated_at":"2024-02-08T11:18:18.945136Z","audienceTypes":["Undergraduate","Graduate","Professional (initial)","Professional (continued)"],"audienceRoles":["Researchers","Life scientists","Biologists"],"difficultyLevel":"Novice","trainingMaterials":[{"id":131,"name":"16S Microbial Analysis with mothur","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/trainingmaterial/16S%20Microbial%20Analysis%20with%20mothur/?format=json"}],"learningOutcomes":"At the end of the tutorial, learners would be able to:\r\n- Analyze of 16S rRNA sequencing data using the mothur toolsuite in Galaxy\r\n- Using a mock community to assess the error rate of your sequencing experiment\r\n- Visualize sample diversity using Krona and Phinch","hoursPresentations":1,"hoursHandsOn":2,"hoursTotal":3,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/595/?format=json"]},{"id":289,"name":"Introduction to galaxy: looking for variants in prokaryotes","shortName":"Introduction to galaxy","description":"This course will focus on the technical aspects of using a galaxy server. Accessible without any prerequisite in computer science, it will allow you to master the different fundamental tools of galaxy and will open the doors of bioinformatics analysis for your different projects.\r\nDifferent questions will be addressed through an example of variants analysis in a prokaryotic organism. At the end of this course, on any accessible galaxy instance, you will be able to:\r\n- upload your data\r\n- map them on a reference genome\r\n- find the variants (SNPs) and analyze the results\r\n- generate, manipulate and share your workflows, data and histories\r\n- find the right tools for other analyses and use them in your own project.\r\n\r\nUnless all participants speak French, the course will be taught in English.","homepage":"https://pliniuscursus.univ-amu.fr/formation/galaxy-platform/","is_draft":false,"costs":["Free to academics"],"topics":["http://edamontology.org/topic_0622","http://edamontology.org/topic_0091"],"keywords":[],"prerequisites":["Master"],"openTo":"Internal personnel","accessConditions":"The first sessions are only available for IM2B students.","maxParticipants":12,"contacts":[],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[],"organisedByTeams":[{"id":23,"name":"PACA-Bioinfo","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/PACA-Bioinfo/?format=json"}],"logo_url":null,"updated_at":"2022-06-02T11:50:50.812642Z","audienceTypes":["Graduate"],"audienceRoles":["Biologists"],"difficultyLevel":"Novice","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":1,"hoursHandsOn":5,"hoursTotal":6,"personalised":null,"event_set":[]},{"id":380,"name":"INTRODUCTION TO PYTHON","shortName":"Python","description":"The Toulouse Genotoul bioinformatics platform, organizes a 2 days long training course for non computer scientist and biologists aiming at learning the foundation of Python programming. In this training you will learn the basics of programming (variables, functions, control structures such as “if” condition, “for” loop”), writing simple programs which read files, and write results to others. The training course does not require any knowledge in programming, but basic Linux/bash commands are required (cd, ls).\r\n\r\nThis training focuses on practice. It consists of modules with a large variety of exercises described hereunder (PROVISIONAL SCHEDULE):\r\n\r\nUsing a Jupyter notebook (Day 1).\r\nUsing variables (Day 1).\r\nBasic operations and functions (Day 1).\r\nReading a file, writing to a file (Day 1).\r\nCharacter string manipulation (Day 1).\r\nLists and dictionaries (Day 2).\r\nThe if and for controls (Day 2).\r\nBases of algorithms (Day 2).","homepage":"https://bioinfo.genotoul.fr/index.php/events/python/","is_draft":false,"costs":[],"topics":["http://edamontology.org/topic_3307"],"keywords":["Python Language"],"prerequisites":["Linux/Unix"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":12,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/642/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":15,"name":"MIAT","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/MIAT/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":22,"name":"Genotoul-bioinfo","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Genotoul-bioinfo/?format=json"}],"logo_url":"http://bioinfo.genotoul.fr/wp-content/uploads/bioinfo_logo-rvb-petit.png","updated_at":"2025-12-01T11:55:51.057828Z","audienceTypes":["Professional (continued)"],"audienceRoles":["Life scientists"],"difficultyLevel":"Novice","trainingMaterials":[{"id":142,"name":"Introduction to python - Genotoul-bioinfo","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/trainingmaterial/Introduction%20to%20python%20-%20Genotoul-bioinfo/?format=json"}],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":5,"hoursHandsOn":9,"hoursTotal":14,"personalised":false,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/635/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/757/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/718/?format=json"]},{"id":360,"name":"Modélisation in silico de structures 3D de protéines. Prédiction de mutations, de fixation de ligands","shortName":"Modélisation de structures 3D de protéines","description":"Objectifs pédagogiques\r\nA l’issue de la formation, les stagiaires connaîtront les principales fonctionnalités du logiciel PyMOL. Ils seront capables de les appliquer pour visualiser leur système biologique d’intérêt, et d’effectuer des commandes basiques d’identification de poches catalytiques, de profilage de surface électrostatique, et de mutations d’acides aminés.\r\n\r\nAussi, ils connaîtront les bases et les outils de bioinformatique structurale et seront autonomes pour effectuer des modèles de protéines par prédiction (Alphafold2), calculer les meilleures poses de fixation de leur(s) ligand(s) (Autodock4) et reconstruire l’éventuel assemblage biologique.\r\n\r\nBonus : Ils s’approprieront ces outils avec une demi-journée dédiée à la modélisation de leur système d’étude : protéines, interactions protéines/ADN, arrimage de ligand, etc.\r\n\r\nProgramme\r\nVisualiser :\r\n* Maîtriser les bases de la visualisation des protéines en 3D avec PyMOL.\r\nComprendre :\r\n* Analyser des structures 3D de protéines (RX ou RMN).\r\n* Identifier des homologues avec HHpred.\r\n* Modéliser par prédiction sa protéine d’intérêt avec Alphafold2.\r\nPrédire :\r\n* Savoir calculer des meilleures poses de ligands avec Autodock.\r\n* Prédir et modéliser les mutations in silico.\r\n\r\n- Points forts et limites des différents outils\r\n- ️“hand- on tutorials”\r\n- Plus une session dédiée : «bring your own protein»","homepage":"https://documents.migale.inrae.fr/trainings.html","is_draft":false,"costs":["Priced"],"topics":["http://edamontology.org/topic_1317"],"keywords":["Protein structures","2D/3D","Protein/protein interaction modelisation"],"prerequisites":[],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":10,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/769/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":82,"name":"INRAE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=json"},{"id":88,"name":"BioinfOmics","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=json"}],"organisedByTeams":[],"logo_url":"https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png","updated_at":"2024-01-18T14:36:41.185563Z","audienceTypes":["Professional (initial)"],"audienceRoles":["Biologists","Bioinformaticians"],"difficultyLevel":"Novice","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"A l’issue de la formation, les stagiaires connaîtront les principales fonctionnalités du logiciel PyMOL. Ils seront capables de les appliquer pour visualiser leur système biologique d’intérêt, et d’effectuer des commandes basiques d’identification de poches catalytiques, de profilage de surface électrostatique, et de mutations d’acides aminés.\r\n\r\nAussi, ils connaîtront les bases et les outils de bioinformatique structurale et seront autonomes pour effectuer des modèles de protéines par prédiction (Alphafold2), calculer les meilleures poses de fixation de leur(s) ligand(s) (Autodock4) et reconstruire l’éventuel assemblage biologique.\r\n\r\nBonus : Ils s’approprieront ces outils avec une demi-journée dédiée à la modélisation de leur système d’étude : protéines, interactions protéines/ADN, arrimage de ligand, etc.","hoursPresentations":4,"hoursHandsOn":8,"hoursTotal":12,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/585/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/699/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/783/?format=json"]},{"id":363,"name":"Introduction au text-mining avec AlvisNLP","shortName":"Introduction to text-mining with AlvisNLP","description":"Objectifs pédagogiques\r\nCette formation est dédiée à l’analyse de données textuelles (text-mining). L’objectif est l’acquisition des principales techniques pour la Reconnaissance d’Entités Nommées (REN) à partir de textes. Les entités nommées étudiées dans cette formation sont des objets ou concepts d’intérêts mentionnés dans les articles scientifiques ou les champs en texte libre (taxons, gènes, protéines, marques, etc.).\r\n\r\nLes participants vont acquérir les compétences pratiques nécessaires pour effectuer de façon autonome une première approche pour une application de text-mining. Le format est celui de Travaux Pratiques utilisant AlvisNLP, un outil pour la création de pipelines en text-mining développé par l’équipe Bibliome de l’unité MaIAGE. La formation s’adresse à des chercheurs et ingénieurs en (bio)-informatique ou en maths-info-stats appliquées\r\n\r\nProgramme\r\n* Présentation du text-mining et de la Reconnaissance des Entités Nommées (REN)\r\n* Travaux Pratiques sur des techniques de REN en utilisant AlvisNLP\r\n* Projection de lexiques\r\n* Application de patrons\r\n* Apprentissage automatique","homepage":"https://documents.migale.inrae.fr/trainings.html","is_draft":false,"costs":["Priced"],"topics":["http://edamontology.org/topic_3474","http://edamontology.org/topic_0605"],"keywords":["Text mining"],"prerequisites":["Linux - Basic Knowledge"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":10,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/769/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":82,"name":"INRAE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=json"},{"id":88,"name":"BioinfOmics","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":10,"name":"MIGALE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MIGALE/?format=json"}],"logo_url":"https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png","updated_at":"2024-01-18T14:56:19.822106Z","audienceTypes":["Professional (continued)"],"audienceRoles":["Life scientists","Biologists","Bioinformaticians"],"difficultyLevel":"Novice","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"Cette formation est dédiée à l’analyse de données textuelles (text-mining). L’objectif est l’acquisition des principales techniques pour la Reconnaissance d’Entités Nommées (REN) à partir de textes. Les entités nommées étudiées dans cette formation sont des objets ou concepts d’intérêts mentionnés dans les articles scientifiques ou les champs en texte libre (taxons, gènes, protéines, marques, etc.).\r\n\r\nLes participants vont acquérir les compétences pratiques nécessaires pour effectuer de façon autonome une première approche pour une application de text-mining. Le format est celui de Travaux Pratiques utilisant AlvisNLP, un outil pour la création de pipelines en text-mining développé par l’équipe Bibliome de l’unité MaIAGE. La formation s’adresse à des chercheurs et ingénieurs en (bio)-informatique ou en maths-info-stats appliquées","hoursPresentations":5,"hoursHandsOn":7,"hoursTotal":12,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/588/?format=json"]},{"id":315,"name":"Using sed and awk to modify large large text files","shortName":"","description":"Many analysis generate large result text files which have to be checked, merged, split, reduced. Several tools have been developed and are available on Unix to do this, including sed and AWK. During this course you will be trained to process large files with sed and AWK. Sed is tool enabling to select and process lines. You can easily insert, delete, modify, append lines to very large files with millions of lines. AWK will enable to perform more fine tuned file modifications based on columns. It includes also more mathematical and string functions.  The course is based mainly on exercises with small sections presenting concepts and commands.","homepage":"https://bioinfo.genotoul.fr/index.php/events/modify-and-extract-information-from-large-text-files-day-2-3/","is_draft":false,"costs":["Non-academic: 550€ + 20% taxes (TVA)","Academic but non-INRAE: 170 € + 20% taxes (TVA)","For INRAE's staff: 150 € no VAT charged;"],"topics":["http://edamontology.org/topic_3316"],"keywords":[],"prerequisites":["Linux/Unix"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":12,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/338/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":37,"name":"MIAT - Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/MIAT%20-%20Math%C3%A9matiques%20et%20Informatique%20Appliqu%C3%A9es%20de%20Toulouse/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":22,"name":"Genotoul-bioinfo","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Genotoul-bioinfo/?format=json"}],"logo_url":"https://bioinfo.genotoul.fr/wp-content/uploads/bioinfo_logo-rvb-petit.png","updated_at":"2025-12-09T10:31:46.651968Z","audienceTypes":["Professional (continued)"],"audienceRoles":["Biologists"],"difficultyLevel":"Novice","trainingMaterials":[{"id":146,"name":"Processing large files with sed awk  - Genotoul-bioinfo","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/trainingmaterial/Processing%20large%20files%20with%20sed%20awk%20%20-%20Genotoul-bioinfo/?format=json"}],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":null,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":null,"personalised":false,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/478/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/479/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/611/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/631/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/669/?format=json"]},{"id":406,"name":"Analyse de données de métabarcoding","shortName":"Métabarcoding","description":"Cette formation est dédiée à l’analyse de données de type “metabarcoding” issues de la technologie de séquençage Illumina. Nous aborderons les différentes étapes bioinformatiques nécessaires pour transformer les données de séquençage brutes en table d’abondances. Nous présenterons également les outils et méthodologies classiquement utilisés pour décrire la diversité observée et comparer les échantillons.\r\n\r\nA l’issue des 4 jours de formation, les stagiaires connaîtront le périmètre, les avantages et limites des analyses de données de séquençage amplicons (métabarcoding). Ils seront capables d’utiliser les outils de FROGS sur les jeux de données de la formation (16S et ITS) et sauront utiliser l’application Easy16S.\r\n\r\nIls seront capables d’identifier les outils et méthodes adaptées au cadre de leurs analyses. S’ils ont en leur possession un jeu de données à analyser, ils sont encouragés à venir avec celui- ci.\r\n\r\nProgramme :\r\n\r\n\r\nAnalyses bioinformatiques sous Galaxy\r\n\r\n    Introduction générale sur les données amplicons\r\n    Présentation et mise en application avec la suite FROGS du nettoyage des données, du clustering, de la détection de chimères, de l’assignation taxonomique et des étapes annexes\r\n    Conclusion, limite des méthodes, outils compagnons\r\n\r\nAnalyses statistiques avec Easy16S\r\n\r\n    Introduction générale\r\n    Import, manipulation et visualisation des données\r\n    Mesure de diversités : Unifrac, Bray-Curtis, etc.\r\n    Ordination et réduction de dimension : MDS\r\n    Clustering et Heatmap\r\n    Comparaison d’échantillons : PERMANOVA, adonis\r\n\r\nMise en application sur données personnelles ou publiques","homepage":"https://documents.migale.inrae.fr/trainings.html","is_draft":false,"costs":["Priced"],"topics":["http://edamontology.org/topic_3697"],"keywords":["Metabarcoding"],"prerequisites":[],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":10,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/769/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":82,"name":"INRAE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=json"},{"id":88,"name":"BioinfOmics","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":10,"name":"MIGALE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MIGALE/?format=json"}],"logo_url":"https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png","updated_at":"2026-02-12T10:53:42.895487Z","audienceTypes":["Professional (continued)"],"audienceRoles":["Biologists","Bioinformaticians"],"difficultyLevel":"Novice","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"Cette formation est dédiée à l’analyse de données de type “metabarcoding” issues de la technologie de séquençage Illumina. Nous aborderons les différentes étapes bioinformatiques nécessaires pour transformer les données de séquençage brutes en table d’abondances. Nous présenterons également les outils et méthodologies classiquement utilisés pour décrire la diversité observée et comparer les échantillons.\r\n\r\nA l’issue des 4 jours de formation, les stagiaires connaîtront le périmètre, les avantages et limites des analyses de données de séquençage amplicons (métabarcoding). Ils seront capables d’utiliser les outils de FROGS sur les jeux de données de la formation (16S et ITS) et sauront utiliser l’application Easy16S.\r\n\r\nIls seront capables d’identifier les outils et méthodes adaptées au cadre de leurs analyses. S’ils ont en leur possession un jeu de données à analyser, ils sont encouragés à venir avec celui- ci.","hoursPresentations":12,"hoursHandsOn":12,"hoursTotal":24,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/792/?format=json"]},{"id":361,"name":"Initiation à Linux / Introduction to Linux","shortName":"Initiation à Linux","description":"Objectifs pédagogiques\r\nÀ l'issue de la formation, les stagiaires connaîtront les principales commandes Linux et sauront utiliser le système Linux.\r\n\r\nProgramme\r\n* Connexion (ssh) et transferts de fichiers (scp, rsync)\r\n* Interfaces graphiques (Gnome, KDE) / émulateurs\r\n* Aide en ligne\r\n* Utilisation du shell : le rappel des commandes, l’historique, la complétion\r\n* Système de fichiers : arborescence et chemin d’accès, le répertoire d’accueil…\r\n* Gestion des fichiers et des répertoires\r\n* Principe de protection : les attributs sur les fichiers, les droits d’accès","homepage":"https://documents.migale.inrae.fr/trainings.html","is_draft":false,"costs":["Priced"],"topics":["http://edamontology.org/topic_0605"],"keywords":["Linux"],"prerequisites":[],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":10,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/769/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":82,"name":"INRAE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=json"},{"id":88,"name":"BioinfOmics","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":10,"name":"MIGALE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MIGALE/?format=json"}],"logo_url":"https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png","updated_at":"2024-01-18T14:43:04.391836Z","audienceTypes":["Professional (continued)"],"audienceRoles":["Biologists"],"difficultyLevel":"Novice","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"À l'issue de la formation, les stagiaires connaîtront les principales commandes Linux et sauront utiliser le système Linux.","hoursPresentations":1,"hoursHandsOn":5,"hoursTotal":6,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/586/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/781/?format=json"]},{"id":391,"name":"Soumission de données et métadonnées à EMBL-EBI","shortName":"FAIR Data Geno","description":"Processus et outils mis en place dans le cadre des projets AgroDiv et BReIF pour soumettre des données dans les archives EMBL-EBI associées à des descriptions riches des échantillons séquencés dans BioSamples.","homepage":"","is_draft":false,"costs":["Free"],"topics":["http://edamontology.org/topic_3366","http://edamontology.org/topic_0219","http://edamontology.org/topic_0625","http://edamontology.org/topic_0780","http://edamontology.org/topic_0091"],"keywords":["Données"],"prerequisites":["none"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"Public","maxParticipants":null,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/813/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/3/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[{"id":22,"name":"BReIF","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/BReIF/?format=json"}],"organisedByOrganisations":[{"id":39,"name":"URGI - US1164","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/URGI%20-%20US1164/?format=json"},{"id":82,"name":"INRAE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":26,"name":"URGI","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/URGI/?format=json"}],"logo_url":"https://urgi.versailles.inra.fr/extension/inra/design/urgi/images/logoURGI_res72_2-82X1-98.png","updated_at":"2025-09-12T13:00:03.352886Z","audienceTypes":["Graduate","Professional (initial)","Professional (continued)"],"audienceRoles":["All"],"difficultyLevel":"Novice","trainingMaterials":[{"id":147,"name":"Data-brokering script","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/trainingmaterial/Data-brokering%20script/?format=json"}],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":null,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":2,"personalised":false,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/678/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/738/?format=json"]},{"id":381,"name":"HOW TO RUN A NF-CORE NEXTFLOW WORKFLOW ON GENOTOUL ?","shortName":"Nextflow/nf-core","description":"This training session is organized by the Genotoul bioinfo platform and aims at learning nf-core workflow submission, error understanding, resuming jobs and ressource reservation. We will present and practice:\r\n\r\nthe Nextflow software\r\nthe nf-core community and pipelines\r\nWhat is a singularity image ?\r\nWhere are installed the nf-core workflows ? Which version do I use ?\r\nHow to run a workflow and which config file is used ?\r\nWhich kind of error I can get ?\r\nHow to resume failed jobs?\r\nHow to handle genome indexes ?\r\nHow to monitor my process and then well configure my workflow ?\r\nHow do you best adjust CPU and RAM reservations?\r\nThis is NOT a bioinformatic training on a particular workflow or a training on how to develop a workflow.\r\n\r\nThis training is focused on practice. It consists of several modules with a large variety of exercises:\r\n\r\nStart at 09:00 am\r\nEnd at 17:00 pm","homepage":"https://bioinfo.genotoul.fr/index.php/events/how-to-run-a-nf-core-nextflow-workflow-on-genotoul-2/","is_draft":false,"costs":["Non-academic: 550€ + 20% taxes (TVA)","Academic but non-INRAE: 170 € + 20% taxes (TVA)","For INRAE's staff: 150 € no VAT charged;"],"topics":["http://edamontology.org/topic_0769"],"keywords":["Nextflow"],"prerequisites":["Linux/Unix","Cluster"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":12,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/300/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":15,"name":"MIAT","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/MIAT/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":22,"name":"Genotoul-bioinfo","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Genotoul-bioinfo/?format=json"}],"logo_url":"http://bioinfo.genotoul.fr/wp-content/uploads/bioinfo_logo-rvb-petit.png","updated_at":"2025-12-01T11:57:33.124156Z","audienceTypes":["Professional (continued)"],"audienceRoles":["Life scientists"],"difficultyLevel":"Novice","trainingMaterials":[{"id":143,"name":"Workflows nf-core - Genotoul-bioinfo","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/trainingmaterial/Workflows%20nf-core%20-%20Genotoul-bioinfo/?format=json"}],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":1,"hoursHandsOn":6,"hoursTotal":7,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/755/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/636/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/722/?format=json"]},{"id":349,"name":"Reproducible Research","shortName":"","description":"The following topics and tools are covered in the course:\r\n\r\n    Data management\r\n    Project organisation\r\n    Git\r\n    Conda\r\n    Snakemake\r\n    Nextflow\r\n    R Markdown\r\n    Jupyter\r\n    Docker\r\n    Singularity\r\n\r\nAt the end of the course, students should be able to:\r\n\r\n    Use good practices for data analysis and management\r\n    Clearly organise their bioinformatic projects\r\n    Use the version control system Git to track and collaborate on code\r\n    Use the package and environment manager Conda\r\n    Use and develop workflows with Snakemake and Nextflow\r\n    Use R Markdown and Jupyter Notebooks to document and generate automated reports for their analyses\r\n    Use Docker and Singularity to distribute containerized computational environments","homepage":"https://southgreenplatform.github.io/training_reproducible_research/","is_draft":false,"costs":["Free"],"topics":[],"keywords":[],"prerequisites":["Linux - Basic Knowledge"],"openTo":"Internal personnel","accessConditions":"Open to South Green close collaborators","maxParticipants":20,"contacts":[],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[],"organisedByTeams":[{"id":24,"name":"South Green","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/South%20Green/?format=json"}],"logo_url":"https://southgreenplatform.github.io/trainings//images/southgreenlong.png","updated_at":"2023-12-04T15:16:00.921744Z","audienceTypes":[],"audienceRoles":[],"difficultyLevel":"Novice","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"At the end of the course, students should be able to:\r\n\r\n    Use good practices for data analysis and management\r\n    Clearly organise their bioinformatic projects\r\n    Use the version control system Git to track and collaborate on code\r\n    Use the package and environment manager Conda\r\n    Use and develop workflows with Snakemake and Nextflow\r\n    Use R Markdown and Jupyter Notebooks to document and generate automated reports for their analyses\r\n    Use Docker and Singularity to distribute containerized computational environments","hoursPresentations":8,"hoursHandsOn":13,"hoursTotal":21,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/567/?format=json"]},{"id":290,"name":"NGS data analysis on the command line","shortName":"NGS-analysis-cli","description":"This hands-on course will teach bioinformatic approaches for analyzing Illumina sequencing data. Our goal is to introduce the command line skills you need to make the most of your NGS data. \r\nDuring this 4-day training we will first introduce the Linux environment, shell commands and basic R scripting.  And then we will focus on two NGS data analyses -- small RNA-seq and RNA-seq -- based on published datasets from the model organism Arabidopsis thaliana","homepage":"https://www.ibmp.cnrs.fr/bioinformatics-trainings/","is_draft":false,"costs":["Free to academics"],"topics":["http://edamontology.org/topic_3170","http://edamontology.org/topic_3168","http://edamontology.org/topic_0102","http://edamontology.org/topic_2269"],"keywords":[],"prerequisites":["none"],"openTo":"Internal personnel","accessConditions":"This training is dedicated to academics working in a laboratory of Unistra/CNRS.","maxParticipants":12,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/124/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":79,"name":"IBMP","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IBMP/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":14,"name":"BiGEst","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/BiGEst/?format=json"}],"logo_url":null,"updated_at":"2024-01-22T14:51:37.215331Z","audienceTypes":[],"audienceRoles":["Biologists","Bioinformaticians"],"difficultyLevel":"Novice","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"Applied Knowledge (Know-how):\r\n- Basic proficiency at the Linux command line prompt\r\n- Basic proficiency of R (environment, objects, graphs) \r\n- Next generation sequencing (NGS) file formats; reference genomes - Mapping NGS read data to reference genomes (bowtie, samtools)\r\n- Small RNA-seq analysis; epigenomics applications (ShortStack)\r\n- RNA-seq for transcriptomics; differential gene expression analysis (HISAT2, DESeq2) - Data wrangling and visualization in R (Rstudio, ggplot2)","hoursPresentations":12,"hoursHandsOn":16,"hoursTotal":28,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/503/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/504/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/589/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/454/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/660/?format=json"]}]}