{"count":393,"next":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/training/?format=json&limit=20&offset=380&ordering=audienceTypes","previous":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/training/?format=json&limit=20&offset=340&ordering=audienceTypes","results":[{"id":84,"name":"Master STIC pour la Santé","shortName":"","description":"","homepage":"","is_draft":false,"costs":[],"topics":[],"keywords":[],"prerequisites":["Master"],"openTo":"Internal personnel","accessConditions":"Accès en local aux différents clusters\n","maxParticipants":null,"contacts":[],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[],"organisedByTeams":[],"logo_url":"","updated_at":"2022-06-02T11:50:50.812642Z","audienceTypes":[],"audienceRoles":[],"difficultyLevel":"","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":null,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":null,"personalised":null,"event_set":[]},{"id":384,"name":"EBAII - Ecole de Bioinformatique niveau intermédiaire","shortName":"EBAII N2","description":"Objectifs: L’école s’articulera autour de trois ateliers thématiques en session parallèle (RNA-seq, ChIP-seq, variants DNA-seq), et abordera la visualisation et l’intégration des données. \r\n\r\nEnvironnement de travail: L’ensemble de la formation reposera sur l’utilisation de commandes en ligne (terminal Linux) et du langage R. \r\n\r\nPrérequis: Les candidats doivent avoir acquis les compétences enseignées durant l’école de niveau débutant: un niveau de base en ligne de commande, R, et (au choix) RNA-seq, ChIP-seq ou variants DNA-seq.","homepage":"","is_draft":false,"costs":["Priced"],"topics":["http://edamontology.org/topic_3391","http://edamontology.org/topic_3366","http://edamontology.org/topic_0092","http://edamontology.org/topic_3168","http://edamontology.org/topic_0091"],"keywords":["Biostatistics","Sequence analysis","NGS Sequencing Data Analysis"],"prerequisites":[],"openTo":"Everyone","accessConditions":"La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS)  avec un niveau de base en ligne de commande, R, et (au choix) RNA-seq, ChIP-seq ou variants DNA-seq.","maxParticipants":null,"contacts":[],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[],"organisedByTeams":[],"logo_url":"https://www.sb-roscoff.fr/sites/www.sb-roscoff.fr/files/styles/large/public/images/station-biologique-roscoff-roscoff-4404.jpg","updated_at":"2024-12-05T07:33:48.573507Z","audienceTypes":[],"audienceRoles":["Biologists"],"difficultyLevel":"","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":null,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":null,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/644/?format=json"]},{"id":110,"name":"Galaxy : first step","shortName":"","description":" \n\nLe programme de cette introduction à Galaxy est le suivant : présentation de Galaxy, se connecter à l’instance toulousaine, commencer à utiliser certains outils bioinformatiques standards, la gestion des fichiers dans galaxy. Découvrir les bonnes pratiques dans Galaxy. Organisée en collaboration avec la plateforme Bioinfo Genotoul.\n\n\n","homepage":"","is_draft":false,"costs":[],"topics":[],"keywords":["Galaxy"],"prerequisites":[],"openTo":"Internal personnel","accessConditions":"Avoir un compte sur la plateforme Bioinfo Genotoul (demande via un formulaire web sur notre site), s’inscrire (via notre site web) et payer 150 euros la journée pour un académique et 500 euros la journée pour un privé.\n","maxParticipants":null,"contacts":[],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[],"organisedByTeams":[],"logo_url":"","updated_at":"2022-06-02T11:50:50.812642Z","audienceTypes":[],"audienceRoles":[],"difficultyLevel":"","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":null,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":null,"personalised":null,"event_set":[]},{"id":111,"name":"Spectrométrie de masse, analyse protéomique et interprétation des 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statistiques, principe du bootstrap, intervalles de confiances, etc.) et de probabilités (probabilités jointes / conditionnelles, théorème de Bayes, etc.)\r\n- Maîtriser un langage de programmation\r\n- Notions de phylogénie moléculaire\r\nAvoir suivi le stage \"Phylogénie moléculaire - formation de base\" ou niveau équivalent \r\n\r\nPROGRAMME\r\n- Phylogénétique et génétique des populations\r\n- Détection de sélection positive au sein de séquences codantes\r\n- Datation moléculaire : intégrer fossiles et molécules\r\n- Phylogénomique\r\n- Super-arbres et super-matrices, réconciliations d'arbres\r\n- Visualisation de l'information en phylogénie\r\n- Placement phylogénétique\r\n- Bases d'épidémiologie (modèles en compartiments, ODE, applications, etc)\r\n- Simulations selon une variété de modèles épidémiologiques\r\n- Phylodynamique : combiner épidémiologie et évolution","homepage":"","is_draft":false,"costs":["Priced","1200 €"],"topics":[],"keywords":["Phylogeny","Selection 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langage pour effectuer des calculs mathématiques, statistiques ou des représentations graphiques.\n- Attention : ce module n'est ni un module de statistique, ni un module d'analyse statistique des données.\n\nProgramme\n\n- Structures et manipulation de données.\n- Principaux éléments du langage de programmation (boucle, fonctions…).\n- Différentes représentations graphiques de données/résultats (plot, histogramme, boxplot).\n","homepage":"http://migale.jouy.inra.fr/","is_draft":false,"costs":[],"topics":[],"keywords":["Programming Languages & Computer Sciences","R Language"],"prerequisites":[],"openTo":"Internal personnel","accessConditions":"Ce cycle est ouvert à l'ensemble des agents de l'INRA et aux 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texte","shortName":"","description":"http://migale.jouy.inra.fr/?q=fr/formations\n","homepage":"","is_draft":false,"costs":[],"topics":[],"keywords":["Autre"],"prerequisites":[],"openTo":"Internal personnel","accessConditions":"http://migale.jouy.inra.fr/?q=fr/formations\n","maxParticipants":null,"contacts":[],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[],"organisedByTeams":[],"logo_url":"","updated_at":"2022-06-02T11:50:50.812642Z","audienceTypes":[],"audienceRoles":[],"difficultyLevel":"","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":null,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":null,"personalised":null,"event_set":[]},{"id":124,"name":"Intégration d’outils dans la plateforme web GALAXY ","shortName":"","description":"","homepage":"","is_draft":false,"costs":[],"topics":[],"keywords":["Galaxy"],"prerequisites":[],"openTo":"Internal 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Although each omics data is usually analyzed individually, combining complementary data can yield a better understanding of the mechanisms involved in biological processes. Several integrative approaches are now available to combine such data, coming essentially from two families of methods, namely multivariate statistical analyses and network-based approaches. During this summer school both methodologies will be covered, introducing RGCCA and mixOmics for multivariate analyses and WGCNA and SNF for network-based strategies. To get meaningful biological information, the interpretation of statistical results needs to be done contextualizing them in the available biological knowledge. To address this major step we need to be able to access and interrogate databases. We will harness this subject introducing semantic web and knowledge graphs in the context of metabolic networks.\r\n\r\nDuring the School, significant time will be devoted to hands-on and the program will be divided into three phases / topics:\r\n- Multivariate statistical analyses (Instructors: Arnaud Gloaguen & Jimmy Vandel)\r\n- Network-based approaches (Instructors: Morgane Térézol & Marie-Galadriel Brière)\r\n- Results contextualisation: an introduction to metabolic models, web semantic and knowledge graphs (Instructors: Jean-Clément Gallardo, Maxime Delmas & Marco Pagni)\r\n\r\nThe participants will work in groups and shortly present the application of what they have learned to their own project.","homepage":"https://www.sib.swiss/training/course/20230903_MODAI","is_draft":false,"costs":[],"topics":["http://edamontology.org/topic_0089","http://edamontology.org/topic_2269","http://edamontology.org/topic_0602"],"keywords":["Biological network inference and analysis","Multivariate analyses","Semantic web","Knowledge representation"],"prerequisites":[],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":null,"contacts":[],"elixirPlatforms":[{"id":1,"name":"Training","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/elixirplatform/Training/?format=json"}],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":100,"name":"SIB","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/SIB/?format=json"},{"id":4,"name":"IFB - ELIXIR-FR","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB%20-%20ELIXIR-FR/?format=json"}],"organisedByTeams":[],"logo_url":null,"updated_at":"2023-04-26T16:14:06.237852Z","audienceTypes":[],"audienceRoles":[],"difficultyLevel":"Intermediate","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":null,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":null,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/532/?format=json"]},{"id":411,"name":"Formation metabarcoding ABiMS SeBiMER","shortName":"Formation metabarcoding ABiMS SeBiMER","description":"Le séquençage à haut débit des amplicons de marqueurs taxonomiques tels l’ADN ribosomique, les gènes COI/COX ou les ITS a ouvert de nouveaux horizons dans l’étude des communautés de macro et micro-organismes et l’étude des écosystèmes.\r\n\r\nLe but de cette formation est, d’une part, d’introduire les concepts clés liés aux analyses de metabarcoding et de les illustrer au moyen de cas concrets d’analyse et, d’autre part, de former les utilisateurs aux traitements de données de metabarcoding au travers de l’usage du logiciel SAMBA (Noël et al., in submission).","homepage":"https://forms.ifremer.fr/bioinfo/formation-metabarcoding-2025/","is_draft":false,"costs":[],"topics":["http://edamontology.org/topic_0091"],"keywords":["Metabarcoding"],"prerequisites":[],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":null,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/865/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/134/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[],"organisedByTeams":[{"id":4,"name":"ABiMS","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ABiMS/?format=json"}],"logo_url":"https://forms.ifremer.fr/bioinfo/wp-content/uploads/sites/63/2023/06/cropped-SeBiMER_web-transparent-V.png","updated_at":"2026-03-27T10:24:23.555009Z","audienceTypes":[],"audienceRoles":[],"difficultyLevel":"","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":null,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":null,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/798/?format=json"]},{"id":351,"name":"Introduction au language R / Introduction to R langage","shortName":"Introduction to R langage","description":"Objectifs pédagogiques :\r\nÀ l’issue de la formation, les stagiaires connaîtront les principales fonctionnalités du langage R et ses principes. Ils seront capables de les appliquer pour effectuer des calculs ou des représentations graphiques simples. Ils seront de plus autonomes pour manipuler leurs tableaux de données.\r\nAttention : ce module n’est ni un module de statistique, ni un module d’analyse statistique des données.\r\n\r\nProgramme :\r\n* Structures et manipulation de données\r\n* Principaux éléments du langage de programmation (boucle, fonctions…)\r\n* Différentes représentations graphiques de données/résultats (plot, histogramme, boxplot)","homepage":"https://documents.migale.inrae.fr/trainings.html","is_draft":false,"costs":["Priced"],"topics":["http://edamontology.org/topic_0605"],"keywords":["R Language"],"prerequisites":[],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":10,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/769/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":82,"name":"INRAE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=json"},{"id":88,"name":"BioinfOmics","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":10,"name":"MIGALE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MIGALE/?format=json"}],"logo_url":"https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png","updated_at":"2024-01-18T12:51:01.486572Z","audienceTypes":[],"audienceRoles":[],"difficultyLevel":"Novice","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":2,"hoursHandsOn":10,"hoursTotal":12,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/570/?format=json"]},{"id":140,"name":"Bioinformatique et Analyses Mutationnelles","shortName":"","description":"Module de formation à la bioinformatique appliquée à l'analyse des données génétiques dans le cadre des maladies génétiques humaines. Cet enseignement fait partie du Master 2 de Pathologie Humaine dispensé à la faculté de Médecine de la Timone à Marseille.\n \n","homepage":"http://formations.univ-amu.fr/ME5APH-ENAPHCU41.html","is_draft":false,"costs":[],"topics":[],"keywords":["NGS Data Analysis","Bioinformatics & Biomedical","Sequence analysis","NGS Sequencing Data Analysis"],"prerequisites":["Master (M2 uniquement)"],"openTo":"Internal personnel","accessConditions":"Inscription au Master 2 de Pathologie Humaine\n","maxParticipants":null,"contacts":[],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[],"organisedByTeams":[],"logo_url":"","updated_at":"2022-06-02T11:50:50.812642Z","audienceTypes":[],"audienceRoles":[],"difficultyLevel":"","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":null,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":null,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/269/?format=json"]},{"id":352,"name":"Développement d’une application avec R Shiny /","shortName":"R Shiny","description":"Objectifs pédagogiques\r\n\r\nÀ l’issue de la formation, les stagiaires connaîtront les principes de bases et le fonctionnement du package “Shiny”. Ils et elles seront capables de créer leurs premières applications web interactives à partir de scripts R. Les solutions de déploiement d’applications Shiny seront également abordées.\r\n\r\nProgramme\r\n\r\nPrincipes généraux et fonctionnement d’une application Shiny\r\nDéveloppement d’applications Shiny\r\nDéploiement d’applications Shiny","homepage":"https://documents.migale.inrae.fr/trainings.html","is_draft":false,"costs":["Priced"],"topics":["http://edamontology.org/topic_0605"],"keywords":["Shiny"],"prerequisites":[],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":10,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/769/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":82,"name":"INRAE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=json"},{"id":88,"name":"BioinfOmics","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":10,"name":"MIGALE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MIGALE/?format=json"}],"logo_url":"https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png","updated_at":"2024-01-18T13:14:32.711762Z","audienceTypes":[],"audienceRoles":[],"difficultyLevel":"Intermediate","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"À l’issue de la formation, les stagiaires connaîtront les principes de bases et le fonctionnement du package “Shiny”. 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La connaissance de ces approches et des outils qui en\r\ndécoulent pour analyser la séquence et la structure des génomes, les annoter et caractériser\r\nleur diversité et leurs profils d’expression permet d’aborder des questions de recherche\r\nbiologique avancée sur la diversité et l’adaptation des plantes. Les espèces prises en\r\nconsidération sont des espèces phares des instituts de recherche agronomique de Montpellier\r\net font partie des cultures les plus importantes pour l’agriculture mondiale. Des plateformes\r\nd’outils bioinformatiques récents reposant sur des centres de calcul et de stockage haute\r\ncapacité, sont en place pour analyser des jeux de données originales permettant de mieux\r\ncomprendre comment les génomes de plantes évoluent et s’expriment. L’ensemble de ces\r\nconnaissances Findable, Accessible, Interoperable, Reusable car intégré dans des systèmes\r\nd’information peut soutenir l'identification de gènes responsables de caractères adaptatifs ou\r\nde production. La mobilisation de jeunes chercheurs sur ces sujets est primordiale tant la\r\ndemande est importante.\r\nLe module est structuré sous la forme de cours et de travaux tutorés avec la rencontre de\r\ngénéticiens et de bioinformaticiens permettant d’appréhender les formes variées des progrès\r\nen bioanalyse génomique. Il permet d’acquérir les lignes directrices pour l’accès, l'utilisation\r\net l'analyse de différents types de données omique (e.g. (épi)génomique, transcriptomique,\r\nprotéique, métabolique) en vue d’accélérer les recherches en génomique fonctionnelle et\r\nbiotechnologie des plantes.\r\nL’évaluation sera faite sur la base de la participation et de la qualité du projet proposé par\r\nl’étudiant en fin de module, individuellement ou en binôme, suivant les consignes détaillées en\r\ndébut de module","homepage":"https://bioagro.edu.umontpellier.fr/files/2021/04/HAA906V_Bigomics.pdf","is_draft":false,"costs":["Free to academics"],"topics":["http://edamontology.org/topic_3056","http://edamontology.org/topic_0797","http://edamontology.org/topic_0780","http://edamontology.org/topic_3810"],"keywords":["Phylogeny","Biodiversity","NGS Data Analysis"],"prerequisites":["Basic knowledge of R"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"Inscription via un formulaire Moodle","maxParticipants":50,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/573/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":85,"name":"IRD","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IRD/?format=json"},{"id":82,"name":"INRAE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=json"},{"id":50,"name":"CIRAD","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CIRAD/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":24,"name":"South Green","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/South%20Green/?format=json"}],"logo_url":"https://raw.githubusercontent.com/SouthGreenPlatform/trainings/gh-pages/images/southgreenlong.png","updated_at":"2024-03-20T11:30:31.480815Z","audienceTypes":[],"audienceRoles":[],"difficultyLevel":"","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":16,"hoursHandsOn":34,"hoursTotal":50,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/591/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/605/?format=json"]},{"id":324,"name":"Python scripts for bioinformatics and Linux","shortName":"Scripts en Python pour la bioinformatique et environnement Linux","description":"OBJECTIFS\r\n- Connaître les principes et les avantages du système Linux\r\n- Connaître et savoir utiliser les commandes de base permettant de lancer des programmes sous Linux\r\n- Comprendre et savoir lancer des scripts\r\n- Être capable d'écrire des scripts en Python\r\n- Acquérir de l'autonomie pour effectuer des analyses bioinformatiques qui combinent plusieurs outils \r\n\r\nPRÉREQUIS\r\n- Notions de base en informatique : fichiers, répertoires, etc. \r\n\r\nPROGRAMME\r\n- Linux : lignes de commandes, principales commandes, redirection\r\n- Lancer, créer et modifier des scripts\r\n- Notions de variables, de boucles, de choix\r\n- Programmation de scripts : utilisation de paramètres et de variables, combinaison d'outils et de logiciels, écriture des résultats dans un ou plusieurs fichiers\r\n- Création d'un pipeline d'outils","homepage":"","is_draft":false,"costs":["1200 €"],"topics":[],"keywords":["Linux","Python Language"],"prerequisites":[],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":12,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/528/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":1,"name":"CNRS formation entreprises","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS%20formation%20entreprises/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":7,"name":"ATGC","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ATGC/?format=json"}],"logo_url":"https://www.france-bioinformatique.fr/sites/default/files/ATGClogox120_0.png","updated_at":"2025-01-23T13:50:29.570608Z","audienceTypes":[],"audienceRoles":[],"difficultyLevel":"","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":null,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":null,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/512/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/703/?format=json"]},{"id":145,"name":"IBI - 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