{"count":393,"next":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/training/?format=json&limit=20&offset=360&ordering=difficultyLevel","previous":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/training/?format=json&limit=20&offset=320&ordering=difficultyLevel","results":[{"id":351,"name":"Introduction au language R / Introduction to R langage","shortName":"Introduction to R langage","description":"Objectifs pédagogiques :\r\nÀ l’issue de la formation, les stagiaires connaîtront les principales fonctionnalités du langage R et ses principes. Ils seront capables de les appliquer pour effectuer des calculs ou des représentations graphiques simples. Ils seront de plus autonomes pour manipuler leurs tableaux de données.\r\nAttention : ce module n’est ni un module de statistique, ni un module d’analyse statistique des données.\r\n\r\nProgramme :\r\n* Structures et manipulation de données\r\n* Principaux éléments du langage de programmation (boucle, fonctions…)\r\n* Différentes représentations graphiques de données/résultats (plot, histogramme, boxplot)","homepage":"https://documents.migale.inrae.fr/trainings.html","is_draft":false,"costs":["Priced"],"topics":["http://edamontology.org/topic_0605"],"keywords":["R Language"],"prerequisites":[],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":10,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/769/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":82,"name":"INRAE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=json"},{"id":88,"name":"BioinfOmics","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":10,"name":"MIGALE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MIGALE/?format=json"}],"logo_url":"https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png","updated_at":"2024-01-18T12:51:01.486572Z","audienceTypes":[],"audienceRoles":[],"difficultyLevel":"Novice","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":2,"hoursHandsOn":10,"hoursTotal":12,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/570/?format=json"]},{"id":364,"name":"Formation d'initiation à la plateforme de stockage d'imagerie OMERO","shortName":"Formation d'initiation à OMERO","description":"Cette session d'introduction a pour objectif la prise en main d'OMERO et le chargement d'images vers l'instance OMERO hébergée au Mésocentre Clermont Auvergne, service de la plateforme AuBi.\r\n\r\nQu'est-ce qu'OMERO ?\r\nOMERO est une plateforme logicielle permettant de visualiser, de gérer et d'annoter des données d'images scientifiques. OMERO vous permet d'importer et d'archiver vos images, de les annoter et de baliser vos images, d'enregistrer vos protocoles expérimentaux et d'exporter vos images dans de nombreux formats. Il vous permet également de collaborer avec des collègues en créant des groupes d'utilisateurs.\r\n\r\nPourquoi utiliser OMERO ?\r\nC'est très pratique ! Une fois vos données importées, vous n'avez plus à vous soucier des montages réseau et des structures de dossiers. Vos données sont consultables, vous pouvez les annoter, les visualiser, effectuer des flux de travail simples d'analyse d'images, les partager avec des collaborateurs et générer des figures de niveau publication, le tout directement depuis votre navigateur web.\r\n\r\nComment l'utiliser ?\r\nIl existe deux interfaces principales pour OMERO : un client de bureau (OMERO.insight) et une page web (OMERO.web). Elles ont toutes deux des caractéristiques similaires mais pas identiques. Venez découvrir ces outils lors de cette formation AuBi !\r\n\r\nPour cela, il est indispensable d'être équipé d'un ordinateur portable sur lequel omero insight sera installé en amont de la formation et d'avoir un compte actif au Mésocentre Clermont Auvergne qui vous permettra ensuite de vous connecter sur omero.web.","homepage":"https://mesocentre.uca.fr/projets-associes/plateforme-aubi","is_draft":false,"costs":[],"topics":["http://edamontology.org/topic_3383"],"keywords":["Bioimaging","FAIR"],"prerequisites":["none"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"Having an account on Mésocentre Clermont Auvergne\r\nComing with a laptop and an Eduroam access","maxParticipants":10,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/780/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[{"id":16,"name":"Université Clermont Auvergne","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Universit%C3%A9%20Clermont%20Auvergne/?format=json"}],"organisedByOrganisations":[{"id":87,"name":"AuBi","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/AuBi/?format=json"},{"id":56,"name":"INSERM","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":31,"name":"AuBi","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/AuBi/?format=json"}],"logo_url":"https://mesocentre.uca.fr/medias/photo/logoaubi-2019minus_1553844844490-jpg?ID_FICHE=41175","updated_at":"2025-02-17T12:41:56.490365Z","audienceTypes":[],"audienceRoles":[],"difficultyLevel":"Novice","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":null,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":null,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/590/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/617/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/706/?format=json"]},{"id":333,"name":"Improve your command line skills by learning a few words of Perl","shortName":"","description":"This “Perl one-liners” training session is organized by the Sigenae platform. Perl one-liners are small and awesome Perl programs that fit in a single line of code and perform many operations such as replacing of text, spacing, deleting, calculation, manipulation in files and many more. This training will allow you to discover the power of Perl on the command line and learn how to use it to automate your file manipulations and command line generation with classical file formats such as tabulated text, fastq, sam/bam, and vcf.\r\n\r\nThis training lasts one day and is focused on practice. It consists of 3 parts with a large variety of exercises:\r\n\r\nIntroduction to Perl and its characteristics: Perl is a widely used programming language for data processing and task automation. We will introduce the main characteristics of Perl and discuss why it is particularly suited for biologists who want to manipulate files and generate command lines.\r\nPerl on the command line: we will show how to use Perl on the command line to perform common tasks, such as searching and replacing strings, merging files, and loop over lists of files.\r\nConcrete examples: we will present several concrete examples drawn from biology, such as extracting information from genomic sequence files, converting files between different formats, and generating command lines for data biology tools.\r\n \r\nThe session will take place in the room ‘salle de formation MIAT’ at INRAE center of Toulouse-Auzeville.","homepage":"https://bioinfo.genotoul.fr/index.php/events/onelineperl/","is_draft":false,"costs":["Non-academic: 550€ + 20% taxes (TVA)","Academic but non-INRAE: 170 € + 20% taxes (TVA)","For INRAE's staff: 150 € no VAT charged;"],"topics":[],"keywords":["Perl Langage"],"prerequisites":["Linux/Unix","Cluster"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":12,"contacts":[],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":37,"name":"MIAT - Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/MIAT%20-%20Math%C3%A9matiques%20et%20Informatique%20Appliqu%C3%A9es%20de%20Toulouse/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":22,"name":"Genotoul-bioinfo","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Genotoul-bioinfo/?format=json"}],"logo_url":null,"updated_at":"2025-12-01T11:56:55.465635Z","audienceTypes":[],"audienceRoles":[],"difficultyLevel":"Novice","trainingMaterials":[{"id":148,"name":"Perl One-liner - Genotoul-bioinfo","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/trainingmaterial/Perl%20One-liner%20-%20Genotoul-bioinfo/?format=json"}],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":3,"hoursHandsOn":3,"hoursTotal":null,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/531/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/723/?format=json"]},{"id":318,"name":"Gestion des données d’expériences de phénotypage de plantes : standards et cas d’utilisation","shortName":"FAIR Data Pheno","description":"Cette formation donnera un aperçu des pratiques et méthodes actuelles pour la standardisation des données de phénotypage des plantes, et ce de manière de traiter la variabilité et l'hétérogénéité inhérentes aux jeux de données de recherche et de sélection.\r\nLe but de cette formation est double : 1) diffuser les bonnes pratiques pour une gestion FAIR des données de phénotypage de plantes, 2) consolider une formation modulaire adaptée à un maximum de besoins, du débutant qui souhaite partager des données standardisées dans Recherche Data Gouv, à l'utilisateur avancé qui souhaite faire de la sémantique ou utiliser des portails de données fédérés. La formation se déroulera avec une alternance de présentations générales et techniques et d'ateliers pratiques.","homepage":"","is_draft":false,"costs":["Free"],"topics":["http://edamontology.org/topic_3571","http://edamontology.org/topic_3572","http://edamontology.org/topic_0219","http://edamontology.org/topic_0625","http://edamontology.org/topic_0780"],"keywords":["Données"],"prerequisites":["none"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"Public","maxParticipants":null,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/441/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/504/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":39,"name":"URGI - US1164","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/URGI%20-%20US1164/?format=json"},{"id":82,"name":"INRAE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":26,"name":"URGI","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/URGI/?format=json"}],"logo_url":"https://urgi.versailles.inra.fr/extension/inra/design/urgi/images/logoURGI_res72_2-82X1-98.png","updated_at":"2025-09-12T12:48:25.868728Z","audienceTypes":["Graduate","Professional (initial)","Professional (continued)"],"audienceRoles":["All"],"difficultyLevel":"Novice","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"A l'issue de cette formation, les participants auront acquis des connaissances théoriques et pratiques sur :\r\n* la gestion des données de phénotypage des plantes selon les principes FAIR\r\n* l'utilisation des standards de (méta)données des communautés végétales\r\n* la standardisation d'un jeu de données au format MIAPPE\r\n* l'identification des moyens à mettre en oeuvre pour améliorer la gestion de leurs données","hoursPresentations":null,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":null,"personalised":false,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/677/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/731/?format=json"]},{"id":303,"name":"Tools for phylogenetic analysis","shortName":"","description":"You will learn How to find homologs, make multiple alignments, reconstruct the phylogeny, visualize the tree.\r\n\r\nAt the end of the workshop, you will be able to use web tools to reconstruct accurate phylogenies.\r\n\r\nUnless all participants speak French, the course will be taught in English.","homepage":"https://pliniuscursus.univ-amu.fr/formation/tools-for-phylogenetic-analysis/","is_draft":false,"costs":["Free to academics"],"topics":["http://edamontology.org/topic_0084"],"keywords":[],"prerequisites":["Master"],"openTo":"Internal personnel","accessConditions":"The first sessions are only available for IM2B students.","maxParticipants":10,"contacts":[],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":38,"name":"IGS - Laboratoire Information Génomique et Structurale","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IGS%20-%20Laboratoire%20Information%20G%C3%A9nomique%20et%20Structurale/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":23,"name":"PACA-Bioinfo","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/PACA-Bioinfo/?format=json"}],"logo_url":null,"updated_at":"2022-06-02T11:50:50.812642Z","audienceTypes":["Graduate"],"audienceRoles":["Biologists"],"difficultyLevel":"Novice","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":1,"hoursHandsOn":5,"hoursTotal":6,"personalised":null,"event_set":[]},{"id":302,"name":"Initiation à la ligne de commande","shortName":"","description":"L’objectif de cette formation est de se familiariser à l’utilisation de la ligne de commande pour un usage sur un cluster de\r\ncalcul afin d’acquérir les bases pour le traitement de données biologiques.\r\nPrésentation de l’infrastructure du cluster de calcul du Mésocentre Clermont Auvergne.\r\nIntroduction à l’environnement Linux.\r\nInitiation à un langage de scripting avec le shell Bash.\r\nManipulation en ligne de commande de fichiers de données d'origine biologique.\r\nComment se connecter au serveur de calcul.\r\nApprentissage du langage informatique Bash et comment naviguer dans un environnement Linux.\r\nExercices pratiques de saisie de commandes sur un terminal sans interface graphique.\r\nApprentissage de la gestion de fichiers, comment les créer, gérer les droits d’accès, les manipuler et les transférer sur le\r\ncluster de calcul ou les récupérer sur son poste de travail local.","homepage":"https://mesocentre.uca.fr/","is_draft":false,"costs":["Free to academics"],"topics":["http://edamontology.org/topic_0605","http://edamontology.org/topic_0091"],"keywords":[],"prerequisites":["Licence"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"Avoir un compte sur le cluster de calcul du Mésocentre Clermont Auvergne (faire une demande le cas échéant sur le site\r\nhttps://hub.mesocentre.uca.fr)\r\nVENIR AVEC UN ORDINATEUR PORTABLE muni d’une connexion à Eduroam opérationnelle.","maxParticipants":10,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":45,"name":"UMR 454 MEDIS INRA-Université Clermont Auvergne","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/UMR%20454%20MEDIS%20INRA-Universit%C3%A9%20Clermont%20Auvergne/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":31,"name":"AuBi","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/AuBi/?format=json"}],"logo_url":"https://mesocentre.uca.fr/medias/photo/logoaubi-2019minus_1553844844490-jpg?ID_FICHE=41175","updated_at":"2025-02-17T12:44:35.172676Z","audienceTypes":["Professional (initial)"],"audienceRoles":["Life scientists","Biologists"],"difficultyLevel":"Novice","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":2,"hoursHandsOn":3,"hoursTotal":6,"personalised":false,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/482/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/749/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/750/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/615/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/707/?format=json"]},{"id":335,"name":"FAIR_bioinfo_@_AuBi","shortName":"FAIR_bioinfo","description":"Introduction aux bonnes pratiques en bio-informatique afin de pérenniser son travail de recherche.\r\n\r\nCette formation permet de découvrir les bonnes pratiques dans le cadre d’un travail nécessitant des approches programmatiques (statistiques, programmation d’outils, analyses de données biologiques). Elle s’inscrit aussi dans l’aspect science-ouverte afin de rendre plus facilement disponible et pérenne le travail bio-informatique. Après une introduction aux pratiques FAIR axées notamment sur les notions de reproductibilité et de répétabilité du code, plusieurs approches seront abordées: les bonnes pratiques de partage et gestion des versions des outils utilisés ; la gestion des environnements de travail (conda, docker, singularity) ; découverte du gestionnaire de workflow Snakemake : et enfin la documentation du code avec Rmarkdown et Jupyter.","homepage":"https://mesocentre.uca.fr/actualites/pratiques-fair-en-bioinformatique-pour-des-analyses-reproductibles","is_draft":false,"costs":["Free to academics"],"topics":["http://edamontology.org/topic_0769","http://edamontology.org/topic_3068","http://edamontology.org/topic_3307","http://edamontology.org/topic_0091"],"keywords":["Methodology","Programming Languages & Computer Sciences","Cloud","Linux","Snakemake","Docker","R"],"prerequisites":["Linux - Basic Knowledge"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"Having an account on Mesocentre Clermont Auvergne Infrastructure","maxParticipants":15,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":87,"name":"AuBi","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/AuBi/?format=json"},{"id":94,"name":"University Clermont Auvergne","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20Clermont%20Auvergne/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":31,"name":"AuBi","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/AuBi/?format=json"}],"logo_url":"https://mesocentre.uca.fr/medias/photo/logoaubi-2019minus_1553844844490-jpg?ID_FICHE=41175","updated_at":"2023-06-14T10:18:52.160465Z","audienceTypes":[],"audienceRoles":[],"difficultyLevel":"Novice","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":10,"hoursHandsOn":20,"hoursTotal":30,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/537/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/709/?format=json"]},{"id":368,"name":"Introduction à l'annotation de génomes bactériens avec Galaxy","shortName":"","description":"L’objectif est cette formation de se familiariser avec les étapes et les outils pour annoter des génomes bactériens. Nous proposons au personnel non-bioinformaticien de les accompagner dans la prise en main de l’annotation de génomes bactériens en utilisant la plateforme de bio-analyse Galaxy. \r\n\r\nAprès une introduction à l’annotation de génomes bactériens, une session pratique sur la plateforme Galaxy couvrira comment :\r\n- faire tourner une série d’outils pour annoter un génome bactérien avec différents éléments génomiques,\r\n- évaluer l’annotation\r\n- visualiser un génome bactérien et ses annotations","homepage":"","is_draft":false,"costs":["Free to academics"],"topics":["http://edamontology.org/topic_0097","http://edamontology.org/topic_3301","http://edamontology.org/topic_0622","http://edamontology.org/topic_0219"],"keywords":["Bacterial isolate","Galaxy","Structural and functional annotation of genomes"],"prerequisites":["Galaxy - Basic usage"],"openTo":"Internal personnel","accessConditions":"Formation ouverte au personnel de l’UCA & Associés\r\nAvoir un ordinateur portable et un accès wifi eduroam\r\nAvoir un compte sur la plateforme Galaxy (Faire une demande le cas échéant sur hub.mesocentre.uca.fr)\r\nÊtre familier avec Galaxy","maxParticipants":null,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/677/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[{"id":1,"name":"CNRS - IFB","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/CNRS%20-%20IFB/?format=json"},{"id":16,"name":"Université Clermont Auvergne","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Universit%C3%A9%20Clermont%20Auvergne/?format=json"}],"organisedByOrganisations":[{"id":87,"name":"AuBi","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/AuBi/?format=json"},{"id":96,"name":"Mésocentre Clermont-Auvergne","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/M%C3%A9socentre%20Clermont-Auvergne/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":31,"name":"AuBi","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/AuBi/?format=json"}],"logo_url":"https://mesocentre.uca.fr/medias/photo/logoaubi-2019minus_1553844844490-jpg?ID_FICHE=41175","updated_at":"2024-02-08T11:22:51.682232Z","audienceTypes":["Undergraduate","Graduate","Professional (initial)","Professional (continued)"],"audienceRoles":["Researchers","Life scientists","Biologists"],"difficultyLevel":"Novice","trainingMaterials":[{"id":129,"name":"Bacterial Genome Annotation","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/trainingmaterial/Bacterial%20Genome%20Annotation/?format=json"}],"learningOutcomes":"At the end of the tutorial, learners would be able to:\r\n- Run a series of tools to annotate a draft bacterial genome for different types of genomic components\r\n- Evaluate the annotation\r\n- Process the outputs to format them for visualization needs\r\n- Visualize a draft bacterial genome and its annotations","hoursPresentations":1,"hoursHandsOn":2,"hoursTotal":3,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/598/?format=json"]},{"id":288,"name":"Introduction to the command-line interface","shortName":"BirdLinux","description":"Objectives\r\n- Understand the principles and advantages of the Linux system\r\n- Know and use the main bash commands.\r\n- Ability to chain multiple commands using pipes\r\n- Launch programs with arguments\r\n- Gain independence to perform command line analyses\r\n\r\nCourse Content\r\n- Introduction to the Linux system.\r\n- File system: directory structure, paths, home directory, file and directory management.\r\n- Principle of protections: reading file attributes, access rights, management of user groups.\r\n- Useful commands for file manipulation\r\n- Redirection operators (command input/output)\r\n- Creating and running a bash script\r\nIntroduction to environment variables\r\nConnecting to a remote server via a terminal or via WSL","homepage":"https://pf-bird.univ-nantes.fr/training/linux/","is_draft":false,"costs":["Priced"],"topics":["http://edamontology.org/topic_0605"],"keywords":[],"prerequisites":[],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":20,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/596/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[],"organisedByTeams":[{"id":16,"name":"BiRD","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/BiRD/?format=json"}],"logo_url":"https://bird.univ-nantes.io/website/images/logo/logo.svg","updated_at":"2026-03-02T16:28:48.048808Z","audienceTypes":["Professional (continued)"],"audienceRoles":["Life scientists","Biologists"],"difficultyLevel":"Novice","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":1,"hoursHandsOn":6,"hoursTotal":7,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/601/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/639/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/747/?format=json"]},{"id":398,"name":"Practical session REPET","shortName":"REPET","description":"How to use REPET for de novo TE annotation","homepage":"","is_draft":false,"costs":["Priced"],"topics":["http://edamontology.org/topic_0798","http://edamontology.org/topic_0780","http://edamontology.org/topic_0091"],"keywords":[],"prerequisites":["none"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"Public","maxParticipants":null,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/131/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":39,"name":"URGI - US1164","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/URGI%20-%20US1164/?format=json"},{"id":82,"name":"INRAE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":26,"name":"URGI","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/URGI/?format=json"}],"logo_url":"https://urgi.versailles.inra.fr/extension/inra/design/urgi/images/logoURGI_res72_2-82X1-98.png","updated_at":"2025-09-12T12:48:41.366810Z","audienceTypes":["Graduate","Professional (initial)","Professional (continued)"],"audienceRoles":["All"],"difficultyLevel":"Novice","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":null,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":null,"personalised":false,"event_set":[]},{"id":359,"name":"Comparaison de génomes microbiens","shortName":"Comparaison de génomes microbiens","description":"Objectifs pédagogiques\r\nConnaître les concepts et les principales méthodes bioinformatiques pour comparer un jeu de données de génomes microbiens. Construire et évaluer la qualité d’un jeu de données. Savoir mettre en œuvre une comparaison de génomes et en interpréter les résultats.\r\n\r\nProgramme\r\n* Construction d’un jeu de données :\r\n* Téléchargement de données publiques\r\n* Evaluation de la qualité\r\n* Caractérisation de la diversité génomique\r\n* Stratégies de comparaison :\r\n* Construction de famille de protéines\r\n* Alignement de génomes complets\r\n* Analyse des résultats :\r\n   o Notion de core et pan-génome\r\n   o Notions élémentaires de phylogénomique\r\n   o Visualisation et interprétation des résultats\r\n* Mise en pratique sur un jeu de données bactériens, utilisation des logiciels dRep et Roary sous Galaxy.","homepage":"https://documents.migale.inrae.fr/trainings.html","is_draft":false,"costs":["Priced"],"topics":["http://edamontology.org/topic_3299","http://edamontology.org/topic_0622"],"keywords":["Comparative genomics"],"prerequisites":[],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":10,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/769/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":82,"name":"INRAE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=json"},{"id":88,"name":"BioinfOmics","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":10,"name":"MIGALE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MIGALE/?format=json"}],"logo_url":"https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png","updated_at":"2024-01-18T14:13:49.810934Z","audienceTypes":["Professional (continued)"],"audienceRoles":["Biologists","Bioinformaticians"],"difficultyLevel":"Novice","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"Connaître les concepts et les principales méthodes bioinformatiques pour comparer un jeu de données de génomes microbiens. \r\nConstruire et évaluer la qualité d’un jeu de données. \r\nSavoir mettre en œuvre une comparaison de génomes et en interpréter les résultats.","hoursPresentations":3,"hoursHandsOn":3,"hoursTotal":6,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/584/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/696/?format=json"]},{"id":373,"name":"Introduction à la segmentation des nucléoles et extraction de caractéristiques avec Galaxy","shortName":"","description":"L’objectif de cette formation est de se familiariser avec les premières étapes à l’analyse d’images. Nous proposons au personnel non-bioinformaticien de les accompagner dans la prise en main des ces étapes d’analyses en utilisant la plateforme de bio-analyse Galaxy. \r\n\r\nAprès une introduction à l’analyse d’images, une session pratique sur la plateforme Galaxy couvrira comment :\r\n- télécharger des images depuis  un répertoire d’images publiques,- segmenter une image\r\n- extraire les caractéristiques des images","homepage":"","is_draft":false,"costs":["Free to academics"],"topics":["http://edamontology.org/topic_3383","http://edamontology.org/topic_3382"],"keywords":["Galaxy"],"prerequisites":[],"openTo":"Internal personnel","accessConditions":"Formation ouverte au personnel de l’UCA & Associés\r\nAvoir un ordinateur portable et un accès wifi eduroam\r\nAvoir un compte sur la plateforme Galaxy (Faire une demande le cas échéant sur hub.mesocentre.uca.fr)\r\nÊtre familier avec Galaxy","maxParticipants":null,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/677/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[{"id":1,"name":"CNRS - IFB","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/CNRS%20-%20IFB/?format=json"},{"id":16,"name":"Université Clermont Auvergne","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Universit%C3%A9%20Clermont%20Auvergne/?format=json"}],"organisedByOrganisations":[{"id":87,"name":"AuBi","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/AuBi/?format=json"},{"id":96,"name":"Mésocentre Clermont-Auvergne","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/M%C3%A9socentre%20Clermont-Auvergne/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":31,"name":"AuBi","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/AuBi/?format=json"}],"logo_url":"https://mesocentre.uca.fr/medias/photo/logoaubi-2019minus_1553844844490-jpg?ID_FICHE=41175","updated_at":"2024-02-08T11:28:41.024508Z","audienceTypes":["Undergraduate","Graduate","Professional (initial)","Professional (continued)"],"audienceRoles":["Researchers","Life scientists","Biologists"],"difficultyLevel":"Novice","trainingMaterials":[{"id":134,"name":"Nucleoli segmentation and feature extraction using CellProfiler","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/trainingmaterial/Nucleoli%20segmentation%20and%20feature%20extraction%20using%20CellProfiler/?format=json"}],"learningOutcomes":"At the end, learners would be able to:\r\n- How to download images from a public image repository.\r\n- How to segment cell nuclei using CellProfiler in Galaxy.\r\n- How to segment cell nucleoli using CellProfiler in Galaxy.\r\n- How to extract features for images, nuclei and nucleoli.","hoursPresentations":1,"hoursHandsOn":2,"hoursTotal":3,"personalised":null,"event_set":[]},{"id":320,"name":"Ecole Thématique de Bioinformatique Intégrative / Integrative Bioinformatics Training School","shortName":"ETBII","description":"Dans l’objectif de développer et fédérer des compétences en bioinformatique intégrative au sein de la communauté, l’IFB propose une nouvelle école thématique ayant un double objectif :\r\n- une montée en compétences théoriques et pratiques des bioinformaticiens,\r\n- la constitution de matériel pédagogique partagé sur ce sujet.\r\n\r\nCette école rassemble une équipe pédagogique de 10 personnes et pourra accueillir 30 participants pour sa première édition.\r\nL’ensemble de la formation reposera sur l’utilisation des ressources de calcul et de la plateforme pédagogique de l’Institut Français de Bioinformatique.\r\n\r\nObjectifs pédagogiques \r\n\r\nLa formation a pour but :\r\n- d’introduire les concepts de bases et les différents types d’approches utilisées en bioinformatique intégrative,\r\n- de proposer un approfondissement et une mise en pratique d’une de ces approches sur un/des jeux de données intégrant différents types de données omiques. Cette mise en oeuvre permettra de balayer l’ensemble des points d’attention d’une analyse intégrative,  de la préparation des données jusqu’à l’interprétation des résultats,\r\n- de créer, améliorer et partager les ressources pédagogiques (supports de formation, jeux de données, tutoriels) sur le thème de la bioinformatique intégrative.\r\n\r\nA la fin de cette formation les participants :\r\n- auront acquis un socle de connaissances générales en bioinformatique intégrative, \r\n- auront mis en oeuvre une analyse intégrative depuis la préparation des données jusqu’à l’analyse critique de résultats sur un/des jeux de données proposés lors de la formation,\r\n- auront contribué à constituer du matériel pédagogique partagé sur le sujet.\r\n\r\nPré-requis\r\n- Connaissances de base en Unix/shell, R et/ou Python \r\n- Autonomie dans la gestion de son poste de travail (installation de librairies et maîtrise des environnements de packaging type conda)","homepage":"https://www.france-bioinformatique.fr/formation/etbii/","is_draft":false,"costs":["770 TTC pour les académiques  et 1540 TTC pour les privés"],"topics":["http://edamontology.org/topic_3391","http://edamontology.org/topic_3366","http://edamontology.org/topic_0091"],"keywords":["Methodology","Biostatistics","Biological network inference and analysis","Dimension reduction","Semantic web","Integration of heterogeneous data","Data Integration","Tool integration"],"prerequisites":["Linux and knowledge of NGS formats","Basic knowledge of R"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"Cette formation est ouverte à toute la communauté mais cette première édition s’adresse en priorité à des bioinformaticien·ne·s des plateformes membres et équipes associées IFB souhaitant contribuer à la constitution de matériel pédagogique pour se préparer au montage de futures formations sur ce thème.","maxParticipants":30,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/762/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[{"id":1,"name":"CNRS - IFB","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/CNRS%20-%20IFB/?format=json"}],"organisedByOrganisations":[{"id":4,"name":"IFB - ELIXIR-FR","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB%20-%20ELIXIR-FR/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":29,"name":"IFB Core","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/IFB%20Core/?format=json"}],"logo_url":"https://drive.google.com/file/d/1a_fuOgqOU812GRJLApGMofJ87WTlxDI0/view?usp=sharing","updated_at":"2024-12-03T15:46:48.157120Z","audienceTypes":["Professional (continued)"],"audienceRoles":["Life scientists","Computer scientists","Bioinformaticians"],"difficultyLevel":"Novice","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"A la fin de cette formation les participants :\r\n- auront acquis un socle de connaissances générales  en bioinformatique intégrative, \r\n- auront mis en oeuvre une analyse intégrative depuis la préparation des données jusqu’à l’analyse critique de résultats sur un/des jeux de données proposés lors de la formation,\r\n- auront contribué à constituer du matériel pédagogique partagé sur le sujet.","hoursPresentations":null,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":null,"personalised":false,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/740/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/489/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/505/?format=json"]},{"id":376,"name":"Train-the-Trainer","shortName":"TtT","description":"The programme objective is to give instructors tools and tips for providing an enriching learning experience to trainees, irrespective of topic, and to include best-practice guidance on course and training material development.","homepage":"https://moodle.france-bioinformatique.fr/course/view.php?id=25","is_draft":false,"costs":[],"topics":[],"keywords":[],"prerequisites":[],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":null,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/762/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/556/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/639/?format=json"],"elixirPlatforms":[{"id":1,"name":"Training","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/elixirplatform/Training/?format=json"}],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":4,"name":"IFB - ELIXIR-FR","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB%20-%20ELIXIR-FR/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":29,"name":"IFB Core","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/IFB%20Core/?format=json"}],"logo_url":"https://moodle.france-bioinformatique.fr/pluginfile.php/961/course/section/152/logo_TtT_MRS_def.png","updated_at":"2024-03-21T15:33:43.289130Z","audienceTypes":["Professional (continued)"],"audienceRoles":["All"],"difficultyLevel":"Novice","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"By the end of Session 1, participants will be able to:\r\n\r\nList the steps of good instructional design.\r\nDefine cognitive load.\r\nDistinguish between bad and good cognitive load.\r\nClarify why we start with learning outcomes.\r\nGive examples of effective learning strategies.\r\nConnect learning strategies to the cognitive processes they promote.\r\nSelect appropriate learning outcomes within the learning constraints.\r\nAssess your teaching outlook/practices in relation to what you’ve learned.\r\nDesign learning experiences that align with learning outcomes.\r\n\r\n\r\nBy the end of Session 2, participants will be able to:\r\n\r\nDesign a mini-training:\r\nWrite SMART Learning Outcomes \r\nIdentify target audience\r\nDraw a concept map\r\nSelect content\r\nDeliver \r\nProvide and receive targeted feedback\r\nCreate a plan from lesson to session\r\nCreate a plan from session to full course\r\n\r\n\r\nBy the end of Session 3, participants will be able to:\r\n\r\nDescribe what makes training effective.\r\nDescribe what makes a trainer effective.\r\nIdentify strategies that facilitate active, interactive, and collaborative learning.\r\nList factors of motivation and demotivation.\r\nEvaluate what instructors can do to motivate and avoid demotivating learners.\r\n\r\n\r\nBy the end of Session 4, participants will be able to\r\n\r\nDescribe the differences between formative and summative assessment\r\nExplain why frequent feedback is important\r\nList and describe a few techniques for formative feedback","hoursPresentations":12,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":null,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/607/?format=json"]},{"id":309,"name":"EBAII A&A - Ecole EBAII Assemblage & Annotation / Assembly & Annotation EBAII school","shortName":"EBAII Assemblage & Annotation / Assembly & Annotation EBAii school","description":"Objectifs\r\nLa formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS), pour l'assemblage et l'annotation de novo de génomes. Cette édition de l’école aborde les nouveaux enjeux technologiques: elle s’articulera autour des différentes étapes qui mèneront à l’obtention d’un génome annoté à partir de données “long reads” et “hybride” : contrôle qualité des données, assemblage, scaffolding, polishing, annotation structurale et fonctionnelle (en session parallèle pour les procaryotes et les eucaryotes). \r\nL’école vise à introduire les concepts, à manipuler les outils informatiques et à en interpréter les résultats. Elle est basée sur une alternance de courtes sessions théoriques et d’ateliers pratiques. Les participants bénéficieront d’un tutorat personnalisé pour élaborer leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur équipe.\r\nAttention : le tutorat n'a pas pour vocation de réaliser l’analyse complète des données des participants.\r\nPublic visé\r\nCette formation est destinée aux biologistes (ingénieurs, doctorants, chercheurs, enseignants-chercheurs, praticiens…) confrontés à l’analyse de données NGS, et qui ne disposent pas des compétences bioinformatiques suffisantes.","homepage":"https://www.france-bioinformatique.fr/formation/ebaii2022_genomique/","is_draft":false,"costs":[],"topics":[],"keywords":[],"prerequisites":[],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":40,"contacts":[],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[],"organisedByTeams":[],"logo_url":"https://cvt.aviesan.fr/wp-content/themes/cvtaviesan/images/logo_cvt.png","updated_at":"2024-12-05T09:11:55.721141Z","audienceTypes":[],"audienceRoles":[],"difficultyLevel":"Novice","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit\r\nAssemblage et annotation de novo de génomes\r\nL’école vise à introduire les concepts, à manipuler les outils informatiques et à en interpréter les résultats. Elle est basée sur une alternance de courtes sessions théoriques et d’ateliers pratiques. Les participants bénéficieront d’un tutorat personnalisé pour élaborer leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur équipe.","hoursPresentations":null,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":null,"personalised":true,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/463/?format=json"]},{"id":399,"name":"Interactive Online Companionship - R formation 2026","shortName":"IOC - R","description":"Introduction R for data science (November 2025 to January 2026) – 10 sessions of 3 hours – €800\r\n\r\nThis course covers the basics of R, data organization and filtering, basic statistics, and creation of publication-ready graphics. The goal is to make you self-sufficient in using R for your own analyses.\r\n\r\n\r\nKey Highlights:\r\n\r\nSmall group sessions for interactive and personalized learning.\r\nHybrid mode with 3 in-person sessions and 7 remote sessions.\r\nHands-on practice with an individualized project presented at the end of each training course.\r\nTailored feedback on your own data.\r\nLimited spots available, registration is now open.","homepage":"https://inforbio.github.io/ioc_r_scrnaseq.html","is_draft":false,"costs":["Priced"],"topics":[],"keywords":[],"prerequisites":["none"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":16,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/809/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[{"id":18,"name":"IBiSA","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/IBiSA/?format=json"},{"id":19,"name":"Sorbonne Université","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Sorbonne%20Universit%C3%A9/?format=json"}],"organisedByOrganisations":[],"organisedByTeams":[],"logo_url":"https://github.com/InforBio/InforBio.github.io/blob/main/images/logoInforBio_fond_blanc.png?raw=true","updated_at":"2025-09-11T14:23:22.054252Z","audienceTypes":[],"audienceRoles":[],"difficultyLevel":"Novice","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":30,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":null,"personalised":null,"event_set":[]},{"id":284,"name":"Analyse primaire de données issues de séquenceurs nouvelle génération sous Galaxy","shortName":"Analyse de données NGS sous Galaxy","description":"Objectifs pédagogiques\r\nConnaître les concepts et méthodes bioinformatiques utilisés pour l’analyse primaire de données issues de séquenceurs nouvelle génération (NGS). Savoir effectuer un alignement sur un génome de référence, un assemblage de novo d’un génome bactérien\r\n\r\nProgramme\r\nThéorie\r\n* Présentation des différents types de technologies de séquençage (lectures longues et courtes)\r\n\r\nPratique : Analyse des données de séquençage d’un génome bactérien\r\n* Contrôle qualité\r\n* Assemblage de-novo\r\n* Nettoyage des données\r\n* Assemblage\r\n* Visualisation et statistiques sur l’assemblage\r\n* Alignement de lectures sur un génome de référence et visualisation\r\nTous les TPs seront réalisés sous l’environnement d’exécution de traitements Galaxy.","homepage":"https://documents.migale.inrae.fr/trainings.html","is_draft":false,"costs":["Priced"],"topics":["http://edamontology.org/topic_0092","http://edamontology.org/topic_0196","http://edamontology.org/topic_3168","http://edamontology.org/topic_0102"],"keywords":["Galaxy","NGS"],"prerequisites":["Galaxy - Basic usage"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":10,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/769/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":82,"name":"INRAE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=json"},{"id":88,"name":"BioinfOmics","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":10,"name":"MIGALE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MIGALE/?format=json"}],"logo_url":"https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png","updated_at":"2024-01-18T13:51:11.796060Z","audienceTypes":["Professional (continued)"],"audienceRoles":["All"],"difficultyLevel":"Novice","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"Connaître les concepts et méthodes bioinformatiques utilisés pour l’analyse primaire de données issues de séquenceurs nouvelle génération (NGS). Savoir effectuer un alignement sur un génome de référence, un assemblage de novo d’un génome bactérien","hoursPresentations":3,"hoursHandsOn":3,"hoursTotal":6,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/582/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/789/?format=json"]},{"id":287,"name":"Introduction to Oxford Nanopore Technology data analyses","shortName":"Introduction to ONT data analyses","description":"This course offers an introduction to ONT data analysis. It includes 5 issues: basecalling, reads quality control, assemblies and polishing/correction, contig quality and structural variants detection.","homepage":"https://southgreenplatform.github.io/trainings//ont/","is_draft":false,"costs":["Free"],"topics":["http://edamontology.org/topic_3673","http://edamontology.org/topic_0196","http://edamontology.org/topic_3168"],"keywords":[],"prerequisites":["Linux and knowledge of NGS formats"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":15,"contacts":[],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[],"organisedByTeams":[{"id":24,"name":"South Green","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/South%20Green/?format=json"}],"logo_url":"https://southgreenplatform.github.io/trainings//images/southgreenlong.png","updated_at":"2023-01-24T10:21:58.467251Z","audienceTypes":["Professional (initial)"],"audienceRoles":["Life scientists","Biologists"],"difficultyLevel":"Novice","trainingMaterials":[{"id":1,"name":"SG-ONT-slides","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/trainingmaterial/SG-ONT-slides/?format=json"}],"learningOutcomes":"* Understanding limits and advantages of ONT technology\r\n* Manipulating ONT data on a virtual machine on jupyter environment\r\n* Handling mapping, assembly, polishing tools and be able to analyse your own data\r\n* Detecting structural variations using long reads","hoursPresentations":6,"hoursHandsOn":6,"hoursTotal":12,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/441/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/450/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/562/?format=json"]},{"id":278,"name":"Linux - Initiation / Linux for Beginners","shortName":"Linux Init","description":"Objectifs :\r\n- Être capable de se connecter à une machine Linux\r\n- Être capable de transférer des fichiers à partir de/vers une machine Linux\r\n- Être capable de naviguer dans le système de fichiers\r\n- Être capable d’examiner le contenu d’un fichier et de gérer l’espace disque\r\n- Être capable de gérer les droits d’accès aux répertoires et aux fichiers.\r\n- Être capable de gérer le lancement, l’interruption et l’arrêt de processus","homepage":"https://abims.sb-roscoff.fr/module/linux_init","is_draft":false,"costs":["Free"],"topics":["http://edamontology.org/topic_3316"],"keywords":["Linux","Operating systems"],"prerequisites":[],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":16,"contacts":[],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":65,"name":"SBR - Roscoff Marine Station","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/SBR%20-%20Roscoff%20Marine%20Station/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":4,"name":"ABiMS","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ABiMS/?format=json"}],"logo_url":"https://abims.sb-roscoff.fr/sites/default/files/abims.png","updated_at":"2026-02-03T16:15:38.740564Z","audienceTypes":["Graduate","Professional (initial)","Professional (continued)"],"audienceRoles":["All"],"difficultyLevel":"Novice","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":null,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":null,"personalised":false,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/712/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/623/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/424/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/499/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/520/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/770/?format=json"]},{"id":415,"name":"Interactive Online Companionship - R formation 2027","shortName":"IOC - R","description":"Introduction to R for data analysis (October to December 2026) – 10 Zoom sessions of 3 hours – €800\r\n\r\nThis course covers the basics of R, data organization and filtering, basic statistics, and creation of publication-ready graphics. The goal is to make you self-sufficient in using R for your own analyses.\r\n\r\n\r\nKey Highlights:\r\n\r\n\r\nSmall group sessions for interactive and personalized learning.\r\nHands-on practice with an individualized project presented at the end of each training course.\r\nTailored feedback on your own data.\r\nLimited spots available, registration is now open.","homepage":"https://inforbio.github.io/content/ioc_r_scrnaseq.html","is_draft":false,"costs":["Priced"],"topics":[],"keywords":[],"prerequisites":["none"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":16,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/809/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[{"id":18,"name":"IBiSA","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/IBiSA/?format=json"},{"id":19,"name":"Sorbonne Université","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Sorbonne%20Universit%C3%A9/?format=json"}],"organisedByOrganisations":[],"organisedByTeams":[],"logo_url":"https://github.com/InforBio/InforBio.github.io/blob/main/images/logoInforBio_fond_blanc.png?raw=true","updated_at":"2026-07-10T10:29:07.689380Z","audienceTypes":[],"audienceRoles":[],"difficultyLevel":"Novice","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":30,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":null,"personalised":null,"event_set":[]}]}