{"count":391,"next":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/training/?format=json&limit=20&offset=320&ordering=-openTo","previous":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/training/?format=json&limit=20&offset=280&ordering=-openTo","results":[{"id":287,"name":"Introduction to Oxford Nanopore Technology data analyses","shortName":"Introduction to ONT data analyses","description":"This course offers an introduction to ONT data analysis. It includes 5 issues: basecalling, reads quality control, assemblies and polishing/correction, contig quality and structural variants detection.","homepage":"https://southgreenplatform.github.io/trainings//ont/","is_draft":false,"costs":["Free"],"topics":["http://edamontology.org/topic_3673","http://edamontology.org/topic_3168","http://edamontology.org/topic_0196"],"keywords":[],"prerequisites":["Linux and knowledge of NGS formats"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":15,"contacts":[],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[],"organisedByTeams":[{"id":24,"name":"South Green","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/South%20Green/?format=json"}],"logo_url":"https://southgreenplatform.github.io/trainings//images/southgreenlong.png","updated_at":"2023-01-24T10:21:58.467251Z","audienceTypes":["Professional (initial)"],"audienceRoles":["Life scientists","Biologists"],"difficultyLevel":"Novice","trainingMaterials":[{"id":1,"name":"SG-ONT-slides","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/trainingmaterial/SG-ONT-slides/?format=json"}],"learningOutcomes":"* Understanding limits and advantages of ONT technology\r\n* Manipulating ONT data on a virtual machine on jupyter environment\r\n* Handling mapping, assembly, polishing tools and be able to analyse your own data\r\n* Detecting structural variations using long reads","hoursPresentations":6,"hoursHandsOn":6,"hoursTotal":12,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/441/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/450/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/562/?format=json"]},{"id":278,"name":"Linux - Initiation / Linux for Beginners","shortName":"Linux Init","description":"Objectifs :\r\n- Être capable de se connecter à une machine Linux\r\n- Être capable de transférer des fichiers à partir de/vers une machine Linux\r\n- Être capable de naviguer dans le système de fichiers\r\n- Être capable d’examiner le contenu d’un fichier et de gérer l’espace disque\r\n- Être capable de gérer les droits d’accès aux répertoires et aux fichiers.\r\n- Être capable de gérer le lancement, l’interruption et l’arrêt de processus","homepage":"https://abims.sb-roscoff.fr/module/linux_init","is_draft":false,"costs":["Free"],"topics":["http://edamontology.org/topic_3316"],"keywords":["Linux","Operating systems"],"prerequisites":[],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":16,"contacts":[],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":65,"name":"SBR - Roscoff Marine Station","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/SBR%20-%20Roscoff%20Marine%20Station/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":4,"name":"ABiMS","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ABiMS/?format=json"}],"logo_url":"https://abims.sb-roscoff.fr/sites/default/files/abims.png","updated_at":"2026-02-03T16:15:38.740564Z","audienceTypes":["Graduate","Professional (initial)","Professional (continued)"],"audienceRoles":["All"],"difficultyLevel":"Novice","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":null,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":null,"personalised":false,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/712/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/623/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/424/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/499/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/520/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/770/?format=json"]},{"id":286,"name":"Utilisation du cluster - SLURM / Cluster usage - SLURM","shortName":"Cluster SLURM","description":"Objectifs\r\n- Disposer des concepts et de bonnes pratiques d’utilisation des ressources de calcul.\r\n- Être capable d’utiliser les ressources de calcul de la plateforme en toute autonomie.\r\nProgramme\r\n- Introduction : les équipements (calcul et stockage), espaces de travail, les outils et les données.\r\n- Calcul parallèle : concepts, ressources\r\n- Soumission de jobs (srun, sbatch)\r\n- Monitorer, vérifier, controler les jobs (squeue, scontrol, scancel, sacct).\r\n- Base de l’optimisation d’un job\r\n- Solutions de parallélisation des jobs : (--array)","homepage":"https://abims.sb-roscoff.fr/module/cluster_slurm","is_draft":false,"costs":["Free"],"topics":["http://edamontology.org/topic_3316"],"keywords":[],"prerequisites":["Linux - Basic Knowledge"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"Preregistration required using: https://abims.sb-roscoff.fr/ateliers/preinscription","maxParticipants":18,"contacts":[],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":65,"name":"SBR - Roscoff Marine Station","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/SBR%20-%20Roscoff%20Marine%20Station/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":4,"name":"ABiMS","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ABiMS/?format=json"}],"logo_url":"https://abims.sb-roscoff.fr/sites/default/files/abims.png","updated_at":"2026-02-03T16:16:28.077539Z","audienceTypes":["Graduate","Professional (initial)","Professional (continued)"],"audienceRoles":["All"],"difficultyLevel":"Intermediate","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":null,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":null,"personalised":false,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/625/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/714/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/498/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/522/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/440/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/763/?format=json"]},{"id":380,"name":"INTRODUCTION TO PYTHON","shortName":"Python","description":"The Toulouse Genotoul bioinformatics platform, organizes a 2 days long training course for non computer scientist and biologists aiming at learning the foundation of Python programming. In this training you will learn the basics of programming (variables, functions, control structures such as “if” condition, “for” loop”), writing simple programs which read files, and write results to others. The training course does not require any knowledge in programming, but basic Linux/bash commands are required (cd, ls).\r\n\r\nThis training focuses on practice. It consists of modules with a large variety of exercises described hereunder (PROVISIONAL SCHEDULE):\r\n\r\nUsing a Jupyter notebook (Day 1).\r\nUsing variables (Day 1).\r\nBasic operations and functions (Day 1).\r\nReading a file, writing to a file (Day 1).\r\nCharacter string manipulation (Day 1).\r\nLists and dictionaries (Day 2).\r\nThe if and for controls (Day 2).\r\nBases of algorithms (Day 2).","homepage":"https://bioinfo.genotoul.fr/index.php/events/python/","is_draft":false,"costs":[],"topics":["http://edamontology.org/topic_3307"],"keywords":["Python Language"],"prerequisites":["Linux/Unix"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":12,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/642/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":15,"name":"MIAT","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/MIAT/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":22,"name":"Genotoul-bioinfo","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Genotoul-bioinfo/?format=json"}],"logo_url":"http://bioinfo.genotoul.fr/wp-content/uploads/bioinfo_logo-rvb-petit.png","updated_at":"2025-12-01T11:55:51.057828Z","audienceTypes":["Professional (continued)"],"audienceRoles":["Life scientists"],"difficultyLevel":"Novice","trainingMaterials":[{"id":142,"name":"Introduction to python - Genotoul-bioinfo","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/trainingmaterial/Introduction%20to%20python%20-%20Genotoul-bioinfo/?format=json"}],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":5,"hoursHandsOn":9,"hoursTotal":14,"personalised":false,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/635/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/757/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/718/?format=json"]},{"id":360,"name":"Modélisation in silico de structures 3D de protéines. Prédiction de mutations, de fixation de ligands","shortName":"Modélisation de structures 3D de protéines","description":"Objectifs pédagogiques\r\nA l’issue de la formation, les stagiaires connaîtront les principales fonctionnalités du logiciel PyMOL. Ils seront capables de les appliquer pour visualiser leur système biologique d’intérêt, et d’effectuer des commandes basiques d’identification de poches catalytiques, de profilage de surface électrostatique, et de mutations d’acides aminés.\r\n\r\nAussi, ils connaîtront les bases et les outils de bioinformatique structurale et seront autonomes pour effectuer des modèles de protéines par prédiction (Alphafold2), calculer les meilleures poses de fixation de leur(s) ligand(s) (Autodock4) et reconstruire l’éventuel assemblage biologique.\r\n\r\nBonus : Ils s’approprieront ces outils avec une demi-journée dédiée à la modélisation de leur système d’étude : protéines, interactions protéines/ADN, arrimage de ligand, etc.\r\n\r\nProgramme\r\nVisualiser :\r\n* Maîtriser les bases de la visualisation des protéines en 3D avec PyMOL.\r\nComprendre :\r\n* Analyser des structures 3D de protéines (RX ou RMN).\r\n* Identifier des homologues avec HHpred.\r\n* Modéliser par prédiction sa protéine d’intérêt avec Alphafold2.\r\nPrédire :\r\n* Savoir calculer des meilleures poses de ligands avec Autodock.\r\n* Prédir et modéliser les mutations in silico.\r\n\r\n- Points forts et limites des différents outils\r\n- ️“hand- on tutorials”\r\n- Plus une session dédiée : «bring your own protein»","homepage":"https://documents.migale.inrae.fr/trainings.html","is_draft":false,"costs":["Priced"],"topics":["http://edamontology.org/topic_1317"],"keywords":["Protein structures","2D/3D","Protein/protein interaction modelisation"],"prerequisites":[],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":10,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/769/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":82,"name":"INRAE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=json"},{"id":88,"name":"BioinfOmics","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=json"}],"organisedByTeams":[],"logo_url":"https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png","updated_at":"2024-01-18T14:36:41.185563Z","audienceTypes":["Professional (initial)"],"audienceRoles":["Biologists","Bioinformaticians"],"difficultyLevel":"Novice","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"A l’issue de la formation, les stagiaires connaîtront les principales fonctionnalités du logiciel PyMOL. Ils seront capables de les appliquer pour visualiser leur système biologique d’intérêt, et d’effectuer des commandes basiques d’identification de poches catalytiques, de profilage de surface électrostatique, et de mutations d’acides aminés.\r\n\r\nAussi, ils connaîtront les bases et les outils de bioinformatique structurale et seront autonomes pour effectuer des modèles de protéines par prédiction (Alphafold2), calculer les meilleures poses de fixation de leur(s) ligand(s) (Autodock4) et reconstruire l’éventuel assemblage biologique.\r\n\r\nBonus : Ils s’approprieront ces outils avec une demi-journée dédiée à la modélisation de leur système d’étude : protéines, interactions protéines/ADN, arrimage de ligand, etc.","hoursPresentations":4,"hoursHandsOn":8,"hoursTotal":12,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/585/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/699/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/783/?format=json"]},{"id":363,"name":"Introduction au text-mining avec AlvisNLP","shortName":"Introduction to text-mining with AlvisNLP","description":"Objectifs pédagogiques\r\nCette formation est dédiée à l’analyse de données textuelles (text-mining). L’objectif est l’acquisition des principales techniques pour la Reconnaissance d’Entités Nommées (REN) à partir de textes. Les entités nommées étudiées dans cette formation sont des objets ou concepts d’intérêts mentionnés dans les articles scientifiques ou les champs en texte libre (taxons, gènes, protéines, marques, etc.).\r\n\r\nLes participants vont acquérir les compétences pratiques nécessaires pour effectuer de façon autonome une première approche pour une application de text-mining. Le format est celui de Travaux Pratiques utilisant AlvisNLP, un outil pour la création de pipelines en text-mining développé par l’équipe Bibliome de l’unité MaIAGE. La formation s’adresse à des chercheurs et ingénieurs en (bio)-informatique ou en maths-info-stats appliquées\r\n\r\nProgramme\r\n* Présentation du text-mining et de la Reconnaissance des Entités Nommées (REN)\r\n* Travaux Pratiques sur des techniques de REN en utilisant AlvisNLP\r\n* Projection de lexiques\r\n* Application de patrons\r\n* Apprentissage automatique","homepage":"https://documents.migale.inrae.fr/trainings.html","is_draft":false,"costs":["Priced"],"topics":["http://edamontology.org/topic_3474","http://edamontology.org/topic_0605"],"keywords":["Text mining"],"prerequisites":["Linux - Basic Knowledge"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":10,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/769/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":82,"name":"INRAE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=json"},{"id":88,"name":"BioinfOmics","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":10,"name":"MIGALE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MIGALE/?format=json"}],"logo_url":"https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png","updated_at":"2024-01-18T14:56:19.822106Z","audienceTypes":["Professional (continued)"],"audienceRoles":["Life scientists","Biologists","Bioinformaticians"],"difficultyLevel":"Novice","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"Cette formation est dédiée à l’analyse de données textuelles (text-mining). L’objectif est l’acquisition des principales techniques pour la Reconnaissance d’Entités Nommées (REN) à partir de textes. Les entités nommées étudiées dans cette formation sont des objets ou concepts d’intérêts mentionnés dans les articles scientifiques ou les champs en texte libre (taxons, gènes, protéines, marques, etc.).\r\n\r\nLes participants vont acquérir les compétences pratiques nécessaires pour effectuer de façon autonome une première approche pour une application de text-mining. Le format est celui de Travaux Pratiques utilisant AlvisNLP, un outil pour la création de pipelines en text-mining développé par l’équipe Bibliome de l’unité MaIAGE. La formation s’adresse à des chercheurs et ingénieurs en (bio)-informatique ou en maths-info-stats appliquées","hoursPresentations":5,"hoursHandsOn":7,"hoursTotal":12,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/588/?format=json"]},{"id":305,"name":"Initiation à Git / Git Initiation","shortName":"Git Initiation","description":"Objectifs\r\n- Savoir définir ce qu’est un outil de gestion de version\r\n- Être capable d’initialiser un entrepôt Git pour un projet\r\n- Être capable de définir quels fichiers inclure/exclure d’un projet\r\n- Savoir enregistrer localement une nouvelle version pour un projet\r\n- Savoir partager des modifications locales avec tous les contributeurs d’un projet\r\n- Savoir gérer des modifications en parallèle en utilisant les branches.\r\n- Connaître les bonnes pratiques pour contribuer à projet tiers\r\nProgramme :\r\n- Présentation des avantages de la gestion de versions (projets individuels & projets collaboratifs)\r\n- Présentation des principes de fonctionnement de Git\r\n- Présentation et mise en œuvre des commandes principales de Git (clone, checkout, add, rm, commit, merge,\r\npush, pull) ; en ligne de commande ou en utilisant une interface graphique (GitHub et GitLab)","homepage":"https://abims.sb-roscoff.fr/training/courses","is_draft":false,"costs":["Free"],"topics":["http://edamontology.org/topic_3372"],"keywords":[],"prerequisites":[],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":18,"contacts":[],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[],"organisedByTeams":[{"id":4,"name":"ABiMS","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ABiMS/?format=json"}],"logo_url":"https://abims.sb-roscoff.fr/sites/abims.sb-roscoff.fr/files/logos/abims/abims.png","updated_at":"2026-02-05T08:15:52.976286Z","audienceTypes":["Graduate","Professional (initial)","Professional (continued)"],"audienceRoles":["All"],"difficultyLevel":"Novice","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":1,"hoursHandsOn":3,"hoursTotal":4,"personalised":false,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/458/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/496/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/524/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/626/?format=json"]},{"id":386,"name":"Interactive Online Companionship - R formation","shortName":"IOC - R","description":"InforBio offers online bioinformatics training tailored to the needs of research labs, with small group sessions to ensure personalized learning. Our program is designed to help you acquire key skills for independent data analysis.\r\n\r\nWe offer a comprehensive 6-month program, including a post-training feedback session to support practical application.\r\n\r\nTraining Program\r\nR Training (January to March 2025) – 10 sessions of 2.5 hours – €800 for academics\r\nThis course covers the basics of R: data organization and filtering, basic statistical analyses, and creating publication-ready graphics. The goal is to make you self-sufficient in using R for your own analyses.\r\n\r\n\r\nKey Highlights:\r\nSmall group sessions for interactive and personalized learning.\r\nTailored feedback on your own data to reinforce the learning process.\r\nLimited spots available, registration is now open.","homepage":"https://inforbio.github.io/ioc_r_scrnaseq.html","is_draft":false,"costs":["Priced"],"topics":[],"keywords":[],"prerequisites":["none"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":16,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/809/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[{"id":18,"name":"IBiSA","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/IBiSA/?format=json"},{"id":19,"name":"Sorbonne Université","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Sorbonne%20Universit%C3%A9/?format=json"}],"organisedByOrganisations":[],"organisedByTeams":[],"logo_url":"https://github.com/InforBio/InforBio.github.io/blob/main/images/logoInforBio_fond_blanc.png?raw=true","updated_at":"2024-12-10T08:59:06.862553Z","audienceTypes":[],"audienceRoles":[],"difficultyLevel":"Novice","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":25,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":null,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/663/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/730/?format=json"]},{"id":357,"name":"Manipulation de données avec R, introduction à tidyverse","shortName":"Introduction à tidyverse","description":"Objectifs pédagogiques\r\nA l’issue de la formation, les stagiaires seront capables de :\r\n* utiliser les principales fonctions des packages dplyr et tidyr de l’écosystème du « tidyverse »\r\n* lire les données et les ranger dans un format « tidy »\r\n* manipuler les données : filtrer, sélectionner, trier, produire des résultats par groupe, fusionner plusieurs tables\r\n* mettre en forme et pivoter les tables de données\r\n\r\nProgramme\r\n* Principes du tidyverse\r\n* Principales fonctions de manipulation de données du package dplyr : ajouter de nouvelles variables, sélectionner des colonnes, filtrer des lignes, trier, grouper, fusionner des tables\r\n* Enchaînements des opérations à l’aide de « pipe »\r\n* Mise en forme, jointure et pivot de données avec le package tidyr\r\n* Mise en application sur un exemple d’analyse de données de transcriptomique.","homepage":"https://documents.migale.inrae.fr/trainings.html","is_draft":false,"costs":["Priced"],"topics":["http://edamontology.org/topic_0605"],"keywords":["R Language","Tidyverse"],"prerequisites":["Basic knowledge of R"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":10,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/769/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":82,"name":"INRAE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=json"},{"id":88,"name":"BioinfOmics","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":10,"name":"MIGALE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MIGALE/?format=json"}],"logo_url":"https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png","updated_at":"2024-01-18T13:15:41.633863Z","audienceTypes":[],"audienceRoles":[],"difficultyLevel":"Intermediate","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"A l’issue de la formation, les stagiaires seront capables de :\r\n\r\nutiliser les principales fonctions des packages dplyr et tidyr de l’écosystème du « tidyverse »\r\nlire les données et les ranger dans un format « tidy »\r\nmanipuler les données : filtrer, sélectionner, trier, produire des résultats par groupe, fusionner plusieurs tables\r\nmettre en forme et pivoter les tables de données","hoursPresentations":2,"hoursHandsOn":10,"hoursTotal":12,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/700/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/579/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/782/?format=json"]},{"id":299,"name":"Initiation à Galaxy / Galaxy Initiation","shortName":"Galaxy Initiation","description":"Objectifs\r\n- Savoir exploiter l’environnement Galaxy pour être en mesure d’analyser ses données.\r\n- Être en mesure de créer ses workflows.\r\nProgramme\r\n- Téléchargement des données à traiter.\r\n- Manipulation de fichiers.\r\n- Traitement des données.\r\n- Visualisation des résultats.\r\n- Création de workflows.\r\n- Partage de résultats et de workflows.","homepage":"https://abims.sb-roscoff.fr/module/galaxy_init","is_draft":false,"costs":["Free"],"topics":["http://edamontology.org/topic_0769"],"keywords":[],"prerequisites":[],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":18,"contacts":[],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[],"organisedByTeams":[{"id":4,"name":"ABiMS","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ABiMS/?format=json"}],"logo_url":"https://abims.sb-roscoff.fr/sites/default/files/abims.png","updated_at":"2026-02-03T16:16:46.320073Z","audienceTypes":["Graduate","Professional (initial)","Professional (continued)"],"audienceRoles":["All"],"difficultyLevel":"Novice","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":4,"hoursHandsOn":3,"hoursTotal":7,"personalised":false,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/620/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/711/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/446/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/500/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/519/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/761/?format=json"]},{"id":275,"name":"Single-Cell : Transcriptomics, Spatial and Long reads","shortName":"SincellTE","description":"This workshop focuses on the large-scale study of heterogeneity across individual cells from a genomic, transcriptomic and epigenomic point of view. New technological developments enable the characterization of molecular information at a single cell resolution for large numbers of cells. The high dimensional omics data that these technologies produce raise novel methodological challenges for the analysis. In this regard, dedicated bioinformatics and statistical methods have been developed in order to extract robust information.\r\n\r\nThe workshop aims to provide such methods for engineers and researchers directly involved in functional genomics projects making use of single-cell technologies. A wide range of single cell topics will be covered in lectures, demonstrations and practical classes. Among others, the areas and issues to be addressed will include the choice of the most appropriate single-cell sequencing technology, the experimental design and the bioinformatics and statistical methods and pipelines. For this edition, new courses/practicals will focus on spatial transcriptomics, cell phenotyping and additional multi-omics.\r\n\r\nA wide range of single cell topics will be covered in lectures, demonstrations and practical classes. Among others, the areas and issues to be addressed will include the choice of the most appropriate single-cell sequencing technology, the experimental design and the bioinformatics and statistical methods and pipelines. For this edition, new courses/practicals will focus on spatial transcriptomics, cell phenotyping and additional multi-omics.\r\n\r\nRequirements : Participants must have prior experience on NGS data analysis  with everyday use of R and good knowledge of Unix command line. Before the training, participants will be asked to familiarize themselves with the processing and primary analyses steps of scRNA-seq datasets with provided pedagogic material.\r\n\r\nIt is not necessary to have personal single-cell data to analyse.","homepage":"","is_draft":false,"costs":["Priced"],"topics":[],"keywords":[],"prerequisites":["Master","Autre (Diplôme universitaire, école d'ingénieur ...)"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"Participants must have prior experience on NGS data analysis with everyday use of R and/or Python and good knowledge of Unix command line. Before the training, participants are advised to familiarize themselves with the processing and primary analyses steps of scRNA-seq datasets. \r\nIt is not necessary to have personal single-cell data to analyse.","maxParticipants":30,"contacts":[],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":4,"name":"IFB - ELIXIR-FR","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB%20-%20ELIXIR-FR/?format=json"}],"organisedByTeams":[],"logo_url":"https://ressources.france-bioinformatique.fr/sites/default/files/sincellTE_logo_0_2.png","updated_at":"2024-03-20T09:31:42.144175Z","audienceTypes":[],"audienceRoles":["Researchers","Life scientists","Biologists","Bioinformaticians"],"difficultyLevel":"Intermediate","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":null,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":null,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/199/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/405/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/422/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/177/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/606/?format=json"]},{"id":310,"name":"Diplôme Universitaire en Bioinformatique Intégrative / University Diploma in Integrative Bioinformatics","shortName":"DUBii","description":"La bioinformatique est devenue une compétence incontournable pour l'analyse de données de natures diverses : génomes, transcriptomes, protéomes, métabolomes, structures macromoléculaires, réseaux d'interactions. L'appropriation par les biologistes des méthodes et des outils de biostatistique et bioinformatique intégrative est un enjeu majeur pour la montée en compétence des équipes de recherche et des plateformes de service.\r\n\r\nL'université de Paris propose en partenariat avec l'Institut Français de Bioinformatique (IFB) la troisième édition du Diplôme Universitaire en Bioinformatique intégrative (DUBii). Cette formation s’adresse en priorité à des biologistes ou à des médecins souhaitant évoluer en compétences ou envisager une reconversion professionnelle et ayant déjà acquis des compétences (formation courte, autoapprentissage, expérience de terrain) en informatique ou bioinformatique / biostatistique (environnement Unix, Python ou R ou autre langage de programmation). \r\n\r\nLe DUBii fournira une formation théorique et pratique, complétée par une période d'immersion de 20 jours sur l'une des plateformes régionales de l'IFB, qui mobilisera, dans le cadre d'un projet tutoré, l'ensemble des méthodes et outils appris durant les cours pour réaliser un projet personnel de bioinformatique intégrative. Ce projet combinera des données propres à chaque participant produites dans son laboratoire (principe BYOD : “Bring Your Own Data”) ou collectées à partir de bases de données publiques. \r\n\r\n Cette formation se déroulera pendant 8 semaines réparties entre :\r\nLes cours : 4 semaines à raison de 4 jours/semaine en présentiel (96h)\r\nLe projet tutoré : 20 jours sur l'une des plateformes bioinformatique de l'IFB","homepage":"https://odf.u-paris.fr/fr/offre-de-formation/diplome-d-universite-1/sciences-technologies-sante-STS/du-bioinformatique-integrative-dubii-DUSBIIN_118.html#programContent26c9751a-f434-491d-abe2-1151370851dc-1","is_draft":false,"costs":[],"topics":[],"keywords":[],"prerequisites":[],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":20,"contacts":[],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[],"organisedByTeams":[],"logo_url":"","updated_at":"2022-09-15T12:11:46.140196Z","audienceTypes":[],"audienceRoles":[],"difficultyLevel":"Advanced","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":null,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":null,"personalised":true,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/466/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/414/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/400/?format=json"]},{"id":321,"name":"Genopole Autumn School","shortName":"","description":"Cette formation est dédiée aux chercheurs, ingénieurs et doctorants et dispensée en anglais par des experts internationaux de la génomique.\r\nLes points forts de la formation :\r\n\r\n    Des sessions de formation pratiques aux outils d’analyse génomique\r\n    Des experts des grands centres nationaux et internationaux (Université d’Evry – Paris-Saclay, Inrae, CEA, CNRS, Université du Luxembourg, EMBL-EBI)\r\n    Format résidentiel tout inclus dans un cadre accueillant et propice au networking\r\n    Effectif limité à 15 participants pour une qualité optimale des sessions pratiques\r\n    Formation éligible à la prise en charge employeurs ou 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“FAIR” (Facile à trouver, Accessible, Interopérable, Réutilisable) et leur application dans les projets d’analyse et de développement.\r\nDes présentations théoriques suivies d’utilisations pratiques de plusieurs outils permettant d’améliorer la reproductibilité des analyses seront proposées.","homepage":"https://ifb-elixirfr.gitlab.io/training/fair-bioinfo/sessions/2026-05-fair-bioinfo-grand-ouest/","is_draft":false,"costs":[],"topics":["http://edamontology.org/topic_0091"],"keywords":["FAIR","Bioinformatics"],"prerequisites":[],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":null,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/134/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/202/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/106/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/362/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/529/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/596/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/54/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[],"organisedByTeams":[{"id":16,"name":"BiRD","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/BiRD/?format=json"},{"id":17,"name":"GenOuest","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/GenOuest/?format=json"},{"id":4,"name":"ABiMS","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ABiMS/?format=json"}],"logo_url":"https://www.biogenouest.org/","updated_at":"2026-03-27T10:11:14.654535Z","audienceTypes":[],"audienceRoles":[],"difficultyLevel":"","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":null,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":null,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/797/?format=json"]},{"id":307,"name":"Initiation à R / R Initiation","shortName":"R - Init","description":"Objectifs\r\n- Pour une personne qui découvre R : savoir utiliser R de manière autonome et comprendre les principes de\r\nbase\r\n- Être capable de suivre le module Manipulation et visualisation de données avec R\r\n\r\nProgramme\r\n- Introduction à l'IDE Rstudio\r\n- Créer un projet et un script\r\n- Manipulation de données de base\r\n- Structures de données : qu'est-ce qu'une variable, un type, un objet ?\r\n- Utiliser des fonctions de packages externes","homepage":"https://abims.sb-roscoff.fr/module/r_init","is_draft":false,"costs":["Free"],"topics":["http://edamontology.org/topic_2269"],"keywords":[],"prerequisites":[],"openTo":"Everyone","accessConditions":"Preregistration required using: 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(continued)"],"audienceRoles":["All"],"difficultyLevel":"Novice","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":1,"hoursHandsOn":3,"hoursTotal":4,"personalised":false,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/618/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/715/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/517/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/480/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/774/?format=json"]},{"id":381,"name":"HOW TO RUN A NF-CORE NEXTFLOW WORKFLOW ON GENOTOUL ?","shortName":"Nextflow/nf-core","description":"This training session is organized by the Genotoul bioinfo platform and aims at learning nf-core workflow submission, error understanding, resuming jobs and ressource reservation. We will present and practice:\r\n\r\nthe Nextflow software\r\nthe nf-core community and pipelines\r\nWhat is a singularity image ?\r\nWhere are installed the nf-core workflows ? Which version do I use ?\r\nHow to run a workflow and which config file is used ?\r\nWhich kind of error I can get ?\r\nHow to resume failed jobs?\r\nHow to handle genome indexes ?\r\nHow to monitor my process and then well configure my workflow ?\r\nHow do you best adjust CPU and RAM reservations?\r\nThis is NOT a bioinformatic training on a particular workflow or a training on how to develop a workflow.\r\n\r\nThis training is focused on practice. It consists of several modules with a large variety of exercises:\r\n\r\nStart at 09:00 am\r\nEnd at 17:00 pm","homepage":"https://bioinfo.genotoul.fr/index.php/events/how-to-run-a-nf-core-nextflow-workflow-on-genotoul-2/","is_draft":false,"costs":["Non-academic: 550€ + 20% taxes (TVA)","Academic but non-INRAE: 170 € + 20% taxes (TVA)","For INRAE's staff: 150 € no VAT charged;"],"topics":["http://edamontology.org/topic_0769"],"keywords":["Nextflow"],"prerequisites":["Linux/Unix","Cluster"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":12,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/300/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":15,"name":"MIAT","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/MIAT/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":22,"name":"Genotoul-bioinfo","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Genotoul-bioinfo/?format=json"}],"logo_url":"http://bioinfo.genotoul.fr/wp-content/uploads/bioinfo_logo-rvb-petit.png","updated_at":"2025-12-01T11:57:33.124156Z","audienceTypes":["Professional (continued)"],"audienceRoles":["Life scientists"],"difficultyLevel":"Novice","trainingMaterials":[{"id":143,"name":"Workflows nf-core - Genotoul-bioinfo","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/trainingmaterial/Workflows%20nf-core%20-%20Genotoul-bioinfo/?format=json"}],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":1,"hoursHandsOn":6,"hoursTotal":7,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/755/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/636/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/722/?format=json"]},{"id":279,"name":"Annotation and analysis of prokaryotic genomes using the MicroScope platform","shortName":"MicroScope training","description":"In an effort to inform members of the research community about our annotation methods, to provide training for collaborators and other scientists who use the MicroScope platfom, and to inform scientific public on the analysis available in PkGDB (Prokaryotic Genome DataBase), we have developed a 4.5-day course in Microbial Genome Annotation and Comparative Analysis using the MaGe graphical interfaces.\r\n\r\nThis course will familiarize attendees with LABGeM’s annotation pipeline and the manual annotation software MaGe (Magnifying Genome) . No specific bioinformatics skill is required: detailed instruction on the algorithm developed in each annotation methods can be found in specific training courses on «Genomic sequences analysis». Here we focus on the general idea behind each method and, above all, the way you can interpret the corresponding results and combine them with other evidences in order to change or correct the current automatic functional annotation of a given gene, if necessary.\r\n\r\nThis course will also describe how to perform effective searches and analysis of procaryotic data using the graphical functionalities of the MaGe’s interfaces. Because of the numerous pre-computation available in our system (results of “common” annotation tools, synteny with all complete bacterial genomes, metabolic pathway reconstruction, fusion/fission events, genomic islands, …), many practical exercises allow attendees to get familiar with the use the MaGe graphical interfaces in order to efficiently explore these sets of results.","homepage":"https://labgem.genoscope.cns.fr/professional-trainings/microscope-professional-trainings/training-annotation-analysis-of-prokaryotic-genomes-using-the-microscope-platform/","is_draft":false,"costs":["Priced"],"topics":["http://edamontology.org/topic_0085","http://edamontology.org/topic_3301","http://edamontology.org/topic_0797"],"keywords":[],"prerequisites":["Licence"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"External training sessions can also be scheduled on demand, in France or abroad. 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Basic Knowledge"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"Preregistration required using: https://abims.sb-roscoff.fr/ateliers/preinscription","maxParticipants":18,"contacts":[],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":65,"name":"SBR - Roscoff Marine Station","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/SBR%20-%20Roscoff%20Marine%20Station/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":4,"name":"ABiMS","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ABiMS/?format=json"}],"logo_url":"https://abims.sb-roscoff.fr/sites/default/files/abims.png","updated_at":"2026-02-03T16:16:01.381880Z","audienceTypes":["Graduate","Professional (initial)","Professional (continued)"],"audienceRoles":[],"difficultyLevel":"Intermediate","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":3,"hoursHandsOn":4,"hoursTotal":7,"personalised":false,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/497/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/435/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/521/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/713/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/624/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/764/?format=json"]},{"id":394,"name":"Principes FAIR  & Git Initiation","shortName":"FAIR & GIT - Initiation","description":"Objectifs\r\n- Principes FAIR :\r\n    Connaître les principes FAIR\r\n    Être capable de prendre en compte les principes FAIR dans l'ensemble des étapes d'un projet impliquant la \r\n    collecte et/ou l'analyse de données\r\n- Initiation à Git :\r\n    Savoir définir ce qu’est un outil de gestion de version\r\n    Être capable d’initialiser un entrepôt Git pour un projet\r\n    Être capable de définir quels fichiers inclure/exclure d’un projet\r\n    Savoir enregistrer localement une nouvelle version pour un projet\r\n    Savoir partager des modifications locales avec tous les contributeurs d’un projet\r\n    Savoir gérer des modifications en parallèle en utilisant les branches\r\n   Connaître les bonnes pratiques pour contribuer à projet tiers\r\n\r\nProgramme : \r\n- Principes FAIR\r\n    Présentation des principes FAIR\r\n    Exemples de bonnes pratiques dans la gestion des données : description, organisation du stockage, \r\n    traitements et analyses, mise en accès\r\n- Initiation à Git\r\n    Présentation des avantages de la gestion de versions (projets individuels & projets collaboratifs)\r\n    Présentation des principes de fonctionnement de Git\r\n    Présentation et mise en œuvre des commandes principales de Git (clone, checkout, add, rm, commit, merge,\r\n    push, pull) ; en ligne de commande ou en utilisant une interface graphique (GitHub et GitLab)","homepage":"https://abims.sb-roscoff.fr/module/fair_git","is_draft":false,"costs":["Free"],"topics":[],"keywords":[],"prerequisites":["none"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"Pre-registration required.","maxParticipants":18,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/821/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":65,"name":"SBR - 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Basic usage"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":10,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/769/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":82,"name":"INRAE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=json"},{"id":88,"name":"BioinfOmics","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":10,"name":"MIGALE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MIGALE/?format=json"}],"logo_url":"https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png","updated_at":"2025-01-23T15:20:05.977558Z","audienceTypes":[],"audienceRoles":[],"difficultyLevel":"Novice","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"A l’issue de cette formation, vous serez capable, dans le cadre d’une analyse de données RNA- seq avec génome de référence et plan d’expérience simple :\r\n\r\n* de connaître le vocabulaire et les concepts bioinformatiques et biostatistiques ;\r\n* de savoir enchaîner de façon pertinente un ensemble d’outils bioinformatiques et biostatistiques dans l’environnement Galaxy ;\r\n* de comprendre le matériel et méthodes d’un article du domaine ;\r\n* d’évaluer la pertinence d’une analyse RNA-seq en identifiant les éléments clefs et comprendre les particularités liées à la nature des données.","hoursPresentations":6,"hoursHandsOn":12,"hoursTotal":18,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/583/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/779/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/690/?format=json"]}]}