{"count":393,"next":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/training/?format=json&limit=20&offset=300&ordering=-keywords","previous":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/training/?format=json&limit=20&offset=260&ordering=-keywords","results":[{"id":105,"name":"Galaxy : packages and workflow deploiement.","shortName":"","description":"","homepage":"","is_draft":false,"costs":[],"topics":[],"keywords":["Galaxy"],"prerequisites":[],"openTo":"Internal personnel","accessConditions":"","maxParticipants":null,"contacts":[],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[],"organisedByTeams":[],"logo_url":"","updated_at":"2022-06-02T11:50:50.812642Z","audienceTypes":[],"audienceRoles":[],"difficultyLevel":"","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":null,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":null,"personalised":null,"event_set":[]},{"id":33,"name":"Analyse statistique RNA-seq sous Galaxy","shortName":"","description":"\nObjectifs\n\nSe sensibiliser aux concepts et méthodes statistiques pour l'analyse de données transcriptomiques de type RNA-Seq.\nComprendre le matériel et méthodes (normalisation et tests statistiques) d'un article\ndu domaine.\nComprendre les particularités liées à la nature des données.\n\n \n \nProgramme\n\nPlanification expérimentale des expériences RNA-Seq (identification des biais, répétitions, biais contrôlables).\nNormalisation et analyse différentielle : recherche de \"régions d'intérêt\" différentiellement exprimées (modèle linéaire généralisé).\nPrise en compte de la multiplicité des tests.\nLe cours sera illustré par différents exemples et un jeu de données sera traité à l'aide du package R SARTools (basé sur les packages R DESeq2 et edgeR) dans les environnements Galaxy et RStudio.\n","homepage":"http://migale.jouy.inra.fr/","is_draft":false,"costs":[],"topics":[],"keywords":["NGS Data Analysis","Analysis of RNAseq data","Galaxy"],"prerequisites":[],"openTo":"Internal personnel","accessConditions":"Ce cycle est ouvert à l'ensemble des agents de l'INRA et aux extérieurs.\n","maxParticipants":null,"contacts":[],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[],"organisedByTeams":[],"logo_url":"","updated_at":"2022-06-02T11:50:50.812642Z","audienceTypes":[],"audienceRoles":[],"difficultyLevel":"","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":null,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":null,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/255/?format=json"]},{"id":373,"name":"Introduction à la segmentation des nucléoles et extraction de caractéristiques avec Galaxy","shortName":"","description":"L’objectif de cette formation est de se familiariser avec les premières étapes à l’analyse d’images. Nous proposons au personnel non-bioinformaticien de les accompagner dans la prise en main des ces étapes d’analyses en utilisant la plateforme de bio-analyse Galaxy. \r\n\r\nAprès une introduction à l’analyse d’images, une session pratique sur la plateforme Galaxy couvrira comment :\r\n- télécharger des images depuis  un répertoire d’images publiques,- segmenter une image\r\n- extraire les caractéristiques des images","homepage":"","is_draft":false,"costs":["Free to academics"],"topics":["http://edamontology.org/topic_3383","http://edamontology.org/topic_3382"],"keywords":["Galaxy"],"prerequisites":[],"openTo":"Internal personnel","accessConditions":"Formation ouverte au personnel de l’UCA & Associés\r\nAvoir un ordinateur portable et un accès wifi eduroam\r\nAvoir un compte sur la plateforme Galaxy (Faire une demande le cas échéant sur hub.mesocentre.uca.fr)\r\nÊtre familier avec Galaxy","maxParticipants":null,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/677/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[{"id":1,"name":"CNRS - IFB","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/CNRS%20-%20IFB/?format=json"},{"id":16,"name":"Université Clermont Auvergne","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Universit%C3%A9%20Clermont%20Auvergne/?format=json"}],"organisedByOrganisations":[{"id":87,"name":"AuBi","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/AuBi/?format=json"},{"id":96,"name":"Mésocentre Clermont-Auvergne","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/M%C3%A9socentre%20Clermont-Auvergne/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":31,"name":"AuBi","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/AuBi/?format=json"}],"logo_url":"https://mesocentre.uca.fr/medias/photo/logoaubi-2019minus_1553844844490-jpg?ID_FICHE=41175","updated_at":"2024-02-08T11:28:41.024508Z","audienceTypes":["Undergraduate","Graduate","Professional (initial)","Professional (continued)"],"audienceRoles":["Researchers","Life scientists","Biologists"],"difficultyLevel":"Novice","trainingMaterials":[{"id":134,"name":"Nucleoli segmentation and feature extraction using CellProfiler","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/trainingmaterial/Nucleoli%20segmentation%20and%20feature%20extraction%20using%20CellProfiler/?format=json"}],"learningOutcomes":"At the end, learners would be able to:\r\n- How to download images from a public image repository.\r\n- How to segment cell nuclei using CellProfiler in Galaxy.\r\n- How to segment cell nucleoli using CellProfiler in Galaxy.\r\n- How to extract features for images, nuclei and nucleoli.","hoursPresentations":1,"hoursHandsOn":2,"hoursTotal":3,"personalised":null,"event_set":[]},{"id":116,"name":"Initiation à l’analyse de données de type RAD par le pipeline Stacks sous la plateforme web d’analyse de données Galaxy","shortName":"","description":"Cette formation initie l’utilisation de Stacks dans l’environnement Galaxy.\nEn se basant sur une plateforme web, comme c’est la cas avec Mobyle, nous proposons une nouvelle utilisation de Stacks pour rendre l’analyse biologique plus aisée pour les non- informaticiens.\nObjectifs \nPrincipe de l’analyse de données RAD-seq via Stacks.\nOrganisation pédagogique \nLa formation comprendra un exposé théorique avec démonstrations pratiques.\nLe programme :\n1/ Présentation théorique du fonctionnement global de Stacks. Compter 1h\n2/ Analyse de données RAD avec Stacks sous Galaxy. 3h\na) cartographie génétique\nb) génomique des populations\nc) assemblage de données pairées\nPublic visé\nChercheurs et ingénieurs, biologistes et bio-informaticiens souhaitant analyser des données de type RAD-seq dans le portail web Galaxy.\n","homepage":"","is_draft":false,"costs":[],"topics":[],"keywords":["Galaxy"],"prerequisites":[],"openTo":"Internal personnel","accessConditions":" \n","maxParticipants":null,"contacts":[],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[],"organisedByTeams":[],"logo_url":"","updated_at":"2022-06-02T11:50:50.812642Z","audienceTypes":[],"audienceRoles":[],"difficultyLevel":"","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":null,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":null,"personalised":null,"event_set":[]},{"id":368,"name":"Introduction à l'annotation de génomes bactériens avec Galaxy","shortName":"","description":"L’objectif est cette formation de se familiariser avec les étapes et les outils pour annoter des génomes bactériens. Nous proposons au personnel non-bioinformaticien de les accompagner dans la prise en main de l’annotation de génomes bactériens en utilisant la plateforme de bio-analyse Galaxy. \r\n\r\nAprès une introduction à l’annotation de génomes bactériens, une session pratique sur la plateforme Galaxy couvrira comment :\r\n- faire tourner une série d’outils pour annoter un génome bactérien avec différents éléments génomiques,\r\n- évaluer l’annotation\r\n- visualiser un génome bactérien et ses annotations","homepage":"","is_draft":false,"costs":["Free to academics"],"topics":["http://edamontology.org/topic_0097","http://edamontology.org/topic_3301","http://edamontology.org/topic_0622","http://edamontology.org/topic_0219"],"keywords":["Bacterial isolate","Galaxy","Structural and functional annotation of genomes"],"prerequisites":["Galaxy - Basic usage"],"openTo":"Internal personnel","accessConditions":"Formation ouverte au personnel de l’UCA & Associés\r\nAvoir un ordinateur portable et un accès wifi eduroam\r\nAvoir un compte sur la plateforme Galaxy (Faire une demande le cas échéant sur hub.mesocentre.uca.fr)\r\nÊtre familier avec Galaxy","maxParticipants":null,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/677/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[{"id":1,"name":"CNRS - 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Découvrir les bonnes pratiques dans Galaxy. Organisée en collaboration avec la plateforme Bioinfo Genotoul.\n\n\n","homepage":"","is_draft":false,"costs":[],"topics":[],"keywords":["Galaxy"],"prerequisites":[],"openTo":"Internal personnel","accessConditions":"Avoir un compte sur la plateforme Bioinfo Genotoul (demande via un formulaire web sur notre site), s’inscrire (via notre site web) et payer 150 euros la journée pour un académique et 500 euros la journée pour un privé.\n","maxParticipants":null,"contacts":[],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[],"organisedByTeams":[],"logo_url":"","updated_at":"2022-06-02T11:50:50.812642Z","audienceTypes":[],"audienceRoles":[],"difficultyLevel":"","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":null,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":null,"personalised":null,"event_set":[]},{"id":71,"name":"Galaxy : first step","shortName":"","description":"Galaxy is a workbench available for biologists from Sigenae Platform. Galaxy objectives are:\n    First, making bioinfo Linux tools accessible to biologists.\n    Then, it is possible to add Linux tools by developpers into Galaxy workbench.\n    Then, Galaxy is used to hide the complexity of the infrastructure and to allow creation, execution and sharing of workflows.\nYou will acquire the following competencies required for the other Galaxy trainning:\n    Login to Galaxy: Galaxy Workbench (To access to Galaxy, you need to have an LDAP Genotoul login and password).\n    Begin to use some tools provided (BWA, SAM tools, FastQC).\n    Work on files.\nOrganized jointly by the Sigenae and the Bioinfo Genotoul platform.\n","homepage":"http://bioinfo.genotoul.fr/index.php/events/first-step-with-galaxy/","is_draft":false,"costs":["Priced"],"topics":[],"keywords":["Web portals","Galaxy","Interfaces","NGS Sequencing Data Analysis"],"prerequisites":[],"openTo":"Internal personnel","accessConditions":"You need to register (via the website) and pay 165 euros a day for academic and 550 euros a day for a private.\n","maxParticipants":null,"contacts":[],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[],"organisedByTeams":[],"logo_url":"","updated_at":"2022-06-02T11:50:50.812642Z","audienceTypes":[],"audienceRoles":[],"difficultyLevel":"","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":null,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":null,"personalised":null,"event_set":[]},{"id":32,"name":"Traitements bioinfo RNA-seq ","shortName":"","description":"\nObjectifs\n\nConnaitre les concepts et méthodes bioinformatiques utilisées pour l’analyse de données RNA-Seq eucaryote et procaryote.\n\n \nProgramme\n\nThéorie\nBases biologiques des études d’expression\nSéquençage NGS et RNA-Seq, présentation des différents types de séquenceurs\nMéthodes d’alignements spécifiques au RNA-Seq\nReconstruction de transcrits\nAssemblage de novo de transcriptomes\nQuantification\n \nPratique\nTP sur des données de type euraryote\nContrôle qualité\nNettoyage des données\nAlignement sur un génome de référence et épissage\nVisualisation de l’alignement\nDécouverte de nouveaux transcrits\nObtention d’un tableau de comptage\n \nLien avec d'autres modules \nL'analyse statistique des résultats du type d’analyses bioinformatiques effectuées dans ce module est traitée dans le module 16 [Stats & RNA-seq.\n","homepage":"http://migale.jouy.inra.fr/","is_draft":false,"costs":[],"topics":[],"keywords":["NGS Data Analysis","Analysis of RNAseq data","Galaxy"],"prerequisites":[],"openTo":"Internal personnel","accessConditions":"Ce cycle est ouvert à l'ensemble des agents de l'INRA et aux extérieurs.\n","maxParticipants":null,"contacts":[],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[],"organisedByTeams":[],"logo_url":"","updated_at":"2022-06-02T11:50:50.812642Z","audienceTypes":[],"audienceRoles":[],"difficultyLevel":"","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":null,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":null,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/254/?format=json"]},{"id":75,"name":"Galaxy: metagenomic: sequence analysis of amplicons from MiSeq and 454 sequencing with FROGS with Galaxy first step and statistics","shortName":"","description":"This training session, organized by Bioinfo Genotoul, Sigenae, NED (GenPhySE) and TWB, is designed to help you to deal with NGS data of 16S, 18S ... DNA produced with MiSeq from Illumina and Roche 454 technologies in the Galaxy workbench.\nYou will discover how to use our Galaxy instance, clean reads, clusterize them, do the taxonomic affiliation and perform statistics to interpret your results.\nPrerequisites: knowledge of R or in another programming language\n","homepage":"http://bioinfo.genotoul.fr/index.php","is_draft":false,"costs":[],"topics":[],"keywords":["Galaxy"],"prerequisites":[],"openTo":"Internal personnel","accessConditions":"An account on the platform Bioinfo Genotoul is necessary (request a form on the website), you need to register (via the website) and pay 165 euros a day for academic and 550 euros a day for a private\n","maxParticipants":null,"contacts":[],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[],"organisedByTeams":[],"logo_url":"","updated_at":"2022-06-02T11:50:50.812642Z","audienceTypes":[],"audienceRoles":[],"difficultyLevel":"","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":null,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":null,"personalised":null,"event_set":[]},{"id":19,"name":"Analyse primaire de données issues de  séquenceurs nouvelle génération sous Galaxy","shortName":"","description":"\nObjectifs\n\nConnaître les concepts et méthodes bioinformatiques utilisés pour l’analyse primaire de données issues de NGS. Application aux outils de mapping et d’assemblage.\nProgramme\nThéorie \n•Présentation des différents types de séquenceurs\n•Les grandes familles d’algorithmes de mapping de lectures courtes d’assemblage et les outils associés\nPratique\nAnalyse des données de séquençage d’un génome bactérien\n•Contrôle qualité\n•Assemblage de-novo\noNettoyage des données\noAssemblage\noVisualisation et statistiques sur l’assemblage\n•Comparaison à un génome de référence :\noMapping des lectures sur un génome proche\noVisualisation du mapping \n","homepage":"http://migale.jouy.inra.fr/","is_draft":false,"costs":[],"topics":[],"keywords":["NGS Data Analysis","Galaxy","NGS Sequencing Data Analysis"],"prerequisites":[],"openTo":"Internal personnel","accessConditions":"Ce cycle est ouvert à l'ensemble des agents de l'INRA et aux extérieurs.\n","maxParticipants":null,"contacts":[],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[],"organisedByTeams":[],"logo_url":"","updated_at":"2022-06-02T11:50:50.812642Z","audienceTypes":[],"audienceRoles":[],"difficultyLevel":"","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":null,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":null,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/246/?format=json"]},{"id":370,"name":"Introduction à l'analyse de données de métabarcoding 16S avec Galaxy","shortName":"","description":"L’objectif de cette formation est de se familiariser avec les étapes et les outils pour analyses de données de métabarcoding 16S. Nous proposons au personnel non-bioinformaticien de les accompagner dans la prise en main de ces étapes d’analyses en utilisant la plateforme de bio-analyse Galaxy. \r\n\r\nAprès une introduction au métabarcoding 16S, une session pratique sur la plateforme Galaxy couvrira comment :\r\n- évaluer la qualité de données de métabarcoding ,\r\n- analyser et visualiser une communauté microbienne à partir de données de métabarcoding 16S","homepage":"","is_draft":false,"costs":["Free to academics"],"topics":["http://edamontology.org/topic_3697","http://edamontology.org/topic_0637"],"keywords":["Galaxy","Metabarcoding"],"prerequisites":[],"openTo":"Internal personnel","accessConditions":"Formation ouverte au personnel de l’UCA & Associés\r\nAvoir un ordinateur portable et un accès wifi eduroam\r\nAvoir un compte sur la plateforme Galaxy (Faire une demande le cas échéant sur hub.mesocentre.uca.fr)\r\nÊtre familier avec Galaxy","maxParticipants":null,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/677/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[{"id":1,"name":"CNRS - 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Nous proposons au personnel non-bioinformaticien de les accompagner dans la prise en main de ces étapes en utilisant la plateforme de bio-analyse Galaxy. \r\n\r\nAprès une introduction à la métagénomique, une session pratique sur la plateforme Galaxy couvrira comment :\r\n- assigner des taxons à des données de métagénomiques,\r\n- visualiser une communauté microbienne à partir d’assignations taxonomiques","homepage":"","is_draft":false,"costs":["Free to academics"],"topics":["http://edamontology.org/topic_3697","http://edamontology.org/topic_3174","http://edamontology.org/topic_0637"],"keywords":["Galaxy"],"prerequisites":["Galaxy - Basic usage"],"openTo":"Internal personnel","accessConditions":"Formation ouverte au personnel de l’UCA & Associés\r\nAvoir un ordinateur portable et un accès wifi eduroam\r\nAvoir un compte sur la plateforme Galaxy (Faire une demande le cas échéant sur hub.mesocentre.uca.fr)\r\nÊtre familier avec Galaxy","maxParticipants":null,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/677/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[{"id":1,"name":"CNRS - 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Savoir effectuer un alignement sur un génome de référence, un assemblage de novo d’un génome bactérien\r\n\r\nProgramme\r\nThéorie\r\n* Présentation des différents types de technologies de séquençage (lectures longues et courtes)\r\n\r\nPratique : Analyse des données de séquençage d’un génome bactérien\r\n* Contrôle qualité\r\n* Assemblage de-novo\r\n* Nettoyage des données\r\n* Assemblage\r\n* Visualisation et statistiques sur l’assemblage\r\n* Alignement de lectures sur un génome de référence et visualisation\r\nTous les TPs seront réalisés sous l’environnement d’exécution de traitements Galaxy.","homepage":"https://documents.migale.inrae.fr/trainings.html","is_draft":false,"costs":["Priced"],"topics":["http://edamontology.org/topic_0092","http://edamontology.org/topic_0196","http://edamontology.org/topic_3168","http://edamontology.org/topic_0102"],"keywords":["Galaxy","NGS"],"prerequisites":["Galaxy - Basic usage"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":10,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/769/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":82,"name":"INRAE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=json"},{"id":88,"name":"BioinfOmics","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":10,"name":"MIGALE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MIGALE/?format=json"}],"logo_url":"https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png","updated_at":"2024-01-18T13:51:11.796060Z","audienceTypes":["Professional (continued)"],"audienceRoles":["All"],"difficultyLevel":"Novice","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"Connaître les concepts et méthodes bioinformatiques utilisés pour l’analyse primaire de données issues de séquenceurs nouvelle génération (NGS). 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