{"count":388,"next":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/training/?format=json&limit=20&offset=280&ordering=accessConditions","previous":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/training/?format=json&limit=20&offset=240&ordering=accessConditions","results":[{"id":402,"name":"Cycle « Analyse de données de séquençage à haut-débit » - Module Analyses ADN","shortName":"","description":"Bilille propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.\r\nCe cycle est composé des modules suivants, à la carte : \r\n- Module Analyses ADN\r\n- Module Analyses RNA-seq, bioinformatique et biostatistique\r\n\r\nLes fiches descriptives sont accessibles sur le site de Bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy.\r\n\r\nLes objectifs du module ADN sont :\r\n- Apprendre à manipuler des données de séquençage d’ADN\r\n- Réaliser des contrôles de qualité et du nettoyage des lectures\r\n- Présenter les méthodes et outils d'alignement\r\n- Réaliser des contrôles de qualité et des alignements sur une référence\r\n- Introduction à l’assemblage des lectures sans référence\r\n- Utiliser la plateforme Galaxy pour ces analyses","homepage":"https://bilille.univ-lille.fr/training/training-offer","is_draft":false,"costs":["Free"],"topics":["http://edamontology.org/topic_0654","http://edamontology.org/topic_3168","http://edamontology.org/topic_0102"],"keywords":["DNA Analysis","NGS Sequencing Data Analysis","Mapping"],"prerequisites":["Galaxy - Basic usage"],"openTo":"Internal personnel","accessConditions":"Etre familier avec la plate-forme web Galaxy (idéalement avoir suivi la formation bilille « Initiation à Galaxy »)","maxParticipants":null,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/487/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":66,"name":"University of Lille","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20of%20Lille/?format=json"},{"id":56,"name":"INSERM","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=json"},{"id":52,"name":"CNRS","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":3,"name":"Bilille","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Bilille/?format=json"}],"logo_url":"https://bilille.univ-lille.fr/fileadmin/_processed_/9/2/csm_logo_bilille_complet_65be9bda8b.png","updated_at":"2026-02-10T12:55:45.879091Z","audienceTypes":[],"audienceRoles":[],"difficultyLevel":"","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":null,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":null,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/773/?format=json"]},{"id":401,"name":"Cycle « Analyse de données de séquençage à haut-débit » - Module 1/6 : Analyses ADN - version 2020","shortName":"","description":"Bilille propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.\r\nCe cycle est composé de 6 modules, à la carte : \r\n- Module 1: Analyses ADN\r\n- Module 2: Analyses de variants\r\n- Module 3 : Métagénomique\r\n- Module 4: ChIP-seq\r\n- Module 5: Analyses RNA-seq, bioinformatique\r\n- Module 6: Analyses RNA-seq, biostatistique\r\nLes fiches descriptives sont accessibles sur le site de Bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy.\r\nLes objectifs du module 1 sont :\r\n- Apprendre à manipuler des données de séquençage d’ADN\r\n- Réaliser des contrôles de qualité et du nettoyage des lectures\r\n- Présenter les méthodes et outils d'alignement\r\n- Réaliser des contrôles de qualité et des alignements sur une référence\r\n- Introduction à l’assemblage des lectures sans référence\r\n- Utiliser la plateforme Galaxy pour ces analyses","homepage":"https://bilille.univ-lille.fr/training/training-offer","is_draft":false,"costs":["Free"],"topics":[],"keywords":[],"prerequisites":["Galaxy - Basic usage"],"openTo":"Internal personnel","accessConditions":"Etre familier avec la plate-forme web Galaxy (idéalement avoir suivi la formation bilille « Initiation à Galaxy »)","maxParticipants":null,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/487/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":66,"name":"University of Lille","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20of%20Lille/?format=json"},{"id":56,"name":"INSERM","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=json"},{"id":52,"name":"CNRS","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":3,"name":"Bilille","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Bilille/?format=json"}],"logo_url":"https://bilille.univ-lille.fr/fileadmin/_processed_/9/2/csm_logo_bilille_complet_65be9bda8b.png","updated_at":"2026-02-10T12:24:43.308374Z","audienceTypes":[],"audienceRoles":[],"difficultyLevel":"","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":null,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":null,"personalised":null,"event_set":[]},{"id":149,"name":"Cycle « Analyse de données de séquençage à haut-débit » - Module 1/5 : Analyses ADN","shortName":"","description":"Bilille propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.\r\nCe cycle est composé de 5 modules, à la carte : \r\n- Module 1: Analyses ADN\r\n- Module 2: Analyses de variants\r\n- Module 3: Analyses RNA-seq, bioinformatique\r\n- Module 4: Analyses RNA-seq, biostatistique\r\n- Module 5: Métagénomique\r\nLes fiches descriptives sont accessibles sur le site de Bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy.\r\nLes objectifs du module 1 sont :\r\n- Apprendre à manipuler des données de séquençage d’ADN\r\n- Réaliser des contrôles de qualité et du nettoyage des lectures\r\n- Présenter les méthodes et outils d'alignement\r\n- Réaliser des contrôles de qualité et des alignements sur une référence\r\n- Introduction à l’assemblage des lectures sans référence\r\n- Utiliser la plateforme Galaxy pour ces analyses","homepage":"https://bilille.univ-lille.fr/training/training-offer","is_draft":false,"costs":[],"topics":[],"keywords":["NGS Data Analysis","Assembly of genomes and transcriptomes","Read alignment on genomes","NGS Sequencing Data Analysis"],"prerequisites":["Galaxy - Basic usage"],"openTo":"Internal personnel","accessConditions":"Etre familier avec la plate-forme web Galaxy (idéalement avoir suivi la formation bilille « Initiation à Galaxy »)","maxParticipants":null,"contacts":[],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":66,"name":"University of Lille","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20of%20Lille/?format=json"},{"id":56,"name":"INSERM","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=json"},{"id":52,"name":"CNRS","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":3,"name":"Bilille","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Bilille/?format=json"}],"logo_url":"https://bilille.univ-lille.fr/fileadmin/_processed_/9/2/csm_logo_bilille_complet_65be9bda8b.png","updated_at":"2024-12-09T17:42:57.676184Z","audienceTypes":[],"audienceRoles":[],"difficultyLevel":"","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":null,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":null,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/278/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/515/?format=json"]},{"id":338,"name":"Cycle « Analyse de données de séquençage à haut-débit » - Module 4/6 : Analyses ChIP-seq - version 2020","shortName":"","description":"Bilille propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.\r\nCe cycle est composé de 6 modules, à la carte : \r\n- Module 1: Analyses ADN\r\n- Module 2: Analyses de variants\r\n- Module 3 : Métagénomique\r\n- Module 4: ChIP-seq\r\n- Module 5: Analyses RNA-seq, bioinformatique\r\n- Module 6: Analyses RNA-seq, biostatistique\r\nLes fiches descriptives sont accessibles sur le site de Bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy.\r\nLes objectifs du module 4 sont :\r\n- Savoir détecter les pics et obtenir un signal\r\n- Comprendre les différentes structures de données\r\n- Savoir effectuer les contrôles qualité\r\n- Savoir effectuer une analyse d’enrichissement de motifs\r\n- Etre capable de préparer ses résultats pour leur annotation\r\n- Comprendre comment croiser plusieurs résultats de ChIP-seq","homepage":"https://bilille.univ-lille.fr/training/training-offer","is_draft":false,"costs":["Free"],"topics":[],"keywords":[],"prerequisites":["Galaxy - Basic usage"],"openTo":"Internal personnel","accessConditions":"Etre familier avec la plate-forme web Galaxy (idéalement avoir suivi la formation bilille « Initiation à Galaxy »)","maxParticipants":null,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/487/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":66,"name":"University of Lille","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20of%20Lille/?format=json"},{"id":56,"name":"INSERM","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=json"},{"id":52,"name":"CNRS","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":3,"name":"Bilille","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Bilille/?format=json"}],"logo_url":"https://bilille.univ-lille.fr/fileadmin/_processed_/9/2/csm_logo_bilille_complet_65be9bda8b.png","updated_at":"2024-12-09T17:40:36.320632Z","audienceTypes":[],"audienceRoles":[],"difficultyLevel":"","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":null,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":null,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/545/?format=json"]},{"id":340,"name":"Cycle « Analyse de données de séquençage à haut-débit » - Module 2/6 : Analyses de variants- version 2020","shortName":"","description":"Bilille propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.\r\nCe cycle est composé de 6 modules, à la carte : \r\n- Module 1: Analyses ADN\r\n- Module 2: Analyses de variants\r\n- Module 3 : Métagénomique\r\n- Module 4: ChIP-seq\r\n- Module 5: Analyses RNA-seq, bioinformatique\r\n- Module 6: Analyses RNA-seq, biostatistique\r\nLes fiches descriptives sont accessibles sur le site de Bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy.\r\nLes objectifs du module 2 sont :\r\n- Comprendre les grands principes de la détection de variants\r\n- Réaliser les différentes étapes du post-traitement des données d’alignement à la détection de variants\r\n- Adapter l’analyse en fonction du type de données NGS générées\r\n- Comprendre la structure des données de variants\r\n- Savoir annoter des variants\r\n- Etre capable d’interpréter une liste de variants grâce aux outils libres disponibles","homepage":"https://bilille.univ-lille.fr/training/training-offer","is_draft":false,"costs":["Free"],"topics":[],"keywords":[],"prerequisites":["Galaxy - Basic usage"],"openTo":"Internal personnel","accessConditions":"- Etre familier avec la plate-forme web Galaxy (idéalement avoir suivi la formation bilille « Initiation à Galaxy »)\r\n- Avoir suivi le module 1/5 « Analyses ADN » de ce cycle ou toute autre formation permettant de justifier de connaissances sur les données de séquençage haut débit et leur alignement","maxParticipants":null,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/487/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":66,"name":"University of Lille","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20of%20Lille/?format=json"},{"id":56,"name":"INSERM","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=json"},{"id":52,"name":"CNRS","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":3,"name":"Bilille","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Bilille/?format=json"}],"logo_url":"https://bilille.univ-lille.fr/fileadmin/_processed_/9/2/csm_logo_bilille_complet_65be9bda8b.png","updated_at":"2024-12-09T17:40:20.581910Z","audienceTypes":[],"audienceRoles":[],"difficultyLevel":"","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":null,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":null,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/547/?format=json"]},{"id":151,"name":"Cycle « Analyse de données de séquençage à haut-débit » - Module 2/5 : Analyses de variants","shortName":"","description":"Bilille propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.\r\nCe cycle est composé de 5 modules, à la carte : \r\n- Module 1: Analyses ADN\r\n- Module 2: Analyses de variants\r\n- Module 3: Analyses RNA-seq, bioinformatique\r\n- Module 4: Analyses RNA-seq, biostatistique\r\n- Module 5: Métagénomique\r\nLes fiches descriptives sont accessibles sur le site de Bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy.\r\nLes objectifs du module 2 sont :\r\n- Comprendre les grands principes de la détection de variants\r\n- Réaliser les différentes étapes du post-traitement des données d’alignement à la détection de variants\r\n- Adapter l’analyse en fonction du type de données NGS générées\r\n- Comprendre la structure des données de variants\r\n- Savoir annoter des variants\r\n- Etre capable d’interpréter une liste de variants grâce aux outils libres disponibles","homepage":"https://bilille.univ-lille.fr/training/training-offer","is_draft":false,"costs":[],"topics":[],"keywords":["NGS Data Analysis","Panels (amplicons, captures)","Exomes","Variant analysis","Genomics (DNA-seq)","NGS Sequencing Data Analysis"],"prerequisites":[],"openTo":"Internal personnel","accessConditions":"- Etre familier avec la plate-forme web Galaxy (idéalement avoir suivi la formation bilille « Initiation à Galaxy »)\r\n- Avoir suivi le module 1/5 « Analyses ADN » de ce cycle ou toute autre formation permettant de justifier de connaissances sur les données de séquençage haut débit et leur alignement","maxParticipants":null,"contacts":[],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":66,"name":"University of Lille","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20of%20Lille/?format=json"},{"id":56,"name":"INSERM","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=json"},{"id":52,"name":"CNRS","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":3,"name":"Bilille","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Bilille/?format=json"}],"logo_url":"https://bilille.univ-lille.fr/fileadmin/_processed_/9/2/csm_logo_bilille_complet_65be9bda8b.png","updated_at":"2024-12-09T17:42:43.090760Z","audienceTypes":[],"audienceRoles":[],"difficultyLevel":"","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":null,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":null,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/280/?format=json"]},{"id":342,"name":"Cycle « Analyse de données de séquençage à haut-débit » - Module 5/6 : Analyses RNA-seq, bioinformatique- version 2020","shortName":"","description":"Bilille propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.\r\nCe cycle est composé des modules suivants, à la carte : \r\n- Module Analyses ADN\r\n- Module Analyses RNA-seq, bioinformatique et biostatistique\r\n\r\nLes fiches descriptives sont accessibles sur le site de Bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy.\r\n\r\nLes objectifs du module Analyses RNA-seq sont :\r\n- Savoir réaliser une analyse transcriptomique par RNA-seq avec ou sans (de novo) génome de référence à l’aide du portail Galaxy\r\n- Avoir un regard critique sur la qualité des lectures obtenues par le séquenceur\r\n- Connaître et savoir paramétrer les outils nécessaires à l’analyse\r\n- Savoir réaliser une analyse différentielle de données RNA-seq à partir d’une table de comptage (quantifiant les lectures alignées) à l’aide du portail Galaxy\r\n- Avoir un regard critique sur les résultats d’une analyse différentielle\r\n- Comprendre différentes méthodes de normalisation et les contextes d’utilisation correspondants","homepage":"https://bilille.univ-lille.fr/training/training-offer","is_draft":false,"costs":["Free"],"topics":["http://edamontology.org/topic_3170","http://edamontology.org/topic_3308"],"keywords":["RNA-seq","Transcriptomics (RNA-seq)"],"prerequisites":["Galaxy - Basic usage"],"openTo":"Internal personnel","accessConditions":"Etre familier avec la plate-forme web Galaxy (idéalement avoir suivi la formation bilille « Initiation à Galaxy »)\r\nAvoir suivi le module 1/5 « Analyses ADN » de ce cycle ou toute autre formation permettant de justifier de connaissances sur les données de séquençage haut débit et leur alignement.","maxParticipants":null,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/487/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":66,"name":"University of Lille","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20of%20Lille/?format=json"},{"id":56,"name":"INSERM","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=json"},{"id":52,"name":"CNRS","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":3,"name":"Bilille","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Bilille/?format=json"}],"logo_url":"https://bilille.univ-lille.fr/fileadmin/_processed_/9/2/csm_logo_bilille_complet_65be9bda8b.png","updated_at":"2026-02-10T12:59:19.759903Z","audienceTypes":[],"audienceRoles":[],"difficultyLevel":"","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":null,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":null,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/549/?format=json"]},{"id":403,"name":"Cycle « Analyse de données de séquençage à haut-débit » - Module Analyses RNA-seq","shortName":"","description":"Bilille propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.\r\nCe cycle est composé des modules suivants, à la carte : \r\n- Module Analyses ADN\r\n- Module Analyses RNA-seq, bioinformatique et biostatistique\r\n\r\nLes fiches descriptives sont accessibles sur le site de Bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy.\r\n\r\nLes objectifs du module Analyses RNA-seq sont :\r\n- Savoir réaliser une analyse transcriptomique par RNA-seq avec ou sans (de novo) génome de référence à l’aide du portail Galaxy\r\n- Avoir un regard critique sur la qualité des lectures obtenues par le séquenceur\r\n- Connaître et savoir paramétrer les outils nécessaires à l’analyse\r\n- Savoir réaliser une analyse différentielle de données RNA-seq à partir d’une table de comptage (quantifiant les lectures alignées) à l’aide du portail Galaxy\r\n- Avoir un regard critique sur les résultats d’une analyse différentielle\r\n- Comprendre différentes méthodes de normalisation et les contextes d’utilisation correspondants","homepage":"https://bilille.univ-lille.fr/training/training-offer","is_draft":false,"costs":["Free"],"topics":["http://edamontology.org/topic_3170","http://edamontology.org/topic_3308"],"keywords":["RNA-seq","Transcriptomics (RNA-seq)"],"prerequisites":["Galaxy - Basic usage"],"openTo":"Internal personnel","accessConditions":"Etre familier avec la plate-forme web Galaxy (idéalement avoir suivi la formation bilille « Initiation à Galaxy »)\r\nAvoir suivi le module 1/5 « Analyses ADN » de ce cycle ou toute autre formation permettant de justifier de connaissances sur les données de séquençage haut débit et leur alignement.","maxParticipants":null,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/487/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":66,"name":"University of Lille","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20of%20Lille/?format=json"},{"id":56,"name":"INSERM","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=json"},{"id":52,"name":"CNRS","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":3,"name":"Bilille","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Bilille/?format=json"}],"logo_url":"https://bilille.univ-lille.fr/fileadmin/_processed_/9/2/csm_logo_bilille_complet_65be9bda8b.png","updated_at":"2026-02-10T13:01:51.255545Z","audienceTypes":[],"audienceRoles":[],"difficultyLevel":"","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":null,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":null,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/776/?format=json"]},{"id":148,"name":"Cycle « Analyse de données de séquençage à haut-débit » - Module 3/5 : Analyses RNA-seq - partie 1 (bioinformatique)","shortName":"","description":"Bilille propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.\r\nCe cycle est composé de 5 modules, à la carte : \r\n- Module 1: Analyses ADN\r\n- Module 2: Analyses de variants\r\n- Module 3: Analyses RNA-seq, bioinformatique\r\n- Module 4: Analyses RNA-seq, biostatistique\r\n- Module 5: Métagénomique\r\nLes fiches descriptives sont accessibles sur le site de Bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy.\r\nLes objectifs du module 3 sont :\r\n- Savoir réaliser une analyse transcriptomique par RNA-seq avec ou sans (de novo) génome de référence à l’aide du portail Galaxy\r\n- Avoir un regard critique sur la qualité des lectures obtenues par le séquenceur\r\n- Connaître et savoir paramétrer les outils nécessaires à l’analyse","homepage":"https://bilille.univ-lille.fr/training/training-offer","is_draft":false,"costs":[],"topics":[],"keywords":["NGS Data Analysis","Analysis of RNAseq data","Gene expression differential analysis","Transcript and transcript variant analysis","Transcriptomics (RNA-seq)","NGS Sequencing Data Analysis"],"prerequisites":[],"openTo":"Internal personnel","accessConditions":"Etre familier avec la plate-forme web Galaxy (idéalement avoir suivi la formation bilille « Initiation à Galaxy »)\r\nAvoir suivi le module 1/5 « Analyses ADN » de ce cycle ou toute autre formation permettant de justifier de connaissances sur les données de séquençage haut débit et leur alignement.","maxParticipants":null,"contacts":[],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":66,"name":"University of Lille","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20of%20Lille/?format=json"},{"id":56,"name":"INSERM","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=json"},{"id":52,"name":"CNRS","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":3,"name":"Bilille","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Bilille/?format=json"}],"logo_url":"https://bilille.univ-lille.fr/fileadmin/_processed_/9/2/csm_logo_bilille_complet_65be9bda8b.png","updated_at":"2024-12-09T17:43:04.940425Z","audienceTypes":[],"audienceRoles":[],"difficultyLevel":"","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":null,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":null,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/277/?format=json"]},{"id":389,"name":"Cycle « Analyse de données de séquençage à haut-débit » - Module Analyses ChIP-seq  (sous Galaxy)- version 2023","shortName":"","description":"Bilille, la plateforme de bioinformatique, biostatistique et bioanalyse de la métropole lilloise, propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.\r\nCe cycle est composé des modules suivants, à la carte : \r\n- Analyses ADN\r\n- Analyses de variants\r\n- Métagénomique\r\n- Analyses ChIP-seq\r\n- Analyses RNA-seq\r\nLes fiches descriptives sont accessibles sur le site de bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy.\r\n\r\nLes objectifs du module Analyses ChIP-seq sont :\r\n Savoir analyser des données de ChIP-seq, du peak-calling à la découverte de motifs :\r\n-\tSavoir détecter les pics et obtenir un signal\r\n-\tComprendre les différentes structures de données\r\n-\tSavoir effectuer les contrôles qualité\r\n-\tSavoir effectuer une analyse d’enrichissement de motifs\r\n-\tEtre capable de préparer ses résultats pour leur annotation\r\n-\tComprendre comment croiser plusieurs résultats de ChIP-seq","homepage":"https://bilille.univ-lille.fr/training/training-offer","is_draft":false,"costs":["Free to academics"],"topics":[],"keywords":[],"prerequisites":["Galaxy - Basic usage"],"openTo":"Internal personnel","accessConditions":"-\tEtre familier avec la plate-forme web Galaxy (idéalement avoir suivi la formation Bilille « Initiation à Galaxy »)\r\n-\tAvoir suivi le module 1/5 « Analyses ADN » de ce cycle ou toute autre formation permettant de justifier de connaissances sur les données de séquençage haut débit et leur alignement","maxParticipants":null,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/763/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":66,"name":"University of Lille","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20of%20Lille/?format=json"},{"id":56,"name":"INSERM","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=json"},{"id":52,"name":"CNRS","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":3,"name":"Bilille","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Bilille/?format=json"}],"logo_url":"https://bilille.univ-lille.fr/fileadmin/_processed_/9/2/csm_logo_bilille_complet_65be9bda8b.png","updated_at":"2024-12-09T17:39:33.071236Z","audienceTypes":[],"audienceRoles":[],"difficultyLevel":"","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":null,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":null,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/675/?format=json"]},{"id":390,"name":"Cycle « Analyse de données de séquençage à haut-débit » - Module Analyses de variants (sous Galaxy)- version 2023","shortName":"","description":"Bilille, la plateforme de bioinformatique, biostatistique et bioanalyse de la métropole lilloise, propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.\r\nCe cycle est composé des modules suivants, à la carte : \r\n- Analyses ADN\r\n- Analyses de variants\r\n- Métagénomique\r\n- Analyses ChIP-seq\r\n- Analyses RNA-seq\r\nLes fiches descriptives sont accessibles sur le site de bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy.\r\n\r\nLes objectifs du module Analyses de variants sont :\r\n-\tComprendre les grands principes de la détection de variants\r\n-\tRéaliser les différentes étapes du post-traitement des données d’alignement à la détection de variants\r\n-\tAdapter l’analyse en fonction du type de données NGS générées\r\n-\tComprendre la structure des données de variants\r\n-\tSavoir annoter des variants\r\n-\tEtre capable d’interpréter une liste de variants grâce aux outils libres disponibles","homepage":"https://bilille.univ-lille.fr/training/training-offer","is_draft":false,"costs":["Free to academics"],"topics":[],"keywords":[],"prerequisites":["Galaxy - Basic usage"],"openTo":"Internal personnel","accessConditions":"-\tEtre familier avec la plate-forme web Galaxy (idéalement avoir suivi la formation Bilille « Initiation à Galaxy »)\r\n-\tAvoir suivi le module 1/5 « Analyses ADN » de ce cycle ou toute autre formation permettant de justifier de connaissances sur les données de séquençage haut débit et leur alignement.","maxParticipants":null,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/763/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":66,"name":"University of Lille","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20of%20Lille/?format=json"},{"id":56,"name":"INSERM","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=json"},{"id":52,"name":"CNRS","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":3,"name":"Bilille","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Bilille/?format=json"}],"logo_url":"https://bilille.univ-lille.fr/fileadmin/_processed_/9/2/csm_logo_bilille_complet_65be9bda8b.png","updated_at":"2024-12-09T17:39:25.617963Z","audienceTypes":[],"audienceRoles":[],"difficultyLevel":"","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":null,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":null,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/674/?format=json"]},{"id":152,"name":"Cycle « Analyse de données de séquençage à haut-débit » - Module 5/5 : Métagénomique","shortName":"","description":"Bilille propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.\r\nCe cycle est composé de 5 modules, à la carte : \r\n- Module 1: Analyses ADN\r\n- Module 2: Analyses de variants\r\n- Module 3: Analyses RNA-seq, bioinformatique\r\n- Module 4: Analyses RNA-seq, biostatistique\r\n- Module 5: Métagénomique\r\nLes fiches descriptives sont accessibles sur le site de Bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy.\r\nLes objectifs du module 5 sont :\r\n- Connaître les différentes méthodes de séquençage à haut débit pour la métagénomique, avec leurs avantages et leurs limites : métagénomique ciblée, métagénomique génomes entiers, métatranscriptomique\r\n- Comprendre les différentes étapes analytiques du traitement bioinformatique des données et savoir les mettre en œuvre\r\n- Savoir conduire une analyse statistique pour l’estimation de la richesse de la biodiversité\r\n- Aller jusqu’aux conclusions biologiques","homepage":"https://bilille.univ-lille.fr/training/training-offer","is_draft":false,"costs":[],"topics":[],"keywords":["NGS Data Analysis","Metagenomics","Assembly of genomes and transcriptomes","Read alignment on genomes","metatranscriptomics","NGS Sequencing Data Analysis"],"prerequisites":[],"openTo":"Internal personnel","accessConditions":"- Etre familier avec la plate-forme web Galaxy (idéalement avoir suivi la formation bilille « Initiation à Galaxy »)\r\n- Avoir suivi le module 1/5 « Analyses ADN » de ce cycle ou toute autre formation permettant de justifier de connaissances sur les données de séquençage haut débit et leur alignement. Etre familier avec le vocabulaire et les étapes de base de l’analyse de données de séquençage : nettoyage, assemblage, mapping","maxParticipants":null,"contacts":[],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":66,"name":"University of Lille","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20of%20Lille/?format=json"},{"id":56,"name":"INSERM","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=json"},{"id":52,"name":"CNRS","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":3,"name":"Bilille","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Bilille/?format=json"}],"logo_url":"https://bilille.univ-lille.fr/fileadmin/_processed_/9/2/csm_logo_bilille_complet_65be9bda8b.png","updated_at":"2024-12-09T17:42:35.775242Z","audienceTypes":[],"audienceRoles":[],"difficultyLevel":"","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":null,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":null,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/281/?format=json"]},{"id":341,"name":"Cycle « Analyse de données de séquençage à haut-débit » - Module 3/6 : Métagénomique - version 2020","shortName":"","description":"Bilille propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.\r\nCe cycle est composé de 6 modules, à la carte : \r\n- Module 1: Analyses ADN\r\n- Module 2: Analyses de variants\r\n- Module 3 : Métagénomique\r\n- Module 4: ChIP-seq\r\n- Module 5: Analyses RNA-seq, bioinformatique\r\n- Module 6: Analyses RNA-seq, biostatistique\r\nLes fiches descriptives sont accessibles sur le site de Bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy.\r\nLes objectifs du module 3 sont :\r\n- Connaître les différentes méthodes de séquençage à haut débit pour la métagénomique, avec leurs avantages et leurs limites : métagénomique ciblée, métagénomique génomes entiers, métatranscriptomique\r\n- Comprendre les différentes étapes analytiques du traitement bioinformatique des données et savoir les mettre en œuvre\r\n- Savoir conduire une analyse statistique pour l’estimation de la richesse de la biodiversité\r\n- Aller jusqu’aux conclusions biologiques","homepage":"https://bilille.univ-lille.fr/training/training-offer","is_draft":false,"costs":["Free"],"topics":[],"keywords":[],"prerequisites":["Galaxy - Basic usage"],"openTo":"Internal personnel","accessConditions":"- Etre familier avec la plate-forme web Galaxy (idéalement avoir suivi la formation bilille « Initiation à Galaxy »)\r\n- Avoir suivi le module 1/5 « Analyses ADN » de ce cycle ou toute autre formation permettant de justifier de connaissances sur les données de séquençage haut débit et leur alignement. Etre familier avec le vocabulaire et les étapes de base de l’analyse de données de séquençage : nettoyage, assemblage, mapping","maxParticipants":null,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/487/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":66,"name":"University of Lille","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20of%20Lille/?format=json"},{"id":56,"name":"INSERM","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=json"},{"id":52,"name":"CNRS","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":3,"name":"Bilille","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Bilille/?format=json"}],"logo_url":"https://bilille.univ-lille.fr/fileadmin/_processed_/9/2/csm_logo_bilille_complet_65be9bda8b.png","updated_at":"2024-12-09T17:40:08.187982Z","audienceTypes":[],"audienceRoles":[],"difficultyLevel":"","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":null,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":null,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/548/?format=json"]},{"id":150,"name":"Cycle « Analyse de données de séquençage à haut-débit » - Module 4/5 : Analyses RNA-seq - partie 2 (biostatistique)","shortName":"","description":"Bilille propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.\r\nCe cycle est composé de 5 modules, à la carte : \r\n- Module 1: Analyses ADN\r\n- Module 2: Analyses de variants\r\n- Module 3: Analyses RNA-seq, bioinformatique\r\n- Module 4: Analyses RNA-seq, biostatistique\r\n- Module 5: Métagénomique\r\nLes fiches descriptives sont accessibles sur le site de Bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy.\r\nLes objectifs du module 4 sont :\r\n- Savoir réaliser une analyse différentielle de données RNA-seq à partir d’une table de comptage (quantifiant les lectures alignées) à l’aide du portail Galaxy\r\n- Avoir un regard critique sur les résultats d’une analyse différentielle\r\n- Comprendre différentes méthodes de normalisation et les contextes d’utilisation correspondants","homepage":"https://bilille.univ-lille.fr/training/training-offer","is_draft":false,"costs":[],"topics":[],"keywords":["NGS Data Analysis","Transcriptomics (RNA-seq)","NGS Sequencing Data Analysis"],"prerequisites":[],"openTo":"Internal personnel","accessConditions":"- Etre familier avec la plate-forme web Galaxy (idéalement avoir suivi la formation bilille « Initiation à Galaxy »)\r\n- Avoir suivi le module 2/5 «Analyses RNA-seq–partie 1 (bioinformatique)» de ce cycle ou toute autre formation permettant de justifier de connaissances sur les données de séquençage haut débit et la façon d’obtenir une table de comptage","maxParticipants":null,"contacts":[],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":66,"name":"University of Lille","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20of%20Lille/?format=json"},{"id":56,"name":"INSERM","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=json"},{"id":52,"name":"CNRS","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":3,"name":"Bilille","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Bilille/?format=json"}],"logo_url":"https://bilille.univ-lille.fr/fileadmin/_processed_/9/2/csm_logo_bilille_complet_65be9bda8b.png","updated_at":"2024-12-09T17:42:50.474644Z","audienceTypes":[],"audienceRoles":[],"difficultyLevel":"","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":null,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":null,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/279/?format=json"]},{"id":330,"name":"Cycle « Analyse de données de séquençage à haut-débit » - Module Métagénomique (sous Galaxy)- version 2023","shortName":"","description":"Bilille, la plateforme de bioinformatique, biostatistique et bioanalyse de la métropole lilloise, propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.\r\nCe cycle est composé des modules suivants, à la carte : \r\n- Analyses ADN\r\n- Analyses de variants\r\n- Métagénomique\r\n- Analyses ChIP-seq\r\n- Analyses RNA-seq\r\nLes fiches descriptives sont accessibles sur le site de bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy.\r\n\r\nLes objectifs du module Métagénomique sont :\r\n- Connaître les différentes méthodes de séquençage à haut débit pour la métagénomique, avec leurs avantages et leurs limites : métagénomique ciblée, métagénomique génomes entiers, métatranscriptomique\r\n- Comprendre les différentes étapes analytiques du traitement bioinformatique des données et savoir les mettre en œuvre\r\n- Savoir conduire une analyse statistique pour l’estimation de la richesse de la biodiversité\r\n- Aller jusqu’aux conclusions biologiques","homepage":"https://bilille.univ-lille.fr/training/training-offer","is_draft":false,"costs":["Free to academics"],"topics":[],"keywords":[],"prerequisites":["Galaxy - Basic usage"],"openTo":"Internal personnel","accessConditions":"- Etre familier avec la plate-forme web Galaxy (idéalement avoir suivi la formation bilille « Initiation à Galaxy »)\r\n- Avoir suivi le module « Analyses ADN » de ce cycle ou toute autre formation permettant de justifier de connaissances sur les données de séquençage haut débit et leur alignement. Être familier avec le vocabulaire et les étapes de base de l’analyse de données de séquençage : nettoyage, assemblage, mapping","maxParticipants":null,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/763/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/487/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":66,"name":"University of Lille","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20of%20Lille/?format=json"},{"id":56,"name":"INSERM","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=json"},{"id":52,"name":"CNRS","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":3,"name":"Bilille","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Bilille/?format=json"}],"logo_url":"https://bilille.univ-lille.fr/fileadmin/_processed_/9/2/csm_logo_bilille_complet_65be9bda8b.png","updated_at":"2024-12-09T17:41:13.121175Z","audienceTypes":[],"audienceRoles":[],"difficultyLevel":"","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":null,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":null,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/539/?format=json"]},{"id":343,"name":"Cycle « Analyse de données de séquençage à haut-débit » - Module 6/6 : Analyses RNA-seq, biostatistique - version 2020","shortName":"","description":"Bilille propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.\r\nCe cycle est composé de 6 modules, à la carte : \r\n- Module 1: Analyses ADN\r\n- Module 2: Analyses de variants\r\n- Module 3 : Métagénomique\r\n- Module 4: ChIP-seq\r\n- Module 5: Analyses RNA-seq, bioinformatique\r\n- Module 6: Analyses RNA-seq, biostatistique\r\nLes fiches descriptives sont accessibles sur le site de Bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy.\r\nLes objectifs du module 6 sont :\r\n- Savoir réaliser une analyse différentielle de données RNA-seq à partir d’une table de comptage (quantifiant les lectures alignées) à l’aide du portail Galaxy\r\n- Avoir un regard critique sur les résultats d’une analyse différentielle\r\n- Comprendre différentes méthodes de normalisation et les contextes d’utilisation correspondants","homepage":"https://bilille.univ-lille.fr/training/training-offer","is_draft":false,"costs":["Free"],"topics":[],"keywords":[],"prerequisites":["Galaxy - Basic usage"],"openTo":"Internal personnel","accessConditions":"- Etre familier avec la plate-forme web Galaxy (idéalement avoir suivi la formation bilille « Initiation à Galaxy »)\r\n- Avoir suivi le module «Analyses RNA-seq–partie 1 (bioinformatique)» de ce cycle ou toute autre formation permettant de justifier de connaissances sur les données de séquençage haut débit et la façon d’obtenir une table de comptage","maxParticipants":null,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/487/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":66,"name":"University of Lille","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20of%20Lille/?format=json"},{"id":56,"name":"INSERM","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=json"},{"id":52,"name":"CNRS","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":3,"name":"Bilille","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Bilille/?format=json"}],"logo_url":"https://bilille.univ-lille.fr/fileadmin/_processed_/9/2/csm_logo_bilille_complet_65be9bda8b.png","updated_at":"2024-12-09T17:39:41.502706Z","audienceTypes":[],"audienceRoles":[],"difficultyLevel":"","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":null,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":null,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/550/?format=json"]},{"id":107,"name":"Analyse de gènes différentiellement à partir de données RNAseq et sous l'environnement Galaxy","shortName":"","description":"La formation s’adresse à un public de biologistes et de bio-informaticiens désireux de faire leur premiers pas sous Galaxy et de maîtriser l’analyse d’expression différentielle de gènes à partir de données RNAseq.\nL'analyse d’expression différentielle des gènes entre deux conditions expérimentales est réalisée avec la suite d’outils DESeq que nous avons interfacé pour l’environnement Galaxy.  Cette formation alterne des présentations des méthodes, concepts et outils du RNAseq avec des tutoriels pratiques durant lesquels vous utiliserez les outils bio-informatiques du serveur Galaxy de la plate-forme eBio.\n","homepage":"","is_draft":false,"costs":[],"topics":[],"keywords":["NGS Data Analysis","Analysis of RNAseq data","Galaxy"],"prerequisites":[],"openTo":"Internal personnel","accessConditions":"étudiants et chercheurs de l'I2BC qui accueille la plate-forme eBio.\n","maxParticipants":null,"contacts":[],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[],"organisedByTeams":[],"logo_url":"","updated_at":"2022-06-02T11:50:50.812642Z","audienceTypes":[],"audienceRoles":[],"difficultyLevel":"","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":null,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":null,"personalised":null,"event_set":[]},{"id":279,"name":"Annotation and analysis of prokaryotic genomes using the MicroScope platform","shortName":"MicroScope training","description":"In an effort to inform members of the research community about our annotation methods, to provide training for collaborators and other scientists who use the MicroScope platfom, and to inform scientific public on the analysis available in PkGDB (Prokaryotic Genome DataBase), we have developed a 4.5-day course in Microbial Genome Annotation and Comparative Analysis using the MaGe graphical interfaces.\r\n\r\nThis course will familiarize attendees with LABGeM’s annotation pipeline and the manual annotation software MaGe (Magnifying Genome) . No specific bioinformatics skill is required: detailed instruction on the algorithm developed in each annotation methods can be found in specific training courses on «Genomic sequences analysis». Here we focus on the general idea behind each method and, above all, the way you can interpret the corresponding results and combine them with other evidences in order to change or correct the current automatic functional annotation of a given gene, if necessary.\r\n\r\nThis course will also describe how to perform effective searches and analysis of procaryotic data using the graphical functionalities of the MaGe’s interfaces. Because of the numerous pre-computation available in our system (results of “common” annotation tools, synteny with all complete bacterial genomes, metabolic pathway reconstruction, fusion/fission events, genomic islands, …), many practical exercises allow attendees to get familiar with the use the MaGe graphical interfaces in order to efficiently explore these sets of results.","homepage":"https://labgem.genoscope.cns.fr/professional-trainings/microscope-professional-trainings/training-annotation-analysis-of-prokaryotic-genomes-using-the-microscope-platform/","is_draft":false,"costs":["Priced"],"topics":["http://edamontology.org/topic_0085","http://edamontology.org/topic_3301","http://edamontology.org/topic_0797"],"keywords":[],"prerequisites":["Licence"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"External training sessions can also be scheduled on demand, in France or abroad. See : https://labgem.genoscope.cns.fr/professional-trainings/microscope-professional-trainings/external-microscope-professional-training-sessions/","maxParticipants":12,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/90/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[{"id":15,"name":"Laboratory of Bioinformatics Analyses for Genomics and Metabolism","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Laboratory%20of%20Bioinformatics%20Analyses%20for%20Genomics%20and%20Metabolism/?format=json"}],"organisedByOrganisations":[{"id":67,"name":"University Paris-Saclay","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20Paris-Saclay/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":9,"name":"MicroScope","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MicroScope/?format=json"}],"logo_url":"https://labgem.genoscope.cns.fr/wp-content/uploads/2019/06/MicroScope_logo-300x210.png","updated_at":"2025-12-09T09:10:02.012461Z","audienceTypes":["Undergraduate","Graduate","Professional (continued)"],"audienceRoles":["Researchers","Life scientists","Biologists","Curators"],"difficultyLevel":"Intermediate","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"Annotation and comparative analysis of bacterial genomes:\r\n\r\n- acquire theoretical and practical knowledge of genome annotation tools (structural and functional annotation, metabolic networks annotation)\r\n- interpret the results of functional annotation tools\r\nperform various comparative analyses : conserved synteny analyses, pan-genome, phylogenetic and metabolic profiles.\r\n- analyse the results of metabolic networks prediction tools and look for candidate genes for enzyme activities.\r\n- use the tools to analyse the genome(s) of interest of participants","hoursPresentations":null,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":31,"personalised":false,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/439/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/506/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/436/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/745/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/507/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/577/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/576/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/659/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/658/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/796/?format=json"]},{"id":374,"name":"Best practices in Bioinformatics","shortName":"Best practices BiRD cluster","description":"Objectives\r\n- Understand and implement the principles of reproducible science in analysis and development projects\r\n- Acquire basic commands necessary for optimal use of a HPC cluster\r\n\r\nCourse Content\r\n- Introduction to reproducibility\r\n- Best practices on code history and sharing: Git\r\n- Software environment : conda/mamba\r\n- Presentation of a HPC cluster\r\n- Introduction to workflows using Snakemake","homepage":"https://pf-bird.univ-nantes.fr/training/cluster/","is_draft":false,"costs":["Free"],"topics":[],"keywords":[],"prerequisites":["Linux - Basic Knowledge"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"- Familiarity with basic Linux commands or have completed the training course “Introduction to the command-line interface.”\r\n- Have an account on the GLiCID cluster.","maxParticipants":20,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/596/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[],"organisedByTeams":[{"id":16,"name":"BiRD","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/BiRD/?format=json"}],"logo_url":"https://bird.univ-nantes.io/website/images/logo/logo.svg","updated_at":"2026-01-27T11:08:14.810708Z","audienceTypes":[],"audienceRoles":[],"difficultyLevel":"","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":7,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":7,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/602/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/748/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/641/?format=json"]},{"id":387,"name":"Interactive Online Companionship - SingleCell RNAseq Analysis with R Seurat","shortName":"IOC - SingleCell","description":"InforBio offers online bioinformatics training tailored to the needs of research labs, with small group sessions to ensure personalized learning. Our program is designed to help you acquire key skills for independent data analysis.\r\n\r\nWe offer a comprehensive 3-month program, including a post-training feedback session to support practical application.\r\n\r\nAnalyse de données scRNAseq (avril à juin 2025) – 10 sessions de 2h30 – 2000 € Apprenez à analyser des données de séquençage ARN en cellules uniques grâce à des cas pratiques.Vous travaillerez d’abord sur un jeu de données fourni, puis sur vos propres données, avec un retour personnalisé sur votre projet. Cette formation requiert une bonne maîtrise de R.\r\n\r\nKey Highlights:\r\nSmall group sessions for interactive and personalized learning.\r\nTailored feedback on your own data to reinforce the learning process.\r\nLimited spots available, registration is now open.","homepage":"https://inforbio.github.io/ioc_r_scrnaseq.html","is_draft":false,"costs":["Priced"],"topics":[],"keywords":["Single-Cell Analysis"],"prerequisites":["R programming"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"Followed R training or equivalent level","maxParticipants":6,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/809/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[{"id":18,"name":"IBiSA","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/IBiSA/?format=json"},{"id":19,"name":"Sorbonne Université","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Sorbonne%20Universit%C3%A9/?format=json"}],"organisedByOrganisations":[],"organisedByTeams":[],"logo_url":"https://github.com/InforBio/InforBio.github.io/blob/main/images/logoInforBio_fond_blanc.png?raw=true","updated_at":"2025-09-11T14:25:26.499365Z","audienceTypes":[],"audienceRoles":[],"difficultyLevel":"Intermediate","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":25,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":null,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/665/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/729/?format=json"]}]}