{"count":388,"next":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/training/?format=json&limit=20&offset=240&ordering=homepage","previous":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/training/?format=json&limit=20&offset=200&ordering=homepage","results":[{"id":32,"name":"Traitements bioinfo RNA-seq ","shortName":"","description":"\nObjectifs\n\nConnaitre les concepts et méthodes bioinformatiques utilisées pour l’analyse de données RNA-Seq eucaryote et procaryote.\n\n \nProgramme\n\nThéorie\nBases biologiques des études d’expression\nSéquençage NGS et RNA-Seq, présentation des différents types de séquenceurs\nMéthodes d’alignements spécifiques au RNA-Seq\nReconstruction de transcrits\nAssemblage de novo de transcriptomes\nQuantification\n \nPratique\nTP sur des données de type euraryote\nContrôle qualité\nNettoyage des données\nAlignement sur un génome de référence et épissage\nVisualisation de l’alignement\nDécouverte de nouveaux transcrits\nObtention d’un tableau de comptage\n \nLien avec d'autres modules \nL'analyse statistique des résultats du type d’analyses bioinformatiques effectuées dans ce module est traitée dans le module 16 [Stats & RNA-seq.\n","homepage":"http://migale.jouy.inra.fr/","is_draft":false,"costs":[],"topics":[],"keywords":["NGS Data Analysis","Analysis of RNAseq data","Galaxy"],"prerequisites":[],"openTo":"Internal personnel","accessConditions":"Ce cycle est ouvert à l'ensemble des agents de l'INRA et aux extérieurs.\n","maxParticipants":null,"contacts":[],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[],"organisedByTeams":[],"logo_url":"","updated_at":"2022-06-02T11:50:50.812642Z","audienceTypes":[],"audienceRoles":[],"difficultyLevel":"","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":null,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":null,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/254/?format=json"]},{"id":19,"name":"Analyse primaire de données issues de  séquenceurs nouvelle génération sous Galaxy","shortName":"","description":"\nObjectifs\n\nConnaître les concepts et méthodes bioinformatiques utilisés pour l’analyse primaire de données issues de NGS. Application aux outils de mapping et d’assemblage.\nProgramme\nThéorie \n•Présentation des différents types de séquenceurs\n•Les grandes familles d’algorithmes de mapping de lectures courtes d’assemblage et les outils associés\nPratique\nAnalyse des données de séquençage d’un génome bactérien\n•Contrôle qualité\n•Assemblage de-novo\noNettoyage des données\noAssemblage\noVisualisation et statistiques sur l’assemblage\n•Comparaison à un génome de référence :\noMapping des lectures sur un génome proche\noVisualisation du mapping \n","homepage":"http://migale.jouy.inra.fr/","is_draft":false,"costs":[],"topics":[],"keywords":["NGS Data Analysis","Galaxy","NGS Sequencing Data Analysis"],"prerequisites":[],"openTo":"Internal personnel","accessConditions":"Ce cycle est ouvert à l'ensemble des agents de l'INRA et aux extérieurs.\n","maxParticipants":null,"contacts":[],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[],"organisedByTeams":[],"logo_url":"","updated_at":"2022-06-02T11:50:50.812642Z","audienceTypes":[],"audienceRoles":[],"difficultyLevel":"","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":null,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":null,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/246/?format=json"]},{"id":25,"name":"Modélisation 3D des protéines","shortName":"","description":"\nObjectifs\n\nConnaître les bases de la modélisation moléculaire : modélisation par homologie, arrimage (docking) de ligands, mutations in silico. Une demi-journée dédiée à la modélisation de vos protéines d'intérêts.\n\nProgramme\n\n- Visualiser : Connaître les bases de la visualisation des protéines en 3D avec PYmol.\n- Comprendre : Analyse des structures 3D de protéines (RX ou RMN). Recherche d'homologues avec HHpred, I-Tasser, etc... Modélisation par homologie avec Modeller, Phyre2. Principes et applications.\n- Prédire : Docking de ligands avec Autodock. Prédiction des mutations in silico. Principes et applications.\nL'accent sera mis sur les points forts et les limites des différents outils et la pratique avec de nombreux \"hand- on tutorials\"\nPlus une session dédiée : «bring your own protein».\n","homepage":"http://migale.jouy.inra.fr/","is_draft":false,"costs":[],"topics":[],"keywords":["Autre","Protein/protein interaction modelisation","proteins/peptides and proteins/nucleic acids"],"prerequisites":[],"openTo":"Internal personnel","accessConditions":"Ce cycle est ouvert à l'ensemble des agents de l'INRA et aux extérieurs.\n","maxParticipants":null,"contacts":[],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[],"organisedByTeams":[],"logo_url":"","updated_at":"2022-06-02T11:50:50.812642Z","audienceTypes":[],"audienceRoles":[],"difficultyLevel":"","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":null,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":null,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/248/?format=json"]},{"id":26,"name":"Initiation à Perl","shortName":"","description":"\nObjectifs\n\nInitiation à la programmation.\nIdentifier les possibilités offertes par l’écriture de quelques lignes de code.\nRéalisation de tâches simples d’extraction et de reformatage d’informations issues de fichiers texte.\n \n\n \nProgramme\n\n- Présentation de PERL\n- Variables PERL\n- Structures de contrôle\n- Gestion de fichiers\n- Réalisation de programmes simples\n \nIllustration avec des exercices de manipulation de fichiers de séquences et de fichiers de résultats d’outils bioinformatiques. \n \n","homepage":"http://migale.jouy.inra.fr/","is_draft":false,"costs":[],"topics":[],"keywords":["Programming Languages & Computer Sciences","Perl Langage"],"prerequisites":[],"openTo":"Internal personnel","accessConditions":"Ce cycle est ouvert à l'ensemble des agents de l'INRA et aux extérieurs.\n","maxParticipants":null,"contacts":[],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[],"organisedByTeams":[],"logo_url":"","updated_at":"2022-06-02T11:50:50.812642Z","audienceTypes":[],"audienceRoles":[],"difficultyLevel":"","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":null,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":null,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/249/?format=json"]},{"id":33,"name":"Analyse statistique RNA-seq sous Galaxy","shortName":"","description":"\nObjectifs\n\nSe sensibiliser aux concepts et méthodes statistiques pour l'analyse de données transcriptomiques de type RNA-Seq.\nComprendre le matériel et méthodes (normalisation et tests statistiques) d'un article\ndu domaine.\nComprendre les particularités liées à la nature des données.\n\n \n \nProgramme\n\nPlanification expérimentale des expériences RNA-Seq (identification des biais, répétitions, biais contrôlables).\nNormalisation et analyse différentielle : recherche de \"régions d'intérêt\" différentiellement exprimées (modèle linéaire généralisé).\nPrise en compte de la multiplicité des tests.\nLe cours sera illustré par différents exemples et un jeu de données sera traité à l'aide du package R SARTools (basé sur les packages R DESeq2 et edgeR) dans les environnements Galaxy et RStudio.\n","homepage":"http://migale.jouy.inra.fr/","is_draft":false,"costs":[],"topics":[],"keywords":["NGS Data Analysis","Analysis of RNAseq data","Galaxy"],"prerequisites":[],"openTo":"Internal personnel","accessConditions":"Ce cycle est ouvert à l'ensemble des agents de l'INRA et aux extérieurs.\n","maxParticipants":null,"contacts":[],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[],"organisedByTeams":[],"logo_url":"","updated_at":"2022-06-02T11:50:50.812642Z","audienceTypes":[],"audienceRoles":[],"difficultyLevel":"","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":null,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":null,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/255/?format=json"]},{"id":286,"name":"Utilisation du cluster - SLURM / Cluster usage - SLURM","shortName":"Cluster SLURM","description":"Objectifs\r\n- Disposer des concepts et de bonnes pratiques d’utilisation des ressources de calcul.\r\n- Être capable d’utiliser les ressources de calcul de la plateforme en toute autonomie.\r\nProgramme\r\n- Introduction : les équipements (calcul et stockage), espaces de travail, les outils et les données.\r\n- Calcul parallèle : concepts, ressources\r\n- Soumission de jobs (srun, sbatch)\r\n- Monitorer, vérifier, controler les jobs (squeue, scontrol, scancel, sacct).\r\n- Base de l’optimisation d’un job\r\n- Solutions de parallélisation des jobs : (--array)","homepage":"https://abims.sb-roscoff.fr/module/cluster_slurm","is_draft":false,"costs":["Free"],"topics":["http://edamontology.org/topic_3316"],"keywords":[],"prerequisites":["Linux - Basic Knowledge"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"Preregistration required using: https://abims.sb-roscoff.fr/ateliers/preinscription","maxParticipants":18,"contacts":[],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":65,"name":"SBR - Roscoff Marine Station","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/SBR%20-%20Roscoff%20Marine%20Station/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":4,"name":"ABiMS","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ABiMS/?format=json"}],"logo_url":"https://abims.sb-roscoff.fr/sites/default/files/abims.png","updated_at":"2026-02-03T16:16:28.077539Z","audienceTypes":["Graduate","Professional (initial)","Professional (continued)"],"audienceRoles":["All"],"difficultyLevel":"Intermediate","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":null,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":null,"personalised":false,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/625/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/714/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/498/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/522/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/440/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/763/?format=json"]},{"id":394,"name":"Principes FAIR  & Git Initiation","shortName":"FAIR & GIT - Initiation","description":"Objectifs\r\n- Principes FAIR :\r\n    Connaître les principes FAIR\r\n    Être capable de prendre en compte les principes FAIR dans l'ensemble des étapes d'un projet impliquant la \r\n    collecte et/ou l'analyse de données\r\n- Initiation à Git :\r\n    Savoir définir ce qu’est un outil de gestion de version\r\n    Être capable d’initialiser un entrepôt Git pour un projet\r\n    Être capable de définir quels fichiers inclure/exclure d’un projet\r\n    Savoir enregistrer localement une nouvelle version pour un projet\r\n    Savoir partager des modifications locales avec tous les contributeurs d’un projet\r\n    Savoir gérer des modifications en parallèle en utilisant les branches\r\n   Connaître les bonnes pratiques pour contribuer à projet tiers\r\n\r\nProgramme : \r\n- Principes FAIR\r\n    Présentation des principes FAIR\r\n    Exemples de bonnes pratiques dans la gestion des données : description, organisation du stockage, \r\n    traitements et analyses, mise en accès\r\n- Initiation à Git\r\n    Présentation des avantages de la gestion de versions (projets individuels & projets collaboratifs)\r\n    Présentation des principes de fonctionnement de Git\r\n    Présentation et mise en œuvre des commandes principales de Git (clone, checkout, add, rm, commit, merge,\r\n    push, pull) ; en ligne de commande ou en utilisant une interface graphique (GitHub et GitLab)","homepage":"https://abims.sb-roscoff.fr/module/fair_git","is_draft":false,"costs":["Free"],"topics":[],"keywords":[],"prerequisites":["none"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"Pre-registration required.","maxParticipants":18,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/821/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":65,"name":"SBR - Roscoff Marine Station","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/SBR%20-%20Roscoff%20Marine%20Station/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":4,"name":"ABiMS","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ABiMS/?format=json"}],"logo_url":"https://abims.sb-roscoff.fr/sites/default/files/abims.png","updated_at":"2026-02-03T16:17:14.050223Z","audienceTypes":["Undergraduate","Graduate","Professional (initial)","Professional (continued)"],"audienceRoles":["All"],"difficultyLevel":"Novice","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":4,"hoursHandsOn":4,"hoursTotal":8,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/710/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/768/?format=json"]},{"id":299,"name":"Initiation à Galaxy / Galaxy Initiation","shortName":"Galaxy Initiation","description":"Objectifs\r\n- Savoir exploiter l’environnement Galaxy pour être en mesure d’analyser ses données.\r\n- Être en mesure de créer ses workflows.\r\nProgramme\r\n- Téléchargement des données à traiter.\r\n- Manipulation de fichiers.\r\n- Traitement des données.\r\n- Visualisation des résultats.\r\n- Création de workflows.\r\n- Partage de résultats et de workflows.","homepage":"https://abims.sb-roscoff.fr/module/galaxy_init","is_draft":false,"costs":["Free"],"topics":["http://edamontology.org/topic_0769"],"keywords":[],"prerequisites":[],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":18,"contacts":[],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[],"organisedByTeams":[{"id":4,"name":"ABiMS","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ABiMS/?format=json"}],"logo_url":"https://abims.sb-roscoff.fr/sites/default/files/abims.png","updated_at":"2026-02-03T16:16:46.320073Z","audienceTypes":["Graduate","Professional (initial)","Professional (continued)"],"audienceRoles":["All"],"difficultyLevel":"Novice","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":4,"hoursHandsOn":3,"hoursTotal":7,"personalised":false,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/620/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/711/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/446/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/500/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/519/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/761/?format=json"]},{"id":285,"name":"Linux Avancé / Advanced Linux","shortName":"Advanced Linux","description":"Objectifs\r\n- Savoir utiliser des commandes linux pour traiter de grosses quantités de données : fichiers\r\nvolumineux et/ou en grands nombres : recherche, comptage, tri, fusion, …\r\nProgramme\r\n- Introduction\r\n- Décrire (wc, grep)\r\n- Manipuler des fichiers tabulés (cut, sort)\r\n- Rechercher (grep)\r\n- Redirection / Pipeline (stdin, stdout, stderr, >, 2>, &&, |)\r\n- Recherche avancée : notion d’expression régulière (egrep)\r\n- Rechercher/Remplacer haut débit (tr, sed)\r\n- Manipulation de fichier tabulé – mode avancé (awk)\r\n- Traitement séquentiel de nombreux fichiers (for)","homepage":"https://abims.sb-roscoff.fr/module/linux_advanced","is_draft":false,"costs":["Free"],"topics":["http://edamontology.org/topic_3316"],"keywords":[],"prerequisites":["Linux - 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Initiation / Linux for Beginners","shortName":"Linux Init","description":"Objectifs :\r\n- Être capable de se connecter à une machine Linux\r\n- Être capable de transférer des fichiers à partir de/vers une machine Linux\r\n- Être capable de naviguer dans le système de fichiers\r\n- Être capable d’examiner le contenu d’un fichier et de gérer l’espace disque\r\n- Être capable de gérer les droits d’accès aux répertoires et aux fichiers.\r\n- Être capable de gérer le lancement, l’interruption et l’arrêt de processus","homepage":"https://abims.sb-roscoff.fr/module/linux_init","is_draft":false,"costs":["Free"],"topics":["http://edamontology.org/topic_3316"],"keywords":["Linux","Operating systems"],"prerequisites":[],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":16,"contacts":[],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":65,"name":"SBR - Roscoff Marine Station","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/SBR%20-%20Roscoff%20Marine%20Station/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":4,"name":"ABiMS","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ABiMS/?format=json"}],"logo_url":"https://abims.sb-roscoff.fr/sites/default/files/abims.png","updated_at":"2026-02-03T16:15:38.740564Z","audienceTypes":["Graduate","Professional (initial)","Professional (continued)"],"audienceRoles":["All"],"difficultyLevel":"Novice","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":null,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":null,"personalised":false,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/712/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/623/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/424/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/499/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/520/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/770/?format=json"]},{"id":379,"name":"Manipulating  & Visualizing Data with R","shortName":"R - DataViz","description":"Objectifs\r\n- Importer, structurer, transformer et exporter un tableau de données avec R\r\n- Générer des figures de qualité pour, par exemple, une publication scientifique\r\n\r\nProgramme\r\n- Introduction au tidyverse (metapackage pour manipuler, visualiser et analyser des données)\r\n- Import et export de tableaux de données (csv, excel, google sheet, etc.)\r\n- Manipulation de tableaux de données avec dplyr et tidyr (filtre, aggregation, jointure)\r\n- Manipulation de chaînes de caractères et de dates avec stringr et lubridate\r\n- Introduction aux concepts de visualisation de données\r\n- Apprendre à utiliser ggplot2 grâce à esquisse\r\n- Partager ses résultats avec Quarto","homepage":"https://abims.sb-roscoff.fr/module/r_dataviz","is_draft":false,"costs":["Free"],"topics":["http://edamontology.org/topic_0092"],"keywords":[],"prerequisites":[],"openTo":"Everyone","accessConditions":"Preregistration required using: https://abims.sb-roscoff.fr/ateliers/preinscription","maxParticipants":18,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/299/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[],"organisedByTeams":[{"id":4,"name":"ABiMS","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ABiMS/?format=json"}],"logo_url":"https://abims.sb-roscoff.fr/sites/default/files/abims.png","updated_at":"2026-02-05T08:15:08.934519Z","audienceTypes":["Undergraduate","Graduate","Professional (initial)","Professional (continued)"],"audienceRoles":["All"],"difficultyLevel":"","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":2,"hoursHandsOn":5,"hoursTotal":7,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/619/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/716/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/795/?format=json"]},{"id":307,"name":"Initiation à R / R Initiation","shortName":"R - Init","description":"Objectifs\r\n- Pour une personne qui découvre R : savoir utiliser R de manière autonome et comprendre les principes de\r\nbase\r\n- Être capable de suivre le module Manipulation et visualisation de données avec R\r\n\r\nProgramme\r\n- Introduction à l'IDE Rstudio\r\n- Créer un projet et un script\r\n- Manipulation de données de base\r\n- Structures de données : qu'est-ce qu'une variable, un type, un objet ?\r\n- Utiliser des fonctions de packages externes","homepage":"https://abims.sb-roscoff.fr/module/r_init","is_draft":false,"costs":["Free"],"topics":["http://edamontology.org/topic_2269"],"keywords":[],"prerequisites":[],"openTo":"Everyone","accessConditions":"Preregistration required using: https://abims.sb-roscoff.fr/ateliers/preinscription","maxParticipants":16,"contacts":[],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[],"organisedByTeams":[{"id":4,"name":"ABiMS","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ABiMS/?format=json"}],"logo_url":"https://abims.sb-roscoff.fr/sites/default/files/abims.png","updated_at":"2026-02-05T08:15:37.604111Z","audienceTypes":["Graduate","Professional (initial)","Professional (continued)"],"audienceRoles":["All"],"difficultyLevel":"Novice","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":1,"hoursHandsOn":3,"hoursTotal":4,"personalised":false,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/618/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/715/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/517/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/480/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/774/?format=json"]},{"id":305,"name":"Initiation à Git / Git Initiation","shortName":"Git Initiation","description":"Objectifs\r\n- Savoir définir ce qu’est un outil de gestion de version\r\n- Être capable d’initialiser un entrepôt Git pour un projet\r\n- Être capable de définir quels fichiers inclure/exclure d’un projet\r\n- Savoir enregistrer localement une nouvelle version pour un projet\r\n- Savoir partager des modifications locales avec tous les contributeurs d’un projet\r\n- Savoir gérer des modifications en parallèle en utilisant les branches.\r\n- Connaître les bonnes pratiques pour contribuer à projet tiers\r\nProgramme :\r\n- Présentation des avantages de la gestion de versions (projets individuels & projets collaboratifs)\r\n- Présentation des principes de fonctionnement de Git\r\n- Présentation et mise en œuvre des commandes principales de Git (clone, checkout, add, rm, commit, merge,\r\npush, pull) ; en ligne de commande ou en utilisant une interface graphique (GitHub et GitLab)","homepage":"https://abims.sb-roscoff.fr/training/courses","is_draft":false,"costs":["Free"],"topics":["http://edamontology.org/topic_3372"],"keywords":[],"prerequisites":[],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":18,"contacts":[],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[],"organisedByTeams":[{"id":4,"name":"ABiMS","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ABiMS/?format=json"}],"logo_url":"https://abims.sb-roscoff.fr/sites/abims.sb-roscoff.fr/files/logos/abims/abims.png","updated_at":"2026-02-05T08:15:52.976286Z","audienceTypes":["Graduate","Professional (initial)","Professional (continued)"],"audienceRoles":["All"],"difficultyLevel":"Novice","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":1,"hoursHandsOn":3,"hoursTotal":4,"personalised":false,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/458/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/496/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/524/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/626/?format=json"]},{"id":319,"name":"Exploration de la Diversité Taxonomique  des Ecosystèmes par Metabarcoding","shortName":"","description":"En matière de prospectives scientifiques, l’INSU OA, le CNRS et l’IRD ambitionnent de caractériser la biodiversité environnementale afin d’étudier l’impact du changement global sur les milieux et de l’anthropisation de la planète. Ces enjeux nécessitent l’acquisition de connaissances sur la biodiversité pour répondre aux grands défis planétaires (e.g. modéliser, anticiper, prévenir les catastrophes écologiques), aux objectifs de développement durable, et contribuer aux grandes transitions de la société dans un contexte de changement climatique.\r\n\r\nLe metabarcoding est aujourd’hui une des approches incontournable dans la description des écosystèmes pour répondre à ces enjeux scientifiques; elle offre une caractérisation exhaustive de la diversité taxonomique (composition en espèces et abondances) d’un écosystème via le séquençage massif de marqueurs d’intérêts (e.g. ARN ribosomaux 16S, 18S, gène COX, …) et le post-traitement bio-informatique des données générées.\r\n\r\nL’Action Nationale de Formation CNRS-INSU MetaBioDiv, portée par l’Institut Méditerranéen d’Océanologie (Armougom F., MIO) et la Délégation Régionale Côte d’Azur CNRS (DR20, Pierrette Finsac), propose à la communauté scientifique une formation sur la caractérisation de la biodiversité taxonomique d’écosystèmes (procaryotes et micro-eucaryotes) par le prisme du séquençage haut-débit Illumina (Miseq) et du traitement bio-informatique associé (outils R sous Rstudio).","homepage":"https://anfmetabiodiv.mio.osupytheas.fr","is_draft":false,"costs":[],"topics":[],"keywords":[],"prerequisites":[],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":null,"contacts":[],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[],"organisedByTeams":[],"logo_url":null,"updated_at":"2022-06-22T13:18:40.590388Z","audienceTypes":["Professional (continued)"],"audienceRoles":["Researchers","Life scientists","Biologists","Bioinformaticians"],"difficultyLevel":"","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":null,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":null,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/488/?format=json"]},{"id":153,"name":"Cycle « Initiation à la bioinformatique » - Module 1/4 : Banques de données et Blast","shortName":"","description":"Bilille propose un cycle de découverte de la bioinformatique à destination des chercheur·euses, enseignant·es-chercheur·euses, ingénieur·es, technicien·nes et doctorant·es en biologie. Aucun pré-requis en informatique n'est attendu.\r\nLe cycle est constitué de quatre modules de deux jours:\r\n- Banques de données et BLAST\r\n- Alignement de séquences\r\n- Prédiction de gènes et annotation de protéines\r\n- Initiation à la reconstruction phylogénétique en biologie moléculaire\r\nCes modules peuvent être suivis indépendamment, mais ont une cohérence. Suivre chaque module peut aider à une meilleure compréhension des modules suivants.\r\nLes fiches descriptives des différents modules sont accessibles sur le site web de Bilille.\r\nLes objectifs du module 1 sont :\r\n- Découvrir différentes banques de données de séquences généralistes\r\n- Savoir interroger les banques de données et réaliser des requêtes pertinentes\r\n- Comprendre la structure des données\r\n- Savoir utiliser de manière optimale le logiciel Blast en fonction de l'application visée (ex : recherche d’homologie, prédiction de gènes…)\r\n- Etre capable d'analyser un résultat avec un regard critique","homepage":"https://bilille.univ-lille.fr/training/training-offer","is_draft":false,"costs":[],"topics":[],"keywords":["Autre","Sequence analysis","Multiple sequence alignment","Databases and information systems"],"prerequisites":[],"openTo":"Internal personnel","accessConditions":"Savoir utiliser un ordinateur (Windows...) : naviguer sur internet (Internet Explorer ou Firefox), utiliser un traitement de texte (Word ou OpenOffice).","maxParticipants":null,"contacts":[],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[],"organisedByTeams":[{"id":3,"name":"Bilille","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Bilille/?format=json"}],"logo_url":"https://bilille.univ-lille.fr/fileadmin/_processed_/9/2/csm_logo_bilille_complet_65be9bda8b.png","updated_at":"2024-12-09T17:42:24.618464Z","audienceTypes":[],"audienceRoles":[],"difficultyLevel":"","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":null,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":null,"personalised":null,"event_set":[]},{"id":341,"name":"Cycle « Analyse de données de séquençage à haut-débit » - Module 3/6 : Métagénomique - version 2020","shortName":"","description":"Bilille propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.\r\nCe cycle est composé de 6 modules, à la carte : \r\n- Module 1: Analyses ADN\r\n- Module 2: Analyses de variants\r\n- Module 3 : Métagénomique\r\n- Module 4: ChIP-seq\r\n- Module 5: Analyses RNA-seq, bioinformatique\r\n- Module 6: Analyses RNA-seq, biostatistique\r\nLes fiches descriptives sont accessibles sur le site de Bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy.\r\nLes objectifs du module 3 sont :\r\n- Connaître les différentes méthodes de séquençage à haut débit pour la métagénomique, avec leurs avantages et leurs limites : métagénomique ciblée, métagénomique génomes entiers, métatranscriptomique\r\n- Comprendre les différentes étapes analytiques du traitement bioinformatique des données et savoir les mettre en œuvre\r\n- Savoir conduire une analyse statistique pour l’estimation de la richesse de la biodiversité\r\n- Aller jusqu’aux conclusions biologiques","homepage":"https://bilille.univ-lille.fr/training/training-offer","is_draft":false,"costs":["Free"],"topics":[],"keywords":[],"prerequisites":["Galaxy - Basic usage"],"openTo":"Internal personnel","accessConditions":"- Etre familier avec la plate-forme web Galaxy (idéalement avoir suivi la formation bilille « Initiation à Galaxy »)\r\n- Avoir suivi le module 1/5 « Analyses ADN » de ce cycle ou toute autre formation permettant de justifier de connaissances sur les données de séquençage haut débit et leur alignement. Etre familier avec le vocabulaire et les étapes de base de l’analyse de données de séquençage : nettoyage, assemblage, mapping","maxParticipants":null,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/487/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":66,"name":"University of Lille","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20of%20Lille/?format=json"},{"id":56,"name":"INSERM","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=json"},{"id":52,"name":"CNRS","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":3,"name":"Bilille","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Bilille/?format=json"}],"logo_url":"https://bilille.univ-lille.fr/fileadmin/_processed_/9/2/csm_logo_bilille_complet_65be9bda8b.png","updated_at":"2024-12-09T17:40:08.187982Z","audienceTypes":[],"audienceRoles":[],"difficultyLevel":"","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":null,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":null,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/548/?format=json"]},{"id":152,"name":"Cycle « Analyse de données de séquençage à haut-débit » - Module 5/5 : Métagénomique","shortName":"","description":"Bilille propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.\r\nCe cycle est composé de 5 modules, à la carte : \r\n- Module 1: Analyses ADN\r\n- Module 2: Analyses de variants\r\n- Module 3: Analyses RNA-seq, bioinformatique\r\n- Module 4: Analyses RNA-seq, biostatistique\r\n- Module 5: Métagénomique\r\nLes fiches descriptives sont accessibles sur le site de Bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy.\r\nLes objectifs du module 5 sont :\r\n- Connaître les différentes méthodes de séquençage à haut débit pour la métagénomique, avec leurs avantages et leurs limites : métagénomique ciblée, métagénomique génomes entiers, métatranscriptomique\r\n- Comprendre les différentes étapes analytiques du traitement bioinformatique des données et savoir les mettre en œuvre\r\n- Savoir conduire une analyse statistique pour l’estimation de la richesse de la biodiversité\r\n- Aller jusqu’aux conclusions biologiques","homepage":"https://bilille.univ-lille.fr/training/training-offer","is_draft":false,"costs":[],"topics":[],"keywords":["NGS Data Analysis","Metagenomics","Assembly of genomes and transcriptomes","Read alignment on genomes","metatranscriptomics","NGS Sequencing Data Analysis"],"prerequisites":[],"openTo":"Internal personnel","accessConditions":"- Etre familier avec la plate-forme web Galaxy (idéalement avoir suivi la formation bilille « Initiation à Galaxy »)\r\n- Avoir suivi le module 1/5 « Analyses ADN » de ce cycle ou toute autre formation permettant de justifier de connaissances sur les données de séquençage haut débit et leur alignement. Etre familier avec le vocabulaire et les étapes de base de l’analyse de données de séquençage : nettoyage, assemblage, mapping","maxParticipants":null,"contacts":[],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":66,"name":"University of Lille","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20of%20Lille/?format=json"},{"id":56,"name":"INSERM","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=json"},{"id":52,"name":"CNRS","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":3,"name":"Bilille","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Bilille/?format=json"}],"logo_url":"https://bilille.univ-lille.fr/fileadmin/_processed_/9/2/csm_logo_bilille_complet_65be9bda8b.png","updated_at":"2024-12-09T17:42:35.775242Z","audienceTypes":[],"audienceRoles":[],"difficultyLevel":"","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":null,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":null,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/281/?format=json"]},{"id":150,"name":"Cycle « Analyse de données de séquençage à haut-débit » - Module 4/5 : Analyses RNA-seq - partie 2 (biostatistique)","shortName":"","description":"Bilille propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.\r\nCe cycle est composé de 5 modules, à la carte : \r\n- Module 1: Analyses ADN\r\n- Module 2: Analyses de variants\r\n- Module 3: Analyses RNA-seq, bioinformatique\r\n- Module 4: Analyses RNA-seq, biostatistique\r\n- Module 5: Métagénomique\r\nLes fiches descriptives sont accessibles sur le site de Bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy.\r\nLes objectifs du module 4 sont :\r\n- Savoir réaliser une analyse différentielle de données RNA-seq à partir d’une table de comptage (quantifiant les lectures alignées) à l’aide du portail Galaxy\r\n- Avoir un regard critique sur les résultats d’une analyse différentielle\r\n- Comprendre différentes méthodes de normalisation et les contextes d’utilisation correspondants","homepage":"https://bilille.univ-lille.fr/training/training-offer","is_draft":false,"costs":[],"topics":[],"keywords":["NGS Data Analysis","Transcriptomics (RNA-seq)","NGS Sequencing Data Analysis"],"prerequisites":[],"openTo":"Internal personnel","accessConditions":"- Etre familier avec la plate-forme web Galaxy (idéalement avoir suivi la formation bilille « Initiation à Galaxy »)\r\n- Avoir suivi le module 2/5 «Analyses RNA-seq–partie 1 (bioinformatique)» de ce cycle ou toute autre formation permettant de justifier de connaissances sur les données de séquençage haut débit et la façon d’obtenir une table de comptage","maxParticipants":null,"contacts":[],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":66,"name":"University of Lille","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20of%20Lille/?format=json"},{"id":56,"name":"INSERM","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=json"},{"id":52,"name":"CNRS","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":3,"name":"Bilille","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Bilille/?format=json"}],"logo_url":"https://bilille.univ-lille.fr/fileadmin/_processed_/9/2/csm_logo_bilille_complet_65be9bda8b.png","updated_at":"2024-12-09T17:42:50.474644Z","audienceTypes":[],"audienceRoles":[],"difficultyLevel":"","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":null,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":null,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/279/?format=json"]},{"id":403,"name":"Cycle « Analyse de données de séquençage à haut-débit » - Module Analyses RNA-seq","shortName":"","description":"Bilille propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.\r\nCe cycle est composé des modules suivants, à la carte : \r\n- Module Analyses ADN\r\n- Module Analyses RNA-seq, bioinformatique et biostatistique\r\n\r\nLes fiches descriptives sont accessibles sur le site de Bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy.\r\n\r\nLes objectifs du module Analyses RNA-seq sont :\r\n- Savoir réaliser une analyse transcriptomique par RNA-seq avec ou sans (de novo) génome de référence à l’aide du portail Galaxy\r\n- Avoir un regard critique sur la qualité des lectures obtenues par le séquenceur\r\n- Connaître et savoir paramétrer les outils nécessaires à l’analyse\r\n- Savoir réaliser une analyse différentielle de données RNA-seq à partir d’une table de comptage (quantifiant les lectures alignées) à l’aide du portail Galaxy\r\n- Avoir un regard critique sur les résultats d’une analyse différentielle\r\n- Comprendre différentes méthodes de normalisation et les contextes d’utilisation correspondants","homepage":"https://bilille.univ-lille.fr/training/training-offer","is_draft":false,"costs":["Free"],"topics":["http://edamontology.org/topic_3170","http://edamontology.org/topic_3308"],"keywords":["RNA-seq","Transcriptomics (RNA-seq)"],"prerequisites":["Galaxy - Basic usage"],"openTo":"Internal personnel","accessConditions":"Etre familier avec la plate-forme web Galaxy (idéalement avoir suivi la formation bilille « Initiation à Galaxy »)\r\nAvoir suivi le module 1/5 « Analyses ADN » de ce cycle ou toute autre formation permettant de justifier de connaissances sur les données de séquençage haut débit et leur alignement.","maxParticipants":null,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/487/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":66,"name":"University of Lille","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20of%20Lille/?format=json"},{"id":56,"name":"INSERM","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=json"},{"id":52,"name":"CNRS","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":3,"name":"Bilille","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Bilille/?format=json"}],"logo_url":"https://bilille.univ-lille.fr/fileadmin/_processed_/9/2/csm_logo_bilille_complet_65be9bda8b.png","updated_at":"2026-02-10T13:01:51.255545Z","audienceTypes":[],"audienceRoles":[],"difficultyLevel":"","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":null,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":null,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/776/?format=json"]},{"id":149,"name":"Cycle « Analyse de données de séquençage à haut-débit » - Module 1/5 : Analyses ADN","shortName":"","description":"Bilille propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.\r\nCe cycle est composé de 5 modules, à la carte : \r\n- Module 1: Analyses ADN\r\n- Module 2: Analyses de variants\r\n- Module 3: Analyses RNA-seq, bioinformatique\r\n- Module 4: Analyses RNA-seq, biostatistique\r\n- Module 5: Métagénomique\r\nLes fiches descriptives sont accessibles sur le site de Bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy.\r\nLes objectifs du module 1 sont :\r\n- Apprendre à manipuler des données de séquençage d’ADN\r\n- Réaliser des contrôles de qualité et du nettoyage des lectures\r\n- Présenter les méthodes et outils d'alignement\r\n- Réaliser des contrôles de qualité et des alignements sur une référence\r\n- Introduction à l’assemblage des lectures sans référence\r\n- Utiliser la plateforme Galaxy pour ces analyses","homepage":"https://bilille.univ-lille.fr/training/training-offer","is_draft":false,"costs":[],"topics":[],"keywords":["NGS Data Analysis","Assembly of genomes and transcriptomes","Read alignment on genomes","NGS Sequencing Data Analysis"],"prerequisites":["Galaxy - Basic usage"],"openTo":"Internal personnel","accessConditions":"Etre familier avec la plate-forme web Galaxy (idéalement avoir suivi la formation bilille « Initiation à Galaxy »)","maxParticipants":null,"contacts":[],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":66,"name":"University of Lille","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20of%20Lille/?format=json"},{"id":56,"name":"INSERM","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=json"},{"id":52,"name":"CNRS","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":3,"name":"Bilille","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Bilille/?format=json"}],"logo_url":"https://bilille.univ-lille.fr/fileadmin/_processed_/9/2/csm_logo_bilille_complet_65be9bda8b.png","updated_at":"2024-12-09T17:42:57.676184Z","audienceTypes":[],"audienceRoles":[],"difficultyLevel":"","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":null,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":null,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/278/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/515/?format=json"]}]}