{"count":388,"next":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/training/?format=json&limit=20&offset=220&ordering=costs","previous":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/training/?format=json&limit=20&offset=180&ordering=costs","results":[{"id":360,"name":"Modélisation in silico de structures 3D de protéines. Prédiction de mutations, de fixation de ligands","shortName":"Modélisation de structures 3D de protéines","description":"Objectifs pédagogiques\r\nA l’issue de la formation, les stagiaires connaîtront les principales fonctionnalités du logiciel PyMOL. Ils seront capables de les appliquer pour visualiser leur système biologique d’intérêt, et d’effectuer des commandes basiques d’identification de poches catalytiques, de profilage de surface électrostatique, et de mutations d’acides aminés.\r\n\r\nAussi, ils connaîtront les bases et les outils de bioinformatique structurale et seront autonomes pour effectuer des modèles de protéines par prédiction (Alphafold2), calculer les meilleures poses de fixation de leur(s) ligand(s) (Autodock4) et reconstruire l’éventuel assemblage biologique.\r\n\r\nBonus : Ils s’approprieront ces outils avec une demi-journée dédiée à la modélisation de leur système d’étude : protéines, interactions protéines/ADN, arrimage de ligand, etc.\r\n\r\nProgramme\r\nVisualiser :\r\n* Maîtriser les bases de la visualisation des protéines en 3D avec PyMOL.\r\nComprendre :\r\n* Analyser des structures 3D de protéines (RX ou RMN).\r\n* Identifier des homologues avec HHpred.\r\n* Modéliser par prédiction sa protéine d’intérêt avec Alphafold2.\r\nPrédire :\r\n* Savoir calculer des meilleures poses de ligands avec Autodock.\r\n* Prédir et modéliser les mutations in silico.\r\n\r\n- Points forts et limites des différents outils\r\n- ️“hand- on tutorials”\r\n- Plus une session dédiée : «bring your own protein»","homepage":"https://documents.migale.inrae.fr/trainings.html","is_draft":false,"costs":["Priced"],"topics":["http://edamontology.org/topic_1317"],"keywords":["Protein structures","2D/3D","Protein/protein interaction modelisation"],"prerequisites":[],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":10,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/769/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":82,"name":"INRAE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=json"},{"id":88,"name":"BioinfOmics","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=json"}],"organisedByTeams":[],"logo_url":"https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png","updated_at":"2024-01-18T14:36:41.185563Z","audienceTypes":["Professional (initial)"],"audienceRoles":["Biologists","Bioinformaticians"],"difficultyLevel":"Novice","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"A l’issue de la formation, les stagiaires connaîtront les principales fonctionnalités du logiciel PyMOL. Ils seront capables de les appliquer pour visualiser leur système biologique d’intérêt, et d’effectuer des commandes basiques d’identification de poches catalytiques, de profilage de surface électrostatique, et de mutations d’acides aminés.\r\n\r\nAussi, ils connaîtront les bases et les outils de bioinformatique structurale et seront autonomes pour effectuer des modèles de protéines par prédiction (Alphafold2), calculer les meilleures poses de fixation de leur(s) ligand(s) (Autodock4) et reconstruire l’éventuel assemblage biologique.\r\n\r\nBonus : Ils s’approprieront ces outils avec une demi-journée dédiée à la modélisation de leur système d’étude : protéines, interactions protéines/ADN, arrimage de ligand, etc.","hoursPresentations":4,"hoursHandsOn":8,"hoursTotal":12,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/585/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/699/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/783/?format=json"]},{"id":361,"name":"Initiation à Linux / Introduction to Linux","shortName":"Initiation à Linux","description":"Objectifs pédagogiques\r\nÀ l'issue de la formation, les stagiaires connaîtront les principales commandes Linux et sauront utiliser le système Linux.\r\n\r\nProgramme\r\n* Connexion (ssh) et transferts de fichiers (scp, rsync)\r\n* Interfaces graphiques (Gnome, KDE) / émulateurs\r\n* Aide en ligne\r\n* Utilisation du shell : le rappel des commandes, l’historique, la complétion\r\n* Système de fichiers : arborescence et chemin d’accès, le répertoire d’accueil…\r\n* Gestion des fichiers et des répertoires\r\n* Principe de protection : les attributs sur les fichiers, les droits d’accès","homepage":"https://documents.migale.inrae.fr/trainings.html","is_draft":false,"costs":["Priced"],"topics":["http://edamontology.org/topic_0605"],"keywords":["Linux"],"prerequisites":[],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":10,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/769/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":82,"name":"INRAE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=json"},{"id":88,"name":"BioinfOmics","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":10,"name":"MIGALE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MIGALE/?format=json"}],"logo_url":"https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png","updated_at":"2024-01-18T14:43:04.391836Z","audienceTypes":["Professional (continued)"],"audienceRoles":["Biologists"],"difficultyLevel":"Novice","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"À l'issue de la formation, les stagiaires connaîtront les principales commandes Linux et sauront utiliser le système Linux.","hoursPresentations":1,"hoursHandsOn":5,"hoursTotal":6,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/586/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/781/?format=json"]},{"id":362,"name":"Analyse statistique de données RNA-Seq - Recherche des régions d’intérêt différentiellement exprimées","shortName":"Analyse statistique de données RNA-Seq","description":"Objectifs pédagogiques\r\n* Se sensibiliser aux concepts et méthodes statistiques pour l’analyse de données transcriptomiques de type RNA-Seq.\r\n* Comprendre le matériel et méthodes (normalisation et tests statistiques) d’un article.\r\n* Réaliser une étude transcriptomique avec R dans l’environnement RStudio.\r\n\r\nProgramme\r\n* Planification expérimentale des expériences RNA-Seq (identification des biais, répétitions, biais contrôlables).\r\n* Normalisation et analyse différentielle : recherche de “régions d’intérêt” différentiellement exprimées (modèle linéaire généralisé).\r\n*Prise en compte de la multiplicité des tests.\r\n\r\nLe cours sera illustré par différents exemples. Un jeu de données à deux facteurs sera analysé avec les packages R DESeq2 et edgeR dans l’environnement RStudio.","homepage":"https://documents.migale.inrae.fr/trainings.html","is_draft":false,"costs":["Priced"],"topics":["http://edamontology.org/topic_3170","http://edamontology.org/topic_0203","http://edamontology.org/topic_3308"],"keywords":["Statistical differential analysis","RNA-seq"],"prerequisites":["Basic knowledge of R"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":10,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/769/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":82,"name":"INRAE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=json"},{"id":88,"name":"BioinfOmics","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":10,"name":"MIGALE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MIGALE/?format=json"}],"logo_url":"https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png","updated_at":"2024-01-18T14:50:06.093352Z","audienceTypes":["Professional (continued)"],"audienceRoles":["Biologists","Bioinformaticians"],"difficultyLevel":"Novice","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"Objectifs pédagogiques :\r\nSe sensibiliser aux concepts et méthodes statistiques pour l’analyse de données transcriptomiques de type RNA-Seq.\r\nComprendre le matériel et méthodes (normalisation et tests statistiques) d’un article.\r\nRéaliser une étude transcriptomique avec R dans l’environnement RStudio.","hoursPresentations":4,"hoursHandsOn":8,"hoursTotal":12,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/786/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/587/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/695/?format=json"]},{"id":363,"name":"Introduction au text-mining avec AlvisNLP","shortName":"Introduction to text-mining with AlvisNLP","description":"Objectifs pédagogiques\r\nCette formation est dédiée à l’analyse de données textuelles (text-mining). L’objectif est l’acquisition des principales techniques pour la Reconnaissance d’Entités Nommées (REN) à partir de textes. Les entités nommées étudiées dans cette formation sont des objets ou concepts d’intérêts mentionnés dans les articles scientifiques ou les champs en texte libre (taxons, gènes, protéines, marques, etc.).\r\n\r\nLes participants vont acquérir les compétences pratiques nécessaires pour effectuer de façon autonome une première approche pour une application de text-mining. Le format est celui de Travaux Pratiques utilisant AlvisNLP, un outil pour la création de pipelines en text-mining développé par l’équipe Bibliome de l’unité MaIAGE. La formation s’adresse à des chercheurs et ingénieurs en (bio)-informatique ou en maths-info-stats appliquées\r\n\r\nProgramme\r\n* Présentation du text-mining et de la Reconnaissance des Entités Nommées (REN)\r\n* Travaux Pratiques sur des techniques de REN en utilisant AlvisNLP\r\n* Projection de lexiques\r\n* Application de patrons\r\n* Apprentissage automatique","homepage":"https://documents.migale.inrae.fr/trainings.html","is_draft":false,"costs":["Priced"],"topics":["http://edamontology.org/topic_3474","http://edamontology.org/topic_0605"],"keywords":["Text mining"],"prerequisites":["Linux - Basic Knowledge"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":10,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/769/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":82,"name":"INRAE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=json"},{"id":88,"name":"BioinfOmics","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":10,"name":"MIGALE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MIGALE/?format=json"}],"logo_url":"https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png","updated_at":"2024-01-18T14:56:19.822106Z","audienceTypes":["Professional (continued)"],"audienceRoles":["Life scientists","Biologists","Bioinformaticians"],"difficultyLevel":"Novice","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"Cette formation est dédiée à l’analyse de données textuelles (text-mining). L’objectif est l’acquisition des principales techniques pour la Reconnaissance d’Entités Nommées (REN) à partir de textes. Les entités nommées étudiées dans cette formation sont des objets ou concepts d’intérêts mentionnés dans les articles scientifiques ou les champs en texte libre (taxons, gènes, protéines, marques, etc.).\r\n\r\nLes participants vont acquérir les compétences pratiques nécessaires pour effectuer de façon autonome une première approche pour une application de text-mining. Le format est celui de Travaux Pratiques utilisant AlvisNLP, un outil pour la création de pipelines en text-mining développé par l’équipe Bibliome de l’unité MaIAGE. La formation s’adresse à des chercheurs et ingénieurs en (bio)-informatique ou en maths-info-stats appliquées","hoursPresentations":5,"hoursHandsOn":7,"hoursTotal":12,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/588/?format=json"]},{"id":375,"name":"RNASeq Analysis","shortName":"RNASeq Analysis","description":"Objectives\r\n- Understand the key steps in RNASeq data analysis for a differential expression study\r\n- Know how to perform command-line analysis using Snakemake.\r\n\r\nPedagogical Content\r\nDay 1\r\n- Principle of RNASeq technology: objectives and experimental design.\r\n- Data quality assessment (FastQC, MultiQC).\r\n- Sequence alignment to a reference genome (STAR).\r\n\r\nDay 2\r\n- Differential gene expression analysis (HTSeqCount, DESeq2).\r\n- Functional annotation (GO, Kegg).\r\n- Using the Snakemake workflow system.\r\n- Comparison between RNASeq and 3’SRP methods.\r\n\r\nThe theoretical part is followed by a pipeline run step-by-step on a test dataset. \r\nIt will be possible to start an analysis on your own data.","homepage":"https://pf-bird.univ-nantes.fr/training/rnaseq/","is_draft":false,"costs":["Priced"],"topics":[],"keywords":[],"prerequisites":[],"openTo":"Everyone","accessConditions":"- Be comfortable with basic Linux commands or have completed the training course “Introduction to the command-line interface.”\r\n- Be familiar with the use of a computing cluster, conda/mamba et snakemake or have completed the training course “Best practices in bioinformatics.”","maxParticipants":12,"contacts":[],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[],"organisedByTeams":[{"id":16,"name":"BiRD","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/BiRD/?format=json"}],"logo_url":"https://bird.univ-nantes.io/website/images/logo/logo.svg","updated_at":"2026-03-02T16:30:29.225935Z","audienceTypes":["Professional (continued)"],"audienceRoles":["Life scientists","Biologists","Bioinformaticians"],"difficultyLevel":"","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":7,"hoursHandsOn":7,"hoursTotal":14,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/746/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/603/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/640/?format=json"]},{"id":384,"name":"EBAII - Ecole de Bioinformatique niveau intermédiaire","shortName":"EBAII N2","description":"Objectifs: L’école s’articulera autour de trois ateliers thématiques en session parallèle (RNA-seq, ChIP-seq, variants DNA-seq), et abordera la visualisation et l’intégration des données. \r\n\r\nEnvironnement de travail: L’ensemble de la formation reposera sur l’utilisation de commandes en ligne (terminal Linux) et du langage R. \r\n\r\nPrérequis: Les candidats doivent avoir acquis les compétences enseignées durant l’école de niveau débutant: un niveau de base en ligne de commande, R, et (au choix) RNA-seq, ChIP-seq ou variants DNA-seq.","homepage":"","is_draft":false,"costs":["Priced"],"topics":["http://edamontology.org/topic_3391","http://edamontology.org/topic_3366","http://edamontology.org/topic_0092","http://edamontology.org/topic_3168","http://edamontology.org/topic_0091"],"keywords":["Biostatistics","Sequence analysis","NGS Sequencing Data Analysis"],"prerequisites":[],"openTo":"Everyone","accessConditions":"La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS)  avec un niveau de base en ligne de commande, R, et (au choix) RNA-seq, ChIP-seq ou variants DNA-seq.","maxParticipants":null,"contacts":[],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[],"organisedByTeams":[],"logo_url":"https://www.sb-roscoff.fr/sites/www.sb-roscoff.fr/files/styles/large/public/images/station-biologique-roscoff-roscoff-4404.jpg","updated_at":"2024-12-05T07:33:48.573507Z","audienceTypes":[],"audienceRoles":["Biologists"],"difficultyLevel":"","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":null,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":null,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/644/?format=json"]},{"id":386,"name":"Interactive Online Companionship - R formation","shortName":"IOC - R","description":"InforBio offers online bioinformatics training tailored to the needs of research labs, with small group sessions to ensure personalized learning. Our program is designed to help you acquire key skills for independent data analysis.\r\n\r\nWe offer a comprehensive 6-month program, including a post-training feedback session to support practical application.\r\n\r\nTraining Program\r\nR Training (January to March 2025) – 10 sessions of 2.5 hours – €800 for academics\r\nThis course covers the basics of R: data organization and filtering, basic statistical analyses, and creating publication-ready graphics. The goal is to make you self-sufficient in using R for your own analyses.\r\n\r\n\r\nKey Highlights:\r\nSmall group sessions for interactive and personalized learning.\r\nTailored feedback on your own data to reinforce the learning process.\r\nLimited spots available, registration is now open.","homepage":"https://inforbio.github.io/ioc_r_scrnaseq.html","is_draft":false,"costs":["Priced"],"topics":[],"keywords":[],"prerequisites":["none"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":16,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/809/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[{"id":18,"name":"IBiSA","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/IBiSA/?format=json"},{"id":19,"name":"Sorbonne Université","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Sorbonne%20Universit%C3%A9/?format=json"}],"organisedByOrganisations":[],"organisedByTeams":[],"logo_url":"https://github.com/InforBio/InforBio.github.io/blob/main/images/logoInforBio_fond_blanc.png?raw=true","updated_at":"2024-12-10T08:59:06.862553Z","audienceTypes":[],"audienceRoles":[],"difficultyLevel":"Novice","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":25,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":null,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/663/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/730/?format=json"]},{"id":387,"name":"Interactive Online Companionship - SingleCell RNAseq Analysis with R Seurat","shortName":"IOC - SingleCell","description":"InforBio offers online bioinformatics training tailored to the needs of research labs, with small group sessions to ensure personalized learning. Our program is designed to help you acquire key skills for independent data analysis.\r\n\r\nWe offer a comprehensive 3-month program, including a post-training feedback session to support practical application.\r\n\r\nAnalyse de données scRNAseq (avril à juin 2025) – 10 sessions de 2h30 – 2000 € Apprenez à analyser des données de séquençage ARN en cellules uniques grâce à des cas pratiques.Vous travaillerez d’abord sur un jeu de données fourni, puis sur vos propres données, avec un retour personnalisé sur votre projet. Cette formation requiert une bonne maîtrise de R.\r\n\r\nKey Highlights:\r\nSmall group sessions for interactive and personalized learning.\r\nTailored feedback on your own data to reinforce the learning process.\r\nLimited spots available, registration is now open.","homepage":"https://inforbio.github.io/ioc_r_scrnaseq.html","is_draft":false,"costs":["Priced"],"topics":[],"keywords":["Single-Cell Analysis"],"prerequisites":["R programming"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"Followed R training or equivalent level","maxParticipants":6,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/809/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[{"id":18,"name":"IBiSA","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/IBiSA/?format=json"},{"id":19,"name":"Sorbonne Université","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Sorbonne%20Universit%C3%A9/?format=json"}],"organisedByOrganisations":[],"organisedByTeams":[],"logo_url":"https://github.com/InforBio/InforBio.github.io/blob/main/images/logoInforBio_fond_blanc.png?raw=true","updated_at":"2025-09-11T14:25:26.499365Z","audienceTypes":[],"audienceRoles":[],"difficultyLevel":"Intermediate","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":25,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":null,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/665/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/729/?format=json"]},{"id":409,"name":"Introduction to single-cell RNAseq analysis","shortName":"Intro Single-cell","description":"Objectives\r\n- Understand and learn the main steps of scRNA-seq data analysis, up to marker gene detection and cell type identification.\r\n- Be able to use the Seurat package on a small test dataset, from count matrices to clustering and cluster annotation.\r\n- Understand the basics of the analysis in order to apply them to one’s own dataset.\r\n\r\nCourse Content\r\nI. Introduction\r\n- Single-cell RNA sequencing\r\n- From raw sequencing data to count matrices\r\n- Software tools\r\n\r\nII. Preprocessing of the expression matrix (Theory and Practice)\r\n- Quality control\r\n- Normalization\r\n- Dimensionality reduction (HVG, PCA, UMAP)\r\n- Detection of expression biases\r\n\r\nIII. Annotation (Theory and Practice)\r\n- Clustering\r\n- Marker genes\r\n- Cell type identification\r\n- Analysis of marker gene lists with the R package ClusterProfiler\r\n\r\nIV. Practical Workshop “Bring your own data”\r\n- Semi-autonomous execution of primary analysis on learners’ own data","homepage":"https://pf-bird.univ-nantes.fr/training/singlecell/","is_draft":false,"costs":["Priced"],"topics":[],"keywords":[],"prerequisites":[],"openTo":"Everyone","accessConditions":"1. Good knowledge of R or having completed the training “Bioanalysis Training: Introduction to the R Programming Language.”\r\n\r\n2. Have your own data or data of interest collected from public databases (cellXgene, Single Cell Portal, …).","maxParticipants":20,"contacts":[],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[],"organisedByTeams":[],"logo_url":"https://bird.univ-nantes.io/website/images/logo/logo.svg","updated_at":"2026-03-26T14:34:54.143222Z","audienceTypes":[],"audienceRoles":[],"difficultyLevel":"","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":null,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":null,"personalised":null,"event_set":[]},{"id":406,"name":"Analyse de données de métabarcoding","shortName":"Métabarcoding","description":"Cette formation est dédiée à l’analyse de données de type “metabarcoding” issues de la technologie de séquençage Illumina. Nous aborderons les différentes étapes bioinformatiques nécessaires pour transformer les données de séquençage brutes en table d’abondances. Nous présenterons également les outils et méthodologies classiquement utilisés pour décrire la diversité observée et comparer les échantillons.\r\n\r\nA l’issue des 4 jours de formation, les stagiaires connaîtront le périmètre, les avantages et limites des analyses de données de séquençage amplicons (métabarcoding). Ils seront capables d’utiliser les outils de FROGS sur les jeux de données de la formation (16S et ITS) et sauront utiliser l’application Easy16S.\r\n\r\nIls seront capables d’identifier les outils et méthodes adaptées au cadre de leurs analyses. S’ils ont en leur possession un jeu de données à analyser, ils sont encouragés à venir avec celui- ci.\r\n\r\nProgramme :\r\n\r\n\r\nAnalyses bioinformatiques sous Galaxy\r\n\r\n    Introduction générale sur les données amplicons\r\n    Présentation et mise en application avec la suite FROGS du nettoyage des données, du clustering, de la détection de chimères, de l’assignation taxonomique et des étapes annexes\r\n    Conclusion, limite des méthodes, outils compagnons\r\n\r\nAnalyses statistiques avec Easy16S\r\n\r\n    Introduction générale\r\n    Import, manipulation et visualisation des données\r\n    Mesure de diversités : Unifrac, Bray-Curtis, etc.\r\n    Ordination et réduction de dimension : MDS\r\n    Clustering et Heatmap\r\n    Comparaison d’échantillons : PERMANOVA, adonis\r\n\r\nMise en application sur données personnelles ou publiques","homepage":"https://documents.migale.inrae.fr/trainings.html","is_draft":false,"costs":["Priced"],"topics":["http://edamontology.org/topic_3697"],"keywords":["Metabarcoding"],"prerequisites":[],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":10,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/769/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":82,"name":"INRAE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=json"},{"id":88,"name":"BioinfOmics","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":10,"name":"MIGALE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MIGALE/?format=json"}],"logo_url":"https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png","updated_at":"2026-02-12T10:53:42.895487Z","audienceTypes":["Professional (continued)"],"audienceRoles":["Biologists","Bioinformaticians"],"difficultyLevel":"Novice","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"Cette formation est dédiée à l’analyse de données de type “metabarcoding” issues de la technologie de séquençage Illumina. Nous aborderons les différentes étapes bioinformatiques nécessaires pour transformer les données de séquençage brutes en table d’abondances. Nous présenterons également les outils et méthodologies classiquement utilisés pour décrire la diversité observée et comparer les échantillons.\r\n\r\nA l’issue des 4 jours de formation, les stagiaires connaîtront le périmètre, les avantages et limites des analyses de données de séquençage amplicons (métabarcoding). Ils seront capables d’utiliser les outils de FROGS sur les jeux de données de la formation (16S et ITS) et sauront utiliser l’application Easy16S.\r\n\r\nIls seront capables d’identifier les outils et méthodes adaptées au cadre de leurs analyses. S’ils ont en leur possession un jeu de données à analyser, ils sont encouragés à venir avec celui- ci.","hoursPresentations":12,"hoursHandsOn":12,"hoursTotal":24,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/792/?format=json"]},{"id":392,"name":"Introduction au language R / Introduction to R langage","shortName":"Introduction to R langage","description":"Objectifs pédagogiques :\r\nÀ l’issue de la formation, les stagiaires connaîtront les principales fonctionnalités du langage R et ses principes. Ils seront capables de les appliquer pour effectuer des calculs ou des représentations graphiques simples. Ils seront de plus autonomes pour manipuler leurs tableaux de données.\r\nAttention : ce module n’est ni un module de statistique, ni un module d’analyse statistique des données.\r\n\r\nProgramme :\r\n* Structures et manipulation de données\r\n* Principaux éléments du langage de programmation (boucle, fonctions…)\r\n* Différentes représentations graphiques de données/résultats (plot, histogramme, boxplot)","homepage":"https://documents.migale.inrae.fr/trainings.html","is_draft":false,"costs":["Priced"],"topics":["http://edamontology.org/topic_0605"],"keywords":["R Language"],"prerequisites":[],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":10,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/769/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":82,"name":"INRAE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=json"},{"id":88,"name":"BioinfOmics","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":10,"name":"MIGALE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/MIGALE/?format=json"}],"logo_url":"https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png","updated_at":"2025-01-23T14:09:34.394672Z","audienceTypes":[],"audienceRoles":[],"difficultyLevel":"Novice","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":2,"hoursHandsOn":10,"hoursTotal":12,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/684/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/777/?format=json"]},{"id":393,"name":"Pandas : gérer, analyser, visualiser vos données efficacement","shortName":"","description":"Les objectifs de cette formation sont :\r\n- Importer, exporter, gérer, analyser des données tabulaires\r\n- Calculer des données dérivées\r\n- Combiner et interroger des données complexes\r\n- Calculer des statistiques descriptives des données\r\n- Visualiser et synthétiser les données sous formes graphiques","homepage":"https://cnrsformation.cnrs.fr/python-et-module-pandas-pour-gerer-et-analyser-donnees?mc=Pandas","is_draft":false,"costs":["Priced"],"topics":["http://edamontology.org/topic_0091"],"keywords":["Python Language"],"prerequisites":["Linux - Basic Knowledge"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"- Notions de base en informatique : fichiers, répertoire, organisation des données\r\n- Connaissance de base de la programmation en Python (activité régulière d'écriture de scripts en Python)\r\n- Maitrise d'un environnement de développement ou éditeur de programmes/scripts","maxParticipants":12,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/528/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[{"id":6,"name":"CNRS formation entreprise","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/CNRS%20formation%20entreprise/?format=json"}],"organisedByOrganisations":[],"organisedByTeams":[{"id":7,"name":"ATGC","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ATGC/?format=json"}],"logo_url":"http://www.atgc-montpellier.fr/pictures/ATGClogo.svg","updated_at":"2025-02-11T08:32:41.454179Z","audienceTypes":["Professional (continued)"],"audienceRoles":[],"difficultyLevel":"","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"Jour 1\r\nMatin :\r\n- Initiation Pandas, structures de données Series et DataFrame, chargement de données à partir de fichiers de données tabulaires\r\nAprès-midi :\r\n- Requêtes et outils de sélection\r\n\r\nJour 2\r\nMatin :\r\n- Fusion, concaténation, jointure de tables, regroupement de sous-ensembles\r\nAprès-midi :\r\n- Indexation simple et multiple, réindexation, export et sauvegarde\r\n\r\nJour 3\r\nMatin :\r\n- Visualisation et réalisation de graphiques\r\nAprès-midi :\r\n- Analyse de données des participants","hoursPresentations":null,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":21,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/702/?format=json"]},{"id":398,"name":"Practical session REPET","shortName":"REPET","description":"How to use REPET for de novo TE annotation","homepage":"","is_draft":false,"costs":["Priced"],"topics":["http://edamontology.org/topic_0798","http://edamontology.org/topic_0780","http://edamontology.org/topic_0091"],"keywords":[],"prerequisites":["none"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"Public","maxParticipants":null,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/131/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":39,"name":"URGI - US1164","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/URGI%20-%20US1164/?format=json"},{"id":82,"name":"INRAE","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":26,"name":"URGI","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/URGI/?format=json"}],"logo_url":"https://urgi.versailles.inra.fr/extension/inra/design/urgi/images/logoURGI_res72_2-82X1-98.png","updated_at":"2025-09-12T12:48:41.366810Z","audienceTypes":["Graduate","Professional (initial)","Professional (continued)"],"audienceRoles":["All"],"difficultyLevel":"Novice","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":null,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":null,"personalised":false,"event_set":[]},{"id":399,"name":"Interactive Online Companionship - R formation 2026","shortName":"IOC - R","description":"Introduction R for data science (November 2025 to January 2026) – 10 sessions of 3 hours – €800\r\n\r\nThis course covers the basics of R, data organization and filtering, basic statistics, and creation of publication-ready graphics. The goal is to make you self-sufficient in using R for your own analyses.\r\n\r\n\r\nKey Highlights:\r\n\r\nSmall group sessions for interactive and personalized learning.\r\nHybrid mode with 3 in-person sessions and 7 remote sessions.\r\nHands-on practice with an individualized project presented at the end of each training course.\r\nTailored feedback on your own data.\r\nLimited spots available, registration is now open.","homepage":"https://inforbio.github.io/ioc_r_scrnaseq.html","is_draft":false,"costs":["Priced"],"topics":[],"keywords":[],"prerequisites":["none"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":16,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/809/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[{"id":18,"name":"IBiSA","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/IBiSA/?format=json"},{"id":19,"name":"Sorbonne Université","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Sorbonne%20Universit%C3%A9/?format=json"}],"organisedByOrganisations":[],"organisedByTeams":[],"logo_url":"https://github.com/InforBio/InforBio.github.io/blob/main/images/logoInforBio_fond_blanc.png?raw=true","updated_at":"2025-09-11T14:23:22.054252Z","audienceTypes":[],"audienceRoles":[],"difficultyLevel":"Novice","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":30,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":null,"personalised":null,"event_set":[]},{"id":400,"name":"Interactive Online Companionship - SingleCell RNAseq Analysis with R Seurat 2026","shortName":"IOC - SingleCell","description":"InforBio offers online bioinformatics training tailored to the needs of research labs, with small group sessions to ensure personalized learning. Our program is designed to help you acquire key skills for independent data analysis.\r\n\r\nWe offer a comprehensive 3-month program, including a post-training feedback session to support practical application.\r\n\r\nscRNAseq Data Analysis (March to June 2026) – 10 sessions of 3 hours – €2000\r\n\r\nLearn how to analyze single-cell RNA sequencing data through practical examples. You’ll work on a provided dataset and receive personalized feedback on your own projects. This training requires a proficiency in R.\r\n\r\nKey Highlights:\r\n\r\nSmall group sessions for interactive and personalized learning.\r\nHybrid mode with 3 in-person sessions and 7 remote sessions.\r\nHands-on practice with an individualized project presented at the end of each training course.\r\nTailored feedback on your own data.\r\nLimited spots available, registration is now open.","homepage":"https://inforbio.github.io/ioc_r_scrnaseq.html","is_draft":false,"costs":["Priced"],"topics":[],"keywords":["Single-Cell Analysis"],"prerequisites":["R programming"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"Followed R training or equivalent level","maxParticipants":6,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/809/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[{"id":18,"name":"IBiSA","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/IBiSA/?format=json"},{"id":19,"name":"Sorbonne Université","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Sorbonne%20Universit%C3%A9/?format=json"}],"organisedByOrganisations":[],"organisedByTeams":[],"logo_url":"https://github.com/InforBio/InforBio.github.io/blob/main/images/logoInforBio_fond_blanc.png?raw=true","updated_at":"2025-09-11T14:25:40.282013Z","audienceTypes":[],"audienceRoles":[],"difficultyLevel":"Intermediate","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":30,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":null,"personalised":null,"event_set":[]},{"id":272,"name":"Molecular Phylogeny - Level 2","shortName":"Phylogénie moléculaire - Niveau 2","description":"OBJECTIF\r\n- Être capable de tester des hypothèses et d'ajuster des modèles permettant de comprendre l'évolution à l'échelle moléculaire\r\n\r\nPRÉREQUIS\r\n- Avoir déjà utilisé les logiciels de base en phylogénie moléculaire\r\n- Maîtriser les notions de base en statistiques (tests statistiques, principe du bootstrap, intervalles de confiances, etc.) et de probabilités (probabilités jointes / conditionnelles, théorème de Bayes, etc.)\r\n- Maîtriser un langage de programmation\r\n- Notions de phylogénie moléculaire\r\nAvoir suivi le stage \"Phylogénie moléculaire - formation de base\" ou niveau équivalent \r\n\r\nPROGRAMME\r\n- Phylogénétique et génétique des populations\r\n- Détection de sélection positive au sein de séquences codantes\r\n- Datation moléculaire : intégrer fossiles et molécules\r\n- Phylogénomique\r\n- Super-arbres et super-matrices, réconciliations d'arbres\r\n- Visualisation de l'information en phylogénie\r\n- Placement phylogénétique\r\n- Bases d'épidémiologie (modèles en compartiments, ODE, applications, etc)\r\n- Simulations selon une variété de modèles épidémiologiques\r\n- Phylodynamique : combiner épidémiologie et évolution","homepage":"","is_draft":false,"costs":["Priced","1200 €"],"topics":[],"keywords":["Phylogeny","Selection Detection","Phylogenomics"],"prerequisites":[],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":12,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/282/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":1,"name":"CNRS formation entreprises","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS%20formation%20entreprises/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":7,"name":"ATGC","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ATGC/?format=json"}],"logo_url":"https://ressources.france-bioinformatique.fr/sites/default/files/ATGClogox120_0.png","updated_at":"2023-01-24T10:49:17.913427Z","audienceTypes":[],"audienceRoles":[],"difficultyLevel":"","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":null,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":null,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/474/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/511/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/402/?format=json"]},{"id":306,"name":"Molecular Phylogeny - Level 1","shortName":"Phylogénie moléculaire - Niveau 1","description":"OBJECTIF\r\n- Savoir inférer un arbre phylogénétique et l'interpréter\r\n\r\nPRÉREQUIS\r\n- Savoir ce à quoi correspondent des séquences génétiques homologues\r\n- Avoir déjà utilisé les logiciels de base en bioinformatique\r\n- Connaître les notions de base en statistiques (tests, lois probabilistes usuelles, méthodes simples d'estimation de paramètres)\r\n- Avoir des notions de programmation\r\n\r\nPROGRAMME\r\n- Lignes de commandes Linux\r\n- Le format Newick\r\n- Dessin d'arbres\r\n- Alignements multiples et nettoyage\r\n- Modèles d'évolution\r\n- Choix de modèles\r\n- Définitions et propriétés des arbres\r\n- Méthodes de parcimonie\r\n- Méthodes de distance\r\n- Maximum de vraisemblance\r\n- Reconstruction phylogénétique Bayésienne\r\n- Bootstraps et autres supports de branches","homepage":"","is_draft":false,"costs":["1200 €"],"topics":["http://edamontology.org/topic_3299","http://edamontology.org/topic_0084","http://edamontology.org/topic_3293"],"keywords":[],"prerequisites":[],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":12,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/241/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":1,"name":"CNRS formation entreprises","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS%20formation%20entreprises/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":7,"name":"ATGC","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ATGC/?format=json"}],"logo_url":"https://ressources.france-bioinformatique.fr/sites/default/files/ATGClogox120_0.png","updated_at":"2023-01-24T10:44:55.936489Z","audienceTypes":["Professional (continued)"],"audienceRoles":[],"difficultyLevel":"Novice","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"To know how to infer a phylogenetic tree and interpret it.","hoursPresentations":null,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":null,"personalised":true,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/460/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/509/?format=json"]},{"id":324,"name":"Python scripts for bioinformatics and Linux","shortName":"Scripts en Python pour la bioinformatique et environnement Linux","description":"OBJECTIFS\r\n- Connaître les principes et les avantages du système Linux\r\n- Connaître et savoir utiliser les commandes de base permettant de lancer des programmes sous Linux\r\n- Comprendre et savoir lancer des scripts\r\n- Être capable d'écrire des scripts en Python\r\n- Acquérir de l'autonomie pour effectuer des analyses bioinformatiques qui combinent plusieurs outils \r\n\r\nPRÉREQUIS\r\n- Notions de base en informatique : fichiers, répertoires, etc. \r\n\r\nPROGRAMME\r\n- Linux : lignes de commandes, principales commandes, redirection\r\n- Lancer, créer et modifier des scripts\r\n- Notions de variables, de boucles, de choix\r\n- Programmation de scripts : utilisation de paramètres et de variables, combinaison d'outils et de logiciels, écriture des résultats dans un ou plusieurs fichiers\r\n- Création d'un pipeline d'outils","homepage":"","is_draft":false,"costs":["1200 €"],"topics":[],"keywords":["Linux","Python Language"],"prerequisites":[],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":12,"contacts":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/528/?format=json"],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":1,"name":"CNRS formation entreprises","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS%20formation%20entreprises/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":7,"name":"ATGC","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ATGC/?format=json"}],"logo_url":"https://www.france-bioinformatique.fr/sites/default/files/ATGClogox120_0.png","updated_at":"2025-01-23T13:50:29.570608Z","audienceTypes":[],"audienceRoles":[],"difficultyLevel":"","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":null,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":null,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/512/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/703/?format=json"]},{"id":332,"name":"SHORT-READ ALIGNMENT AND SMALL SIZE VARIANTS CALLING","shortName":"","description":"This training session, organized jointly with the Sigenae platform, is designed to introduce NGS data, in particular Illumina Solexa technologies with command line. You will discover the new sequence formats, the assembly formats and the known biases of these technologies. You will use mapping on reference genome software, polymorphisms detection with the GATK pipeline and alignment visualization software.\r\n\r\nThis training is focused on the practice. It consists of modules with a large variety of exercises:\r\n\r\nDay 1 (09:00 am to 12:30 am): Fastq format / Sequence quality. Read mapping.\r\nDay 1 (14:00 pm to 17:00 pm): SAM format. Visualisation.\r\nDay 2 (09:00 am to 17:00 am): Variant calling. VCF format. Variant annotation (SNPeff / SNPsift).\r\n \r\nThe session will take place in the room ‘salle de formation’ at INRAE center of Toulouse-Auzeville.\r\n\r\nPrerequisites: ability to use a Unix environment (see Unix training) and Cluster (see Cluster training).\r\n \r\nTool box: FastQC, BWA, Samtools, Picard tools, GATK, SnpSift / SnpEff, IGV.","homepage":"https://bioinfo.genotoul.fr/index.php/events/alignment-and-small-size-variants-calling/","is_draft":false,"costs":["Non-academic: 550€ + 20% taxes (TVA)","Academic but non-INRAE: 170 € + 20% taxes (TVA)","For INRAE's staff: 150 € no VAT charged;"],"topics":["http://edamontology.org/topic_2885","http://edamontology.org/topic_0102"],"keywords":[],"prerequisites":["Linux/Unix","Cluster"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":12,"contacts":[],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":37,"name":"MIAT - Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/MIAT%20-%20Math%C3%A9matiques%20et%20Informatique%20Appliqu%C3%A9es%20de%20Toulouse/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":22,"name":"Genotoul-bioinfo","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Genotoul-bioinfo/?format=json"}],"logo_url":"https://bioinfo.genotoul.fr/wp-content/uploads/sigenae-text-black-1.png","updated_at":"2025-12-01T11:54:41.351028Z","audienceTypes":[],"audienceRoles":[],"difficultyLevel":"Novice","trainingMaterials":[],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":null,"hoursHandsOn":null,"hoursTotal":null,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/756/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/634/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/530/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/724/?format=json"]},{"id":333,"name":"Improve your command line skills by learning a few words of Perl","shortName":"","description":"This “Perl one-liners” training session is organized by the Sigenae platform. Perl one-liners are small and awesome Perl programs that fit in a single line of code and perform many operations such as replacing of text, spacing, deleting, calculation, manipulation in files and many more. This training will allow you to discover the power of Perl on the command line and learn how to use it to automate your file manipulations and command line generation with classical file formats such as tabulated text, fastq, sam/bam, and vcf.\r\n\r\nThis training lasts one day and is focused on practice. It consists of 3 parts with a large variety of exercises:\r\n\r\nIntroduction to Perl and its characteristics: Perl is a widely used programming language for data processing and task automation. We will introduce the main characteristics of Perl and discuss why it is particularly suited for biologists who want to manipulate files and generate command lines.\r\nPerl on the command line: we will show how to use Perl on the command line to perform common tasks, such as searching and replacing strings, merging files, and loop over lists of files.\r\nConcrete examples: we will present several concrete examples drawn from biology, such as extracting information from genomic sequence files, converting files between different formats, and generating command lines for data biology tools.\r\n \r\nThe session will take place in the room ‘salle de formation MIAT’ at INRAE center of Toulouse-Auzeville.","homepage":"https://bioinfo.genotoul.fr/index.php/events/onelineperl/","is_draft":false,"costs":["Non-academic: 550€ + 20% taxes (TVA)","Academic but non-INRAE: 170 € + 20% taxes (TVA)","For INRAE's staff: 150 € no VAT charged;"],"topics":[],"keywords":["Perl Langage"],"prerequisites":["Linux/Unix","Cluster"],"openTo":"Everyone","accessConditions":"","maxParticipants":12,"contacts":[],"elixirPlatforms":[],"communities":[],"sponsoredBy":[],"organisedByOrganisations":[{"id":37,"name":"MIAT - Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/MIAT%20-%20Math%C3%A9matiques%20et%20Informatique%20Appliqu%C3%A9es%20de%20Toulouse/?format=json"}],"organisedByTeams":[{"id":22,"name":"Genotoul-bioinfo","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Genotoul-bioinfo/?format=json"}],"logo_url":null,"updated_at":"2025-12-01T11:56:55.465635Z","audienceTypes":[],"audienceRoles":[],"difficultyLevel":"Novice","trainingMaterials":[{"id":148,"name":"Perl One-liner - Genotoul-bioinfo","url":"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/trainingmaterial/Perl%20One-liner%20-%20Genotoul-bioinfo/?format=json"}],"learningOutcomes":"","hoursPresentations":3,"hoursHandsOn":3,"hoursTotal":null,"personalised":null,"event_set":["https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/531/?format=json","https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/723/?format=json"]}]}