Training List
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{ "count": 378, "next": null, "previous": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/training/?format=api&limit=20&offset=340&ordering=hoursHandsOn", "results": [ { "id": 124, "name": "Intégration d’outils dans la plateforme web GALAXY ", "shortName": "", "description": "", "homepage": "", "is_draft": false, "costs": [], "topics": [], "keywords": [ "Galaxy" ], "prerequisites": [], "openTo": "Internal personnel", "accessConditions": "", "maxParticipants": null, "contacts": [], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [], "organisedByTeams": [], "logo_url": "", "updated_at": "2022-06-02T11:50:50.812642Z", "audienceTypes": [], "audienceRoles": [], "difficultyLevel": "", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "", "hoursPresentations": null, "hoursHandsOn": null, "hoursTotal": null, "personalised": null, "event_set": [] }, { "id": 125, "name": "Cluster ", "shortName": "", "description": "", "homepage": "", "is_draft": false, "costs": [], "topics": [], "keywords": [ "Programming Languages & Computer Sciences", "Autres langages" ], "prerequisites": [], "openTo": "Internal personnel", "accessConditions": "", "maxParticipants": null, "contacts": [], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [], "organisedByTeams": [], "logo_url": "", "updated_at": "2022-06-02T11:50:50.812642Z", "audienceTypes": [], "audienceRoles": [], "difficultyLevel": "", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "", "hoursPresentations": null, "hoursHandsOn": null, "hoursTotal": null, "personalised": null, "event_set": [] }, { "id": 334, "name": "Summer School Multi-omics Data Analysis and Integration", "shortName": "", "description": "Researchers often have access to or generate multiple omics data (RNAseq, metabolomics, lipidomics, proteomics…) within a single study. Although each omics data is usually analyzed individually, combining complementary data can yield a better understanding of the mechanisms involved in biological processes. Several integrative approaches are now available to combine such data, coming essentially from two families of methods, namely multivariate statistical analyses and network-based approaches. During this summer school both methodologies will be covered, introducing RGCCA and mixOmics for multivariate analyses and WGCNA and SNF for network-based strategies. To get meaningful biological information, the interpretation of statistical results needs to be done contextualizing them in the available biological knowledge. To address this major step we need to be able to access and interrogate databases. We will harness this subject introducing semantic web and knowledge graphs in the context of metabolic networks.\r\n\r\nDuring the School, significant time will be devoted to hands-on and the program will be divided into three phases / topics:\r\n- Multivariate statistical analyses (Instructors: Arnaud Gloaguen & Jimmy Vandel)\r\n- Network-based approaches (Instructors: Morgane Térézol & Marie-Galadriel Brière)\r\n- Results contextualisation: an introduction to metabolic models, web semantic and knowledge graphs (Instructors: Jean-Clément Gallardo, Maxime Delmas & Marco Pagni)\r\n\r\nThe participants will work in groups and shortly present the application of what they have learned to their own project.", "homepage": "https://www.sib.swiss/training/course/20230903_MODAI", "is_draft": false, "costs": [], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_0602", "http://edamontology.org/topic_2269", "http://edamontology.org/topic_0089" ], "keywords": [ "Biological network inference and analysis", "Multivariate analyses", "Semantic web", "Knowledge representation" ], "prerequisites": [], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": null, "contacts": [], "elixirPlatforms": [ { "id": 1, "name": "Training", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/elixirplatform/Training/?format=api" } ], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 100, "name": "SIB", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/SIB/?format=api" }, { "id": 4, "name": "IFB - ELIXIR-FR", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB%20-%20ELIXIR-FR/?format=api" } ], "organisedByTeams": [], "logo_url": null, "updated_at": "2023-04-26T16:14:06.237852Z", "audienceTypes": [], "audienceRoles": [], "difficultyLevel": "Intermediate", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "", "hoursPresentations": null, "hoursHandsOn": null, "hoursTotal": null, "personalised": null, "event_set": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/532/?format=api" ] }, { "id": 344, "name": "Analyses Single Cell RNA-seq (ScRNA-seq) avec R", "shortName": "", "description": "Cette formation introduira notamment la librairie Seurat permettant la manipulation et l'analyse de données Single Cell RNA-seq ainsi que la visualisation des résultats d'analyse\r\n\r\n- Rappels des concepts du séquençage Single Cell RNA-seq\r\n- Importation des données Single Cell dans R\r\n- Intégration de données Single Cell multiples\r\n- Quality Check et pré-traitement des données\r\n- Normalisation de données\r\n- Identification de marqueurs\r\n- Clustering et assignation cellulaire\r\n- Analyse différentielle des groupes cellulaires\r\n- Savoir intégrer les données de spatialisation\r\n- Savoir intégrer les données de trajectoire\r\n- Savoir intégrer les données de communication cellulaire\r\n- Savoir intégrer les données d'épigénétique (ATAC-seq)", "homepage": "https://cnrsformation.cnrs.fr/analyses-single-cell-rna-seq-scrna-seq-avec-r?axe=176", "is_draft": false, "costs": [], "topics": [], "keywords": [ "Bioinformatics & Biomedical", "R Language", "R", "NGS Sequencing Data Analysis" ], "prerequisites": [ "Basic knowledge of R", "R programming" ], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "Maîtrise du langage R\r\nAvoir suivi le stage \"Langage R : introduction\" ou niveau équivalent.\r\nAfin de vérifier que votre maîtrise du langage R est suffisante pour pouvoir suivre ce stage, nous vous invitons à effectuer et à renvoyer le test téléchargeable\r\nhttps://cnrsformation.cnrs.fr/data/STG_23294_55153.docx", "maxParticipants": 12, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/154/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [ { "id": 6, "name": "CNRS formation entreprise", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/CNRS%20formation%20entreprise/?format=api" } ], "organisedByOrganisations": [ { "id": 1, "name": "CNRS formation entreprises", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS%20formation%20entreprises/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 6, "name": "CBiB", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/CBiB/?format=api" } ], "logo_url": "https://services.cbib.u-bordeaux.fr/utils/logo_cbib.png", "updated_at": "2023-08-31T09:19:56.754683Z", "audienceTypes": [ "Graduate", "Professional (initial)" ], "audienceRoles": [ "Biologists", "Bioinformaticians" ], "difficultyLevel": "Intermediate", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "- Savoir expertiser et manipuler des données issues d'expériences Single Cell RNA-seq\r\n- Savoir mener une analyse différentielle à de multiples niveaux\r\n- Savoir intégrer des données complémentaires pour l'analyse Single Cell RNA-seq (spatial, trajectoire, cell communication, cell identification...)", "hoursPresentations": null, "hoursHandsOn": null, "hoursTotal": null, "personalised": null, "event_set": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/650/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/653/?format=api" ] }, { "id": 393, "name": "Pandas : gérer, analyser, visualiser vos données efficacement", "shortName": "", "description": "Les objectifs de cette formation sont :\r\n- Importer, exporter, gérer, analyser des données tabulaires\r\n- Calculer des données dérivées\r\n- Combiner et interroger des données complexes\r\n- Calculer des statistiques descriptives des données\r\n- Visualiser et synthétiser les données sous formes graphiques", "homepage": "https://cnrsformation.cnrs.fr/python-et-module-pandas-pour-gerer-et-analyser-donnees?mc=Pandas", "is_draft": false, "costs": [ "Priced" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_0091" ], "keywords": [ "Python Language" ], "prerequisites": [ "Linux - Basic Knowledge" ], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "- Notions de base en informatique : fichiers, répertoire, organisation des données\r\n- Connaissance de base de la programmation en Python (activité régulière d'écriture de scripts en Python)\r\n- Maitrise d'un environnement de développement ou éditeur de programmes/scripts", "maxParticipants": 12, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/528/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [ { "id": 6, "name": "CNRS formation entreprise", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/CNRS%20formation%20entreprise/?format=api" } ], "organisedByOrganisations": [], "organisedByTeams": [ { "id": 7, "name": "ATGC", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ATGC/?format=api" } ], "logo_url": "http://www.atgc-montpellier.fr/pictures/ATGClogo.svg", "updated_at": "2025-02-11T08:32:41.454179Z", "audienceTypes": [ "Professional (continued)" ], "audienceRoles": [], "difficultyLevel": "", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "Jour 1\r\nMatin :\r\n- Initiation Pandas, structures de données Series et DataFrame, chargement de données à partir de fichiers de données tabulaires\r\nAprès-midi :\r\n- Requêtes et outils de sélection\r\n\r\nJour 2\r\nMatin :\r\n- Fusion, concaténation, jointure de tables, regroupement de sous-ensembles\r\nAprès-midi :\r\n- Indexation simple et multiple, réindexation, export et sauvegarde\r\n\r\nJour 3\r\nMatin :\r\n- Visualisation et réalisation de graphiques\r\nAprès-midi :\r\n- Analyse de données des participants", "hoursPresentations": null, "hoursHandsOn": null, "hoursTotal": 21, "personalised": null, "event_set": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/702/?format=api" ] }, { "id": 397, "name": "WheatIS data discovery", "shortName": "WheatIS Search", "description": "The WheatIS project aims at building an International Wheat Information System to support the wheat research community. The main objective is to provide a single-access web base system to access to the available data resources and bioinformatics tools. The project is endorsed by the Wheat Initiative.\r\nThe WheatIS data discovery tool allows to search data in all the wheat resources around the world.\r\nThis training will describe how to use the tool, what data are available, how to join, etc.", "homepage": "", "is_draft": false, "costs": [ "Free" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_3489", "http://edamontology.org/topic_3366", "http://edamontology.org/topic_0780", "http://edamontology.org/topic_0091", "http://edamontology.org/topic_0625" ], "keywords": [ "Données" ], "prerequisites": [], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "Public", "maxParticipants": null, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/8/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/224/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [ { "id": 20, "name": "Wheat Initiative", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Wheat%20Initiative/?format=api" } ], "organisedByOrganisations": [ { "id": 82, "name": "INRAE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=api" }, { "id": 39, "name": "URGI - US1164", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/URGI%20-%20US1164/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 26, "name": "URGI", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/URGI/?format=api" } ], "logo_url": "https://urgi.versailles.inra.fr/extension/inra/design/urgi/images/logoURGI_res72_2-82X1-98.png", "updated_at": "2025-09-12T12:46:23.549824Z", "audienceTypes": [ "Undergraduate", "Graduate", "Professional (initial)", "Professional (continued)" ], "audienceRoles": [ "All" ], "difficultyLevel": "", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "", "hoursPresentations": null, "hoursHandsOn": null, "hoursTotal": null, "personalised": false, "event_set": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/727/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/728/?format=api" ] }, { "id": 140, "name": "Bioinformatique et Analyses Mutationnelles", "shortName": "", "description": "Module de formation à la bioinformatique appliquée à l'analyse des données génétiques dans le cadre des maladies génétiques humaines. Cet enseignement fait partie du Master 2 de Pathologie Humaine dispensé à la faculté de Médecine de la Timone à Marseille.\n \n", "homepage": "http://formations.univ-amu.fr/ME5APH-ENAPHCU41.html", "is_draft": false, "costs": [], "topics": [], "keywords": [ "NGS Data Analysis", "Bioinformatics & Biomedical", "Sequence analysis", "NGS Sequencing Data Analysis" ], "prerequisites": [ "Master (M2 uniquement)" ], "openTo": "Internal personnel", "accessConditions": "Inscription au Master 2 de Pathologie Humaine\n", "maxParticipants": null, "contacts": [], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [], "organisedByTeams": [], "logo_url": "", "updated_at": "2022-06-02T11:50:50.812642Z", "audienceTypes": [], "audienceRoles": [], "difficultyLevel": "", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "", "hoursPresentations": null, "hoursHandsOn": null, "hoursTotal": null, "personalised": null, "event_set": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/269/?format=api" ] }, { "id": 324, "name": "Python scripts for bioinformatics and Linux", "shortName": "Scripts en Python pour la bioinformatique et environnement Linux", "description": "OBJECTIFS\r\n- Connaître les principes et les avantages du système Linux\r\n- Connaître et savoir utiliser les commandes de base permettant de lancer des programmes sous Linux\r\n- Comprendre et savoir lancer des scripts\r\n- Être capable d'écrire des scripts en Python\r\n- Acquérir de l'autonomie pour effectuer des analyses bioinformatiques qui combinent plusieurs outils \r\n\r\nPRÉREQUIS\r\n- Notions de base en informatique : fichiers, répertoires, etc. \r\n\r\nPROGRAMME\r\n- Linux : lignes de commandes, principales commandes, redirection\r\n- Lancer, créer et modifier des scripts\r\n- Notions de variables, de boucles, de choix\r\n- Programmation de scripts : utilisation de paramètres et de variables, combinaison d'outils et de logiciels, écriture des résultats dans un ou plusieurs fichiers\r\n- Création d'un pipeline d'outils", "homepage": "", "is_draft": false, "costs": [ "1200 €" ], "topics": [], "keywords": [ "Linux", "Python Language" ], "prerequisites": [], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": 12, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/528/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 1, "name": "CNRS formation entreprises", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS%20formation%20entreprises/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 7, "name": "ATGC", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ATGC/?format=api" } ], "logo_url": "https://www.france-bioinformatique.fr/sites/default/files/ATGClogox120_0.png", "updated_at": "2025-01-23T13:50:29.570608Z", "audienceTypes": [], "audienceRoles": [], "difficultyLevel": "", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "", "hoursPresentations": null, "hoursHandsOn": null, "hoursTotal": null, "personalised": null, "event_set": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/512/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/703/?format=api" ] }, { "id": 342, "name": "Cycle « Analyse de données de séquençage à haut-débit » - Module 5/6 : Analyses RNA-seq, bioinformatique- version 2020", "shortName": "", "description": "Bilille propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.\r\nCe cycle est composé de 6 modules, à la carte : \r\n- Module 1: Analyses ADN\r\n- Module 2: Analyses de variants\r\n- Module 3 : Métagénomique\r\n- Module 4: ChIP-seq\r\n- Module 5: Analyses RNA-seq, bioinformatique\r\n- Module 6: Analyses RNA-seq, biostatistique\r\nLes fiches descriptives sont accessibles sur le site de Bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy.\r\nLes objectifs du module 5 sont :\r\n- Savoir réaliser une analyse transcriptomique par RNA-seq avec ou sans (de novo) génome de référence à l’aide du portail Galaxy\r\n- Avoir un regard critique sur la qualité des lectures obtenues par le séquenceur\r\n- Connaître et savoir paramétrer les outils nécessaires à l’analyse", "homepage": "https://bilille.univ-lille.fr/training/training-offer", "is_draft": false, "costs": [ "Free" ], "topics": [], "keywords": [], "prerequisites": [ "Galaxy - Basic usage" ], "openTo": "Internal personnel", "accessConditions": "Etre familier avec la plate-forme web Galaxy (idéalement avoir suivi la formation bilille « Initiation à Galaxy »)\r\nAvoir suivi le module 1/5 « Analyses ADN » de ce cycle ou toute autre formation permettant de justifier de connaissances sur les données de séquençage haut débit et leur alignement.", "maxParticipants": null, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/487/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 66, "name": "University of Lille", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20of%20Lille/?format=api" }, { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" }, { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 3, "name": "Bilille", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Bilille/?format=api" } ], "logo_url": "https://bilille.univ-lille.fr/fileadmin/_processed_/9/2/csm_logo_bilille_complet_65be9bda8b.png", "updated_at": "2024-12-09T17:40:00.824571Z", "audienceTypes": [], "audienceRoles": [], "difficultyLevel": "", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "", "hoursPresentations": null, "hoursHandsOn": null, "hoursTotal": null, "personalised": null, "event_set": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/549/?format=api" ] }, { "id": 145, "name": "IBI - 2", "shortName": "", "description": "", "homepage": "http://www.france-bioinformatique.fr/en/evenements/IFB-IBI", "is_draft": false, "costs": [], "topics": [], "keywords": [], "prerequisites": [], "openTo": "Internal personnel", "accessConditions": "", "maxParticipants": null, "contacts": [], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [], "organisedByTeams": [], "logo_url": "https://ressources.france-bioinformatique.fr/sites/default/files/cloudIFB_3.png", "updated_at": "2022-06-02T11:50:50.812642Z", "audienceTypes": [], "audienceRoles": [], "difficultyLevel": "", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "", "hoursPresentations": null, "hoursHandsOn": null, "hoursTotal": null, "personalised": null, "event_set": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/274/?format=api" ] }, { "id": 160, "name": "Cluster", "shortName": "", "description": "", "homepage": "", "is_draft": false, "costs": [ "Priced" ], "topics": [], "keywords": [], "prerequisites": [], "openTo": "Internal personnel", "accessConditions": "", "maxParticipants": null, "contacts": [], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [], "organisedByTeams": [], "logo_url": "", "updated_at": "2022-06-02T11:50:50.812642Z", "audienceTypes": [], "audienceRoles": [], "difficultyLevel": "", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "", "hoursPresentations": null, "hoursHandsOn": null, "hoursTotal": null, "personalised": null, "event_set": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/283/?format=api" ] }, { "id": 398, "name": "Practical session REPET", "shortName": "REPET", "description": "How to use REPET for de novo TE annotation", "homepage": "", "is_draft": false, "costs": [ "Priced" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_0780", "http://edamontology.org/topic_0091", "http://edamontology.org/topic_0798" ], "keywords": [], "prerequisites": [ "none" ], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "Public", "maxParticipants": null, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/131/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 82, "name": "INRAE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=api" }, { "id": 39, "name": "URGI - US1164", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/URGI%20-%20US1164/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 26, "name": "URGI", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/URGI/?format=api" } ], "logo_url": "https://urgi.versailles.inra.fr/extension/inra/design/urgi/images/logoURGI_res72_2-82X1-98.png", "updated_at": "2025-09-12T12:48:41.366810Z", "audienceTypes": [ "Graduate", "Professional (initial)", "Professional (continued)" ], "audienceRoles": [ "All" ], "difficultyLevel": "Novice", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "", "hoursPresentations": null, "hoursHandsOn": null, "hoursTotal": null, "personalised": false, "event_set": [] }, { "id": 198, "name": "Formation librairie GATB", "shortName": "", "description": "", "homepage": "", "is_draft": false, "costs": [ "Free" ], "topics": [], "keywords": [], "prerequisites": [], "openTo": "Internal personnel", "accessConditions": "", "maxParticipants": null, "contacts": [], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [], "organisedByTeams": [], "logo_url": "", "updated_at": "2022-06-02T11:50:50.812642Z", "audienceTypes": [], "audienceRoles": [], "difficultyLevel": "", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "", "hoursPresentations": null, "hoursHandsOn": null, "hoursTotal": null, "personalised": null, "event_set": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/325/?format=api" ] }, { "id": 320, "name": "Ecole Thématique de Bioinformatique Intégrative / Integrative Bioinformatics Training School", "shortName": "ETBII", "description": "Dans l’objectif de développer et fédérer des compétences en bioinformatique intégrative au sein de la communauté, l’IFB propose une nouvelle école thématique ayant un double objectif :\r\n- une montée en compétences théoriques et pratiques des bioinformaticiens,\r\n- la constitution de matériel pédagogique partagé sur ce sujet.\r\n\r\nCette école rassemble une équipe pédagogique de 10 personnes et pourra accueillir 30 participants pour sa première édition.\r\nL’ensemble de la formation reposera sur l’utilisation des ressources de calcul et de la plateforme pédagogique de l’Institut Français de Bioinformatique.\r\n\r\nObjectifs pédagogiques \r\n\r\nLa formation a pour but :\r\n- d’introduire les concepts de bases et les différents types d’approches utilisées en bioinformatique intégrative,\r\n- de proposer un approfondissement et une mise en pratique d’une de ces approches sur un/des jeux de données intégrant différents types de données omiques. Cette mise en oeuvre permettra de balayer l’ensemble des points d’attention d’une analyse intégrative, de la préparation des données jusqu’à l’interprétation des résultats,\r\n- de créer, améliorer et partager les ressources pédagogiques (supports de formation, jeux de données, tutoriels) sur le thème de la bioinformatique intégrative.\r\n\r\nA la fin de cette formation les participants :\r\n- auront acquis un socle de connaissances générales en bioinformatique intégrative, \r\n- auront mis en oeuvre une analyse intégrative depuis la préparation des données jusqu’à l’analyse critique de résultats sur un/des jeux de données proposés lors de la formation,\r\n- auront contribué à constituer du matériel pédagogique partagé sur le sujet.\r\n\r\nPré-requis\r\n- Connaissances de base en Unix/shell, R et/ou Python \r\n- Autonomie dans la gestion de son poste de travail (installation de librairies et maîtrise des environnements de packaging type conda)", "homepage": "https://www.france-bioinformatique.fr/formation/etbii/", "is_draft": false, "costs": [ "770 TTC pour les académiques et 1540 TTC pour les privés" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_0091", "http://edamontology.org/topic_3391", "http://edamontology.org/topic_3366" ], "keywords": [ "Methodology", "Biostatistics", "Biological network inference and analysis", "Dimension reduction", "Semantic web", "Integration of heterogeneous data", "Data Integration", "Tool integration" ], "prerequisites": [ "Linux and knowledge of NGS formats", "Basic knowledge of R" ], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "Cette formation est ouverte à toute la communauté mais cette première édition s’adresse en priorité à des bioinformaticien·ne·s des plateformes membres et équipes associées IFB souhaitant contribuer à la constitution de matériel pédagogique pour se préparer au montage de futures formations sur ce thème.", "maxParticipants": 30, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/762/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [ { "id": 1, "name": "CNRS - IFB", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/CNRS%20-%20IFB/?format=api" } ], "organisedByOrganisations": [ { "id": 4, "name": "IFB - ELIXIR-FR", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB%20-%20ELIXIR-FR/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 29, "name": "IFB Core", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/IFB%20Core/?format=api" } ], "logo_url": "https://drive.google.com/file/d/1a_fuOgqOU812GRJLApGMofJ87WTlxDI0/view?usp=sharing", "updated_at": "2024-12-03T15:46:48.157120Z", "audienceTypes": [ "Professional (continued)" ], "audienceRoles": [ "Life scientists", "Computer scientists", "Bioinformaticians" ], "difficultyLevel": "Novice", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "A la fin de cette formation les participants :\r\n- auront acquis un socle de connaissances générales en bioinformatique intégrative, \r\n- auront mis en oeuvre une analyse intégrative depuis la préparation des données jusqu’à l’analyse critique de résultats sur un/des jeux de données proposés lors de la formation,\r\n- auront contribué à constituer du matériel pédagogique partagé sur le sujet.", "hoursPresentations": null, "hoursHandsOn": null, "hoursTotal": null, "personalised": false, "event_set": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/740/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/489/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/505/?format=api" ] }, { "id": 374, "name": "Environments and best practices for using the BiRD cluster", "shortName": "Best practices BiRD cluster", "description": "Objectives\r\n- Understand and implement the principles of reproducible science in analysis and development projects\r\n- Acquire basic commands necessary for optimal use of the cluster\r\n\r\nPedagogical Content\r\n- Introduction to reproducibility\r\n- Best practices on code history and sharing: Git\r\n- Conda environment\r\n- Presentation of the computing cluster\r\n- Introduction to workflows using Snakemake", "homepage": "https://pf-bird.univ-nantes.fr/training/cluster/", "is_draft": false, "costs": [ "Free" ], "topics": [], "keywords": [], "prerequisites": [ "Linux - 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Cette édition de l’école aborde les nouveaux enjeux technologiques: elle s’articulera autour des différentes étapes qui mèneront à l’obtention d’un génome annoté à partir de données “long reads” et “hybride” : contrôle qualité des données, assemblage, scaffolding, polishing, annotation structurale et fonctionnelle (en session parallèle pour les procaryotes et les eucaryotes). \r\nL’école vise à introduire les concepts, à manipuler les outils informatiques et à en interpréter les résultats. Elle est basée sur une alternance de courtes sessions théoriques et d’ateliers pratiques. Les participants bénéficieront d’un tutorat personnalisé pour élaborer leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur équipe.\r\nAttention : le tutorat n'a pas pour vocation de réaliser l’analyse complète des données des participants.\r\nPublic visé\r\nCette formation est destinée aux biologistes (ingénieurs, doctorants, chercheurs, enseignants-chercheurs, praticiens…) confrontés à l’analyse de données NGS, et qui ne disposent pas des compétences bioinformatiques suffisantes.", "homepage": "https://www.france-bioinformatique.fr/formation/ebaii2022_genomique/", "is_draft": false, "costs": [], "topics": [], "keywords": [], "prerequisites": [], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": 40, "contacts": [], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [], "organisedByTeams": [], "logo_url": "https://cvt.aviesan.fr/wp-content/themes/cvtaviesan/images/logo_cvt.png", "updated_at": "2024-12-05T09:11:55.721141Z", "audienceTypes": [], "audienceRoles": [], "difficultyLevel": "Novice", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit\r\nAssemblage et annotation de novo de génomes\r\nL’école vise à introduire les concepts, à manipuler les outils informatiques et à en interpréter les résultats. Elle est basée sur une alternance de courtes sessions théoriques et d’ateliers pratiques. Les participants bénéficieront d’un tutorat personnalisé pour élaborer leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur équipe.", "hoursPresentations": null, "hoursHandsOn": null, "hoursTotal": null, "personalised": true, "event_set": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/463/?format=api" ] }, { "id": 399, "name": "Interactive Online Companionship - R formation 2026", "shortName": "IOC - R", "description": "Introduction R for data science (November 2025 to January 2026) – 10 sessions of 3 hours – €800\r\n\r\nThis course covers the basics of R, data organization and filtering, basic statistics, and creation of publication-ready graphics. The goal is to make you self-sufficient in using R for your own analyses.\r\n\r\n\r\nKey Highlights:\r\n\r\nSmall group sessions for interactive and personalized learning.\r\nHybrid mode with 3 in-person sessions and 7 remote sessions.\r\nHands-on practice with an individualized project presented at the end of each training course.\r\nTailored feedback on your own data.\r\nLimited spots available, registration is now open.", "homepage": "https://inforbio.github.io/ioc_r_scrnaseq.html", "is_draft": false, "costs": [ "Priced" ], "topics": [], "keywords": [], "prerequisites": [ "none" ], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": 16, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/809/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [ { "id": 18, "name": "IBiSA", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/IBiSA/?format=api" }, { "id": 19, "name": "Sorbonne Université", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/Sorbonne%20Universit%C3%A9/?format=api" } ], "organisedByOrganisations": [], "organisedByTeams": [], "logo_url": "https://github.com/InforBio/InforBio.github.io/blob/main/images/logoInforBio_fond_blanc.png?raw=true", "updated_at": "2025-09-11T14:23:22.054252Z", "audienceTypes": [], "audienceRoles": [], "difficultyLevel": "Novice", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "", "hoursPresentations": 30, "hoursHandsOn": null, "hoursTotal": null, "personalised": null, "event_set": [] }, { "id": 210, "name": "Python avance", "shortName": "", "description": "", "homepage": "", "is_draft": false, "costs": [ "Priced" ], "topics": [], "keywords": [], "prerequisites": [], "openTo": "Internal personnel", "accessConditions": "", "maxParticipants": null, "contacts": [], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [], "organisedByTeams": [], "logo_url": "", "updated_at": "2022-06-02T11:50:50.812642Z", "audienceTypes": [], "audienceRoles": [], "difficultyLevel": "", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "", "hoursPresentations": null, "hoursHandsOn": null, "hoursTotal": null, "personalised": null, "event_set": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/339/?format=api" ] } ] }
