Training List
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{ "count": 370, "next": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/training/?format=api&limit=20&offset=280&ordering=-contacts", "previous": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/training/?format=api&limit=20&offset=240&ordering=-contacts", "results": [ { "id": 59, "name": "Advanced sequence analysis", "shortName": "", "description": "https://cnrsformation.cnrs.fr/stage-19019-Analyse-avancee-de-sequences.h...\n", "homepage": "https://cnrsformation.cnrs.fr/pdf/16148.pdf", "is_draft": false, "costs": [ "Priced" ], "topics": [], "keywords": [ "NGS Data Analysis", "Analysis of RNAseq data", "Sequence Algorithm", "Bioinformatics & Biomedical", "Galaxy", "Variant analysis", "Transcriptomics (RNA-seq)", "Genomics (DNA-seq)", "Sequence annotation", "Pattern matching", "Multiple sequence alignment" ], "prerequisites": [], "openTo": "Internal personnel", "accessConditions": "CNRS fee-based training\n", "maxParticipants": null, "contacts": [], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [], "organisedByTeams": [], "logo_url": "", "updated_at": "2022-06-02T11:50:50.812642Z", "audienceTypes": [], "audienceRoles": [], "difficultyLevel": "", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "", "hoursPresentations": null, "hoursHandsOn": null, "hoursTotal": null, "personalised": null, "event_set": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/259/?format=api" ] }, { "id": 60, "name": "Algorithms for bioinformatics", "shortName": "", "description": "Master 2 Research students, University of Bordeaux.\n", "homepage": "", "is_draft": false, "costs": [], "topics": [], "keywords": [], "prerequisites": [ "Master (M2 uniquement)" ], "openTo": "Internal personnel", "accessConditions": "", "maxParticipants": null, "contacts": [], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [], "organisedByTeams": [], "logo_url": "", "updated_at": "2022-06-02T11:50:50.812642Z", "audienceTypes": [], "audienceRoles": [], "difficultyLevel": "", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "", "hoursPresentations": null, "hoursHandsOn": null, "hoursTotal": null, "personalised": null, "event_set": [] }, { "id": 61, "name": "NGS data analysis", "shortName": "", "description": " Master 2 Bioinformatics research students, University of Bordeaux.\n", "homepage": "", "is_draft": false, "costs": [], "topics": [], "keywords": [ "NGS Data Analysis" ], "prerequisites": [ "Master (M2 uniquement)" ], "openTo": "Internal personnel", "accessConditions": "", "maxParticipants": null, "contacts": [], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [], "organisedByTeams": [], "logo_url": "", "updated_at": "2022-06-02T11:50:50.812642Z", "audienceTypes": [], "audienceRoles": [], "difficultyLevel": "", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "", "hoursPresentations": null, "hoursHandsOn": null, "hoursTotal": null, "personalised": null, "event_set": [] }, { "id": 115, "name": "Analyse de données RNAseq sous Galaxy", "shortName": "", "description": "L’analyse des données biologiques nécessite de plus en plus l’utilisation de ressources et d’environnements informatiques difficiles à maîtriser pour le biologiste.\nCette formation présente et décompose l’utilisation de l’environnement Galaxy.\nEn se basant sur une plateforme web, comme c’est la cas avec Mobyle, cet environnement propose une nouvelle approche pour rendre l’analyse biologique plus aisée pour les non- informaticiens.\nObjectifs \nPrise en main de l’environnement Galaxy et des différentes fonctionnalités proposées.\nOrganisation pédagogique \nLa formation est exclusivement orientée pratique! Il s’agir d’utiliser des données de RNAseq fournies par l’UMR 0598 Agrocampus-Ouest / INRA pour utiliser les outils classiques d’analyse de données RNAseq (Tophat, flagstat, Cufflinks, Cuffcompare, Cuffdiff, ou htseq-count, Deseq…)\nPublic visé\nChercheurs et ingénieurs, biologistes souhaitant s’initier à l’analyse de données RNAseq.\n", "homepage": "", "is_draft": false, "costs": [], "topics": [], "keywords": [ "NGS Data Analysis", "Analysis of RNAseq data", "Galaxy" ], "prerequisites": [], "openTo": "Internal personnel", "accessConditions": "Pas de pré-requis.\n", "maxParticipants": null, "contacts": [], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [], "organisedByTeams": [], "logo_url": "", "updated_at": "2022-06-02T11:50:50.812642Z", "audienceTypes": [], "audienceRoles": [], "difficultyLevel": "", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "", "hoursPresentations": null, "hoursHandsOn": null, "hoursTotal": null, "personalised": null, "event_set": [] }, { "id": 116, "name": "Initiation à l’analyse de données de type RAD par le pipeline Stacks sous la plateforme web d’analyse de données Galaxy", "shortName": "", "description": "Cette formation initie l’utilisation de Stacks dans l’environnement Galaxy.\nEn se basant sur une plateforme web, comme c’est la cas avec Mobyle, nous proposons une nouvelle utilisation de Stacks pour rendre l’analyse biologique plus aisée pour les non- informaticiens.\nObjectifs \nPrincipe de l’analyse de données RAD-seq via Stacks.\nOrganisation pédagogique \nLa formation comprendra un exposé théorique avec démonstrations pratiques.\nLe programme :\n1/ Présentation théorique du fonctionnement global de Stacks. Compter 1h\n2/ Analyse de données RAD avec Stacks sous Galaxy. 3h\na) cartographie génétique\nb) génomique des populations\nc) assemblage de données pairées\nPublic visé\nChercheurs et ingénieurs, biologistes et bio-informaticiens souhaitant analyser des données de type RAD-seq dans le portail web Galaxy.\n", "homepage": "", "is_draft": false, "costs": [], "topics": [], "keywords": [ "Galaxy" ], "prerequisites": [], "openTo": "Internal personnel", "accessConditions": " \n", "maxParticipants": null, "contacts": [], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [], "organisedByTeams": [], "logo_url": "", "updated_at": "2022-06-02T11:50:50.812642Z", "audienceTypes": [], "audienceRoles": [], "difficultyLevel": "", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "", "hoursPresentations": null, "hoursHandsOn": null, "hoursTotal": null, "personalised": null, "event_set": [] }, { "id": 117, "name": "HUBzero : Plateforme web open-source de collaboration scientifique", "shortName": "", "description": "Les projets de recherche sont de plus en plus multi-disciplinaires et multi-site. Afin de faciliter la gestion de groupe, la gestion de projet et le partage de ressources, de nombreux outils généraux ou dédiés entreprise existent. HUBzero représente la meilleure solution open-source et dédiée science. Nous proposons de vous présenter son fonctionnement global à travers une démonstration interactive.\nObjectifs \nPrise en main de l’environnement HUBzero et des différentes fonctionnalités proposées.\nOrganisation pédagogique \nLa formation est exclusivement orientée démonstration!\nPublic visé\nChercheurs et ingénieurs, biologistes souhaitant s’initier à l’utilisation d’HUBzero pour la gestion de groupes et de projets et le partage de ressources.\n", "homepage": "", "is_draft": false, "costs": [], "topics": [], "keywords": [ "Autre" ], "prerequisites": [], "openTo": "Internal personnel", "accessConditions": "", "maxParticipants": null, "contacts": [], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [], "organisedByTeams": [], "logo_url": "", "updated_at": "2022-06-02T11:50:50.812642Z", "audienceTypes": [], "audienceRoles": [], "difficultyLevel": "", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "", "hoursPresentations": null, "hoursHandsOn": null, "hoursTotal": null, "personalised": null, "event_set": [] }, { "id": 118, "name": "Formation continue CNRS", "shortName": "", "description": "Phylogénie moléculaire, introduction aux notions d'évolution moléculaire et de phylogénie.\nModèles d'évolution des séquences, méthodes de reconstruction phylogénétiques.\nRecherche de séquences homologues (BLAST), alignement multiples et reconstructions phylogénétiques.\nEvaluation de la pertinence des arbres (bootstrap).\n \n", "homepage": "", "is_draft": false, "costs": [], "topics": [], "keywords": [ "Phylogeny" ], "prerequisites": [], "openTo": "Internal personnel", "accessConditions": "", "maxParticipants": null, "contacts": [], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [], "organisedByTeams": [], "logo_url": "", "updated_at": "2022-06-02T11:50:50.812642Z", "audienceTypes": [], "audienceRoles": [], "difficultyLevel": "", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "", "hoursPresentations": null, "hoursHandsOn": null, "hoursTotal": null, "personalised": null, "event_set": [] }, { "id": 120, "name": "DUT Bioinformatique", "shortName": "", "description": "A la convergence de la biologie, de l’informatique, cette formation pluridisciplinaire vise à former des techniciens supérieurs possédant une double compétence biologie/informatique capables de produire et de traiter des données biologiques de masse. La formation assurée en 2 ans vise à donner un socle solide de compétences transversales en biologie (génomique, transcriptomique, protéomique…), informatique (programmation, algorithmie, bioinformatiques structurale et intégrative ...) et statistiques, complétée par un travail en groupe ainsi qu’un stage de fin d’année en milieu professionnel. Axée sur les technologies « omiques », cette option propose une professionnalisation rapide pour un domaine en pleine croissance et donne des compétences solides pour continuer vers un master ou un doctorat.\n \n", "homepage": "", "is_draft": false, "costs": [], "topics": [], "keywords": [], "prerequisites": [ "Autre (Diplôme universitaire, école d'ingénieur ...)" ], "openTo": "Internal personnel", "accessConditions": "Accessible en formation continue pour des bacheliers des séries S, STL et en formation continue. Accessible directement en 2ème année pour des étudiants ayant validé une année dans le supérieur et ayant des compétences en biologie et des bases en programmation\n \n", "maxParticipants": null, "contacts": [], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [], "organisedByTeams": [], "logo_url": "", "updated_at": "2022-06-02T11:50:50.812642Z", "audienceTypes": [], "audienceRoles": [], "difficultyLevel": "", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "", "hoursPresentations": null, "hoursHandsOn": null, "hoursTotal": null, "personalised": null, "event_set": [] }, { "id": 121, "name": "Licence 3 Science de la Vie", "shortName": "", "description": "2 UE fondamentales avec un enseignement de biostatistiques (statistiques descriptives, lois, tests, régression linéaire, analyse de variance) et bioinformatique (prédiction de gène, prédiction de fonction, bases de données bioinformatiques, alignement de séquences, phylogénie) en L2 et L3. 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Une UE optionnelle de programmation et bases de données relationnelles en L3.\n \n", "homepage": "", "is_draft": false, "costs": [], "topics": [], "keywords": [], "prerequisites": [ "Licence" ], "openTo": "Internal personnel", "accessConditions": "", "maxParticipants": null, "contacts": [], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [], "organisedByTeams": [], "logo_url": "", "updated_at": "2022-06-02T11:50:50.812642Z", "audienceTypes": [], "audienceRoles": [], "difficultyLevel": "", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "", "hoursPresentations": null, "hoursHandsOn": null, "hoursTotal": null, "personalised": null, "event_set": [] }, { "id": 123, "name": "Master Bio-informatique", "shortName": "", "description": "Forme au traitement et à l'analyse des données « à haut débit » (génomique, transcriptomique, protéomique, métabolomique). Cette formation inclus l’acquisition des connaissances fondamentales et des compétences opérationnelles liées à l’interprétation de ce type de données, à travers des enseignements de biologie, bioinformatique, informatique et statistiques appliquées à la Biologie. Elle se caractérise par une formation orientée vers le développement de web services et l’usage de ressources de calcul distribuées.\n \n", "homepage": "", "is_draft": false, "costs": [ "Priced" ], "topics": [], "keywords": [], "prerequisites": [ "Master" ], "openTo": "Internal personnel", "accessConditions": "Licence de biologie / lic. Pro sur dossier\n", "maxParticipants": null, "contacts": [], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [], "organisedByTeams": [], "logo_url": "", "updated_at": "2022-06-02T11:50:50.812642Z", "audienceTypes": [], "audienceRoles": [], "difficultyLevel": "", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "", "hoursPresentations": null, "hoursHandsOn": null, "hoursTotal": null, "personalised": null, "event_set": [] }, { "id": 126, "name": "Linux initiation", "shortName": "", "description": "", "homepage": "", "is_draft": false, "costs": [], "topics": [], "keywords": [ "Programming Languages & Computer Sciences", "Linux" ], "prerequisites": [], "openTo": "Internal personnel", "accessConditions": "", "maxParticipants": null, "contacts": [], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [], "organisedByTeams": [], "logo_url": "", "updated_at": "2022-06-02T11:50:50.812642Z", "audienceTypes": [], 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inscription)\n** Mardi 29 septembre\n– 9h30-11h : Méthodes de distance (A. Criscuolo)\n– 14h-15h30 : Méthodes de Maximum de Parcimonie (O. Gascuel)\n** Mercredi 30 septembre\n– 9h30-11h : Modèles d’évolution (O. Gascuel)\n– 14h-15h30 : Méthodes de Maximum de Vraisemblance (O. Gascuel)\n** Jeudi 1er octobre\n– 9h30-11h : Méthodes Bayesiennes (G. Perriere)\n– 14h-15h30 : Inférences des forces sélectives (G. Perriere)\n", "homepage": "http://c3bi.pasteur.fr", "is_draft": false, "costs": [], "topics": [], "keywords": [ "Phylogeny", "Evolution and Phylogeny", "Molecular evolution", "Speciation dating", "Selection Detection", "Genes and genomes" ], "prerequisites": [], "openTo": "Internal personnel", "accessConditions": "réservé aux membres de l'Institut Pasteur\n", "maxParticipants": null, "contacts": [], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [ { "id": 12, "name": "INCEPTION", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/eventsponsor/INCEPTION/?format=api" } ], "organisedByOrganisations": [], "organisedByTeams": [], "logo_url": "", "updated_at": "2022-06-02T11:50:50.812642Z", "audienceTypes": [], "audienceRoles": [], "difficultyLevel": "", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "", "hoursPresentations": null, "hoursHandsOn": null, "hoursTotal": null, "personalised": null, "event_set": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/266/?format=api" ] }, { "id": 142, "name": "Intégration d'outils dans Galaxy", "shortName": "", "description": "Galaxy (https://galaxyproject.org/) est une plateforme permettant d’intégrer et d’exécuter via une interface graphique des outils bioinformatiques, normalement utilisables en ligne de commande. Galaxy permet ainsi de faciliter l’utilisation de ces outils par tous, dans un environnement contrôlé,mais aussi de favoriser la reproductibilité des analyses (workflows, …).\nActuellement, > 3 750 outils (disponibles sur https://toolshed.g2.bx.psu.edu/) peuvent être intégrés à Galaxy. Mais tous les outils bioinformatiques dont vous pouvez avoir besoin ne sont pas intégrés dans \nl’environnement Galaxy. Et vous devez ainsi parfois renoncer à utiliser Galaxy et ses avantages pour traiter vos données.\n\nUn workshop est organisé à Clermont-Ferrand le Mercredi 25 Mai 2016. \nN’hésitez pas à faire circuler cette information aux personnes potentiellement intéressées.\nMerci par avance.\nBérénice BATUT\n\n", "homepage": "https://brnice.typeform.com/to/vCq4AV", "is_draft": false, "costs": [], "topics": [], "keywords": [ "Galaxy" ], "prerequisites": [ "Autre (Diplôme universitaire, école d'ingénieur ...)" ], "openTo": "Internal personnel", "accessConditions": "", "maxParticipants": null, "contacts": [], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [], "organisedByTeams": [], "logo_url": "", "updated_at": "2022-06-02T11:50:50.812642Z", "audienceTypes": [], "audienceRoles": [], "difficultyLevel": "", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "", "hoursPresentations": null, "hoursHandsOn": null, "hoursTotal": null, "personalised": null, "event_set": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/271/?format=api" ] } ] }