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{ "count": 383, "next": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/training/?format=api&limit=20&offset=160&ordering=-homepage", "previous": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/training/?format=api&limit=20&offset=120&ordering=-homepage", "results": [ { "id": 389, "name": "Cycle « Analyse de données de séquençage à haut-débit » - Module Analyses ChIP-seq (sous Galaxy)- version 2023", "shortName": "", "description": "Bilille, la plateforme de bioinformatique, biostatistique et bioanalyse de la métropole lilloise, propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.\r\nCe cycle est composé des modules suivants, à la carte : \r\n- Analyses ADN\r\n- Analyses de variants\r\n- Métagénomique\r\n- Analyses ChIP-seq\r\n- Analyses RNA-seq\r\nLes fiches descriptives sont accessibles sur le site de bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy.\r\n\r\nLes objectifs du module Analyses ChIP-seq sont :\r\n Savoir analyser des données de ChIP-seq, du peak-calling à la découverte de motifs :\r\n-\tSavoir détecter les pics et obtenir un signal\r\n-\tComprendre les différentes structures de données\r\n-\tSavoir effectuer les contrôles qualité\r\n-\tSavoir effectuer une analyse d’enrichissement de motifs\r\n-\tEtre capable de préparer ses résultats pour leur annotation\r\n-\tComprendre comment croiser plusieurs résultats de ChIP-seq", "homepage": "https://bilille.univ-lille.fr/training/training-offer", "is_draft": false, "costs": [ "Free to academics" ], "topics": [], "keywords": [], "prerequisites": [ "Galaxy - Basic usage" ], "openTo": "Internal personnel", "accessConditions": "-\tEtre familier avec la plate-forme web Galaxy (idéalement avoir suivi la formation Bilille « Initiation à Galaxy »)\r\n-\tAvoir suivi le module 1/5 « Analyses ADN » de ce cycle ou toute autre formation permettant de justifier de connaissances sur les données de séquençage haut débit et leur alignement", "maxParticipants": null, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/763/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" }, { "id": 66, "name": "University of Lille", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20of%20Lille/?format=api" }, { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 3, "name": "Bilille", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Bilille/?format=api" } ], "logo_url": "https://bilille.univ-lille.fr/fileadmin/_processed_/9/2/csm_logo_bilille_complet_65be9bda8b.png", "updated_at": "2024-12-09T17:39:33.071236Z", "audienceTypes": [], "audienceRoles": [], "difficultyLevel": "", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "", "hoursPresentations": null, "hoursHandsOn": null, "hoursTotal": null, "personalised": null, "event_set": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/675/?format=api" ] }, { "id": 403, "name": "Cycle « Analyse de données de séquençage à haut-débit » - Module Analyses RNA-seq", "shortName": "", "description": "Bilille propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.\r\nCe cycle est composé des modules suivants, à la carte : \r\n- Module Analyses ADN\r\n- Module Analyses RNA-seq, bioinformatique et biostatistique\r\n\r\nLes fiches descriptives sont accessibles sur le site de Bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy.\r\n\r\nLes objectifs du module Analyses RNA-seq sont :\r\n- Savoir réaliser une analyse transcriptomique par RNA-seq avec ou sans (de novo) génome de référence à l’aide du portail Galaxy\r\n- Avoir un regard critique sur la qualité des lectures obtenues par le séquenceur\r\n- Connaître et savoir paramétrer les outils nécessaires à l’analyse\r\n- Savoir réaliser une analyse différentielle de données RNA-seq à partir d’une table de comptage (quantifiant les lectures alignées) à l’aide du portail Galaxy\r\n- Avoir un regard critique sur les résultats d’une analyse différentielle\r\n- Comprendre différentes méthodes de normalisation et les contextes d’utilisation correspondants", "homepage": "https://bilille.univ-lille.fr/training/training-offer", "is_draft": false, "costs": [ "Free" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_3308", "http://edamontology.org/topic_3170" ], "keywords": [ "RNA-seq", "Transcriptomics (RNA-seq)" ], "prerequisites": [ "Galaxy - Basic usage" ], "openTo": "Internal personnel", "accessConditions": "Etre familier avec la plate-forme web Galaxy (idéalement avoir suivi la formation bilille « Initiation à Galaxy »)\r\nAvoir suivi le module 1/5 « Analyses ADN » de ce cycle ou toute autre formation permettant de justifier de connaissances sur les données de séquençage haut débit et leur alignement.", "maxParticipants": null, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/487/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" }, { "id": 66, "name": "University of Lille", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20of%20Lille/?format=api" }, { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 3, "name": "Bilille", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Bilille/?format=api" } ], "logo_url": "https://bilille.univ-lille.fr/fileadmin/_processed_/9/2/csm_logo_bilille_complet_65be9bda8b.png", "updated_at": "2026-02-10T13:01:51.255545Z", "audienceTypes": [], "audienceRoles": [], "difficultyLevel": "", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "", "hoursPresentations": null, "hoursHandsOn": null, "hoursTotal": null, "personalised": null, "event_set": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/776/?format=api" ] }, { "id": 329, "name": "Cycle « Analyse de données de séquençage à haut-débit » - Module Analyses ADN (sous Galaxy)- version 2023", "shortName": "", "description": "Bilille, la plateforme de bioinformatique, biostatistique et bioanalyse de la métropole lilloise, propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.\r\nCe cycle est composé des modules suivants, à la carte : \r\n- Analyses ADN\r\n- Analyses de variants\r\n- Métagénomique\r\n- Analyses ChIP-seq\r\n- Analyses RNA-seq\r\nLes fiches descriptives sont accessibles sur le site de bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy.\r\n\r\nLes objectifs du module Analyses ADN sont :\r\n- Apprendre à manipuler des données de séquençage d’ADN\r\n- Réaliser des contrôles de qualité et du nettoyage des lectures\r\n- Présenter les méthodes et outils d'alignement\r\n- Réaliser des contrôles de qualité et des alignements sur une référence\r\n- Introduction à l’assemblage des lectures sans référence\r\n- Utiliser la plateforme Galaxy pour ces analyses", "homepage": "https://bilille.univ-lille.fr/training/training-offer", "is_draft": false, "costs": [ "Free to academics" ], "topics": [], "keywords": [], "prerequisites": [ "Galaxy - Basic usage" ], "openTo": "Internal personnel", "accessConditions": "Etre familier avec la plate-forme web Galaxy (idéalement avoir suivi la formation bilille « Initiation à Galaxy »)", "maxParticipants": null, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/763/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/487/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 66, "name": "University of Lille", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20of%20Lille/?format=api" }, { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" }, { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 3, "name": "Bilille", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Bilille/?format=api" } ], "logo_url": "https://bilille.univ-lille.fr/fileadmin/_processed_/9/2/csm_logo_bilille_complet_65be9bda8b.png", "updated_at": "2024-12-09T17:41:21.839622Z", "audienceTypes": [], "audienceRoles": [], "difficultyLevel": "", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "", "hoursPresentations": null, "hoursHandsOn": null, "hoursTotal": null, "personalised": null, "event_set": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/673/?format=api" ] }, { "id": 338, "name": "Cycle « Analyse de données de séquençage à haut-débit » - Module 4/6 : Analyses ChIP-seq - version 2020", "shortName": "", "description": "Bilille propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.\r\nCe cycle est composé de 6 modules, à la carte : \r\n- Module 1: Analyses ADN\r\n- Module 2: Analyses de variants\r\n- Module 3 : Métagénomique\r\n- Module 4: ChIP-seq\r\n- Module 5: Analyses RNA-seq, bioinformatique\r\n- Module 6: Analyses RNA-seq, biostatistique\r\nLes fiches descriptives sont accessibles sur le site de Bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy.\r\nLes objectifs du module 4 sont :\r\n- Savoir détecter les pics et obtenir un signal\r\n- Comprendre les différentes structures de données\r\n- Savoir effectuer les contrôles qualité\r\n- Savoir effectuer une analyse d’enrichissement de motifs\r\n- Etre capable de préparer ses résultats pour leur annotation\r\n- Comprendre comment croiser plusieurs résultats de ChIP-seq", "homepage": "https://bilille.univ-lille.fr/training/training-offer", "is_draft": false, "costs": [ "Free" ], "topics": [], "keywords": [], "prerequisites": [ "Galaxy - Basic usage" ], "openTo": "Internal personnel", "accessConditions": "Etre familier avec la plate-forme web Galaxy (idéalement avoir suivi la formation bilille « Initiation à Galaxy »)", "maxParticipants": null, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/487/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 66, "name": "University of Lille", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20of%20Lille/?format=api" }, { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" }, { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 3, "name": "Bilille", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Bilille/?format=api" } ], "logo_url": "https://bilille.univ-lille.fr/fileadmin/_processed_/9/2/csm_logo_bilille_complet_65be9bda8b.png", "updated_at": "2024-12-09T17:40:36.320632Z", "audienceTypes": [], "audienceRoles": [], "difficultyLevel": "", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "", "hoursPresentations": null, "hoursHandsOn": null, "hoursTotal": null, "personalised": null, "event_set": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/545/?format=api" ] }, { "id": 150, "name": "Cycle « Analyse de données de séquençage à haut-débit » - Module 4/5 : Analyses RNA-seq - partie 2 (biostatistique)", "shortName": "", "description": "Bilille propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.\r\nCe cycle est composé de 5 modules, à la carte : \r\n- Module 1: Analyses ADN\r\n- Module 2: Analyses de variants\r\n- Module 3: Analyses RNA-seq, bioinformatique\r\n- Module 4: Analyses RNA-seq, biostatistique\r\n- Module 5: Métagénomique\r\nLes fiches descriptives sont accessibles sur le site de Bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy.\r\nLes objectifs du module 4 sont :\r\n- Savoir réaliser une analyse différentielle de données RNA-seq à partir d’une table de comptage (quantifiant les lectures alignées) à l’aide du portail Galaxy\r\n- Avoir un regard critique sur les résultats d’une analyse différentielle\r\n- Comprendre différentes méthodes de normalisation et les contextes d’utilisation correspondants", "homepage": "https://bilille.univ-lille.fr/training/training-offer", "is_draft": false, "costs": [], "topics": [], "keywords": [ "NGS Data Analysis", "Transcriptomics (RNA-seq)", "NGS Sequencing Data Analysis" ], "prerequisites": [], "openTo": "Internal personnel", "accessConditions": "- Etre familier avec la plate-forme web Galaxy (idéalement avoir suivi la formation bilille « Initiation à Galaxy »)\r\n- Avoir suivi le module 2/5 «Analyses RNA-seq–partie 1 (bioinformatique)» de ce cycle ou toute autre formation permettant de justifier de connaissances sur les données de séquençage haut débit et la façon d’obtenir une table de comptage", "maxParticipants": null, "contacts": [], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 66, "name": "University of Lille", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20of%20Lille/?format=api" }, { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" }, { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 3, "name": "Bilille", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Bilille/?format=api" } ], "logo_url": "https://bilille.univ-lille.fr/fileadmin/_processed_/9/2/csm_logo_bilille_complet_65be9bda8b.png", "updated_at": "2024-12-09T17:42:50.474644Z", "audienceTypes": [], "audienceRoles": [], "difficultyLevel": "", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "", "hoursPresentations": null, "hoursHandsOn": null, "hoursTotal": null, "personalised": null, "event_set": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/279/?format=api" ] }, { "id": 155, "name": "Cycle « Initiation à la bioinformatique » - Module 3/4 : Prédiction de gènes et annotation de protéines", "shortName": "", "description": "Bilille propose un cycle de découverte de la bioinformatique à destination des chercheur·euses, enseignant·es-chercheur·euses, ingénieur·es, technicien·nes et doctorant·es en biologie. Aucun pré-requis en informatique n'est attendu.\r\nLe cycle est constitué de quatre modules de deux jours:\r\n- Banques de données et BLAST\r\n- Alignement de séquences\r\n- Prédiction de gènes et annotation de protéines\r\n- Initiation à la reconstruction phylogénétique en biologie moléculaire\r\nCes modules peuvent être suivis indépendamment, mais ont une cohérence. Suivre chaque module peut aider à une meilleure compréhension des modules suivants.\r\nLes fiches descriptives des différents modules sont accessibles sur le site web de Bilille.\r\nLes objectifs du module 3 sont :\r\n- découvrir les logiciels liés à la prédiction de gènes et à l'annotation de protéines\r\n- acquérir la méthodologie pour prédire les gènes présents sur un génome qu'il soit bactérien ou eucaryote\r\n- acquérir la méthodologie pour analyser la séquence protéique prédite et en déduire la fonction possible de la protéine, avoir une idée de sa localisation cellulaire et de sa structure\r\n- être capable d'analyser les résultats obtenus par les logiciels avec un regard critique", "homepage": "https://bilille.univ-lille.fr/training/training-offer", "is_draft": false, "costs": [], "topics": [], "keywords": [ "Autre", "Sequence analysis", "proteomics", "Sequence annotation", "Pattern matching", "Protein inference and validation" ], "prerequisites": [], "openTo": "Internal personnel", "accessConditions": "- Savoir utiliser un ordinateur (Windows...) : naviguer sur internet (Internet Explorer ou Firefox), utiliser un traitement de texte (Word ou OpenOffice).\r\n- Être familié avec les banques de données, Blast, formats de séquences et alignements de séquences (idéalement avoir suivi le module 1/4 « Banques de données et Blast » et le module 2/4 « Alignements de séquences » du cycle d'initiation à la bioinformatique).", "maxParticipants": null, "contacts": [], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [], "organisedByTeams": [ { "id": 3, "name": "Bilille", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Bilille/?format=api" } ], "logo_url": "https://bilille.univ-lille.fr/fileadmin/_processed_/9/2/csm_logo_bilille_complet_65be9bda8b.png", "updated_at": "2024-12-09T17:42:03.687244Z", "audienceTypes": [], "audienceRoles": [], "difficultyLevel": "", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "", "hoursPresentations": null, "hoursHandsOn": null, "hoursTotal": null, "personalised": null, "event_set": [] }, { "id": 157, "name": "Cycle « Initiation à la bioinformatique » - Module 4/4 : Initiation à la reconstruction phylogénétique en biologie moléculaire", "shortName": "", "description": "Bilille propose un cycle de découverte de la bioinformatique à destination des chercheur·euses, enseignant·es-chercheur·euses, ingénieur·es, technicien·nes et doctorant·es en biologie. Aucun pré-requis en informatique n'est attendu.\r\nLe cycle est constitué de quatre modules de deux jours:\r\n- Banques de données et BLAST\r\n- Alignement de séquences\r\n- Prédiction de gènes et annotation de protéines\r\n- Initiation à la reconstruction phylogénétique en biologie moléculaire\r\nCes modules peuvent être suivis indépendamment, mais ont une cohérence. Suivre chaque module peut aider à une meilleure compréhension des modules suivants.\r\nLes fiches descriptives des différents modules sont accessibles sur le site web de Bilille.\r\nLes objectifs du module 4 sont :\r\n- Comprendre les grands principes de l’évolution moléculaire et de la reconstruction phylogénétique\r\n- Savoir construire des alignements informatifs pour une analyse phylogénétique\r\n- Comprendre les modèles phylogénétiques probabilistes, les méthodes d'inférence et savoir les appliquer\r\n- Savoir reconstruire des arbres phylogénétiques en Maximum de vraisemblance (ML) et par Inférence Bayésienne (BI)\r\n- Etre capable d’analyser avec un regard critique les résultats obtenus", "homepage": "https://bilille.univ-lille.fr/training/training-offer", "is_draft": false, "costs": [], "topics": [], "keywords": [ "Phylogeny", "Evolution and Phylogeny", "Molecular evolution", "Speciation dating", "Tree of Life", "Sequence analysis", "Multiple sequence alignment" ], "prerequisites": [], "openTo": "Internal personnel", "accessConditions": "- Il est conseillé mais non nécessaire d’avoir suivi le module 1/4 « Banques de données et Blast » et le module 2/4 « Alignements de séquences » du cycle d'initiation à la bioinformatique.", "maxParticipants": null, "contacts": [], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [], "organisedByTeams": [ { "id": 3, "name": "Bilille", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Bilille/?format=api" } ], "logo_url": "https://bilille.univ-lille.fr/fileadmin/_processed_/9/2/csm_logo_bilille_complet_65be9bda8b.png", "updated_at": "2024-12-09T17:41:54.833188Z", "audienceTypes": [], "audienceRoles": [], "difficultyLevel": "", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "", "hoursPresentations": null, "hoursHandsOn": null, "hoursTotal": null, "personalised": null, "event_set": [] }, { "id": 304, "name": "Initiation à Galaxy", "shortName": "Bilille Galaxy Init", "description": "Bilille organise régulièrement des formations d'initiation à l'outil Galaxy d'une journée, destinée aux biologistes et médecins désirant découvrir le traitement bioinformatique de données via une interface conviviale.\r\n\r\nGalaxy est très répandu pour l’analyse de données omiques, telles que données de séquençage ou données de puces à ADN. \r\nC'est l'environnement qui est utilisé lors du cycle de formation “Analyse de données de séquençage à haut-débit”.", "homepage": "https://bilille.univ-lille.fr/training/training-offer", "is_draft": false, "costs": [ "Free" ], "topics": [], "keywords": [ "Galaxy" ], "prerequisites": [], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "Ouvert en priorité aux participants du cycle Analyse NGS organisé par Bilille.", "maxParticipants": null, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/763/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/487/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [], "organisedByTeams": [ { "id": 3, "name": "Bilille", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Bilille/?format=api" } ], "logo_url": "https://bilille.univ-lille.fr/fileadmin/_processed_/9/2/csm_logo_bilille_complet_65be9bda8b.png", "updated_at": "2024-12-09T17:41:37.266949Z", "audienceTypes": [], "audienceRoles": [], "difficultyLevel": "", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "", "hoursPresentations": null, "hoursHandsOn": null, "hoursTotal": null, "personalised": null, "event_set": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/741/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/676/?format=api" ] }, { "id": 154, "name": "Cycle « Initiation à la bioinformatique » - Module 2/4 : Alignement de séquences", "shortName": "", "description": "Bilille propose un cycle de découverte de la bioinformatique à destination des chercheur·euses, enseignant·es-chercheur·euses, ingénieur·es, technicien·nes et doctorant·es en biologie. Aucun pré-requis en informatique n'est attendu.\r\nLe cycle est constitué de quatre modules de deux jours:\r\n- Banques de données et BLAST\r\n- Alignement de séquences\r\n- Prédiction de gènes et annotation de protéines\r\n- Initiation à la reconstruction phylogénétique en biologie moléculaire\r\nCes modules peuvent être suivis indépendamment, mais ont une cohérence. Suivre chaque module peut aider à une meilleure compréhension des modules suivants.\r\nLes fiches descriptives des différents modules sont accessibles sur le site web de Bilille.\r\nLes objectifs du module 2 sont :\r\n- Découvrir les différents types d'alignement pour les séquences protéiques et nucléiques\r\n- Savoir choisir le logiciel et les paramètres adaptés à une problématique (alignement local, global, multiple...)\r\n- Comprendre les méthodes algorithmiques pour l'alignement de séquences\r\n- Comprendre les paramètres des logiciels\r\n- Etre capable d'analyser un résultat d'alignement avec un regard critique", "homepage": "https://bilille.univ-lille.fr/training/training-offer", "is_draft": false, "costs": [], "topics": [], "keywords": [ "Autre", "Sequence Algorithm", "Sequence analysis", "Pattern matching", "Multiple sequence alignment" ], "prerequisites": [], "openTo": "Internal personnel", "accessConditions": "- Savoir utiliser un ordinateur (Windows…) : naviguer sur internet (Internet Explorer ou Firefox), utiliser un traitement de texte (Word ou OpenOffice).\r\n- Etre familier avec les banques de données, Blast et formats de séquences (idéalement avoir suivi le module 1/4 « Banques de données et Blast » du cycle d'initiation à la bioinformatique).", "maxParticipants": null, "contacts": [], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [], "organisedByTeams": [ { "id": 3, "name": "Bilille", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/Bilille/?format=api" } ], "logo_url": "https://bilille.univ-lille.fr/fileadmin/_processed_/9/2/csm_logo_bilille_complet_65be9bda8b.png", "updated_at": "2024-12-09T17:42:17.819204Z", "audienceTypes": [], "audienceRoles": [], "difficultyLevel": "", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "", "hoursPresentations": null, "hoursHandsOn": null, "hoursTotal": null, "personalised": null, "event_set": [] }, { "id": 319, "name": "Exploration de la Diversité Taxonomique des Ecosystèmes par Metabarcoding", "shortName": "", "description": "En matière de prospectives scientifiques, l’INSU OA, le CNRS et l’IRD ambitionnent de caractériser la biodiversité environnementale afin d’étudier l’impact du changement global sur les milieux et de l’anthropisation de la planète. Ces enjeux nécessitent l’acquisition de connaissances sur la biodiversité pour répondre aux grands défis planétaires (e.g. modéliser, anticiper, prévenir les catastrophes écologiques), aux objectifs de développement durable, et contribuer aux grandes transitions de la société dans un contexte de changement climatique.\r\n\r\nLe metabarcoding est aujourd’hui une des approches incontournable dans la description des écosystèmes pour répondre à ces enjeux scientifiques; elle offre une caractérisation exhaustive de la diversité taxonomique (composition en espèces et abondances) d’un écosystème via le séquençage massif de marqueurs d’intérêts (e.g. ARN ribosomaux 16S, 18S, gène COX, …) et le post-traitement bio-informatique des données générées.\r\n\r\nL’Action Nationale de Formation CNRS-INSU MetaBioDiv, portée par l’Institut Méditerranéen d’Océanologie (Armougom F., MIO) et la Délégation Régionale Côte d’Azur CNRS (DR20, Pierrette Finsac), propose à la communauté scientifique une formation sur la caractérisation de la biodiversité taxonomique d’écosystèmes (procaryotes et micro-eucaryotes) par le prisme du séquençage haut-débit Illumina (Miseq) et du traitement bio-informatique associé (outils R sous Rstudio).", "homepage": "https://anfmetabiodiv.mio.osupytheas.fr", "is_draft": false, "costs": [], "topics": [], "keywords": [], "prerequisites": [], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": null, "contacts": [], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [], "organisedByTeams": [], "logo_url": null, "updated_at": "2022-06-22T13:18:40.590388Z", "audienceTypes": [ "Professional (continued)" ], "audienceRoles": [ "Researchers", "Life scientists", "Biologists", "Bioinformaticians" ], "difficultyLevel": "", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "", "hoursPresentations": null, "hoursHandsOn": null, "hoursTotal": null, "personalised": null, "event_set": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/488/?format=api" ] }, { "id": 305, "name": "Initiation à Git / Git Initiation", "shortName": "Git Initiation", "description": "Objectifs\r\n- Savoir définir ce qu’est un outil de gestion de version\r\n- Être capable d’initialiser un entrepôt Git pour un projet\r\n- Être capable de définir quels fichiers inclure/exclure d’un projet\r\n- Savoir enregistrer localement une nouvelle version pour un projet\r\n- Savoir partager des modifications locales avec tous les contributeurs d’un projet\r\n- Savoir gérer des modifications en parallèle en utilisant les branches.\r\n- Connaître les bonnes pratiques pour contribuer à projet tiers\r\nProgramme :\r\n- Présentation des avantages de la gestion de versions (projets individuels & projets collaboratifs)\r\n- Présentation des principes de fonctionnement de Git\r\n- Présentation et mise en œuvre des commandes principales de Git (clone, checkout, add, rm, commit, merge,\r\npush, pull) ; en ligne de commande ou en utilisant une interface graphique (GitHub et GitLab)", "homepage": "https://abims.sb-roscoff.fr/training/courses", "is_draft": false, "costs": [ "Free" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_3372" ], "keywords": [], "prerequisites": [], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": 18, "contacts": [], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [], "organisedByTeams": [ { "id": 4, "name": "ABiMS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ABiMS/?format=api" } ], "logo_url": "https://abims.sb-roscoff.fr/sites/abims.sb-roscoff.fr/files/logos/abims/abims.png", "updated_at": "2026-02-05T08:15:52.976286Z", "audienceTypes": [ "Graduate", "Professional (initial)", "Professional (continued)" ], "audienceRoles": [ "All" ], "difficultyLevel": "Novice", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "", "hoursPresentations": 1, "hoursHandsOn": 3, "hoursTotal": 4, "personalised": false, "event_set": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/458/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/496/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/524/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/626/?format=api" ] }, { "id": 307, "name": "Initiation à R / R Initiation", "shortName": "R - Init", "description": "Objectifs\r\n- Pour une personne qui découvre R : savoir utiliser R de manière autonome et comprendre les principes de\r\nbase\r\n- Être capable de suivre le module Manipulation et visualisation de données avec R\r\n\r\nProgramme\r\n- Introduction à l'IDE Rstudio\r\n- Créer un projet et un script\r\n- Manipulation de données de base\r\n- Structures de données : qu'est-ce qu'une variable, un type, un objet ?\r\n- Utiliser des fonctions de packages externes", "homepage": "https://abims.sb-roscoff.fr/module/r_init", "is_draft": false, "costs": [ "Free" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_2269" ], "keywords": [], "prerequisites": [], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "Preregistration required using: https://abims.sb-roscoff.fr/ateliers/preinscription", "maxParticipants": 16, "contacts": [], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [], "organisedByTeams": [ { "id": 4, "name": "ABiMS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ABiMS/?format=api" } ], "logo_url": "https://abims.sb-roscoff.fr/sites/default/files/abims.png", "updated_at": "2026-02-05T08:15:37.604111Z", "audienceTypes": [ "Graduate", "Professional (initial)", "Professional (continued)" ], "audienceRoles": [ "All" ], "difficultyLevel": "Novice", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "", "hoursPresentations": 1, "hoursHandsOn": 3, "hoursTotal": 4, "personalised": false, "event_set": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/618/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/774/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/715/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/517/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/480/?format=api" ] }, { "id": 379, "name": "Manipulating & Visualizing Data with R", "shortName": "R - DataViz", "description": "Objectifs\r\n- Importer, structurer, transformer et exporter un tableau de données avec R\r\n- Générer des figures de qualité pour, par exemple, une publication scientifique\r\n\r\nProgramme\r\n- Introduction au tidyverse (metapackage pour manipuler, visualiser et analyser des données)\r\n- Import et export de tableaux de données (csv, excel, google sheet, etc.)\r\n- Manipulation de tableaux de données avec dplyr et tidyr (filtre, aggregation, jointure)\r\n- Manipulation de chaînes de caractères et de dates avec stringr et lubridate\r\n- Introduction aux concepts de visualisation de données\r\n- Apprendre à utiliser ggplot2 grâce à esquisse\r\n- Partager ses résultats avec Quarto", "homepage": "https://abims.sb-roscoff.fr/module/r_dataviz", "is_draft": false, "costs": [ "Free" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_0092" ], "keywords": [], "prerequisites": [], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "Preregistration required using: https://abims.sb-roscoff.fr/ateliers/preinscription", "maxParticipants": 18, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/299/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [], "organisedByTeams": [ { "id": 4, "name": "ABiMS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ABiMS/?format=api" } ], "logo_url": "https://abims.sb-roscoff.fr/sites/default/files/abims.png", "updated_at": "2026-02-05T08:15:08.934519Z", "audienceTypes": [ "Undergraduate", "Graduate", "Professional (initial)", "Professional (continued)" ], "audienceRoles": [ "All" ], "difficultyLevel": "", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "", "hoursPresentations": 2, "hoursHandsOn": 5, "hoursTotal": 7, "personalised": null, "event_set": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/619/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/775/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/716/?format=api" ] }, { "id": 278, "name": "Linux - Initiation / Linux for Beginners", "shortName": "Linux Init", "description": "Objectifs :\r\n- Être capable de se connecter à une machine Linux\r\n- Être capable de transférer des fichiers à partir de/vers une machine Linux\r\n- Être capable de naviguer dans le système de fichiers\r\n- Être capable d’examiner le contenu d’un fichier et de gérer l’espace disque\r\n- Être capable de gérer les droits d’accès aux répertoires et aux fichiers.\r\n- Être capable de gérer le lancement, l’interruption et l’arrêt de processus", "homepage": "https://abims.sb-roscoff.fr/module/linux_init", "is_draft": false, "costs": [ "Free" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_3316" ], "keywords": [ "Linux", "Operating systems" ], "prerequisites": [], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": 16, "contacts": [], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 65, "name": "SBR - Roscoff Marine Station", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/SBR%20-%20Roscoff%20Marine%20Station/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 4, "name": "ABiMS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ABiMS/?format=api" } ], "logo_url": "https://abims.sb-roscoff.fr/sites/default/files/abims.png", "updated_at": "2026-02-03T16:15:38.740564Z", "audienceTypes": [ "Graduate", "Professional (initial)", "Professional (continued)" ], "audienceRoles": [ "All" ], "difficultyLevel": "Novice", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "", "hoursPresentations": null, "hoursHandsOn": null, "hoursTotal": null, "personalised": false, "event_set": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/712/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/623/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/424/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/499/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/520/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/770/?format=api" ] }, { "id": 285, "name": "Linux Avancé / Advanced Linux", "shortName": "Advanced Linux", "description": "Objectifs\r\n- Savoir utiliser des commandes linux pour traiter de grosses quantités de données : fichiers\r\nvolumineux et/ou en grands nombres : recherche, comptage, tri, fusion, …\r\nProgramme\r\n- Introduction\r\n- Décrire (wc, grep)\r\n- Manipuler des fichiers tabulés (cut, sort)\r\n- Rechercher (grep)\r\n- Redirection / Pipeline (stdin, stdout, stderr, >, 2>, &&, |)\r\n- Recherche avancée : notion d’expression régulière (egrep)\r\n- Rechercher/Remplacer haut débit (tr, sed)\r\n- Manipulation de fichier tabulé – mode avancé (awk)\r\n- Traitement séquentiel de nombreux fichiers (for)", "homepage": "https://abims.sb-roscoff.fr/module/linux_advanced", "is_draft": false, "costs": [ "Free" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_3316" ], "keywords": [], "prerequisites": [ "Linux - Basic Knowledge" ], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "Preregistration required using: https://abims.sb-roscoff.fr/ateliers/preinscription", "maxParticipants": 18, "contacts": [], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 65, "name": "SBR - Roscoff Marine Station", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/SBR%20-%20Roscoff%20Marine%20Station/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 4, "name": "ABiMS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ABiMS/?format=api" } ], "logo_url": "https://abims.sb-roscoff.fr/sites/default/files/abims.png", "updated_at": "2026-02-03T16:16:01.381880Z", "audienceTypes": [ "Graduate", "Professional (initial)", "Professional (continued)" ], "audienceRoles": [], "difficultyLevel": "Intermediate", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "", "hoursPresentations": 3, "hoursHandsOn": 4, "hoursTotal": 7, "personalised": false, "event_set": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/497/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/435/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/521/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/713/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/764/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/624/?format=api" ] }, { "id": 299, "name": "Initiation à Galaxy / Galaxy Initiation", "shortName": "Galaxy Initiation", "description": "Objectifs\r\n- Savoir exploiter l’environnement Galaxy pour être en mesure d’analyser ses données.\r\n- Être en mesure de créer ses workflows.\r\nProgramme\r\n- Téléchargement des données à traiter.\r\n- Manipulation de fichiers.\r\n- Traitement des données.\r\n- Visualisation des résultats.\r\n- Création de workflows.\r\n- Partage de résultats et de workflows.", "homepage": "https://abims.sb-roscoff.fr/module/galaxy_init", "is_draft": false, "costs": [ "Free" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_0769" ], "keywords": [], "prerequisites": [], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "", "maxParticipants": 18, "contacts": [], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [], "organisedByTeams": [ { "id": 4, "name": "ABiMS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ABiMS/?format=api" } ], "logo_url": "https://abims.sb-roscoff.fr/sites/default/files/abims.png", "updated_at": "2026-02-03T16:16:46.320073Z", "audienceTypes": [ "Graduate", "Professional (initial)", "Professional (continued)" ], "audienceRoles": [ "All" ], "difficultyLevel": "Novice", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "", "hoursPresentations": 4, "hoursHandsOn": 3, "hoursTotal": 7, "personalised": false, "event_set": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/620/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/446/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/500/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/519/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/761/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/711/?format=api" ] }, { "id": 394, "name": "Principes FAIR & Git Initiation", "shortName": "FAIR & GIT - Initiation", "description": "Objectifs\r\n- Principes FAIR :\r\n Connaître les principes FAIR\r\n Être capable de prendre en compte les principes FAIR dans l'ensemble des étapes d'un projet impliquant la \r\n collecte et/ou l'analyse de données\r\n- Initiation à Git :\r\n Savoir définir ce qu’est un outil de gestion de version\r\n Être capable d’initialiser un entrepôt Git pour un projet\r\n Être capable de définir quels fichiers inclure/exclure d’un projet\r\n Savoir enregistrer localement une nouvelle version pour un projet\r\n Savoir partager des modifications locales avec tous les contributeurs d’un projet\r\n Savoir gérer des modifications en parallèle en utilisant les branches\r\n Connaître les bonnes pratiques pour contribuer à projet tiers\r\n\r\nProgramme : \r\n- Principes FAIR\r\n Présentation des principes FAIR\r\n Exemples de bonnes pratiques dans la gestion des données : description, organisation du stockage, \r\n traitements et analyses, mise en accès\r\n- Initiation à Git\r\n Présentation des avantages de la gestion de versions (projets individuels & projets collaboratifs)\r\n Présentation des principes de fonctionnement de Git\r\n Présentation et mise en œuvre des commandes principales de Git (clone, checkout, add, rm, commit, merge,\r\n push, pull) ; en ligne de commande ou en utilisant une interface graphique (GitHub et GitLab)", "homepage": "https://abims.sb-roscoff.fr/module/fair_git", "is_draft": false, "costs": [ "Free" ], "topics": [], "keywords": [], "prerequisites": [ "none" ], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "Pre-registration required.", "maxParticipants": 18, "contacts": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/821/?format=api" ], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 65, "name": "SBR - Roscoff Marine Station", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/SBR%20-%20Roscoff%20Marine%20Station/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 4, "name": "ABiMS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ABiMS/?format=api" } ], "logo_url": "https://abims.sb-roscoff.fr/sites/default/files/abims.png", "updated_at": "2026-02-03T16:17:14.050223Z", "audienceTypes": [ "Undergraduate", "Graduate", "Professional (initial)", "Professional (continued)" ], "audienceRoles": [ "All" ], "difficultyLevel": "Novice", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "", "hoursPresentations": 4, "hoursHandsOn": 4, "hoursTotal": 8, "personalised": null, "event_set": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/768/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/710/?format=api" ] }, { "id": 286, "name": "Utilisation du cluster - SLURM / Cluster usage - SLURM", "shortName": "Cluster SLURM", "description": "Objectifs\r\n- Disposer des concepts et de bonnes pratiques d’utilisation des ressources de calcul.\r\n- Être capable d’utiliser les ressources de calcul de la plateforme en toute autonomie.\r\nProgramme\r\n- Introduction : les équipements (calcul et stockage), espaces de travail, les outils et les données.\r\n- Calcul parallèle : concepts, ressources\r\n- Soumission de jobs (srun, sbatch)\r\n- Monitorer, vérifier, controler les jobs (squeue, scontrol, scancel, sacct).\r\n- Base de l’optimisation d’un job\r\n- Solutions de parallélisation des jobs : (--array)", "homepage": "https://abims.sb-roscoff.fr/module/cluster_slurm", "is_draft": false, "costs": [ "Free" ], "topics": [ "http://edamontology.org/topic_3316" ], "keywords": [], "prerequisites": [ "Linux - Basic Knowledge" ], "openTo": "Everyone", "accessConditions": "Preregistration required using: https://abims.sb-roscoff.fr/ateliers/preinscription", "maxParticipants": 18, "contacts": [], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [ { "id": 65, "name": "SBR - Roscoff Marine Station", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/SBR%20-%20Roscoff%20Marine%20Station/?format=api" } ], "organisedByTeams": [ { "id": 4, "name": "ABiMS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/ABiMS/?format=api" } ], "logo_url": "https://abims.sb-roscoff.fr/sites/default/files/abims.png", "updated_at": "2026-02-03T16:16:28.077539Z", "audienceTypes": [ "Graduate", "Professional (initial)", "Professional (continued)" ], "audienceRoles": [ "All" ], "difficultyLevel": "Intermediate", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "", "hoursPresentations": null, "hoursHandsOn": null, "hoursTotal": null, "personalised": false, "event_set": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/625/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/714/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/498/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/440/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/522/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/763/?format=api" ] }, { "id": 109, "name": "Analyse de données métagénomiques 16S", "shortName": "", "description": "\n\n\n\n\n\n\n\nObjectifs\nCette formation est dédiée à l'analyse de données de type \"métagénomique amplicon\" issues des technolo-gies de séquençage 454 et Illumina. La formation couvre les grandes étapes d'un pipeline d'analyse bioinformatique sous Galaxy (FROGS) pour transformer les séquences en tables d'abondances puis présente des outils statistiques sous R (phyloseq) qui permettent de décrire et comparer les échantillons à partir de ces tables.\n\n \nProgramme\n\nJours 1 et 2 : Analyses Bioinformatiques sous Galaxy\nIntroduction générale\nBrefs rappels sur l'environnement Galaxy\nPrésentation des données issues des différentes technologies de séquençage\nPrétraitement des données\nClustering des séquences, construction des OTUs\nDétection de chimères\nAnnotation taxonomique\nFiltrage des données de comptages\nOutils de visualisation\nConstruction de workflow et configuration de FROGS\nLimite des données et des méthodes \nJour 3 et 4 : Analyses Statistiques sous Rstudio\nIntroduction générale\nImport, manipulation et visualisation des données\nMesure de diversités : Unifrac, Bray-Curtis, etc.\nOrdination et réduction de dimension : MDS\nClustering et Heatmap\nComparaison d'échantillons : PERMANOVA, adonis\n▫ Introduction générale\n▫ Brefs rappels sur l'environnement Galaxy\n▫ Présentation des données issues des différentes technologies de séquençage ▫ Prétraitement des données\n▫ Clustering des séquences, construction des OTUs\n▫ Détection de chimères\n▫ Annotation taxonomique\n▫ Filtrage des données de comptages\n▫ Outils de visualisation\n▫ Construction de workflow et configuration de FROGS\n▫ Limite des données et des méthodes\n\n\n\n\n\nJour 3 : Analyses Statistiques sous Rstudio\n\n\t▫ Introduction générale\n\t\n\n\t▫ Import et manipulation des données\n\t\n\n\t▫ Mesure de diversités : Unifrac, Bray-Curtis, etc.\n\t\n\n\t▫ Ordination et réduction de dimension : MDS\n\t\n\n\t▫ Clustering et Heatmap\n\t\n\n\t▫ Comparaison d'échantillons : PERMANOVA, adonis \n\t\n\n\n\n\n\n\n\n\n", "homepage": "http://migale.jouy.inra.fr/", "is_draft": false, "costs": [], "topics": [], "keywords": [ "NGS Data Analysis", "Metagenomics", "Galaxy" ], "prerequisites": [], "openTo": "Internal personnel", "accessConditions": "Ce cycle est ouvert à l'ensemble des agents de l'INRA et aux extérieurs.\n", "maxParticipants": null, "contacts": [], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [], "organisedByTeams": [], "logo_url": "", "updated_at": "2022-06-02T11:50:50.812642Z", "audienceTypes": [], "audienceRoles": [], "difficultyLevel": "", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "", "hoursPresentations": null, "hoursHandsOn": null, "hoursTotal": null, "personalised": null, "event_set": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/event/265/?format=api" ] }, { "id": 18, "name": "Linux", "shortName": "", "description": "Formation Linux\n", "homepage": "http://migale.jouy.inra.fr/", "is_draft": false, "costs": [], "topics": [], "keywords": [ "Programming Languages & Computer Sciences", "Linux", "Développements technologiques de l‘Information et de la Communication" ], "prerequisites": [], "openTo": "Internal personnel", "accessConditions": "", "maxParticipants": null, "contacts": [], "elixirPlatforms": [], "communities": [], "sponsoredBy": [], "organisedByOrganisations": [], "organisedByTeams": [], "logo_url": "", "updated_at": "2022-06-02T11:50:50.812642Z", "audienceTypes": [], "audienceRoles": [], "difficultyLevel": "", "trainingMaterials": [], "learningOutcomes": "", "hoursPresentations": null, "hoursHandsOn": null, "hoursTotal": null, "personalised": null, "event_set": [] } ] }
