Team List
Handles creating, reading and updating teams.
GET /api/team/?format=api&ordering=leaders
{ "count": 45, "next": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/?format=api&limit=20&offset=20&ordering=leaders", "previous": null, "results": [ { "id": 26, "name": "PlantBioinfoPF", "logo_url": "https://urgi.versailles.inrae.fr/var/storage/images/home-urgi/platform/6883-40-eng-GB/Platform_medium.jpg", "description": "Les principales missions de la plateforme bioinformatique PlantBioinfoPF, hébergée à l'URGI, sont de contribuer à une gestion des données patrimoniales produites par INRAE et ses partenaires, compatible avec la science ouverte, et de proposer aux chercheurs des outils et des environnements adaptés pour l'analyse des données. Les principales activités de la plateforme sont l’intégration des données sur les plantes dans le système d'information GnpIS et les fédérations de données, donner accès aux ressources informatiques et aux outils d'analyse, soutien à l'analyse de données génomique (éléments transposables) et la formation des utilisateurs.", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_3365", "http://edamontology.org/topic_3299", "http://edamontology.org/topic_0622", "http://edamontology.org/topic_3316", "http://edamontology.org/topic_0780" ], "linkCovid19": "", "homepage": "https://urgi.versailles.inrae.fr/", "unitId": "URGI-US1164", "address": "INRAE Centre de Versailles\r\nURGI - Bat18\r\nRD10 - Route de Saint-Cyr\r\n78000 Versailles\r\nFrance", "city": "Versailles", "country": "France", "communities": [], "projects": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/project/ELIXIR-CONVERGE/?format=api" ], "affiliatedWith": [ { "id": 4, "name": "IFB", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB/?format=api" }, { "id": 6, "name": "Elixir-FR", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Elixir-FR/?format=api" }, { "id": 7, "name": "France Génomique", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/France%20G%C3%A9nomique/?format=api" }, { "id": 39, "name": "URGI - UR1164", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/URGI%20-%20UR1164/?format=api" }, { "id": 67, "name": "University of Paris-Saclay", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20of%20Paris-Saclay/?format=api" }, { "id": 82, "name": "INRAE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=api" }, { "id": 88, "name": "BioinfOmics", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=api" } ], "publications": [ "", "10.34133/2019/1671403", "10.1186/s13100-019-0150-y", "10.1007/978-1-4939-6658-5_5", "10.3835/plantgenome2015.06.0038", "10.1093/database/bat058", "10.1371/journal.pone.0091929", "10.1371/journal.pone.0016526", "10.1371/journal.pcbi.0010022", "10.1007/s00239-003-0007-2", "10.1186/s13059-018-1491-4" ], "certifications": [ "Label IBiSA", "France-Génomique", "ISO 9001", "CNOC (INRA)", "CATI - CTAI", "PF stratégique nationale INRA" ], "fundedBy": [ { "id": 82, "name": "INRAE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=api" } ], "keywords": [ "Cloud", "Biodiversity", "Evolution and Phylogeny", "Bioinformatics and Plant Genomics", "Annotation", "Transposons", "Interoperability", "Genome analysis", "Integration of heterogeneous data", "Data collection curation", "Data Integration", "Databases and information systems" ], "fields": [ "Biologie", "Agro-alimentaire", "Environnement", "Informatique" ], "orgid": "003vg9w96", "tools": [ "DataDiscovery", "faidare", "gnpis", "", "RARe", "repet", "WheatIS" ], "services": [], "leaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/3/?format=api" ], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/8/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/224/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/8/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/751/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/224/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/754/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/441/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/131/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/3/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/813/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/336/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/504/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/814/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/815/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/816/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/8/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/441/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/224/?format=api" ], "ifbMembership": "Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "48.802750", "lng": "2.112411", "updated_at": "2025-01-27T13:12:09.576040Z" }, { "id": 39, "name": "Bio2M", "logo_url": "https://bio2m.fr/public/Logo-Bio2M-V2.png", "description": "The bioinformatic group involved specialists in text algorithm focusing on the design of new tools and structures for RNA-Seq analysis. We have created a new data structure capable of organizing reads for very quickly queries and developed a software (called CRAC) noticed by Nature as a competitor over existing softwares for the analysis of RNA-Seq data (CRAC, Star, …).\r\n\r\n* Transcriptomics - RNA-Seq\r\n* Kmers analysis\r\n - [Transipedia](https://transipedia.fr)", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_3170", "http://edamontology.org/topic_0091", "http://edamontology.org/topic_0203", "http://edamontology.org/topic_0659" ], "linkCovid19": "", "homepage": "https://bio2m.fr", "unitId": "", "address": "BioInformatiques et BioMarqueurs\r\nINSERM U1183\r\nIRMB - Institut de Médecine Regénérative et Biothérapie\r\nHôpital Saint-Eloi\r\n80, av. Augustin Fliche", "city": "Montpellier", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 4, "name": "IFB", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB/?format=api" } ], "publications": [ "10.1186/1471-2105-12-242", "", "10.1186/gb-2013-14-3-r30", "10.1093/nargab/lqab058" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 54, "name": "UM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/UM/?format=api" }, { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" } ], "keywords": [ "metatranscriptomics", "Transcriptomics", "Transcript and transcript variant analysis", "Transcriptomics (RNA-seq)" ], "fields": [ "Biologie" ], "orgid": null, "tools": [ "kmerator" ], "services": [], "leaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/130/?format=api" ], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/130/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/643/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/643/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/130/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/760/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/761/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/643/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/643/?format=api" ], "ifbMembership": "Contributing platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "43.624386", "lng": "3.868455", "updated_at": "2024-03-12T07:42:25.114714Z" }, { "id": 23, "name": "PACA-Bioinfo", "logo_url": "https://www.igs.cnrs-mrs.fr/wp-content/uploads/2018/08/logo-igs-cnrs.png", "description": "Les services de PACA Bioinfo se concentrent sur la génomique microbienne, la métagénomique, la génomique comparative et la phylogénie moléculaire. Il met à la disposition de la communauté divers outils en ligne en accès libre proposés sans inscription préalable. La plateforme collabore également à des projets de génomique ou de métagénomique pour lesquels elle constitue le principal support bioinformatique, notamment pour les équipes de l'Institut Méditerranéen de Microbiologie de Marseille. Des progrès importants ont été réalisés grâce aux analyses génomiques de virus géants, de deux éponges et de métagénomes provenant d'anciens sols gelés (permafrost). La plate-forme fournit également des outils statistiques génériques pour comparer de grands ensembles de données de comptage (outils ACD) tels qu'ils sont rencontrés dans les études écologiques classiques ou basées sur les métagénomes.", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_3174", "http://edamontology.org/topic_0196", "http://edamontology.org/topic_0797", "http://edamontology.org/topic_3170", "http://edamontology.org/topic_0622", "http://edamontology.org/topic_0082", "http://edamontology.org/topic_0080", "http://edamontology.org/topic_0781" ], "linkCovid19": "", "homepage": "https://www.igs.cnrs-mrs.fr/paca-bioinfo/", "unitId": "UMR7256", "address": "163 Avenue de Luminy\r\nCase 934", "city": "Marseille", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 38, "name": "CNRS UMR7256", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS%20UMR7256/?format=api" }, { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" } ], "publications": [ "10.1093/bioinformatics/bty640", "10.1093/bioadv/vbab034", "10.1093/femsml/uqac003", "10.1128/JVI.01997-19", "10.3389/fmicb.2019.00430", "10.1186/s12864-018-4715-9", "10.1080/23802359.2017.1285210", "10.1128/JVI.00230-17", "10.1038/ncomms15087", "10.1038/ismej.2015.192", "10.1111/mec.13621", "10.1073/pnas.1506469112", "10.1371/journal.pone.0090988", "10.1371/journal.pone.0090989", "10.1186/1471-2164-14-158", "10.1111/mec.12108", "10.1038/ismej.2013.116", "10.1074/jbc.M111.314559", "10.1371/journal.pgen.1003122", "10.1186/gb-2012-13-5-r39", "10.1371/journal.pone.0018528", "10.1186/1743-422X-8-99", "10.1105/tpc.110.076406", "10.1186/gb-2009-10-10-r114", "10.1186/1743-422X-6-178", "10.1101/gr.091686.109", "10.1016/j.jip.2009.03.011", "10.1101/gr.091561.109", "10.1186/1471-2164-10-352", "", "10.1093/nar/gkn180" ], "certifications": [ "CATI - CTAI", "RIO" ], "fundedBy": [ { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" } ], "keywords": [ "Phylogeny", "Biostatistics", "Metagenomics", "Evolution and Phylogeny", "metatranscriptomics", "Sequence analysis", "proteomics", "Comparative genomics", "NGS Sequencing Data Analysis", "Structural Bioinformatics" ], "fields": [ "Biomédical", "Environnement", "Biotechnologie" ], "orgid": null, "tools": [ "phylogeny.fr" ], "services": [], "leaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/557/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/372/?format=api" ], "deputies": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/557/?format=api" ], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/372/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/557/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/741/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/557/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/129/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/372/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/502/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/557/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/372/?format=api" ], "ifbMembership": "Associated Team", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "43.239127", "lng": "5.436787", "updated_at": "2024-03-11T15:00:44.492495Z" }, { "id": 29, "name": "IFB Core", "logo_url": "https://www.france-bioinformatique.fr/wp-content/uploads/IFB-Fond_blanc-500x249-2.png", "description": "La mission de la plateforme IFB-Core est de coordonner l'utilisation des moyens et les activités de l'infrastructure nationale. IFB-core est également l'interlocuteur du réseau ELIXIR, dont l'IFB est le noeud français (ELIXIR-FR). L'UAR IFB-core sert d'interface vis-à-vis de différents acteurs, afin de mettre en place et d'administrer une infrastructure informatique nationale multi-sites (National Network of Computing Resources, NNCR) visant à mutualiser les ressources et fédérer les communautés des sciences de la vie autour d'outils adaptés à leurs besoins.", "expertise": [], "linkCovid19": "", "homepage": "https://www.france-bioinformatique.fr/", "unitId": "", "address": "Génoscope\r\n2 rue Gaston Crémieux", "city": "Evry", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 43, "name": "IFB-core", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB-core/?format=api" }, { "id": 44, "name": "UMS 3601", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/UMS%203601/?format=api" }, { "id": 51, "name": "INRA", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRA/?format=api" }, { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" }, { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" }, { "id": 62, "name": "CEA", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CEA/?format=api" } ], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 51, "name": "INRA", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRA/?format=api" }, { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" }, { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" }, { "id": 62, "name": "CEA", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CEA/?format=api" } ], "keywords": [ "NGS Sequencing Data Analysis" ], "fields": [], "orgid": null, "tools": [ "fair-checker" ], "services": [], "leaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/489/?format=api" ], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/624/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/59/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/563/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/362/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/782/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/241/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/737/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/762/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/243/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/783/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/124/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/122/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/784/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/237/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/660/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/162/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/487/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/785/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/786/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/77/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/82/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/787/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/182/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/654/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/788/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/644/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/625/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/3/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/789/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/790/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/443/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/791/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/792/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/793/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/794/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/795/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/796/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/624/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/432/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/116/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/556/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/134/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/655/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/43/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/59/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/128/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/107/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/198/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/357/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/431/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/489/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/563/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/617/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/362/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/797/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/443/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/116/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/556/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/655/?format=api" ], "ifbMembership": "Coordinating unit", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "48.633330", "lng": "2.450000", "updated_at": "2024-05-13T11:05:19.400196Z" }, { "id": 23, "name": "PACA-Bioinfo", "logo_url": "https://www.igs.cnrs-mrs.fr/wp-content/uploads/2018/08/logo-igs-cnrs.png", "description": "Les services de PACA Bioinfo se concentrent sur la génomique microbienne, la métagénomique, la génomique comparative et la phylogénie moléculaire. Il met à la disposition de la communauté divers outils en ligne en accès libre proposés sans inscription préalable. La plateforme collabore également à des projets de génomique ou de métagénomique pour lesquels elle constitue le principal support bioinformatique, notamment pour les équipes de l'Institut Méditerranéen de Microbiologie de Marseille. Des progrès importants ont été réalisés grâce aux analyses génomiques de virus géants, de deux éponges et de métagénomes provenant d'anciens sols gelés (permafrost). La plate-forme fournit également des outils statistiques génériques pour comparer de grands ensembles de données de comptage (outils ACD) tels qu'ils sont rencontrés dans les études écologiques classiques ou basées sur les métagénomes.", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_3174", "http://edamontology.org/topic_0196", "http://edamontology.org/topic_0797", "http://edamontology.org/topic_3170", "http://edamontology.org/topic_0622", "http://edamontology.org/topic_0082", "http://edamontology.org/topic_0080", "http://edamontology.org/topic_0781" ], "linkCovid19": "", "homepage": "https://www.igs.cnrs-mrs.fr/paca-bioinfo/", "unitId": "UMR7256", "address": "163 Avenue de Luminy\r\nCase 934", "city": "Marseille", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 38, "name": "CNRS UMR7256", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS%20UMR7256/?format=api" }, { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" } ], "publications": [ "10.1093/bioinformatics/bty640", "10.1093/bioadv/vbab034", "10.1093/femsml/uqac003", "10.1128/JVI.01997-19", "10.3389/fmicb.2019.00430", "10.1186/s12864-018-4715-9", "10.1080/23802359.2017.1285210", "10.1128/JVI.00230-17", "10.1038/ncomms15087", "10.1038/ismej.2015.192", "10.1111/mec.13621", "10.1073/pnas.1506469112", "10.1371/journal.pone.0090988", "10.1371/journal.pone.0090989", "10.1186/1471-2164-14-158", "10.1111/mec.12108", "10.1038/ismej.2013.116", "10.1074/jbc.M111.314559", "10.1371/journal.pgen.1003122", "10.1186/gb-2012-13-5-r39", "10.1371/journal.pone.0018528", "10.1186/1743-422X-8-99", "10.1105/tpc.110.076406", "10.1186/gb-2009-10-10-r114", "10.1186/1743-422X-6-178", "10.1101/gr.091686.109", "10.1016/j.jip.2009.03.011", "10.1101/gr.091561.109", "10.1186/1471-2164-10-352", "", "10.1093/nar/gkn180" ], "certifications": [ "CATI - CTAI", "RIO" ], "fundedBy": [ { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" } ], "keywords": [ "Phylogeny", "Biostatistics", "Metagenomics", "Evolution and Phylogeny", "metatranscriptomics", "Sequence analysis", "proteomics", "Comparative genomics", "NGS Sequencing Data Analysis", "Structural Bioinformatics" ], "fields": [ "Biomédical", "Environnement", "Biotechnologie" ], "orgid": null, "tools": [ "phylogeny.fr" ], "services": [], "leaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/557/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/372/?format=api" ], "deputies": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/557/?format=api" ], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/372/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/557/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/741/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/557/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/129/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/372/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/502/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/557/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/372/?format=api" ], "ifbMembership": "Associated Team", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "43.239127", "lng": "5.436787", "updated_at": "2024-03-11T15:00:44.492495Z" }, { "id": 37, "name": "NSBD", "logo_url": "https://www.marseille-medical-genetics.org/fileadmin/templates/mmg/imgs/mmg_logo.png", "description": "L'équipe \"biologie des systèmes et des réseaux pour les maladies\" est une équipe de recherche interdisciplinaire ayant pour objectif de développer d'algorithmes et outils d'analyse et d'intégration de données biologiques et de proposer des approches \"système\" pour l'étude des pathologies génétiques humaines. Sur le versant des outils, l'équipe focalise particulièrement sur des approches non-supervisées appliquées aux réseaux biologiques multi-couches et propose des outils de clustering, de marches aléatoires ou de network embedding. L'équipe travaille également sur l'intégration de données quantitatives (transcriptomique, protéomique) dans les réseaux pour identifier des modules perturbés dans différentes conditions. Enfin, l'équipe s'intéresse également à l'intégration de données multi-omiques par des approches de réduction de dimension via des factorisations de matrices.", "expertise": [], "linkCovid19": "", "homepage": "https://www.marseille-medical-genetics.org/a-baudot/", "unitId": "", "address": "Faculté de Médecine de la Timone\r\n27 Bd Jean Moulin", "city": "Marseille Cedex 05", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" }, { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [], "orgid": null, "tools": [ "mogamun" ], "services": [], "leaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/722/?format=api" ], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/722/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/657/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/657/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/722/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/657/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/722/?format=api" ], "ifbMembership": "Associated Team", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "43.288900", "lng": "5.402160", "updated_at": "2024-03-11T14:53:13.009640Z" }, { "id": 12, "name": "RPBS", "logo_url": "https://bioserv.rpbs.univ-paris-diderot.fr/static/img/logo_RPBS.png", "description": "RPBS est une plateforme dédiée à la bio-informatique structurelle. Elle propose : le développement de méthodes/protocoles de bio-informatique structurelle, l'hébergement de services et le déploiement en ligne de services du domaine, la formation et conseil dans le domaine et l’hébergement de calculs via PAAS.", "expertise": [], "linkCovid19": "", "homepage": "http://bioserv.rpbs.univ-paris-diderot.fr/index.html", "unitId": "", "address": "35 rue Hélène Brion", "city": "Paris", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 27, "name": "UMR-S 973", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/UMR-S%20973/?format=api" }, { "id": 28, "name": "Université Paris-Diderot", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Universit%C3%A9%20Paris-Diderot/?format=api" }, { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" } ], "publications": [ "" ], "certifications": [ "Label IBiSA" ], "fundedBy": [ { "id": 28, "name": "Université Paris-Diderot", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Universit%C3%A9%20Paris-Diderot/?format=api" }, { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" } ], "keywords": [ "Comparative and de novo structure modeling", "Dynamic and thermodynamic structure properties analysis", "Virtual screening", "Structure-based screening", "2D/3D", "ADME/tox", "Small chemical compound libraries", "Protein/protein interaction modelisation", "proteins/peptides and proteins/nucleic acids", "Structure analysis", "homology and structural pattern matching", "Structural Bioinformatics", "Predictions of structural properties" ], "fields": [ "Biologie", "Biomédical", "Informatique" ], "orgid": null, "tools": [ "fpocket", "frog2", "hca", "hhalign-kbest", "interevdock2", "pep-fold", "pep-sitefinder", "sabbac" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/801/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/802/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/523/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/801/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/802/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/120/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/523/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/583/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/617/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/638/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/523/?format=api" ], "ifbMembership": "Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "48.827664", "lng": "2.380355", "updated_at": "2024-04-24T09:38:55.908344Z" }, { "id": 31, "name": "AuBi", "logo_url": "https://mesocentre.uca.fr/medias/photo/logoaubi-2019minus_1553844844490-jpg", "description": "AuBi est la plateforme bioinformatique de Clermont pour les sciences du vivant (biologie fondamentale, microbiologie, agronomie, environnement, santé et épidémiologie). AuBi s'appuie sur le Mésocentre de l'UCA pour promouvoir l'accès aux installations informatiques pour l'analyse des données, le stockage, la formation en bio-informatique et l'hébergement de services web pour la recherche. Des compétences importantes sont développées pour soutenir des projets scientifiques dans le domaine de l'analyse de séquences à grande échelle en génomique (assemblage, annotation, analyse de variantes, DNAseq, ...), transcriptomique (RNAseq, ChiPseq, ...) et variations épigénomiques (BSseq), métagénomique, métatranscriptomique, métabolomique, dynamique moléculaire mais aussi statistique et imagerie.", "expertise": [], "linkCovid19": "", "homepage": "https://mesocentre.uca.fr/projets-associes/plateforme-aubi/", "unitId": "", "address": "Plateforme AuBi\r\nMesocentre Clermont Auvergne\r\nUniversité Clermont Auvergne\r\n7, avenue Blaise Pascal\r\nTSA 60026", "city": "Aubière cedex", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 96, "name": "Mésocentre Clermont-Auvergne", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/M%C3%A9socentre%20Clermont-Auvergne/?format=api" } ], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 94, "name": "Université Clermont Auvergne", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Universit%C3%A9%20Clermont%20Auvergne/?format=api" } ], "keywords": [ "Methodology", "QTL Localization", "Cloud", "Comparative and de novo structure modeling", "Ecology", "Biodiversity", "Microbial ecology", "Metabolic engineering", "Metagenomics", "CGH", "Expression", "Small and long non-coding RNAs", "Positional cloning", "GPU", "Fonctionelles", "Microscopy", "Medical Imaging", "Physical Mapping", "Paleogenomics and ancestral genomes", "Tiling", "Metabolic Network Modelling", "Sequence Algorithm", "Cartographie génétique et d'hybrides irradiés", "Statistical differential analysis", "Methylation profiles", "Genotyping", "Machine learning", "Signal processing", "Second level analysis", "Chromatin accessibility", "Exploratory statistics", "Chromosome conformation analysis", "Bioimaging", "Inferential statistics", "Assembly of genomes and transcriptomes", "Read alignment on genomes", "Statistical Tests", "Regression", "Dimension reduction", "Gene expression regulation analysis", "Image analysis", "Descriptive statistics", "Multivariate analyses", "Phylogenetics", "Gene expression differential analysis", "Web portals", "metatranscriptomics", "Data identity and mapping", "Ontologies", "Database search engine", "Spectral library search", "De novo sequencing", "Chip-Seq", "Panels (amplicons, captures)", "Interfaces", "Metabolites identification", "Spectral demultiplexing", "Post-translational modification analysis", "Systems Biology", "Semantic web", "Metabolic network analysis", "Genome analysis", "Structural and functional annotation of genomes", "Population Genetics", "Knowledge mining", "Statistical Genetics", "Regulatory network modelling", "Quantitative proteomics", "Complete genomes", "Transcript and transcript variant analysis", "Proteogenomics", "Functional and regulatory pathways comparison", "Integration of heterogeneous data", "Knowledge representation", "Protein/protein interaction modelisation", "proteins/peptides and proteins/nucleic acids", "Structure analysis", "homology and structural pattern matching", "Cluster", "Genomes comparison", "Data collection curation", "Data Integration", "Data management and transfer", "NGS Sequencing Data Analysis", "Homology/orthology prediction", "Structural Bioinformatics", "Predictions of structural properties", "Données", "Genes and genomes", "Sequence annotation", "Pattern matching", "Genetic Mapping", "Protein inference and validation", "Multiple sequence alignment", "Toolkit", "Tool integration", "Workflow development", "Parallelization", "Databases and information systems" ], "fields": [ "Biologie", "Biomédical", "Agro-alimentaire", "Environnement", "Biotechnologie" ], "orgid": null, "tools": [ "dropnet", "nucleusj", "PanGeneHome" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/493/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/401/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/252/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/383/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/75/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/81/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/98/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/503/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/659/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/33/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/64/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/99/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/121/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/173/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/214/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/216/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/235/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/166/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/267/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/278/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/317/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/343/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/435/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/493/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/494/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/521/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/522/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/525/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/554/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/633/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/659/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=api" ], "ifbMembership": "Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "45.758543", "lng": "3.088984", "updated_at": "2024-03-11T12:56:43.812330Z" }, { "id": 33, "name": "Genotoul-biostat", "logo_url": null, "description": "To be completed...", "expertise": [], "linkCovid19": "", "homepage": "https://perso.math.univ-toulouse.fr/biostat/", "unitId": "", "address": "", "city": "", "country": "", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 4, "name": "IFB", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [], "orgid": null, "tools": [], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [], "technicalLeaders": [], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/243/?format=api" ], "maintainers": [], "ifbMembership": "None", "platforms": [], "is_active": false, "closing_date": "2023-03-13", "lat": null, "lng": null, "updated_at": "2023-03-14T13:36:55.220114Z" }, { "id": 17, "name": "GenOuest", "logo_url": "https://www.cesgo.org/genouesttest2/wp-content/uploads/sites/9/2017/03/cropped-GO-CMJN-1-e1488463243285.png", "description": "Hébergé à l'INRIA-IRISA, le centre GenOuest offre un environnement bio-informatique complet avec une infrastructure matérielle et logicielle, des bases de données publiques, des logiciels et des flux de travail, le tout avec le soutien associé. Le portefeuille technologique s'appuie sur plusieurs ressources informatiques (cluster, cloud, docker, portail de galaxie), des solutions de gestion de données (BioMAJ). Au cours des années, GenOuest a investi dans le développement d'outils centrés sur les données. Grâce au projet CeSGO, GenOuest propose un ensemble d'outils collaboratifs pour gérer au mieux les projets et les données scientifiques. GenOuest développe des applications bio-informatiques ainsi que la formation et le transfert technologique de nouveaux outils développés par les équipes de recherche de l'Institut.", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_3372", "http://edamontology.org/topic_0605", "http://edamontology.org/topic_3071", "http://edamontology.org/topic_0091", "http://edamontology.org/topic_3571" ], "linkCovid19": "", "homepage": "https://www.genouest.org/", "unitId": "", "address": "Campus de Beaulieu\r\n263 avenue du Général Leclerc", "city": "Rennes", "country": "France", "communities": [], "projects": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/project/ELIXIR-CONVERGE/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/project/ELIXIR-BIOCONTAINERS/?format=api" ], "affiliatedWith": [ { "id": 75, "name": "Inria Rennes - Bretagne Atlantique Research Centre", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Inria%20Rennes%20-%20Bretagne%20Atlantique%20Research%20Centre/?format=api" }, { "id": 78, "name": "IRISA", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IRISA/?format=api" } ], "publications": [ "10.3390/IECE-10646", "10.1021/acs.jproteome.0c00904", "10.1186/s12915-020-00820-5", "10.1186/s13059-019-1772-6", "" ], "certifications": [ "Label IBiSA", "CNOC (INRA)" ], "fundedBy": [ { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" }, { "id": 61, "name": "INRIA", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRIA/?format=api" } ], "keywords": [ "Cloud", "Metabolic Network Modelling", "Sequence Algorithm", "Machine learning", "Web portals", "Ontologies", "Sequence analysis", "Interfaces", "System modeling", "Systems Biology", "Interoperability", "Semantic web", "Regulatory network modelling", "Integration of heterogeneous data", "Knowledge representation", "Cluster", "Computing Environments", "Data Integration", "Data management and transfer", "NGS Sequencing Data Analysis", "Données", "Pattern matching", "Toolkit", "Tool integration", "Workflow development", "Databases and information systems", "Développements technologiques de l‘Information et de la Communication" ], "fields": [ "Biologie", "Biomédical", "Agro-alimentaire", "Environnement", "Biotechnologie" ], "orgid": null, "tools": [ "aphidbase", "askomics", "aureme", "autograph", "biomaj", "commet", "discosnp", "", "germonline", "gatb", "lepidodb", "logol", "mindthegap", "minia", "peppsy", "protomata", "rasta-bacteria", "reprogenomics_viewer" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/805/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/77/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/77/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/529/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/427/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/466/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/497/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/77/?format=api" ], "ifbMembership": "Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "48.112000", "lng": "-1.674300", "updated_at": "2024-05-13T11:11:03.984177Z" }, { "id": 15, "name": "P3M", "logo_url": null, "description": "To be completed...", "expertise": [], "linkCovid19": "", "homepage": "https://p3m.univ-reims.fr", "unitId": "", "address": "UFR Sciences Exactes et Naturelles\r\nMoulin de la Housse - Bat. 18\r\n51687 Reims Cedex 2\r\nFrance", "city": "2", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 74, "name": "URCA", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/URCA/?format=api" } ], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 93, "name": "Université de Reims Champagne-Ardenne", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Universit%C3%A9%20de%20Reims%20Champagne-Ardenne/?format=api" } ], "keywords": [ "Visualization" ], "fields": [], "orgid": null, "tools": [], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/37/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/42/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/42/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/37/?format=api" ], "maintainers": [], "ifbMembership": "None", "platforms": [], "is_active": false, "closing_date": "2022-06-28", "lat": "49.240906", "lng": "4.063215", "updated_at": "2024-03-11T15:01:31.887262Z" }, { "id": 11, "name": "Pasteur HUB", "logo_url": "https://hub-portal.pasteur.cloud/logo-hub.png", "description": "Le centre de bioinformatique et de biostatistique est la partie service du département de biologie informatique. L’équipe du Hub comprend 50 experts en biostatistique et en bioinformatique. Créé en 2015, le C3BI comprend cinq unités de recherche en biologie computationnelle et le Hub de bioinformatique et biostatistique. La mission du centre est de développer la recherche méthodologique en bioinformatique et biostatistique, de donner une visibilité internationale à l'Institut Pasteur dans ce domaine, d'offrir un soutien aux unités de recherche expérimentale, et de développer les compétences informatiques et analytiques du campus. Les activités de la plateforme comprennent la participation à des projets de recherche et d'analyse, des missions sur le terrain au sein des unités et des plateformes du campus, des sessions de formation et d'enseignement ouvertes à nos partenaires, et fournissent un certain nombre de ressources à la communauté nationale et internationale. L’équipe du Hub et l’ensemble du département ont une longue expérience dans le développement de sites web (par exemple NGPhylogeny.fr), les calculs intensifs et la gestion des données de santé.", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_3372" ], "linkCovid19": "", "homepage": "https://research.pasteur.fr/en/team/bioinformatics-and-biostatistics-hub/", "unitId": "", "address": "25 Rue du Dr Roux", "city": "Paris", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 26, "name": "C3BI-USR 3756", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/C3BI-USR%203756/?format=api" }, { "id": 48, "name": "Institut Pasteur", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Institut%20Pasteur/?format=api" } ], "publications": [ "", "10.21105/joss.00698", "10.1093/bioinformatics/btab070" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 48, "name": "Institut Pasteur", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Institut%20Pasteur/?format=api" } ], "keywords": [ "Methodology", "QTL Localization", "Biostatistics", "Metagenomics", "Expression", "Small and long non-coding RNAs", "GPU", "Quantification", "E-learning", "Tiling", "Sequence Algorithm", "DNA biochips", "RNA biochips", "Statistical differential analysis", "Evolution and Phylogeny", "Molecular evolution", "Methylation profiles", "Machine learning", "Chromatin accessibility", "Chromosome conformation analysis", "Bioimaging", "Visualization", "Biological network inference and analysis", "Selection Detection", "Assembly of genomes and transcriptomes", "Read alignment on genomes", "Supertrees and Reconciliations", "Statistical Tests", "Regression", "Dimension reduction", "Gene expression regulation analysis", "Image analysis", "Information retrieval", "Descriptive statistics", "Multivariate analyses", "Gene expression differential analysis", "Web portals", "metatranscriptomics", "Chip-Seq", "Panels (amplicons, captures)", "Exomes", "Sequence analysis", "Variant analysis", "proteomics", "Interfaces", "Systems Biology", "Interoperability", "Metabolic network analysis", "Genome analysis", "Structural and functional annotation of genomes", "Statistical Genetics", "Quantitative proteomics", "Complete genomes", "Transcript and transcript variant analysis", "Transcriptomics (RNA-seq)", "Genomics (DNA-seq)", "Functional and regulatory pathways comparison", "Genomics (Chips)", "Cluster", "Genomes comparison", "Comparative genomics", "Computing Environments", "Data Integration", "Data management and transfer", "NGS Sequencing Data Analysis", "Homology/orthology prediction", "Structural Bioinformatics", "Phylogenomics", "Données", "Mapping", "Sequence annotation", "Pattern matching", "Multiple sequence alignment", "Tool integration", "Workflow development", "Parallelization", "Databases and information systems" ], "fields": [ "Biologie", "Biomédical" ], "orgid": null, "tools": [ "edam-browser", "fqtools", "macsyfinder", "memhdx", "sartools", "shaman", "syntview", "VHRdb" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/182/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/432/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/251/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/461/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/73/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/432/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/184/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/408/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/414/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/379/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/432/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/73/?format=api" ], "ifbMembership": "Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "48.840351", "lng": "2.310813", "updated_at": "2024-03-12T07:35:38.727469Z" }, { "id": 47, "name": "CBPsmn", "logo_url": "https://www.ens-lyon.fr/PSMN/lib/tpl/PSMN-scanlines/images/cbpsmn_logo.png", "description": "Le CBPsmn est la structure qui gère l'ensemble des moyens informatiques HPC et HPDA de l'ENS de Lyon.\r\nConcernant la bio-informatique, ces moyens sont utilisés localement par le RDP, le LBMC, l'IGFL, le CIRI, la SFR Biosciences et par d'autres laboratoires de la région Lyonnaise.\r\nL'exploitation des moyens informatiques mutualisés ainsi que les formations à leur utilisation sont assurés par l'équipes du CBPsmn. Les chercheurs des laboratoires utilisateurs sont formés et aidés par les personnels bio-informaticiens affectés aux laboratoires avec l'aide de l'équipe du CBPsmn.\r\nLes serveurs du CBPsmn sont hébergés dans le Datacenter de l'ENS de Lyon (200m2, 65 baies, 1,2MW d'adduction électrique). Les équipements mis à disposition sont de trois types:\r\n- Les Clusters (Batch - resp. Lois Taulelle) : 3 clusters regroupant ~30 000 coeurs répartis dans ~700 serveurs et ~10PB de stockage.\r\n- Les serveurs accessibles en mode interactif (resp. Emmanuel Quemener): ~300 serveurs répartis dans 3 salles de formation et une dizaine de plateaux techniques, plusieurs centaines de TB de stockage.\r\n- Le Cloud meso-psmn-cirrus ( membre de la fédération des clouds IFB-Biosphère - resp. Micaël Calvas): ~28 serveurs pour ~5000 coeurs et 70 TB de stockage partagé (manila)", "expertise": [], "linkCovid19": "", "homepage": "https://www.ens-lyon.fr/PSMN/doku.php?id=accueil", "unitId": "", "address": "Pôle Scientifique de Modélisation Numérique, ENS de Lyon \r\n46, allée d'Italie", "city": "Lyon cedex 07", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 102, "name": "ENS de Lyon", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/ENS%20de%20Lyon/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [], "orgid": null, "tools": [], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/803/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/803/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/803/?format=api" ], "ifbMembership": "Contributing platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "45.729632", "lng": "4.827973", "updated_at": "2024-03-12T08:12:45.649530Z" }, { "id": 10, "name": "MIGALE", "logo_url": "https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png", "description": "La plateforme bioinformatique Migale est une équipe de l'unité de recherche INRAe MaIAGE (Mathématiques appliquées et informatique, du génome à l'environnement). Depuis 2003, elle fournit quatre types de services à la communauté des sciences de la vie : une infrastructure ouverte dédiée à l'analyse des données des sciences de la vie (500 Tb, 1000 CPU équivalents), la diffusion de l'expertise en bio-informatique (session annuelle de formation \"Bio-informatique par la pratique\"), la conception et le développement d'applications bioinformatiques (navigateur de génome, bases de données) et l'analyse de données en génomique, métagénomique et métatranscriptomique.", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_0091", "http://edamontology.org/topic_2269" ], "linkCovid19": "", "homepage": "https://migale.inrae.fr", "unitId": "UR1404", "address": "Domaine de Vilvert\r\nUnité MaIAGE", "city": "Jouy-en-Josas", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 24, "name": "MaIAGE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/MaIAGE/?format=api" }, { "id": 25, "name": "UR 1404", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/UR%201404/?format=api" }, { "id": 82, "name": "INRAE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=api" }, { "id": 88, "name": "BioinfOmics", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=api" } ], "publications": [ "10.3389/fimmu.2021.745535", "10.3389/fimmu.2021.742584", "10.1016/j.biortech.2021.126612", "10.3390/nu13113865", "10.1158/1055-9965.epi-21-0188", "10.1128/msystems.00558-21", "10.1038/s41598-021-96967-4", "10.1101/2021.08.18.456644", "10.1038/s41541-021-00351-2", "10.1007/978-1-0716-1641-3_11", "10.1016/j.jenvman.2021.112631", "", "10.1093/bib/bbab318" ], "certifications": [ "Label IBiSA", "France-Génomique", "ISO 9001", "CNOC (INRA)", "CATI - CTAI", "PF stratégique nationale INRA", "RIO" ], "fundedBy": [ { "id": 82, "name": "INRAE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=api" } ], "keywords": [ "Microbial ecology", "Metagenomics", "Sequence Algorithm", "Second level analysis", "Assembly of genomes and transcriptomes", "Read alignment on genomes", "Gene expression differential analysis", "Web portals", "metatranscriptomics", "Sequence analysis", "Variant analysis", "proteomics", "Interfaces", "Genome analysis", "Structural and functional annotation of genomes", "Complete genomes", "Cluster", "Comparative genomics", "Data Integration", "Data management and transfer", "NGS Sequencing Data Analysis", "Homology/orthology prediction", "Données", "Sequence annotation", "Pattern matching", "Multiple sequence alignment", "Toolkit", "Tool integration", "Workflow development", "Databases and information systems" ], "fields": [ "Biologie", "Agro-alimentaire", "Environnement" ], "orgid": "05qdnns64", "tools": [ "gpcrautomodel", "show", "vast" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/561/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/396/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/396/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/473/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/743/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/422/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/744/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/745/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/116/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/561/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/415/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/630/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/396/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/561/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/422/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/743/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/744/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/745/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/630/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/473/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/415/?format=api" ], "ifbMembership": "Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "48.763439", "lng": "2.171437", "updated_at": "2025-01-23T08:57:43.384514Z" }, { "id": 2, "name": "Curie Bioinfo", "logo_url": "https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/5/57/Logo_Curie.png", "description": "The expertise of the platform is versatile on many aspects of high-throughput data management, processing, integration and statistical and functional analysis in biology and in clinics.\r\nMany data types are treated:\r\nMicroarrays: expression, copy number, SNP, ChIP\r\nNanoString\r\nNGS: Exome-seq, targeted-seq, WGS, RNA-seq, smallRNA-seq, 5C, HiC, ChIP-seq …\r\nRPPA,\r\nMass spectometry, classical and SILAC, SWATH\r\nlow-throughput biological data.\r\nThe expertise covers fundamental, translational and clinical research, including clinical trials.\r\nIn all these domain, the platform also develop appropriate methods, implement tools and automatic pipelines, and package and release them publicly or grant on-line access to the community.\r\nSoftware optimisation for high-performance computing is also part of our know-how.\r\nFinally the platform has developed an experience in training biologists, clinicians and bioinformaticians in all above-mentionned fields", "expertise": [], "linkCovid19": "", "homepage": "http://u900.curie.fr", "unitId": "", "address": "26 rue d’Ulm\r\n75005 Paris\r\nFrance", "city": "Paris", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 23, "name": "INSERM U900", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM%20U900/?format=api" }, { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" } ], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" } ], "keywords": [ "Biostatistics", "Genomics (Chips)", "NGS Sequencing Data Analysis", "Développements technologiques de l‘Information et de la Communication" ], "fields": [ "Biologie", "Biomédical", "Biotechnologie" ], "orgid": null, "tools": [ "nebula" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/32/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/569/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/306/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/170/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/421/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/13/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/32/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/79/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/102/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/165/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/256/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/314/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/330/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/249/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/342/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/389/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/397/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/508/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/534/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/569/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/586/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/595/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/306/?format=api" ], "maintainers": [], "ifbMembership": "Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "48.843605", "lng": "2.344745", "updated_at": "2023-03-16T12:52:06.436900Z" }, { "id": 18, "name": "PRABI-HCL", "logo_url": null, "description": "To be completed...", "expertise": [], "linkCovid19": "", "homepage": "http://www.lemonde.fr", "unitId": "", "address": "165 chemin du Grand Revoyet\r\nFaculté de Médecine Lyon Sud\r\n69310 Pierre Bénite\r\nFrance", "city": "Bénite", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 34, "name": "UMR 5558", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/UMR%205558/?format=api" }, { "id": 59, "name": "LBBE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/LBBE/?format=api" } ], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 4, "name": "IFB", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB/?format=api" } ], "keywords": [ "Aucun des termes ci-dessus ne convient" ], "fields": [ "Biologie", "Biomédical", "Biotechnologie" ], "orgid": null, "tools": [], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/541/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/541/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/337/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/29/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/150/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/212/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/436/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/537/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/541/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/428/?format=api" ], "maintainers": [], "ifbMembership": "None", "platforms": [], "is_active": false, "closing_date": "2023-03-15", "lat": "45.702207", "lng": "4.808651", "updated_at": "2023-03-16T13:09:41.584686Z" }, { "id": 27, "name": "Orphanet", "logo_url": "https://www.orpha.net/build/images/logo-orphanet.png", "description": "Orphanet est une base de connaissances sur les maladies rares et les médicaments orphelins. Elle vise à répertorier et à générer des données sur les maladies rares afin d'améliorer le diagnostic, les soins et le traitement des patients. Le site web Orphanet vise à fournir des informations de qualité sur les maladies rares et à garantir l'égalité d'accès à la base de connaissances pour les chercheurs et dans l'ontologie des maladies rares d'Orphanet. Orphanet tient également à jour la nomenclature des maladies rares d'Orphanet (numéro ORPHA), essentielle pour améliorer la visibilité des maladies rares dans les systèmes d'information sur la santé et la recherche, en agissant comme vecteur d'interopérabilité.", "expertise": [], "linkCovid19": "", "homepage": "http://www.orpha.net", "unitId": "", "address": "96 rue Didot", "city": "Paris", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 40, "name": "INSERM US14", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM%20US14/?format=api" }, { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" } ], "publications": [ "" ], "certifications": [ "HON Code", "IRDiRC Recommended", "Autre" ], "fundedBy": [ { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" } ], "keywords": [ "Machine learning", "Web portals", "Ontologies", "Interfaces", "Interoperability", "Semantic web", "Integration of heterogeneous data", "Knowledge representation", "Data collection curation", "Data Integration", "Données", "Toolkit", "Databases and information systems", "Développements technologiques de l‘Information et de la Communication" ], "fields": [ "Biomédical" ], "orgid": null, "tools": [ "ordo" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/518/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/292/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/474/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/188/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/171/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/292/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/22/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/223/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/227/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/274/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/402/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/463/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/538/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/551/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/567/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/627/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/257/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/451/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/532/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/292/?format=api" ], "ifbMembership": "Contributing platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "48.827419", "lng": "2.314518", "updated_at": "2024-03-11T14:58:57.583304Z" }, { "id": 46, "name": "IMGT", "logo_url": "https://www.imgt.org/images/logo_IMGT.png", "description": "IMGT®, the international ImMunoGeneTics information system®, is the international reference in immunogenetics and immunoinformatics, created in 1989 at the University of Montpellier and the CNRS. IMGT® is a high-quality integrated knowledge resource specialized in the immunoglobulins (IG) or antibodies, T cell receptors (TR), major histocompatibility (MH) of human and other vertebrate species, and in the immunoglobulin superfamily (IgSF), MH superfamily (MhSF) and related proteins of the immune system (RPI) of vertebrates and invertebrates.", "expertise": [], "linkCovid19": "", "homepage": "https://www.imgt.org/", "unitId": "", "address": "Faculté de Pharmacie, \r\n15 avenue Charles Flahault", "city": "Montpellier Cede 5", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" }, { "id": 99, "name": "Université de Montpellier", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Universit%C3%A9%20de%20Montpellier/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [], "orgid": null, "tools": [], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/339/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/204/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/204/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/225/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/258/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/310/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/339/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/339/?format=api" ], "ifbMembership": "Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "43.611242", "lng": "3.876733", "updated_at": "2024-03-12T14:50:13.670911Z" }, { "id": 25, "name": "TAGC-BU", "logo_url": "https://tagc.univ-amu.fr/sites/tagc.univ-amu.fr/themes/webkit_theme/logo.png", "description": "TAGC est une unité mixte de recherche et de services de l'Inserm spécialisée dans le développement et l'application des approches omiques à divers systèmes biologiques. Le laboratoire comprend une installation de séquençage (TGML, membre de France Génomique) et une solide équipe de bio-informaticiens qui développent et donnent accès au public à des ressources bio-informatiques (outils logiciels et bases de données) dans des domaines allant de l'analyse de protéines individuelles et de séquences d'ADN à l'analyse à grande échelle et à l'intégration de données omiques, avec un accent particulier sur les variations du génome, la régulation génétique et épigénétique, et l'analyse de réseaux.", "expertise": [], "linkCovid19": "", "homepage": "https://tagc.univ-amu.fr", "unitId": "", "address": "163 avenue de Luminy\r\nParc Scientifique de Luminy case 928", "city": "Marseille", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" }, { "id": 63, "name": "TAGC", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/TAGC/?format=api" } ], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" } ], "keywords": [ "Methodology", "QTL Localization", "Biostatistics", "Cloud", "Comparative and de novo structure modeling", "Post-translational modifications", "Ecology", "Multi-scale analysis and modelling", "Dynamic systems", "Expression", "Small and long non-coding RNAs", "Positional cloning", "GPU", "E-learning", "Metabolic Network Modelling", "Sequence Algorithm", "DNA biochips", "RNA biochips", "Statistical differential analysis", "Molecular evolution", "Speciation dating", "Methylation profiles", "Genotyping", "Machine learning", "Second level analysis", "Chromatin accessibility", "Biological network inference and analysis", "Selection Detection", "Assembly of genomes and transcriptomes", "Read alignment on genomes", "Statistical Tests", "Regression", "Dimension reduction", "Gene expression regulation analysis", "Descriptive statistics", "Multivariate analyses", "Gene expression differential analysis", "Web portals", "Data identity and mapping", "Ontologies", "Database search engine", "Spectral library search", "De novo sequencing", "Chip-Seq", "Panels (amplicons, captures)", "Exomes", "Sequence analysis", "Variant analysis", "proteomics", "Interfaces", "Systems Biology", "Interoperability", "Metabolomics and Fluxomics", "Metabolic network analysis", "Genome analysis", "Structural and functional annotation of genomes", "Population Genetics", "Statistical Genetics", "Functioning of complex biological systems", "Regulatory network modelling", "Complete genomes", "Transcript and transcript variant analysis", "Transcriptomics (RNA-seq)", "Genomics (DNA-seq)", "Functional and regulatory pathways comparison", "Integration of heterogeneous data", "Protein/protein interaction modelisation", "proteins/peptides and proteins/nucleic acids", "Structure analysis", "homology and structural pattern matching", "Genomics (Chips)", "Cluster", "Genomes comparison", "Data collection curation", "Comparative genomics", "Computing Environments", "Data Integration", "Data management and transfer", "NGS Sequencing Data Analysis", "Structural Bioinformatics", "Predictions of structural properties", "Données", "Genes and genomes", "Mapping", "Sequence annotation", "Pattern matching", "Multiple sequence alignment", "Toolkit", "Tool integration", "Workflow development", "Parallelization", "Databases and information systems", "Développements technologiques de l‘Information et de la Communication" ], "fields": [ "Biologie", "Biomédical" ], "orgid": null, "tools": [ "ocg", "remap", "rsat" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/464/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/83/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/624/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/28/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/46/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/83/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/260/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/287/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/393/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/457/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/512/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/581/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/639/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/83/?format=api" ], "ifbMembership": "Associated Team", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "43.231496", "lng": "5.441888", "updated_at": "2024-03-11T15:37:08.604704Z" }, { "id": 20, "name": "PRABI-Lyon-Grenoble", "logo_url": null, "description": "Les thématiques de recherche du PRABI-Doua s’organisent autour d’un point de vue méthodologique, qui affirme l’importance de la modélisation tant mathématique qu’informatique et d’une perspective évolutive qui organise les recherches indépendamment du niveau d’organisation biologique. C’est dans la synergie entre des problématiques biologiques propres et des développements méthodologiques que naît la plus grande part des résultats scientifiques de cette composante. Parmi les thématiques abordées figurent en particulier:\r\nPhylogénie et évolution moléculaire.\r\nGénomique comparative (organismes eucaryotes et procaryotes).\r\nEléments transposables.\r\nIntreractions hôtes-parasites.\r\nStatistiques appliquées à l'écologie et l'évolution.\r\nAnalyse statistique de données en grandes dimensions pour la génomique.", "expertise": [], "linkCovid19": "", "homepage": "http://doua.prabi.fr/main/index", "unitId": "", "address": "Université Claude Bernard – Lyon 1\r\n43 boulevard du 11 Novembre 1918\r\n69622 Villeurbanne\r\nFrance", "city": "Villeurbanne", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 34, "name": "UMR 5558", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/UMR%205558/?format=api" }, { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" }, { "id": 59, "name": "LBBE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/LBBE/?format=api" } ], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" } ], "keywords": [ "Biostatistics", "Cloud", "Ecology", "Biodiversity", "Microbial ecology", "Ecological modelling", "Sequence Algorithm", "Molecular evolution", "Speciation dating", "Tree of Life", "Biological network inference and analysis", "Selection Detection", "Supertrees and Reconciliations", "Statistical Tests", "Regression", "Dimension reduction", "Descriptive statistics", "Multivariate analyses", "Web portals", "Sequence analysis", "Interfaces", "Population Genetics", "Cluster", "Genomes comparison", "Comparative genomics", "Computing Environments", "Phylogenomics", "Données", "Genes and genomes", "Toolkit", "Workflow development", "Databases and information systems", "Développements technologiques de l‘Information et de la Communication" ], "fields": [ "Biologie", "Biomédical", "Agro-alimentaire", "Environnement" ], "orgid": null, "tools": [ "leBIBI", "seaview" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/489/?format=api" ], "technicalLeaders": [], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/190/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/263/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/311/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/329/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/345/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/352/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/382/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/412/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/163/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/425/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/71/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/80/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/155/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/572/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/577/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/442/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/485/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/498/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/590/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/203/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/222/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/229/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/271/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/546/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/600/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/104/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/220/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/489/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/628/?format=api" ], "maintainers": [], "ifbMembership": "None", "platforms": [], "is_active": false, "closing_date": "2023-03-15", "lat": "45.736972", "lng": "4.796028", "updated_at": "2024-03-11T15:19:36.404626Z" } ] }
