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{ "count": 45, "next": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/?format=api&limit=20&offset=20&ordering=lat", "previous": null, "results": [ { "id": 25, "name": "TAGC-BU", "logo_url": "https://tagc.univ-amu.fr/sites/default/files/logo_tagc_sans_fond_image_2.png", "description": "TAGC est une unité mixte de recherche et de services de l'Inserm spécialisée dans le développement et l'application des approches omiques à divers systèmes biologiques. Le laboratoire comprend une installation de séquençage (TGML, membre de France Génomique) et une solide équipe de bio-informaticiens qui développent et donnent accès au public à des ressources bio-informatiques (outils logiciels et bases de données) dans des domaines allant de l'analyse de protéines individuelles et de séquences d'ADN à l'analyse à grande échelle et à l'intégration de données omiques, avec un accent particulier sur les variations du génome, la régulation génétique et épigénétique, et l'analyse de réseaux.", "expertise": [], "expertise_description": "coming soon", "linkCovid19": "", "homepage": "https://tagc.univ-amu.fr", "unitId": "", "address": "163 avenue de Luminy\r\nParc Scientifique de Luminy case 928", "city": "Marseille", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" } ], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" } ], "keywords": [ "Biostatistics" ], "fields": [ "Biologie", "Biomédical" ], "orgid": null, "tools": [ "ocg", "remap", "rsat" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/464/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/83/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/624/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/28/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/46/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/83/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/260/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/287/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/393/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/457/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/512/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/581/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/639/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/83/?format=api" ], "ifbMembership": "Associated Team", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "43.231496", "lng": "5.441888", "updated_at": "2025-11-20T14:25:58.238939Z" }, { "id": 45, "name": "CENTURI-MEP", "logo_url": "https://centuri-livingsystems.org/wp-content/uploads/2018/02/logo-CENTURI-horizontal-azur.png", "description": "La plateforme multi-engineering a été créée en 2019 dans le cadre du projet interdisciplinaire “The Turing Centre for Living Systems” (CENTURI) à Marseille. Les ingénieurs de cette plateforme interdisciplinaire fournissent une expertise en bioinformatique mais également en analyse d’images, en optique, en mécatronique, en neuroscience, en développement logiciel et en gestion de données aux 21 instituts de recherche affiliés au projet CENTURI. Les ingénieurs sont notamment impliqués dans des projets collaboratifs dans lesquels des outils, des logiciels, des méthodes, des bases de données ainsi que du matériel et des techniques de laboratoire sont développés. La plateforme participe à la formation et au transfert technologique de ces développements. Dans ce cadre, des logiciels et des pipelines bioinformatiques sont développés pour les analyses des données -omiques (bulk-RNAseq, single-cell RNAseq, métagénomique, métatranscriptomique, métabarcoding ou encore protéomique) et sont mis à la disposition de la communauté scientifique. En organisant des open desk, des sessions de formation et en mettant en relation les différents laboratoires du projet CENTURI, la plateforme crée un fort esprit de coopération et facilite la diffusion d'informations entre les équipes et la plateforme.", "expertise": [], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "https://centuri-livingsystems.org/multi-engineering-platform/", "unitId": "", "address": "Campus de Luminy – Case 913 13288 MARSEILLE Cedex 09 France", "city": "Marseille", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 98, "name": "CENTURI", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CENTURI/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [], "orgid": null, "tools": [], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/800/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/800/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/800/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/800/?format=api" ], "ifbMembership": "Associated Team", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "43.232835", "lng": "5.440151", "updated_at": "2025-10-21T13:07:13.244386Z" }, { "id": 23, "name": "PACA-Bioinfo", "logo_url": "https://www.igs.cnrs-mrs.fr/wp-content/uploads/2018/08/logo-igs-cnrs.png", "description": "Les services de PACA Bioinfo se concentrent sur la génomique microbienne, la métagénomique, la génomique comparative et la phylogénie moléculaire. Il met à la disposition de la communauté divers outils en ligne en accès libre proposés sans inscription préalable. La plateforme collabore également à des projets de génomique ou de métagénomique pour lesquels elle constitue le principal support bioinformatique, notamment pour les équipes de l'Institut Méditerranéen de Microbiologie de Marseille. Des progrès importants ont été réalisés grâce aux analyses génomiques de virus géants, de deux éponges et de métagénomes provenant d'anciens sols gelés (permafrost). La plate-forme fournit également des outils statistiques génériques pour comparer de grands ensembles de données de comptage (outils ACD) tels qu'ils sont rencontrés dans les études écologiques classiques ou basées sur les métagénomes.", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_3174", "http://edamontology.org/topic_0797", "http://edamontology.org/topic_0622", "http://edamontology.org/topic_0196", "http://edamontology.org/topic_3170", "http://edamontology.org/topic_0080", "http://edamontology.org/topic_0082", "http://edamontology.org/topic_0781" ], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "https://www.igs.cnrs-mrs.fr/paca-bioinfo/", "unitId": "UMR7256", "address": "163 Avenue de Luminy\r\nCase 934", "city": "Marseille", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" }, { "id": 38, "name": "IGS - Laboratoire Information Génomique et Structurale", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IGS%20-%20Laboratoire%20Information%20G%C3%A9nomique%20et%20Structurale/?format=api" } ], "publications": [ "10.1093/bioinformatics/bty640", "10.1093/bioadv/vbab034", "10.1093/femsml/uqac003", "10.1128/JVI.01997-19", "10.3389/fmicb.2019.00430", "10.1186/s12864-018-4715-9", "10.1080/23802359.2017.1285210", "10.1128/JVI.00230-17", "10.1038/ncomms15087", "10.1038/ismej.2015.192", "10.1111/mec.13621", "10.1073/pnas.1506469112", "10.1371/journal.pone.0090988", "10.1371/journal.pone.0090989", "10.1186/1471-2164-14-158", "10.1111/mec.12108", "10.1038/ismej.2013.116", "10.1074/jbc.M111.314559", "10.1371/journal.pgen.1003122", "10.1186/gb-2012-13-5-r39", "10.1371/journal.pone.0018528", "10.1186/1743-422X-8-99", "10.1105/tpc.110.076406", "10.1186/gb-2009-10-10-r114", "10.1186/1743-422X-6-178", "10.1101/gr.091686.109", "10.1016/j.jip.2009.03.011", "10.1101/gr.091561.109", "10.1186/1471-2164-10-352", "", "10.1093/nar/gkn180" ], "certifications": [ "CATI - CTAI", "RIO" ], "fundedBy": [ { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [ "Biomédical", "Environnement", "Biotechnologie" ], "orgid": null, "tools": [ "phylogeny.fr" ], "services": [], "leaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/557/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/372/?format=api" ], "deputies": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/557/?format=api" ], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/372/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/557/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/741/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/557/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/129/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/372/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/502/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/557/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/372/?format=api" ], "ifbMembership": "Associated Team", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "43.239127", "lng": "5.436787", "updated_at": "2025-10-21T13:07:13.197319Z" }, { "id": 32, "name": "MMG-GBIT", "logo_url": "https://www.ifb-elixir.fr/wp-content/uploads/2025/11/Equipe_IFB-Core_Generique-7.webp", "description": "La plateforme MMG-GBIT IFB est liée à l'équipe de recherche Bio-informatique & Génétique de l'Inserm U1251. Elle bénéficie de cette forte interaction et met à la disposition des utilisateurs l'expertise de l'équipe en génétique humaine, maladies rares et oncogénétique ainsi que l'analyse des données NGS. Il fournit des systèmes de référence internationaux pour collecter, annoter, filtrer et interpréter les données de génétique humaine en relation avec les maladies. Ces outils, bases de données, registres et observatoires ont déjà reçu des millions de requêtes dans le monde entier. En outre, nous proposons des formations et pouvons aider les chercheurs pour tout projet bio-informatique ou développement d'outils liés à la génétique humaine, de la conception à l'analyse.", "expertise": [], "expertise_description": "no coment", "linkCovid19": "", "homepage": "https://geneticsandbioinformatics.eu", "unitId": "", "address": "Faculté de Médecine de la Timone, \r\n27 Bd Jean Moulin", "city": "Marseille", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" }, { "id": 47, "name": "MMG - Marseille Medical Genetics", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/MMG%20-%20Marseille%20Medical%20Genetics/?format=api" } ], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" } ], "keywords": [ "NGS Data Analysis" ], "fields": [ "Biologie", "Biomédical", "Biotechnologie" ], "orgid": null, "tools": [ "varaft" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/48/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/49/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/48/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/180/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/49/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/48/?format=api" ], "ifbMembership": "Contributing platform", "platforms": [], "is_active": false, "closing_date": "2025-11-27", "lat": "43.288900", "lng": "5.402160", "updated_at": "2025-11-27T19:48:34.139856Z" }, { "id": 37, "name": "Systems Biomedicine", "logo_url": "https://www.marseille-medical-genetics.org/fileadmin/templates/mmg/imgs/mmg_logo.png", "description": "The Systems Biomedicine team devises computational strategies to transform the deluge of multimodal biomedical data into knowledge for genetic diseases.\r\n\r\nThe advances in high-throughput technologies are providing unprecedented opportunities to better understand human diseases. Recent years have in this context witnessed the accumulation of omics approaches and datasets. Novel technologies, such as single-cell or spatial omics, are constantly arising. Biomedicine is further transitioning from multiomics to multimodal datasets: data are not only available at the molecular omics level, as we now have access to signals and images, but also to various datasets related to disease phenotypes, health databases, or drug chemical similarities. The bottleneck now lies in the analysis and integration of these complex, large-scale and heterogeneous datasets. The Systems Biomedicine team bridges the gaps by harnessing digital expertise and developing novel computational approaches.\r\nThe Systems Biomedicine team is hosting the research group of Paul Villoutreix, laureate of an INSERM Chaire de Professeur Junior.\r\nThe Systems Biomedicine team works in close collaboration with the MABIOS team from the Marseille Mathematics Institute.", "expertise": [], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "https://www.marseille-medical-genetics.org/a-baudot/", "unitId": "", "address": "Faculté de Médecine de la Timone\r\n27 Bd Jean Moulin", "city": "Marseille Cedex 05", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" }, { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [], "orgid": null, "tools": [ "mogamun" ], "services": [], "leaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/722/?format=api" ], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/722/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/657/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/657/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/722/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/657/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/722/?format=api" ], "ifbMembership": "Associated Team", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "43.288900", "lng": "5.402160", "updated_at": "2025-10-21T13:07:13.255224Z" }, { "id": 22, "name": "Genotoul-bioinfo", "logo_url": "https://bioinfo.genotoul.fr/wp-content/uploads/bioinfo_logo-rvb-petit.png", "description": "The Genotoul-Bioinfo facility is part of the Genotoul GIS. It is a team of the INRAE MIAT unit, part of the MathNum department and member of BioinfOmics (IR INRAE). It has been set up in 2000. Since 2009, it is one of the 13 IBISA bioinformatics platforms. Its missions are to provide computing and storage infrastructure dedicated to bioinformatics (software and databases are available on request) to approximately 1 200 users, to support biologists' projects mainly through collaboration and training, and to develop software for biologists and bioinformaticians.\r\nThe computing and storage infrastructure is composed by around 5000 cores, 83 Tera Byte memory and more than 7.5 Peta Byte disk space.", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_0091" ], "expertise_description": "The GenoToul bioinformatics facility provides access to high-performance computing resources, data analysis and programming expertise. Its permanent staff has many years of experience in supporting scientific programmes in biology and bioinformatics. The main axis of development and scientific support include high throughput sequencing data processing ((meta)genomic, pangenomic and biostatistics).", "linkCovid19": "", "homepage": "https://bioinfo.genotoul.fr/", "unitId": "", "address": "24 Chemin de Borde Rouge", "city": "Castanet Tolosan", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 37, "name": "MIAT - Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/MIAT%20-%20Math%C3%A9matiques%20et%20Informatique%20Appliqu%C3%A9es%20de%20Toulouse/?format=api" }, { "id": 82, "name": "INRAE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=api" }, { "id": 88, "name": "BioinfOmics", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=api" }, { "id": 108, "name": "Genotoul", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Genotoul/?format=api" } ], "publications": [ "10.1038/s41467-024-49025-2", "10.1038/s41598-024-60938-2", "10.1038/s41467-024-51032-2", "10.1038/s41467-024-54042-2", "10.21105/joss.06782", "10.3389/fmicb.2024.1377047", "10.21105/joss.06272", "10.1016/j.bbadis.2024.167118", "10.1186/s13059-024-03384-7", "10.1111/zsc.12643", "10.1080/15476286.2024.2417152", "10.1111/mec.17425", "10.1186/s13567-024-01329-3", "10.1128/mbio.02428-24", "10.1038/s41598-021-01066-z", "10.1016/j.cub.2021.08.030", "10.1093/molbev/msaa249", "10.1038/s41467-021-21094-7", "10.1007/978-3-030-73249-3_34", "10.1016/j.msom.2021.10.020", "10.1080/15476286.2020.1869892", "10.7717/peerj.11885", "10.1093/ve/veab093", "10.3389/fgene.2021.655707", "10.1111/raq.12542", "10.7554/eLife.62858", "10.3390/md19080452", "10.3389/fgene.2021.659287", "10.1016/j.isci.2020.101927", "10.1371/journal.pcbi.1009321", "" ], "certifications": [ "Label IBiSA", "France-Génomique", "ISO 9001", "CNOC (INRA)", "NF X50-900", "PF stratégique nationale INRA" ], "fundedBy": [ { "id": 82, "name": "INRAE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=api" } ], "keywords": [ "Biostatistics", "Pangenomic", "Metagenomics", "Small and long non-coding RNAs", "Cluster" ], "fields": [ "Biologie", "Biomédical", "Agro-alimentaire", "Environnement", "Biotechnologie" ], "orgid": null, "tools": [ "metagwgs" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/642/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/300/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/642/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/822/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/739/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/243/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/835/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/823/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/824/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/836/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/825/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/300/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/338/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/827/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/828/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/659/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/344/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/470/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/615/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/300/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/739/?format=api" ], "ifbMembership": "Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "43.515910", "lng": "1.498640", "updated_at": "2025-12-01T11:00:08.920021Z" }, { "id": 46, "name": "IMGT", "logo_url": "https://www.imgt.org/images/logo_IMGT.png", "description": "IMGT®, the international ImMunoGeneTics information system®, is the international reference in immunogenetics and immunoinformatics, created in 1989 at the University of Montpellier and the CNRS. IMGT® is a high-quality integrated knowledge resource specialized in the immunoglobulins (IG) or antibodies, T cell receptors (TR), major histocompatibility (MH) of human and other vertebrate species, and in the immunoglobulin superfamily (IgSF), MH superfamily (MhSF) and related proteins of the immune system (RPI) of vertebrates and invertebrates.", "expertise": [], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "https://www.imgt.org/", "unitId": "", "address": "Faculté de Pharmacie, \r\n15 avenue Charles Flahault", "city": "Montpellier Cede 5", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" }, { "id": 99, "name": "University of Montpellier", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20of%20Montpellier/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [], "orgid": null, "tools": [], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/339/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/204/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/204/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/225/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/258/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/310/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/339/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/339/?format=api" ], "ifbMembership": "Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "43.611242", "lng": "3.876733", "updated_at": "2025-10-21T13:07:13.154189Z" }, { "id": 48, "name": "BIG", "logo_url": null, "description": "Le plateau de BioInformatique et Génomique (BIG) de l’Institut Sophia Agrobiotech (INRAE - CNRS - Univ. Côte d’Azur) propose de l’expertise en bioinformatique et des solutions pour le traitement, l’intégration, l’analyse et la visualisation de données multi-omiques dans le domaine de la santé et protection des plantes. BIG dispose d’un savoir-faire en génomique comparative, en transcriptomique et évolution moléculaire. Les outils et les ressources produits sont mis à la disposition de la communauté scientifique (site web, forge et portails intégratifs) et peuvent répondre à des problématiques similaires rencontrées dans d’autres domaines de recherche. Outre les développements méthodologiques, le plateau propose des accompagnements et des formations aux biologistes dans l’utilisation des outils qu’il produit et plus largement en bioinformatique.", "expertise": [], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "https://institut-sophia-agrobiotech.paca.hub.inrae.fr/infrastructure-plantbios", "unitId": "", "address": "Institut Sophia Agrobiotech\r\n400 route des Chappes", "city": "Sophia Antipolis", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 82, "name": "INRAE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=api" }, { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" } ], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 82, "name": "INRAE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [], "orgid": null, "tools": [], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/147/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/147/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/147/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/147/?format=api" ], "ifbMembership": "Contributing platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "43.612660", "lng": "7.077920", "updated_at": "2025-10-21T13:07:13.097655Z" }, { "id": 39, "name": "Bio2M", "logo_url": "https://bio2m.fr/public/Logo-Bio2M-V2.png", "description": "The bioinformatic group involved specialists in text algorithm focusing on the design of new tools and structures for RNA-Seq analysis. We have created a new data structure capable of organizing reads for very quickly queries and developed a software (called CRAC) noticed by Nature as a competitor over existing softwares for the analysis of RNA-Seq data (CRAC, Star, …).\r\n\r\n* Transcriptomics - RNA-Seq\r\n* Kmers analysis\r\n - [Transipedia](https://transipedia.fr)", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_3170", "http://edamontology.org/topic_0091", "http://edamontology.org/topic_0203", "http://edamontology.org/topic_0659" ], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "https://bio2m.fr", "unitId": "", "address": "BioInformatiques et BioMarqueurs\r\nINSERM U1183\r\nIRMB - Institut de Médecine Regénérative et Biothérapie\r\nHôpital Saint-Eloi\r\n80, av. Augustin Fliche", "city": "Montpellier", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 4, "name": "IFB - ELIXIR-FR", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB%20-%20ELIXIR-FR/?format=api" } ], "publications": [ "10.1186/1471-2105-12-242", "", "10.1186/gb-2013-14-3-r30", "10.1093/nargab/lqab058" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" }, { "id": 99, "name": "University of Montpellier", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20of%20Montpellier/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [ "Biologie" ], "orgid": null, "tools": [ "kmerator" ], "services": [], "leaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/130/?format=api" ], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/130/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/643/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/643/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/130/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/760/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/761/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/643/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/643/?format=api" ], "ifbMembership": "Contributing platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "43.624386", "lng": "3.868455", "updated_at": "2025-10-21T13:07:13.043036Z" }, { "id": 7, "name": "ATGC", "logo_url": "https://www.lirmm.fr/wp-content/uploads/sites/3/2025/11/ATGClogo_LIRMM-300x105-1.jpg", "description": "The bioinformatics platform ATGC is supported by a research team from LIRMM. It has the triple vocation of disseminating the bioinformatics tools developed within the Montpellier community, of encouraging collaborations between computer scientists and biologists, and of providing assistance to these researchers by setting up bioinformatics services directly related to their work. The tools it offers are accessible online free of charge. They can be downloaded and/or run on Cluster IO from Montpellier Mésocentre (ISDM). A major axis of the platform concerns evolutionary studies.", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_3372" ], "expertise_description": "The ATGC platform aims to braodcast the software systems developed by MAB Team from LIRMM.\r\nThe MAB team (Methods and Algorithms for Bioinformatics) proposes mathematical and algorithmic methods (text and tree algorithms, combinatorial algorithms and optimization, probabilistic modeling, statistical machine learning) to address biological issues such as evolution, phylogeny, comparative genomics", "linkCovid19": "", "homepage": "http://www.atgc-montpellier.fr/", "unitId": "UMR5506", "address": "860 rue Saint Priest", "city": "Montpellier", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 73, "name": "LIRMM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/LIRMM/?format=api" } ], "publications": [ "10.1007/978-3-642-00982-2_60", "10.1186/1471-2105-9-166", "10.1093/sysbio/syq002", "10.1093/oxfordjournals.molbev.a025808", "10.1080/10635150390235520", "10.1093/nar/gki352", "10.1093/bioinformatics/bti713", "10.1080/10635150600755453", "10.1080/10635150701639754", "10.1093/molbev/msn067", "10.1098/rstb.2008.0180", "10.1186/1471-2105-9-413", "10.1080/10635150600969872", "", "10.1093/sysbio/syq010", "10.1093/nar/gkn180" ], "certifications": [ "Label IBiSA" ], "fundedBy": [ { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" }, { "id": 99, "name": "University of Montpellier", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20of%20Montpellier/?format=api" } ], "keywords": [ "Phylogeny", "Evolution and Phylogeny", "Text mining", "Structural genomics" ], "fields": [ "Biologie", "Biomédical", "Agro-alimentaire", "Environnement", "Biotechnologie" ], "orgid": null, "tools": [ "bionj", "compphy", "crac", "fastme", "lordec", "mpscan", "phylogeny.fr", "phyml" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/528/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/282/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/830/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/528/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/443/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/50/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/76/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/108/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/118/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/282/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/411/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/480/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/585/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/443/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/830/?format=api" ], "ifbMembership": "Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "43.636878", "lng": "3.841811", "updated_at": "2025-11-27T13:24:55.215918Z" }, { "id": 24, "name": "South Green", "logo_url": "https://southgreenplatform.github.io/trainings//images/southgreenlong.png", "description": "South Green est une plateforme bioinformatique dédiée à la génomique des plantes tropicales et méditerranéennes et des pathogènes associés. Elle fédère des bio-informaticiens de différentes unités et instituts de Montpellier (Bioversity, CIRAD, INRA et IRD) ayant une expertise multidisciplinaire en intégration de données, développement de logiciels, analyse de données de séquençage et calcul haute performance. La plateforme a acquis une forte expertise dans le développement de Genome Hubs, des systèmes d'information intégrés, déployés sur plusieurs plantes et en cours d'extension aux pathogènes.", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_3050", "http://edamontology.org/topic_0194", "http://edamontology.org/topic_3673", "http://edamontology.org/topic_3068", "http://edamontology.org/topic_3299", "http://edamontology.org/topic_0219", "http://edamontology.org/topic_3517", "http://edamontology.org/topic_3316", "http://edamontology.org/topic_0769", "http://edamontology.org/topic_0092", "http://edamontology.org/topic_3308", "http://edamontology.org/topic_0114", "http://edamontology.org/topic_3071", "http://edamontology.org/topic_3474" ], "expertise_description": "Expertise on genome analyses in plants and pathogens, workflow development (SnakeMake, Galaxy), data management and visualization, RDF Knowledge.", "linkCovid19": "", "homepage": "http://www.southgreen.fr", "unitId": "", "address": "Parc scientifique Agropolis", "city": "Montpellier", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 86, "name": "the Alliance of Bioversity International and CIAT", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/the%20Alliance%20of%20Bioversity%20International%20and%20CIAT/?format=api" }, { "id": 85, "name": "IRD", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IRD/?format=api" }, { "id": 82, "name": "INRAE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=api" }, { "id": 50, "name": "CIRAD", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CIRAD/?format=api" } ], "publications": [ "10.1371/journal.pcbi.1009321", "10.1186/s13326-023-00289-5", "10.1093/database/baaf048", "10.1371/journal.pcbi.1010622", "10.1093/hr/uhac221", "10.1093/bioinformatics/btab688", "10.1093/database/baac057", "10.1186/s12863-025-01359-6", "10.1016/j.cpb.2016.12.002", "10.1186/s44342-025-00058-z", "10.1093/bioinformatics/btac504", "10.1186/s13059-023-02911-2", "10.1038/s41467-025-56329-4", "10.1016/j.xplc.2022.100330", "10.1016/j.tig.2025.03.004", "10.1002/ppp3.10581", "10.1093/nargab/lqad013", "10.1126/science.add8655", "10.1093/bib/bbab238", "10.1093/nar/gkab564", "10.1093/gigascience/giz051", "10.24072/pcjournal.153", "10.1111/tpj.15456", "10.1093/nargab/lqab088", "10.1002/9781119312994.apr0664", "10.1371/journal.pbio.3000312", "10.1093/aob/mcab008", "10.1038/s42003-020-01593-x", "10.1093/gigascience/giz028", "10.1093/bioadv/vbaf096", "" ], "certifications": [ "ISO 9001" ], "fundedBy": [ { "id": 85, "name": "IRD", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IRD/?format=api" }, { "id": 50, "name": "CIRAD", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CIRAD/?format=api" } ], "keywords": [ "Représentations graphiques", "long read sequencing", "Pangenomic", "Genotyping", "R Language", "Phylogenetics", "Web portals", "SLURM", "Variant calling", "Sequence analysis" ], "fields": [ "Biologie", "Agro-alimentaire", "Environnement", "Biotechnologie", "Informatique" ], "orgid": null, "tools": [ "AgroLD", "Banana_Genome_Hub", "Cocoa_Genome_Hub", "Coffee_Genome_Hub", "culebront", "galaxy", "gemo", "Gigwa", "", "panache", "Rice_Genome_Hub", "", "Sugarcane_Genome_Hub", "toggle", "tremolo" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/174/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/193/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/350/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/536/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/500/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/589/?format=api" ], "members": [ 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Ces ressources permettent aux scientifiques et aux laboratoires privés de répondre aux besoins en bioinformatique de leurs recherches de manière efficace et rentable. Nous offrons des technologies de pointe pour travailler avec des données cliniques, translationnelles et de sciences fondamentales, de l'acquisition et du stockage à l'analyse et au partage. Nos ressources sont sécurisées et conformes aux normes. De quelques échantillons à plusieurs dizaines de milliers, le Centre de bio-informatique fournit des services complets d'analyse et d'intégration d'ADN, d'ARN, de métabolomique, de protéomique et de données d'images.", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_3391", "http://edamontology.org/topic_3517", "http://edamontology.org/topic_3941", "http://edamontology.org/topic_0121", "http://edamontology.org/topic_0203", "http://edamontology.org/topic_0196", "http://edamontology.org/topic_0080", "http://edamontology.org/topic_0091", "http://edamontology.org/topic_3307" ], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "https://www.cbib.u-bordeaux.fr/", "unitId": "", "address": "146 Rue Léo Saignat\r\n33076 Bordeaux\r\nFrance", "city": "Bordeaux", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [], "publications": [ "" ], "certifications": [ "Label IBiSA", "ISO 9001", "CNOC (INRA)", "NF X50-900" ], "fundedBy": [ { "id": 91, "name": "University of Bordeaux", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20of%20Bordeaux/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [ "Biologie", "Biomédical", "Agro-alimentaire", "Environnement" ], "orgid": "057qpr032", "tools": [ "xeml-lab", "mix", "molligen", "tango", "xheinz" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/467/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/268/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/268/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/34/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/154/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/67/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/467/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/34/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/268/?format=api" ], "ifbMembership": "Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "44.824860", "lng": "-0.608450", "updated_at": "2025-10-21T13:07:13.146400Z" }, { "id": 18, "name": "PRABI-HCL", "logo_url": null, "description": "To be completed...", "expertise": [], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "http://www.lemonde.fr", "unitId": "", "address": "165 chemin du Grand Revoyet\r\nFaculté de Médecine Lyon Sud\r\n69310 Pierre Bénite\r\nFrance", "city": "Bénite", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 59, "name": "LBBE - Laboratory of Biometry and Evolutionary Biology", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/LBBE%20-%20Laboratory%20of%20Biometry%20and%20Evolutionary%20Biology/?format=api" } ], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 4, "name": "IFB - ELIXIR-FR", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB%20-%20ELIXIR-FR/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [ "Biologie", "Biomédical", "Biotechnologie" ], "orgid": null, "tools": [], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/541/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/541/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/337/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/29/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/150/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/212/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/436/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/537/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/541/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/428/?format=api" ], "maintainers": [], "ifbMembership": "None", "platforms": [], "is_active": false, "closing_date": "2023-03-15", "lat": "45.702207", "lng": "4.808651", "updated_at": "2025-10-21T13:07:13.132373Z" }, { "id": 21, "name": "PRABI-Lyon-Gerland", "logo_url": null, "description": "Le PRABI-Gerland https://prabi.ibcp.fr localisé à l'IBCP développe les bases de données dans le domaine infectieux, les méthodes de prédiction et d'optimisation des structures 3D de protéines ainsi que les outils et services s'y rapportant. Dans le domaine des services la spécificité de la PF est la bioinformatique structurale (Modélisation moléculaire, prédiction de structure) introduite sur Lyon dès 1986 (il y a 25 ans avant même que le mot n'existe...). Dans ce domaine, l’activité proposée par le PRABI-Gerland s’appuie sur les expertises suivantes:\r\n Prédiction de structure de protéines [G. Deléage]\r\n Modélisation moléculaire [E. Bettler, G. Deléage, R. Terreux]\r\n Intégration de méthodes et serveurs Web [C. Combet, G Deléage]\r\n Serveur Web 3D [E. Bettler, G. Deléage]\r\n Drug design et QSAR (R. Terreux, J.A. Chemelle)\r\n \r\nMots clefs: Bioinformatique structurale, Prédiction de structure, Base de données structurales, Analyse de séquences, Modélisation moléculaire, docking moléculaire.\r\n \r\nPrincipaux sites web: https://prabi.ibcp.fr (site en cours de refonte)\r\n https://geno3d-prabi.ibcp.fr/\r\n https://npsa-prabi.ibcp.fr/\r\n http://sumo-pbil.ibcp.fr\r\n http://espript.ibcp.fr\r\n http://endscript.ibcp.fr\r\nMéthodes de prédiction des structures secondaires de protéines.\r\nPlusieurs méthodes originales ont été développées, Self Optimized Prediction Method (SOPM), génère automatiquement à partir de cette base de donnée, une \"sous-base\" rassemblant les 60 à 80 protéines les plus homologues ou appartenant à la même classe structurale que la protéine\r\nétudiée. En effet, des protéines homologues ont généralement une structure assez proche (30% d'identité indique une architecture semblable). Après une phase d'apprentissage automatique sur cette \"sous-base\", en particulier d'optimisation des paramètres, la prédiction de la structure de la protéine est réalisée. La version SOPMA tire bénéfice des alignements multiples. La méthode MLRC combine les réseaux de neurones avec la méthode SOPMA.\r\n [SOPMA] Self optimised Prediction Method (1995)\r\n [SOPM] Self optimised Prediction Method (1994)\r\n [DPM] Double prediction Method (1987)\r\n [MLRC] Multivariate Linear Regression Combination (1999)\r\n [AMPHIPASEEK] Prediction of membrane anchor helical peptides (2006)\r\n \r\nIntégration de methodes- WebicielsServeur NPS@\r\nLe PRABI Gerland a développé le premier serveur de mail Français pour la prédiction de structures secondaires de protéines (80 000 prédictions en tout). Ensuite ces méthodes ont été intégrées dans [NPS@ 2000]. Le serveur est actuellement dans sa version 3. Dans le cadre de RENABI-IFB, ce serveur généraliste de séquences couplé aux prédictions de structures sera mis à jour en termes d’ergonomie, d’interface et de conception. Mise à disposition d’outils et de services en ligne correspondant aux domaines d’expertise du laboratoire d’accueil de la PF.\r\n \r\nServeur Web ESPript/ENDscript\r\nA partir d’une protéine de structure connue (code ou fichier PDB), le serveur ENDscript produit, en quelques secondes et de manière automatisée, plusieurs illustrations téléchargeables dans des formats usuels (PostScript, PDF, PNG et TIFF) :\r\n1/ Une première figure, générée par le logiciel ESPript, présente la séquence de la protéine d’intérêt agrémentée de ses éléments de structure secondaire, de l’accessibilité au solvant et de l’hydropathie par résidu. Si disponibles, sont aussi représentés les contacts cristallographiques et non-cristallographiques protéine/protéine et/ou protéine/ligand ainsi que les résidus impliqués dans des ponts disulfures.\r\n2/ Une seconde figure ESPript montre, en plus des informations précédentes, un alignement multiple de séquences des protéines homologues coloré en fonction de la conservation des résidus et agrémenté des éléments de structure secondaire de ces dernières si leurs structures sont connues. \r\n3/ Deux représentations 3D interactives visualisables par le logiciel PyMOL : a) une représentation en ruban, colorée en fonction de la conservation de séquence. b) une représentation en tube dont le diamètre est proportionnel à la déviation structurale (rmsd) entre la protéine d’intérêt et les protéines homologues de structure connue. De plus, si disponible, peuvent être affichés : l’assemblage de l’unité biologique, les modèles RMN multiples, les ligands et les résidus en contact avec ces derniers.\r\nLe serveur ESPript permet, en complément d’ENDscript ou de manière autonome, de représenter des alignements multiples de séquences avec la possibilité d’ajouter des marqueurs définis par l’utilisateur de manière à produire des figures facilitant l’analyse ou dédiées aux communications scientifiques.\r\n \r\nModélisation moléculaire\r\nUn serveur Web de modélisation moléculaire automatique de structure 3D de protéines appelé geno3D est disponible depsuis 2002 qui permet aux biologistes et biochimistes d'obtenir un modèle 3D de qualité si la séquence \"query\" présente plus de 35% d'identité avec une protéine de structure 3D connue. Le principe de cette modélisation consiste à appliquer les techniques de modélisation sous contraintes à la protéine à modéliser (de type RMN) à partir d'un jeu de contraintes calculées sur l'empreinte structurale. Plusieurs empreintes sont utilisables, le ligand (si présent) est replacé dans les modèles, 10 modèles sont générés. Les résultats sont proposés sous la forme d’une archive récupérable et les résultats sont conservés 8 jours sur le serveur. Ce serveur génère 100 modèles/mois. Un système intégré de modélisation moléculaire (MAGOS ) à grande échelle de protéomes entiers a été utilisé pour des protéomes de virus (modeome3D) et de plantes (arabidome3D).\r\n \r\nDocking et sites 3D- chemo-informatique\r\nUne méthode bioinformatique SUMO a été développée permettant de détecter des sites 3D fonctionnels communs à plusieurs protéines. L’approche a fait l’objet d’un brevet déposé par le CNRS et d'un serveur Web pour rendre utilisable la méthode par la communauté académique.\r\nDans un travail récent, nous avons réévalué les paramètres et avons montré que la qualité de comparaison était améliorée tout comme la rapidité du calcul. Cette méthode a été appliquée pour établir une classification des antibiotiques à noyau ß lactame.", "expertise": [], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "https://prabi.ibcp.fr", "unitId": "", "address": "7 Passage du Vercors\r\n69367 Lyon\r\nFrance", "city": "Lyon", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" } ], "publications": [ "" ], "certifications": [ "Label IBiSA", "RIO" ], "fundedBy": [ { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [ "Biologie", "Biomédical", "Biotechnologie" ], "orgid": null, "tools": [], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/52/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/169/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/169/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/593/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/52/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/113/?format=api" ], "maintainers": [], "ifbMembership": "None", "platforms": [], "is_active": false, "closing_date": "2023-03-15", "lat": "45.727764", "lng": "4.825956", "updated_at": "2025-10-21T13:07:13.009659Z" }, { "id": 47, "name": "CBPsmn", "logo_url": "https://www.ens-lyon.fr/PSMN/lib/tpl/PSMN-scanlines/images/cbpsmn_logo.png", "description": "Le CBPsmn est la structure qui gère l'ensemble des moyens informatiques HPC et HPDA de l'ENS de Lyon.\r\nConcernant la bio-informatique, ces moyens sont utilisés localement par le RDP, le LBMC, l'IGFL, le CIRI, la SFR Biosciences et par d'autres laboratoires de la région Lyonnaise.\r\nL'exploitation des moyens informatiques mutualisés ainsi que les formations à leur utilisation sont assurés par l'équipes du CBPsmn. Les chercheurs des laboratoires utilisateurs sont formés et aidés par les personnels bio-informaticiens affectés aux laboratoires avec l'aide de l'équipe du CBPsmn.\r\nLes serveurs du CBPsmn sont hébergés dans le Datacenter de l'ENS de Lyon (200m2, 65 baies, 1,2MW d'adduction électrique). Les équipements mis à disposition sont de trois types:\r\n- Les Clusters (Batch - resp. Lois Taulelle) : 3 clusters regroupant ~30 000 coeurs répartis dans ~700 serveurs et ~10PB de stockage.\r\n- Les serveurs accessibles en mode interactif (resp. Emmanuel Quemener): ~300 serveurs répartis dans 3 salles de formation et une dizaine de plateaux techniques, plusieurs centaines de TB de stockage.\r\n- Le Cloud meso-psmn-cirrus ( membre de la fédération des clouds IFB-Biosphère - resp. Micaël Calvas): ~28 serveurs pour ~5000 coeurs et 70 TB de stockage partagé (manila)", "expertise": [], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "https://www.ens-lyon.fr/PSMN/doku.php?id=accueil", "unitId": "", "address": "Pôle Scientifique de Modélisation Numérique, ENS de Lyon \r\n46, allée d'Italie", "city": "Lyon cedex 07", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 102, "name": "ENS of Lyon", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/ENS%20of%20Lyon/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [], "orgid": null, "tools": [], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/803/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/803/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/803/?format=api" ], "ifbMembership": "Contributing platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "45.729632", "lng": "4.827973", "updated_at": "2025-10-21T13:07:13.046190Z" }, { "id": 5, "name": "INCa-SLC", "logo_url": null, "description": "Cette structure a été créée à l'initiative de l'INCa dans le cadre de sa participation à l'\"International Cancer Genome Consortium\" (ICGC).\r\n \r\nElle a trois missions :\r\n1 collecter ou préparer puis valider les acides nucléiques (ADN normal, ADN tumoral, ARN tumoral,...) qui seront examinés avec les techniques de la génomique: puce de génotypage, puce d'expression, RNA-seq, DNA-‐eq en génomes complets et en éxomes),\r\n2 assurer la liaison avec les centres de génomique (académiques ou privés) réalisant le séquençage haut-‐débit,\r\n3 effectuer l'analyse des données de séquence transmises par ces centres de manière à en extraire l'information (variants somatiques et structuraux, nombre de copie, niveaux d'expression en RNA-‐seq) utile aux équipes biomédicales.\r\n \r\nPour remplir sa mission, la plateforme a développé une application Internet permettant d'assurer la gestion de grands projets multicentriques en toute transparence pour les collaborateurs. Elle a mis en place des procédures de contrôle qualité des échantillons à analyser. Elle dessine et automatise des pipelines d'analyse pour les données de génomique qu'elle reçoit.", "expertise": [], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "http://www.synergielyoncancer.fr/", "unitId": "", "address": "28 rue Laënnec\r\nFondation Synergie Lyon Cancer, Bât. Cheney D\r\n69008 Lyon\r\nFrance", "city": "Lyon", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 4, "name": "IFB - ELIXIR-FR", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB%20-%20ELIXIR-FR/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [ "Biologie", "Biomédical" ], "orgid": null, "tools": [], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/629/?format=api" ], "technicalLeaders": [], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/335/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/505/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/38/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/218/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/364/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/568/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/579/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/603/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/606/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/620/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/629/?format=api" ], "maintainers": [], "ifbMembership": "None", "platforms": [], "is_active": false, "closing_date": "2023-03-15", "lat": "45.735673", "lng": "4.887571", "updated_at": "2025-10-21T13:07:13.251070Z" }, { "id": 20, "name": "PRABI-Lyon-Grenoble", "logo_url": null, "description": "Les thématiques de recherche du PRABI-Doua s’organisent autour d’un point de vue méthodologique, qui affirme l’importance de la modélisation tant mathématique qu’informatique et d’une perspective évolutive qui organise les recherches indépendamment du niveau d’organisation biologique. C’est dans la synergie entre des problématiques biologiques propres et des développements méthodologiques que naît la plus grande part des résultats scientifiques de cette composante. Parmi les thématiques abordées figurent en particulier:\r\nPhylogénie et évolution moléculaire.\r\nGénomique comparative (organismes eucaryotes et procaryotes).\r\nEléments transposables.\r\nIntreractions hôtes-parasites.\r\nStatistiques appliquées à l'écologie et l'évolution.\r\nAnalyse statistique de données en grandes dimensions pour la génomique.", "expertise": [], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "http://doua.prabi.fr/main/index", "unitId": "", "address": "Université Claude Bernard – Lyon 1\r\n43 boulevard du 11 Novembre 1918\r\n69622 Villeurbanne\r\nFrance", "city": "Villeurbanne", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" }, { "id": 59, "name": "LBBE - Laboratory of Biometry and Evolutionary Biology", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/LBBE%20-%20Laboratory%20of%20Biometry%20and%20Evolutionary%20Biology/?format=api" } ], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [ "Biologie", "Biomédical", "Agro-alimentaire", "Environnement" ], "orgid": null, "tools": [ "leBIBI", "seaview" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/489/?format=api" ], "technicalLeaders": [], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/190/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/263/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/311/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/329/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/345/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/352/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/382/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/412/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/163/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/425/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/71/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/80/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/155/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/572/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/577/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/442/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/485/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/498/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/590/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/203/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/222/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/229/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/271/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/546/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/600/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/104/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/220/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/489/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/628/?format=api" ], "maintainers": [], "ifbMembership": "None", "platforms": [], "is_active": false, "closing_date": "2023-03-15", "lat": "45.736972", "lng": "4.796028", "updated_at": "2025-10-21T13:07:13.059740Z" }, { "id": 31, "name": "AuBi", "logo_url": "https://mesocentre.uca.fr/medias/photo/logoaubi-2019minus_1553844844490-jpg", "description": "AuBi est la plateforme bioinformatique de Clermont pour les sciences du vivant (biologie fondamentale, microbiologie, agronomie, environnement, santé et épidémiologie). AuBi s'appuie sur le Mésocentre de l'UCA pour promouvoir l'accès aux installations informatiques pour l'analyse des données, le stockage, la formation en bio-informatique et l'hébergement de services web pour la recherche. Des compétences importantes sont développées pour soutenir des projets scientifiques dans le domaine de l'analyse de séquences à grande échelle en génomique (assemblage, annotation, analyse de variantes, DNAseq, ...), transcriptomique (RNAseq, ChiPseq, ...) et variations épigénomiques (BSseq), métagénomique, métatranscriptomique, métabolomique, dynamique moléculaire mais aussi statistique et imagerie.", "expertise": [], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "https://mesocentre.uca.fr/projets-associes/plateforme-aubi/", "unitId": "", "address": "Plateforme AuBi\r\nMesocentre Clermont Auvergne\r\nUniversité Clermont Auvergne\r\n7, avenue Blaise Pascal\r\nTSA 60026", "city": "Aubière cedex", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 96, "name": "Mésocentre Clermont-Auvergne", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/M%C3%A9socentre%20Clermont-Auvergne/?format=api" } ], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 94, "name": "University Clermont Auvergne", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20Clermont%20Auvergne/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [ "Biologie", "Biomédical", "Agro-alimentaire", "Environnement", "Biotechnologie" ], "orgid": null, "tools": [ "dropnet", "nucleusj", "PanGeneHome" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/493/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/401/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/252/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/383/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/75/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/81/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/98/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/503/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/659/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/33/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/64/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/99/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/121/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/173/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/214/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/216/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/235/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/166/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/267/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/278/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/317/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/343/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/435/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/493/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/494/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/521/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/522/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/525/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/554/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/633/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/659/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/261/?format=api" ], "ifbMembership": "Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "45.758543", "lng": "3.088984", "updated_at": "2025-10-21T13:07:13.239238Z" }, { "id": 44, "name": "PRABI-PFGT", "logo_url": "https://www.crcl.fr/app/uploads/2021/01/logo.svg", "description": "La plateforme de Bioinformatique \"Gilles Thomas\", située au Centre Léon Bérard (CLB), a été initiée en 2009 par le Pr. Gilles Thomas pour favoriser l'exploitation de quantités massives de données de séquençage en génomique du cancer. L'équipe est composée de 11 bioinformaticiens et biostatisticiens travaillant sous la direction scientifique d'Alain Viari (Inria). 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L'expertise disponible à PRABI-AMSB couvre les domaines suivants : Données d'expression (RNA-seq), données d'interaction (ChIP-seq, Tap-tag/MS, Yeast Two Hybrid screens), métagénomique et métatranscriptomique, génomique et phylogénie comparées, assemblage et annotation de génomes et biologie des systèmes (réseaux métaboliques, d'interaction et de régulation des protéines).", "expertise": [], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "http://amsb.prabi.fr", "unitId": "", "address": "16 rue Raphael Dubois\r\nBatiment Mendel (2ème étage)", "city": "Villeurbanne Cedex", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" }, { "id": 76, "name": "University Lyon 1", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20Lyon%201/?format=api" } ], "publications": [ "" ], "certifications": [ "Label IBiSA", "France-Génomique" ], "fundedBy": [ { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [ "Biologie", "Environnement" ], "orgid": null, "tools": [], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/459/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/285/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/459/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/472/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/285/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/472/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/459/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/285/?format=api" ], "ifbMembership": "Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "45.781337", "lng": "4.864753", "updated_at": "2025-10-21T13:07:13.018021Z" } ] }
