Team List
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{ "count": 45, "next": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/?format=api&limit=20&offset=20&ordering=-name", "previous": null, "results": [ { "id": 25, "name": "TAGC-BU", "logo_url": "https://tagc.univ-amu.fr/sites/tagc.univ-amu.fr/themes/webkit_theme/logo.png", "description": "TAGC est une unité mixte de recherche et de services de l'Inserm spécialisée dans le développement et l'application des approches omiques à divers systèmes biologiques. Le laboratoire comprend une installation de séquençage (TGML, membre de France Génomique) et une solide équipe de bio-informaticiens qui développent et donnent accès au public à des ressources bio-informatiques (outils logiciels et bases de données) dans des domaines allant de l'analyse de protéines individuelles et de séquences d'ADN à l'analyse à grande échelle et à l'intégration de données omiques, avec un accent particulier sur les variations du génome, la régulation génétique et épigénétique, et l'analyse de réseaux.", "expertise": [], "linkCovid19": "", "homepage": "https://tagc.univ-amu.fr", "unitId": "", "address": "163 avenue de Luminy\r\nParc Scientifique de Luminy case 928", "city": "Marseille", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" }, { "id": 63, "name": "TAGC", "url": 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"Statistical Tests", "Regression", "Dimension reduction", "Gene expression regulation analysis", "Descriptive statistics", "Multivariate analyses", "Gene expression differential analysis", "Web portals", "Data identity and mapping", "Ontologies", "Database search engine", "Spectral library search", "De novo sequencing", "Chip-Seq", "Panels (amplicons, captures)", "Exomes", "Sequence analysis", "Variant analysis", "proteomics", "Interfaces", "Systems Biology", "Interoperability", "Metabolomics and Fluxomics", "Metabolic network analysis", "Genome analysis", "Structural and functional annotation of genomes", "Population Genetics", "Statistical Genetics", "Functioning of complex biological systems", "Regulatory network modelling", "Complete genomes", "Transcript and transcript variant analysis", "Transcriptomics (RNA-seq)", "Genomics (DNA-seq)", "Functional and regulatory pathways comparison", "Integration of heterogeneous data", "Protein/protein interaction modelisation", "proteins/peptides and proteins/nucleic acids", "Structure analysis", "homology and structural pattern matching", "Genomics (Chips)", "Cluster", "Genomes comparison", "Data collection curation", "Comparative genomics", "Computing Environments", "Data Integration", "Data management and transfer", "NGS Sequencing Data Analysis", "Structural Bioinformatics", "Predictions of structural properties", "Données", "Genes and genomes", "Mapping", "Sequence annotation", "Pattern matching", "Multiple sequence alignment", "Toolkit", "Tool integration", "Workflow development", "Parallelization", "Databases and information systems", "Développements technologiques de l‘Information et de la Communication" ], "fields": [ "Biologie", "Biomédical" ], "orgid": null, "tools": [ "ocg", "remap", "rsat" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/464/?format=api" ], "technicalLeaders": [ 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Elle fédère des bio-informaticiens de différentes unités et instituts de Montpellier (Bioversity, CIRAD, INRA et IRD) ayant une expertise multidisciplinaire en intégration de données, développement de logiciels, analyse de données de séquençage et calcul haute performance. South Green assure le développement de systèmes d'information originaux tels que GreenPhyl, SNiPlay, Gigwa ou AgroLD, et propose des pipelines bio-informatiques via les gestionnaires de flux de travail Galaxy et TOGGLe. La plateforme a acquis une forte expertise dans le développement de Genome Hubs, des systèmes d'information intégrés, déployés sur plusieurs plantes et en cours d'extension aux pathogènes.", "expertise": [], "linkCovid19": "", "homepage": "http://www.southgreen.fr", "unitId": "", "address": "Agropolis", "city": "Montpellier", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 50, "name": "CIRAD", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CIRAD/?format=api" }, { "id": 82, "name": "INRAE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=api" }, { "id": 85, "name": "IRD", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IRD/?format=api" }, { "id": 86, "name": "the Alliance of Bioversity International and CIAT", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/the%20Alliance%20of%20Bioversity%20International%20and%20CIAT/?format=api" } ], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 50, "name": "CIRAD", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CIRAD/?format=api" }, { "id": 82, "name": "INRAE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=api" } ], "keywords": [ "Biodiversity", "Evolution and Phylogeny", "Sequence analysis", "Comparative genomics", "NGS Sequencing Data Analysis", "Structural Bioinformatics", "Développements technologiques de l‘Information et de la Communication" ], "fields": [ "Biologie", "Agro-alimentaire", "Environnement", "Biotechnologie", "Informatique" ], "orgid": null, "tools": [ "AgroLD", "Banana_Genome_Hub", "Cocoa_Genome_Hub", "Coffee_Genome_Hub", "Gigwa", "", "", "", "Rice_Genome_Hub", "", "SouthGreen_Galaxy", "Sugarcane_Genome_Hub", "toggle", "" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/544/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/612/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/536/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/500/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/589/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/733/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/738/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/174/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/162/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/544/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/558/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/612/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/276/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/573/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/193/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/198/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/291/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/350/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/519/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/536/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/545/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/564/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/584/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/589/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/612/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/558/?format=api" ], "ifbMembership": "Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "43.643777", "lng": "3.871175", "updated_at": "2024-03-11T15:29:52.290299Z" }, { "id": 12, "name": "RPBS", "logo_url": "https://bioserv.rpbs.univ-paris-diderot.fr/static/img/logo_RPBS.png", "description": "RPBS est une plateforme dédiée à la bio-informatique structurelle. Elle propose : le développement de méthodes/protocoles de bio-informatique structurelle, l'hébergement de services et le déploiement en ligne de services du domaine, la formation et conseil dans le domaine et l’hébergement de calculs via PAAS.", "expertise": [], "linkCovid19": "", "homepage": "http://bioserv.rpbs.univ-paris-diderot.fr/index.html", "unitId": "", "address": "35 rue Hélène Brion", "city": "Paris", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 27, "name": "UMR-S 973", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/UMR-S%20973/?format=api" }, { "id": 28, "name": "Université Paris-Diderot", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Universit%C3%A9%20Paris-Diderot/?format=api" }, { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" } ], "publications": [ "" ], "certifications": [ "Label IBiSA" ], "fundedBy": [ { "id": 28, "name": "Université Paris-Diderot", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Universit%C3%A9%20Paris-Diderot/?format=api" }, { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" } ], "keywords": [ "Comparative and de novo structure modeling", "Dynamic and thermodynamic structure properties analysis", "Virtual screening", "Structure-based screening", "2D/3D", "ADME/tox", "Small chemical compound libraries", "Protein/protein interaction modelisation", "proteins/peptides and proteins/nucleic acids", "Structure analysis", "homology and structural pattern matching", "Structural Bioinformatics", "Predictions of structural properties" ], "fields": [ "Biologie", "Biomédical", "Informatique" ], "orgid": null, "tools": [ "fpocket", "frog2", "hca", "hhalign-kbest", "interevdock2", "pep-fold", "pep-sitefinder", "sabbac" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/801/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/802/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/523/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/801/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/802/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/120/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/523/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/583/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/617/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/638/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/523/?format=api" ], "ifbMembership": "Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "48.827664", "lng": "2.380355", "updated_at": "2024-04-24T09:38:55.908344Z" }, { "id": 44, "name": "PRABI-PFGT", "logo_url": "https://www.crcl.fr/app/uploads/2021/01/logo.svg", "description": "La plateforme de Bioinformatique \"Gilles Thomas\", située au Centre Léon Bérard (CLB), a été initiée en 2009 par le Pr. Gilles Thomas pour favoriser l'exploitation de quantités massives de données de séquençage en génomique du cancer. L'équipe est composée de 11 bioinformaticiens et biostatisticiens travaillant sous la direction scientifique d'Alain Viari (Inria). Elle fournit une expertise multidisciplinaire, de la gestion des données à l'interprétation biologique, pour soutenir un large spectre de collaborations allant de la recherche fondamentale aux projets translationnels et aux activités de diagnostic clinique.", "expertise": [], "linkCovid19": "", "homepage": "https://www.crcl.fr/les-plateformes/plateforme-de-bioinformatique-gilles-thomas/", "unitId": "", "address": "28 Rue Laennec", "city": "Lyon", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" }, { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [], "orgid": null, "tools": [], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/629/?format=api" ], "technicalLeaders": [], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/629/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/629/?format=api" ], "ifbMembership": "Contributing platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "45.776067", "lng": "5.003264", "updated_at": "2024-03-11T15:21:31.174033Z" }, { "id": 20, "name": "PRABI-Lyon-Grenoble", "logo_url": null, "description": "Les thématiques de recherche du PRABI-Doua s’organisent autour d’un point de vue méthodologique, qui affirme l’importance de la modélisation tant mathématique qu’informatique et d’une perspective évolutive qui organise les recherches indépendamment du niveau d’organisation biologique. C’est dans la synergie entre des problématiques biologiques propres et des développements méthodologiques que naît la plus grande part des résultats scientifiques de cette composante. Parmi les thématiques abordées figurent en particulier:\r\nPhylogénie et évolution moléculaire.\r\nGénomique comparative (organismes eucaryotes et procaryotes).\r\nEléments transposables.\r\nIntreractions hôtes-parasites.\r\nStatistiques appliquées à l'écologie et l'évolution.\r\nAnalyse statistique de données en grandes dimensions pour la génomique.", "expertise": [], "linkCovid19": "", "homepage": "http://doua.prabi.fr/main/index", "unitId": "", "address": "Université Claude Bernard – Lyon 1\r\n43 boulevard du 11 Novembre 1918\r\n69622 Villeurbanne\r\nFrance", "city": "Villeurbanne", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 34, "name": "UMR 5558", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/UMR%205558/?format=api" }, { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" }, { "id": 59, "name": "LBBE", "url": 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la Communication" ], "fields": [ "Biologie", "Biomédical", "Agro-alimentaire", "Environnement" ], "orgid": null, "tools": [ "leBIBI", "seaview" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/489/?format=api" ], "technicalLeaders": [], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/190/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/263/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/311/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/329/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/345/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/352/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/382/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/412/?format=api", 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PRABI-Gerland https://prabi.ibcp.fr localisé à l'IBCP développe les bases de données dans le domaine infectieux, les méthodes de prédiction et d'optimisation des structures 3D de protéines ainsi que les outils et services s'y rapportant. Dans le domaine des services la spécificité de la PF est la bioinformatique structurale (Modélisation moléculaire, prédiction de structure) introduite sur Lyon dès 1986 (il y a 25 ans avant même que le mot n'existe...). Dans ce domaine, l’activité proposée par le PRABI-Gerland s’appuie sur les expertises suivantes:\r\n Prédiction de structure de protéines [G. Deléage]\r\n Modélisation moléculaire [E. Bettler, G. Deléage, R. Terreux]\r\n Intégration de méthodes et serveurs Web [C. Combet, G Deléage]\r\n Serveur Web 3D [E. Bettler, G. Deléage]\r\n Drug design et QSAR (R. Terreux, J.A. Chemelle)\r\n \r\nMots clefs: Bioinformatique structurale, Prédiction de structure, Base de données structurales, Analyse de séquences, Modélisation moléculaire, docking moléculaire.\r\n \r\nPrincipaux sites web: https://prabi.ibcp.fr (site en cours de refonte)\r\n https://geno3d-prabi.ibcp.fr/\r\n https://npsa-prabi.ibcp.fr/\r\n http://sumo-pbil.ibcp.fr\r\n http://espript.ibcp.fr\r\n http://endscript.ibcp.fr\r\nMéthodes de prédiction des structures secondaires de protéines.\r\nPlusieurs méthodes originales ont été développées, Self Optimized Prediction Method (SOPM), génère automatiquement à partir de cette base de donnée, une \"sous-base\" rassemblant les 60 à 80 protéines les plus homologues ou appartenant à la même classe structurale que la protéine\r\nétudiée. En effet, des protéines homologues ont généralement une structure assez proche (30% d'identité indique une architecture semblable). Après une phase d'apprentissage automatique sur cette \"sous-base\", en particulier d'optimisation des paramètres, la prédiction de la structure de la protéine est réalisée. La version SOPMA tire bénéfice des alignements multiples. La méthode MLRC combine les réseaux de neurones avec la méthode SOPMA.\r\n [SOPMA] Self optimised Prediction Method (1995)\r\n [SOPM] Self optimised Prediction Method (1994)\r\n [DPM] Double prediction Method (1987)\r\n [MLRC] Multivariate Linear Regression Combination (1999)\r\n [AMPHIPASEEK] Prediction of membrane anchor helical peptides (2006)\r\n \r\nIntégration de methodes- WebicielsServeur NPS@\r\nLe PRABI Gerland a développé le premier serveur de mail Français pour la prédiction de structures secondaires de protéines (80 000 prédictions en tout). Ensuite ces méthodes ont été intégrées dans [NPS@ 2000]. Le serveur est actuellement dans sa version 3. Dans le cadre de RENABI-IFB, ce serveur généraliste de séquences couplé aux prédictions de structures sera mis à jour en termes d’ergonomie, d’interface et de conception. Mise à disposition d’outils et de services en ligne correspondant aux domaines d’expertise du laboratoire d’accueil de la PF.\r\n \r\nServeur Web ESPript/ENDscript\r\nA partir d’une protéine de structure connue (code ou fichier PDB), le serveur ENDscript produit, en quelques secondes et de manière automatisée, plusieurs illustrations téléchargeables dans des formats usuels (PostScript, PDF, PNG et TIFF) :\r\n1/ Une première figure, générée par le logiciel ESPript, présente la séquence de la protéine d’intérêt agrémentée de ses éléments de structure secondaire, de l’accessibilité au solvant et de l’hydropathie par résidu. Si disponibles, sont aussi représentés les contacts cristallographiques et non-cristallographiques protéine/protéine et/ou protéine/ligand ainsi que les résidus impliqués dans des ponts disulfures.\r\n2/ Une seconde figure ESPript montre, en plus des informations précédentes, un alignement multiple de séquences des protéines homologues coloré en fonction de la conservation des résidus et agrémenté des éléments de structure secondaire de ces dernières si leurs structures sont connues. \r\n3/ Deux représentations 3D interactives visualisables par le logiciel PyMOL : a) une représentation en ruban, colorée en fonction de la conservation de séquence. b) une représentation en tube dont le diamètre est proportionnel à la déviation structurale (rmsd) entre la protéine d’intérêt et les protéines homologues de structure connue. De plus, si disponible, peuvent être affichés : l’assemblage de l’unité biologique, les modèles RMN multiples, les ligands et les résidus en contact avec ces derniers.\r\nLe serveur ESPript permet, en complément d’ENDscript ou de manière autonome, de représenter des alignements multiples de séquences avec la possibilité d’ajouter des marqueurs définis par l’utilisateur de manière à produire des figures facilitant l’analyse ou dédiées aux communications scientifiques.\r\n \r\nModélisation moléculaire\r\nUn serveur Web de modélisation moléculaire automatique de structure 3D de protéines appelé geno3D est disponible depsuis 2002 qui permet aux biologistes et biochimistes d'obtenir un modèle 3D de qualité si la séquence \"query\" présente plus de 35% d'identité avec une protéine de structure 3D connue. Le principe de cette modélisation consiste à appliquer les techniques de modélisation sous contraintes à la protéine à modéliser (de type RMN) à partir d'un jeu de contraintes calculées sur l'empreinte structurale. Plusieurs empreintes sont utilisables, le ligand (si présent) est replacé dans les modèles, 10 modèles sont générés. Les résultats sont proposés sous la forme d’une archive récupérable et les résultats sont conservés 8 jours sur le serveur. Ce serveur génère 100 modèles/mois. Un système intégré de modélisation moléculaire (MAGOS ) à grande échelle de protéomes entiers a été utilisé pour des protéomes de virus (modeome3D) et de plantes (arabidome3D).\r\n \r\nDocking et sites 3D- chemo-informatique\r\nUne méthode bioinformatique SUMO a été développée permettant de détecter des sites 3D fonctionnels communs à plusieurs protéines. L’approche a fait l’objet d’un brevet déposé par le CNRS et d'un serveur Web pour rendre utilisable la méthode par la communauté académique.\r\nDans un travail récent, nous avons réévalué les paramètres et avons montré que la qualité de comparaison était améliorée tout comme la rapidité du calcul. Cette méthode a été appliquée pour établir une classification des antibiotiques à noyau ß lactame.", "expertise": [], "linkCovid19": "", "homepage": "https://prabi.ibcp.fr", "unitId": "", "address": "7 Passage du Vercors\r\n69367 Lyon\r\nFrance", "city": "Lyon", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 35, "name": "PRABI-Gerland", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/PRABI-Gerland/?format=api" }, { "id": 36, "name": "UMR 5305", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/UMR%205305/?format=api" }, { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" } ], "publications": [ "" ], "certifications": [ "Label IBiSA", "RIO" ], "fundedBy": [ { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" } ], "keywords": [ "Comparative and de novo structure modeling", "Post-translational modifications", "Sequence Algorithm", "Sequence analysis", "Structure analysis", "homology and structural pattern matching", "Homology/orthology prediction", "Structural Bioinformatics", "Predictions of structural properties", "Sequence annotation", "Pattern matching", "Multiple sequence alignment" ], "fields": [ "Biologie", "Biomédical", "Biotechnologie" ], "orgid": null, "tools": [], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/52/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/169/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/169/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/593/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/52/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/113/?format=api" ], "maintainers": [], "ifbMembership": "None", "platforms": [], "is_active": false, "closing_date": "2023-03-15", "lat": "45.727764", "lng": "4.825956", "updated_at": "2023-03-16T13:09:54.041387Z" }, { "id": 18, "name": "PRABI-HCL", "logo_url": null, "description": "To be completed...", "expertise": [], "linkCovid19": "", "homepage": "http://www.lemonde.fr", "unitId": "", "address": "165 chemin du Grand Revoyet\r\nFaculté de Médecine Lyon Sud\r\n69310 Pierre Bénite\r\nFrance", "city": "Bénite", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 34, "name": "UMR 5558", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/UMR%205558/?format=api" }, { "id": 59, "name": "LBBE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/LBBE/?format=api" } ], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 4, "name": "IFB", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB/?format=api" } ], "keywords": [ "Aucun des termes ci-dessus ne convient" ], "fields": [ "Biologie", "Biomédical", "Biotechnologie" ], "orgid": null, "tools": [], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/541/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/541/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/337/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/29/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/150/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/212/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/436/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/537/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/541/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/428/?format=api" ], "maintainers": [], "ifbMembership": "None", "platforms": [], "is_active": false, "closing_date": "2023-03-15", "lat": "45.702207", "lng": "4.808651", "updated_at": "2023-03-16T13:09:41.584686Z" }, { "id": 19, "name": "PRABI-AMSB", "logo_url": "http://amsb.prabi.fr/amsb-logo.png", "description": "La plateforme PRABI-AMSB propose des services bio-informatiques pour les biologistes qui ont besoin d'une assistance avec des outils spécifiques ou d'une expertise approfondie pour des projets plus importants. L'expertise disponible à PRABI-AMSB couvre les domaines suivants : Données d'expression (RNA-seq), données d'interaction (ChIP-seq, Tap-tag/MS, Yeast Two Hybrid screens), métagénomique et métatranscriptomique, génomique et phylogénie comparées, assemblage et annotation de génomes et biologie des systèmes (réseaux métaboliques, d'interaction et de régulation des protéines).", "expertise": [], "linkCovid19": "", "homepage": "http://amsb.prabi.fr", "unitId": "", "address": "16 rue Raphael Dubois\r\nBatiment Mendel (2ème étage)", "city": "Villeurbanne Cedex", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" }, { "id": 76, "name": "UCBL", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/UCBL/?format=api" } ], "publications": [ "" ], "certifications": [ "Label IBiSA", "France-Génomique" ], "fundedBy": [ { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" } ], "keywords": [ "Methodology", "Biostatistics", "Cloud", "Ecology", "Biodiversity", "Microbial ecology", "Ecological modelling", "Metagenomics", "Sequence Algorithm", "Evolution and Phylogeny", "Molecular evolution", "Tree of Life", "Selection Detection", "Assembly of genomes and transcriptomes", "Supertrees and Reconciliations", "Statistical Tests", "Regression", "Dimension reduction", "Descriptive statistics", "Multivariate analyses", "Gene expression differential analysis", "Web portals", "metatranscriptomics", "Sequence analysis", "Variant analysis", "Interfaces", "System modeling", "Systems Biology", "Metabolomics and Fluxomics", "Genome analysis", "Functioning of complex biological systems", "Regulatory network modelling", "Complete genomes", "Transcript and transcript variant analysis", "Transcriptomics (RNA-seq)", "Genomics (DNA-seq)", "Genomics (Chips)", "Cluster", "Genomes comparison", "Data collection curation", "Comparative genomics", "NGS Sequencing Data Analysis", "Homology/orthology prediction", "Phylogenomics", "Données", "Genes and genomes", "Sequence annotation", "Pattern matching", "Multiple sequence alignment", "Toolkit", "Workflow development", "Parallelization", "Databases and information systems", "Développements technologiques de l‘Information et de la Communication" ], "fields": [ "Biologie", "Environnement" ], "orgid": null, "tools": [], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/459/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/285/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/459/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/472/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/285/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/472/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/459/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/285/?format=api" ], "ifbMembership": "Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "45.781337", "lng": "4.864753", "updated_at": "2024-03-11T15:19:08.755622Z" }, { "id": 26, "name": "PlantBioinfoPF", "logo_url": "https://urgi.versailles.inrae.fr/var/storage/images/home-urgi/platform/6883-40-eng-GB/Platform_medium.jpg", "description": "Les principales missions de la plateforme bioinformatique PlantBioinfoPF, hébergée à l'URGI, sont de contribuer à une gestion des données patrimoniales produites par INRAE et ses partenaires, compatible avec la science ouverte, et de proposer aux chercheurs des outils et des environnements adaptés pour l'analyse des données. Les principales activités de la plateforme sont l’intégration des données sur les plantes dans le système d'information GnpIS et les fédérations de données, donner accès aux ressources informatiques et aux outils d'analyse, soutien à l'analyse de données génomique (éléments transposables) et la formation des utilisateurs.", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_3365", "http://edamontology.org/topic_3299", "http://edamontology.org/topic_0622", "http://edamontology.org/topic_3316", "http://edamontology.org/topic_0780" ], "linkCovid19": "", "homepage": "https://urgi.versailles.inrae.fr/", "unitId": "URGI-US1164", "address": "INRAE Centre de Versailles\r\nURGI - Bat18\r\nRD10 - Route de Saint-Cyr\r\n78000 Versailles\r\nFrance", "city": "Versailles", "country": "France", "communities": [], "projects": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/project/ELIXIR-CONVERGE/?format=api" ], "affiliatedWith": [ { "id": 4, "name": "IFB", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB/?format=api" }, { "id": 6, "name": "Elixir-FR", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Elixir-FR/?format=api" }, { "id": 7, "name": "France Génomique", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/France%20G%C3%A9nomique/?format=api" }, { "id": 39, "name": "URGI - 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Elle est responsable de la maintenance et du déploiement d'un cluster de calcul accessible à tous les partenaires du LABEX Memolife (IBENS, ESPCI, Collège de France).\r\nPB-IBENS assure également la maintenance et le support de serveurs web et de bases de données (Rsat, Genomicus, DiatomicBase, Finsurf) développés par les équipes d'IBENS, dont certains sont labellisés par l'infrastructure européenne Elixir. La plateforme s'implique dans la formation en bioinformatique à l'ENS, organise des séminaires bi-mensuels et participe à des cours externes. PB-IBENS bénéficie de l'environnement scientifique des équipes IBENS afin d'orienter les utilisateurs vers des spécialistes qui pourront répondre à leurs questions techniques liées à leurs analyses spécifiques (Single-Cell, RNASeq, Bioimaging, évolution, etc.).", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_3316", "http://edamontology.org/topic_3489" ], "linkCovid19": "", "homepage": "https://www.ibens.ens.fr/?rubrique55", "unitId": "UMR8197", "address": "Plateforme Bioinformatique- IBENS\r\nUMR8197-U1024\r\n46 rue d’Ulm", "city": "PARIS", "country": "FRANCE", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [], "publications": [ "10.1093/nar/gkab1091", "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 90, "name": "IBENS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IBENS/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [], "orgid": "grid.462036.5", "tools": [ "GENOMICUS", "Genomicus-fungi", "Genomicus-metazoa", "Genomicus-Plants", "Genomicus-protists" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/533/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/758/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/647/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/647/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/817/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/647/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/817/?format=api" ], "ifbMembership": "Contributing platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "48.858608", "lng": "2.312949", "updated_at": "2025-01-31T13:29:04.286409Z" }, { "id": 11, "name": "Pasteur HUB", "logo_url": "https://hub-portal.pasteur.cloud/logo-hub.png", "description": "Le centre de bioinformatique et de biostatistique est la partie service du département de biologie informatique. L’équipe du Hub comprend 50 experts en biostatistique et en bioinformatique. Créé en 2015, le C3BI comprend cinq unités de recherche en biologie computationnelle et le Hub de bioinformatique et biostatistique. La mission du centre est de développer la recherche méthodologique en bioinformatique et biostatistique, de donner une visibilité internationale à l'Institut Pasteur dans ce domaine, d'offrir un soutien aux unités de recherche expérimentale, et de développer les compétences informatiques et analytiques du campus. Les activités de la plateforme comprennent la participation à des projets de recherche et d'analyse, des missions sur le terrain au sein des unités et des plateformes du campus, des sessions de formation et d'enseignement ouvertes à nos partenaires, et fournissent un certain nombre de ressources à la communauté nationale et internationale. L’équipe du Hub et l’ensemble du département ont une longue expérience dans le développement de sites web (par exemple NGPhylogeny.fr), les calculs intensifs et la gestion des données de santé.", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_3372" ], "linkCovid19": "", "homepage": "https://research.pasteur.fr/en/team/bioinformatics-and-biostatistics-hub/", "unitId": "", "address": "25 Rue du Dr Roux", "city": "Paris", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 26, "name": "C3BI-USR 3756", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/C3BI-USR%203756/?format=api" }, { "id": 48, "name": "Institut Pasteur", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Institut%20Pasteur/?format=api" } ], "publications": [ "", "10.21105/joss.00698", "10.1093/bioinformatics/btab070" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 48, "name": "Institut Pasteur", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Institut%20Pasteur/?format=api" } ], "keywords": [ "Methodology", "QTL Localization", "Biostatistics", "Metagenomics", "Expression", "Small and long non-coding RNAs", "GPU", "Quantification", "E-learning", "Tiling", "Sequence Algorithm", "DNA biochips", "RNA biochips", "Statistical differential analysis", "Evolution and Phylogeny", "Molecular evolution", "Methylation profiles", "Machine learning", "Chromatin accessibility", "Chromosome conformation analysis", "Bioimaging", "Visualization", "Biological network inference and analysis", "Selection Detection", "Assembly of genomes and transcriptomes", "Read alignment on genomes", "Supertrees and Reconciliations", "Statistical Tests", "Regression", "Dimension reduction", "Gene expression regulation analysis", "Image analysis", "Information retrieval", "Descriptive statistics", "Multivariate analyses", "Gene expression differential analysis", "Web portals", "metatranscriptomics", "Chip-Seq", "Panels (amplicons, captures)", "Exomes", "Sequence analysis", "Variant analysis", "proteomics", "Interfaces", "Systems Biology", "Interoperability", "Metabolic network analysis", "Genome analysis", "Structural and functional annotation of genomes", "Statistical Genetics", "Quantitative proteomics", "Complete genomes", "Transcript and transcript variant analysis", "Transcriptomics (RNA-seq)", "Genomics (DNA-seq)", "Functional and regulatory pathways comparison", "Genomics (Chips)", "Cluster", "Genomes comparison", "Comparative genomics", "Computing Environments", "Data Integration", "Data management and transfer", "NGS Sequencing Data Analysis", "Homology/orthology prediction", "Structural Bioinformatics", "Phylogenomics", "Données", "Mapping", "Sequence annotation", "Pattern matching", "Multiple sequence alignment", "Tool integration", "Workflow development", "Parallelization", "Databases and information systems" ], "fields": [ "Biologie", "Biomédical" ], "orgid": null, "tools": [ "edam-browser", "fqtools", "macsyfinder", "memhdx", "sartools", "shaman", "syntview", "VHRdb" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/182/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/432/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/251/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/461/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/73/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/432/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/184/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/408/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/414/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/379/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/432/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/73/?format=api" ], "ifbMembership": "Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "48.840351", "lng": "2.310813", "updated_at": "2024-03-12T07:35:38.727469Z" }, { "id": 23, "name": "PACA-Bioinfo", "logo_url": "https://www.igs.cnrs-mrs.fr/wp-content/uploads/2018/08/logo-igs-cnrs.png", "description": "Les services de PACA Bioinfo se concentrent sur la génomique microbienne, la métagénomique, la génomique comparative et la phylogénie moléculaire. Il met à la disposition de la communauté divers outils en ligne en accès libre proposés sans inscription préalable. La plateforme collabore également à des projets de génomique ou de métagénomique pour lesquels elle constitue le principal support bioinformatique, notamment pour les équipes de l'Institut Méditerranéen de Microbiologie de Marseille. Des progrès importants ont été réalisés grâce aux analyses génomiques de virus géants, de deux éponges et de métagénomes provenant d'anciens sols gelés (permafrost). La plate-forme fournit également des outils statistiques génériques pour comparer de grands ensembles de données de comptage (outils ACD) tels qu'ils sont rencontrés dans les études écologiques classiques ou basées sur les métagénomes.", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_3174", "http://edamontology.org/topic_0196", "http://edamontology.org/topic_0797", "http://edamontology.org/topic_3170", "http://edamontology.org/topic_0622", "http://edamontology.org/topic_0082", "http://edamontology.org/topic_0080", "http://edamontology.org/topic_0781" ], "linkCovid19": "", "homepage": "https://www.igs.cnrs-mrs.fr/paca-bioinfo/", "unitId": "UMR7256", "address": "163 Avenue de Luminy\r\nCase 934", "city": "Marseille", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 38, "name": "CNRS UMR7256", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS%20UMR7256/?format=api" }, { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" } ], "publications": [ "10.1093/bioinformatics/bty640", "10.1093/bioadv/vbab034", "10.1093/femsml/uqac003", "10.1128/JVI.01997-19", "10.3389/fmicb.2019.00430", "10.1186/s12864-018-4715-9", "10.1080/23802359.2017.1285210", "10.1128/JVI.00230-17", "10.1038/ncomms15087", "10.1038/ismej.2015.192", "10.1111/mec.13621", "10.1073/pnas.1506469112", "10.1371/journal.pone.0090988", "10.1371/journal.pone.0090989", "10.1186/1471-2164-14-158", "10.1111/mec.12108", "10.1038/ismej.2013.116", "10.1074/jbc.M111.314559", "10.1371/journal.pgen.1003122", "10.1186/gb-2012-13-5-r39", "10.1371/journal.pone.0018528", "10.1186/1743-422X-8-99", "10.1105/tpc.110.076406", "10.1186/gb-2009-10-10-r114", "10.1186/1743-422X-6-178", "10.1101/gr.091686.109", "10.1016/j.jip.2009.03.011", "10.1101/gr.091561.109", "10.1186/1471-2164-10-352", "", "10.1093/nar/gkn180" ], "certifications": [ "CATI - 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Elle vise à répertorier et à générer des données sur les maladies rares afin d'améliorer le diagnostic, les soins et le traitement des patients. Le site web Orphanet vise à fournir des informations de qualité sur les maladies rares et à garantir l'égalité d'accès à la base de connaissances pour les chercheurs et dans l'ontologie des maladies rares d'Orphanet. Orphanet tient également à jour la nomenclature des maladies rares d'Orphanet (numéro ORPHA), essentielle pour améliorer la visibilité des maladies rares dans les systèmes d'information sur la santé et la recherche, en agissant comme vecteur d'interopérabilité.", "expertise": [], "linkCovid19": "", "homepage": "http://www.orpha.net", "unitId": "", "address": "96 rue Didot", "city": "Paris", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 40, "name": "INSERM US14", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM%20US14/?format=api" }, { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" } ], "publications": [ "" ], "certifications": [ "HON Code", "IRDiRC Recommended", "Autre" ], "fundedBy": [ { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" } ], "keywords": [ "Machine learning", "Web portals", "Ontologies", "Interfaces", "Interoperability", "Semantic web", "Integration of heterogeneous data", "Knowledge representation", "Data collection curation", "Data Integration", "Données", "Toolkit", "Databases and information systems", "Développements technologiques de l‘Information et de la Communication" ], "fields": [ "Biomédical" ], "orgid": null, "tools": [ "ordo" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/518/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/292/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/474/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/188/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/171/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/292/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/22/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/223/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/227/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/274/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/402/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/463/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/538/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/551/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/567/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/627/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/257/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/451/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/532/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/292/?format=api" ], "ifbMembership": "Contributing platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "48.827419", "lng": "2.314518", "updated_at": "2024-03-11T14:58:57.583304Z" }, { "id": 37, "name": "NSBD", "logo_url": "https://www.marseille-medical-genetics.org/fileadmin/templates/mmg/imgs/mmg_logo.png", "description": "L'équipe \"biologie des systèmes et des réseaux pour les maladies\" est une équipe de recherche interdisciplinaire ayant pour objectif de développer d'algorithmes et outils d'analyse et d'intégration de données biologiques et de proposer des approches \"système\" pour l'étude des pathologies génétiques humaines. Sur le versant des outils, l'équipe focalise particulièrement sur des approches non-supervisées appliquées aux réseaux biologiques multi-couches et propose des outils de clustering, de marches aléatoires ou de network embedding. L'équipe travaille également sur l'intégration de données quantitatives (transcriptomique, protéomique) dans les réseaux pour identifier des modules perturbés dans différentes conditions. Enfin, l'équipe s'intéresse également à l'intégration de données multi-omiques par des approches de réduction de dimension via des factorisations de matrices.", "expertise": [], "linkCovid19": "", "homepage": "https://www.marseille-medical-genetics.org/a-baudot/", "unitId": "", "address": "Faculté de Médecine de la Timone\r\n27 Bd Jean Moulin", "city": "Marseille Cedex 05", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" }, { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [], "orgid": null, "tools": [ "mogamun" ], "services": [], "leaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/722/?format=api" ], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/722/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/657/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/657/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/722/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/657/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/722/?format=api" ], "ifbMembership": "Associated Team", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "43.288900", "lng": "5.402160", "updated_at": "2024-03-11T14:53:13.009640Z" }, { "id": 32, "name": "MMG-GBIT", "logo_url": "https://geneticsandbioinformatics.eu/img/logo_gb.png", "description": "La plateforme MMG-GBIT IFB est liée à l'équipe de recherche Bio-informatique & Génétique de l'Inserm U1251. Elle bénéficie de cette forte interaction et met à la disposition des utilisateurs l'expertise de l'équipe en génétique humaine, maladies rares et oncogénétique ainsi que l'analyse des données NGS. Il fournit des systèmes de référence internationaux pour collecter, annoter, filtrer et interpréter les données de génétique humaine en relation avec les maladies. Ces outils, bases de données, registres et observatoires ont déjà reçu des millions de requêtes dans le monde entier. En outre, nous proposons des formations et pouvons aider les chercheurs pour tout projet bio-informatique ou développement d'outils liés à la génétique humaine, de la conception à l'analyse.", "expertise": [], "linkCovid19": "", "homepage": "https://geneticsandbioinformatics.eu", "unitId": "", "address": "Faculté de Médecine de la Timone, \r\n27 Bd Jean Moulin", "city": "Marseille", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 46, "name": "MMG-GBIT", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/MMG-GBIT/?format=api" }, { "id": 47, "name": "INSERM U1251", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM%20U1251/?format=api" }, { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" } ], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" } ], "keywords": [ "Cloud", "Sequence analysis", "Cluster", "Data collection curation", "NGS Sequencing Data Analysis", "Données", "Toolkit", "Parallelization", "Développements technologiques de l‘Information et de la Communication" ], "fields": [ "Biologie", "Biomédical", "Biotechnologie" ], "orgid": null, "tools": [ "varaft" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/48/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/49/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/48/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/180/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/49/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/48/?format=api" ], "ifbMembership": "Contributing platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "43.288900", "lng": "5.402160", "updated_at": "2024-03-11T14:52:19.557944Z" }, { "id": 10, "name": "MIGALE", "logo_url": "https://migale.inrae.fr/sites/default/files/migale-orange_0.png", "description": "La plateforme bioinformatique Migale est une équipe de l'unité de recherche INRAe MaIAGE (Mathématiques appliquées et informatique, du génome à l'environnement). Depuis 2003, elle fournit quatre types de services à la communauté des sciences de la vie : une infrastructure ouverte dédiée à l'analyse des données des sciences de la vie (500 Tb, 1000 CPU équivalents), la diffusion de l'expertise en bio-informatique (session annuelle de formation \"Bio-informatique par la pratique\"), la conception et le développement d'applications bioinformatiques (navigateur de génome, bases de données) et l'analyse de données en génomique, métagénomique et métatranscriptomique.", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_0091", "http://edamontology.org/topic_2269" ], "linkCovid19": "", "homepage": "https://migale.inrae.fr", "unitId": "UR1404", "address": "Domaine de Vilvert\r\nUnité MaIAGE", "city": "Jouy-en-Josas", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 24, "name": "MaIAGE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/MaIAGE/?format=api" }, { "id": 25, "name": "UR 1404", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/UR%201404/?format=api" }, { "id": 82, "name": "INRAE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=api" }, { "id": 88, "name": "BioinfOmics", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=api" } ], "publications": [ "10.3389/fimmu.2021.745535", "10.3389/fimmu.2021.742584", "10.1016/j.biortech.2021.126612", "10.3390/nu13113865", "10.1158/1055-9965.epi-21-0188", "10.1128/msystems.00558-21", "10.1038/s41598-021-96967-4", "10.1101/2021.08.18.456644", "10.1038/s41541-021-00351-2", "10.1007/978-1-0716-1641-3_11", "10.1016/j.jenvman.2021.112631", "", "10.1093/bib/bbab318" ], "certifications": [ "Label IBiSA", "France-Génomique", "ISO 9001", "CNOC (INRA)", "CATI - CTAI", "PF stratégique nationale INRA", "RIO" ], "fundedBy": [ { "id": 82, "name": "INRAE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=api" } ], "keywords": [ "Microbial ecology", "Metagenomics", "Sequence Algorithm", "Second level analysis", "Assembly of genomes and transcriptomes", "Read alignment on genomes", "Gene expression differential analysis", "Web portals", "metatranscriptomics", "Sequence analysis", "Variant analysis", "proteomics", "Interfaces", "Genome analysis", "Structural and functional annotation of genomes", "Complete genomes", "Cluster", "Comparative genomics", "Data Integration", "Data management and transfer", "NGS Sequencing Data Analysis", "Homology/orthology prediction", "Données", "Sequence annotation", "Pattern matching", "Multiple sequence alignment", "Toolkit", "Tool integration", "Workflow development", "Databases and information systems" ], "fields": [ "Biologie", "Agro-alimentaire", "Environnement" ], "orgid": "05qdnns64", "tools": [ "gpcrautomodel", "show", "vast" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/561/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/396/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/396/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/473/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/743/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/422/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/744/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/745/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/116/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/561/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/415/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/630/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/396/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/561/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/422/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/743/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/744/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/745/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/630/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/473/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/415/?format=api" ], "ifbMembership": "Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "48.763439", "lng": "2.171437", "updated_at": "2025-01-23T08:57:43.384514Z" }, { "id": 9, "name": "MicroScope", "logo_url": "https://mage.genoscope.cns.fr/microscope/web/pictures/GENOSCOPE-LABGeM_logo100.png", "description": "L'équipe LABGeM du CEA/Genoscope a développé MicroScope, une plateforme web pour l'analyse des génomes procaryotes et l'annotation fonctionnelle experte. MicroScope combine des outils et des interfaces graphiques pour analyser les génomes dans un contexte comparatif et métabolique. Cette plateforme fournit des données provenant de milliers de projets sur le génome ainsi que des expériences post-génomiques permettant aux utilisateurs d'améliorer la compréhension des fonctions des gènes. Des annotations d'experts sont continuellement rassemblées dans la base de données MicroScope, ce qui contribue à l'amélioration de la qualité des annotations du génome microbien. MicroScope peut être utilisé comme une ressource communautaire pour l'analyse comparative et l'annotation des génomes accessibles au public, mais aussi comme une ressource privée avec des droits d'accès limités aux données génomiques.", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_0622", "http://edamontology.org/topic_3301", "http://edamontology.org/topic_0219" ], "linkCovid19": "", "homepage": "https://mage.genoscope.cns.fr/microscope/", "unitId": "", "address": "2, rue Gaston Crémieux, CP 5706", "city": "Evry", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 19, "name": "LABGeM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/LABGeM/?format=api" }, { "id": 20, "name": "Génomique Métabolique", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/G%C3%A9nomique%20M%C3%A9tabolique/?format=api" }, { "id": 21, "name": "Institut François Jacob", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Institut%20Fran%C3%A7ois%20Jacob/?format=api" }, { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" }, { "id": 62, "name": "CEA", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CEA/?format=api" }, { "id": 67, "name": "University of Paris-Saclay", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20of%20Paris-Saclay/?format=api" }, { "id": 70, "name": "Genoscope", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Genoscope/?format=api" }, { "id": 71, "name": "UEVE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/UEVE/?format=api" } ], "publications": [ "" ], "certifications": [ "Label IBiSA", "France-Génomique", "ISO 9001", "NF X50-900" ], "fundedBy": [ { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" }, { "id": 62, "name": "CEA", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CEA/?format=api" } ], "keywords": [ "Methodology", "Metagenomics", "Metabolic Network Modelling", "Sequence Algorithm", "Machine learning", "Read alignment on genomes", "Gene expression differential analysis", "Web portals", "metatranscriptomics", "Variant analysis", "Interfaces", "System modeling", "Systems Biology", "Interoperability", "Genome analysis", "Knowledge mining", "Complete genomes", "Transcript and transcript variant analysis", "Transcriptomics (RNA-seq)", "Genomics (DNA-seq)", "Functional and regulatory pathways comparison", "Integration of heterogeneous data", "Knowledge representation", "Genomes comparison", "Data collection curation", "Comparative genomics", "Data Integration", "Data management and transfer", "NGS Sequencing Data Analysis", "Homology/orthology prediction", "Sequence annotation", "Pattern matching", "Multiple sequence alignment", "Toolkit", "Tool integration", "Workflow development", "Databases and information systems", "Développements technologiques de l‘Information et de la Communication" ], "fields": [ "Biomédical", "Agro-alimentaire", "Environnement", "Biotechnologie" ], "orgid": null, "tools": [ "MicroScope_platform" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/90/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/623/?format=api" ], "technicalLeaders": [], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/90/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/231/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/347/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/431/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/531/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/540/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/623/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/90/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/623/?format=api" ], "ifbMembership": "Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "48.623991", "lng": "2.439719", "updated_at": "2024-03-11T14:39:19.501893Z" }, { "id": 13, "name": "MBI-DS4H", "logo_url": "https://mbi-ds4h.loria.fr/wp-content/uploads/2021/12/LOGOprovisoireMBI-DS4H-e1638376808693.png", "description": "La plateforme MBI signifie \"Modélisation des biomolécules et de leurs interactions\". Il s'agit essentiellement d'une plateforme de recherche offrant des services dans le cadre de projets scientifiques collaboratifs. Les principales activités de la plateforme concernent la modélisation 3D de protéines en interaction avec des ligands, des protéines, de l'ARN ou de l'ADN ss, ainsi que l'annotation fonctionnelle de biomolécules. Les programmes disponibles comprennent la simulation dynamique moléculaire (logiciel NAMD), l'arrimage rigide très rapide et les programmes de comparaison de formes, qui sont exécutés sur des grappes hybrides de CPU et de GPU. L'expertise en science des données, y compris l'exploration de données symboliques, l'apprentissage machine, l'analyse de graphes complexes, est également disponible pour la bio-informatique et les applications biomédicales.", "expertise": [], "linkCovid19": "", "homepage": "http://mbi.loria.fr/", "unitId": "", "address": "615 Rue du Jardin Botanique\r\n54600 Villers-lès-Nancy\r\nFrance", "city": "Villers-lès-Nancy", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 61, "name": "INRIA", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRIA/?format=api" }, { "id": 72, "name": "Inria Nancy - Grand-Est research centre", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Inria%20Nancy%20-%20Grand-Est%20research%20centre/?format=api" } ], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 61, "name": "INRIA", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRIA/?format=api" } ], "keywords": [ "Protein/protein interaction modelisation", "proteins/peptides and proteins/nucleic acids", "Structural Bioinformatics" ], "fields": [ "Biologie", "Biomédical" ], "orgid": null, "tools": [ "hexserver" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/182/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/527/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/20/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/140/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/527/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/578/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/182/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/111/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/112/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/403/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/182/?format=api" ], "ifbMembership": "Associated Team", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "48.665526", "lng": "6.157679", "updated_at": "2024-03-11T14:30:47.596338Z" }, { "id": 30, "name": "Inforbio", "logo_url": "https://avatars.githubusercontent.com/u/13965324?s=48&v=4", "description": "La plateforme bioinformatique accessible, reproductible et transparente de l’Institut de Biologie Paris Seine ((ex ARTbio) apporte un soutien aux biologistes et aux médecines pour la génomique fonctionnelle et la médecine de précision. Elle est implantée sur le campus de Jussieu de la faculté des sciences de l’Université de la Sorbonne et est également fortement impliquée dans la recherche clinique en tant que partenaire du SIRIC Curamus qui regroupe les efforts en cancérologie des cinq hôpitaux universitaire de SU. Inforbio exploite deux serveux Galaxy publics, https://mississippi.fr et https://usegalaxy.sorbonne-universite.fr, qui fournissent des environnements pour le profilage de petits ARN et l'analyse de variantes. Il fournit également des serveurs publics pour les analyses R ainsi que pour le stockage des données. Un troisième serveur Galaxy est dédié aux projets des utilisateurs d’Inforbio. Inforbio développe des logiciels de bioinformatique open source, dont la plupart sont disponibles sous forme de plugins Galaxy (plus de 48 outils disponibles sur https://github.com/ARTbio/tools-artbio) Outre l’accompagnement de projets utilisateurs sous contrat, ARTbio maintient ses propres lignes de recherche afin de développer une expertise de haut niveau dans trois domaines spécifiques: la biologie des petits ARN et des petits ARN viraux, les méthodes statistiques et d’apprentissage machine pour l’analyse des ARNseq unicellulaires, et les mutations de prédisposition à la leucémie myéloïde aiguë chez les enfants et les jeunes adultes (partenaire du projet CONECT-AML INCA). ARTbio a défini la formation en bioinformatique comme une priorité absolue pour les années à venir. Ainsi, en plus de l’organisation de sessions de formation régulières, ARTbio est aujourd’hui connu pour son offre de compagnonnage et mène également le projet STARTbio pour un Diplôme Universitaire en Bioinformatique à l’Université Sorbonne, basé sur une approche pratique des analyses ainsi que sur une forte utilisation des outils d’e-learning (vidéoconférences et tutoriels exécutables). ...", "expertise": [], "linkCovid19": "", "homepage": "https://www.artbio.fr", "unitId": "", "address": "Plateforme de bioinformatique ARTbio\r\nIBPS & Sorbonne Université \r\nBâtiment B, 7ème étage, porte 725.\r\n9, Quai St Bernard, \r\nBoîte courrier 25", "city": "Paris Cedex 05", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" } ], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" } ], "keywords": [ "NGS Sequencing Data Analysis" ], "fields": [], "orgid": null, "tools": [], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/122/?format=api" ], "technicalLeaders": [], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/41/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/479/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/808/?format=api" ], "ifbMembership": "Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "48.846891", "lng": "2.359061", "updated_at": "2025-01-23T13:25:38.911874Z" } ] }
