Team List
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{ "count": 45, "next": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/?format=api&limit=20&offset=20&ordering=-fields", "previous": null, "results": [ { "id": 47, "name": "CBPsmn", "logo_url": "https://www.ens-lyon.fr/PSMN/lib/tpl/PSMN-scanlines/images/cbpsmn_logo.png", "description": "Le CBPsmn est la structure qui gère l'ensemble des moyens informatiques HPC et HPDA de l'ENS de Lyon.\r\nConcernant la bio-informatique, ces moyens sont utilisés localement par le RDP, le LBMC, l'IGFL, le CIRI, la SFR Biosciences et par d'autres laboratoires de la région Lyonnaise.\r\nL'exploitation des moyens informatiques mutualisés ainsi que les formations à leur utilisation sont assurés par l'équipes du CBPsmn. Les chercheurs des laboratoires utilisateurs sont formés et aidés par les personnels bio-informaticiens affectés aux laboratoires avec l'aide de l'équipe du CBPsmn.\r\nLes serveurs du CBPsmn sont hébergés dans le Datacenter de l'ENS de Lyon (200m2, 65 baies, 1,2MW d'adduction électrique). Les équipements mis à disposition sont de trois types:\r\n- Les Clusters (Batch - resp. Lois Taulelle) : 3 clusters regroupant ~30 000 coeurs répartis dans ~700 serveurs et ~10PB de stockage.\r\n- Les serveurs accessibles en mode interactif (resp. Emmanuel Quemener): ~300 serveurs répartis dans 3 salles de formation et une dizaine de plateaux techniques, plusieurs centaines de TB de stockage.\r\n- Le Cloud meso-psmn-cirrus ( membre de la fédération des clouds IFB-Biosphère - resp. Micaël Calvas): ~28 serveurs pour ~5000 coeurs et 70 TB de stockage partagé (manila)", "expertise": [], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "https://www.ens-lyon.fr/PSMN/doku.php?id=accueil", "unitId": "", "address": "Pôle Scientifique de Modélisation Numérique, ENS de Lyon \r\n46, allée d'Italie", "city": "Lyon cedex 07", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 102, "name": "ENS of Lyon", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/ENS%20of%20Lyon/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [], "orgid": null, "tools": [], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/803/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/803/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/803/?format=api" ], "ifbMembership": "Contributing platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "45.729632", "lng": "4.827973", "updated_at": "2025-10-21T13:07:13.046190Z" }, { "id": 48, "name": "BIG", "logo_url": null, "description": "Le plateau de BioInformatique et Génomique (BIG) de l’Institut Sophia Agrobiotech (INRAE - CNRS - Univ. Côte d’Azur) propose de l’expertise en bioinformatique et des solutions pour le traitement, l’intégration, l’analyse et la visualisation de données multi-omiques dans le domaine de la santé et protection des plantes. BIG dispose d’un savoir-faire en génomique comparative, en transcriptomique et évolution moléculaire. Les outils et les ressources produits sont mis à la disposition de la communauté scientifique (site web, forge et portails intégratifs) et peuvent répondre à des problématiques similaires rencontrées dans d’autres domaines de recherche. Outre les développements méthodologiques, le plateau propose des accompagnements et des formations aux biologistes dans l’utilisation des outils qu’il produit et plus largement en bioinformatique.", "expertise": [], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "https://institut-sophia-agrobiotech.paca.hub.inrae.fr/infrastructure-plantbios", "unitId": "", "address": "Institut Sophia Agrobiotech\r\n400 route des Chappes", "city": "Sophia Antipolis", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 82, "name": "INRAE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=api" }, { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" } ], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 82, "name": "INRAE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [], "orgid": null, "tools": [], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/147/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/147/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/147/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/147/?format=api" ], "ifbMembership": "Contributing platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "43.612660", "lng": "7.077920", "updated_at": "2025-10-21T13:07:13.097655Z" }, { "id": 43, "name": "BIOI2", "logo_url": "https://www.i2bc.paris-saclay.fr/wp-content/uploads/2021/01/logo-i2bc-white-1-130x106.png", "description": "La plateforme BIOi2 (ex I2BC bioinfo) est rattachée à l’Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Unité Mixte de Recherche (CEA, CNRS, Université Paris-Saclay) qui regroupe plus de 600 personnes dédiées à la recherche sur le fonctionnement de la cellule à toutes ses échelles d’organisation. La plateforme vise à valoriser les ressources et activités en bioinformatique développées au sein de l’unité aussi bien dans le domaine de l’analyse comparative des génomes, de l’étude des ARNs que de la modélisation structurale des machineries cellulaires. Elle situe au cœur de l’ensemble des 13 plateformes technologiques de l’I2BC, membres d’Infrastructures Nationales en Biologie Santé (FRISBI, FBI, France-Génomique) pour favoriser l’intégration et l’exploitation des données générées par les utilisateurs. Elle offre des services de support pour faciliter et améliorer le traitement des données de séquençage NGS, de protéomique ou de biophysique et organise des formations en bioinformatique en lien étroit avec l’IFB.", "expertise": [], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "https://www.i2bc.paris-saclay.fr/", "unitId": "", "address": "1, Avenue de la Terrasse, Bâtiment 21", "city": "GIF-SUR-YVETTE", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 62, "name": "CEA", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CEA/?format=api" }, { "id": 67, "name": "University Paris-Saclay", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20Paris-Saclay/?format=api" }, { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [], "orgid": null, "tools": [], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/798/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/799/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/798/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/799/?format=api" ], "maintainers": [], "ifbMembership": "Contributing platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "48.704698", "lng": "2.132366", "updated_at": "2025-10-21T13:07:13.094102Z" }, { "id": 40, "name": "EvryRNA", "logo_url": null, "description": "EvryRNA platform is a web server providing various algorithms and bioinformatics tools developed in the laboratory IBISC of UEVE/Genopole, and dedicated to the prediction and the analysis of non-coding RNAs (ncRNAs). These RNAs are regulators of gene expression control and genome stability. They are involved in different biological processes, and some of them, including microRNAs, are known to be involved in many diseases such as cancer and neurodegenerative diseases. Their study provides insight into how living organisms function, including differentiation and cell proliferation, but also to consider new therapeutic approaches for genetic diseases and cancer.", "expertise": [], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "https://evryrna.ibisc.univ-evry.fr/evryrna/", "unitId": "", "address": "2 Rue du Facteur Cheval", "city": "Évry-Courcouronnes", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 62, "name": "CEA", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CEA/?format=api" }, { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [], "orgid": null, "tools": [], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/587/?format=api" ], "technicalLeaders": [], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/587/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/587/?format=api" ], "ifbMembership": "Associated Team", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "48.629863", "lng": "2.424280", "updated_at": "2025-10-21T13:07:13.207385Z" }, { "id": 44, "name": "PRABI-PFGT", "logo_url": "https://www.crcl.fr/app/uploads/2021/01/logo.svg", "description": "La plateforme de Bioinformatique \"Gilles Thomas\", située au Centre Léon Bérard (CLB), a été initiée en 2009 par le Pr. Gilles Thomas pour favoriser l'exploitation de quantités massives de données de séquençage en génomique du cancer. L'équipe est composée de 11 bioinformaticiens et biostatisticiens travaillant sous la direction scientifique d'Alain Viari (Inria). Elle fournit une expertise multidisciplinaire, de la gestion des données à l'interprétation biologique, pour soutenir un large spectre de collaborations allant de la recherche fondamentale aux projets translationnels et aux activités de diagnostic clinique.", "expertise": [], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "https://www.crcl.fr/les-plateformes/plateforme-de-bioinformatique-gilles-thomas/", "unitId": "", "address": "28 Rue Laennec", "city": "Lyon", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" }, { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [], "orgid": null, "tools": [], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/629/?format=api" ], "technicalLeaders": [], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/629/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/629/?format=api" ], "ifbMembership": "Contributing platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "45.776067", "lng": "5.003264", "updated_at": "2025-10-21T13:07:13.112445Z" }, { "id": 33, "name": "Genotoul-biostat", "logo_url": null, "description": "To be completed...", "expertise": [], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "https://perso.math.univ-toulouse.fr/biostat/", "unitId": "", "address": "", "city": "", "country": "", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 4, "name": "IFB - ELIXIR-FR", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB%20-%20ELIXIR-FR/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [], "orgid": null, "tools": [], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [], "technicalLeaders": [], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/243/?format=api" ], "maintainers": [], "ifbMembership": "None", "platforms": [], "is_active": false, "closing_date": "2023-03-13", "lat": null, "lng": null, "updated_at": "2025-10-21T13:07:13.136070Z" }, { "id": 45, "name": "CENTURI-MEP", "logo_url": "https://centuri-livingsystems.org/wp-content/uploads/2018/02/logo-CENTURI-horizontal-azur.png", "description": "La plateforme multi-engineering a été créée en 2019 dans le cadre du projet interdisciplinaire “The Turing Centre for Living Systems” (CENTURI) à Marseille. Les ingénieurs de cette plateforme interdisciplinaire fournissent une expertise en bioinformatique mais également en analyse d’images, en optique, en mécatronique, en neuroscience, en développement logiciel et en gestion de données aux 21 instituts de recherche affiliés au projet CENTURI. Les ingénieurs sont notamment impliqués dans des projets collaboratifs dans lesquels des outils, des logiciels, des méthodes, des bases de données ainsi que du matériel et des techniques de laboratoire sont développés. La plateforme participe à la formation et au transfert technologique de ces développements. Dans ce cadre, des logiciels et des pipelines bioinformatiques sont développés pour les analyses des données -omiques (bulk-RNAseq, single-cell RNAseq, métagénomique, métatranscriptomique, métabarcoding ou encore protéomique) et sont mis à la disposition de la communauté scientifique. En organisant des open desk, des sessions de formation et en mettant en relation les différents laboratoires du projet CENTURI, la plateforme crée un fort esprit de coopération et facilite la diffusion d'informations entre les équipes et la plateforme.", "expertise": [], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "https://centuri-livingsystems.org/multi-engineering-platform/", "unitId": "", "address": "Campus de Luminy – Case 913 13288 MARSEILLE Cedex 09 France", "city": "Marseille", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 98, "name": "CENTURI", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CENTURI/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [], "orgid": null, "tools": [], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/800/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/800/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/800/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/800/?format=api" ], "ifbMembership": "Associated Team", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "43.232835", "lng": "5.440151", "updated_at": "2025-10-21T13:07:13.244386Z" }, { "id": 46, "name": "IMGT", "logo_url": "https://www.imgt.org/images/logo_IMGT.png", "description": "IMGT®, the international ImMunoGeneTics information system®, is the international reference in immunogenetics and immunoinformatics, created in 1989 at the University of Montpellier and the CNRS. IMGT® is a high-quality integrated knowledge resource specialized in the immunoglobulins (IG) or antibodies, T cell receptors (TR), major histocompatibility (MH) of human and other vertebrate species, and in the immunoglobulin superfamily (IgSF), MH superfamily (MhSF) and related proteins of the immune system (RPI) of vertebrates and invertebrates.", "expertise": [], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "https://www.imgt.org/", "unitId": "", "address": "Faculté de Pharmacie, \r\n15 avenue Charles Flahault", "city": "Montpellier Cede 5", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" }, { "id": 99, "name": "University of Montpellier", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20of%20Montpellier/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [], "orgid": null, "tools": [], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/339/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/204/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/204/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/225/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/258/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/310/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/339/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/339/?format=api" ], "ifbMembership": "Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "43.611242", "lng": "3.876733", "updated_at": "2025-10-21T13:07:13.154189Z" }, { "id": 38, "name": "PB-IBENS", "logo_url": "https://www.ibens.bio.ens.psl.eu/squelettes/img/IBENS_logo.png", "description": "La Plateforme Bioinformatique (PB-IBENS) de l'Institut de Biologie de l'ENS (IBENS) définit, développe et déploie les ressources matérielles et logicielles qui répondent aux besoins spécifiques des chercheurs en matière de bioinformatique. Elle est responsable de la maintenance et du déploiement d'un cluster de calcul accessible à tous les partenaires du LABEX Memolife (IBENS, ESPCI, Collège de France).\r\nPB-IBENS assure également la maintenance et le support de serveurs web et de bases de données (Rsat, Genomicus, DiatomicBase, Finsurf) développés par les équipes d'IBENS, dont certains sont labellisés par l'infrastructure européenne Elixir. La plateforme s'implique dans la formation en bioinformatique à l'ENS, organise des séminaires bi-mensuels et participe à des cours externes. PB-IBENS bénéficie de l'environnement scientifique des équipes IBENS afin d'orienter les utilisateurs vers des spécialistes qui pourront répondre à leurs questions techniques liées à leurs analyses spécifiques (Single-Cell, RNASeq, Bioimaging, évolution, etc.).", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_3316", "http://edamontology.org/topic_3489" ], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "https://www.ibens.ens.fr/?rubrique55", "unitId": "UMR8197", "address": "Plateforme Bioinformatique- IBENS\r\nUMR8197-U1024\r\n46 rue d’Ulm", "city": "PARIS", "country": "FRANCE", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [], "publications": [ "", "10.1093/nar/gkab1091" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 90, "name": "IBENS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IBENS/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [], "orgid": "grid.462036.5", "tools": [ "GENOMICUS", "Genomicus-fungi", "Genomicus-metazoa", "Genomicus-Plants", "Genomicus-protists" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/533/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/758/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/647/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/647/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/817/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/647/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/817/?format=api" ], "ifbMembership": "Contributing platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "48.858608", "lng": "2.312949", "updated_at": "2025-10-21T13:07:13.029723Z" }, { "id": 37, "name": "Systems Biomedicine", "logo_url": "https://www.marseille-medical-genetics.org/fileadmin/templates/mmg/imgs/mmg_logo.png", "description": "The Systems Biomedicine team devises computational strategies to transform the deluge of multimodal biomedical data into knowledge for genetic diseases.\r\n\r\nThe advances in high-throughput technologies are providing unprecedented opportunities to better understand human diseases. Recent years have in this context witnessed the accumulation of omics approaches and datasets. Novel technologies, such as single-cell or spatial omics, are constantly arising. Biomedicine is further transitioning from multiomics to multimodal datasets: data are not only available at the molecular omics level, as we now have access to signals and images, but also to various datasets related to disease phenotypes, health databases, or drug chemical similarities. The bottleneck now lies in the analysis and integration of these complex, large-scale and heterogeneous datasets. The Systems Biomedicine team bridges the gaps by harnessing digital expertise and developing novel computational approaches.\r\nThe Systems Biomedicine team is hosting the research group of Paul Villoutreix, laureate of an INSERM Chaire de Professeur Junior.\r\nThe Systems Biomedicine team works in close collaboration with the MABIOS team from the Marseille Mathematics Institute.", "expertise": [], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "https://www.marseille-medical-genetics.org/a-baudot/", "unitId": "", "address": "Faculté de Médecine de la Timone\r\n27 Bd Jean Moulin", "city": "Marseille Cedex 05", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" }, { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [], "orgid": null, "tools": [ "mogamun" ], "services": [], "leaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/722/?format=api" ], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/722/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/657/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/657/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/722/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/657/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/722/?format=api" ], "ifbMembership": "Associated Team", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "43.288900", "lng": "5.402160", "updated_at": "2025-10-21T13:07:13.255224Z" }, { "id": 30, "name": "Inforbio", "logo_url": "https://www.ibps.sorbonne-universite.fr/ressources/images/129/2643,200x,logoInforBio_fond_blanc.png", "description": "La plateforme bioinformatique accessible, reproductible et transparente de l’Institut de Biologie Paris Seine ((ex ARTbio) apporte un soutien aux biologistes et aux médecines pour la génomique fonctionnelle et la médecine de précision. Elle est implantée sur le campus de Jussieu de la faculté des sciences de l’Université de la Sorbonne et est également fortement impliquée dans la recherche clinique en tant que partenaire du SIRIC Curamus qui regroupe les efforts en cancérologie des cinq hôpitaux universitaire de SU. Inforbio exploite deux serveux Galaxy publics, https://mississippi.fr et https://usegalaxy.sorbonne-universite.fr, qui fournissent des environnements pour le profilage de petits ARN et l'analyse de variantes. Il fournit également des serveurs publics pour les analyses R ainsi que pour le stockage des données. Un troisième serveur Galaxy est dédié aux projets des utilisateurs d’Inforbio. Inforbio développe des logiciels de bioinformatique open source, dont la plupart sont disponibles sous forme de plugins Galaxy (plus de 48 outils disponibles sur https://github.com/ARTbio/tools-artbio) Outre l’accompagnement de projets utilisateurs sous contrat, ARTbio maintient ses propres lignes de recherche afin de développer une expertise de haut niveau dans trois domaines spécifiques: la biologie des petits ARN et des petits ARN viraux, les méthodes statistiques et d’apprentissage machine pour l’analyse des ARNseq unicellulaires, et les mutations de prédisposition à la leucémie myéloïde aiguë chez les enfants et les jeunes adultes (partenaire du projet CONECT-AML INCA). ARTbio a défini la formation en bioinformatique comme une priorité absolue pour les années à venir. Ainsi, en plus de l’organisation de sessions de formation régulières, ARTbio est aujourd’hui connu pour son offre de compagnonnage et mène également le projet STARTbio pour un Diplôme Universitaire en Bioinformatique à l’Université Sorbonne, basé sur une approche pratique des analyses ainsi que sur une forte utilisation des outils d’e-learning (vidéoconférences et tutoriels exécutables). ...", "expertise": [], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "https://www.artbio.fr", "unitId": "", "address": "Plateforme de bioinformatique ARTbio\r\nIBPS & Sorbonne Université \r\nBâtiment B, 7ème étage, porte 725.\r\n9, Quai St Bernard, \r\nBoîte courrier 25", "city": "Paris Cedex 05", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" } ], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [], "orgid": null, "tools": [], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/809/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/808/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/41/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/808/?format=api" ], "ifbMembership": "Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "48.846891", "lng": "2.359061", "updated_at": "2025-10-21T13:07:13.033563Z" }, { "id": 42, "name": "BONSAI", "logo_url": "https://www.cristal.univ-lille.fr/bonsai/img/bonsai-rond.jpg", "description": "The team Bonsai has been re-created on January 1, 2011, and is an evolution of the INRIA-LIFL team Sequoia, which was created in 2007. The scientific focus of Bonsai is still very much the same as the one of Sequoia. We work in computational biology, and more specifically o n algorithms for biological sequences analysis. Several topics of Bonsai were already present in Sequoia: Noncoding RNA analysis and non ribosomal peptide synthesis. We also work on further lines of research: Algorithms for Next Generation Sequencing and comparison of sequences at genome scale taking into account rearrangements. These lines of research find their source in the development of new sequencing technologies and the increasing availability of complete genome sequence data. They are supported by strategical collaborations, and they also reinforce the expertise of the team in sequence analysis and genome annotation. The main goal of Bonsai is to define appropriate combinatorial models and efficient algorithms for large-scale sequence analysis in molecular biology.", "expertise": [], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "https://radar.inria.fr/report/2011/bonsai/uid0.html", "unitId": "", "address": "Avenue Henri Poincaré 59655 Villeneuve d'Ascq France", "city": "Villeneuve d'Ascq", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [], "keywords": [], "fields": [], "orgid": null, "tools": [], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/610/?format=api" ], "technicalLeaders": [], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/610/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/610/?format=api" ], "ifbMembership": "Associated Team", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "50.606180", "lng": "3.138530", "updated_at": "2025-10-21T13:07:13.081697Z" }, { "id": 29, "name": "IFB Core", "logo_url": "https://www.ifb-elixir.fr/wp-content/uploads/2025/08/logo-ifb-elixir.png", "description": "La mission de la plateforme IFB-Core est de coordonner l'utilisation des moyens et les activités de l'infrastructure nationale. IFB-core est également l'interlocuteur du réseau ELIXIR, dont l'IFB est le noeud français (ELIXIR-FR). L'UAR IFB-core sert d'interface vis-à-vis de différents acteurs, afin de mettre en place et d'administrer une infrastructure informatique nationale multi-sites (National Network of Computing Resources, NNCR) visant à mutualiser les ressources et fédérer les communautés des sciences de la vie autour d'outils adaptés à leurs besoins.", "expertise": [], "expertise_description": "IFB-core provides scientific, technical and administrative coordination for the infrastructure. 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Elle fédère des bio-informaticiens de différentes unités et instituts de Montpellier (Bioversity, CIRAD, INRA et IRD) ayant une expertise multidisciplinaire en intégration de données, développement de logiciels, analyse de données de séquençage et calcul haute performance. 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Grâce aux compétences de ce personnel dévoué et hautement qualifié, BiRD conseille, propose et développe des services bioinformatiques basés sur des données de séquençage à haut débit. Le BiRD possède une expertise dans l'analyse de données à grande échelle et a développé des flux de travail bio-informatiques dédiés qui normalisent le traitement des données brutes jusqu'à leur importance biologique. Sur la base de ces expertises, nous proposons à nos utilisateurs des formations sur l'analyse des données ou les langages de programmation. 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