Team List
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{ "count": 45, "next": null, "previous": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/?format=api&limit=20&offset=20&ordering=tools", "results": [ { "id": 38, "name": "PB-IBENS", "logo_url": "https://www.ibens.bio.ens.psl.eu/squelettes/img/IBENS_logo.png", "description": "La Plateforme Bioinformatique (PB-IBENS) de l'Institut de Biologie de l'ENS (IBENS) définit, développe et déploie les ressources matérielles et logicielles qui répondent aux besoins spécifiques des chercheurs en matière de bioinformatique. Elle est responsable de la maintenance et du déploiement d'un cluster de calcul accessible à tous les partenaires du LABEX Memolife (IBENS, ESPCI, Collège de France).\r\nPB-IBENS assure également la maintenance et le support de serveurs web et de bases de données (Rsat, Genomicus, DiatomicBase, Finsurf) développés par les équipes d'IBENS, dont certains sont labellisés par l'infrastructure européenne Elixir. La plateforme s'implique dans la formation en bioinformatique à l'ENS, organise des séminaires bi-mensuels et participe à des cours externes. PB-IBENS bénéficie de l'environnement scientifique des équipes IBENS afin d'orienter les utilisateurs vers des spécialistes qui pourront répondre à leurs questions techniques liées à leurs analyses spécifiques (Single-Cell, RNASeq, Bioimaging, évolution, etc.).", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_3316", "http://edamontology.org/topic_3489" ], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "https://www.ibens.ens.fr/?rubrique55", "unitId": "UMR8197", "address": "Plateforme Bioinformatique- IBENS\r\nUMR8197-U1024\r\n46 rue d’Ulm", "city": "PARIS", "country": "FRANCE", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [], "publications": [ "", "10.1093/nar/gkab1091" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 90, "name": "IBENS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IBENS/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [], "orgid": "grid.462036.5", "tools": [ "GENOMICUS", "Genomicus-fungi", "Genomicus-metazoa", "Genomicus-Plants", "Genomicus-protists" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/533/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/758/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/647/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/647/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/817/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/647/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/817/?format=api" ], "ifbMembership": "Contributing platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "48.858608", "lng": "2.312949", "updated_at": "2025-10-21T13:07:13.029723Z" }, { "id": 38, "name": "PB-IBENS", "logo_url": "https://www.ibens.bio.ens.psl.eu/squelettes/img/IBENS_logo.png", "description": "La Plateforme Bioinformatique (PB-IBENS) de l'Institut de Biologie de l'ENS (IBENS) définit, développe et déploie les ressources matérielles et logicielles qui répondent aux besoins spécifiques des chercheurs en matière de bioinformatique. 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Elle fédère des bio-informaticiens de différentes unités et instituts de Montpellier (Bioversity, CIRAD, INRA et IRD) ayant une expertise multidisciplinaire en intégration de données, développement de logiciels, analyse de données de séquençage et calcul haute performance. 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"Parc scientifique Agropolis", "city": "Montpellier", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 86, "name": "the Alliance of Bioversity International and CIAT", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/the%20Alliance%20of%20Bioversity%20International%20and%20CIAT/?format=api" }, { "id": 85, "name": "IRD", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IRD/?format=api" }, { "id": 82, "name": "INRAE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=api" }, { "id": 50, "name": "CIRAD", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CIRAD/?format=api" } ], "publications": [ "10.1371/journal.pcbi.1009321", "10.1186/s13326-023-00289-5", "10.1093/database/baaf048", "10.1371/journal.pcbi.1010622", "10.1093/hr/uhac221", "10.1093/bioinformatics/btab688", "10.1093/database/baac057", "10.1186/s12863-025-01359-6", "10.1016/j.cpb.2016.12.002", 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"Web portals", "SLURM", "Variant calling", "Sequence analysis" ], "fields": [ "Biologie", "Agro-alimentaire", "Environnement", "Biotechnologie", "Informatique" ], "orgid": null, "tools": [ "AgroLD", "Banana_Genome_Hub", "Cocoa_Genome_Hub", "Coffee_Genome_Hub", "culebront", "galaxy", "gemo", "Gigwa", "", "panache", "Rice_Genome_Hub", "", "Sugarcane_Genome_Hub", "toggle", "tremolo" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/174/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/193/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/350/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/536/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/500/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/589/?format=api" ], "members": [ 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Nous intégrons les données de génétique, phénomique et génomique, principalement de plantes, et analysons la dynamique des éléments transposables dans les génomes et les pangénomes.\r\n\r\nL'URGI est certifiée ISO 9001:2015 et fait partie de l'Institut Français de Bioinformatique (IFB), le noeud français d'ELIXIR, l'infrastructure européenne de bioinformatique pour les sciences de la vie. C'est également l'une des quatre plateformes qui forme BioinfOmics, l'infrastructure de recherche en bioinformatique d'INRAE.\r\n\r\nL’URGI propose une gamme de services pour accompagner vos projets, avec des solutions sur mesure et une expertise reconnue :\r\n* Conseils et ressources pour la gestion et l'intégration de données selon les principes FAIR, pour assurer leur accessibilité, interopérabilité et réutilisation\r\n* Développement de portails fédératifs pour faciliter l'accès et l'exploitation de données mondiales (FAIDARE, WheatIS Data Discovery, RARe Data Discovery)\r\n* Analyse avancée des données génomiques avec des outils spécialisés, comme REPET\r\n\r\n---\r\n\r\nURGI (Unit Resources Genomics-Info) is a scientific facility specialised in plant bioinformatics. We publish and integrate genetic, phenomic and genomic data, mainly from plants, and analyse the dynamics of transposable elements in genomes and pangenomes.\r\n\r\nURGI is ISO 9001:2015 certified and part of the “Institut Français de Bioinformatique” (IFB), the French node of ELIXIR, the European bioinformatics infrastructure for the life sciences. It is also one of the four facilities that form BioinfOmics, INRAE’s bioinformatics research infrastructure.\r\n\r\nURGI offers a range of services to support your projects, providing tailor-made solutions and recognised expertise.\r\n* Advices and resources for data management and integration, based on the FAIR principles to ensure accessibility, interoperability, and reusability\r\n* Development of federated portals to facilitate access and exploitation of global data (e.g. FAIDARE, WheatIS Data Discovery, RARe Data Discovery)\r\n* Advanced analysis of genomic data using specialised tools, such as REPET", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_3365", "http://edamontology.org/topic_3299", "http://edamontology.org/topic_0622", "http://edamontology.org/topic_3316", "http://edamontology.org/topic_0780", "http://edamontology.org/topic_3572", "http://edamontology.org/topic_3489", "http://edamontology.org/topic_3366", "http://edamontology.org/topic_0219", "http://edamontology.org/topic_0625", "http://edamontology.org/topic_0091", "http://edamontology.org/topic_3571" ], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "https://urgi.versailles.inrae.fr/", "unitId": "URGI-US1164", "address": "INRAE Centre de Versailles\r\nRD10 - Route de Saint-Cyr\r\n78000 Versailles\r\nFrance", "city": "Versailles", "country": "France", "communities": [], "projects": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/project/ELIXIR-CONVERGE/?format=api" ], "affiliatedWith": [ { "id": 7, "name": "France Génomique", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/France%20G%C3%A9nomique/?format=api" }, { "id": 67, "name": "University Paris-Saclay", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20Paris-Saclay/?format=api" }, { "id": 82, "name": "INRAE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=api" }, { "id": 88, "name": "BioinfOmics", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=api" }, { "id": 4, "name": "IFB - ELIXIR-FR", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB%20-%20ELIXIR-FR/?format=api" } ], "publications": [ "", "10.34133/2019/1671403", "10.1186/s13100-019-0150-y", "10.1007/978-1-4939-6658-5_5", "10.3835/plantgenome2015.06.0038", "10.1093/database/bat058", "10.1007/s00239-003-0007-2", "10.1371/journal.pone.0091929", "10.1371/journal.pone.0016526", "10.1371/journal.pcbi.0010022", "10.1186/s13059-018-1491-4" ], "certifications": [ "Label IBiSA", "France-Génomique", "ISO 9001", "CNOC (INRA)", "CATI - 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Depuis 2003, elle fournit quatre types de services à la communauté des sciences de la vie : une infrastructure ouverte dédiée à l'analyse des données des sciences de la vie (500 Tb, 1000 CPU équivalents), la diffusion de l'expertise en bio-informatique (session annuelle de formation \"Bio-informatique par la pratique\"), la conception et le développement d'applications bioinformatiques (navigateur de génome, bases de données) et l'analyse de données en génomique, métagénomique et métatranscriptomique.", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_0091", "http://edamontology.org/topic_2269" ], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "https://migale.inrae.fr", "unitId": "UR1404", "address": "Domaine de Vilvert\r\nUnité MaIAGE", "city": "Jouy-en-Josas", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 82, "name": "INRAE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=api" }, { "id": 88, "name": "BioinfOmics", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=api" }, { "id": 24, "name": "MaIAGE - Applied Mathematics and Computer Science from Genomes to the Environment", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/MaIAGE%20-%20Applied%20Mathematics%20and%20Computer%20Science%20from%20Genomes%20to%20the%20Environment/?format=api" } ], "publications": [ "10.3389/fimmu.2021.745535", "10.3389/fimmu.2021.742584", "10.1016/j.biortech.2021.126612", "10.3390/nu13113865", "10.1158/1055-9965.epi-21-0188", "10.1128/msystems.00558-21", "10.1038/s41598-021-96967-4", "10.1101/2021.08.18.456644", "10.1038/s41541-021-00351-2", "10.1007/978-1-0716-1641-3_11", "10.1016/j.jenvman.2021.112631", "", "10.1093/bib/bbab318" ], "certifications": [ "Label IBiSA", "France-Génomique", "ISO 9001", "CNOC (INRA)", "CATI - CTAI", "PF stratégique nationale INRA", "RIO" ], "fundedBy": [ { "id": 82, "name": "INRAE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [ "Biologie", "Agro-alimentaire", "Environnement" ], "orgid": "05qdnns64", "tools": [ "gpcrautomodel", "show", "vast" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/561/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/396/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/396/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/473/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/743/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/422/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/744/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/745/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/116/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/561/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/415/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/630/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/396/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/561/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/422/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/743/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/744/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/745/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/630/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/473/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/415/?format=api" ], "ifbMembership": "Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "48.763439", "lng": "2.171437", "updated_at": "2025-10-21T13:07:13.118659Z" }, { "id": 24, "name": "South Green", "logo_url": "https://southgreenplatform.github.io/trainings//images/southgreenlong.png", "description": "South Green est une plateforme bioinformatique dédiée à la génomique des plantes tropicales et méditerranéennes et des pathogènes associés. Elle fédère des bio-informaticiens de différentes unités et instituts de Montpellier (Bioversity, CIRAD, INRA et IRD) ayant une expertise multidisciplinaire en intégration de données, développement de logiciels, analyse de données de séquençage et calcul haute performance. La plateforme a acquis une forte expertise dans le développement de Genome Hubs, des systèmes d'information intégrés, déployés sur plusieurs plantes et en cours d'extension aux pathogènes.", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_3050", "http://edamontology.org/topic_0194", "http://edamontology.org/topic_3673", "http://edamontology.org/topic_3068", "http://edamontology.org/topic_3299", "http://edamontology.org/topic_0219", "http://edamontology.org/topic_3517", "http://edamontology.org/topic_3316", "http://edamontology.org/topic_0769", "http://edamontology.org/topic_0092", "http://edamontology.org/topic_3308", "http://edamontology.org/topic_0114", "http://edamontology.org/topic_3071", "http://edamontology.org/topic_3474" ], "expertise_description": "Expertise on genome analyses in plants and pathogens, workflow development (SnakeMake, Galaxy), data management and visualization, RDF Knowledge.", "linkCovid19": "", "homepage": "http://www.southgreen.fr", "unitId": "", "address": 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Elle propose : le développement de méthodes/protocoles de bio-informatique structurelle, l'hébergement de services et le déploiement en ligne de services du domaine, la formation et conseil dans le domaine et l’hébergement de calculs via PAAS.", "expertise": [], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "http://bioserv.rpbs.univ-paris-diderot.fr/index.html", "unitId": "", "address": "35 rue Hélène Brion", "city": "Paris", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 28, "name": "University Paris-Cité", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20Paris-Cit%C3%A9/?format=api" }, { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" } ], "publications": [ "" ], "certifications": [ "Label IBiSA" ], "fundedBy": [ { "id": 28, "name": "University Paris-Cité", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20Paris-Cit%C3%A9/?format=api" }, { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [ "Biologie", "Biomédical", "Informatique" ], "orgid": null, "tools": [ "fpocket", "frog2", "hca", "hhalign-kbest", "interevdock2", "pep-fold", "pep-sitefinder", "sabbac" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/801/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/802/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/523/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/801/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/802/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/120/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/523/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/583/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/617/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/638/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/523/?format=api" ], "ifbMembership": "Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "48.827664", "lng": "2.380355", "updated_at": "2025-10-21T13:07:13.178118Z" }, { "id": 13, "name": "MBI-DS4H", "logo_url": "https://mbi-ds4h.loria.fr/wp-content/uploads/2021/12/LOGOprovisoireMBI-DS4H-e1638376808693.png", "description": "La plateforme MBI signifie \"Modélisation des biomolécules et de leurs interactions\". Il s'agit essentiellement d'une plateforme de recherche offrant des services dans le cadre de projets scientifiques collaboratifs. Les principales activités de la plateforme concernent la modélisation 3D de protéines en interaction avec des ligands, des protéines, de l'ARN ou de l'ADN ss, ainsi que l'annotation fonctionnelle de biomolécules. Les programmes disponibles comprennent la simulation dynamique moléculaire (logiciel NAMD), l'arrimage rigide très rapide et les programmes de comparaison de formes, qui sont exécutés sur des grappes hybrides de CPU et de GPU. L'expertise en science des données, y compris l'exploration de données symboliques, l'apprentissage machine, l'analyse de graphes complexes, est également disponible pour la bio-informatique et les applications biomédicales.", "expertise": [], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "http://mbi.loria.fr/", "unitId": "", "address": "615 Rue du Jardin Botanique\r\n54600 Villers-lès-Nancy\r\nFrance", "city": "Villers-lès-Nancy", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 72, "name": "Inria Nancy - Grand-Est research centre", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Inria%20Nancy%20-%20Grand-Est%20research%20centre/?format=api" }, { "id": 61, "name": "INRIA", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRIA/?format=api" } ], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 61, "name": "INRIA", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRIA/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [ "Biologie", "Biomédical" ], "orgid": null, "tools": [ "hexserver" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/182/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/527/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/20/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/140/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/527/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/578/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/182/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/111/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/112/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/403/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/182/?format=api" ], "ifbMembership": "Associated Team", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "48.665526", "lng": "6.157679", "updated_at": "2025-10-21T13:07:13.076000Z" }, { "id": 12, "name": "RPBS", "logo_url": "https://bioserv.rpbs.univ-paris-diderot.fr/static/img/logo_RPBS.png", "description": "RPBS est une plateforme dédiée à la bio-informatique structurelle. Elle propose : le développement de méthodes/protocoles de bio-informatique structurelle, l'hébergement de services et le déploiement en ligne de services du domaine, la formation et conseil dans le domaine et l’hébergement de calculs via PAAS.", "expertise": [], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "http://bioserv.rpbs.univ-paris-diderot.fr/index.html", "unitId": "", "address": "35 rue Hélène Brion", "city": "Paris", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 28, "name": "University Paris-Cité", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20Paris-Cit%C3%A9/?format=api" }, { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" } ], "publications": [ "" ], "certifications": [ "Label IBiSA" ], "fundedBy": [ { "id": 28, "name": "University Paris-Cité", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20Paris-Cit%C3%A9/?format=api" }, { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [ "Biologie", "Biomédical", "Informatique" ], "orgid": null, "tools": [ "fpocket", "frog2", "hca", "hhalign-kbest", "interevdock2", "pep-fold", "pep-sitefinder", "sabbac" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/801/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/802/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/523/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/801/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/802/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/120/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/523/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/583/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/617/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/638/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/523/?format=api" ], "ifbMembership": "Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "48.827664", "lng": "2.380355", "updated_at": "2025-10-21T13:07:13.178118Z" }, { "id": 12, "name": "RPBS", "logo_url": "https://bioserv.rpbs.univ-paris-diderot.fr/static/img/logo_RPBS.png", "description": "RPBS est une plateforme dédiée à la bio-informatique structurelle. Elle propose : le développement de méthodes/protocoles de bio-informatique structurelle, l'hébergement de services et le déploiement en ligne de services du domaine, la formation et conseil dans le domaine et l’hébergement de calculs via PAAS.", "expertise": [], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "http://bioserv.rpbs.univ-paris-diderot.fr/index.html", "unitId": "", "address": "35 rue Hélène Brion", "city": "Paris", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 28, "name": "University Paris-Cité", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20Paris-Cit%C3%A9/?format=api" }, { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" } ], "publications": [ "" ], "certifications": [ "Label IBiSA" ], "fundedBy": [ { "id": 28, "name": "University Paris-Cité", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20Paris-Cit%C3%A9/?format=api" }, { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [ "Biologie", "Biomédical", "Informatique" ], "orgid": null, "tools": [ "fpocket", "frog2", "hca", "hhalign-kbest", "interevdock2", "pep-fold", "pep-sitefinder", "sabbac" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/801/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/802/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/523/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/801/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/802/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/120/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/523/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/583/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/617/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/638/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/523/?format=api" ], "ifbMembership": "Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "48.827664", "lng": "2.380355", "updated_at": "2025-10-21T13:07:13.178118Z" }, { "id": 39, "name": "Bio2M", "logo_url": "https://bio2m.fr/public/Logo-Bio2M-V2.png", "description": "The bioinformatic group involved specialists in text algorithm focusing on the design of new tools and structures for RNA-Seq analysis. We have created a new data structure capable of organizing reads for very quickly queries and developed a software (called CRAC) noticed by Nature as a competitor over existing softwares for the analysis of RNA-Seq data (CRAC, Star, …).\r\n\r\n* Transcriptomics - RNA-Seq\r\n* Kmers analysis\r\n - [Transipedia](https://transipedia.fr)", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_3170", "http://edamontology.org/topic_0091", "http://edamontology.org/topic_0203", "http://edamontology.org/topic_0659" ], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "https://bio2m.fr", "unitId": "", "address": "BioInformatiques et BioMarqueurs\r\nINSERM U1183\r\nIRMB - Institut de Médecine Regénérative et Biothérapie\r\nHôpital Saint-Eloi\r\n80, av. 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C’est dans la synergie entre des problématiques biologiques propres et des développements méthodologiques que naît la plus grande part des résultats scientifiques de cette composante. Parmi les thématiques abordées figurent en particulier:\r\nPhylogénie et évolution moléculaire.\r\nGénomique comparative (organismes eucaryotes et procaryotes).\r\nEléments transposables.\r\nIntreractions hôtes-parasites.\r\nStatistiques appliquées à l'écologie et l'évolution.\r\nAnalyse statistique de données en grandes dimensions pour la génomique.", "expertise": [], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "http://doua.prabi.fr/main/index", "unitId": "", "address": "Université Claude Bernard – Lyon 1\r\n43 boulevard du 11 Novembre 1918\r\n69622 Villeurbanne\r\nFrance", "city": "Villeurbanne", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" }, { "id": 59, "name": "LBBE - Laboratory of Biometry and Evolutionary Biology", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/LBBE%20-%20Laboratory%20of%20Biometry%20and%20Evolutionary%20Biology/?format=api" } ], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [ "Biologie", "Biomédical", "Agro-alimentaire", "Environnement" ], "orgid": null, "tools": [ "leBIBI", "seaview" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/489/?format=api" ], "technicalLeaders": [], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/190/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/263/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/311/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/329/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/345/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/352/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/382/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/412/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/163/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/425/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/71/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/80/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/155/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/572/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/577/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/442/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/485/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/498/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/590/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/203/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/222/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/229/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/271/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/546/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/600/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/104/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/220/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/489/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/628/?format=api" ], "maintainers": [], "ifbMembership": "None", "platforms": [], "is_active": false, "closing_date": "2023-03-15", "lat": "45.736972", "lng": "4.796028", "updated_at": "2025-10-21T13:07:13.059740Z" }, { "id": 17, "name": "GenOuest", "logo_url": "https://www.cesgo.org/genouesttest2/wp-content/uploads/sites/9/2017/03/cropped-GO-CMJN-1-e1488463243285.png", "description": "Hébergé à l'INRIA-IRISA, le centre GenOuest offre un environnement bio-informatique complet avec une infrastructure matérielle et logicielle, des bases de données publiques, des logiciels et des flux de travail, le tout avec le soutien associé. Le portefeuille technologique s'appuie sur plusieurs ressources informatiques (cluster, cloud, docker, portail de galaxie), des solutions de gestion de données (BioMAJ). Au cours des années, GenOuest a investi dans le développement d'outils centrés sur les données. Grâce au projet CeSGO, GenOuest propose un ensemble d'outils collaboratifs pour gérer au mieux les projets et les données scientifiques. GenOuest développe des applications bio-informatiques ainsi que la formation et le transfert technologique de nouveaux outils développés par les équipes de recherche de l'Institut.", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_3372", "http://edamontology.org/topic_0605", "http://edamontology.org/topic_3071", "http://edamontology.org/topic_0091", "http://edamontology.org/topic_3571" ], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "https://www.genouest.org/", "unitId": "", "address": "Campus de Beaulieu\r\n263 avenue du Général Leclerc", "city": "Rennes", "country": "France", "communities": [], "projects": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/project/ELIXIR-CONVERGE/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/project/ELIXIR-BIOCONTAINERS/?format=api" ], "affiliatedWith": [ { "id": 75, "name": "Inria Rennes - Bretagne Atlantique Research Centre", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Inria%20Rennes%20-%20Bretagne%20Atlantique%20Research%20Centre/?format=api" }, { "id": 78, "name": "IRISA", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IRISA/?format=api" } ], "publications": [ "10.3390/IECE-10646", "10.1021/acs.jproteome.0c00904", "10.1186/s12915-020-00820-5", "10.1186/s13059-019-1772-6", "" ], "certifications": [ "Label IBiSA", "CNOC (INRA)" ], "fundedBy": [ { "id": 61, "name": "INRIA", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRIA/?format=api" }, { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [ "Biologie", "Biomédical", "Agro-alimentaire", "Environnement", "Biotechnologie" ], "orgid": null, "tools": [ "aphidbase", "askomics", "aureme", "autograph", "biomaj", "commet", "discosnp", "", "germonline", "gatb", "lepidodb", "logol", "mindthegap", "minia", "peppsy", "protomata", "rasta-bacteria", "reprogenomics_viewer" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/805/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/77/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/77/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/529/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/427/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/466/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/497/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/77/?format=api" ], "ifbMembership": "Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "48.112000", "lng": "-1.674300", "updated_at": "2025-10-21T13:07:13.212248Z" }, { "id": 6, "name": "CBiB", "logo_url": "https://services.cbib.u-bordeaux.fr/utils/logo_cbib.png", "description": "Le CBiB est une installation bioinformatique de base qui donne accès à des ressources informatiques de haute performance, à l'analyse de données biologiques et à une expertise en programmation. Ces ressources permettent aux scientifiques et aux laboratoires privés de répondre aux besoins en bioinformatique de leurs recherches de manière efficace et rentable. Nous offrons des technologies de pointe pour travailler avec des données cliniques, translationnelles et de sciences fondamentales, de l'acquisition et du stockage à l'analyse et au partage. Nos ressources sont sécurisées et conformes aux normes. De quelques échantillons à plusieurs dizaines de milliers, le Centre de bio-informatique fournit des services complets d'analyse et d'intégration d'ADN, d'ARN, de métabolomique, de protéomique et de données d'images.", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_3391", "http://edamontology.org/topic_3517", "http://edamontology.org/topic_3941", "http://edamontology.org/topic_0121", "http://edamontology.org/topic_0203", "http://edamontology.org/topic_0196", "http://edamontology.org/topic_0080", "http://edamontology.org/topic_0091", "http://edamontology.org/topic_3307" ], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "https://www.cbib.u-bordeaux.fr/", "unitId": "", "address": "146 Rue Léo Saignat\r\n33076 Bordeaux\r\nFrance", "city": "Bordeaux", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [], "publications": [ "" ], "certifications": [ "Label IBiSA", "ISO 9001", "CNOC (INRA)", "NF X50-900" ], "fundedBy": [ { "id": 91, "name": "University of Bordeaux", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20of%20Bordeaux/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [ "Biologie", "Biomédical", "Agro-alimentaire", "Environnement" ], "orgid": "057qpr032", "tools": [ "xeml-lab", "mix", "molligen", "tango", "xheinz" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/467/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/268/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/268/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/34/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/154/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/67/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/467/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/34/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/268/?format=api" ], "ifbMembership": "Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "44.824860", "lng": "-0.608450", "updated_at": "2025-10-21T13:07:13.146400Z" }, { "id": 17, "name": "GenOuest", "logo_url": "https://www.cesgo.org/genouesttest2/wp-content/uploads/sites/9/2017/03/cropped-GO-CMJN-1-e1488463243285.png", "description": "Hébergé à l'INRIA-IRISA, le centre GenOuest offre un environnement bio-informatique complet avec une infrastructure matérielle et logicielle, des bases de données publiques, des logiciels et des flux de travail, le tout avec le soutien associé. Le portefeuille technologique s'appuie sur plusieurs ressources informatiques (cluster, cloud, docker, portail de galaxie), des solutions de gestion de données (BioMAJ). Au cours des années, GenOuest a investi dans le développement d'outils centrés sur les données. Grâce au projet CeSGO, GenOuest propose un ensemble d'outils collaboratifs pour gérer au mieux les projets et les données scientifiques. GenOuest développe des applications bio-informatiques ainsi que la formation et le transfert technologique de nouveaux outils développés par les équipes de recherche de l'Institut.", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_3372", "http://edamontology.org/topic_0605", "http://edamontology.org/topic_3071", "http://edamontology.org/topic_0091", "http://edamontology.org/topic_3571" ], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "https://www.genouest.org/", "unitId": "", "address": "Campus de Beaulieu\r\n263 avenue du Général Leclerc", "city": "Rennes", "country": "France", "communities": [], "projects": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/project/ELIXIR-CONVERGE/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/project/ELIXIR-BIOCONTAINERS/?format=api" ], "affiliatedWith": [ { "id": 75, "name": "Inria Rennes - Bretagne Atlantique Research Centre", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Inria%20Rennes%20-%20Bretagne%20Atlantique%20Research%20Centre/?format=api" }, { "id": 78, "name": "IRISA", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IRISA/?format=api" } ], "publications": [ "10.3390/IECE-10646", "10.1021/acs.jproteome.0c00904", "10.1186/s12915-020-00820-5", "10.1186/s13059-019-1772-6", "" ], "certifications": [ "Label IBiSA", "CNOC (INRA)" ], "fundedBy": [ { "id": 61, "name": "INRIA", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRIA/?format=api" }, { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [ "Biologie", "Biomédical", "Agro-alimentaire", "Environnement", "Biotechnologie" ], "orgid": null, "tools": [ "aphidbase", "askomics", "aureme", "autograph", "biomaj", "commet", "discosnp", "", "germonline", "gatb", "lepidodb", "logol", "mindthegap", "minia", "peppsy", "protomata", "rasta-bacteria", "reprogenomics_viewer" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/805/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/77/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/77/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/529/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/427/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/466/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/497/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/77/?format=api" ], "ifbMembership": "Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "48.112000", "lng": "-1.674300", "updated_at": "2025-10-21T13:07:13.212248Z" }, { "id": 7, "name": "ATGC", "logo_url": "https://www.lirmm.fr/wp-content/uploads/sites/3/2025/11/ATGClogo_LIRMM-300x105-1.jpg", "description": "The bioinformatics platform ATGC is supported by a research team from LIRMM. It has the triple vocation of disseminating the bioinformatics tools developed within the Montpellier community, of encouraging collaborations between computer scientists and biologists, and of providing assistance to these researchers by setting up bioinformatics services directly related to their work. The tools it offers are accessible online free of charge. They can be downloaded and/or run on Cluster IO from Montpellier Mésocentre (ISDM). A major axis of the platform concerns evolutionary studies.", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_3372" ], "expertise_description": "The ATGC platform aims to braodcast the software systems developed by MAB Team from LIRMM.\r\nThe MAB team (Methods and Algorithms for Bioinformatics) proposes mathematical and algorithmic methods (text and tree algorithms, combinatorial algorithms and optimization, probabilistic modeling, statistical machine learning) to address biological issues such as evolution, phylogeny, comparative genomics", "linkCovid19": "", "homepage": "http://www.atgc-montpellier.fr/", "unitId": "UMR5506", "address": "860 rue Saint Priest", "city": "Montpellier", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 73, "name": "LIRMM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/LIRMM/?format=api" } ], "publications": [ "10.1007/978-3-642-00982-2_60", "10.1186/1471-2105-9-166", "10.1093/sysbio/syq002", "10.1093/oxfordjournals.molbev.a025808", "10.1080/10635150390235520", "10.1093/nar/gki352", "10.1093/bioinformatics/bti713", "10.1080/10635150600755453", "10.1080/10635150701639754", "10.1093/molbev/msn067", "10.1098/rstb.2008.0180", "10.1186/1471-2105-9-413", "10.1080/10635150600969872", "", "10.1093/sysbio/syq010", "10.1093/nar/gkn180" ], "certifications": [ "Label IBiSA" ], "fundedBy": [ { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" }, { "id": 99, "name": "University of Montpellier", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20of%20Montpellier/?format=api" } ], "keywords": [ "Phylogeny", "Evolution and Phylogeny", "Text mining", "Structural genomics" ], "fields": [ "Biologie", "Biomédical", "Agro-alimentaire", "Environnement", "Biotechnologie" ], "orgid": null, "tools": [ "bionj", "compphy", "crac", "fastme", "lordec", "mpscan", "phylogeny.fr", "phyml" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/528/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/282/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/830/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/528/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/443/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/50/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/76/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/108/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/118/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/282/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/411/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/480/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/585/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/443/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/830/?format=api" ], "ifbMembership": "Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "43.636878", "lng": "3.841811", "updated_at": "2025-11-27T13:24:55.215918Z" }, { "id": 14, "name": "BiGEst", "logo_url": "https://bigest.unistra.fr/images/logo_bigest.png", "description": "The BiGEst platform is a network of platforms and teams providing bioinformatics services in Strasbourg. It is supported by 8 facilities from CNRS, INSERM, and the University of Strasbourg: GMGM, IBMC, IBMP, ICube, IGBMC, INCI, IPHC, and LNCA.\r\nIts missions are to deploy a shared computing and storage infrastructure dedicated to bioinformatics, to provide scientific and technical expertises and to organize training sessions to the scientific community.", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_2815", "http://edamontology.org/topic_3391", "http://edamontology.org/topic_3365", "http://edamontology.org/topic_0121", "http://edamontology.org/topic_3174", "http://edamontology.org/topic_0203", "http://edamontology.org/topic_3169", "http://edamontology.org/topic_0196", "http://edamontology.org/topic_3170", "http://edamontology.org/topic_3372" ], "expertise_description": "BigEst provides expertise, bioinformatics tools and resources, as well as data-mining algorithms focused on evolutionary and functional analyses across various application areas, including biomedical, plant, structural, yeast, and bacterial studies.", "linkCovid19": "", "homepage": "http://bigest.unistra.fr/", "unitId": "", "address": "300 boulevard Sébastien Brant\r\n67412 Illkirch Graffenstaden", "city": "Strasbourg", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 29, "name": "ICube - Engineering Science Computer Science and Imaging Laboratory", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/ICube%20-%20Engineering%20Science%20Computer%20Science%20and%20Imaging%20Laboratory/?format=api" }, { "id": 79, "name": "IBMP", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IBMP/?format=api" }, { "id": 92, "name": "IPHC - Hubert Curien Pluridisciplinary Institute", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IPHC%20-%20Hubert%20Curien%20Pluridisciplinary%20Institute/?format=api" }, { "id": 83, "name": "IGBMC", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IGBMC/?format=api" } ], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" } ], "keywords": [ "NGS Data Analysis", "Machine learning", "Bioinformatics & Biomedical", "Bioinformatics and Plant Genomics", "Assembly of genomes and transcriptomes", "Cluster", "Data collection curation" ], "fields": [ "Biologie", "Biomédical", "Environnement", "Biotechnologie" ], "orgid": null, "tools": [ "assemble2", "macsims", "ngs-qc_generator", "orthoinspector", "pipealign", "" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/604/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/124/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/833/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/124/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/789/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/792/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/233/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/340/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/478/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/563/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/604/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/124/?format=api" ], "ifbMembership": "Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "48.526234", "lng": "7.736750", "updated_at": "2025-12-01T13:06:36.361961Z" }, { "id": 11, "name": "Pasteur HUB", "logo_url": "https://hub-portal.pasteur.cloud/logo-hub.png", "description": "Le centre de bioinformatique et de biostatistique est la partie service du département de biologie informatique. L’équipe du Hub comprend 50 experts en biostatistique et en bioinformatique. Créé en 2015, le C3BI comprend cinq unités de recherche en biologie computationnelle et le Hub de bioinformatique et biostatistique. La mission du centre est de développer la recherche méthodologique en bioinformatique et biostatistique, de donner une visibilité internationale à l'Institut Pasteur dans ce domaine, d'offrir un soutien aux unités de recherche expérimentale, et de développer les compétences informatiques et analytiques du campus. Les activités de la plateforme comprennent la participation à des projets de recherche et d'analyse, des missions sur le terrain au sein des unités et des plateformes du campus, des sessions de formation et d'enseignement ouvertes à nos partenaires, et fournissent un certain nombre de ressources à la communauté nationale et internationale. L’équipe du Hub et l’ensemble du département ont une longue expérience dans le développement de sites web (par exemple NGPhylogeny.fr), les calculs intensifs et la gestion des données de santé.", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_3372" ], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "https://research.pasteur.fr/en/team/bioinformatics-and-biostatistics-hub/", "unitId": "", "address": "25 Rue du Dr Roux", "city": "Paris", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 48, "name": "Institut Pasteur", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Institut%20Pasteur/?format=api" } ], "publications": [ "", "10.21105/joss.00698", "10.1093/bioinformatics/btab070" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 48, "name": "Institut Pasteur", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Institut%20Pasteur/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [ "Biologie", "Biomédical" ], "orgid": null, "tools": [ "edam-browser", "fqtools", "macsyfinder", "memhdx", "sartools", "shaman", "syntview", "VHRdb" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/432/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/432/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/251/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/461/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/73/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/432/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/184/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/408/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/414/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/379/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/432/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/73/?format=api" ], "ifbMembership": "Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "48.840351", "lng": "2.310813", "updated_at": "2025-10-21T13:07:13.054323Z" }, { "id": 11, "name": "Pasteur HUB", "logo_url": "https://hub-portal.pasteur.cloud/logo-hub.png", "description": "Le centre de bioinformatique et de biostatistique est la partie service du département de biologie informatique. 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