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{ "count": 45, "next": null, "previous": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/?format=api&limit=20&offset=20&ordering=scientificLeaders", "results": [ { "id": 44, "name": "PRABI-PFGT", "logo_url": "https://www.crcl.fr/app/uploads/2021/01/logo.svg", "description": "La plateforme de Bioinformatique \"Gilles Thomas\", située au Centre Léon Bérard (CLB), a été initiée en 2009 par le Pr. Gilles Thomas pour favoriser l'exploitation de quantités massives de données de séquençage en génomique du cancer. L'équipe est composée de 11 bioinformaticiens et biostatisticiens travaillant sous la direction scientifique d'Alain Viari (Inria). Elle fournit une expertise multidisciplinaire, de la gestion des données à l'interprétation biologique, pour soutenir un large spectre de collaborations allant de la recherche fondamentale aux projets translationnels et aux activités de diagnostic clinique.", "expertise": [], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "https://www.crcl.fr/les-plateformes/plateforme-de-bioinformatique-gilles-thomas/", "unitId": "", "address": "28 Rue Laennec", "city": "Lyon", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" }, { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [], "orgid": null, "tools": [], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/629/?format=api" ], "technicalLeaders": [], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/629/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/629/?format=api" ], "ifbMembership": "Contributing platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "45.776067", "lng": "5.003264", "updated_at": "2025-10-21T13:07:13.112445Z" }, { "id": 5, "name": "INCa-SLC", "logo_url": null, "description": "Cette structure a été créée à l'initiative de l'INCa dans le cadre de sa participation à l'\"International Cancer Genome Consortium\" (ICGC).\r\n \r\nElle a trois missions :\r\n1 collecter ou préparer puis valider les acides nucléiques (ADN normal, ADN tumoral, ARN tumoral,...) qui seront examinés avec les techniques de la génomique: puce de génotypage, puce d'expression, RNA-seq, DNA-‐eq en génomes complets et en éxomes),\r\n2 assurer la liaison avec les centres de génomique (académiques ou privés) réalisant le séquençage haut-‐débit,\r\n3 effectuer l'analyse des données de séquence transmises par ces centres de manière à en extraire l'information (variants somatiques et structuraux, nombre de copie, niveaux d'expression en RNA-‐seq) utile aux équipes biomédicales.\r\n \r\nPour remplir sa mission, la plateforme a développé une application Internet permettant d'assurer la gestion de grands projets multicentriques en toute transparence pour les collaborateurs. Elle a mis en place des procédures de contrôle qualité des échantillons à analyser. Elle dessine et automatise des pipelines d'analyse pour les données de génomique qu'elle reçoit.", "expertise": [], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "http://www.synergielyoncancer.fr/", "unitId": "", "address": "28 rue Laënnec\r\nFondation Synergie Lyon Cancer, Bât. Cheney D\r\n69008 Lyon\r\nFrance", "city": "Lyon", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 4, "name": "IFB - ELIXIR-FR", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB%20-%20ELIXIR-FR/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [ "Biologie", "Biomédical" ], "orgid": null, "tools": [], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/629/?format=api" ], "technicalLeaders": [], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/335/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/505/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/38/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/218/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/364/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/568/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/579/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/603/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/606/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/620/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/629/?format=api" ], "maintainers": [], "ifbMembership": "None", "platforms": [], "is_active": false, "closing_date": "2023-03-15", "lat": "45.735673", "lng": "4.887571", "updated_at": "2025-10-21T13:07:13.251070Z" }, { "id": 22, "name": "Genotoul-bioinfo", "logo_url": "https://bioinfo.genotoul.fr/wp-content/uploads/bioinfo_logo-rvb-petit.png", "description": "The Genotoul-Bioinfo facility is part of the Genotoul GIS. It is a team of the INRAE MIAT unit, part of the MathNum department and member of BioinfOmics (IR INRAE). It has been set up in 2000. Since 2009, it is one of the 13 IBISA bioinformatics platforms. Its missions are to provide computing and storage infrastructure dedicated to bioinformatics (software and databases are available on request) to approximately 1 200 users, to support biologists' projects mainly through collaboration and training, and to develop software for biologists and bioinformaticians.\r\nThe computing and storage infrastructure is composed by around 5000 cores, 83 Tera Byte memory and more than 7.5 Peta Byte disk space.", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_0091" ], "expertise_description": "The GenoToul bioinformatics facility provides access to high-performance computing resources, data analysis and programming expertise. Its permanent staff has many years of experience in supporting scientific programmes in biology and bioinformatics. The main axis of development and scientific support include high throughput sequencing data processing ((meta)genomic, pangenomic and biostatistics).", "linkCovid19": "", "homepage": "https://bioinfo.genotoul.fr/", "unitId": "", "address": "24 Chemin de Borde Rouge", "city": "Castanet Tolosan", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 37, "name": "MIAT - Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/MIAT%20-%20Math%C3%A9matiques%20et%20Informatique%20Appliqu%C3%A9es%20de%20Toulouse/?format=api" }, { "id": 82, "name": "INRAE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=api" }, { "id": 88, "name": "BioinfOmics", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=api" }, { "id": 108, "name": "Genotoul", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Genotoul/?format=api" } ], "publications": [ "10.1038/s41467-024-49025-2", "10.1038/s41598-024-60938-2", "10.1038/s41467-024-51032-2", "10.1038/s41467-024-54042-2", "10.21105/joss.06782", "10.3389/fmicb.2024.1377047", "10.21105/joss.06272", "10.1016/j.bbadis.2024.167118", "10.1186/s13059-024-03384-7", "10.1111/zsc.12643", "10.1080/15476286.2024.2417152", "10.1111/mec.17425", "10.1186/s13567-024-01329-3", "10.1128/mbio.02428-24", "10.1038/s41598-021-01066-z", "10.1016/j.cub.2021.08.030", "10.1093/molbev/msaa249", "10.1038/s41467-021-21094-7", "10.1007/978-3-030-73249-3_34", "10.1016/j.msom.2021.10.020", "10.1080/15476286.2020.1869892", "10.7717/peerj.11885", "10.1093/ve/veab093", "10.3389/fgene.2021.655707", "10.1111/raq.12542", "10.7554/eLife.62858", "10.3390/md19080452", "10.3389/fgene.2021.659287", "10.1016/j.isci.2020.101927", "10.1371/journal.pcbi.1009321", "" ], "certifications": [ "Label IBiSA", "France-Génomique", "ISO 9001", "CNOC (INRA)", "NF X50-900", "PF stratégique nationale INRA" ], "fundedBy": [ { "id": 82, "name": "INRAE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=api" } ], "keywords": [ "Biostatistics", "Pangenomic", "Metagenomics", "Small and long non-coding RNAs", "Cluster" ], "fields": [ "Biologie", "Biomédical", "Agro-alimentaire", "Environnement", "Biotechnologie" ], "orgid": null, "tools": [ "metagwgs" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/642/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/300/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/642/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/822/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/739/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/243/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/835/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/823/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/824/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/836/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/825/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/300/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/338/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/827/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/828/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/659/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/344/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/470/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/615/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/300/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/739/?format=api" ], "ifbMembership": "Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "43.515910", "lng": "1.498640", "updated_at": "2025-12-01T11:00:08.920021Z" }, { "id": 39, "name": "Bio2M", "logo_url": "https://bio2m.fr/public/Logo-Bio2M-V2.png", "description": "The bioinformatic group involved specialists in text algorithm focusing on the design of new tools and structures for RNA-Seq analysis. We have created a new data structure capable of organizing reads for very quickly queries and developed a software (called CRAC) noticed by Nature as a competitor over existing softwares for the analysis of RNA-Seq data (CRAC, Star, …).\r\n\r\n* Transcriptomics - RNA-Seq\r\n* Kmers analysis\r\n - [Transipedia](https://transipedia.fr)", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_3170", "http://edamontology.org/topic_0091", "http://edamontology.org/topic_0203", "http://edamontology.org/topic_0659" ], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "https://bio2m.fr", "unitId": "", "address": "BioInformatiques et BioMarqueurs\r\nINSERM U1183\r\nIRMB - Institut de Médecine Regénérative et Biothérapie\r\nHôpital Saint-Eloi\r\n80, av. Augustin Fliche", "city": "Montpellier", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 4, "name": "IFB - ELIXIR-FR", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB%20-%20ELIXIR-FR/?format=api" } ], "publications": [ "10.1186/1471-2105-12-242", "", "10.1186/gb-2013-14-3-r30", "10.1093/nargab/lqab058" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" }, { "id": 99, "name": "University of Montpellier", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20of%20Montpellier/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [ "Biologie" ], "orgid": null, "tools": [ "kmerator" ], "services": [], "leaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/130/?format=api" ], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/130/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/643/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/643/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/130/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/760/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/761/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/643/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/643/?format=api" ], "ifbMembership": "Contributing platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "43.624386", "lng": "3.868455", "updated_at": "2025-10-21T13:07:13.043036Z" }, { "id": 29, "name": "IFB Core", "logo_url": "https://www.ifb-elixir.fr/wp-content/uploads/2025/08/logo-ifb-elixir.png", "description": "La mission de la plateforme IFB-Core est de coordonner l'utilisation des moyens et les activités de l'infrastructure nationale. IFB-core est également l'interlocuteur du réseau ELIXIR, dont l'IFB est le noeud français (ELIXIR-FR). L'UAR IFB-core sert d'interface vis-à-vis de différents acteurs, afin de mettre en place et d'administrer une infrastructure informatique nationale multi-sites (National Network of Computing Resources, NNCR) visant à mutualiser les ressources et fédérer les communautés des sciences de la vie autour d'outils adaptés à leurs besoins.", "expertise": [], "expertise_description": "IFB-core provides scientific, technical and administrative coordination for the infrastructure. The unit manages the administrative requirements of IFB/ELIXIR-FR, coordinates the national network of bioinformatics computing and storage infrastructures, structures the pooling of tools, services and training for the community, and represents France within ELIXIR.", "linkCovid19": "", "homepage": "https://www.france-bioinformatique.fr/", "unitId": "UAR_3601", "address": "IFB-core\r\n7 rue Guy Moquet", "city": "Villejuif", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" } ], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 62, "name": "CEA", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CEA/?format=api" }, { "id": 82, "name": "INRAE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=api" }, { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" }, { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" } ], "keywords": [ "HPC", "Cloud Computing" ], "fields": [], "orgid": null, "tools": [ "fair-checker" ], "services": [], "leaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/644/?format=api" ], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/644/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/624/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/59/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/563/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/362/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/782/?format=api", 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of multimodal biomedical data into knowledge for genetic diseases.\r\n\r\nThe advances in high-throughput technologies are providing unprecedented opportunities to better understand human diseases. Recent years have in this context witnessed the accumulation of omics approaches and datasets. Novel technologies, such as single-cell or spatial omics, are constantly arising. Biomedicine is further transitioning from multiomics to multimodal datasets: data are not only available at the molecular omics level, as we now have access to signals and images, but also to various datasets related to disease phenotypes, health databases, or drug chemical similarities. The bottleneck now lies in the analysis and integration of these complex, large-scale and heterogeneous datasets. The Systems Biomedicine team bridges the gaps by harnessing digital expertise and developing novel computational approaches.\r\nThe Systems Biomedicine team is hosting the research group of Paul Villoutreix, laureate of an INSERM Chaire de Professeur Junior.\r\nThe Systems Biomedicine team works in close collaboration with the MABIOS team from the Marseille Mathematics Institute.", "expertise": [], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "https://www.marseille-medical-genetics.org/a-baudot/", "unitId": "", "address": "Faculté de Médecine de la Timone\r\n27 Bd Jean Moulin", "city": "Marseille Cedex 05", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" }, { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [], "orgid": null, "tools": [ "mogamun" ], "services": [], "leaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/722/?format=api" ], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/722/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/657/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/657/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/722/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/657/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/722/?format=api" ], "ifbMembership": "Associated Team", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "43.288900", "lng": "5.402160", "updated_at": "2025-10-21T13:07:13.255224Z" }, { "id": 28, "name": "DAC", "logo_url": "https://plateforme.institutducerveau-icm.org/app/uploads/sites/14/2021/06/cropped-data-analysis-core_2-coul_rvb_gb.png", "description": "Le Data Analysis Core (DAC) apporte au Paris Brain Institute un soutien structurel et une expertise dans le traitement, l'intégration, l'analyse et la gestion de données de plus en plus complexes et volumineuses.\r\nNous accompagnons les scientifiques et les cliniciens depuis la conception des études jusqu'à l'interprétation des données.", "expertise": [], "expertise_description": "Expertise dans le traitement, l'intégration, l'analyse et la gestion de données de plus en plus complexes et volumineuses.", "linkCovid19": "", "homepage": "https://dac.institutducerveau-icm.org/", "unitId": "", "address": "47 boulevard de l'Hôpital", "city": "Paris", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" }, { "id": 41, "name": "Paris Brain Institute", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Paris%20Brain%20Institute/?format=api" } ], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" }, { "id": 41, "name": "Paris Brain Institute", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Paris%20Brain%20Institute/?format=api" } ], "keywords": [ "REDCap", "TumoroteK", "Data management and transfer" ], "fields": [ "Biologie", "Biomédical", "Biotechnologie", "Informatique" ], "orgid": null, "tools": [], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/766/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/767/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/373/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/656/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/239/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/656/?format=api" ], "ifbMembership": "Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "48.840212", "lng": "2.363200", "updated_at": "2025-12-01T09:30:20.960116Z" }, { "id": 43, "name": "BIOI2", "logo_url": "https://www.i2bc.paris-saclay.fr/wp-content/uploads/2021/01/logo-i2bc-white-1-130x106.png", "description": "La plateforme BIOi2 (ex I2BC bioinfo) est rattachée à l’Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Unité Mixte de Recherche (CEA, CNRS, Université Paris-Saclay) qui regroupe plus de 600 personnes dédiées à la recherche sur le fonctionnement de la cellule à toutes ses échelles d’organisation. La plateforme vise à valoriser les ressources et activités en bioinformatique développées au sein de l’unité aussi bien dans le domaine de l’analyse comparative des génomes, de l’étude des ARNs que de la modélisation structurale des machineries cellulaires. Elle situe au cœur de l’ensemble des 13 plateformes technologiques de l’I2BC, membres d’Infrastructures Nationales en Biologie Santé (FRISBI, FBI, France-Génomique) pour favoriser l’intégration et l’exploitation des données générées par les utilisateurs. 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Les ingénieurs de cette plateforme interdisciplinaire fournissent une expertise en bioinformatique mais également en analyse d’images, en optique, en mécatronique, en neuroscience, en développement logiciel et en gestion de données aux 21 instituts de recherche affiliés au projet CENTURI. Les ingénieurs sont notamment impliqués dans des projets collaboratifs dans lesquels des outils, des logiciels, des méthodes, des bases de données ainsi que du matériel et des techniques de laboratoire sont développés. La plateforme participe à la formation et au transfert technologique de ces développements. Dans ce cadre, des logiciels et des pipelines bioinformatiques sont développés pour les analyses des données -omiques (bulk-RNAseq, single-cell RNAseq, métagénomique, métatranscriptomique, métabarcoding ou encore protéomique) et sont mis à la disposition de la communauté scientifique. En organisant des open desk, des sessions de formation et en mettant en relation les différents laboratoires du projet CENTURI, la plateforme crée un fort esprit de coopération et facilite la diffusion d'informations entre les équipes et la plateforme.", "expertise": [], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "https://centuri-livingsystems.org/multi-engineering-platform/", "unitId": "", "address": "Campus de Luminy – Case 913 13288 MARSEILLE Cedex 09 France", "city": "Marseille", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 98, "name": "CENTURI", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CENTURI/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [], "orgid": null, "tools": [], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/800/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/800/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/800/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/800/?format=api" ], "ifbMembership": "Associated Team", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "43.232835", "lng": "5.440151", "updated_at": "2025-10-21T13:07:13.244386Z" }, { "id": 12, "name": "RPBS", "logo_url": "https://bioserv.rpbs.univ-paris-diderot.fr/static/img/logo_RPBS.png", "description": "RPBS est une plateforme dédiée à la bio-informatique structurelle. 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Le portefeuille technologique s'appuie sur plusieurs ressources informatiques (cluster, cloud, docker, portail de galaxie), des solutions de gestion de données (BioMAJ). Au cours des années, GenOuest a investi dans le développement d'outils centrés sur les données. Grâce au projet CeSGO, GenOuest propose un ensemble d'outils collaboratifs pour gérer au mieux les projets et les données scientifiques. GenOuest développe des applications bio-informatiques ainsi que la formation et le transfert technologique de nouveaux outils développés par les équipes de recherche de l'Institut.", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_3372", "http://edamontology.org/topic_0605", "http://edamontology.org/topic_3071", "http://edamontology.org/topic_0091", "http://edamontology.org/topic_3571" ], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "https://www.genouest.org/", "unitId": "", "address": "Campus de Beaulieu\r\n263 avenue du Général Leclerc", "city": "Rennes", "country": "France", "communities": [], "projects": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/project/ELIXIR-CONVERGE/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/project/ELIXIR-BIOCONTAINERS/?format=api" ], "affiliatedWith": [ { "id": 75, "name": "Inria Rennes - Bretagne Atlantique Research Centre", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Inria%20Rennes%20-%20Bretagne%20Atlantique%20Research%20Centre/?format=api" }, { "id": 78, "name": "IRISA", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IRISA/?format=api" } ], "publications": [ "10.3390/IECE-10646", "10.1021/acs.jproteome.0c00904", "10.1186/s12915-020-00820-5", "10.1186/s13059-019-1772-6", "" ], "certifications": [ "Label IBiSA", "CNOC (INRA)" ], "fundedBy": [ { "id": 61, "name": "INRIA", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRIA/?format=api" }, { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [ "Biologie", "Biomédical", "Agro-alimentaire", "Environnement", "Biotechnologie" ], "orgid": null, "tools": [ "aphidbase", "askomics", "aureme", "autograph", "biomaj", "commet", "discosnp", "", "germonline", "gatb", "lepidodb", "logol", "mindthegap", "minia", "peppsy", "protomata", "rasta-bacteria", "reprogenomics_viewer" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/805/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/77/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/77/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/529/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/427/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/466/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/497/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/77/?format=api" ], "ifbMembership": "Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "48.112000", "lng": "-1.674300", "updated_at": "2025-10-21T13:07:13.212248Z" }, { "id": 30, "name": "Inforbio", "logo_url": "https://www.ibps.sorbonne-universite.fr/ressources/images/129/2643,200x,logoInforBio_fond_blanc.png", "description": "La plateforme bioinformatique accessible, reproductible et transparente de l’Institut de Biologie Paris Seine ((ex ARTbio) apporte un soutien aux biologistes et aux médecines pour la génomique fonctionnelle et la médecine de précision. Elle est implantée sur le campus de Jussieu de la faculté des sciences de l’Université de la Sorbonne et est également fortement impliquée dans la recherche clinique en tant que partenaire du SIRIC Curamus qui regroupe les efforts en cancérologie des cinq hôpitaux universitaire de SU. Inforbio exploite deux serveux Galaxy publics, https://mississippi.fr et https://usegalaxy.sorbonne-universite.fr, qui fournissent des environnements pour le profilage de petits ARN et l'analyse de variantes. Il fournit également des serveurs publics pour les analyses R ainsi que pour le stockage des données. Un troisième serveur Galaxy est dédié aux projets des utilisateurs d’Inforbio. Inforbio développe des logiciels de bioinformatique open source, dont la plupart sont disponibles sous forme de plugins Galaxy (plus de 48 outils disponibles sur https://github.com/ARTbio/tools-artbio) Outre l’accompagnement de projets utilisateurs sous contrat, ARTbio maintient ses propres lignes de recherche afin de développer une expertise de haut niveau dans trois domaines spécifiques: la biologie des petits ARN et des petits ARN viraux, les méthodes statistiques et d’apprentissage machine pour l’analyse des ARNseq unicellulaires, et les mutations de prédisposition à la leucémie myéloïde aiguë chez les enfants et les jeunes adultes (partenaire du projet CONECT-AML INCA). ARTbio a défini la formation en bioinformatique comme une priorité absolue pour les années à venir. Ainsi, en plus de l’organisation de sessions de formation régulières, ARTbio est aujourd’hui connu pour son offre de compagnonnage et mène également le projet STARTbio pour un Diplôme Universitaire en Bioinformatique à l’Université Sorbonne, basé sur une approche pratique des analyses ainsi que sur une forte utilisation des outils d’e-learning (vidéoconférences et tutoriels exécutables). ...", "expertise": [], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "https://www.artbio.fr", "unitId": "", "address": "Plateforme de bioinformatique ARTbio\r\nIBPS & Sorbonne Université \r\nBâtiment B, 7ème étage, porte 725.\r\n9, Quai St Bernard, \r\nBoîte courrier 25", "city": "Paris Cedex 05", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" } ], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [], "orgid": null, "tools": [], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/809/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/808/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/41/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/808/?format=api" ], "ifbMembership": "Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "48.846891", "lng": "2.359061", "updated_at": "2025-10-21T13:07:13.033563Z" }, { "id": 33, "name": "Genotoul-biostat", "logo_url": null, "description": "To be completed...", "expertise": [], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "https://perso.math.univ-toulouse.fr/biostat/", "unitId": "", "address": "", "city": "", "country": "", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 4, "name": "IFB - ELIXIR-FR", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB%20-%20ELIXIR-FR/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [], "orgid": null, "tools": [], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [], "technicalLeaders": [], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/243/?format=api" ], "maintainers": [], "ifbMembership": "None", "platforms": [], "is_active": false, "closing_date": "2023-03-13", "lat": null, "lng": null, "updated_at": "2025-10-21T13:07:13.136070Z" }, { "id": 47, "name": "CBPsmn", "logo_url": "https://www.ens-lyon.fr/PSMN/lib/tpl/PSMN-scanlines/images/cbpsmn_logo.png", "description": "Le CBPsmn est la structure qui gère l'ensemble des moyens informatiques HPC et HPDA de l'ENS de Lyon.\r\nConcernant la bio-informatique, ces moyens sont utilisés localement par le RDP, le LBMC, l'IGFL, le CIRI, la SFR Biosciences et par d'autres laboratoires de la région Lyonnaise.\r\nL'exploitation des moyens informatiques mutualisés ainsi que les formations à leur utilisation sont assurés par l'équipes du CBPsmn. Les chercheurs des laboratoires utilisateurs sont formés et aidés par les personnels bio-informaticiens affectés aux laboratoires avec l'aide de l'équipe du CBPsmn.\r\nLes serveurs du CBPsmn sont hébergés dans le Datacenter de l'ENS de Lyon (200m2, 65 baies, 1,2MW d'adduction électrique). Les équipements mis à disposition sont de trois types:\r\n- Les Clusters (Batch - resp. Lois Taulelle) : 3 clusters regroupant ~30 000 coeurs répartis dans ~700 serveurs et ~10PB de stockage.\r\n- Les serveurs accessibles en mode interactif (resp. Emmanuel Quemener): ~300 serveurs répartis dans 3 salles de formation et une dizaine de plateaux techniques, plusieurs centaines de TB de stockage.\r\n- Le Cloud meso-psmn-cirrus ( membre de la fédération des clouds IFB-Biosphère - resp. Micaël Calvas): ~28 serveurs pour ~5000 coeurs et 70 TB de stockage partagé (manila)", "expertise": [], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "https://www.ens-lyon.fr/PSMN/doku.php?id=accueil", "unitId": "", "address": "Pôle Scientifique de Modélisation Numérique, ENS de Lyon \r\n46, allée d'Italie", "city": "Lyon cedex 07", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 102, "name": "ENS of Lyon", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/ENS%20of%20Lyon/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [], "orgid": null, "tools": [], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/803/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/803/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/803/?format=api" ], "ifbMembership": "Contributing platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "45.729632", "lng": "4.827973", "updated_at": "2025-10-21T13:07:13.046190Z" } ] }
