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{ "count": 45, "next": null, "previous": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/?format=api&limit=20&offset=20&ordering=is_active", "results": [ { "id": 3, "name": "Bilille", "logo_url": "https://bilille.univ-lille.fr/fileadmin/_processed_/9/2/csm_logo_bilille_complet_65be9bda8b.png", "description": "Bilille est la plateforme de bioinformatique, biostatistique et bioanalyse de la métropole lilloise, au sein de l'UAR 2014/US 41 Plateformes Lilloises en Biologie et Santé. \r\nBilille est également membre de l'Institut Français de Bioinformatique et bénéficie du label IBiSA délivré par le GIS \"Infrastructures en Biologie Santé et Agronomie\".", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_0091", "http://edamontology.org/topic_0769", "http://edamontology.org/topic_2269" ], "linkCovid19": "", "homepage": "https://bilille.univ-lille.fr", "unitId": "UAR 2014 - US 41 - PLBS", "address": "Plateforme de bioinformatique et de biostatistique de Lille\r\nBâtiment Esprit, avenue Paul Langevin,\r\n59650 Vileneuve-d'Ascq", "city": "Lille", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" }, { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" }, { "id": 66, "name": "UDL", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/UDL/?format=api" }, { "id": 68, "name": "Pasteur Institute of Lille", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Pasteur%20Institute%20of%20Lille/?format=api" }, { "id": 69, "name": "Centre Hospitalier Universitaire de Lille", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Centre%20Hospitalier%20Universitaire%20de%20Lille/?format=api" } ], "publications": [ "" ], "certifications": [ "Label IBiSA", "France-Génomique" ], "fundedBy": [ { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" }, { "id": 66, "name": "UDL", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/UDL/?format=api" } ], "keywords": [ "Methodology", "Biostatistics", "Metagenomics", "CGH", "Expression", "Small and long non-coding RNAs", "Sequence Algorithm", "DNA biochips", "RNA biochips", "Immunogenetics", "Immune repertoire analysis", "Immunoinformatics", "Statistical differential analysis", "Evolution and Phylogeny", "Molecular evolution", "Assembly of genomes and transcriptomes", "Read alignment on genomes", "Statistical Tests", "Regression", "Dimension reduction", "Gene expression regulation analysis", "Descriptive statistics", "Multivariate analyses", "Gene expression differential analysis", "Web portals", "metatranscriptomics", "Chip-Seq", "Panels (amplicons, captures)", "Exomes", "Sequence analysis", "Variant analysis", "proteomics", "Interfaces", "Interoperability", "Genome analysis", "Structural and functional annotation of genomes", "Transcript and transcript variant analysis", "Transcriptomics (RNA-seq)", "Genomics (DNA-seq)", "Genomics (Chips)", "Genomes comparison", "Comparative genomics", "Data Integration", "Data management and transfer", "NGS Sequencing Data Analysis", "Structural Bioinformatics", "Données", "Genes and genomes", "Sequence annotation", "Pattern matching", "Multiple sequence alignment", "Toolkit", "Tool integration", "Workflow development", "Databases and information systems", "Développements technologiques de l‘Information et de la Communication" ], "fields": [ "Biologie", "Biomédical", "Environnement", "Informatique" ], "orgid": "", "tools": [ "carnac", "crac", "dinamo", "NORINE", "sortmerna", "vidjil" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/418/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/756/?format=api", 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"Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "50.607558", "lng": "3.126541", "updated_at": "2024-05-16T15:00:29.373385Z" }, { "id": 38, "name": "PB-IBENS", "logo_url": "https://www.ibens.bio.ens.psl.eu/squelettes/img/IBENS_logo.png", "description": "La Plateforme Bioinformatique (PB-IBENS) de l'Institut de Biologie de l'ENS (IBENS) définit, développe et déploie les ressources matérielles et logicielles qui répondent aux besoins spécifiques des chercheurs en matière de bioinformatique. Elle est responsable de la maintenance et du déploiement d'un cluster de calcul accessible à tous les partenaires du LABEX Memolife (IBENS, ESPCI, Collège de France).\r\nPB-IBENS assure également la maintenance et le support de serveurs web et de bases de données (Rsat, Genomicus, DiatomicBase, Finsurf) développés par les équipes d'IBENS, dont certains sont labellisés par l'infrastructure européenne Elixir. La plateforme s'implique dans la formation en bioinformatique à l'ENS, organise des séminaires bi-mensuels et participe à des cours externes. PB-IBENS bénéficie de l'environnement scientifique des équipes IBENS afin d'orienter les utilisateurs vers des spécialistes qui pourront répondre à leurs questions techniques liées à leurs analyses spécifiques (Single-Cell, RNASeq, Bioimaging, évolution, etc.).", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_3316", "http://edamontology.org/topic_3489" ], "linkCovid19": "", "homepage": "https://www.ibens.ens.fr/?rubrique55", "unitId": "UMR8197", "address": "Plateforme Bioinformatique- IBENS\r\nUMR8197-U1024\r\n46 rue d’Ulm", "city": "PARIS", "country": "FRANCE", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [], "publications": [ "10.1093/nar/gkab1091", "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 90, "name": "IBENS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IBENS/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [], "orgid": "grid.462036.5", "tools": [ "GENOMICUS", "Genomicus-fungi", "Genomicus-metazoa", "Genomicus-Plants", "Genomicus-protists" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/533/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/758/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/647/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/647/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/817/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/647/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/817/?format=api" ], "ifbMembership": "Contributing platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "48.858608", "lng": "2.312949", "updated_at": "2025-01-31T13:29:04.286409Z" }, { "id": 14, "name": "BiGEst", "logo_url": "https://bigest.unistra.fr/images/logo_bigest.png", "description": "• Biologie Végétale Intégrative (silencing, épigénétique, intéractions hôtes pathogènes, cycle cellulaire, …)\r\n• Maladies génétiques rares (ciliopathies, rétinopathies, myopathies, …)\r\n• Génomique structurale, fonctionnelle, comparative\r\n• Protéomique haut-débit et Protéomique structurale\r\n• Développement de méthodes quantitatives basées sur la spectrométrie de masse et leur application à des systèmes biologiques\r\n• ARN non-codantes : architecture, mécanismes d'évolution, et rôles dans la pathogénicité\r\n• L'étude des micro-organismes adaptés à des conditions environnementales extrêmes\r\n• Recherche transdisciplinaire à l'interface de la biologie, la biochimie, la physique et la médecine\r\n \r\nLa plateforme BiGEst regroupe plusieurs plateformes/services bioinformatiques dans différents Instituts de recherche à Strasbourg :\r\n \r\nGénétique Moléculaire, Génomique Microbiologie (GMGM)\r\nL'étude des micro-organismes adaptés à des conditions environnementales extrêmes peuvent révéler des capacités microbiennes insoupçonnées. Leur compréhension, y compris les fonctions métaboliques et la formation de biofilm impliqués dans l'adaptation à des conditions particulières est un objectif majeur de la microbiologie environnementale. Nous étudions ces mécanismes d'adaptation microbienne dans les écosystèmes contaminés par des éléments toxiques à 3 niveaux : (i) l'isolement de nouvelles souches et la caractérisation de leurs propriétés métaboliques, (ii) l'étude de la réponse adaptative aux métaux toxiques dans des conditions de laboratoire, (iii) l'étude d'environnements contaminés pour comprendre le fonctionnement des communautés microbiennes in situ.\r\n \r\nInstitut de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IBMC)\r\nL’équipe « évolution des ARN non-codants chez les levures » s'intéresse au rôle et à l'évolution des ARNnc dans les mécanismes biologiques. De tels ARN étaient connus depuis longtemps, mais on pensait alors qu’ils n’étaient que des \"composants infrastructuraux\" de la machinerie traductionnelle, des reliquats d’un monde ancestral \"tout ARN\" : les ARN ribosomiques, les ARN de transferts, les introns ainsi que les petits ARN nucléolaires. Au moyen d'approches bioinformatiques et expérimentales, nous nous intéressons particulièrement : (i) à l'étude des relations structure-fonction dans certaines familles d'ARNnc (ribosomes, riboswitches,...), (ii) à l'identification et à l'étude de nouveaux ARNnc impliqués dans les mécanismes de pathogénicité chez certaines espèces de levures.\r\n \r\nInstitut de Biologie Moléculaire des Plantes (IBMP)\r\nL’activité de recherche est dédiée à l’étude des mécanismes fondamentaux de la vie des plantes dont les applications trouvent notamment leur place dans les domaines des biotechnologies ou de la recherche médicale. Les domaines étudiés sont très variés : (i) la biosynthèse de molécules bioactives (impliquées dans l’élaboration de matériaux, de cosmétiques, d’arômes ou de médicaments) et de leur régulation, (ii) virus végétaux, (iii) des grandes voies de régulation permettant le développement et la reproduction des plantes ainsi que l’adaptation à leur environnement, (iv) la biogenèse des organites, chloroplastes et mitochondries, indispensables à la production d’énergie des cellules et dont les dysfonctionnements peuvent engendrer des effets fortement délétères quant à la vie cellulaire. http://ibmp.u-strasbg.fr/\r\n \r\nLaboratoire des sciences de l'ingénieur, de l'informatique et de l'imagerie (ICube)\r\nL'équipe Complex systems and Translational Bioinformatics (CSTB) couvre un large spectre de recherches en informatique : la bioinformatique et génomique intégratives, la bioinformatique théorique, la fouille de données, l'ingénierie des connaissances et l'optimisation stochastique. Dans le domaine de la bioinformatique, nous nous focalisons essentiellement sur le domaine de la santé et plus particulièrement à l’étude des maladies génétiques rares et à la compréhension des mécanismes physiopathologiques impliqués dans ces maladies. Ces mécanismes ont souvent un intérêt potentiel pour la compréhension des processus biologiques altérés dans des maladies plus communes, telles que l’obésité, les diabètes ou les cancers.\r\n \r\nInstitut de génétique et de biologie moléculaire et cellulaire (IGBMC)\r\nL'objectif de l'institut est de développer la recherche transdisciplinaire à l'interface de la biologie, la biochimie, la physique et la médecine. Nous explorons des thématiques très diverses, alliant recherche fondamentale et appliquée dans le domaine de la santé. Les travaux concernent des sujets très variés, allant de l'analyse structurale des protéines à la génétique humaine, en passant par les cellules souches, la biophysique ou l'épigénétique. Les résultats scientifiques ont déjà permis d'importantes avancées, notamment pour la compréhension de nombreuses pathologies humaines comme certains cancers ou maladies génétiques rares.\r\n \r\nInstitut clinique de la souris (ICS - IGBMC)\r\nLe service informatique ICS possède une expertise informatique forte dans la mise en place de la chaine de traitement des données issues des souris génétiquement modifiés : développement d’outils de capture des données de phénotypage, des traitements statistiques appropriés, des procédures d’interfaçage avec des ressources externes. Il développe également l’analyse intégrative de ces données en les croisant avec les ressources publiques disponibles (MGI, EMMA…).\r\n \r\nInstitut Pluridisciplinaire Hubert Curien (IPHC)\r\nLe Laboratoire de Spectrométrie de Masse BioOrganique (LSMBO) de l’IPHC se concentre sur le développement de méthodes analytiques pour la détermination structurale de macromolécules, principalement des protéines, sans aucune ambiguïté structurale, jusqu’au dernier atome. Des méthodes d’analyse protéomique à haut débit sont développées pour la quantification de protéomes complexes ou la découverte de biomarqueurs de pathologies. Nous développons également la MS supramoléculaire pour décrire des complexes non-covalents, des approches de protéomique structurale, de protéogénomique et de complexomique. L’équipe de bioinformatique du laboratoire développe les outils logiciels nécessaires à l’interprétation de l’ensemble des données générées, outils qui sont accessibles sur MSDA (Mass Spectrometry Data Analysis, https://msda.unistra.fr/)", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_3316", "http://edamontology.org/topic_2815", "http://edamontology.org/topic_3391", "http://edamontology.org/topic_3365", "http://edamontology.org/topic_0121", "http://edamontology.org/topic_0203", "http://edamontology.org/topic_3174", "http://edamontology.org/topic_0196", "http://edamontology.org/topic_3170", "http://edamontology.org/topic_3169", "http://edamontology.org/topic_3489", "http://edamontology.org/topic_3372" ], "linkCovid19": "", "homepage": "http://bigest.unistra.fr/", "unitId": "", "address": "300 boulevard Sébastien Brant", "city": "Illkirch", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 29, "name": "UMR7357", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/UMR7357/?format=api" }, { "id": 79, "name": "UPR2357", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/UPR2357/?format=api" }, { "id": 83, "name": "IGBMC", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IGBMC/?format=api" }, { "id": 92, "name": "IPHC", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IPHC/?format=api" } ], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" } ], "keywords": [ "Machine learning", "Sequence analysis", "proteomics", "Genomics (Chips)", "Data collection curation", "NGS Sequencing Data Analysis" ], "fields": [ "Biologie", "Biomédical", "Environnement", "Biotechnologie" ], "orgid": null, "tools": [ "assemble2", "GalaxEast", "macsims", "ngs-qc_generator", "orthoinspector", "pipealign", "" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/604/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/124/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/124/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/789/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/86/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/95/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/233/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/340/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/478/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/501/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/563/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/604/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/124/?format=api" ], "ifbMembership": "Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "48.526234", "lng": "7.736750", "updated_at": "2024-11-20T15:38:39.835199Z" }, { "id": 39, "name": "Bio2M", "logo_url": "https://bio2m.fr/public/Logo-Bio2M-V2.png", "description": "The bioinformatic group involved specialists in text algorithm focusing on the design of new tools and structures for RNA-Seq analysis. We have created a new data structure capable of organizing reads for very quickly queries and developed a software (called CRAC) noticed by Nature as a competitor over existing softwares for the analysis of RNA-Seq data (CRAC, Star, …).\r\n\r\n* Transcriptomics - RNA-Seq\r\n* Kmers analysis\r\n - [Transipedia](https://transipedia.fr)", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_3170", "http://edamontology.org/topic_0091", "http://edamontology.org/topic_0203", "http://edamontology.org/topic_0659" ], "linkCovid19": "", "homepage": "https://bio2m.fr", "unitId": "", "address": "BioInformatiques et BioMarqueurs\r\nINSERM U1183\r\nIRMB - Institut de Médecine Regénérative et Biothérapie\r\nHôpital Saint-Eloi\r\n80, av. Augustin Fliche", "city": "Montpellier", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 4, "name": "IFB", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB/?format=api" } ], "publications": [ "10.1186/1471-2105-12-242", "", "10.1186/gb-2013-14-3-r30", "10.1093/nargab/lqab058" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 54, "name": "UM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/UM/?format=api" }, { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" } ], "keywords": [ "metatranscriptomics", "Transcriptomics", "Transcript and transcript variant analysis", "Transcriptomics (RNA-seq)" ], "fields": [ "Biologie" ], "orgid": null, "tools": [ "kmerator" ], "services": [], "leaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/130/?format=api" ], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/130/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/643/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/643/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/130/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/760/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/761/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/643/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/643/?format=api" ], "ifbMembership": "Contributing platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "43.624386", "lng": "3.868455", "updated_at": "2024-03-12T07:42:25.114714Z" }, { "id": 47, "name": "CBPsmn", "logo_url": "https://www.ens-lyon.fr/PSMN/lib/tpl/PSMN-scanlines/images/cbpsmn_logo.png", "description": "Le CBPsmn est la structure qui gère l'ensemble des moyens informatiques HPC et HPDA de l'ENS de Lyon.\r\nConcernant la bio-informatique, ces moyens sont utilisés localement par le RDP, le LBMC, l'IGFL, le CIRI, la SFR Biosciences et par d'autres laboratoires de la région Lyonnaise.\r\nL'exploitation des moyens informatiques mutualisés ainsi que les formations à leur utilisation sont assurés par l'équipes du CBPsmn. Les chercheurs des laboratoires utilisateurs sont formés et aidés par les personnels bio-informaticiens affectés aux laboratoires avec l'aide de l'équipe du CBPsmn.\r\nLes serveurs du CBPsmn sont hébergés dans le Datacenter de l'ENS de Lyon (200m2, 65 baies, 1,2MW d'adduction électrique). Les équipements mis à disposition sont de trois types:\r\n- Les Clusters (Batch - resp. Lois Taulelle) : 3 clusters regroupant ~30 000 coeurs répartis dans ~700 serveurs et ~10PB de stockage.\r\n- Les serveurs accessibles en mode interactif (resp. Emmanuel Quemener): ~300 serveurs répartis dans 3 salles de formation et une dizaine de plateaux techniques, plusieurs centaines de TB de stockage.\r\n- Le Cloud meso-psmn-cirrus ( membre de la fédération des clouds IFB-Biosphère - resp. Micaël Calvas): ~28 serveurs pour ~5000 coeurs et 70 TB de stockage partagé (manila)", "expertise": [], "linkCovid19": "", "homepage": "https://www.ens-lyon.fr/PSMN/doku.php?id=accueil", "unitId": "", "address": "Pôle Scientifique de Modélisation Numérique, ENS de Lyon \r\n46, allée d'Italie", "city": "Lyon cedex 07", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 102, "name": "ENS de Lyon", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/ENS%20de%20Lyon/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [], "orgid": null, "tools": [], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/803/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/803/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/803/?format=api" ], "ifbMembership": "Contributing platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "45.729632", "lng": "4.827973", "updated_at": "2024-03-12T08:12:45.649530Z" } ] }
