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{ "count": 45, "next": null, "previous": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/?format=api&limit=20&offset=20&ordering=-scientificLeaders", "results": [ { "id": 13, "name": "MBI-DS4H", "logo_url": "https://mbi-ds4h.loria.fr/wp-content/uploads/2021/12/LOGOprovisoireMBI-DS4H-e1638376808693.png", "description": "La plateforme MBI signifie \"Modélisation des biomolécules et de leurs interactions\". Il s'agit essentiellement d'une plateforme de recherche offrant des services dans le cadre de projets scientifiques collaboratifs. Les principales activités de la plateforme concernent la modélisation 3D de protéines en interaction avec des ligands, des protéines, de l'ARN ou de l'ADN ss, ainsi que l'annotation fonctionnelle de biomolécules. Les programmes disponibles comprennent la simulation dynamique moléculaire (logiciel NAMD), l'arrimage rigide très rapide et les programmes de comparaison de formes, qui sont exécutés sur des grappes hybrides de CPU et de GPU. L'expertise en science des données, y compris l'exploration de données symboliques, l'apprentissage machine, l'analyse de graphes complexes, est également disponible pour la bio-informatique et les applications biomédicales.", "expertise": [], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "http://mbi.loria.fr/", "unitId": "", "address": "615 Rue du Jardin Botanique\r\n54600 Villers-lès-Nancy\r\nFrance", "city": "Villers-lès-Nancy", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 72, "name": "Inria Nancy - Grand-Est research centre", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Inria%20Nancy%20-%20Grand-Est%20research%20centre/?format=api" }, { "id": 61, "name": "INRIA", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRIA/?format=api" } ], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 61, "name": "INRIA", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRIA/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [ "Biologie", "Biomédical" ], "orgid": null, "tools": [ "hexserver" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/182/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/527/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/20/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/140/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/527/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/578/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/182/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/111/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/112/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/403/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/182/?format=api" ], "ifbMembership": "Associated Team", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "48.665526", "lng": "6.157679", "updated_at": "2025-10-21T13:07:13.076000Z" }, { "id": 24, "name": "South Green", "logo_url": "https://southgreenplatform.github.io/trainings//images/southgreenlong.png", "description": "South Green est une plateforme bioinformatique dédiée à la génomique des plantes tropicales et méditerranéennes et des pathogènes associés. Elle fédère des bio-informaticiens de différentes unités et instituts de Montpellier (Bioversity, CIRAD, INRA et IRD) ayant une expertise multidisciplinaire en intégration de données, développement de logiciels, analyse de données de séquençage et calcul haute performance. La plateforme a acquis une forte expertise dans le développement de Genome Hubs, des systèmes d'information intégrés, déployés sur plusieurs plantes et en cours d'extension aux pathogènes.", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_3050", "http://edamontology.org/topic_0194", "http://edamontology.org/topic_3673", "http://edamontology.org/topic_3068", "http://edamontology.org/topic_3299", "http://edamontology.org/topic_0219", "http://edamontology.org/topic_3517", "http://edamontology.org/topic_3316", "http://edamontology.org/topic_0769", "http://edamontology.org/topic_0092", "http://edamontology.org/topic_3308", "http://edamontology.org/topic_0114", "http://edamontology.org/topic_3071", "http://edamontology.org/topic_3474" ], "expertise_description": "Expertise on genome analyses in plants and pathogens, workflow development (SnakeMake, Galaxy), data management and visualization, RDF Knowledge.", "linkCovid19": "", "homepage": "http://www.southgreen.fr", "unitId": "", "address": "Parc scientifique Agropolis", "city": "Montpellier", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 86, "name": "the Alliance of Bioversity International and CIAT", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/the%20Alliance%20of%20Bioversity%20International%20and%20CIAT/?format=api" }, { "id": 85, "name": "IRD", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IRD/?format=api" }, { "id": 82, "name": "INRAE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=api" }, { "id": 50, "name": "CIRAD", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CIRAD/?format=api" } ], "publications": [ "10.1371/journal.pcbi.1009321", "10.1186/s13326-023-00289-5", "10.1093/database/baaf048", "10.1371/journal.pcbi.1010622", "10.1093/hr/uhac221", "10.1093/bioinformatics/btab688", "10.1093/database/baac057", "10.1186/s12863-025-01359-6", "10.1016/j.cpb.2016.12.002", "10.1186/s44342-025-00058-z", "10.1093/bioinformatics/btac504", "10.1186/s13059-023-02911-2", "10.1038/s41467-025-56329-4", "10.1016/j.xplc.2022.100330", "10.1016/j.tig.2025.03.004", "10.1002/ppp3.10581", "10.1093/nargab/lqad013", "10.1126/science.add8655", "10.1093/bib/bbab238", "10.1093/nar/gkab564", "10.1093/gigascience/giz051", "10.24072/pcjournal.153", "10.1111/tpj.15456", "10.1093/nargab/lqab088", "10.1002/9781119312994.apr0664", "10.1371/journal.pbio.3000312", "10.1093/aob/mcab008", "10.1038/s42003-020-01593-x", "10.1093/gigascience/giz028", "10.1093/bioadv/vbaf096", "" ], "certifications": [ "ISO 9001" ], "fundedBy": [ { "id": 85, "name": "IRD", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IRD/?format=api" }, { "id": 50, "name": "CIRAD", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CIRAD/?format=api" } ], "keywords": [ "Représentations graphiques", "long read sequencing", "Pangenomic", "Genotyping", "R Language", "Phylogenetics", "Web portals", "SLURM", "Variant calling", "Sequence analysis" ], "fields": [ "Biologie", "Agro-alimentaire", "Environnement", "Biotechnologie", "Informatique" ], "orgid": null, "tools": [ "AgroLD", "Banana_Genome_Hub", "Cocoa_Genome_Hub", "Coffee_Genome_Hub", "culebront", "galaxy", "gemo", "Gigwa", "", "panache", "Rice_Genome_Hub", "", "Sugarcane_Genome_Hub", "toggle", "tremolo" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/174/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/193/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/350/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/536/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/500/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/589/?format=api" ], "members": [ 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"https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/elixirplatform/Training/?format=api" } ], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "43.643777", "lng": "3.871175", "updated_at": "2025-12-05T10:45:53.144502Z" }, { "id": 48, "name": "BIG", "logo_url": null, "description": "Le plateau de BioInformatique et Génomique (BIG) de l’Institut Sophia Agrobiotech (INRAE - CNRS - Univ. Côte d’Azur) propose de l’expertise en bioinformatique et des solutions pour le traitement, l’intégration, l’analyse et la visualisation de données multi-omiques dans le domaine de la santé et protection des plantes. BIG dispose d’un savoir-faire en génomique comparative, en transcriptomique et évolution moléculaire. Les outils et les ressources produits sont mis à la disposition de la communauté scientifique (site web, forge et portails intégratifs) et peuvent répondre à des problématiques similaires rencontrées dans d’autres domaines de recherche. Outre les développements méthodologiques, le plateau propose des accompagnements et des formations aux biologistes dans l’utilisation des outils qu’il produit et plus largement en bioinformatique.", "expertise": [], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "https://institut-sophia-agrobiotech.paca.hub.inrae.fr/infrastructure-plantbios", "unitId": "", "address": "Institut Sophia Agrobiotech\r\n400 route des Chappes", "city": "Sophia Antipolis", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 82, "name": "INRAE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=api" }, { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" } ], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 82, "name": "INRAE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [], "orgid": null, "tools": [], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/147/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/147/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/147/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/147/?format=api" ], "ifbMembership": "Contributing platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "43.612660", "lng": "7.077920", "updated_at": "2025-10-21T13:07:13.097655Z" }, { "id": 4, "name": "ABiMS", "logo_url": "https://abims.sb-roscoff.fr/sites/default/files/abims.png", "description": "The mission of the ABiMS platform is to assist researchers of the marine and, more broadly of the life sciences communities, in the analysis of their bioinformatic data as well as in the development of software and databases. It is also connected to the EMBRC infrastructure, is part of the IBiSA network via the regional BioGenOuest project, and is ISO 9001: 2015 certified. Through its numerous interactions with research units,", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_3387" ], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "http://abims.sb-roscoff.fr/", "unitId": "", "address": "Place Georges Teissier - Station Biologique de Roscoff", "city": "Roscoff", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" }, { "id": 65, "name": "SBR - Roscoff Marine Station", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/SBR%20-%20Roscoff%20Marine%20Station/?format=api" } ], "publications": [ "" ], "certifications": [ "Label IBiSA", "ISO 9001" ], "fundedBy": [ { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [ "Biologie", "Agro-alimentaire", "Environnement" ], "orgid": null, "tools": [ "galaxy", "workflow4metabolomics" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/134/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/362/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/299/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/134/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/145/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/206/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/272/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/331/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/460/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/465/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/549/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/24/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/362/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/134/?format=api" ], "ifbMembership": "Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "48.726769", "lng": "-3.987521", "updated_at": "2025-10-21T13:07:13.185144Z" }, { "id": 39, "name": "Bio2M", "logo_url": "https://bio2m.fr/public/Logo-Bio2M-V2.png", "description": "The bioinformatic group involved specialists in text algorithm focusing on the design of new tools and structures for RNA-Seq analysis. We have created a new data structure capable of organizing reads for very quickly queries and developed a software (called CRAC) noticed by Nature as a competitor over existing softwares for the analysis of RNA-Seq data (CRAC, Star, …).\r\n\r\n* Transcriptomics - RNA-Seq\r\n* Kmers analysis\r\n - [Transipedia](https://transipedia.fr)", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_3170", "http://edamontology.org/topic_0091", "http://edamontology.org/topic_0203", "http://edamontology.org/topic_0659" ], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "https://bio2m.fr", "unitId": "", "address": "BioInformatiques et BioMarqueurs\r\nINSERM U1183\r\nIRMB - Institut de Médecine Regénérative et Biothérapie\r\nHôpital Saint-Eloi\r\n80, av. Augustin Fliche", "city": "Montpellier", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 4, "name": "IFB - ELIXIR-FR", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB%20-%20ELIXIR-FR/?format=api" } ], "publications": [ "10.1186/1471-2105-12-242", "", "10.1186/gb-2013-14-3-r30", "10.1093/nargab/lqab058" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" }, { "id": 99, "name": "University of Montpellier", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20of%20Montpellier/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [ "Biologie" ], "orgid": null, "tools": [ "kmerator" ], "services": [], "leaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/130/?format=api" ], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/130/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/643/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/643/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/130/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/760/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/761/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/643/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/643/?format=api" ], "ifbMembership": "Contributing platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "43.624386", "lng": "3.868455", "updated_at": "2025-10-21T13:07:13.043036Z" }, { "id": 41, "name": "Biomics", "logo_url": "https://biomics.pasteur.fr/wp-content/uploads/2019/11/IP_logo.png", "description": "The Biomics Platform is the C2RT structure at Institut Pasteur for Next Generation Sequencing short and long-read technologies. You will find all the detailed information on our services and processes on the Biomics website.", "expertise": [], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "https://biomics.pasteur.fr/ask/?ask=Submit+Project", "unitId": "", "address": "25-28 Rue du Dr Roux, 75015 Paris", "city": "Paris", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 48, "name": "Institut Pasteur", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Institut%20Pasteur/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [], "orgid": null, "tools": [], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/127/?format=api" ], "technicalLeaders": [], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/127/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/127/?format=api" ], "ifbMembership": "Associated Team", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "48.840340", "lng": "2.310810", "updated_at": "2025-10-21T13:07:13.004481Z" }, { "id": 9, "name": "MicroScope", "logo_url": "https://mage.genoscope.cns.fr/microscope/web/pictures/GENOSCOPE-LABGeM_logo100.png", "description": "L'équipe LABGeM du CEA/Genoscope a développé MicroScope, une plateforme web pour l'analyse des génomes procaryotes et l'annotation fonctionnelle experte. MicroScope combine des outils et des interfaces graphiques pour analyser les génomes dans un contexte comparatif et métabolique. Cette plateforme fournit des données provenant de milliers de projets sur le génome ainsi que des expériences post-génomiques permettant aux utilisateurs d'améliorer la compréhension des fonctions des gènes. Des annotations d'experts sont continuellement rassemblées dans la base de données MicroScope, ce qui contribue à l'amélioration de la qualité des annotations du génome microbien. MicroScope peut être utilisé comme une ressource communautaire pour l'analyse comparative et l'annotation des génomes accessibles au public, mais aussi comme une ressource privée avec des droits d'accès limités aux données génomiques.", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_0622", "http://edamontology.org/topic_3301", "http://edamontology.org/topic_0219" ], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "https://mage.genoscope.cns.fr/microscope/", "unitId": "", "address": "2, rue Gaston Crémieux, CP 5706", "city": "Evry", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 19, "name": "LABGeM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/LABGeM/?format=api" }, { "id": 62, "name": "CEA", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CEA/?format=api" }, { "id": 67, "name": "University Paris-Saclay", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20Paris-Saclay/?format=api" }, { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" }, { "id": 71, "name": "University of Évry Val d'Essonne", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20of%20%C3%89vry%20Val%20d'Essonne/?format=api" }, { "id": 70, "name": "Genoscope", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Genoscope/?format=api" } ], "publications": [ "" ], "certifications": [ "Label IBiSA", "France-Génomique", "ISO 9001", "NF X50-900" ], "fundedBy": [ { "id": 62, "name": "CEA", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CEA/?format=api" }, { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [ "Biomédical", "Agro-alimentaire", "Environnement", "Biotechnologie" ], "orgid": null, "tools": [ "MicroScope_platform" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/90/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/623/?format=api" ], "technicalLeaders": [], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/90/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/231/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/347/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/431/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/531/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/540/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/623/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/90/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/623/?format=api" ], "ifbMembership": "Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "48.623991", "lng": "2.439719", "updated_at": "2025-10-21T13:07:13.065759Z" }, { "id": 16, "name": "BiRD", "logo_url": "https://pf-bird.univ-nantes.fr/images/logo/logo.svg", "description": "Le BiRD est cogéré par l'ITX et le LS2N, et emploie six biologistes computationnels. Grâce aux compétences de ce personnel dévoué et hautement qualifié, BiRD conseille, propose et développe des services bioinformatiques basés sur des données de séquençage à haut débit. Le BiRD possède une expertise dans l'analyse de données à grande échelle et a développé des flux de travail bio-informatiques dédiés qui normalisent le traitement des données brutes jusqu'à leur importance biologique. Sur la base de ces expertises, nous proposons à nos utilisateurs des formations sur l'analyse des données ou les langages de programmation. Ces services sont soutenus par une infrastructure de calcul et de stockage dédiée, accessible à distance via plusieurs services et ouverte à tous les scientifiques, quelle que soit leur institution d'accueil.", "expertise": [], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "http://www.pf-bird.univ-nantes.fr/", "unitId": "", "address": "IRS UN, 8 Quai Moncousu", "city": "Nantes", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 33, "name": "UMS BioCore", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/UMS%20BioCore/?format=api" }, { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" }, { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" }, { "id": 31, "name": "Institut du Thorax", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Institut%20du%20Thorax/?format=api" } ], "publications": [ "" ], "certifications": [ "Label IBiSA" ], "fundedBy": [ { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" }, { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [ "Biologie", "Biomédical", "Informatique" ], "orgid": null, "tools": [ "DEPIB", "microSysMics" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/69/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/520/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/54/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/237/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/596/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/69/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/54/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/106/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/279/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/520/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/237/?format=api" ], "ifbMembership": "Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "47.209985", "lng": "-1.553544", "updated_at": "2025-10-21T13:07:13.090528Z" }, { "id": 21, "name": "PRABI-Lyon-Gerland", "logo_url": null, "description": "Le PRABI-Gerland https://prabi.ibcp.fr localisé à l'IBCP développe les bases de données dans le domaine infectieux, les méthodes de prédiction et d'optimisation des structures 3D de protéines ainsi que les outils et services s'y rapportant. Dans le domaine des services la spécificité de la PF est la bioinformatique structurale (Modélisation moléculaire, prédiction de structure) introduite sur Lyon dès 1986 (il y a 25 ans avant même que le mot n'existe...). Dans ce domaine, l’activité proposée par le PRABI-Gerland s’appuie sur les expertises suivantes:\r\n Prédiction de structure de protéines [G. Deléage]\r\n Modélisation moléculaire [E. Bettler, G. Deléage, R. Terreux]\r\n Intégration de méthodes et serveurs Web [C. Combet, G Deléage]\r\n Serveur Web 3D [E. Bettler, G. Deléage]\r\n Drug design et QSAR (R. Terreux, J.A. Chemelle)\r\n \r\nMots clefs: Bioinformatique structurale, Prédiction de structure, Base de données structurales, Analyse de séquences, Modélisation moléculaire, docking moléculaire.\r\n \r\nPrincipaux sites web: https://prabi.ibcp.fr (site en cours de refonte)\r\n https://geno3d-prabi.ibcp.fr/\r\n https://npsa-prabi.ibcp.fr/\r\n http://sumo-pbil.ibcp.fr\r\n http://espript.ibcp.fr\r\n http://endscript.ibcp.fr\r\nMéthodes de prédiction des structures secondaires de protéines.\r\nPlusieurs méthodes originales ont été développées, Self Optimized Prediction Method (SOPM), génère automatiquement à partir de cette base de donnée, une \"sous-base\" rassemblant les 60 à 80 protéines les plus homologues ou appartenant à la même classe structurale que la protéine\r\nétudiée. En effet, des protéines homologues ont généralement une structure assez proche (30% d'identité indique une architecture semblable). Après une phase d'apprentissage automatique sur cette \"sous-base\", en particulier d'optimisation des paramètres, la prédiction de la structure de la protéine est réalisée. La version SOPMA tire bénéfice des alignements multiples. La méthode MLRC combine les réseaux de neurones avec la méthode SOPMA.\r\n [SOPMA] Self optimised Prediction Method (1995)\r\n [SOPM] Self optimised Prediction Method (1994)\r\n [DPM] Double prediction Method (1987)\r\n [MLRC] Multivariate Linear Regression Combination (1999)\r\n [AMPHIPASEEK] Prediction of membrane anchor helical peptides (2006)\r\n \r\nIntégration de methodes- WebicielsServeur NPS@\r\nLe PRABI Gerland a développé le premier serveur de mail Français pour la prédiction de structures secondaires de protéines (80 000 prédictions en tout). Ensuite ces méthodes ont été intégrées dans [NPS@ 2000]. Le serveur est actuellement dans sa version 3. Dans le cadre de RENABI-IFB, ce serveur généraliste de séquences couplé aux prédictions de structures sera mis à jour en termes d’ergonomie, d’interface et de conception. Mise à disposition d’outils et de services en ligne correspondant aux domaines d’expertise du laboratoire d’accueil de la PF.\r\n \r\nServeur Web ESPript/ENDscript\r\nA partir d’une protéine de structure connue (code ou fichier PDB), le serveur ENDscript produit, en quelques secondes et de manière automatisée, plusieurs illustrations téléchargeables dans des formats usuels (PostScript, PDF, PNG et TIFF) :\r\n1/ Une première figure, générée par le logiciel ESPript, présente la séquence de la protéine d’intérêt agrémentée de ses éléments de structure secondaire, de l’accessibilité au solvant et de l’hydropathie par résidu. Si disponibles, sont aussi représentés les contacts cristallographiques et non-cristallographiques protéine/protéine et/ou protéine/ligand ainsi que les résidus impliqués dans des ponts disulfures.\r\n2/ Une seconde figure ESPript montre, en plus des informations précédentes, un alignement multiple de séquences des protéines homologues coloré en fonction de la conservation des résidus et agrémenté des éléments de structure secondaire de ces dernières si leurs structures sont connues. \r\n3/ Deux représentations 3D interactives visualisables par le logiciel PyMOL : a) une représentation en ruban, colorée en fonction de la conservation de séquence. b) une représentation en tube dont le diamètre est proportionnel à la déviation structurale (rmsd) entre la protéine d’intérêt et les protéines homologues de structure connue. De plus, si disponible, peuvent être affichés : l’assemblage de l’unité biologique, les modèles RMN multiples, les ligands et les résidus en contact avec ces derniers.\r\nLe serveur ESPript permet, en complément d’ENDscript ou de manière autonome, de représenter des alignements multiples de séquences avec la possibilité d’ajouter des marqueurs définis par l’utilisateur de manière à produire des figures facilitant l’analyse ou dédiées aux communications scientifiques.\r\n \r\nModélisation moléculaire\r\nUn serveur Web de modélisation moléculaire automatique de structure 3D de protéines appelé geno3D est disponible depsuis 2002 qui permet aux biologistes et biochimistes d'obtenir un modèle 3D de qualité si la séquence \"query\" présente plus de 35% d'identité avec une protéine de structure 3D connue. Le principe de cette modélisation consiste à appliquer les techniques de modélisation sous contraintes à la protéine à modéliser (de type RMN) à partir d'un jeu de contraintes calculées sur l'empreinte structurale. Plusieurs empreintes sont utilisables, le ligand (si présent) est replacé dans les modèles, 10 modèles sont générés. Les résultats sont proposés sous la forme d’une archive récupérable et les résultats sont conservés 8 jours sur le serveur. Ce serveur génère 100 modèles/mois. Un système intégré de modélisation moléculaire (MAGOS ) à grande échelle de protéomes entiers a été utilisé pour des protéomes de virus (modeome3D) et de plantes (arabidome3D).\r\n \r\nDocking et sites 3D- chemo-informatique\r\nUne méthode bioinformatique SUMO a été développée permettant de détecter des sites 3D fonctionnels communs à plusieurs protéines. L’approche a fait l’objet d’un brevet déposé par le CNRS et d'un serveur Web pour rendre utilisable la méthode par la communauté académique.\r\nDans un travail récent, nous avons réévalué les paramètres et avons montré que la qualité de comparaison était améliorée tout comme la rapidité du calcul. Cette méthode a été appliquée pour établir une classification des antibiotiques à noyau ß lactame.", "expertise": [], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "https://prabi.ibcp.fr", "unitId": "", "address": "7 Passage du Vercors\r\n69367 Lyon\r\nFrance", "city": "Lyon", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" } ], "publications": [ "" ], "certifications": [ "Label IBiSA", "RIO" ], "fundedBy": [ { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [ "Biologie", "Biomédical", "Biotechnologie" ], "orgid": null, "tools": [], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/52/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/169/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/169/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/593/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/52/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/113/?format=api" ], "maintainers": [], "ifbMembership": "None", "platforms": [], "is_active": false, "closing_date": "2023-03-15", "lat": "45.727764", "lng": "4.825956", "updated_at": "2025-10-21T13:07:13.009659Z" }, { "id": 32, "name": "MMG-GBIT", "logo_url": "https://www.ifb-elixir.fr/wp-content/uploads/2025/11/Equipe_IFB-Core_Generique-7.webp", "description": "La plateforme MMG-GBIT IFB est liée à l'équipe de recherche Bio-informatique & Génétique de l'Inserm U1251. Elle bénéficie de cette forte interaction et met à la disposition des utilisateurs l'expertise de l'équipe en génétique humaine, maladies rares et oncogénétique ainsi que l'analyse des données NGS. Il fournit des systèmes de référence internationaux pour collecter, annoter, filtrer et interpréter les données de génétique humaine en relation avec les maladies. Ces outils, bases de données, registres et observatoires ont déjà reçu des millions de requêtes dans le monde entier. En outre, nous proposons des formations et pouvons aider les chercheurs pour tout projet bio-informatique ou développement d'outils liés à la génétique humaine, de la conception à l'analyse.", "expertise": [], "expertise_description": "no coment", "linkCovid19": "", "homepage": "https://geneticsandbioinformatics.eu", "unitId": "", "address": "Faculté de Médecine de la Timone, \r\n27 Bd Jean Moulin", "city": "Marseille", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" }, { "id": 47, "name": "MMG - Marseille Medical Genetics", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/MMG%20-%20Marseille%20Medical%20Genetics/?format=api" } ], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" } ], 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SWATH\r\nlow-throughput biological data.\r\nThe expertise covers fundamental, translational and clinical research, including clinical trials.\r\nIn all these domain, the platform also develop appropriate methods, implement tools and automatic pipelines, and package and release them publicly or grant on-line access to the community.\r\nSoftware optimisation for high-performance computing is also part of our know-how.\r\nFinally the platform has developed an experience in training biologists, clinicians and bioinformaticians in all above-mentionned fields", "expertise": [], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "http://u900.curie.fr", "unitId": "", "address": "26 rue d’Ulm\r\n75005 Paris\r\nFrance", "city": "Paris", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" } ], "publications": [ "" ], "certifications": [], 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Nous intégrons les données de génétique, phénomique et génomique, principalement de plantes, et analysons la dynamique des éléments transposables dans les génomes et les pangénomes.\r\n\r\nL'URGI est certifiée ISO 9001:2015 et fait partie de l'Institut Français de Bioinformatique (IFB), le noeud français d'ELIXIR, l'infrastructure européenne de bioinformatique pour les sciences de la vie. C'est également l'une des quatre plateformes qui forme BioinfOmics, l'infrastructure de recherche en bioinformatique d'INRAE.\r\n\r\nL’URGI propose une gamme de services pour accompagner vos projets, avec des solutions sur mesure et une expertise reconnue :\r\n* Conseils et ressources pour la gestion et l'intégration de données selon les principes FAIR, pour assurer leur accessibilité, interopérabilité et réutilisation\r\n* Développement de portails fédératifs pour faciliter l'accès et l'exploitation de données mondiales (FAIDARE, WheatIS Data Discovery, RARe Data Discovery)\r\n* Analyse avancée des données génomiques avec des outils spécialisés, comme REPET\r\n\r\n---\r\n\r\nURGI (Unit Resources Genomics-Info) is a scientific facility specialised in plant bioinformatics. We publish and integrate genetic, phenomic and genomic data, mainly from plants, and analyse the dynamics of transposable elements in genomes and pangenomes.\r\n\r\nURGI is ISO 9001:2015 certified and part of the “Institut Français de Bioinformatique” (IFB), the French node of ELIXIR, the European bioinformatics infrastructure for the life sciences. It is also one of the four facilities that form BioinfOmics, INRAE’s bioinformatics research infrastructure.\r\n\r\nURGI offers a range of services to support your projects, providing tailor-made solutions and recognised expertise.\r\n* Advices and resources for data management and integration, based on the FAIR principles to ensure accessibility, interoperability, and reusability\r\n* Development of federated portals to facilitate access and exploitation of global data (e.g. FAIDARE, WheatIS Data Discovery, RARe Data Discovery)\r\n* Advanced analysis of genomic data using specialised tools, such as REPET", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_3365", "http://edamontology.org/topic_3299", "http://edamontology.org/topic_0622", "http://edamontology.org/topic_3316", "http://edamontology.org/topic_0780", "http://edamontology.org/topic_3572", "http://edamontology.org/topic_3489", "http://edamontology.org/topic_3366", "http://edamontology.org/topic_0219", "http://edamontology.org/topic_0625", "http://edamontology.org/topic_0091", "http://edamontology.org/topic_3571" ], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "https://urgi.versailles.inrae.fr/", "unitId": "URGI-US1164", "address": "INRAE Centre de Versailles\r\nRD10 - 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Nous intégrons les données de génétique, phénomique et génomique, principalement de plantes, et analysons la dynamique des éléments transposables dans les génomes et les pangénomes.\r\n\r\nL'URGI est certifiée ISO 9001:2015 et fait partie de l'Institut Français de Bioinformatique (IFB), le noeud français d'ELIXIR, l'infrastructure européenne de bioinformatique pour les sciences de la vie. C'est également l'une des quatre plateformes qui forme BioinfOmics, l'infrastructure de recherche en bioinformatique d'INRAE.\r\n\r\nL’URGI propose une gamme de services pour accompagner vos projets, avec des solutions sur mesure et une expertise reconnue :\r\n* Conseils et ressources pour la gestion et l'intégration de données selon les principes FAIR, pour assurer leur accessibilité, interopérabilité et réutilisation\r\n* Développement de portails fédératifs pour faciliter l'accès et l'exploitation de données mondiales (FAIDARE, WheatIS Data Discovery, RARe Data Discovery)\r\n* Analyse avancée des données génomiques avec des outils spécialisés, comme REPET\r\n\r\n---\r\n\r\nURGI (Unit Resources Genomics-Info) is a scientific facility specialised in plant bioinformatics. We publish and integrate genetic, phenomic and genomic data, mainly from plants, and analyse the dynamics of transposable elements in genomes and pangenomes.\r\n\r\nURGI is ISO 9001:2015 certified and part of the “Institut Français de Bioinformatique” (IFB), the French node of ELIXIR, the European bioinformatics infrastructure for the life sciences. It is also one of the four facilities that form BioinfOmics, INRAE’s bioinformatics research infrastructure.\r\n\r\nURGI offers a range of services to support your projects, providing tailor-made solutions and recognised expertise.\r\n* Advices and resources for data management and integration, based on the FAIR principles to ensure accessibility, interoperability, and reusability\r\n* Development of federated portals to facilitate access and exploitation of global data (e.g. FAIDARE, WheatIS Data Discovery, RARe Data Discovery)\r\n* Advanced analysis of genomic data using specialised tools, such as REPET", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_3365", "http://edamontology.org/topic_3299", "http://edamontology.org/topic_0622", "http://edamontology.org/topic_3316", "http://edamontology.org/topic_0780", "http://edamontology.org/topic_3572", "http://edamontology.org/topic_3489", "http://edamontology.org/topic_3366", "http://edamontology.org/topic_0219", "http://edamontology.org/topic_0625", "http://edamontology.org/topic_0091", "http://edamontology.org/topic_3571" ], "expertise_description": "", "linkCovid19": "", "homepage": "https://urgi.versailles.inrae.fr/", "unitId": "URGI-US1164", "address": "INRAE Centre de Versailles\r\nRD10 - Route de Saint-Cyr\r\n78000 Versailles\r\nFrance", "city": "Versailles", "country": "France", "communities": [], "projects": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/project/ELIXIR-CONVERGE/?format=api" ], "affiliatedWith": [ { "id": 7, "name": "France Génomique", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/France%20G%C3%A9nomique/?format=api" }, { "id": 67, "name": "University Paris-Saclay", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20Paris-Saclay/?format=api" }, { "id": 82, "name": "INRAE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=api" }, { "id": 88, "name": "BioinfOmics", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=api" }, { "id": 4, "name": "IFB - ELIXIR-FR", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB%20-%20ELIXIR-FR/?format=api" } ], "publications": [ "", "10.34133/2019/1671403", "10.1186/s13100-019-0150-y", "10.1007/978-1-4939-6658-5_5", "10.3835/plantgenome2015.06.0038", "10.1093/database/bat058", "10.1007/s00239-003-0007-2", "10.1371/journal.pone.0091929", "10.1371/journal.pone.0016526", "10.1371/journal.pcbi.0010022", "10.1186/s13059-018-1491-4" ], "certifications": [ "Label IBiSA", "France-Génomique", "ISO 9001", "CNOC (INRA)", "CATI - CTAI", "PF stratégique nationale INRA" ], "fundedBy": [ { "id": 82, "name": "INRAE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [ "Biologie", "Agro-alimentaire", "Environnement", "Informatique" ], "orgid": null, "tools": [ "DataDiscovery", "faidare", "gnpis", "", "RARe", "repet", "WheatIS" ], "services": [], "leaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/3/?format=api" ], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/8/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/3/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/224/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/8/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/751/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/224/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/754/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/441/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/131/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/3/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/813/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/336/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/504/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/814/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/815/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/816/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/8/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/441/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/224/?format=api" ], "ifbMembership": "Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "48.802130", "lng": "2.087270", "updated_at": "2025-10-21T13:07:13.220164Z" } ] }
