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{ "count": 45, "next": null, "previous": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/?format=api&limit=20&offset=20&ordering=-projects", "results": [ { "id": 22, "name": "Genotoul-bioinfo", "logo_url": "http://bioinfo.genotoul.fr/wp-content/uploads/bioinfo_logo-rvb-petit.png", "description": "The GenoToul bioinformatics facility provides access to high-performance computing resources, data analysis and programming expertise. Its permanent staff has many years of experience in supporting scientific programmes (software development, data analysis and training) in biology and bioinformatics. The main axis of development and scientific support include high throughput sequencing data processing (quality control, genome and transcriptome de novo assemblies, variation discovery, diversity analysis,…) and non coding RNA analysis.\r\n\r\nResources include a high-performance informatics hardware infrastructure for large scale storage and computation, major generalist and specialized databank, and open source software.\r\nServices include, training sessions organisation, web sites and virtual machine (VM) hosting, expertise and scientific support to programmes in biology and in bioinformatics.\r\n\r\nThe bioinformatics platform GenoToul Bioinfo is a member platform of the national research infrastructure IFB (Institut Français de Bioinformatique) and is an associated platform of the national research infrastructure France Génomique.\r\n\r\nAt the regional level, GenoToul Bioinfo is one of the platform GenoToul (platform network in Toulouse region).\r\n\r\nGenotoul Bioinfo is recognized as a strategic national platform by IBISA (Infrastructure en Biologie Santé et Agronomie). It is one of the strategic national platforms of INRAE (labellised ISC and member of Bioinfomics IR). It depends of the MathNum department. It is certificated ISO9001 since 2010 and NFX50-900 since 2016.", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_0091" ], "linkCovid19": "", "homepage": "http://bioinfo.genotoul.fr/", "unitId": "", "address": "24 Chemin de Borde Rouge", "city": "Castanet Tolosan", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 37, "name": "MIAT 0875", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/MIAT%200875/?format=api" }, { "id": 82, "name": "INRAE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=api" }, { "id": 88, "name": "BioinfOmics", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/BioinfOmics/?format=api" } ], "publications": [ "10.1038/s41598-021-01066-z", "10.1016/j.cub.2021.08.030", "10.1093/molbev/msaa249", "10.1093/bioinformatics/btab032", "10.1038/s41467-021-21094-7", "10.1007/978-3-030-73249-3_34", "10.1016/j.msom.2021.10.020", "10.1080/15476286.2020.1869892", "10.7717/peerj.11885", "10.1093/ve/veab093", "10.3389/fgene.2021.655707", "10.1111/raq.12542", "10.7554/eLife.62858", "10.3390/md19080452", "10.3389/fgene.2021.659287", "10.1016/j.isci.2020.101927", "10.1371/journal.pcbi.1009321", "" ], "certifications": [ "Label IBiSA", "France-Génomique", "ISO 9001", "CNOC (INRA)", "NF X50-900", "CATI - CTAI", "PF stratégique nationale INRA" ], "fundedBy": [ { "id": 82, "name": "INRAE", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRAE/?format=api" } ], "keywords": [ "Biostatistics", "Metagenomics", "Small and long non-coding RNAs", "Evolution and Phylogeny", "Molecular evolution", "Methylation profiles", "Selection Detection", "Statistical Tests", "Regression", "Descriptive statistics", "Multivariate analyses", "Gene expression differential analysis", "Web portals", "metatranscriptomics", "Exomes", "Sequence analysis", "Variant analysis", "Interfaces", "Interoperability", "Genome analysis", "Structural and functional annotation of genomes", "Complete genomes", "Transcript and transcript variant analysis", "Transcriptomics (RNA-seq)", "Genomics (DNA-seq)", "Cluster", "Genomes comparison", "Comparative genomics", "NGS Sequencing Data Analysis", "Homology/orthology prediction", "Phylogenomics", "Sequence annotation", "Pattern matching", "Multiple sequence alignment", "Workflow development" ], "fields": [ "Biologie", "Biomédical", "Agro-alimentaire", "Environnement", "Biotechnologie" ], "orgid": null, "tools": [ "metagwgs" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/642/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/300/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/642/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/739/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/243/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/740/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/742/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/300/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/338/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/594/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/191/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/344/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/406/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/417/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/470/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/615/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/300/?format=api" ], "ifbMembership": "Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "43.515910", "lng": "1.498640", "updated_at": "2024-03-11T14:03:41.186788Z" }, { "id": 45, "name": "CENTURI-MEP", "logo_url": "https://centuri-livingsystems.org/wp-content/uploads/2018/02/logo-CENTURI-horizontal-azur.png", "description": "La plateforme multi-engineering a été créée en 2019 dans le cadre du projet interdisciplinaire “The Turing Centre for Living Systems” (CENTURI) à Marseille. Les ingénieurs de cette plateforme interdisciplinaire fournissent une expertise en bioinformatique mais également en analyse d’images, en optique, en mécatronique, en neuroscience, en développement logiciel et en gestion de données aux 21 instituts de recherche affiliés au projet CENTURI. Les ingénieurs sont notamment impliqués dans des projets collaboratifs dans lesquels des outils, des logiciels, des méthodes, des bases de données ainsi que du matériel et des techniques de laboratoire sont développés. La plateforme participe à la formation et au transfert technologique de ces développements. Dans ce cadre, des logiciels et des pipelines bioinformatiques sont développés pour les analyses des données -omiques (bulk-RNAseq, single-cell RNAseq, métagénomique, métatranscriptomique, métabarcoding ou encore protéomique) et sont mis à la disposition de la communauté scientifique. En organisant des open desk, des sessions de formation et en mettant en relation les différents laboratoires du projet CENTURI, la plateforme crée un fort esprit de coopération et facilite la diffusion d'informations entre les équipes et la plateforme.", "expertise": [], "linkCovid19": "", "homepage": "https://centuri-livingsystems.org/multi-engineering-platform/", "unitId": "", "address": "Campus de Luminy – Case 913 13288 MARSEILLE Cedex 09 France", "city": "Marseille", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 98, "name": "CENTURI", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CENTURI/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [], "orgid": null, "tools": [], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/800/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/800/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/800/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/800/?format=api" ], "ifbMembership": "Associated Team", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "43.232835", "lng": "5.440151", "updated_at": "2024-12-04T12:51:32.281426Z" }, { "id": 43, "name": "BIOI2", "logo_url": "https://www.i2bc.paris-saclay.fr/wp-content/uploads/2021/01/logo-i2bc-white-1-130x106.png", "description": "La plateforme BIOi2 (ex I2BC bioinfo) est rattachée à l’Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Unité Mixte de Recherche (CEA, CNRS, Université Paris-Saclay) qui regroupe plus de 600 personnes dédiées à la recherche sur le fonctionnement de la cellule à toutes ses échelles d’organisation. La plateforme vise à valoriser les ressources et activités en bioinformatique développées au sein de l’unité aussi bien dans le domaine de l’analyse comparative des génomes, de l’étude des ARNs que de la modélisation structurale des machineries cellulaires. Elle situe au cœur de l’ensemble des 13 plateformes technologiques de l’I2BC, membres d’Infrastructures Nationales en Biologie Santé (FRISBI, FBI, France-Génomique) pour favoriser l’intégration et l’exploitation des données générées par les utilisateurs. Elle offre des services de support pour faciliter et améliorer le traitement des données de séquençage NGS, de protéomique ou de biophysique et organise des formations en bioinformatique en lien étroit avec l’IFB.", "expertise": [], "linkCovid19": "", "homepage": "https://www.i2bc.paris-saclay.fr/", "unitId": "", "address": "1, Avenue de la Terrasse, Bâtiment 21", "city": "GIF-SUR-YVETTE", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" }, { "id": 62, "name": "CEA", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CEA/?format=api" }, { "id": 67, "name": "University of Paris-Saclay", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/University%20of%20Paris-Saclay/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [], "orgid": null, "tools": [], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/798/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/799/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/798/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/799/?format=api" ], "maintainers": [], "ifbMembership": "Contributing platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "48.704698", "lng": "2.132366", "updated_at": "2024-12-04T13:14:34.050096Z" }, { "id": 17, "name": "GenOuest", "logo_url": "https://www.cesgo.org/genouesttest2/wp-content/uploads/sites/9/2017/03/cropped-GO-CMJN-1-e1488463243285.png", "description": "Hébergé à l'INRIA-IRISA, le centre GenOuest offre un environnement bio-informatique complet avec une infrastructure matérielle et logicielle, des bases de données publiques, des logiciels et des flux de travail, le tout avec le soutien associé. Le portefeuille technologique s'appuie sur plusieurs ressources informatiques (cluster, cloud, docker, portail de galaxie), des solutions de gestion de données (BioMAJ). Au cours des années, GenOuest a investi dans le développement d'outils centrés sur les données. Grâce au projet CeSGO, GenOuest propose un ensemble d'outils collaboratifs pour gérer au mieux les projets et les données scientifiques. GenOuest développe des applications bio-informatiques ainsi que la formation et le transfert technologique de nouveaux outils développés par les équipes de recherche de l'Institut.", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_3372", "http://edamontology.org/topic_0605", "http://edamontology.org/topic_3071", "http://edamontology.org/topic_0091", "http://edamontology.org/topic_3571" ], "linkCovid19": "", "homepage": "https://www.genouest.org/", "unitId": "", "address": "Campus de Beaulieu\r\n263 avenue du Général Leclerc", "city": "Rennes", "country": "France", "communities": [], "projects": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/project/ELIXIR-CONVERGE/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/project/ELIXIR-BIOCONTAINERS/?format=api" ], "affiliatedWith": [ { "id": 75, "name": "Inria Rennes - Bretagne Atlantique Research Centre", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Inria%20Rennes%20-%20Bretagne%20Atlantique%20Research%20Centre/?format=api" }, { "id": 78, "name": "IRISA", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IRISA/?format=api" } ], "publications": [ "10.3390/IECE-10646", "10.1021/acs.jproteome.0c00904", "10.1186/s12915-020-00820-5", "10.1186/s13059-019-1772-6", "" ], "certifications": [ "Label IBiSA", "CNOC (INRA)" ], "fundedBy": [ { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" }, { "id": 61, "name": "INRIA", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INRIA/?format=api" } ], "keywords": [ "Cloud", "Metabolic Network Modelling", "Sequence Algorithm", "Machine learning", "Web portals", "Ontologies", "Sequence analysis", "Interfaces", "System modeling", "Systems Biology", "Interoperability", "Semantic web", "Regulatory network modelling", "Integration of heterogeneous data", "Knowledge representation", "Cluster", "Computing Environments", "Data Integration", "Data management and transfer", "NGS Sequencing Data Analysis", "Données", "Pattern matching", "Toolkit", "Tool integration", "Workflow development", "Databases and information systems", "Développements technologiques de l‘Information et de la Communication" ], "fields": [ "Biologie", "Biomédical", "Agro-alimentaire", "Environnement", "Biotechnologie" ], "orgid": null, "tools": [ "aphidbase", "askomics", "aureme", "autograph", "biomaj", "commet", "discosnp", "", "germonline", "gatb", "lepidodb", "logol", "mindthegap", "minia", "peppsy", "protomata", "rasta-bacteria", "reprogenomics_viewer" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/805/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/77/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/77/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/529/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/427/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/466/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/497/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/77/?format=api" ], "ifbMembership": "Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "48.112000", "lng": "-1.674300", "updated_at": "2024-05-13T11:11:03.984177Z" }, { "id": 26, "name": "PlantBioinfoPF", "logo_url": "https://urgi.versailles.inrae.fr/var/storage/images/home-urgi/platform/6883-40-eng-GB/Platform_medium.jpg", "description": "Les principales missions de la plateforme bioinformatique PlantBioinfoPF, hébergée à l'URGI, sont de contribuer à une gestion des données patrimoniales produites par INRAE et ses partenaires, compatible avec la science ouverte, et de proposer aux chercheurs des outils et des environnements adaptés pour l'analyse des données. Les principales activités de la plateforme sont l’intégration des données sur les plantes dans le système d'information GnpIS et les fédérations de données, donner accès aux ressources informatiques et aux outils d'analyse, soutien à l'analyse de données génomique (éléments transposables) et la formation des utilisateurs.", "expertise": [ "http://edamontology.org/topic_3365", "http://edamontology.org/topic_3299", "http://edamontology.org/topic_0622", "http://edamontology.org/topic_3316", "http://edamontology.org/topic_0780" ], "linkCovid19": "", "homepage": "https://urgi.versailles.inrae.fr/", "unitId": "URGI-US1164", "address": "INRAE Centre de Versailles\r\nURGI - Bat18\r\nRD10 - Route de Saint-Cyr\r\n78000 Versailles\r\nFrance", "city": "Versailles", "country": "France", "communities": [], "projects": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/project/ELIXIR-CONVERGE/?format=api" ], "affiliatedWith": [ { "id": 4, "name": "IFB", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB/?format=api" }, { "id": 6, "name": "Elixir-FR", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Elixir-FR/?format=api" }, { "id": 7, "name": "France Génomique", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/France%20G%C3%A9nomique/?format=api" }, { "id": 39, "name": "URGI - 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