Team List
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{ "count": 45, "next": null, "previous": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/team/?format=api&limit=20&offset=20", "results": [ { "id": 28, "name": "DAC", "logo_url": "https://plateforme.institutducerveau-icm.org/app/uploads/sites/14/2021/06/cropped-data-analysis-core_2-coul_rvb_gb.png", "description": "La plateforme DAC développe et met à disposition des solutions logicielles et une expertise méthodologique pour répondre à trois besoins importants de la recherche biomédicale : conservation des données, normalisation, annotation, structuration, intégration et visualisation (gestionnaires de données, ingénieurs logiciels), traitement de données omiques à haut débit, y compris les données NGS telles que l’exome entier, RNA-seq (bio-informaticiens), analyse statistique de base et avancée, en particulier l’intégration de données multimodales et de haute dimension (biostaticiens). La plateforme soutient ainsi les équipes scientifiques et cliniques à chaque étape de leurs projets de recherche : de la conception de l’étude à la gestion des données, en passant par le traitement, l’analyse et l’interprétation, en tenant compte d’une grande variété d’approches d’acquisition de données (cliniques, imagerie, génomique, etc.).", "expertise": [], "linkCovid19": "", "homepage": "https://dac.institutducerveau-icm.org/", "unitId": "", "address": "47 boulevard de l'Hôpital", "city": "Paris", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 41, "name": "Institut du Cerveau et de la Moelle épinière", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Institut%20du%20Cerveau%20et%20de%20la%20Moelle%20%C3%A9pini%C3%A8re/?format=api" }, { "id": 42, "name": "UMR 7225-UMR_S 1127", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/UMR%207225-UMR_S%201127/?format=api" }, { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" } ], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 41, "name": "Institut du Cerveau et de la Moelle épinière", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Institut%20du%20Cerveau%20et%20de%20la%20Moelle%20%C3%A9pini%C3%A8re/?format=api" }, { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" } ], "keywords": [ "Biostatistics", "Multi-scale analysis and modelling", "Expression", "Small and long non-coding RNAs", "Microscopy", "Medical Imaging", "DNA biochips", "RNA biochips", "Methylation profiles", "Genotyping", "Machine learning", "Chromatin accessibility", "Bioimaging", "Read alignment on genomes", "Statistical Tests", "Regression", "Dimension reduction", "Gene expression regulation analysis", "Descriptive statistics", "Multivariate analyses", "Phylogenetics", "Gene expression differential analysis", "Web portals", "Ontologies", "Chip-Seq", "Panels (amplicons, captures)", "Exomes", "Variant analysis", "Interfaces", "Semantic web", "Knowledge mining", "Complete genomes", "Transcript and transcript variant analysis", "Transcriptomics (RNA-seq)", "Integration of heterogeneous data", "Genomics (Chips)", "Data Integration", "Data management and transfer", "NGS Sequencing Data Analysis", "Données", "Toolkit", "Workflow development", "Databases and information systems", "Développements technologiques de l‘Information et de la Communication" ], "fields": [ "Biologie", "Biomédical", "Biotechnologie", "Informatique" ], "orgid": null, "tools": [], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/766/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/767/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/373/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/656/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/93/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/239/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/270/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/286/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/51/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/656/?format=api" ], "ifbMembership": "Member platform", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "48.840212", "lng": "2.363200", "updated_at": "2024-11-20T15:53:49.914533Z" }, { "id": 31, "name": "AuBi", "logo_url": "https://mesocentre.uca.fr/medias/photo/logoaubi-2019minus_1553844844490-jpg", "description": "AuBi est la plateforme bioinformatique de Clermont pour les sciences du vivant (biologie fondamentale, microbiologie, agronomie, environnement, santé et épidémiologie). AuBi s'appuie sur le Mésocentre de l'UCA pour promouvoir l'accès aux installations informatiques pour l'analyse des données, le stockage, la formation en bio-informatique et l'hébergement de services web pour la recherche. Des compétences importantes sont développées pour soutenir des projets scientifiques dans le domaine de l'analyse de séquences à grande échelle en génomique (assemblage, annotation, analyse de variantes, DNAseq, ...), transcriptomique (RNAseq, ChiPseq, ...) et variations épigénomiques (BSseq), métagénomique, métatranscriptomique, métabolomique, dynamique moléculaire mais aussi statistique et imagerie.", "expertise": [], "linkCovid19": "", "homepage": "https://mesocentre.uca.fr/projets-associes/plateforme-aubi/", "unitId": "", "address": "Plateforme AuBi\r\nMesocentre Clermont Auvergne\r\nUniversité Clermont Auvergne\r\n7, avenue Blaise Pascal\r\nTSA 60026", "city": "Aubière cedex", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [ { "id": 96, "name": "Mésocentre Clermont-Auvergne", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/M%C3%A9socentre%20Clermont-Auvergne/?format=api" } ], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 94, "name": "Université Clermont Auvergne", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/Universit%C3%A9%20Clermont%20Auvergne/?format=api" } ], "keywords": [ "Methodology", "QTL Localization", "Cloud", "Comparative and de novo structure modeling", "Ecology", "Biodiversity", "Microbial ecology", "Metabolic engineering", "Metagenomics", "CGH", "Expression", "Small and long non-coding RNAs", "Positional cloning", "GPU", "Fonctionelles", "Microscopy", "Medical Imaging", "Physical Mapping", "Paleogenomics and ancestral genomes", "Tiling", "Metabolic Network Modelling", "Sequence Algorithm", "Cartographie génétique et d'hybrides irradiés", "Statistical differential analysis", "Methylation profiles", "Genotyping", "Machine learning", "Signal processing", "Second level analysis", "Chromatin accessibility", "Exploratory statistics", "Chromosome conformation analysis", "Bioimaging", "Inferential statistics", "Assembly of genomes and transcriptomes", "Read alignment on genomes", "Statistical Tests", "Regression", "Dimension reduction", "Gene expression regulation analysis", "Image analysis", "Descriptive statistics", "Multivariate analyses", "Phylogenetics", "Gene expression differential analysis", "Web portals", "metatranscriptomics", "Data identity and mapping", "Ontologies", "Database search engine", "Spectral library search", "De novo sequencing", "Chip-Seq", "Panels (amplicons, captures)", "Interfaces", "Metabolites identification", "Spectral demultiplexing", "Post-translational modification analysis", "Systems Biology", "Semantic web", "Metabolic network analysis", "Genome analysis", "Structural and functional annotation of genomes", "Population Genetics", "Knowledge mining", "Statistical Genetics", "Regulatory network modelling", "Quantitative proteomics", "Complete genomes", "Transcript and transcript variant analysis", "Proteogenomics", "Functional and regulatory pathways comparison", "Integration of heterogeneous data", "Knowledge representation", "Protein/protein interaction modelisation", "proteins/peptides and proteins/nucleic acids", "Structure analysis", "homology and structural pattern matching", "Cluster", "Genomes comparison", "Data collection curation", "Data Integration", "Data management and transfer", "NGS Sequencing Data Analysis", "Homology/orthology prediction", "Structural Bioinformatics", "Predictions of structural properties", "Données", "Genes and genomes", "Sequence annotation", "Pattern matching", "Genetic Mapping", "Protein inference and validation", "Multiple sequence alignment", "Toolkit", "Tool integration", "Workflow development", "Parallelization", "Databases and information systems" ], "fields": [ "Biologie", "Biomédical", "Agro-alimentaire", "Environnement", "Biotechnologie" ], "orgid": null, "tools": [ "dropnet", "nucleusj", "PanGeneHome" ], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ 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45, "name": "CENTURI-MEP", "logo_url": "https://centuri-livingsystems.org/wp-content/uploads/2018/02/logo-CENTURI-horizontal-azur.png", "description": "La plateforme multi-engineering a été créée en 2019 dans le cadre du projet interdisciplinaire “The Turing Centre for Living Systems” (CENTURI) à Marseille. Les ingénieurs de cette plateforme interdisciplinaire fournissent une expertise en bioinformatique mais également en analyse d’images, en optique, en mécatronique, en neuroscience, en développement logiciel et en gestion de données aux 21 instituts de recherche affiliés au projet CENTURI. Les ingénieurs sont notamment impliqués dans des projets collaboratifs dans lesquels des outils, des logiciels, des méthodes, des bases de données ainsi que du matériel et des techniques de laboratoire sont développés. La plateforme participe à la formation et au transfert technologique de ces développements. Dans ce cadre, des logiciels et des pipelines bioinformatiques sont développés pour les analyses des données -omiques (bulk-RNAseq, single-cell RNAseq, métagénomique, métatranscriptomique, métabarcoding ou encore protéomique) et sont mis à la disposition de la communauté scientifique. En organisant des open desk, des sessions de formation et en mettant en relation les différents laboratoires du projet CENTURI, la plateforme crée un fort esprit de coopération et facilite la diffusion d'informations entre les équipes et la plateforme.", "expertise": [], "linkCovid19": "", "homepage": "https://centuri-livingsystems.org/multi-engineering-platform/", "unitId": "", "address": "Campus de Luminy – Case 913 13288 MARSEILLE Cedex 09 France", "city": "Marseille", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 98, "name": "CENTURI", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CENTURI/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [], "orgid": null, "tools": [], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/800/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/800/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/800/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/800/?format=api" ], "ifbMembership": "Associated Team", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "43.232835", "lng": "5.440151", "updated_at": "2024-12-04T12:51:32.281426Z" }, { "id": 5, "name": "INCa-SLC", "logo_url": null, "description": "Cette structure a été créée à l'initiative de l'INCa dans le cadre de sa participation à l'\"International Cancer Genome Consortium\" (ICGC).\r\n \r\nElle a trois missions :\r\n1 collecter ou préparer puis valider les acides nucléiques (ADN normal, ADN tumoral, ARN tumoral,...) qui seront examinés avec les techniques de la génomique: puce de génotypage, puce d'expression, RNA-seq, DNA-‐eq en génomes complets et en éxomes),\r\n2 assurer la liaison avec les centres de génomique (académiques ou privés) réalisant le séquençage haut-‐débit,\r\n3 effectuer l'analyse des données de séquence transmises par ces centres de manière à en extraire l'information (variants somatiques et structuraux, nombre de copie, niveaux d'expression en RNA-‐seq) utile aux équipes biomédicales.\r\n \r\nPour remplir sa mission, la plateforme a développé une application Internet permettant d'assurer la gestion de grands projets multicentriques en toute transparence pour les collaborateurs. Elle a mis en place des procédures de contrôle qualité des échantillons à analyser. Elle dessine et automatise des pipelines d'analyse pour les données de génomique qu'elle reçoit.", "expertise": [], "linkCovid19": "", "homepage": "http://www.synergielyoncancer.fr/", "unitId": "", "address": "28 rue Laënnec\r\nFondation Synergie Lyon Cancer, Bât. Cheney D\r\n69008 Lyon\r\nFrance", "city": "Lyon", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 4, "name": "IFB", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/IFB/?format=api" } ], "keywords": [ "Methodology", "Biostatistics", "CGH", "Expression", "DNA biochips", "RNA biochips", "Methylation profiles", "Genotyping", "Read alignment on genomes", "Gene expression regulation analysis", "Gene expression differential analysis", "Panels (amplicons, captures)", "Exomes", "Variant analysis", "Genome analysis", "Structural and functional annotation of genomes", "Complete genomes", "Transcript and transcript variant analysis", "Transcriptomics (RNA-seq)", "Genomics (DNA-seq)", "Genomics (Chips)", "NGS Sequencing Data Analysis" ], "fields": [ "Biologie", "Biomédical" ], "orgid": null, "tools": [], "services": [], "leaders": [], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/629/?format=api" ], "technicalLeaders": [], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/335/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/505/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/38/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/218/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/364/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/568/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/579/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/603/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/606/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/620/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/629/?format=api" ], "maintainers": [], "ifbMembership": "None", "platforms": [], "is_active": false, "closing_date": "2023-03-15", "lat": "45.735673", "lng": "4.887571", "updated_at": "2024-03-11T14:43:54.424176Z" }, { "id": 37, "name": "NSBD", "logo_url": "https://www.marseille-medical-genetics.org/fileadmin/templates/mmg/imgs/mmg_logo.png", "description": "L'équipe \"biologie des systèmes et des réseaux pour les maladies\" est une équipe de recherche interdisciplinaire ayant pour objectif de développer d'algorithmes et outils d'analyse et d'intégration de données biologiques et de proposer des approches \"système\" pour l'étude des pathologies génétiques humaines. Sur le versant des outils, l'équipe focalise particulièrement sur des approches non-supervisées appliquées aux réseaux biologiques multi-couches et propose des outils de clustering, de marches aléatoires ou de network embedding. L'équipe travaille également sur l'intégration de données quantitatives (transcriptomique, protéomique) dans les réseaux pour identifier des modules perturbés dans différentes conditions. Enfin, l'équipe s'intéresse également à l'intégration de données multi-omiques par des approches de réduction de dimension via des factorisations de matrices.", "expertise": [], "linkCovid19": "", "homepage": "https://www.marseille-medical-genetics.org/a-baudot/", "unitId": "", "address": "Faculté de Médecine de la Timone\r\n27 Bd Jean Moulin", "city": "Marseille Cedex 05", "country": "France", "communities": [], "projects": [], "affiliatedWith": [], "publications": [ "" ], "certifications": [], "fundedBy": [ { "id": 52, "name": "CNRS", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/CNRS/?format=api" }, { "id": 56, "name": "INSERM", "url": "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/organisation/INSERM/?format=api" } ], "keywords": [], "fields": [], "orgid": null, "tools": [ "mogamun" ], "services": [], "leaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/722/?format=api" ], "deputies": [], "scientificLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/722/?format=api" ], "technicalLeaders": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/657/?format=api" ], "members": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/657/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/722/?format=api" ], "maintainers": [ "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/657/?format=api", "https://catalogue.france-bioinformatique.fr/api/userprofile/722/?format=api" ], "ifbMembership": "Associated Team", "platforms": [], "is_active": true, "closing_date": null, "lat": "43.288900", "lng": "5.402160", "updated_at": "2024-03-11T14:53:13.009640Z" } ] }
